art.tex

   1
   2 \paragraph{prokaryote}
   3 In~\cite{SMMR+13}, the authors compare some smooth tubercle baciles isolates
   4 with M. tuberculosis regarding
   5 branching, core genome,
   6 genome sizes, and
   7 number of scars.
   8 To achieve this, the authors
   9 \begin{enumerate}
  10 \item compare the hamming distance and the bootstrap probability between 12 gene segments;
  11 \item compute pairwise comparisons of some selected SNPs data;
  12 \item use NeighborNet analysis, based on pairwise alignments of some selected
  13   SNPs data.
  14 \end{enumerate}
  15
  16 In~\cite{10.1371/journal.pone.0052841} the authors analyze 435 Mycobacterium Tuberculosis complex isolates of the same clade. By focusing on the H37Rv genome,
  17 they produce 13382 SNPs. Later, they  compare  44 genomes to this one
  18 regarding these SNP. The way they extract this phylogenetic tree is
  19 not detailed. They focus then on Percy256 and Percy556 since both these
  20 genomes have a very long branch split from the  M. Canetti. They deduce then
  21 a new lineage.
  22
  23
  24
  25 In~\cite{17623808}, the aim of the authors is to reconstruct
  26 the genome of the last common ancestor between Mycobacterium leprae
  27 (Ml) and Mycobacterium tuberculosis and (Mt).
  28 \JFC{On devrait appliquer notre approche et comparer les résultats.}
  29 The set of genes of genomes of these two complex
  30 is enlarged with pseudo-genes which have been exhibit thanks
  31 to a similarity analysis. They focus on the subset of ortholog genes
  32 (how they extract them?).
  33 Thanks to the parsimony criterion
  34 (a (pseudo)gene is ancestral iff it is present in at least two of  mycobacterial lineages), the authors compute the set of genes, which are included in the ancestral genome.
  35 They apply again the parsimony criterion to establish the order of these genes in the ancestor’s chromosome.
  36
  37
  38 \paragraph{eukaryote}
  39 In~\cite{CGOT10}, the authors show how to reconstruct an ancestral genome of seven eukaryotes species (Saccharomyces cerevisiae, Candida glabrata, Zygosaccharomyces rouxii, Kluyveromyces lactis, Ashbya gossypii, Kluyveromyces thermotolerans, Saccharomyces kluyveri).
  40 Their method is as follows:
  41 \begin{enumerate}
  42 \item the starting point is a set of markers covering a large
  43   part of the extant genomes and which are believed to
  44   be present in a unique exemplar in the ancestral genome.
  45 \item first method: rearrangement methods and particularly median method. Authors even provide information about medians in case of duplicated genomes or not.
  46 \item second method: physical mapping techniques by trying to guess
  47   which genes should be close to each other,
  48   and propose a mapping that maximize an objective function.
  49 \end{enumerate}