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Add battery plugin and fix DAG doc
[simgrid.git] / docs / source / Tutorial_DAG.rst
index e807cc4..621eaf2 100644 (file)
@@ -26,7 +26,7 @@ Set of edges representing precedence constraints between :ref:`Activities <API_s
 
    \mathcal{E} = {e_i,j | (i,j) \in {1, ..., V} x {1, ..., V}}
 
-.. image:: /tuto_dag/img/dag.svg
+.. image:: /img/dag.svg
    :align: center
 
 Representing Vertices/Activities
@@ -58,7 +58,7 @@ Representing Edges/Dependencies
 
 An activity will not start until all of its dependencies have been completed.
 Activities may have any number of successors.
-Dependencies between Activities are created using :cpp:func:`Activity::add_successor(ActivityPtr)`.
+Dependencies between Activities are created using :cpp:func:`simgrid::s4u::Activity::add_successor`.
 
 .. code-block:: cpp
 
@@ -71,7 +71,7 @@ Lab 1: Basics
 
 The goal of this lab is to describe the following DAG: 
 
-.. image:: /tuto_dag/img/dag1.svg
+.. image:: /img/dag1.svg
    :align: center
 
 In this DAG we want ``c1`` to compute 1e9 flops, ``c2`` to compute 5e9 flops and ``c3`` to compute 2e9 flops. 
@@ -79,110 +79,83 @@ There is also a data transfer of 5e8 bytes between ``c1`` and ``c3``.
 
 First of all, include the Simgrid library and define the log category.
 
-.. code-block:: cpp
-
-   #include "simgrid/s4u.hpp"
-
-   XBT_LOG_NEW_DEFAULT_CATEGORY(main, "Messages specific for this s4u tutorial");
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-tuto/s4u-dag-tuto.cpp
+   :language: cpp
+   :lines: 6-8
 
 Inside the ``main`` function create an instance of :ref:`Engine <API_s4u_Engine>` and load the platform.
 
-.. code-block:: cpp
-
-    simgrid::s4u::Engine e(&argc, argv);
-    e.load_platform(argv[1]);
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-tuto/s4u-dag-tuto.cpp
+   :language: cpp
+   :lines: 12-13
 
 Retrieve pointers to some hosts.
 
-.. code-block:: cpp
-
-    simgrid::s4u::Host* tremblay = e.host_by_name("Tremblay");
-    simgrid::s4u::Host* jupiter  = e.host_by_name("Jupiter");
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-tuto/s4u-dag-tuto.cpp
+   :language: cpp
+   :lines: 15-16
 
 Initiate the activities.
 
-.. code-block:: cpp
-
-    simgrid::s4u::ExecPtr c1 = simgrid::s4u::Exec::init();
-    simgrid::s4u::ExecPtr c2 = simgrid::s4u::Exec::init();
-    simgrid::s4u::ExecPtr c3 = simgrid::s4u::Exec::init();
-    simgrid::s4u::CommPtr t1 = simgrid::s4u::Comm::sendto_init();
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-tuto/s4u-dag-tuto.cpp
+   :language: cpp
+   :lines: 18-21
 
 Give names to thoses activities.
 
-.. code-block:: cpp
-
-    c1->set_name("c1");
-    c2->set_name("c2");
-    c3->set_name("c3");
-    t1->set_name("t1");
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-tuto/s4u-dag-tuto.cpp
+   :language: cpp
+   :lines: 23-26
 
 Set the amount of work for each activity.
 
-.. code-block:: cpp
-
-    c1->set_flops_amount(1e9);
-    c2->set_flops_amount(5e9);
-    c3->set_flops_amount(2e9);
-    t1->set_payload_size(5e8);
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-tuto/s4u-dag-tuto.cpp
+   :language: cpp
+   :lines: 28-31
 
 Define the dependencies between the activities.
 
-.. code-block:: cpp
-
-    c1->add_successor(t1);
-    t1->add_successor(c3);
-    c2->add_successor(c3);
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-tuto/s4u-dag-tuto.cpp
+   :language: cpp
+   :lines: 33-35
 
 Set the location of each Exec activity and source and destination for the Comm activity.
 
-.. code-block:: cpp
-
-    c1->set_host(tremblay);
-    c2->set_host(jupiter);
-    c3->set_host(jupiter);
-    t1->set_source(tremblay);
-    t1->set_destination(jupiter);
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-tuto/s4u-dag-tuto.cpp
+   :language: cpp
+   :lines: 37-41
 
 Start the executions of Activities without dependencies.
 
-.. code-block:: cpp
-
-    c1->start();
-    c2->start();
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-tuto/s4u-dag-tuto.cpp
+   :language: cpp
+   :lines: 43-44
 
 Add a callback to monitor the activities.
 
-.. code-block:: cpp
-
-   Activity::on_completion_cb([](simgrid::s4u::Activity const& activity) {
-      XBT_INFO("Activity '%s' is complete (start time: %f, finish time: %f)", activity.get_cname(), activity.get_start_time(),
-               activity.get_finish_time());
-      });
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-tuto/s4u-dag-tuto.cpp
+   :language: cpp
+   :lines: 46-49
 
 Finally, run the simulation.
 
-.. code-block:: cpp
-
-   e.run();
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-tuto/s4u-dag-tuto.cpp
+   :language: cpp
+   :lines: 51
 
 The execution of this code should give you the following output:
 
-.. code-block:: bash
-
-   [10.194200] [main/INFO] Activity 'c1' is complete (start time: 0.000000, finish time: 10.194200)
-   [65.534235] [main/INFO] Activity 'c2' is complete (start time: 0.000000, finish time: 65.534235)
-   [85.283378] [main/INFO] Activity 't1' is complete (start time: 10.194200, finish time: 85.283378)
-   [111.497072] [main/INFO] Activity 'c3' is complete (start time: 85.283378, finish time: 111.497072)
-
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-tuto/s4u-dag-tuto.tesh
+   :language: none
+   :lines: 4-
 Lab 2: Import a DAG from a file
----------------
+-------------------------------
 
 In this lab we present how to import a DAG into you Simgrid simulation, either using a DOT file, a JSON file, or a DAX file. 
 
 The files presented in this lab describe the following DAG:
 
-.. image:: /tuto_dag/img/dag2.svg
+.. image:: /img/dag2.svg
    :align: center
 
 From a DOT file
@@ -192,74 +165,19 @@ A DOT file describes a workflow in accordance with the graphviz format.
 
 The following DOT file describes the workflow presented at the beginning of this lab:
 
-.. code-block:: xml
-
-   digraph G {
-      c1 [size="1e9"];
-      c2 [size="5e9"];
-      c3 [size="2e9"];
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-from-dot-simple/dag.dot
+   :language: dot
 
-      root->c1 [size="2e8"];
-      root->c2 [size="1e8"];
-      c1->c3   [size="5e8"];
-      c2->c3   [size="-1"];
-      c3->end  [size="2e8"];
-   }
+It can be imported as a vector of Activities into Simgrid using :cpp:func:`simgrid::s4u::create_DAG_from_DOT`. Then, you have to assign hosts to your Activities.
 
-It can be imported as a vector of Activities into Simgrid using :cpp:func:`create_DAG_from_DOT(const std::string& filename)`. Then, you have to assign hosts to your Activities.
-
-.. code-block:: cpp
-
-   #include "simgrid/s4u.hpp"
-
-   XBT_LOG_NEW_DEFAULT_CATEGORY(main, "Messages specific for this s4u example");
-
-   int main(int argc, char* argv[]) {
-      simgrid::s4u::Engine e(&argc, argv);
-      e.load_platform(argv[1]);
-
-      std::vector<simgrid::s4u::ActivityPtr> dag = simgrid::s4u::create_DAG_from_dot(argv[2]);
-
-      simgrid::s4u::Host* tremblay = e.host_by_name("Tremblay");
-      simgrid::s4u::Host* jupiter  = e.host_by_name("Jupiter");
-      simgrid::s4u::Host* fafard  = e.host_by_name("Fafard");
-
-      dynamic_cast<simgrid::s4u::Exec*>(dag[0].get())->set_host(fafard);
-      dynamic_cast<simgrid::s4u::Exec*>(dag[1].get())->set_host(tremblay);
-      dynamic_cast<simgrid::s4u::Exec*>(dag[2].get())->set_host(jupiter);
-      dynamic_cast<simgrid::s4u::Exec*>(dag[3].get())->set_host(jupiter);
-      dynamic_cast<simgrid::s4u::Exec*>(dag[8].get())->set_host(jupiter);
-    
-      for (const auto& a : dag) {
-         if (auto* comm = dynamic_cast<simgrid::s4u::Comm*>(a.get())) {
-               auto pred = dynamic_cast<simgrid::s4u::Exec*>((*comm->get_dependencies().begin()).get());
-               auto succ = dynamic_cast<simgrid::s4u::Exec*>(comm->get_successors().front().get());
-               comm->set_source(pred->get_host())->set_destination(succ->get_host());
-         }
-      }
-
-      simgrid::s4u::Activity::on_completion_cb([](simgrid::s4u::Activity const& activity) {
-      XBT_INFO("Activity '%s' is complete (start time: %f, finish time: %f)", activity.get_cname(), activity.get_start_time(),
-             activity.get_finish_time());
-      });
-
-      e.run();
-      return 0;
-   }
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-from-dot-simple/s4u-dag-from-dot-simple.cpp
+   :language: cpp
 
 The execution of this code should give you the following output:
 
-.. code-block:: bash
-
-   [0.000000] [main/INFO] Activity 'root' is complete (start time: 0.000000, finish time: 0.000000)
-   [33.394394] [main/INFO] Activity 'root->c2' is complete (start time: 0.000000, finish time: 33.394394)
-   [39.832311] [main/INFO] Activity 'root->c1' is complete (start time: 0.000000, finish time: 39.832311)
-   [50.026511] [main/INFO] Activity 'c1' is complete (start time: 39.832311, finish time: 50.026511)
-   [98.928629] [main/INFO] Activity 'c2' is complete (start time: 33.394394, finish time: 98.928629)
-   [125.115689] [main/INFO] Activity 'c1->c3' is complete (start time: 50.026511, finish time: 125.115689)
-   [151.329383] [main/INFO] Activity 'c3' is complete (start time: 125.115689, finish time: 151.329383)
-   [151.743605] [main/INFO] Activity 'c3->end' is complete (start time: 151.329383, finish time: 151.743605)
-   [151.743605] [main/INFO] Activity 'end' is complete (start time: 151.743605, finish time: 151.743605)
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-from-dot-simple/s4u-dag-from-dot-simple.tesh
+   :language: none
+   :lines: 4-
 
 From a JSON file
 ................
@@ -268,82 +186,19 @@ A JSON file describes a workflow in accordance with the `wfformat <https://githu
 
 The following JSON file describes the workflow presented at the beginning of this lab:
 
-.. code-block:: JSON
-
-   {
-      "name": "simple_json",
-      "schemaVersion": "1.0",
-      "workflow": {
-         "makespan": 0,
-         "executedAt": "2023-03-09T00:00:00-00:00",
-         "tasks": [
-         {
-            "name": "c1",
-            "type": "compute",
-            "parents": [],
-            "runtime": 1e9,
-            "machine": "Tremblay"
-         },
-         {
-            "name": "t1",
-            "type": "transfer",
-            "parents": ["c1"],
-            "bytesWritten": 5e8,
-            "machine": "Jupiter"
-         },
-         {
-            "name": "c2",
-            "type": "compute",
-            "parents": [],
-            "runtime": 5e9,
-            "machine": "Jupiter"
-         },
-         {
-            "name": "c3",
-            "type": "compute",
-            "parents": ["t1","c2"],
-         "runtime": 2e9,
-         "machine": "Jupiter"
-         }
-         ],
-         "machines": [
-            {"nodeName": "Tremblay"},
-            {"nodeName": "Jupiter"}
-         ]
-      }
-   }
-
-It can be imported as a vector of Activities into Simgrid using :cpp:func:`create_DAG_from_json(const std::string& filename)`. 
-
-.. code-block:: cpp
-
-   #include "simgrid/s4u.hpp"
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-from-json-simple/dag.json
+   :language: json
 
-   XBT_LOG_NEW_DEFAULT_CATEGORY(main, "Messages specific for this s4u example");
+It can be imported as a vector of Activities into Simgrid using :cpp:func:`simgrid::s4u::create_DAG_from_json`. 
 
-   int main(int argc, char* argv[]) {
-      simgrid::s4u::Engine e(&argc, argv);
-      e.load_platform(argv[1]);
-
-      std::vector<simgrid::s4u::ActivityPtr> dag = simgrid::s4u::create_DAG_from_json(argv[2]);
-
-      simgrid::s4u::Activity::on_completion_cb([](simgrid::s4u::Activity const& activity) {
-      XBT_INFO("Activity '%s' is complete (start time: %f, finish time: %f)", activity.get_cname(), activity.get_start_time(),
-             activity.get_finish_time());
-      });
-
-      e.run();
-      return 0;
-   }
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-from-json-simple/s4u-dag-from-json-simple.cpp
+   :language: cpp
 
 The execution of this code should give you the following output:
 
-.. code-block:: bash
-
-   [10.194200] [main/INFO] Activity 'c1' is complete (start time: 0.000000, finish time: 10.194200)
-   [65.534235] [main/INFO] Activity 'c2' is complete (start time: 0.000000, finish time: 65.534235)
-   [85.283378] [main/INFO] Activity 't1' is complete (start time: 10.194200, finish time: 85.283378)
-   [111.497072] [main/INFO] Activity 'c3' is complete (start time: 85.283378, finish time: 111.497072)
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-from-json-simple/s4u-dag-from-json-simple.tesh
+   :language: none
+   :lines: 4-
 
 From a DAX file [deprecated]
 ............................
@@ -352,67 +207,10 @@ A DAX file describes a workflow in accordance with the `Pegasus <http://pegasus.
 
 The following DAX file describes the workflow presented at the beginning of this lab:
 
-.. code-block:: xml
-
-   <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-   <adag xmlns="http://pegasus.isi.edu/schema/DAX" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
-      xsi:schemaLocation="http://pegasus.isi.edu/schema/DAX http://pegasus.isi.edu/schema/dax-2.1.xsd"
-      version="2.1">
-      <job id="1" name="c1" runtime="10">
-         <uses file="i1" link="input" register="true" transfer="true" optional="false" type="data" size="2e8"/>
-         <uses file="o1" link="output" register="true" transfer="true" optional="false" type="data" size="5e8"/>
-      </job>
-      <job id="2" name="c2" runtime="50">
-         <uses file="i2" link="input" register="true" transfer="true" optional="false" type="data" size="1e8"/>
-      </job>
-      <job id="3" name="c3" runtime="20">
-         <uses file="o1" link="input" register="true" transfer="true" optional="false" type="data" size="5e8"/>
-         <uses file="o3" link="output" register="true" transfer="true" optional="false" type="data" size="2e8"/>
-      </job>
-      <child ref="3">
-         <parent ref="1"/>
-         <parent ref="2"/>
-      </child>
-   </adag>
-
-It can be imported as a vector of Activities into Simgrid using :cpp:func:`create_DAG_from_DAX(std::string)`.
-
-.. code-block:: cpp
-
-   #include "simgrid/s4u.hpp"
-
-   XBT_LOG_NEW_DEFAULT_CATEGORY(main, "Messages specific for this s4u example");
-
-   int main(int argc, char* argv[]) {
-      simgrid::s4u::Engine e(&argc, argv);
-      e.load_platform(argv[1]);
-
-      std::vector<simgrid::s4u::ActivityPtr> dag = simgrid::s4u::create_DAG_from_DAX(argv[2]);
-
-      simgrid::s4u::Host* tremblay = e.host_by_name("Tremblay");
-      simgrid::s4u::Host* jupiter  = e.host_by_name("Jupiter");
-      simgrid::s4u::Host* fafard  = e.host_by_name("Fafard");
-
-      dynamic_cast<simgrid::s4u::Exec*>(dag[0].get())->set_host(fafard);
-      dynamic_cast<simgrid::s4u::Exec*>(dag[1].get())->set_host(tremblay);
-      dynamic_cast<simgrid::s4u::Exec*>(dag[2].get())->set_host(jupiter);
-      dynamic_cast<simgrid::s4u::Exec*>(dag[3].get())->set_host(jupiter);
-      dynamic_cast<simgrid::s4u::Exec*>(dag[8].get())->set_host(jupiter);
-    
-      for (const auto& a : dag) {
-         if (auto* comm = dynamic_cast<simgrid::s4u::Comm*>(a.get())) {
-            auto pred = dynamic_cast<simgrid::s4u::Exec*>((*comm->get_dependencies().begin()).get());
-            auto succ = dynamic_cast<simgrid::s4u::Exec*>(comm->get_successors().front().get());
-            comm->set_source(pred->get_host())->set_destination(succ->get_host());
-         }
-      }
-
-      simgrid::s4u::Activity::on_completion_cb([](simgrid::s4u::Activity const& activity) {
-      XBT_INFO("Activity '%s' is complete (start time: %f, finish time: %f)", activity.get_cname(), activity.get_start_time(),
-         activity.get_finish_time());
-      });
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-from-dax-simple/dag.xml
+   :language: xml
 
-      e.run();
-      return 0;
-   }
+It can be imported as a vector of Activities into Simgrid using :cpp:func:`simgrid::s4u::create_DAG_from_DAX`.
 
+.. literalinclude:: ../../examples/cpp/dag-from-dax-simple/s4u-dag-from-dax-simple.cpp
+   :language: cpp