\begin{document}
\renewcommand{\refname}{ }
-\title{Mémoire de synthèse des activités de recherche et d'encadrement.}
+\title{Mémoire de synthèse des activités de recherche et d'encadrement}
\author{Jean-Fran\c{c}ois {\sc Couchot}}
\subsection{Contacts}
\begin{itemize}
-\item \textbf{web~:} \url{http://members.femto-st.fr/jf-couchot/}
-\item \textbf{courrier~:}
+\item \textbf{web:} \url{http://members.femto-st.fr/jf-couchot/}
+\item \textbf{courrier:}
%\begin{minipage}[t]{10cm}
FEMTO-ST, dpt DISC, IUT BM, 19 rue du maréchal Juin, 90000 Belfort
%\end{minipage}
-\item \textbf{mail~:} \url{couchot@femto-st.fr}
-\item\textbf {tel~:} (+33) (0)3 84 58 77 38
-\item\textbf {gsm~:} (+33) (0)6 76 06 68 94
+\item \textbf{mail:} \url{couchot@femto-st.fr}
+\item\textbf {tel:} (+33) (0)3 84 58 77 38
+\item\textbf {gsm:} (+33) (0)6 76 06 68 94
\end{itemize}
\subsection{Diplômes universitaires}
\begin{itemize}
-\item{\bf{91~:}} Baccalauréat série C mention AB, Besançon.
-\item{\bf{95~:}} Maîtrise de mathématiques pures, Université de
+\item{\bf{91:}} Baccalauréat série C mention AB, Besançon.
+\item{\bf{95:}} Maîtrise de mathématiques pures, Université de
Franche-Comté (UFC).
-\item{\bf{96~:}}
+\item{\bf{96:}}
CAPES de mathématiques, IUFM d'Auvergne.
-\item{\bf{02~:}}
+\item{\bf{02:}}
Maîtrise d'informatique, mention B (UFC).
-\item{\bf{02~:}}
+\item{\bf{02:}}
DEA Informatique, option {\em Génie Logiciel} (UFC). Stage intitulé {\em Atteignabilité d'états et spécifications
-logico-ensemblistes}. Major de Promotion, mention TB.
-\item{\bf{avril 06~:}}
+logico-ensemblistes}. Major de promotion, mention TB.
+\item{\bf{avril 06:}}
Doctorat en informatique au Laboratoire d'Informatique
de l'Université de Franche Comté (devenu département DISC de FEMTO-ST),
sur la {\em vérification d'invariants par superposition},
\subsection{Fonctions et expériences professionnelles}
\begin{itemize}
-\item{\bf{95-00~:}} Enseignant en mathématiques dans le secondaire,
+\item{\bf{95-00:}} Enseignant en mathématiques dans le secondaire,
successivement à Aurillac(15), Beaune(21), Belfort(90) et
Montbéliard(25).
-\item{\bf{sept. 00-06~:}} PrCe $71^{ème}$ section, Unité de Formation
+\item{\bf{sept. 00-06:}} PrCe $71^{ème}$ section, Unité de Formation
et de Recherche (UFR) Sciences du
Langage de l'Homme et de la Société (SLHS) à l'UFC.
-\item{\bf{sept. 06-07~:}} Post-doctorant INRIA (projet ProVal) sur le
+\item{\bf{sept. 06-07:}} Post-doctorant INRIA (projet ProVal) sur le
thème de l'intégration de preuves interactives dans des preuves
automatiques (et vice-versa). %pour la vérification de programmes C embarqués.
-\item{\bf{sept. 07-08~:}} PrCe $71^{ème}$ section, UFR SLHS à l'UFC.
-\item{\bf{sept. 08-\ldots~:}} Maître de Conférences $27^{ème}$ section, IUT de Belfort-Montbéliard (IUT BM), au département d'informatique (UFC).
-\item{\bf{sept. 11-14\ldots~:}} \'Elu au Conseil d'Institut de l'IUT BM.
+\item{\bf{sept. 07-08:}} PrCe $71^{ème}$ section, UFR SLHS à l'UFC.
+\item{\bf{sept. 08-\ldots:}} Maître de Conférences $27^{ème}$ section, IUT de Belfort-Montbéliard (IUT BM), au département d'informatique (UFC).
+\item{\bf{nov. 10- nov. 14:}} \'Elu au Conseil d'Institut de l'IUT BM.
\end{itemize}
-\newpage
-\section{Nom et type de l'équipe de recherche.}
+%\newpage
+\section{Nom et type de l'équipe de recherche}
Je suis membre de l'équipe Algorithmique Numérique Distribuée (AND) du
Département d'Informatique des Systèmes Complexes (DISC)
du laboratoire FEMTO-ST.
Je relève de l'école doctorale 37 Sciences Pour l'Ingénieur et Microtechniques (SPIM) de l'UFC.
+Mon directeur de recherche pour cette HDR est Pr. J. {\sc Bahi}
+du département DISC. Son avis, ainsi que celui du directeur de l'équipe (Pr. R. {\sc Couturier}, du directeur de l'école doctorale (PR. P. {\sc Lutz})
+et du directeur du département (Pr. O. {\sc Kouchnarenko}) sont donnés en annexes.
+% \subsection{Avis du directeur de l'équipe}\label{sec:avis:directeur:equipe}
-\subsection{Avis du directeur de l'équipe}\label{sec:avis:directeur:equipe}
+% \subsection{Avis du directeur de recherche}\label{sec:avis:directeur:recherhce}
-\subsection{Avis du directeur de recherche}\label{sec:avis:directeur:recherhce}
+% \subsection{Avis du directeur de l'école doctorale}\label{sec:avis:directeur:spim}
-\subsection{Avis du directeur de l'école doctorale}\label{sec:avis:directeur:spim}
-\newpage
\section{Résumé de la thématique de la thèse d'université}
On considère en entrée de la démarche une description
mathématique d'un programme: par exemple une fonction enrichie avec
Durant mon travail de thèse intitulée
{\em vérification d'invariants par superposition},
-j'ai proposé différentes traductions en logique équationnelle\cite{cdgr03:ij,cddg+04:ip,cg04:np}
+j'ai proposé différentes traductions en logique équationnelle~\cite{cdgr03:ij,cddg+04:ip,cg04:np,couchot04:onp}
des obligations de preuve,
dans l'objectif de faire converger
le plus rapidement possible un prouveur par superposition qui les décharge.
\begin{thebibliography}{9}
-\bibitem[CGK05]{CGK05}
+\bibitem{CGK05}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Alain Giorgetti, and Nikolai Kosmatov.
\newblock A uniform deductive approach for parameterized protocol safety.
\newblock In David~F. Redmiles, Thomas Ellman, and Andrea Zisman, editors, {\em
ASE}, pages 364--367. ACM, 2005.
-\bibitem[CDD{\etalchar{+}}04]{cddg+04:ip}
+\bibitem{cddg+04:ip}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Fr\'ed\'eric Dadeau, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti,
and S.~Ranise.
\newblock Proving and debugging set-based specifications.
volume~95 of {\em ENTCS, Electronic Notes in Theoretical Computer Science},
pages 189--208, Campina Grande, Brazil, May 2004.
-\bibitem[CDGR03]{cdgr03:ij}
+\bibitem{cdgr03:ij}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
\newblock Scalable automated proving and debugging of set-based specifications.
\newblock {\em Journal of the Brazilian Computer Society (JBCS)}, 9(2):17--36,
November 2003.
\newblock ISSN 0104-6500.
-\bibitem[CG04]{cg04:np}
+\bibitem{cg04:np}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot and Alain Giorgetti.
\newblock Analyse d'atteignabilit\'e d\'eductive.
\newblock In Jacques Julliand, editor, {\em Congr\`es Approches Formelles dans
l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels, AFADL'04}, pages 269--283,
Besan\c{c}on, France, June 2004.
-\bibitem[CDGR04]{cdgr04:onp}
+\bibitem{cdgr04:onp}
Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
-\newblock {B}arvey~: {V}\'erification automatique de consistance de machines
+\newblock {B}arvey: {V}\'erification automatique de consistance de machines
abstraites {B}.
\newblock In Jacques Julliand, editor, {\em AFADL'04, Approches Formelles dans
- l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels,}, pages 369--372, Besan\c{c}on,
+ l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels,} pages 369--372, Besan\c{c}on,
France, June 2004.
\newblock Session outils.
+
+\bibitem{couchot04:onp}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot.
+\newblock V\'erification d'invariant par superposition.
+\newblock In {\em {MAJECSTIC}'04, {MA}nifestation de {JE}unes {C}hercheurs
+ {STIC}}, Calais, France, October 2004.
+\newblock Actes en ligne sur { t
+ http://lil.univ-littoral.fr/\~{}lewandowski/majecstic/programme.html}.
+
+
\end{thebibliography}
-\newpage
+%\newpage
\section{Exposé des recherches réalisées au cours de la période postdoctorale}
Entre avril 2006 et aujourd'hui, les recherches réalisées ont concerné plusieurs domaines synthétisés ci-après. Le premier travail (Sec.~\ref{sub:verif})
-est une suite directe des travaux de thèse. Suivent six sections
-(de la Sec.~\ref{sub:sdd} à la Sec.~\ref{sub:hash}) sur les systèmes
-dynamiques discrets et leurs applications, thématique
+est une suite directe des travaux de thèse.
+Le second concerne les systèmes dynamiques discrets
+et leurs applications (Sec.~\ref{sub:sdd}), thématique
pour laquelle j'ai été recruté dans l'équipe AND du département
-DISC. Enfin la section~\ref{sub:gen} présente comment j'ai réinvesti le
-domaine de la bio-informatique à l'aide de compétences connexes.
-Ces travaux ont été valorisées par des publications dont les références sont données.
+DISC. Enfin la section~\ref{sub:gen} présente comment je me suis investi dans
+le domaine de la bio-informatique à l'aide de compétences connexes.
+Ces travaux ont été valorisés par des publications dont les références sont données à la section~\ref{sec:publi} et synthétisées à la figure~\ref{fig:bilan}
+en fin de document.
\subsection{Vérification de programmes par
preuve automatique}\label{sub:verif}
-
-\subsection{Convergence de systèmes dynamiques discrets}\label{sub:sdd}
-
+\subsection{Les Systèmes dynamiques discrets (SDD)}\label{sub:sdd}
Un système dynamique discret (SDD) est une fonction $f$
du $n$-cube ($\{0,1\}^n$) dans lui même et un mode opératoire
(parallèle, unaire, généralisé) qui peut être itéré
-en synchrone ou en asynchrone.
+en synchrone ou en asynchrone. Cette section présente un ensemble
+de mes contributions dans cette thématique.
+
+
+\subsubsection{Convergence de systèmes dynamiques discrets}
+
%Ils ont été étudiés à de maintes reprises ~\cite{Rob95,Bah00,bcv02}.
Pour chacun de ces modes, il existe des critères (suffisants) de convergence
-globale ou locale, souvent basés sur le fait que $f$ est
+globale ou locale, souvent basés sur le fait que $f$
est un opérateur contractant dans un espace.
Les modes asynchrones ont une dynamique avec plus de liberté
ces modes peuvent présenter une convergence plus rapide que le cas synchrone.
J'ai formalisé le mode des
-\emph{itérations mixes} (introduit par Pr. J. M. Bahi en 2005 notamment)
+\emph{itérations mixtes} (introduit par Pr. J. M. Bahi en 2005 notamment)
qui combine synchronisme et asynchronisme.
Intuitivement, les n{\oe}uds qui pourraient engendrer des cycles dans
les itérations asynchrones sont regroupés dans une même classe.
-Les noeuds à l'intérieur celle-ci seront itérés de manière
+Les noeuds à l'intérieur de celle-ci seront itérés de manière
synchrone et les itérations asynchrones sont conservées entre les groupes.
Pour gommer les différences entre les n{\oe}uds d'une même classe
lorsqu'ils sont vus depuis des n{\oe}uds extérieurs, j'ai défini le
-mode des \emph{itérations mixes avec délais uniformes}.
+mode des \emph{itérations mixtes avec délais uniformes}.
J'ai pu ainsi énoncer puis démontrer un théorème
établissant que pour des conditions classiques de convergence des itérations
-synchrones d'une fonction $f$, les itérations mixes à délai uniforme
+synchrones d'une fonction $f$, les itérations mixtes à délai uniforme
convergent aussi vers le même point fixe.
Ceci a été synthétisé dans~\cite{BCVC10:ir}.
-L'étude de convergence de SDDs est simple à vérifier
-pratiquement pour le mode synchrone.
-C'est beaucoup plus complexe lorsqu'on traite des itérations asynchrones
-et mixes prenant de plus en compte les délais.
+L'étude de convergence de SDDs de modèles de petite taille
+est simple à vérifier pratiquement pour le mode synchrone parallèle:
+l'espace d'intérêt est fini.
+C'est beaucoup plus complexe lorsqu'on traite des itérations
+unaires, voire généralisées
+asynchrones et mixtes prenant de plus en compte les délais.
Des méthodes de simulation basées sur des stratégies et des délais générés aléatoirement avaient déjà été présentées.
Cependant, comme ces implantations ne sont pas exhaustives, elles ne sont intéressantes que lorsqu'elles fournissent un contre-exemple.
Lorsqu'elles exhibent une convergence,
-cela ne permet que donner une intuition de convergence, pas une preuve.
+cela ne permet que de donner une intuition de convergence, pas une preuve.
Autant que je sache, aucune démarche de preuve formelle automatique
de convergence n'avait jamais été établie.
Ceci a été synthétisé dans~\cite{Cou10:ir}
-\subsection{Construction de fonctions chaotiques}
+\subsubsection{Construction de fonctions chaotiques}
Je me suis intéressé ensuite à l'étude du problème dual
de l'étude de divergence d'un SDD.
Le Pr. C. Guyeux de l'équipe AND a proposé dans sa thèse en 2010
-une caractérisation des fonctions $f$ de $\{0,1\}^n$ dans lui même
+une caractérisation des fonctions $f$ de $\{0,1\}^n$ dans lui-même
dont les itérations sont chaotiques selon Devanney pour un mode donné:
il est nécessaire et suffisant que son graphe des itérations soit
fortement connexe.
dont les itérations sont chaotiques.
-\subsection{Apprentissage par réseaux neuronaux}
+\subsubsection{Apprentissage par réseaux neuronaux}
Nous disposons grâce aux travaux présentés à la section précédente d'un grand
nombre de fonctions dont les itérations sont chaotiques.
Nous avons entrepris d'étudier ces itérations et plus particulièrement leur
apprentissage par un réseau de neurones.
J'ai notamment pu contribuer à montrer pratiquement qu'il
est très difficile (voir impossible) de les prédire
-à l'aide de tels outils d'intelligence artificielle~\cite{bcgs12:ij}.
+à l'aide d'outils d'intelligence artificielle~\cite{bcgs12:ij}.
Nous nous sommes attaqués parallèlement
Nous avons souhaité
continuer nos expériences d'apprentissage à l'aide
de réseau de neurones dans ce contexte.
- Il est apparu comme judicieux de mémoriser les configurations
+La figure~\ref{fig:mems}, issue de~\cite{cds13:ij}, montre
+que notre approche a pu apprendre ce régime turbulent.
+Il est apparu comme intéressant de mémoriser les configurations
représentant l'état des actionneurs à l'aide de nombres binaires.
De plus les codes de Gray (dont deux mots adjacents ne diffèrent que d'un
bit) se sont présentés comme une des manières de mémoriser les sorties du
réseau de neurones comme un seul nombre binaire.
-Quand on sait que trouver un chemin hamiltonien (comme étudié dans la partie précédente) dans un
+Or trouver un chemin hamiltonien
+(comme étudié dans la partie précédente) dans un
$n$-cube revient à trouver un code
de Gray dans un mot de $n$-bits. Les compétences acquises lors du travail
sur les chemins hamiltoniens ont ainsi pu être réutilisées et approfondies.
-Les résultats pratiques quant à l'utilisation de ces codes ce sont cependant
+Les résultats pratiques quant à l'utilisation de ces codes se sont cependant
révélés comme moins pertinents que l'utilisation de $n$ sorties.
Ceci a été valorisé dans les publications~\cite{cds12:ip,cds13:ij}.
-\subsection{Génération de nombres pseudo-aléatoires}
+\begin{figure}
+\begin{center}
+\includegraphics[scale=0.5]{test.pdf}
+\end{center}
+\caption{Prédiction d'une force issue d'un flux d'air
+ le long d'un véhicule avec injecteurs}\label{fig:mems}
+\end{figure}
+
+
+\subsubsection{Génération de nombres pseudo-aléatoires}
Au commencement de ce travail, notre équipe disposait d'un générateur de nombres
pseudo-aléatoires (PRNG)
basé sur une seule fonction dont nous avions prouvé la chaoticité
des itérations, à savoir la négation booléenne vectorielle. Cependant pour
-réussir les tests statistiques dédiées aux PRNGs, il était nécessaire d'itérer
+réussir les tests statistiques dédiés aux PRNGs, il était nécessaire d'itérer
un grand nombre (arbitraire) de fois cette fonction entre deux
sorties.
De plus, je me suis attaché à montrer l'importance
de l'équilibrage du chemin hamiltonien à enlever.
-Les générateurs produits ont d'abord été évalués avec succès
-ont confirmé la qualité de
-ceux-ci~\cite{bcgw11:ip,chgw+14:onp,chgw+14:oip} en se confrontant à
+
+Les qualités statistiques des générateurs produits
+ont été évalués avec succès~\cite{bcgw11:ip,chgw+14:onp,chgw+14:oip}
+ en se confrontant à
des batteries de tests telles que Die-Hard, NIST, TestU01.
Plus récemment, nous avons entrepris de trouver des bornes du temps d'arrêt
d'obtention d'une distribution uniforme d'un générateur
construit en enlevant un chemin hamiltonien équilibré dans un $n$-cube. Le travail
en collaboration avec Pr. P.-C. Heam du DISC
-est en cours de soumission
-dans un international.
+est en cours de soumission~\cite{cgh16:onp}
+dans un journal international.
Enfin j'ai été sollicité pour encadrer une thèse sur l'implantation
de générateurs de nombre pseudo-aléatoires à bases d'itérations
programmables. J'ai commencé ce travail en encadrant une étude exhaustive
de toutes les instances d'implantations de cette classe.
Ce travail complet théorique et pratique est terminé aujourd'hui et
-est en cours de soumission dans un journal international.
+est en cours de soumission~\cite{bgco16:onp} dans un journal international.
-\subsection{Masquage d'information}\label{sub:ih}
+\subsubsection{Masquage d'information}\label{sub:ih}
La propriété de transitivité des fonctions chaotiques implique que l'on peut
atteindre tout point depuis le voisinage de n'importe quel point.
élevée~\cite{bcfg12b:ip,bcfg+13:ip} soit pour masquer l'information dans le média
et être le moins détectable possible~\cite{bcfg12a:ip}.
-D'autre méthodes de watermarking ont été investies
+D'autre méthodes de watermarking ont été investies,
particulièrement celles basées sur la Quantization Index Modulation (QIM), méthodes
étant supposées comme les plus robustes. Mes principales contributions
-sur ce travail --en collaboration avec Dr R. Darzy de l'Université Antonine au Liban
+sur ce travail --en collaboration avec Dr R. Darazy de l'Université Antonine au Liban
et en co-encadrant le stage de M2 de Ahmad Bittar--,
ont été
d'intégrer ceci à du marquage de document PDF puis de
présenter ce problème comme un problème d'optimisation.
Grâce à une telle présentation nous avons pu trouver les paramètre optimaux
des méthodes QIM assurant à la fois robustesse et indétectabilité.
-Le travail est en cours de soumission dans un international.
+Le travail est en cours de soumission dans un journal international~\cite{bdcc15:onp}.
Lorsque l'objectif visé est l'indétectabilité, on parle de \emph{stéganographie}.
Ce domaine a été adressé en critiquant notamment les scénarios usuels d'évaluation
J'ai de plus participé à l'élaboration de l'algorithme STABYLO~\cite{ccg15:ij}
qui est un schéma de
stéganographie basé sur l'enfouissement de l'information dans les contours
-présents dans une image.
+présents dans une image et illustré à la figure~\ref{fig:STABYLO}.
Ce travail est en collaboration avec Pr. R. Couturier.
Mes contributions ont principalement été la formalisation de l'algorithme et
son étude de complexité. Grâce a l'optimisation de cette dernière,
nous avons pu montrer
que cet algorithme présente un excellent compromis entre sécurité
-fournie et complexité.
-
-\subsection{Les fonctions de hachage}\label{sub:hash}
+fournie et complexité.
+
+
+
+\begin{figure}[h]
+ \begin{center}
+ \subfigure[Support]{
+ \includegraphics[scale=0.20]{lena512}
+ }
+ \subfigure[Message]{
+ \begin{minipage}[b]{0.28\linewidth}
+ \begin{flushleft}
+ \begin{scriptsize}
+ The skies they were ashen and sober;\linebreak
+ $\qquad$ The leaves they were crisped and sere—\linebreak
+ $\qquad$ The leaves they were withering and sere;\linebreak
+ It was night in the lonesome October\linebreak
+ $\qquad$ Of my most immemorial year;\linebreak
+ It was hard by the dim lake of Auber,\linebreak
+ $\qquad$ In the misty mid region of Weir—\linebreak
+ It was down by the dank tarn of Auber,\linebreak
+ $\qquad$ In the ghoul-haunted woodland of Weir.
+ \end{scriptsize}
+ \end{flushleft}
+ \end{minipage}
+ }
+ \subfigure[Contours]{
+ \includegraphics[scale=0.20]{edge7}
+ }
+ \subfigure[Image avec msg.]{
+ \includegraphics[scale=0.20]{lena7}
+ }
+
+ \end{center}
+ \caption{Embarquement d'un message dans une image selon STABYLO}\label{fig:STABYLO}
+\end{figure}
+
+
+
+\subsubsection{Les fonctions de hachage}\label{sub:hash}
Une fonction qui calcule une empreinte servant à identifier rapidement toute
-donnée fournie en entrée est une fonction de hachage. On utilse ce genre
+donnée fournie en entrée est une fonction de hachage. On utilise ce genre
de fonctions dès qu'on veut comparer des éléments de grande taille car il
suffit de comparer leurs empreintes (généralement de taille plus réduite).
Une telle fonction doit induire de grandes variations dans l'empreinte
-lorsque l'entrée varie même très peu. C'est l'effet avalanche. Cet
+lorsque l'entrée varie même très peu. C'est l'effet avalanche. Cette
condition fait penser à la forte sensibilité aux conditions initiales
d'une fonction chaotique.
-Fort de nos compétences sur les fonctions dont les itérations sont
+Forts de nos compétences sur les fonctions dont les itérations sont
chaotiques, nous avons proposé de nouvelles fonctions de hachage.
Celles-ci combinent des outils classiques utilisés dans les
fonctions de hachage
usuelles et des itérations de systèmes dynamiques discrets étudiés
-au préallable.
+au préalable.
Nous avons prouvé que ces fonctions sont résistantes à la
-seconde préimage. Leur complexité, polynomiale en la taille
+seconde pré-image. Leur complexité, polynomiale en la taille
du message et la taille de l'empreinte, a été évaluée et correspond
-à ce qu'on attend d'une telle fonction.
+à ce que l'on attend d'une telle fonction.
Nous avons de plus vérifié statistiquement le critère d'avalanche.
Ces résultats ont été valorisés dans les publications~\cite{bcg11:ip,bcg12:ij}.
\subsection{Application à la génomique}\label{sub:gen}
Ayant acquis des compétences sur certaines structures de mathématiques
-discrètes (particulièrement théorie des graphe,
-relation d'équivalence,\ldots), j'ai pu contribuer en bio-informatique
+discrètes (particulièrement théorie des graphes,
+relations d'équivalence,\ldots), j'ai pu contribuer en bio-informatique
en les réappliquant notamment.
-Une de mes première piste de travail a été de proposer une méthode automatique
+Une de mes premières pistes de travail a été de proposer une méthode automatique
de construction d'un ensemble de gènes communs (nommés core-génome)
à une famille de génomes.
La méthode s'appuie sur la construction du graphe de similarité
entre les gènes quotienté selon une relation d'équivalence pour en
-réduire sa taille. Chaque gènes est assimilé à son représentant de
+réduire sa taille. Chaque gène est assimilé à son représentant de
classe dans chaque génome. Le core-génome se déduit comme l'intersection
-de tous les génome. Ceci a donné lieu aux
+de tous les génomes. Ceci a donné lieu aux
publications~\cite{acgs13:onp,akgcs+14:oip,acgm+14:ij}.
L'approche précédente souffrait de n'engendrer que des core-génomes de (trop)
petits cardinaux. J'ai contribué notamment
à l'amélioration de la méthode en proposant une étape d'optimisation issue
d'une adaptation discrète la méthode d'essaims particulaires~\cite{aagp+15:ip}.
+D'autres travaux (dont la première étape est cette construction de
+core-génome) ont été ensuite réalisés, principalement dans le but de
+construire des arbres phylogénétiques de qualité~\cite{agcs+15:ip,aangc+15:ip}.
+Une synthèse de ces arbres a été réalisée et est présentée à l'adresse~\url{http://meso.univ-fcomte.fr/peg/phylo}.
-Tout ces travaux ont été réalisés en collaboration avec M. Salomon et en co-encadrant
+
+Tous ces travaux ont été réalisés en collaboration avec M. Salomon et en co-encadrant
le doctorat de B. Alkindy.
-\newpage
-\section{Perspectives de recherche}
+%\newpage
+\section{Perspectives de recherche}
+Les trois sections suivantes présentent quelques perspectives de recherche
+autour de la thématique des systèmes dynamiques discrets.
(d'écoulement d'air ou de fonctions chaotiques) ne s'est pas révélée comme
concluante. Dans chacun des cas, la distance de Hamming entre deux
configurations voisines peut être très petite tandis que le chemin (dans le
-cycle hamitlonien) qui les relie peut être long et ce même
+cycle hamiltonien) qui les relie peut être long et ce même
pour des codes équilibrés.
Je propose de travailler sur ce problème discret en mesurant la qualité
du code de Gray à l'aide d'une fonction basée sur la longueur des chemins
Je pense ainsi réduire ce problème à un problème d'optimisation et dégager
une démarche de génération, comme je l'ai fait en bio-informatique.
-Jusqu'à présent, la production de codes de Gray équilibrés adaptés à ces
-contextes d'utilisation
-dans l'étape de construction de fonctions chaotiques pour la génération
-de nombres pseudo aléatoire bute sur des problèmes d'explosion combinatoire:
+Jusqu'à présent, la production de codes de Gray équilibrés pour la génération
+de nombres pseudo-aléatoires bute sur des problèmes d'explosion combinatoire:
les seuls algorithmes connus répondant à ce problème nécessitent a priori
plus de $10^{36}$ évaluations pour $n=8$.
Il n'est ainsi pas raisonnable de mettre en
pratique ce genre d'approche lorsque chacune de ces évaluations prend 1s.
On peut peut-être
-se contenter de code ``presque'' équilibrés , à défaut de pouvoir
+se contenter de codes ``presque'' équilibrés , à défaut de pouvoir
trouver ceux qui seront équilibrés.
Je propose d'investiguer
dans cette thématique en exploitant des approches itératives permettant
-d'obtenir des optimums locaux et trouver ainsi des codes presque équilibrés.x
+d'obtenir des optimums locaux et trouver ainsi des codes presque équilibrés.
La démarche actuelle de génération de nombres pseudo-aléatoires
consiste à marcher dans une partie d'un $n$-cube en choisissant son chemin
à l'aide d'un générateur fourni en entrée. Or ces générateurs sont tous des
-fonctions de $\{0,1\}^n$ dans lui même. Cette approche
+fonctions de $\{0,1\}^n$ dans lui-même. Cette approche
semble pouvoir se réécrire
comme un produit synchrone de deux automates.
L'intérêt d'une telle réécriture est qu'on pourrait exploiter
tous les résultats théoriques et pratiques déjà connus dans la communauté
des automates.
Je pense investiguer cette voie pour améliorer notre approche,
-s'affranchir, à terme, de tout autre générateur, améliorer la
+s'affranchir, à terme, de tout autre générateur et améliorer la
connaissance à ce sujet.
Les propriété établies notamment sur les temps d'arrêt devraient être conservées.
Il restera à le prouver.
sur des dispositifs physiques comme les FPGAs a été réalisée. Celle-ci
s'est faite automatiquement à l'aide de l'outil Matlab. Si le code engendré
sur le circuit est bien une implantation fidèle à la spécification,
-il n'en est pas pour autant efficace: le nombre de bits généré par surface
-est plutôt faible. Nous allons exploiter les meilleurs démarches mises en
-exergue lors de la rédaction d'un état de l'art exhaustif sur les PRNG
+il n'en est pas pour autant efficace: le nombre de bits générés par surface
+est plutôt faible. Nous allons exploiter les meilleures démarches mises en
+exergue lors de la rédaction d'un état de l'art exhaustif sur les PRNGs
implantés sur FPGA pour produire du code optimisé.
Je prévois de réaliser ceci dans la thèse de M. Bakiri, en cours.
Enfin, marcher dans une partie d'un $n$-cube est le modèle théorique que
nous avons établi pour notre classe de générateurs. On pourrait cependant
-penser à ``sauter'' dans ce $n$-cube, c'est à dire modifier plusieurs bits
+penser à ``sauter'' dans ce $n$-cube, c'est-à-dire modifier plusieurs bits
en une seule itération. J'ai commencé à étudier ce modèle avec les résultats
pratiques suivants: le nombre d'itérations suffisant pour un mélange
correct est plus petit que celui obtenu en marchant. De plus,
+%\newpage
+\section{Insertion dans l'équipe de recherche}
+Cette section donne quelques éléments factuels
+permettent d'apprécier mon insertion au sein de cette équipe de recherche.
-\newpage
-\section{Insertion dans l'équipe de recherche}
-La thématique prinsipale de ma thèse et du post doctorat qui a suivi
+\subsection{Un défi de changement de thématique}
+La thématique principale de ma thèse et du post-doctorat qui a suivi
était la vérification de programmes par preuve automatique, soit de
la logique informatique.
Suite à mon recrutement dans l'équipe AND, mes recherches se sont réorientées
-autours des SDDs et donc de l'analyse numérique plus généralement.
-En plus des publications obtenues avec les membres de l'équipe AND,
-ce qui suit récapitules quelques éléments permettant
-d'apprécier mon insertion dans l'équipe AND
+autour des SDDs et donc de l'analyse numérique plus généralement.
+Ce défi de changement de thématique a été attaqué dès mon recrutement.
+En plus des 5 journaux dans cette nouvelle thématique,
+j'ai publié après ma thèse notamment dans
+les conférences reconnues suivantes:
+\cite{couchot07cade}, de rang A,
+\cite{bcgr11:ip}, de rang A et
+\cite{chgw+14:oip}, de rang B.
+\subsection{Appels à projet}
-J'ai monté une collaboration active avec l'Université Antonine au Liban.
-J'y ai été invité en mai 2013. J'ai par la suite co-encadré trois stages de
-master 2 recherche avec des membres de cette université.
-J'ai un article en cours de soummission résumant un travail en collaboration
-avec un ancien étudiant et un enseignant chercheur de cette université.
+En 2014 (les dates a verifier), j'ai participé
+au projet Jeune chercheur de l'UFC porté par
+Christophe Guyeux dont le thème était
+\og la sécurisation numérique par chaos\fg{}.
-Je suis membre du GDR codes et cryptographie. J'ai à ce titre
-participé aux Journées Codes et Stéganographie en 2012 (Rennes)
-où j'ai présenté le travail
-de \og Steganography: secure and robust algorithms \fg{} et en 2013 (Paris).
+J'ai répondu avec succès à l'appel à projets de la région de
+Franche-Comté en 2015: j'ai participé à l'élaboration du
+projet de \og capteurs multimédias collaboratifs: une approche
+intégrée de la sécurité et de la robustesse\fg{} dont le porteur
+est M. A. Mostefaoui. Nous avons obtenu le financement d'une bourse doctorale
+pour la période d'oct. 2015--oct. 2018. Ce doctorat sera co-encadré par
+M. A. Mostefaoui et moi-même.
+J'ai répondu à de nombreux autres appels à projets sans succès:
+\begin{itemize}
+\item porteur d'un projet ANR COSINUS 2009: \og
+A FRAMEwork for predicting the behavior of Dicrete Dynamic Systems\fg{}
+avec l'I3S et le LORIA.
+\item participant à un projet ANR blanc en 2010:
+\og Unification des Systèmes Dynamiques Discrets \fg{}
+avec l'I3S, le LORIA et le LIF de MArseille.
+\item porteur d'un projet PEPS 2011 avec l'équipe MIE du département Energie de FEMTO-ST.
+\item participant à un projet PHC CAI YUANPEI 2014: \og Theoretical study, design, and circuit implementation of high dimensional integer domain chaotic systems \fg{} avec l'Université Technlogique de Guangdong.
+\item porteur d'un projet PHC Cedre 2015: \og surveillance vidéo sécurisée et robuste par réseau de capteurs\fg{} avec l'Université Antonine.
+\item participant à un projet PHC Cedre 2015: \og
+méthodes et outils pour concevoir, évaluer et déployer des réseaux de capteurs
+pour l'agriculture au liban\fg{} avec l'Université Libanaise.
+\item participant au projet PEPS JCJC INS2I 2015, sur
+\og Prédiction bio-informatique de l'évolution des génomes\fg{} avec le
+LMB et le l'université de Neuchâtel en Suisse.
+\end{itemize}
-J'ai co-organisé avec J. Bahi et C. Guyeux
-\og The First Workshop on Information Hiding Techniques
-for Internet Anonymity and Privacy (IHTIAP) \fg{} à Venise en juin 2012.
-Le comité de programme était composé
-de 18 chercheurs internationaux (dont je faisais aussi partie).
-Il s'est déroulé sur 1 journée.
+\subsection{Collaborations}
+J'ai établi des collaborations:
+\begin{itemize}
+\item avec A. Richard CR CNRS du laboratoire
+I3S (Nice)- UMR CNRS 7271 sur la thématique des SDDs et leurs
+applications en Bio. Cela s'est traduit notamment avec
+la publication~\cite{bcgr11:ip}.
+
+\item avec R. Darazy de l'Université Antonine au Liban.
+ J'ai co-encadré trois stages de Master 2 recherche avec
+ des membres de cette université.
+ J'ai un article en cours de soumission\cite{bdcc15:onp} résumant un travail en collaboration
+ avec un ancien étudiant et un enseignant chercheur de cette université.
+
+\item avec Pr. S. Contassot-Vivier du LORIA (Nancy)- UMR CNRS 7503
+sur la thématique des SDDs, de leur convergence dans les itérations
+mixtes et de la générations de matrices de Markov doublement
+stochastiques. Cela s'est traduit notamment avec
+le rapport~\cite{BCVC10:ir}.
+
+\item avec Pr. Y. Bailly et J.-C. Roy de l'équipe
+ MIE du département \'Energie de FEMTO-ST sur la thématique
+ de la prédiction d'écoulement d'un flux d'air le long d'un véhicule.
+ Cela s'est traduit notamment avec
+ les publications~\cite{cds13:ij,cds12:ip}.
+
+\item avec Dr. Qianxue Wang de l'Université Technlogique de Guangdong
+sur la génération de nombres pseudo aléatoires.
+Nous avons collaboré sur deux publications~\cite{bcgw11:ip,chgw+14:oip}.
+\end{itemize}
-J'ai fait partie des comités de programme de conférences
-comme \og international conference on evolving internet \fg{}
-(2012, 2013,2014 )\ldots
-J'ai été session chair de \og international conference on evolving internet\fg{}
-en 2011 et IHTIAP en 2012
-J'ai reviewé des articles pour les journaux internationnaux
-suivants: The computer Journal, Springer Multimedia Tool and application,
-Springer Annals in Telecommunication\ldots
+\subsection{Invitations}
+J'ai été invité:
+\begin{itemize}
+\item au workshop \og Théorie des réseaux booléens et ses applications en
+ biologie\fg{} à Nice en novembre 2014 (20 participants);
+\item à la journée \og Advances in Mobile Technologies Day\ fg{}
+ organisée par l'Université Antonine au Liban en mai 2013 (10 participants);
+\item au Séminaire MDSC (Modèles Discrets pour les Systèmes Complexes)
+ du laboratoire I3S sur le sujet \og Efficiently dealing with
+ SMT-LIB provers in software verification\fg{}
+ en décembre 2007 (30 participants).
+\end{itemize}
+\subsection{Organisation d'événements scientifiques}
-Je suis régulièrement membre de jury des épreuves TIPE, épreuves communes
-à 90 concours d'ingénieurs (sessions 2012 et 2015) et fournit
-à chaque session des sujets scientifiques pour l'épreuve.
+J'ai co-organisé avec J. Bahi et C. Guyeux
+\og The First Workshop on Information Hiding Techniques
+for Internet Anonymity and Privacy (IHTIAP) \fg{} à Venise en juin 2012
+dont l'url est
+\url{http://www.iaria.org/conferences2012/IHTIAP.html}.
+Le comité de programme était composé de 18 chercheurs internationaux
+(dont je faisais aussi partie).
+Il s'est déroulé sur 1/2 journée et 5 chercheurs ont présenté leurs travaux.
+Le taux d'acceptation des articles a été de 41\%.
+
+J'ai fait partie des comités de programme des conférences \og int. conf. on Evolving Internet \fg{}, (2013, 2014)
+et IHTIAP 2012.
+
+J'ai rédigé des rapports de relecture pour les journaux internationaux
+suivants:
+\begin{itemize}
+\item The computer Journal (2);
+\item Springer Multimedia Tool and application (1);
+\item Springer Annals in Telecommunication (1);
+\item International Journal of Bioinformatics Research (1);
+\end{itemize}
+et pour les conférences suivantes:
+\begin{itemize}
+\item MAJECSTIC (2005 (2), 2007 (2));
+\item B 2007 (1), A-BZ 2008 (1);
+\item Evolving Internet \fg{}, (2012 (2), 2013 (2), 2014 (1));
+\end{itemize}
+Membre du GDR codes et cryptographie, j'ai
+participé aux Journées Codes et Stéganographie en 2012 (Rennes)
+où j'ai présenté \og Steganography: secure and robust algorithms \fg{} et en 2013 (Paris).
-\newpage
+
+
+
+%\newpage
\section{Encadrement et co-encadrement d'étudiants}
\subsection{Thèse d'université}
-Je co-encadre (à hauteur de 40\%) avec Michel Salomon (40\%) et
-Jacques M. Bahi (20\%) le doctorat de Bassam Al Kindy
+Je co-encadre:
+\begin{itemize}
+\item
+(à hauteur de 40\%) avec Michel Salomon (40\%) et
+Jacques M. Bahi (20\%) le doctorat de Bassam Alkindy
sur les combinaisons d'approches pour la prédiction de l'évolution génomique.
Le doctorat a commencé en septembre 2012 et devrait être soutenu en
novembre 2015.
Ce travail de thèse a donné lieu à 6 publications dans des conférences
internationales.
-
-
-Je co-encadre (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
-le doctorat de Youssra Fadili
+\item (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
+le doctorat de Youssra Fadil
sur
l'étude du comportement des outils d'intelligence artificielle
face à des dynamiques complexes.
Ce travail de thèse a donné lieu à 1 publication dans une conférence
internationale.
-
-Je co-encadre (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
+\item (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
le doctorat de Mohamed Bakiri
sur
l'implémentation matérielle de générateurs de nombres pseudo-aléatoires basés sur les itérations chaotiques.
Le doctorat a commencé en septembre 2014 et devrait être soutenu en
-aout 2017.
+août 2017.
Ce travail de thèse a donné lieu à 1 publication dans un journal international
-en cours de soummission.
+en cours de soumission~\cite{bgco16:onp}.
+\end{itemize}
+
\subsection{Master 2 recherche}
-J'ai co-encadré (à hauteur de 34\%) avec Raphael Couturier (33\%) et
+J'ai co-encadré:
+\begin{itemize}
+\item (à hauteur de 34\%) avec Raphael Couturier (33\%) et
Rony Darazi -- Université Antonine au Liban--(33\%)
le stage de recherche de Master 2 de Ahmad Bittar
sur
la
Steganography in PDF documents based on Unprintable Control ASCII Codes.
Le stage a commencé le 01 mai 2013 et a été soutenu le 30 septembre 2013.
-Ce travail de master a donné lieu à 1 publication dans un journal international
-en cours de soummission (en révision mineure).
-
-
-
-
-J'ai co-encadré (à hauteur de 80\%) avec
+Ce travail de Master a donné lieu à 1 publication dans un journal international
+en cours de soumission~\cite{bdcc15:onp} (en révision mineure).
+\item (à hauteur de 80\%) avec
Talar Atechian -- Université Antonine au Liban--(20\%)
le stage de recherche de Master 2 de Hussein Nasser
sur
Le stage a commencé le 01 avril 2014 et a été soutenu le 31 août 2014.
-Je co-encadre (à hauteur de 80\%) avec
+\item (à hauteur de 80\%) avec
Talar Atechian -- Université Antonine au Liban--(20\%)
le stage de recherche de Master 2 de Khaled Daher
-sur la désynchronisation du calcul d'optimisatin de la durée de vie
+sur la désynchronisation du calcul d'optimisation de la durée de vie
d'un réseau de capteurs.
Le stage a commencé le 01 avril 2015 et sera soutenu le 31 août 2015.
+\end{itemize}
-
-\newpage
+%\newpage
\section{Participation à des tâches d'intérêt collectif}
+\subsection{Tâches d'enseignement}
Depuis septembre 2000, je suis titulaire à l'Université de Franche-Comté,
soit sur un poste de PrCe (de 2000 à 2008, sauf l'année 2006-2007) soit sur
un poste de MdC. J'ai assuré un grand nombre d'enseignements de la première
-année de licence ou de DUT jusqu'en senconde année de Master. Depuis mon
-recrutement comme MdC, j'ai recentré mes enseignements autours
+année de licence ou de DUT jusqu'en seconde année de Master.
+Depuis mon
+recrutement comme MdC, j'ai recentré mes enseignements autour
de mes thématiques de recherche, à savoir essentiellement les
mathématiques discrètes.
-Je suis de plus le coordinateur des enseignements de mathématiques
+La répartition moyenne de mes enseignements
+sur les quatre dernières années est la suivante:
+\begin{itemize}
+\item 6\% en le Master Informatique Mobile et Répartie (UFR STGI),
+ dans l'UE de
+ \og Modélisation et d'Evaluation des Systèmes Informatiques \fg{}. Ce sont des
+ promotions d'une vingtaine d'étudiants à chaque fois;
+\item 7\% en Licence Pro Conception des Application Multi-tiers (LP CAM) à l'IUT BM dans l'UE de \og Développement d'applications mobiles\fg{}. Ce sont des
+ promotions d'une vingtaine d'étudiants à chaque fois;
+\item 15\% en encadrement de projets tutorés ou de stage;
+\item 28\% en DUT d'informatique dans l'UE de
+\og conception et développement d'applications mobiles\fg{};
+\item 44\% en DUT d'informatique dans les UEs de
+\og mathématiques discrètes \fg{} et
+de
+\og modélisations mathématiques \fg{}.
+\end{itemize}
+
+\subsection{Responsabilités}
+
+J'ai aussi la responsabilité de toutes les UE données ci-dessus et
+suis de plus le coordinateur des enseignements de mathématiques
au département d'informatique de l'IUT BM.
+J'ai participé à ce titre à l'élaboration des parties de mathématiques du
+PPN du DUT d'informatique, à Dijon en 2011 et Orléans en 2012.
+Depuis septembre 2014, je suis le responsable du parcours TeProw
+de la LP CAM localisée
+à l'IUT BM. Cette licence
+a aussi un parcours à l'UFR ST. Je coordonne toute l'organisation
+de cette licence avec mon collègue de Besançon.
+
J'ai été membre élu du conseil d'institut de l'IUT BM
-de 2011 à 2014. A ce titre j'ai participé à la vie administrative de l'IUT,
-aux commissions de recrutement d'enseignants et d'enseignant-chercheurs\ldots
+de novembre 2010 à novembre 2014. A ce titre j'ai participé à la vie administrative de l'IUT,
+aux commissions de recrutement d'enseignants et d'enseignants-chercheurs\ldots
Depuis septembre 2014, je suis élu au conseil du département d'informatique
de l'IUT BM.
-Depuis spetembre 2014, je suis le responsable du parcours TeProw
-de la Licence Pro Conception des Application Multi-tiers localisé
-à l'IUT BM. Cette licence
-a aussi un parcours à l'UFR ST. Je coordonne toute l'organisation
-de cette licence avec mon collègue de Besançon.
+\subsection{Montage de projets BQF}
+J'ai monté avec succès deux projets BQF au sein de l'UFC autour
+de la programmation mobile en 2009 et 2014.
+Ces projets BQF ont permis l'achat de smartphones et ordinateurs
+portables pour les projets d'étudiants du département d'info de l'IUTBM.
+
+\subsection{\`A l'extérieur de l'université}
+Je suis régulièrement membre de jury des épreuves TIPE, épreuves communes
+à 90 concours d'ingénieurs (sessions 2012 et 2015) et fournis
+à chaque session des sujets scientifiques pour l'épreuve.
-\newpage
-\section{Publications après la thèse}
-\subsection{Journaux internationaux avec comité de sélection}
-\begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
+%\newpage
+\section{Publications après la thèse}\label{sec:publi}
+Le tableau de la figure~\ref{fig:bilan} donné
+ci dessous synthétise les références détaillées ci-après.
+
+
+\begin{figure}[h]
+\begin{center}
+\begin{tabular}{|c|c|c|c|c|}
+\hline
+%& \multicolumn{2}{|c|}{Internationaux} & {Nationaux} & \\
+%\hline
+& Journaux & Conférences &
+Conférences & Divers\\
+& internationaux & internationales &
+nationales & \\
+
+\hline
+Pendant le doctorat &
+%journaux
+\cite{cdgr03:ij}
+&
+% conf inter
+\cite{cddg+04:ip,CGK05}
+
+&
+% conf nat
+\cite{cdgr04:onp,cg04:np}
+
+&
+% divers
+\cite{couchot04:onp}
+
+\\ \hline
+En post-doctorat &
+%journaux
+
+&
+% conf inter
+\cite{BCDG07,CouchotD07IFM,cgs09:ip,couchot07FTP,couchot07cade}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+
+
+\\ \hline
+
+&
+%journaux
+&
+% conf inter
+\cite{aangc+15:ip,aagp+15:ip,acgm+14:ij,
+ akgcs+14:oip,agcs+15:ip}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+
+%%%%%%%%%%%%%%
+
+\\ %\cline{3-3}
+
+Au DISC à FEMTO-ST&
+%journaux
+\cite{bcg12:ij,bcg11:ij,bcgs12:ij,ccg15:ij,cds13:ij}
+
-\bibitem[CCG15]{ccg15:ij}
-Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Rapha\"el Couturier, and Christophe Guyeux.
-\newblock {STABYLO}: {STeganography with Adaptive, Bbs, and binarY embedding at
- LOw cost}.
-\newblock {\em Annals of Telecommunications}, 2015.
-\newblock Available online. Paper version to appear.
-\bibitem[CDS13]{cds13:ij}
-Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Karine Deschinkel, and Michel Salomon.
-\newblock Active {MEMS}-based flow control using artificial neural network.
-\newblock {\em Mechatronics}, 23(7):898--905, October 2013.
-\newblock Available online. Paper version to appear.
-\bibitem[BCG12a]{bcg12:ij}
+
+
+&
+% conf inter
+\cite{bcfg+13:ip,bcfg12a:ip,bcfg12b:ip,bcg11:ip,bcg11b:ip}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+\cite{acgs13:onp,BCVC10:ir,chgw+14:onp,Cou10:ir}
+
+
+
+\\ %\hline
+
+&
+%journaux
+
+&
+% conf inter
+\cite{bcgr11:ip,bcgw11:ip,cds12:ip,chgw+14:oip,fccg15:ip}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+
+
+
+%%%%%%%%%%%%%
+
+
+\\ \hline
+\end{tabular}
+\end{center}
+\caption{Bilan synthétique des publications}\label{fig:bilan}
+\end{figure}
+
+
+
+\subsection{Journaux internationaux avec comité de sélection}
+
+\vspace{-2em}
+\begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
+
+\makeatletter
+\addtocounter{\@listctr}{6}
+\makeatother
+
+\bibitem{bcg12:ij}
Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
\newblock Quality analysis of a chaotic proven keyed hash function.
\newblock {\em International Journal On Advances in Internet Technology},
5(1):26--33, 2012.
-\bibitem[BCG12b]{bcg11:ij}
+
+\bibitem{bcg11:ij}
Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
\newblock Steganography: a class of secure and robust algorithms.
\newblock {\em The Computer Journal}, 55(6):653--666, 2012.
-\bibitem[BCGS12]{bcgs12:ij}
+\bibitem{bcgs12:ij}
Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel Salomon.
\newblock Neural networks and chaos: Construction, evaluation of chaotic
networks, and prediction of chaos with multilayer feedforward network.
22(1):013122--1 -- 013122--9, March 2012.
\newblock 9 pages.
+
+
+\bibitem{ccg15:ij}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Rapha\"el Couturier, and Christophe Guyeux.
+\newblock {STABYLO}: {STeganography with Adaptive, Bbs, and binarY embedding at
+ LOw cost}.
+\newblock {\em Annals of Telecommunications}, 2015.
+\newblock Available online. Paper version to appear.
+
+
+\bibitem{cds13:ij}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Karine Deschinkel, and Michel Salomon.
+\newblock Active {MEMS}-based flow control using artificial neural network.
+\newblock {\em Mechatronics}, 23(7):898--905, October 2013.
+\newblock Available online. Paper version to appear.
+
\end{thebibliography}
-\subsection{Conférences internationales avec comité de sélection}
+
+
+\subsection{Journaux internationaux avec comité de sélection (en cours de soumission)}
+
+\vspace{-2em}
\begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
-\bibitem[AAG{\etalchar{+}}15]{aagp+15:ip}
-Reem Alsrraj, Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Laurent Philippe, and
- Jean-Fran\c{c}ois Couchot.
-\newblock Well-supported phylogenies using largest subsets of core-genes by
- discrete particle swarm optimization.
-\newblock In {\em CIBB 2015, 12th Int. Meeting on Computational Intelligence
- Methods for Bioinformatics and Biostatistics}, pages ***--***, Naples, Italy,
- September 2015.
-\newblock To appear.
+\makeatletter
+\addtocounter{\@listctr}{11}
+\makeatother
+
+
+\bibitem{bdcc15:onp}
+Ahmad Bitar, Rony Darazi, Jean-François Couchot, and Raphaël Couturier.
+\newblock Blind digital watermarking in pdf documents using spread transform
+ dither modulation.
+\newblock in submission to the Multimedia Tools and Applications journal,
+ December 2014.
+
+\bibitem{cgh16:onp}
+Jean-François Couchot, Christophe Guyeux, and Pierre-Cyrille H\'eam.
+\newblock Random walk in a n-cube without hamiltonian cycle to chaotic
+ pseudorandom number generation: Theoretical and practical considerations.
+\newblock in submission to the RAIRO - Theoretical Informatics and Applications
+ special issue to the 15-th Mons Theoretical Computer Science Days, March
+ 2015.
+
+\bibitem{bgco16:onp}
+Mohammed Bakiri, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}cois Couchot, and
+ Abdelkrim~Kamel Oudjida.
+\newblock Survey on hardware implementation of random number generators on
+ fpga: Theory and experimental analyses.
+\newblock in submission to the ACM Computing Surveys journal, August 2015.
+
+
+
+
+
+
+
+
+\end{thebibliography}
-\bibitem[ACG{\etalchar{+}}14]{acgm+14:ij}
+\subsection{Conférences internationales avec comité de sélection}
+\vspace{-2em}
+\begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
+\makeatletter
+\addtocounter{\@listctr}{14}
+\makeatother
+
+\bibitem{aangc+15:ip}
+Bassam Alkindy, Huda Al'Nayyef, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot,
+ Michel Salomon, and Jacques Bahi.
+\newblock Improved core genes prediction for constructing well-supported
+ phylogenetic trees in large sets of plant species.
+\newblock In {\em IWBBIO 2015, 3rd Int. Work-Conf. on Bioinformatics and
+ Biomedical Engineering, Part I}, volume 9043 of {\em LNCS}, pages 379--390,
+ Granada, Spain, April 2015.
+
+\bibitem{acgm+14:ij}
Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, Arnaud Mouly,
Michel Salomon, and Jacques Bahi.
\newblock Finding the core-genes of chloroplasts.
Science}, number 4(5) in IJBBB, Journal of Bioscience, Biochemistery, and
Bioinformatics, pages 357--364, Copenhagen, Denmark, June 2014.
-\bibitem[ACGS13]{acgs13:onp}
-Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel
- Salomon.
-\newblock Finding the core-genes of chloroplast species.
-\newblock Journ\'ees SeqBio 2013, Montpellier, November 2013.
-
-\bibitem[AGC{\etalchar{+}}14]{akgcs+14:oip}
+\bibitem{akgcs+14:oip}
Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Michel Salomon,
and Jacques Bahi.
\newblock Gene similarity-based approaches for determining core-genes of
Belfast, United Kingdom, November 2014.
\newblock Short paper.
-\bibitem[BCDG07]{BCDG07}
-Fabrice Bouquet, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Fr\'ed\'eric Dadeau, and Alain
- Giorgetti.
-\newblock Instantiation of parameterized data structures for model-based
- testing.
-\newblock In Jacques Julliand and Olga Kouchnarenko, editors, {\em B'2007, the
- 7th Int. B Conference}, volume 4355 of {\em LNCS}, pages 96--110, Besancon,
- France, January 2007. Springer.
+\bibitem{agcs+15:ip}
+Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Michel Salomon,
+ Christian Parisod, and Jacques Bahi.
+\newblock Hybrid genetic algorithm and lasso test approach for inferring well
+ supported phylogenetic trees based on subsets of chloroplastic core genes.
+\newblock In {\em AlCoB 2015, 2nd Int. Conf. on Algorithms for Computational
+ Biology}, volume~* of {\em LNCS/LNBI}, pages ***--***, Mexico City, Mexico,
+ August 2015. Springer.
+\newblock To appear in the LNCS/LNBI series.
+
+\bibitem{aagp+15:ip}
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+Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Nicolas Friot, Christophe Guyeux, and
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\newblock Steganalyzer performances in operational contexts.
\begin{itemize}
\item au Workshop \og Théorie des réseaux booléens et ses applications en biologie\fg{}
-à Nice en novembre 2014.
+à Nice en novembre 2014;
\item à la journée \og Advances in Mobile Technologies Day\fg{} par l'Université Antonine (Liban) en mai 2013;
\end{itemize}
\subsection{Communications diverses}
+\vspace{-2em}
\begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
-\bibitem[CHG{\etalchar{+}}14b]{chgw+14:onp}
+\makeatletter
+\addtocounter{\@listctr}{34}
+\makeatother
+
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+ Salomon.
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+
+
\end{thebibliography}
+
+
+
% \newpage
% \section{Avis du directeur de l'Equipe}\label{sec:avis:directeur}
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