\begin{document}
\renewcommand{\refname}{ }
-\title{Mémoire de synthèse des activités de recherche et d'encadrement.}
+\title{Mémoire de synthèse des activités de recherche et d'encadrement}
\author{Jean-Fran\c{c}ois {\sc Couchot}}
\subsection{Contacts}
\begin{itemize}
-\item \textbf{web~:} \url{http://members.femto-st.fr/jf-couchot/}
-\item \textbf{courrier~:}
+\item \textbf{web:} \url{http://members.femto-st.fr/jf-couchot/}
+\item \textbf{courrier:}
%\begin{minipage}[t]{10cm}
FEMTO-ST, dpt DISC, IUT BM, 19 rue du maréchal Juin, 90000 Belfort
%\end{minipage}
-\item \textbf{mail~:} \url{couchot@femto-st.fr}
-\item\textbf {tel~:} (+33) (0)3 84 58 77 38
-\item\textbf {gsm~:} (+33) (0)6 76 06 68 94
+\item \textbf{mail:} \url{couchot@femto-st.fr}
+\item\textbf {tel:} (+33) (0)3 84 58 77 38
+\item\textbf {gsm:} (+33) (0)6 76 06 68 94
\end{itemize}
\subsection{Diplômes universitaires}
\begin{itemize}
-\item{\bf{91~:}} Baccalauréat série C mention AB, Besançon.
-\item{\bf{95~:}} Maîtrise de mathématiques pures, Université de
+\item{\bf{91:}} Baccalauréat série C mention AB, Besançon.
+\item{\bf{95:}} Maîtrise de mathématiques pures, Université de
Franche-Comté (UFC).
-\item{\bf{96~:}}
+\item{\bf{96:}}
CAPES de mathématiques, IUFM d'Auvergne.
-\item{\bf{02~:}}
+\item{\bf{02:}}
Maîtrise d'informatique, mention B (UFC).
-\item{\bf{02~:}}
+\item{\bf{02:}}
DEA Informatique, option {\em Génie Logiciel} (UFC). Stage intitulé {\em Atteignabilité d'états et spécifications
-logico-ensemblistes}. Major de Promotion, mention TB.
-\item{\bf{avril 06~:}}
+logico-ensemblistes}. Major de promotion, mention TB.
+\item{\bf{avril 06:}}
Doctorat en informatique au Laboratoire d'Informatique
de l'Université de Franche Comté (devenu département DISC de FEMTO-ST),
sur la {\em vérification d'invariants par superposition},
\subsection{Fonctions et expériences professionnelles}
\begin{itemize}
-\item{\bf{95-00~:}} Enseignant en mathématiques dans le secondaire,
+\item{\bf{95-00:}} Enseignant en mathématiques dans le secondaire,
successivement à Aurillac(15), Beaune(21), Belfort(90) et
Montbéliard(25).
-\item{\bf{sept. 00-06~:}} PrCe $71^{ème}$ section, Unité de Formation
+\item{\bf{sept. 00-06:}} PrCe $71^{ème}$ section, Unité de Formation
et de Recherche (UFR) Sciences du
Langage de l'Homme et de la Société (SLHS) à l'UFC.
-\item{\bf{sept. 06-07~:}} Post-doctorant INRIA (projet ProVal) sur le
+\item{\bf{sept. 06-07:}} Post-doctorant INRIA (projet ProVal) sur le
thème de l'intégration de preuves interactives dans des preuves
automatiques (et vice-versa). %pour la vérification de programmes C embarqués.
-\item{\bf{sept. 07-08~:}} PrCe $71^{ème}$ section, UFR SLHS à l'UFC.
-\item{\bf{sept. 08-\ldots~:}} Maître de Conférences $27^{ème}$ section, IUT de Belfort-Montbéliard (IUT BM), au département d'informatique (UFC).
-\item{\bf{sept. 11-14\ldots~:}} \'Elu au Conseil d'Institut de l'IUT BM.
+\item{\bf{sept. 07-08:}} PrCe $71^{ème}$ section, UFR SLHS à l'UFC.
+\item{\bf{sept. 08-\ldots:}} Maître de Conférences $27^{ème}$ section, IUT de Belfort-Montbéliard (IUT BM), au département d'informatique (UFC).
+\item{\bf{nov. 10- nov. 14:}} \'Elu au Conseil d'Institut de l'IUT BM.
\end{itemize}
\newpage
-\section{Nom et type de l'équipe de recherche.}
+\section{Nom et type de l'équipe de recherche}
Je suis membre de l'équipe Algorithmique Numérique Distribuée (AND) du
Département d'Informatique des Systèmes Complexes (DISC)
Durant mon travail de thèse intitulée
{\em vérification d'invariants par superposition},
-j'ai proposé différentes traductions en logique équationnelle\cite{cdgr03:ij,cddg+04:ip,cg04:np}
+j'ai proposé différentes traductions en logique équationnelle~\cite{cdgr03:ij,cddg+04:ip,cg04:np,couchot04:onp}
des obligations de preuve,
dans l'objectif de faire converger
le plus rapidement possible un prouveur par superposition qui les décharge.
\begin{thebibliography}{9}
-\bibitem[CGK05]{CGK05}
+\bibitem{CGK05}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Alain Giorgetti, and Nikolai Kosmatov.
\newblock A uniform deductive approach for parameterized protocol safety.
\newblock In David~F. Redmiles, Thomas Ellman, and Andrea Zisman, editors, {\em
ASE}, pages 364--367. ACM, 2005.
-\bibitem[CDD{\etalchar{+}}04]{cddg+04:ip}
+\bibitem{cddg+04:ip}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Fr\'ed\'eric Dadeau, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti,
and S.~Ranise.
\newblock Proving and debugging set-based specifications.
volume~95 of {\em ENTCS, Electronic Notes in Theoretical Computer Science},
pages 189--208, Campina Grande, Brazil, May 2004.
-\bibitem[CDGR03]{cdgr03:ij}
+\bibitem{cdgr03:ij}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
\newblock Scalable automated proving and debugging of set-based specifications.
\newblock {\em Journal of the Brazilian Computer Society (JBCS)}, 9(2):17--36,
November 2003.
\newblock ISSN 0104-6500.
-\bibitem[CG04]{cg04:np}
+\bibitem{cg04:np}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot and Alain Giorgetti.
\newblock Analyse d'atteignabilit\'e d\'eductive.
\newblock In Jacques Julliand, editor, {\em Congr\`es Approches Formelles dans
l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels, AFADL'04}, pages 269--283,
Besan\c{c}on, France, June 2004.
-\bibitem[CDGR04]{cdgr04:onp}
+\bibitem{cdgr04:onp}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
-\newblock {B}arvey~: {V}\'erification automatique de consistance de machines
+\newblock {B}arvey: {V}\'erification automatique de consistance de machines
abstraites {B}.
\newblock In Jacques Julliand, editor, {\em AFADL'04, Approches Formelles dans
- l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels,}, pages 369--372, Besan\c{c}on,
+ l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels,} pages 369--372, Besan\c{c}on,
France, June 2004.
\newblock Session outils.
+
+\bibitem{couchot04:onp}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot.
+\newblock V\'erification d'invariant par superposition.
+\newblock In {\em {MAJECSTIC}'04, {MA}nifestation de {JE}unes {C}hercheurs
+ {STIC}}, Calais, France, October 2004.
+\newblock Actes en ligne sur { t
+ http://lil.univ-littoral.fr/\~{}lewandowski/majecstic/programme.html}.
+
+
\end{thebibliography}
(de la Sec.~\ref{sub:sdd} à la Sec.~\ref{sub:hash}) sur les systèmes
dynamiques discrets et leurs applications, thématique
pour laquelle j'ai été recruté dans l'équipe AND du département
-DISC. Enfin la section~\ref{sub:gen} présente comment j'ai réinvesti le
-domaine de la bio-informatique à l'aide de compétences connexes.
-Ces travaux ont été valorisées par des publications dont les références sont données.
+DISC. Enfin la section~\ref{sub:gen} présente comment je me suis investi dans
+le domaine de la bio-informatique à l'aide de compétences connexes.
+Ces travaux ont été valorisés par des publications dont les références sont données à la section~\ref{sec:publi} et synthéthisées à la figure~\ref{fig:bilan}
+en fin de document.
\subsection{Vérification de programmes par
preuve automatique}\label{sub:verif}
en synchrone ou en asynchrone.
%Ils ont été étudiés à de maintes reprises ~\cite{Rob95,Bah00,bcv02}.
Pour chacun de ces modes, il existe des critères (suffisants) de convergence
-globale ou locale, souvent basés sur le fait que $f$ est
+globale ou locale, souvent basés sur le fait que $f$
est un opérateur contractant dans un espace.
Les modes asynchrones ont une dynamique avec plus de liberté
ces modes peuvent présenter une convergence plus rapide que le cas synchrone.
J'ai formalisé le mode des
-\emph{itérations mixes} (introduit par Pr. J. M. Bahi en 2005 notamment)
+\emph{itérations mixtes} (introduit par Pr. J. M. Bahi en 2005 notamment)
qui combine synchronisme et asynchronisme.
Intuitivement, les n{\oe}uds qui pourraient engendrer des cycles dans
les itérations asynchrones sont regroupés dans une même classe.
-Les noeuds à l'intérieur celle-ci seront itérés de manière
+Les noeuds à l'intérieur de celle-ci seront itérés de manière
synchrone et les itérations asynchrones sont conservées entre les groupes.
Pour gommer les différences entre les n{\oe}uds d'une même classe
lorsqu'ils sont vus depuis des n{\oe}uds extérieurs, j'ai défini le
-mode des \emph{itérations mixes avec délais uniformes}.
+mode des \emph{itérations mixtes avec délais uniformes}.
J'ai pu ainsi énoncer puis démontrer un théorème
établissant que pour des conditions classiques de convergence des itérations
-synchrones d'une fonction $f$, les itérations mixes à délai uniforme
+synchrones d'une fonction $f$, les itérations mixtes à délai uniforme
convergent aussi vers le même point fixe.
Ceci a été synthétisé dans~\cite{BCVC10:ir}.
-L'étude de convergence de SDDs est simple à vérifier
-pratiquement pour le mode synchrone.
-C'est beaucoup plus complexe lorsqu'on traite des itérations asynchrones
-et mixes prenant de plus en compte les délais.
+L'étude de convergence de SDDs de modèles de petite taille
+est simple à vérifier pratiquement pour le mode synchrone parallèle:
+l'espace d'intérêt est fini.
+C'est beaucoup plus complexe lorsqu'on traite des itérations
+unaires, voire généralisées
+asynchrones et mixtes prenant de plus en compte les délais.
Des méthodes de simulation basées sur des stratégies et des délais générés aléatoirement avaient déjà été présentées.
Cependant, comme ces implantations ne sont pas exhaustives, elles ne sont intéressantes que lorsqu'elles fournissent un contre-exemple.
Lorsqu'elles exhibent une convergence,
-cela ne permet que donner une intuition de convergence, pas une preuve.
+cela ne permet que de donner une intuition de convergence, pas une preuve.
Autant que je sache, aucune démarche de preuve formelle automatique
de convergence n'avait jamais été établie.
Je me suis intéressé ensuite à l'étude du problème dual
de l'étude de divergence d'un SDD.
Le Pr. C. Guyeux de l'équipe AND a proposé dans sa thèse en 2010
-une caractérisation des fonctions $f$ de $\{0,1\}^n$ dans lui même
+une caractérisation des fonctions $f$ de $\{0,1\}^n$ dans lui-même
dont les itérations sont chaotiques selon Devanney pour un mode donné:
il est nécessaire et suffisant que son graphe des itérations soit
fortement connexe.
apprentissage par un réseau de neurones.
J'ai notamment pu contribuer à montrer pratiquement qu'il
est très difficile (voir impossible) de les prédire
-à l'aide de tels outils d'intelligence artificielle~\cite{bcgs12:ij}.
+à l'aide d'outils d'intelligence artificielle~\cite{bcgs12:ij}.
Nous nous sommes attaqués parallèlement
De plus les codes de Gray (dont deux mots adjacents ne diffèrent que d'un
bit) se sont présentés comme une des manières de mémoriser les sorties du
réseau de neurones comme un seul nombre binaire.
-Quand on sait que trouver un chemin hamiltonien (comme étudié dans la partie précédente) dans un
+Or trouver un chemin hamiltonien
+(comme étudié dans la partie précédente) dans un
$n$-cube revient à trouver un code
de Gray dans un mot de $n$-bits. Les compétences acquises lors du travail
sur les chemins hamiltoniens ont ainsi pu être réutilisées et approfondies.
-Les résultats pratiques quant à l'utilisation de ces codes ce sont cependant
+Les résultats pratiques quant à l'utilisation de ces codes se sont cependant
révélés comme moins pertinents que l'utilisation de $n$ sorties.
Ceci a été valorisé dans les publications~\cite{cds12:ip,cds13:ij}.
pseudo-aléatoires (PRNG)
basé sur une seule fonction dont nous avions prouvé la chaoticité
des itérations, à savoir la négation booléenne vectorielle. Cependant pour
-réussir les tests statistiques dédiées aux PRNGs, il était nécessaire d'itérer
+réussir les tests statistiques dédiés aux PRNGs, il était nécessaire d'itérer
un grand nombre (arbitraire) de fois cette fonction entre deux
sorties.
De plus, je me suis attaché à montrer l'importance
de l'équilibrage du chemin hamiltonien à enlever.
-Les générateurs produits ont d'abord été évalués avec succès
-ont confirmé la qualité de
-ceux-ci~\cite{bcgw11:ip,chgw+14:onp,chgw+14:oip} en se confrontant à
+
+Les qualités statistiques des générateurs produits
+ont été évalués avec succès~\cite{bcgw11:ip,chgw+14:onp,chgw+14:oip}
+ en se confrontant à
des batteries de tests telles que Die-Hard, NIST, TestU01.
Plus récemment, nous avons entrepris de trouver des bornes du temps d'arrêt
construit en enlevant un chemin hamiltonien équilibré dans un $n$-cube. Le travail
en collaboration avec Pr. P.-C. Heam du DISC
est en cours de soumission
-dans un international.
+dans un journal international.
Enfin j'ai été sollicité pour encadrer une thèse sur l'implantation
de générateurs de nombre pseudo-aléatoires à bases d'itérations
élevée~\cite{bcfg12b:ip,bcfg+13:ip} soit pour masquer l'information dans le média
et être le moins détectable possible~\cite{bcfg12a:ip}.
-D'autre méthodes de watermarking ont été investies
+D'autre méthodes de watermarking ont été investies,
particulièrement celles basées sur la Quantization Index Modulation (QIM), méthodes
étant supposées comme les plus robustes. Mes principales contributions
-sur ce travail --en collaboration avec Dr R. Darzy de l'Université Antonine au Liban
+sur ce travail --en collaboration avec Dr R. Darazy de l'Université Antonine au Liban
et en co-encadrant le stage de M2 de Ahmad Bittar--,
ont été
d'intégrer ceci à du marquage de document PDF puis de
présenter ce problème comme un problème d'optimisation.
Grâce à une telle présentation nous avons pu trouver les paramètre optimaux
des méthodes QIM assurant à la fois robustesse et indétectabilité.
-Le travail est en cours de soumission dans un international.
+Le travail est en cours de soumission dans un journal international.
Lorsque l'objectif visé est l'indétectabilité, on parle de \emph{stéganographie}.
Ce domaine a été adressé en critiquant notamment les scénarios usuels d'évaluation
\subsection{Les fonctions de hachage}\label{sub:hash}
Une fonction qui calcule une empreinte servant à identifier rapidement toute
-donnée fournie en entrée est une fonction de hachage. On utilse ce genre
+donnée fournie en entrée est une fonction de hachage. On utilise ce genre
de fonctions dès qu'on veut comparer des éléments de grande taille car il
suffit de comparer leurs empreintes (généralement de taille plus réduite).
Une telle fonction doit induire de grandes variations dans l'empreinte
-lorsque l'entrée varie même très peu. C'est l'effet avalanche. Cet
+lorsque l'entrée varie même très peu. C'est l'effet avalanche. Cette
condition fait penser à la forte sensibilité aux conditions initiales
d'une fonction chaotique.
-Fort de nos compétences sur les fonctions dont les itérations sont
+Forts de nos compétences sur les fonctions dont les itérations sont
chaotiques, nous avons proposé de nouvelles fonctions de hachage.
Celles-ci combinent des outils classiques utilisés dans les
fonctions de hachage
usuelles et des itérations de systèmes dynamiques discrets étudiés
-au préallable.
+au préalable.
Nous avons prouvé que ces fonctions sont résistantes à la
-seconde préimage. Leur complexité, polynomiale en la taille
+seconde pré-image. Leur complexité, polynomiale en la taille
du message et la taille de l'empreinte, a été évaluée et correspond
-à ce qu'on attend d'une telle fonction.
+à ce que l'on attend d'une telle fonction.
Nous avons de plus vérifié statistiquement le critère d'avalanche.
Ces résultats ont été valorisés dans les publications~\cite{bcg11:ip,bcg12:ij}.
\subsection{Application à la génomique}\label{sub:gen}
Ayant acquis des compétences sur certaines structures de mathématiques
-discrètes (particulièrement théorie des graphe,
-relation d'équivalence,\ldots), j'ai pu contribuer en bio-informatique
+discrètes (particulièrement théorie des graphes,
+relations d'équivalence,\ldots), j'ai pu contribuer en bio-informatique
en les réappliquant notamment.
-Une de mes première piste de travail a été de proposer une méthode automatique
+Une de mes premières pistes de travail a été de proposer une méthode automatique
de construction d'un ensemble de gènes communs (nommés core-génome)
à une famille de génomes.
La méthode s'appuie sur la construction du graphe de similarité
entre les gènes quotienté selon une relation d'équivalence pour en
-réduire sa taille. Chaque gènes est assimilé à son représentant de
+réduire sa taille. Chaque gène est assimilé à son représentant de
classe dans chaque génome. Le core-génome se déduit comme l'intersection
-de tous les génome. Ceci a donné lieu aux
+de tous les génomes. Ceci a donné lieu aux
publications~\cite{acgs13:onp,akgcs+14:oip,acgm+14:ij}.
L'approche précédente souffrait de n'engendrer que des core-génomes de (trop)
petits cardinaux. J'ai contribué notamment
à l'amélioration de la méthode en proposant une étape d'optimisation issue
d'une adaptation discrète la méthode d'essaims particulaires~\cite{aagp+15:ip}.
+D'autres travaux (dont la première étape est cette construction de
+core-génome) ont été ensuite réalisés, principalement dans le but de
+construire des arbre phylogénétiques de qualité~\cite{agcs+15:ip,aangc+15:ip}.
+
-Tout ces travaux ont été réalisés en collaboration avec M. Salomon et en co-encadrant
+Tous ces travaux ont été réalisés en collaboration avec M. Salomon et en co-encadrant
le doctorat de B. Alkindy.
+
\newpage
\section{Perspectives de recherche}
(d'écoulement d'air ou de fonctions chaotiques) ne s'est pas révélée comme
concluante. Dans chacun des cas, la distance de Hamming entre deux
configurations voisines peut être très petite tandis que le chemin (dans le
-cycle hamitlonien) qui les relie peut être long et ce même
+cycle hamiltonien) qui les relie peut être long et ce même
pour des codes équilibrés.
Je propose de travailler sur ce problème discret en mesurant la qualité
du code de Gray à l'aide d'une fonction basée sur la longueur des chemins
Je pense ainsi réduire ce problème à un problème d'optimisation et dégager
une démarche de génération, comme je l'ai fait en bio-informatique.
-Jusqu'à présent, la production de codes de Gray équilibrés adaptés à ces
-contextes d'utilisation
-dans l'étape de construction de fonctions chaotiques pour la génération
-de nombres pseudo aléatoire bute sur des problèmes d'explosion combinatoire:
+Jusqu'à présent, la production de codes de Gray équilibrés pour la génération
+de nombres pseudo-aléatoires bute sur des problèmes d'explosion combinatoire:
les seuls algorithmes connus répondant à ce problème nécessitent a priori
plus de $10^{36}$ évaluations pour $n=8$.
Il n'est ainsi pas raisonnable de mettre en
pratique ce genre d'approche lorsque chacune de ces évaluations prend 1s.
On peut peut-être
-se contenter de code ``presque'' équilibrés , à défaut de pouvoir
+se contenter de codes ``presque'' équilibrés , à défaut de pouvoir
trouver ceux qui seront équilibrés.
Je propose d'investiguer
dans cette thématique en exploitant des approches itératives permettant
-d'obtenir des optimums locaux et trouver ainsi des codes presque équilibrés.x
+d'obtenir des optimums locaux et trouver ainsi des codes presque équilibrés.
La démarche actuelle de génération de nombres pseudo-aléatoires
consiste à marcher dans une partie d'un $n$-cube en choisissant son chemin
à l'aide d'un générateur fourni en entrée. Or ces générateurs sont tous des
-fonctions de $\{0,1\}^n$ dans lui même. Cette approche
+fonctions de $\{0,1\}^n$ dans lui-même. Cette approche
semble pouvoir se réécrire
comme un produit synchrone de deux automates.
L'intérêt d'une telle réécriture est qu'on pourrait exploiter
tous les résultats théoriques et pratiques déjà connus dans la communauté
des automates.
Je pense investiguer cette voie pour améliorer notre approche,
-s'affranchir, à terme, de tout autre générateur, améliorer la
+s'affranchir, à terme, de tout autre générateur et améliorer la
connaissance à ce sujet.
Les propriété établies notamment sur les temps d'arrêt devraient être conservées.
Il restera à le prouver.
sur des dispositifs physiques comme les FPGAs a été réalisée. Celle-ci
s'est faite automatiquement à l'aide de l'outil Matlab. Si le code engendré
sur le circuit est bien une implantation fidèle à la spécification,
-il n'en est pas pour autant efficace: le nombre de bits généré par surface
-est plutôt faible. Nous allons exploiter les meilleurs démarches mises en
-exergue lors de la rédaction d'un état de l'art exhaustif sur les PRNG
+il n'en est pas pour autant efficace: le nombre de bits générés par surface
+est plutôt faible. Nous allons exploiter les meilleures démarches mises en
+exergue lors de la rédaction d'un état de l'art exhaustif sur les PRNGs
implantés sur FPGA pour produire du code optimisé.
Je prévois de réaliser ceci dans la thèse de M. Bakiri, en cours.
Enfin, marcher dans une partie d'un $n$-cube est le modèle théorique que
nous avons établi pour notre classe de générateurs. On pourrait cependant
-penser à ``sauter'' dans ce $n$-cube, c'est à dire modifier plusieurs bits
+penser à ``sauter'' dans ce $n$-cube, c'est-à-dire modifier plusieurs bits
en une seule itération. J'ai commencé à étudier ce modèle avec les résultats
pratiques suivants: le nombre d'itérations suffisant pour un mélange
correct est plus petit que celui obtenu en marchant. De plus,
-
-
\newpage
\section{Insertion dans l'équipe de recherche}
-La thématique prinsipale de ma thèse et du post doctorat qui a suivi
+La thématique principale de ma thèse et du post-doctorat qui a suivi
était la vérification de programmes par preuve automatique, soit de
la logique informatique.
Suite à mon recrutement dans l'équipe AND, mes recherches se sont réorientées
-autours des SDDs et donc de l'analyse numérique plus généralement.
+autour des SDDs et donc de l'analyse numérique plus généralement.
En plus des publications obtenues avec les membres de l'équipe AND,
-ce qui suit récapitules quelques éléments permettant
+ce qui suit récapitule quelques éléments permettant
d'apprécier mon insertion dans l'équipe AND
J'ai monté une collaboration active avec l'Université Antonine au Liban.
J'y ai été invité en mai 2013. J'ai par la suite co-encadré trois stages de
-master 2 recherche avec des membres de cette université.
-J'ai un article en cours de soummission résumant un travail en collaboration
+Master 2 recherche avec des membres de cette université.
+J'ai un article en cours de soumission résumant un travail en collaboration
avec un ancien étudiant et un enseignant chercheur de cette université.
Je suis membre du GDR codes et cryptographie. J'ai à ce titre
J'ai été session chair de \og international conference on evolving internet\fg{}
en 2011 et IHTIAP en 2012
-J'ai reviewé des articles pour les journaux internationnaux
+J'ai reviewé des articles pour les journaux internationaux
suivants: The computer Journal, Springer Multimedia Tool and application,
Springer Annals in Telecommunication\ldots
Je suis régulièrement membre de jury des épreuves TIPE, épreuves communes
-à 90 concours d'ingénieurs (sessions 2012 et 2015) et fournit
+à 90 concours d'ingénieurs (sessions 2012 et 2015) et fournis
à chaque session des sujets scientifiques pour l'épreuve.
\subsection{Thèse d'université}
Je co-encadre (à hauteur de 40\%) avec Michel Salomon (40\%) et
-Jacques M. Bahi (20\%) le doctorat de Bassam Al Kindy
+Jacques M. Bahi (20\%) le doctorat de Bassam Alkindy
sur les combinaisons d'approches pour la prédiction de l'évolution génomique.
Le doctorat a commencé en septembre 2012 et devrait être soutenu en
novembre 2015.
Je co-encadre (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
-le doctorat de Youssra Fadili
+le doctorat de Youssra Fadil
sur
l'étude du comportement des outils d'intelligence artificielle
face à des dynamiques complexes.
Le doctorat a commencé en septembre 2014 et devrait être soutenu en
aout 2017.
Ce travail de thèse a donné lieu à 1 publication dans un journal international
-en cours de soummission.
+en cours de soumission.
\subsection{Master 2 recherche}
la
Steganography in PDF documents based on Unprintable Control ASCII Codes.
Le stage a commencé le 01 mai 2013 et a été soutenu le 30 septembre 2013.
-Ce travail de master a donné lieu à 1 publication dans un journal international
-en cours de soummission (en révision mineure).
+Ce travail de Master a donné lieu à 1 publication dans un journal international
+en cours de soumission (en révision mineure).
Je co-encadre (à hauteur de 80\%) avec
Talar Atechian -- Université Antonine au Liban--(20\%)
le stage de recherche de Master 2 de Khaled Daher
-sur la désynchronisation du calcul d'optimisatin de la durée de vie
+sur la désynchronisation du calcul d'optimisation de la durée de vie
d'un réseau de capteurs.
Le stage a commencé le 01 avril 2015 et sera soutenu le 31 août 2015.
Depuis septembre 2000, je suis titulaire à l'Université de Franche-Comté,
soit sur un poste de PrCe (de 2000 à 2008, sauf l'année 2006-2007) soit sur
un poste de MdC. J'ai assuré un grand nombre d'enseignements de la première
-année de licence ou de DUT jusqu'en senconde année de Master. Depuis mon
-recrutement comme MdC, j'ai recentré mes enseignements autours
+année de licence ou de DUT jusqu'en seconde année de Master.
+Depuis mon
+recrutement comme MdC, j'ai recentré mes enseignements autour
de mes thématiques de recherche, à savoir essentiellement les
mathématiques discrètes.
-Je suis de plus le coordinateur des enseignements de mathématiques
+La répartition moyenne de mes enseignements
+sur les quatre dernières années est la suivante:
+\begin{itemize}
+\item 6\% en le master Informatique Mobile et Répartie (UFR STGI),
+ dans l'UE de
+ \og Modélisation et d'Evaluation des Systèmes Informatiques \fg{};
+\item 7\% en Licence Pro Conception des Application Multi-tiers (LP CAM) à l'IUT BM dans l'UE de \og Développement d'applications mobiles\fg{};
+\item 15\% en encadrement de projets tutorés ou de stage;
+\item 28\% en DUT d'informatique dans l'UE de
+\og conception et développement d'applications mobiles\fg{};
+\item 44\% en DUT d'informatique dans les UEs de
+\og mathématiques discrètes \fg{} et
+de
+\og modélisations mathématiques \fg{}.
+\end{itemize}
+
+J'ai aussi la responsabilité de toutes les UE données ci-dessus et
+suis de plus le coordinateur des enseignements de mathématiques
au département d'informatique de l'IUT BM.
+Depuis septembre 2014, je suis le responsable du parcours TeProw
+de la LP CAM localisée
+à l'IUT BM. Cette licence
+a aussi un parcours à l'UFR ST. Je coordonne toute l'organisation
+de cette licence avec mon collègue de Besançon.
+
J'ai été membre élu du conseil d'institut de l'IUT BM
-de 2011 à 2014. A ce titre j'ai participé à la vie administrative de l'IUT,
-aux commissions de recrutement d'enseignants et d'enseignant-chercheurs\ldots
+de novembre 2010 à novembre 2014. A ce titre j'ai participé à la vie administrative de l'IUT,
+aux commissions de recrutement d'enseignants et d'enseignants-chercheurs\ldots
Depuis septembre 2014, je suis élu au conseil du département d'informatique
de l'IUT BM.
-Depuis spetembre 2014, je suis le responsable du parcours TeProw
-de la Licence Pro Conception des Application Multi-tiers localisé
-à l'IUT BM. Cette licence
-a aussi un parcours à l'UFR ST. Je coordonne toute l'organisation
-de cette licence avec mon collègue de Besançon.
\newpage
-\section{Publications après la thèse}
+\section{Publications après la thèse}\label{sec:publi}
\subsection{Journaux internationaux avec comité de sélection}
\begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
-\bibitem[CCG15]{ccg15:ij}
-Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Rapha\"el Couturier, and Christophe Guyeux.
-\newblock {STABYLO}: {STeganography with Adaptive, Bbs, and binarY embedding at
- LOw cost}.
-\newblock {\em Annals of Telecommunications}, 2015.
-\newblock Available online. Paper version to appear.
-
+\makeatletter
+\addtocounter{\@listctr}{6}
+\makeatother
-\bibitem[CDS13]{cds13:ij}
-Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Karine Deschinkel, and Michel Salomon.
-\newblock Active {MEMS}-based flow control using artificial neural network.
-\newblock {\em Mechatronics}, 23(7):898--905, October 2013.
-\newblock Available online. Paper version to appear.
-
-\bibitem[BCG12a]{bcg12:ij}
+\bibitem{bcg12:ij}
Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
\newblock Quality analysis of a chaotic proven keyed hash function.
\newblock {\em International Journal On Advances in Internet Technology},
5(1):26--33, 2012.
-\bibitem[BCG12b]{bcg11:ij}
+
+\bibitem{bcg11:ij}
Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
\newblock Steganography: a class of secure and robust algorithms.
\newblock {\em The Computer Journal}, 55(6):653--666, 2012.
-\bibitem[BCGS12]{bcgs12:ij}
+\bibitem{bcgs12:ij}
Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel Salomon.
\newblock Neural networks and chaos: Construction, evaluation of chaotic
networks, and prediction of chaos with multilayer feedforward network.
22(1):013122--1 -- 013122--9, March 2012.
\newblock 9 pages.
+
+
+\bibitem{ccg15:ij}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Rapha\"el Couturier, and Christophe Guyeux.
+\newblock {STABYLO}: {STeganography with Adaptive, Bbs, and binarY embedding at
+ LOw cost}.
+\newblock {\em Annals of Telecommunications}, 2015.
+\newblock Available online. Paper version to appear.
+
+
+\bibitem{cds13:ij}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Karine Deschinkel, and Michel Salomon.
+\newblock Active {MEMS}-based flow control using artificial neural network.
+\newblock {\em Mechatronics}, 23(7):898--905, October 2013.
+\newblock Available online. Paper version to appear.
+
\end{thebibliography}
\subsection{Conférences internationales avec comité de sélection}
\begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
+\makeatletter
+\addtocounter{\@listctr}{11}
+\makeatother
-\bibitem[AAG{\etalchar{+}}15]{aagp+15:ip}
-Reem Alsrraj, Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Laurent Philippe, and
- Jean-Fran\c{c}ois Couchot.
-\newblock Well-supported phylogenies using largest subsets of core-genes by
- discrete particle swarm optimization.
-\newblock In {\em CIBB 2015, 12th Int. Meeting on Computational Intelligence
- Methods for Bioinformatics and Biostatistics}, pages ***--***, Naples, Italy,
- September 2015.
-\newblock To appear.
+\bibitem{aangc+15:ip}
+Bassam Alkindy, Huda Al'Nayyef, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot,
+ Michel Salomon, and Jacques Bahi.
+\newblock Improved core genes prediction for constructing well-supported
+ phylogenetic trees in large sets of plant species.
+\newblock In {\em IWBBIO 2015, 3rd Int. Work-Conf. on Bioinformatics and
+ Biomedical Engineering, Part I}, volume 9043 of {\em LNCS}, pages 379--390,
+ Granada, Spain, April 2015.
-\bibitem[ACG{\etalchar{+}}14]{acgm+14:ij}
+\bibitem{acgm+14:ij}
Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, Arnaud Mouly,
Michel Salomon, and Jacques Bahi.
\newblock Finding the core-genes of chloroplasts.
Science}, number 4(5) in IJBBB, Journal of Bioscience, Biochemistery, and
Bioinformatics, pages 357--364, Copenhagen, Denmark, June 2014.
-\bibitem[ACGS13]{acgs13:onp}
-Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel
- Salomon.
-\newblock Finding the core-genes of chloroplast species.
-\newblock Journ\'ees SeqBio 2013, Montpellier, November 2013.
-
-\bibitem[AGC{\etalchar{+}}14]{akgcs+14:oip}
+\bibitem{akgcs+14:oip}
Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Michel Salomon,
and Jacques Bahi.
\newblock Gene similarity-based approaches for determining core-genes of
Belfast, United Kingdom, November 2014.
\newblock Short paper.
-\bibitem[BCDG07]{BCDG07}
-Fabrice Bouquet, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Fr\'ed\'eric Dadeau, and Alain
- Giorgetti.
-\newblock Instantiation of parameterized data structures for model-based
- testing.
-\newblock In Jacques Julliand and Olga Kouchnarenko, editors, {\em B'2007, the
- 7th Int. B Conference}, volume 4355 of {\em LNCS}, pages 96--110, Besancon,
- France, January 2007. Springer.
-
+\bibitem{agcs+15:ip}
+Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Michel Salomon,
+ Christian Parisod, and Jacques Bahi.
+\newblock Hybrid genetic algorithm and lasso test approach for inferring well
+ supported phylogenetic trees based on subsets of chloroplastic core genes.
+\newblock In {\em AlCoB 2015, 2nd Int. Conf. on Algorithms for Computational
+ Biology}, volume~* of {\em LNCS/LNBI}, pages ***--***, Mexico City, Mexico,
+ August 2015. Springer.
+\newblock To appear in the LNCS/LNBI series.
+
+\bibitem{aagp+15:ip}
+Reem Alsrraj, Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Laurent Philippe, and
+ Jean-Fran\c{c}ois Couchot.
+\newblock Well-supported phylogenies using largest subsets of core-genes by
+ discrete particle swarm optimization.
+\newblock In {\em CIBB 2015, 12th Int. Meeting on Computational Intelligence
+ Methods for Bioinformatics and Biostatistics}, pages ***--***, Naples, Italy,
+ September 2015.
+\newblock To appear.
-\bibitem[BCF{\etalchar{+}}13]{bcfg+13:ip}
-Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Nicolas Friot, Christophe Guyeux, and
- Kamel Mazouzi.
-\newblock Quality studies of an invisible chaos-based watermarking scheme with
- message extraction.
-\newblock In {\em IIHMSP'13, 9th Int. Conf. on Intelligent Information Hiding
- and Multimedia Signal Processing}, pages 547--550, Beijing, China, October
- 2013.
-\bibitem[BCFG12a]{bcfg12a:ip}
+\bibitem{bcfg12a:ip}
Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Nicolas Friot, and Christophe Guyeux.
\newblock Application of steganography for anonymity through the internet.
\newblock In {\em IHTIAP'2012, 1-st Workshop on Information Hiding Techniques
for Internet Anonymity and Privacy}, pages 96--101, Venice, Italy, June 2012.
-\bibitem[BCFG12b]{bcfg12b:ip}
+\bibitem{bcfg12b:ip}
Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Nicolas Friot, and Christophe Guyeux.
\newblock A robust data hiding process contributing to the development of a
semantic web.
\newblock In {\em INTERNET'2012, 4-th Int. Conf. on Evolving Internet}, pages
71--76, Venice, Italy, June 2012.
-\bibitem[BCG11a]{bcg11:ip}
+\bibitem{bcfg+13:ip}
+Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Nicolas Friot, Christophe Guyeux, and
+ Kamel Mazouzi.
+\newblock Quality studies of an invisible chaos-based watermarking scheme with
+ message extraction.
+\newblock In {\em IIHMSP'13, 9th Int. Conf. on Intelligent Information Hiding
+ and Multimedia Signal Processing}, pages 547--550, Beijing, China, October
+ 2013.
+
+\bibitem{bcg11:ip}
Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
\newblock Performance analysis of a keyed hash function based on discrete and
chaotic proven iterations.
pages 52--57, Luxembourg, Luxembourg, June 2011.
\newblock Best paper award.
-\bibitem[BCG11b]{bcg11b:ip}
+\bibitem{bcg11b:ip}
Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
\newblock Steganography: a class of algorithms having secure properties.
\newblock In {\em IIH-MSP-2011, 7-th Int. Conf. on Intelligent Information
Hiding and Multimedia Signal Processing}, pages 109--112, Dalian, China,
October 2011.
-\bibitem[BCGR11]{bcgr11:ip}
+
+\bibitem{bcgr11:ip}
Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Adrien Richard.
\newblock On the link between strongly connected iteration graphs and chaotic
boolean discrete-time dynamical systems.
Theory}, volume 6914 of {\em LNCS}, pages 126--137, Oslo, Norway, August
2011.
-\bibitem[BCGW11]{bcgw11:ip}
+\bibitem{bcgw11:ip}
Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Qianxue Wang.
\newblock Class of trustworthy pseudo random number generators.
\newblock In {\em INTERNET 2011, the 3-rd Int. Conf. on Evolving Internet},
pages 72--77, Luxembourg, Luxembourg, June 2011.
-\bibitem[BCVC10]{BCVC10:ir}
-J.~M. Bahi, S.~Contassot-Vivier, and J.-F. Couchot.
-\newblock Convergence results of combining synchronism and asynchronism for
- discrete-state discrete-time dynamic network.
-\newblock Research Report RR2010-02, LIFC - Laboratoire d’{I}nformatique de
- l'{U}niversit\'{e} de {F}ranche {C}omt\'{e}, May 2010.
+\bibitem{BCDG07}
+Fabrice Bouquet, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Fr\'ed\'eric Dadeau, and Alain
+ Giorgetti.
+\newblock Instantiation of parameterized data structures for model-based
+ testing.
+\newblock In Jacques Julliand and Olga Kouchnarenko, editors, {\em B'2007, the
+ 7th Int. B Conference}, volume 4355 of {\em LNCS}, pages 96--110, Besancon,
+ France, January 2007. Springer.
-\bibitem[CD07]{CouchotD07IFM}
+\bibitem{CouchotD07IFM}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot and Fr\'ed\'eric Dadeau.
\newblock Guiding the correction of parameterized specifications.
\newblock In {\em IFM'07, 6th Int. Conf. on Integrated Formal Methods}, volume
4591 of {\em LNCS}, pages 176--194, Oxford, UK, July 2007. Springer.
-\bibitem[CDS12]{cds12:ip}
+\bibitem{cds12:ip}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Karine Deschinkel, and Michel Salomon.
\newblock Suitability of artificial neural network for {MEMS}-based flow
control.
2012, Workshop on design, control and software implementation for distributed
MEMS}, pages 1--6, Besan\c{c}on, France, April 2012. IEEE CPS.
-\bibitem[CGS09]{cgs09:ip}
+
+\bibitem{cgs09:ip}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Alain Giorgetti, and Nicolas Stouls.
\newblock {G}raph {B}ased {R}eduction of {P}rogram {V}erification {C}onditions.
\newblock In Hassen Sa\"{i}di and N.~Shankar, editors, {\em AFM'09, {A}utomated
{F}ormal {M}ethods (colocated with {CAV}'09)}, pages 40--47, Grenoble,
France, 2009. ACM Press.
-
-\bibitem[CH07]{couchot07FTP}
-Jean-Fran\c{c}ois Couchot and T.~Hubert.
-\newblock A graph-based strategy for the selection of hypotheses.
-\newblock In {\em FTP'07, Int. Workshop on First-Order Theorem Proving},
- Liverpool, UK, September 2007.
-
-\bibitem[CHG{\etalchar{+}}14a]{chgw+14:oip}
+\bibitem{chgw+14:oip}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Pierre-Cyrille H\'eam, Christophe Guyeux, Qianxue
Wang, and Jacques Bahi.
\newblock Pseudorandom number generators with balanced gray codes.
\newblock In {\em Secrypt 2014, 11th Int. Conf. on Security and Cryptography},
pages 469--475, Vienna, Austria, August 2014.
-\bibitem[CL07]{couchot07cade}
+
+\bibitem{couchot07FTP}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot and T.~Hubert.
+\newblock A graph-based strategy for the selection of hypotheses.
+\newblock In {\em FTP'07, Int. Workshop on First-Order Theorem Proving},
+ Liverpool, UK, September 2007.
+
+\bibitem{couchot07cade}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot and S.~Lescuyer.
\newblock Handling polymorphism in automated deduction.
\newblock In {\em CADE'07, 21st Int. Conf. on Automated Deduction}, volume 4603
of {\em LNCS}, pages 263--278, Bremen, Germany, July 2007. Springer.
-\bibitem[Cou10]{Cou10:ir}
-J.-F. Couchot.
-\newblock Formal {C}onvergence {P}roof for {D}iscrete {D}ynamical {S}ystems.
-\newblock Research Report RR2010-03, LIFC - Laboratoire d’{I}nformatique de
- l'{U}niversit\'{e} de {F}ranche {C}omt\'{e}, May 2010.
-\bibitem[FCCG15]{fccg15:ip}
+\bibitem{fccg15:ip}
Yousra~Ahmed Fadil, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Rapha\"el Couturier, and
Christophe Guyeux.
\newblock Steganalyzer performances in operational contexts.
\begin{itemize}
\item au Workshop \og Théorie des réseaux booléens et ses applications en biologie\fg{}
-à Nice en novembre 2014.
+à Nice en novembre 2014;
\item à la journée \og Advances in Mobile Technologies Day\fg{} par l'Université Antonine (Liban) en mai 2013;
\subsection{Communications diverses}
\begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
-\bibitem[CHG{\etalchar{+}}14b]{chgw+14:onp}
+\makeatletter
+\addtocounter{\@listctr}{31}
+\makeatother
+
+\bibitem{acgs13:onp}
+Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel
+ Salomon.
+\newblock Finding the core-genes of chloroplast species.
+\newblock Journ\'ees SeqBio 2013, Montpellier, November 2013.
+
+
+
+
+\bibitem{BCVC10:ir}
+J.~M. Bahi, S.~Contassot-Vivier, and J.-F. Couchot.
+\newblock Convergence results of combining synchronism and asynchronism for
+ discrete-state discrete-time dynamic network.
+\newblock Research Report RR2010-02, LIFC - Laboratoire d’{I}nformatique de
+ l'{U}niversit\'{e} de {F}ranche {C}omt\'{e}, May 2010.
+
+
+\bibitem{Cou10:ir}
+J.-F. Couchot.
+\newblock Formal {C}onvergence {P}roof for {D}iscrete {D}ynamical {S}ystems.
+\newblock Research Report RR2010-03, LIFC - Laboratoire d’{I}nformatique de
+ l'{U}niversit\'{e} de {F}ranche {C}omt\'{e}, May 2010.
+
+\bibitem{chgw+14:onp}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Pierre-Cyrille H\'eam, Christophe Guyeux, Qianxue
Wang, and Jacques Bahi.
\newblock Traversing a n-cube without balanced hamiltonian cycle to generate
pseudorandom numbers.
\newblock 15-th Mons Theoretical Computer Science Days (15e Journ\'ees
Montoises d'Informatique Th\'eorique), Nancy, France, September 2014.
+
+
\end{thebibliography}
+\begin{figure}[h]
+\begin{center}
+\begin{tabular}{|c|c|c|c|c|}
+\hline
+%& \multicolumn{2}{|c|}{Internationaux} & {Nationaux} & \\
+%\hline
+& Journaux & Conférences &
+Conférences & Divers\\
+& internationaux & internationales &
+nationales & \\
+
+\hline
+Pendant le doctorat &
+%journaux
+\cite{cdgr03:ij}
+&
+% conf inter
+\cite{cddg+04:ip,CGK05}
+
+&
+% conf nat
+\cite{cdgr04:onp,cg04:np}
+
+&
+% divers
+\cite{couchot04:onp}
+
+\\ \hline
+En post-doctorat &
+%journaux
+
+&
+% conf inter
+\cite{BCDG07,CouchotD07IFM,cgs09:ip,couchot07FTP,couchot07cade}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+
+
+\\ \hline
+
+&
+%journaux
+&
+% conf inter
+\cite{aangc+15:ip,aagp+15:ip,acgm+14:ij,
+ akgcs+14:oip,agcs+15:ip}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+
+%%%%%%%%%%%%%%
+
+\\ %\cline{3-3}
+
+Au DISC à FEMTO-ST&
+%journaux
+\cite{bcg12:ij,bcg11:ij,bcgs12:ij,ccg15:ij,cds13:ij}
+
+
+
+
+
+
+
+&
+% conf inter
+\cite{bcfg+13:ip,bcfg12a:ip,bcfg12b:ip,bcg11:ip,bcg11b:ip}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+\cite{acgs13:onp,BCVC10:ir,chgw+14:onp,Cou10:ir}
+
+
+
+\\ %\hline
+
+&
+%journaux
+
+&
+% conf inter
+\cite{bcgr11:ip,bcgw11:ip,cds12:ip,chgw+14:oip,fccg15:ip}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+
+
+
+%%%%%%%%%%%%%
+
+
+\\ \hline
+\end{tabular}
+\end{center}
+\caption{Bilan synthétique des publications}\label{fig:bilan}
+\end{figure}
+
+
+
% \newpage
% \section{Avis du directeur de l'Equipe}\label{sec:avis:directeur}
-%\bibliographystyle{alpha}
-%\bibliography{abbrev,biblioand}
+%\bibliographystyle{plain}
+%\0\bibliography{abbrev,biblioand}
