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quelques images en plus et rmarques Olga
[hdrcouchot.git] / demandeInscription / synthese.tex
diff --git a/demandeInscription/synthese.tex b/demandeInscription/synthese.tex
index 96cee350d7fa7da5b2a53bac535ae9a543fbcf1a..26fefb1b231a2a1a249763714c8569a3ff0b35ef 100755 (executable)
--- a/demandeInscription/synthese.tex
+++ b/demandeInscription/synthese.tex
@@ -82,7 +82,7 @@
 \begin{document}
 \renewcommand{\refname}{ }
 
 \begin{document}
 \renewcommand{\refname}{ }
 
-\title{Mémoire de synthèse des activités de recherche et d'encadrement.}
+\title{Mémoire de synthèse des activités de recherche et d'encadrement}
 \author{Jean-Fran\c{c}ois {\sc Couchot}}
 
 
 \author{Jean-Fran\c{c}ois {\sc Couchot}}
 
 
@@ -94,29 +94,29 @@
 
 \subsection{Contacts}
 \begin{itemize}
 
 \subsection{Contacts}
 \begin{itemize}
-\item \textbf{web~:} \url{http://members.femto-st.fr/jf-couchot/}
-\item \textbf{courrier~:} 
+\item \textbf{web:} \url{http://members.femto-st.fr/jf-couchot/}
+\item \textbf{courrier:} 
 %\begin{minipage}[t]{10cm} 
 FEMTO-ST, dpt DISC, IUT BM, 19 rue du maréchal Juin, 90000 Belfort
 %\end{minipage}
 %\begin{minipage}[t]{10cm} 
 FEMTO-ST, dpt DISC, IUT BM, 19 rue du maréchal Juin, 90000 Belfort
 %\end{minipage}
-\item \textbf{mail~:} \url{couchot@femto-st.fr}
-\item\textbf {tel~:}       (+33) (0)3 84 58 77 38
-\item\textbf {gsm~:} (+33) (0)6 76 06 68 94 
+\item \textbf{mail:} \url{couchot@femto-st.fr}
+\item\textbf {tel:}       (+33) (0)3 84 58 77 38
+\item\textbf {gsm:} (+33) (0)6 76 06 68 94 
 \end{itemize}
 
 \subsection{Diplômes universitaires}
 \begin{itemize}
 \end{itemize}
 
 \subsection{Diplômes universitaires}
 \begin{itemize}
-\item{\bf{91~:}} Baccalauréat série C mention AB, Besançon.
-\item{\bf{95~:}} Maîtrise de mathématiques pures, Université de
+\item{\bf{91:}} Baccalauréat série C mention AB, Besançon.
+\item{\bf{95:}} Maîtrise de mathématiques pures, Université de
   Franche-Comté (UFC).
   Franche-Comté (UFC).
-\item{\bf{96~:}} 
+\item{\bf{96:}} 
 CAPES de mathématiques, IUFM d'Auvergne.
 CAPES de mathématiques, IUFM d'Auvergne.
-\item{\bf{02~:}} 
+\item{\bf{02:}} 
 Maîtrise d'informatique, mention B (UFC). 
 Maîtrise d'informatique, mention B (UFC). 
-\item{\bf{02~:}}
+\item{\bf{02:}}
  DEA Informatique, option {\em Génie Logiciel} (UFC). Stage intitulé {\em Atteignabilité d'états et spécifications
  DEA Informatique, option {\em Génie Logiciel} (UFC). Stage intitulé {\em Atteignabilité d'états et spécifications
-logico-ensemblistes}. Major de Promotion, mention TB. 
-\item{\bf{avril 06~:}}
+logico-ensemblistes}. Major de promotion, mention TB. 
+\item{\bf{avril 06:}}
  Doctorat en  informatique au Laboratoire d'Informatique 
 de l'Université de Franche Comté (devenu département DISC de FEMTO-ST), 
 sur la {\em vérification d'invariants par superposition}, 
  Doctorat en  informatique au Laboratoire d'Informatique 
 de l'Université de Franche Comté (devenu département DISC de FEMTO-ST), 
 sur la {\em vérification d'invariants par superposition}, 
@@ -126,23 +126,23 @@ mention très honorable.
 
 \subsection{Fonctions et expériences professionnelles}
 \begin{itemize}
 
 \subsection{Fonctions et expériences professionnelles}
 \begin{itemize}
-\item{\bf{95-00~:}} Enseignant en mathématiques dans le secondaire,
+\item{\bf{95-00:}} Enseignant en mathématiques dans le secondaire,
   successivement à Aurillac(15), Beaune(21), Belfort(90) et 
   Montbéliard(25).  
   successivement à Aurillac(15), Beaune(21), Belfort(90) et 
   Montbéliard(25).  
-\item{\bf{sept. 00-06~:}} PrCe $71^{ème}$ section, Unité de Formation
+\item{\bf{sept. 00-06:}} PrCe $71^{ème}$ section, Unité de Formation
   et de Recherche (UFR) Sciences du 
   Langage de l'Homme et de la Société (SLHS) à l'UFC. 
   et de Recherche (UFR) Sciences du 
   Langage de l'Homme et de la Société (SLHS) à l'UFC. 
-\item{\bf{sept. 06-07~:}} Post-doctorant INRIA (projet ProVal) sur le
+\item{\bf{sept. 06-07:}} Post-doctorant INRIA (projet ProVal) sur le
   thème de l'intégration de preuves interactives dans des preuves
   automatiques (et vice-versa). %pour la vérification de programmes C embarqués.
   thème de l'intégration de preuves interactives dans des preuves
   automatiques (et vice-versa). %pour la vérification de programmes C embarqués.
-\item{\bf{sept. 07-08~:}} PrCe $71^{ème}$ section, UFR SLHS à l'UFC. 
-\item{\bf{sept. 08-\ldots~:}} Maître de Conférences $27^{ème}$ section, IUT de Belfort-Montbéliard (IUT BM), au département d'informatique (UFC). 
-\item{\bf{sept. 11-14\ldots~:}} \'Elu au Conseil d'Institut de l'IUT BM. 
+\item{\bf{sept. 07-08:}} PrCe $71^{ème}$ section, UFR SLHS à l'UFC. 
+\item{\bf{sept. 08-\ldots:}} Maître de Conférences $27^{ème}$ section, IUT de Belfort-Montbéliard (IUT BM), au département d'informatique (UFC). 
+\item{\bf{nov. 10- nov. 14:}} \'Elu au Conseil d'Institut de l'IUT BM. 
  \end{itemize}
 
 
 \newpage
  \end{itemize}
 
 
 \newpage
-\section{Nom et type de l'équipe de recherche.}
+\section{Nom et type de l'équipe de recherche}
 
 Je suis membre de l'équipe Algorithmique Numérique Distribuée (AND) du 
 Département d'Informatique des Systèmes Complexes (DISC)
 
 Je suis membre de l'équipe Algorithmique Numérique Distribuée (AND) du 
 Département d'Informatique des Systèmes Complexes (DISC)
@@ -179,7 +179,7 @@ pendant mon doctorat et le post-doctorat qui a suivi à l'INRIA.
 
 Durant mon travail de thèse intitulée 
 {\em vérification d'invariants par superposition}, 
 
 Durant mon travail de thèse intitulée 
 {\em vérification d'invariants par superposition}, 
-j'ai proposé différentes traductions en logique équationnelle\cite{cdgr03:ij,cddg+04:ip,cg04:np} 
+j'ai proposé différentes traductions en logique équationnelle~\cite{cdgr03:ij,cddg+04:ip,cg04:np,couchot04:onp} 
 des obligations de preuve,  
 dans l'objectif de faire converger
 le plus rapidement possible un prouveur par superposition qui les décharge.
 des obligations de preuve,  
 dans l'objectif de faire converger
 le plus rapidement possible un prouveur par superposition qui les décharge.
@@ -197,14 +197,14 @@ mutuelle~\cite{CGK05} définis à l'aide de spécifications ensemblistes B~\cite
  
 
 \begin{thebibliography}{9}
  
 
 \begin{thebibliography}{9}
-\bibitem[CGK05]{CGK05}
+\bibitem{CGK05}
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Alain Giorgetti, and Nikolai Kosmatov.
 \newblock A uniform deductive approach for parameterized protocol safety.
 \newblock In David~F. Redmiles, Thomas Ellman, and Andrea Zisman, editors, {\em
   ASE}, pages 364--367. ACM, 2005.
 
 
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Alain Giorgetti, and Nikolai Kosmatov.
 \newblock A uniform deductive approach for parameterized protocol safety.
 \newblock In David~F. Redmiles, Thomas Ellman, and Andrea Zisman, editors, {\em
   ASE}, pages 364--367. ACM, 2005.
 
 
-\bibitem[CDD{\etalchar{+}}04]{cddg+04:ip}
+\bibitem{cddg+04:ip}
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Fr\'ed\'eric Dadeau, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti,
   and S.~Ranise.
 \newblock Proving and debugging set-based specifications.
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Fr\'ed\'eric Dadeau, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti,
   and S.~Ranise.
 \newblock Proving and debugging set-based specifications.
@@ -212,29 +212,39 @@ Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Fr\'ed\'eric Dadeau, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti,
   volume~95 of {\em ENTCS, Electronic Notes in Theoretical Computer Science},
   pages 189--208, Campina Grande, Brazil, May 2004.
 
   volume~95 of {\em ENTCS, Electronic Notes in Theoretical Computer Science},
   pages 189--208, Campina Grande, Brazil, May 2004.
 
-\bibitem[CDGR03]{cdgr03:ij}
+\bibitem{cdgr03:ij}
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
 \newblock Scalable automated proving and debugging of set-based specifications.
 \newblock {\em Journal of the Brazilian Computer Society (JBCS)}, 9(2):17--36,
   November 2003.
 \newblock ISSN 0104-6500.
 
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
 \newblock Scalable automated proving and debugging of set-based specifications.
 \newblock {\em Journal of the Brazilian Computer Society (JBCS)}, 9(2):17--36,
   November 2003.
 \newblock ISSN 0104-6500.
 
-\bibitem[CG04]{cg04:np}
+\bibitem{cg04:np}
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot and Alain Giorgetti.
 \newblock Analyse d'atteignabilit\'e d\'eductive.
 \newblock In Jacques Julliand, editor, {\em Congr\`es Approches Formelles dans
   l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels, AFADL'04}, pages 269--283,
   Besan\c{c}on, France, June 2004.
 
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot and Alain Giorgetti.
 \newblock Analyse d'atteignabilit\'e d\'eductive.
 \newblock In Jacques Julliand, editor, {\em Congr\`es Approches Formelles dans
   l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels, AFADL'04}, pages 269--283,
   Besan\c{c}on, France, June 2004.
 
-\bibitem[CDGR04]{cdgr04:onp}
+\bibitem{cdgr04:onp}
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
-\newblock {B}arvey~: {V}\'erification automatique de consistance de machines
+\newblock {B}arvey: {V}\'erification automatique de consistance de machines
   abstraites {B}.
 \newblock In Jacques Julliand, editor, {\em AFADL'04, Approches Formelles dans
   abstraites {B}.
 \newblock In Jacques Julliand, editor, {\em AFADL'04, Approches Formelles dans
-  l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels,}, pages 369--372, Besan\c{c}on,
+  l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels,} pages 369--372, Besan\c{c}on,
   France, June 2004.
 \newblock Session outils.
 
   France, June 2004.
 \newblock Session outils.
 
+
+\bibitem{couchot04:onp}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot.
+\newblock V\'erification d'invariant par superposition.
+\newblock In {\em {MAJECSTIC}'04, {MA}nifestation de {JE}unes {C}hercheurs
+  {STIC}}, Calais, France, October 2004.
+\newblock Actes en ligne sur { t
+  http://lil.univ-littoral.fr/\~{}lewandowski/majecstic/programme.html}.
+
+
 \end{thebibliography}
 
 
 \end{thebibliography}
 
 
@@ -255,13 +265,14 @@ Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
 \section{Exposé des recherches réalisées au cours de la période postdoctorale}
 
 Entre avril 2006 et aujourd'hui, les recherches réalisées ont concerné plusieurs domaines synthétisés ci-après. Le premier travail (Sec.~\ref{sub:verif}) 
 \section{Exposé des recherches réalisées au cours de la période postdoctorale}
 
 Entre avril 2006 et aujourd'hui, les recherches réalisées ont concerné plusieurs domaines synthétisés ci-après. Le premier travail (Sec.~\ref{sub:verif}) 
-est une suite directe des travaux de thèse. Suivent six sections
-(de la Sec.~\ref{sub:sdd} à la Sec.~\ref{sub:hash}) sur les systèmes 
-dynamiques discrets et leurs applications, thématique 
+est une suite directe des travaux de thèse. 
+Le second concerne les systèmes dynamiques discrets 
+et leurs applications (Sec.~\ref{sub:sdd}), thématique 
 pour laquelle j'ai été recruté dans l'équipe AND du département
 pour laquelle j'ai été recruté dans l'équipe AND du département
-DISC. Enfin la section~\ref{sub:gen} présente comment j'ai réinvesti le 
-domaine de la bio-informatique à l'aide de compétences connexes.
-Ces travaux ont été valorisées par des publications dont les références sont données.
+DISC. Enfin la section~\ref{sub:gen} présente comment je me suis investi dans 
+le  domaine de la bio-informatique à l'aide de compétences connexes.
+Ces travaux ont été valorisés par des publications dont les références sont données à la section~\ref{sec:publi} et synthéthisées à la figure~\ref{fig:bilan}
+en fin de document.
 
 \subsection{Vérification de programmes par 
   preuve automatique}\label{sub:verif}
 
 \subsection{Vérification de programmes par 
   preuve automatique}\label{sub:verif}
@@ -292,16 +303,19 @@ de 5000 lignes de Code C annoté fourni par Dassault aviation.
 
 
 
 
 
 
-
-\subsection{Convergence de systèmes  dynamiques discrets}\label{sub:sdd}
-
+\subsection{Les Systèmes dynamiques discrets (SDD)}\label{sub:sdd}
 Un système dynamique discret (SDD) est une fonction $f$ 
 du $n$-cube ($\{0,1\}^n$) dans lui même et un mode opératoire
 (parallèle, unaire, généralisé) qui peut être itéré 
 Un système dynamique discret (SDD) est une fonction $f$ 
 du $n$-cube ($\{0,1\}^n$) dans lui même et un mode opératoire
 (parallèle, unaire, généralisé) qui peut être itéré 
-en synchrone ou en asynchrone.
+en synchrone ou en asynchrone. Cette section présente un ensemble 
+de mes contributions dans cette thématique. 
+
+
+\subsubsection{Convergence de systèmes  dynamiques discrets}
+
 %Ils ont été étudiés à de maintes reprises ~\cite{Rob95,Bah00,bcv02}.
 Pour chacun de ces modes, il existe des critères  (suffisants) de convergence
 %Ils ont été étudiés à de maintes reprises ~\cite{Rob95,Bah00,bcv02}.
 Pour chacun de ces modes, il existe des critères  (suffisants) de convergence
-globale ou locale, souvent basés sur le fait que  $f$ est  
+globale ou locale, souvent basés sur le fait que  $f$ 
 est un opérateur contractant dans un espace.
 
 Les modes  asynchrones ont une dynamique avec plus de liberté 
 est un opérateur contractant dans un espace.
 
 Les modes  asynchrones ont une dynamique avec plus de liberté 
@@ -312,30 +326,32 @@ sont coûteux en temps et/ou que les temps de communication sont élevés,
 ces modes peuvent présenter une convergence plus rapide que le cas synchrone.  
 
 J'ai formalisé le mode des 
 ces modes peuvent présenter une convergence plus rapide que le cas synchrone.  
 
 J'ai formalisé le mode des 
-\emph{itérations mixes} (introduit par Pr. J. M.  Bahi en 2005 notamment)
+\emph{itérations mixtes} (introduit par Pr. J. M.  Bahi en 2005 notamment)
 qui combine synchronisme et asynchronisme.
 Intuitivement, les n{\oe}uds qui pourraient engendrer des cycles dans 
 les itérations asynchrones sont regroupés dans une même classe. 
 qui combine synchronisme et asynchronisme.
 Intuitivement, les n{\oe}uds qui pourraient engendrer des cycles dans 
 les itérations asynchrones sont regroupés dans une même classe. 
-Les noeuds à l'intérieur celle-ci seront itérés de manière 
+Les noeuds à l'intérieur de celle-ci seront itérés de manière 
 synchrone et les itérations asynchrones sont conservées entre les groupes. 
 Pour gommer les  différences entre les n{\oe}uds d'une même classe
 lorsqu'ils  sont vus depuis des n{\oe}uds extérieurs, j'ai défini le 
 synchrone et les itérations asynchrones sont conservées entre les groupes. 
 Pour gommer les  différences entre les n{\oe}uds d'une même classe
 lorsqu'ils  sont vus depuis des n{\oe}uds extérieurs, j'ai défini le 
-mode des \emph{itérations mixes avec délais uniformes}.
+mode des \emph{itérations mixtes avec délais uniformes}.
 J'ai pu ainsi énoncer puis démontrer un théorème 
 établissant que pour des conditions classiques de convergence des itérations
 J'ai pu ainsi énoncer puis démontrer un théorème 
 établissant que pour des conditions classiques de convergence des itérations
-synchrones d'une fonction $f$, les itérations mixes à délai uniforme
+synchrones d'une fonction $f$, les itérations mixtes à délai uniforme
 convergent aussi vers le même point fixe.
 Ceci a été synthétisé dans~\cite{BCVC10:ir}. 
 
 
 convergent aussi vers le même point fixe.
 Ceci a été synthétisé dans~\cite{BCVC10:ir}. 
 
 
-L'étude de convergence de SDDs est simple à vérifier 
-pratiquement pour le mode synchrone. 
-C'est beaucoup plus complexe lorsqu'on traite des itérations asynchrones 
-et mixes prenant de plus en compte les délais. 
+L'étude de convergence de SDDs de modèles de petite taille 
+est simple à vérifier pratiquement pour le mode synchrone parallèle: 
+l'espace d'intérêt est fini.  
+C'est beaucoup plus complexe lorsqu'on traite des itérations
+unaires, voire généralisées
+asynchrones et mixtes prenant de plus en compte les délais. 
 Des méthodes de simulation basées sur des stratégies et des délais générés aléatoirement avaient déjà été présentées.
 Cependant, comme ces implantations ne sont pas exhaustives, elles ne sont intéressantes que lorsqu'elles fournissent un contre-exemple. 
 Lorsqu'elles exhibent une convergence,  
 Des méthodes de simulation basées sur des stratégies et des délais générés aléatoirement avaient déjà été présentées.
 Cependant, comme ces implantations ne sont pas exhaustives, elles ne sont intéressantes que lorsqu'elles fournissent un contre-exemple. 
 Lorsqu'elles exhibent une convergence,  
-cela ne permet que donner une intuition de convergence, pas  une preuve.
+cela ne permet que de donner une intuition de convergence, pas  une preuve.
 Autant que je sache, aucune démarche de preuve formelle automatique 
 de convergence n'avait jamais été établie. 
 
 Autant que je sache, aucune démarche de preuve formelle automatique 
 de convergence n'avait jamais été établie. 
 
@@ -356,11 +372,11 @@ ont aussi été fournies.
 Ceci a été synthétisé dans~\cite{Cou10:ir}
 
 
 Ceci a été synthétisé dans~\cite{Cou10:ir}
 
 
-\subsection{Construction de fonctions chaotiques}
+\subsubsection{Construction de fonctions chaotiques}
 Je me suis intéressé ensuite à l'étude du problème dual 
 de l'étude de divergence d'un SDD.
 Le Pr. C. Guyeux de l'équipe AND a proposé dans sa thèse en 2010
 Je me suis intéressé ensuite à l'étude du problème dual 
 de l'étude de divergence d'un SDD.
 Le Pr. C. Guyeux de l'équipe AND a proposé dans sa thèse en 2010
-une caractérisation des fonctions $f$ de $\{0,1\}^n$ dans lui même 
+une caractérisation des fonctions $f$ de $\{0,1\}^n$ dans lui-même 
 dont les itérations sont chaotiques selon Devanney pour un  mode donné: 
 il est nécessaire et suffisant que son graphe des itérations soit
 fortement connexe.  
 dont les itérations sont chaotiques selon Devanney pour un  mode donné: 
 il est nécessaire et suffisant que son graphe des itérations soit
 fortement connexe.  
@@ -392,14 +408,14 @@ Ces méthodes ont permis d'étendre à l'infini la classe des fonctions
 dont les itérations sont chaotiques.
 
 
 dont les itérations sont chaotiques.
 
 
-\subsection{Apprentissage par réseaux neuronaux}
+\subsubsection{Apprentissage par réseaux neuronaux}
 Nous disposons grâce aux travaux présentés à la section précédente d'un grand
 nombre de fonctions dont les itérations sont chaotiques.
 Nous avons entrepris d'étudier ces itérations et plus particulièrement leur 
 apprentissage par un réseau de neurones. 
 J'ai notamment pu contribuer à montrer pratiquement qu'il
 est très difficile (voir impossible) de les prédire 
 Nous disposons grâce aux travaux présentés à la section précédente d'un grand
 nombre de fonctions dont les itérations sont chaotiques.
 Nous avons entrepris d'étudier ces itérations et plus particulièrement leur 
 apprentissage par un réseau de neurones. 
 J'ai notamment pu contribuer à montrer pratiquement qu'il
 est très difficile (voir impossible) de les prédire 
-à l'aide de tels outils d'intelligence artificielle~\cite{bcgs12:ij}.
+à l'aide d'outils d'intelligence artificielle~\cite{bcgs12:ij}.
 
 
 Nous nous sommes attaqués parallèlement 
 
 
 Nous nous sommes attaqués parallèlement 
@@ -414,25 +430,37 @@ que le régime est extrêmement turbulent, donc difficile à prévoir.
 Nous avons souhaité 
 continuer nos expériences d'apprentissage à l'aide 
 de réseau de neurones dans ce contexte.
 Nous avons souhaité 
 continuer nos expériences d'apprentissage à l'aide 
 de réseau de neurones dans ce contexte.
- Il est apparu comme judicieux de mémoriser les configurations
+La figure~\ref{fig:mems}, issue de~\cite{cds13:ij}, montre 
+que notre approche a pu apprendre ce régime turbulent. 
+Il est apparu comme intéressant de mémoriser les configurations
 représentant l'état des actionneurs à l'aide de nombres binaires.
 De plus les codes de Gray (dont deux mots adjacents ne diffèrent que d'un 
 bit) se sont présentés comme une des manières de mémoriser les sorties du 
 réseau de neurones comme un seul nombre binaire.
 représentant l'état des actionneurs à l'aide de nombres binaires.
 De plus les codes de Gray (dont deux mots adjacents ne diffèrent que d'un 
 bit) se sont présentés comme une des manières de mémoriser les sorties du 
 réseau de neurones comme un seul nombre binaire.
-Quand on sait que trouver un chemin hamiltonien (comme étudié dans la partie précédente) dans un
+Or trouver un chemin hamiltonien 
+(comme étudié dans la partie précédente) dans un
 $n$-cube revient à trouver un code 
 de Gray dans un mot de $n$-bits. Les compétences acquises lors du travail 
 sur les chemins hamiltoniens ont ainsi pu être réutilisées et approfondies.
 $n$-cube revient à trouver un code 
 de Gray dans un mot de $n$-bits. Les compétences acquises lors du travail 
 sur les chemins hamiltoniens ont ainsi pu être réutilisées et approfondies.
-Les résultats pratiques quant à l'utilisation de ces codes ce sont cependant 
+Les résultats pratiques quant à l'utilisation de ces codes se sont cependant 
 révélés comme moins pertinents que l'utilisation de $n$ sorties.
 Ceci a été valorisé dans les publications~\cite{cds12:ip,cds13:ij}.
 
 révélés comme moins pertinents que l'utilisation de $n$ sorties.
 Ceci a été valorisé dans les publications~\cite{cds12:ip,cds13:ij}.
 
-\subsection{Génération de nombres pseudo-aléatoires}
+\begin{figure}
+\begin{center}
+\includegraphics[scale=0.5]{test.pdf}
+\end{center}
+\caption{Prédiction d'une force issue d'un flux d'air
+  le long d'un véhicule avec injecteurs}\label{fig:mems}
+\end{figure}
+
+
+\subsubsection{Génération de nombres pseudo-aléatoires}
 Au commencement de ce travail, notre équipe disposait d'un générateur de nombres 
 pseudo-aléatoires (PRNG) 
 basé sur une seule fonction dont nous avions prouvé la chaoticité 
 des itérations, à savoir la négation booléenne vectorielle. Cependant pour 
 Au commencement de ce travail, notre équipe disposait d'un générateur de nombres 
 pseudo-aléatoires (PRNG) 
 basé sur une seule fonction dont nous avions prouvé la chaoticité 
 des itérations, à savoir la négation booléenne vectorielle. Cependant pour 
-réussir les tests statistiques dédiées aux PRNGs, il était nécessaire d'itérer 
+réussir les tests statistiques dédiés aux PRNGs, il était nécessaire d'itérer 
 un grand nombre (arbitraire) de fois cette fonction entre deux 
 sorties. 
 
 un grand nombre (arbitraire) de fois cette fonction entre deux 
 sorties. 
 
@@ -456,9 +484,10 @@ des fonctions avec une telle caractéristique~\cite{chgw+14:oip}.
 De plus, je me suis attaché à montrer l'importance 
 de l'équilibrage du chemin hamiltonien à enlever. 
 
 De plus, je me suis attaché à montrer l'importance 
 de l'équilibrage du chemin hamiltonien à enlever. 
 
-Les générateurs produits ont d'abord été évalués avec succès
-ont confirmé la qualité de 
-ceux-ci~\cite{bcgw11:ip,chgw+14:onp,chgw+14:oip} en se confrontant à 
+ 
+Les qualités statistiques des générateurs produits  
+ont été évalués avec succès~\cite{bcgw11:ip,chgw+14:onp,chgw+14:oip}
+ en se confrontant à 
 des batteries de tests telles que Die-Hard, NIST, TestU01.
 
 Plus récemment, nous avons entrepris de trouver des bornes du temps d'arrêt
 des batteries de tests telles que Die-Hard, NIST, TestU01.
 
 Plus récemment, nous avons entrepris de trouver des bornes du temps d'arrêt
@@ -466,7 +495,7 @@ d'obtention d'une distribution uniforme d'un générateur
 construit en enlevant un chemin hamiltonien équilibré dans un $n$-cube. Le travail 
 en collaboration avec Pr. P.-C. Heam du DISC
 est en cours de soumission
 construit en enlevant un chemin hamiltonien équilibré dans un $n$-cube. Le travail 
 en collaboration avec Pr. P.-C. Heam du DISC
 est en cours de soumission
-dans un  international.
+dans un  journal international.
 
 Enfin j'ai été sollicité pour encadrer une thèse sur l'implantation 
 de générateurs de nombre pseudo-aléatoires à bases d'itérations 
 
 Enfin j'ai été sollicité pour encadrer une thèse sur l'implantation 
 de générateurs de nombre pseudo-aléatoires à bases d'itérations 
@@ -481,7 +510,7 @@ est en cours de soumission dans un journal international.
 
 
 
 
 
 
-\subsection{Masquage d'information}\label{sub:ih}
+\subsubsection{Masquage d'information}\label{sub:ih}
 
 La propriété de transitivité des fonctions chaotiques implique que l'on peut 
 atteindre tout point depuis le voisinage de n'importe quel point.
 
 La propriété de transitivité des fonctions chaotiques implique que l'on peut 
 atteindre tout point depuis le voisinage de n'importe quel point.
@@ -506,17 +535,17 @@ pertinente les fonctions à itérer soit pour garantir une robustesse
 élevée~\cite{bcfg12b:ip,bcfg+13:ip} soit pour masquer l'information dans le média 
 et être le moins détectable possible~\cite{bcfg12a:ip}. 
 
 élevée~\cite{bcfg12b:ip,bcfg+13:ip} soit pour masquer l'information dans le média 
 et être le moins détectable possible~\cite{bcfg12a:ip}. 
 
-D'autre méthodes de watermarking ont été investies 
+D'autre méthodes de watermarking ont été investies, 
 particulièrement celles basées sur la Quantization Index Modulation (QIM), méthodes 
 étant supposées comme les plus robustes. Mes principales contributions 
 particulièrement celles basées sur la Quantization Index Modulation (QIM), méthodes 
 étant supposées comme les plus robustes. Mes principales contributions 
-sur ce travail --en collaboration avec Dr R. Darzy de l'Université Antonine au Liban
+sur ce travail --en collaboration avec Dr R. Darazy de l'Université Antonine au Liban
 et en co-encadrant le stage de M2 de Ahmad Bittar--,
 ont été 
 d'intégrer ceci à du marquage de document PDF puis de 
 présenter ce problème comme un problème d'optimisation. 
 Grâce à une telle présentation nous avons pu trouver les paramètre optimaux
 des méthodes QIM assurant à la fois robustesse et indétectabilité.
 et en co-encadrant le stage de M2 de Ahmad Bittar--,
 ont été 
 d'intégrer ceci à du marquage de document PDF puis de 
 présenter ce problème comme un problème d'optimisation. 
 Grâce à une telle présentation nous avons pu trouver les paramètre optimaux
 des méthodes QIM assurant à la fois robustesse et indétectabilité.
-Le travail est en cours de soumission dans un  international.
+Le travail est en cours de soumission dans un  journal international.
 
 Lorsque l'objectif visé est l'indétectabilité, on parle de \emph{stéganographie}.
 Ce domaine a été adressé en critiquant notamment les scénarios usuels d'évaluation
 
 Lorsque l'objectif visé est l'indétectabilité, on parle de \emph{stéganographie}.
 Ce domaine a été adressé en critiquant notamment les scénarios usuels d'évaluation
@@ -527,34 +556,71 @@ Ceci se réalise en co-encadrant le doctorat de Y. Fadil.
 J'ai de plus participé à l'élaboration de l'algorithme STABYLO~\cite{ccg15:ij}
 qui est un schéma de
 stéganographie basé sur l'enfouissement de l'information dans les contours 
 J'ai de plus participé à l'élaboration de l'algorithme STABYLO~\cite{ccg15:ij}
 qui est un schéma de
 stéganographie basé sur l'enfouissement de l'information dans les contours 
-présents dans une image. 
+présents dans une image et ilustré à la figure~\ref{fig:STABYLO}.
 Ce travail est en collaboration avec Pr. R. Couturier.
 Mes contributions ont principalement été la formalisation de l'algorithme et 
 son étude de complexité. Grâce a l'optimisation de cette dernière,
 nous avons  pu montrer 
 que cet algorithme présente un excellent compromis entre sécurité
 Ce travail est en collaboration avec Pr. R. Couturier.
 Mes contributions ont principalement été la formalisation de l'algorithme et 
 son étude de complexité. Grâce a l'optimisation de cette dernière,
 nous avons  pu montrer 
 que cet algorithme présente un excellent compromis entre sécurité
-fournie et complexité.  
-
-\subsection{Les fonctions de hachage}\label{sub:hash}
+fournie et complexité.
+
+
+
+\begin{figure}[h]
+  \begin{center}
+    \subfigure[Support]{
+      \includegraphics[scale=0.20]{lena512}
+    }
+    \subfigure[Message]{
+      \begin{minipage}[b]{0.28\linewidth}
+        \begin{flushleft}
+          \begin{scriptsize}
+            The skies they were ashen and sober;\linebreak
+            $\qquad$ The leaves they were crisped and sere—\linebreak
+            $\qquad$ The leaves they were withering and sere;\linebreak
+            It was night in the lonesome October\linebreak
+            $\qquad$ Of my most immemorial year;\linebreak
+            It was hard by the dim lake of Auber,\linebreak
+            $\qquad$ In the misty mid region of Weir—\linebreak
+            It was down by the dank tarn of Auber,\linebreak
+            $\qquad$ In the ghoul-haunted woodland of Weir.
+          \end{scriptsize}
+        \end{flushleft}
+      \end{minipage}
+    }
+    \subfigure[Contours]{
+      \includegraphics[scale=0.20]{edge7}
+    }
+    \subfigure[Image avec msg.]{
+      \includegraphics[scale=0.20]{lena7}
+    }
+
+  \end{center}
+  \caption{Embarquement d'un message dans une image selon STABYLO}\label{fig:STABYLO}
+\end{figure}
+
+  
+
+\subsubsection{Les fonctions de hachage}\label{sub:hash}
 Une fonction qui calcule une empreinte servant à identifier rapidement toute 
 Une fonction qui calcule une empreinte servant à identifier rapidement toute 
-donnée fournie en entrée est une fonction de hachage. On utilse ce genre
+donnée fournie en entrée est une fonction de hachage. On utilise ce genre
 de fonctions dès qu'on veut comparer des éléments de grande taille car il 
 suffit de comparer leurs empreintes (généralement de taille plus réduite).  
 Une telle fonction doit induire de grandes variations dans l'empreinte 
 de fonctions dès qu'on veut comparer des éléments de grande taille car il 
 suffit de comparer leurs empreintes (généralement de taille plus réduite).  
 Une telle fonction doit induire de grandes variations dans l'empreinte 
-lorsque l'entrée varie même très peu. C'est l'effet avalanche. Cet 
+lorsque l'entrée varie même très peu. C'est l'effet avalanche. Cette 
 condition fait penser à la forte sensibilité aux conditions initiales
 d'une fonction chaotique.
 
 condition fait penser à la forte sensibilité aux conditions initiales
 d'une fonction chaotique.
 
-Fort de nos compétences sur les fonctions dont les itérations sont 
+Forts de nos compétences sur les fonctions dont les itérations sont 
 chaotiques, nous avons proposé de nouvelles fonctions de hachage.
 Celles-ci combinent des outils classiques utilisés dans les
 fonctions de hachage 
 usuelles et des itérations de systèmes dynamiques discrets étudiés 
 chaotiques, nous avons proposé de nouvelles fonctions de hachage.
 Celles-ci combinent des outils classiques utilisés dans les
 fonctions de hachage 
 usuelles et des itérations de systèmes dynamiques discrets étudiés 
-au préallable.
+au préalable.
 Nous avons prouvé que ces fonctions sont résistantes à la 
 Nous avons prouvé que ces fonctions sont résistantes à la 
-seconde préimage. Leur complexité, polynomiale en la taille 
+seconde pré-image. Leur complexité, polynomiale en la taille 
 du message et la taille de l'empreinte, a été évaluée et correspond
 du message et la taille de l'empreinte, a été évaluée et correspond
-à ce qu'on attend d'une telle fonction.
+à ce que l'on attend d'une telle fonction.
 Nous avons de plus vérifié statistiquement le critère d'avalanche.
 Ces résultats ont été valorisés dans les publications~\cite{bcg11:ip,bcg12:ij}.
 
 Nous avons de plus vérifié statistiquement le critère d'avalanche.
 Ces résultats ont été valorisés dans les publications~\cite{bcg11:ip,bcg12:ij}.
 
@@ -564,33 +630,40 @@ Ces résultats ont été valorisés dans les publications~\cite{bcg11:ip,bcg12:i
 \subsection{Application à la génomique}\label{sub:gen}
 
 Ayant acquis des compétences sur certaines structures de mathématiques 
 \subsection{Application à la génomique}\label{sub:gen}
 
 Ayant acquis des compétences sur certaines structures de mathématiques 
-discrètes (particulièrement théorie des graphe, 
-relation d'équivalence,\ldots), j'ai pu contribuer en bio-informatique
+discrètes (particulièrement théorie des graphes, 
+relations d'équivalence,\ldots), j'ai pu contribuer en bio-informatique
 en les réappliquant notamment.
 
 en les réappliquant notamment.
 
-Une de mes première piste de travail a été de proposer une méthode automatique 
+Une de mes premières pistes de travail a été de proposer une méthode automatique 
 de construction d'un ensemble de gènes communs (nommés core-génome) 
 à une famille de génomes.
 La méthode s'appuie sur la construction du graphe de  similarité
 entre les gènes quotienté selon une relation d'équivalence pour en
 de construction d'un ensemble de gènes communs (nommés core-génome) 
 à une famille de génomes.
 La méthode s'appuie sur la construction du graphe de  similarité
 entre les gènes quotienté selon une relation d'équivalence pour en
-réduire sa taille. Chaque gènes est assimilé à son représentant de
+réduire sa taille. Chaque gène est assimilé à son représentant de
 classe dans chaque génome. Le core-génome se déduit comme  l'intersection 
 classe dans chaque génome. Le core-génome se déduit comme  l'intersection 
-de tous les génome. Ceci a donné lieu aux 
+de tous les génomes. Ceci a donné lieu aux 
 publications~\cite{acgs13:onp,akgcs+14:oip,acgm+14:ij}.
 
 L'approche précédente souffrait de n'engendrer que des core-génomes de (trop)
 petits cardinaux. J'ai contribué notamment 
 à l'amélioration de la méthode en proposant une étape d'optimisation issue 
 d'une adaptation discrète la méthode d'essaims particulaires~\cite{aagp+15:ip}.
 publications~\cite{acgs13:onp,akgcs+14:oip,acgm+14:ij}.
 
 L'approche précédente souffrait de n'engendrer que des core-génomes de (trop)
 petits cardinaux. J'ai contribué notamment 
 à l'amélioration de la méthode en proposant une étape d'optimisation issue 
 d'une adaptation discrète la méthode d'essaims particulaires~\cite{aagp+15:ip}.
+D'autres travaux (dont la première étape est cette construction de 
+core-génome) ont été ensuite réalisés, principalement dans le but de 
+construire des arbres phylogénétiques de qualité~\cite{agcs+15:ip,aangc+15:ip}.
+Une synthèse de ces arbres a été réalisée et est présentée à l'adresse~\url{http://meso.univ-fcomte.fr/peg/phylo}.
+
 
 
-Tout ces travaux ont été réalisés en collaboration avec M. Salomon et en co-encadrant 
+Tous ces travaux ont été réalisés en collaboration avec M. Salomon et en co-encadrant 
 le doctorat de B. Alkindy.
 
 
 
 le doctorat de B. Alkindy.
 
 
 
+
 \newpage
 \section{Perspectives de recherche}
 \newpage
 \section{Perspectives de recherche}
-
+Les trois sections suivantes présentent quelques perspectives de recherche 
+autour de la thématique des systèmes dynamiques discrets. 
 
 
 
 
 
 
@@ -599,7 +672,7 @@ L'utilisation des codes de Gray dans une démarche d'apprentissage
 (d'écoulement d'air ou  de fonctions chaotiques) ne s'est pas révélée comme 
 concluante. Dans chacun des cas, la distance de Hamming entre deux 
 configurations voisines peut être très petite tandis que le chemin (dans le 
 (d'écoulement d'air ou  de fonctions chaotiques) ne s'est pas révélée comme 
 concluante. Dans chacun des cas, la distance de Hamming entre deux 
 configurations voisines peut être très petite tandis que le chemin (dans le 
-cycle  hamitlonien) qui les relie peut être long et ce même 
+cycle  hamiltonien) qui les relie peut être long et ce même 
 pour des codes équilibrés.
 Je propose de travailler sur ce problème discret en mesurant la qualité 
 du code de Gray à l'aide d'une fonction basée sur la longueur des chemins
 pour des codes équilibrés.
 Je propose de travailler sur ce problème discret en mesurant la qualité 
 du code de Gray à l'aide d'une fonction basée sur la longueur des chemins
@@ -607,20 +680,18 @@ du code de Gray à l'aide d'une fonction basée sur la longueur des chemins
 Je pense ainsi réduire ce problème à un problème d'optimisation et dégager 
 une démarche de génération, comme je l'ai fait en bio-informatique.
  
 Je pense ainsi réduire ce problème à un problème d'optimisation et dégager 
 une démarche de génération, comme je l'ai fait en bio-informatique.
  
-Jusqu'à présent, la production de codes de Gray équilibrés adaptés à ces 
-contextes d'utilisation 
-dans l'étape de construction de fonctions chaotiques pour la génération 
-de nombres pseudo aléatoire bute sur des problèmes d'explosion combinatoire:
+Jusqu'à présent, la production de codes de Gray équilibrés pour la génération 
+de nombres pseudo-aléatoires bute sur des problèmes d'explosion combinatoire:
 les seuls algorithmes connus répondant à ce problème nécessitent a priori
 plus de $10^{36}$ évaluations pour $n=8$. 
 Il n'est ainsi pas raisonnable de mettre en  
 pratique ce genre d'approche lorsque chacune de ces évaluations prend 1s.
 On peut peut-être
 les seuls algorithmes connus répondant à ce problème nécessitent a priori
 plus de $10^{36}$ évaluations pour $n=8$. 
 Il n'est ainsi pas raisonnable de mettre en  
 pratique ce genre d'approche lorsque chacune de ces évaluations prend 1s.
 On peut peut-être
-se contenter de code ``presque'' équilibrés , à défaut de pouvoir 
+se contenter de codes ``presque'' équilibrés , à défaut de pouvoir 
 trouver ceux qui seront équilibrés.
 Je propose d'investiguer  
 dans cette thématique en exploitant des approches itératives permettant 
 trouver ceux qui seront équilibrés.
 Je propose d'investiguer  
 dans cette thématique en exploitant des approches itératives permettant 
-d'obtenir des optimums locaux et trouver ainsi des codes presque équilibrés.x
+d'obtenir des optimums locaux et trouver ainsi des codes presque équilibrés.
 
 
  
 
 
  
@@ -629,14 +700,14 @@ d'obtenir des optimums locaux et trouver ainsi des codes presque équilibrés.x
 La démarche actuelle de génération de nombres pseudo-aléatoires
 consiste à marcher dans une partie d'un $n$-cube en choisissant son chemin
 à l'aide d'un générateur fourni en entrée. Or ces générateurs sont tous des 
 La démarche actuelle de génération de nombres pseudo-aléatoires
 consiste à marcher dans une partie d'un $n$-cube en choisissant son chemin
 à l'aide d'un générateur fourni en entrée. Or ces générateurs sont tous des 
-fonctions de $\{0,1\}^n$ dans lui même. Cette approche
+fonctions de $\{0,1\}^n$ dans lui-même. Cette approche
 semble pouvoir se réécrire
 comme un produit synchrone de deux automates.
 L'intérêt d'une telle réécriture est qu'on pourrait exploiter 
 tous les résultats théoriques et pratiques déjà connus dans la communauté
 des automates. 
 Je pense investiguer cette voie pour améliorer notre approche, 
 semble pouvoir se réécrire
 comme un produit synchrone de deux automates.
 L'intérêt d'une telle réécriture est qu'on pourrait exploiter 
 tous les résultats théoriques et pratiques déjà connus dans la communauté
 des automates. 
 Je pense investiguer cette voie pour améliorer notre approche, 
-s'affranchir, à terme, de tout autre générateur, améliorer la
+s'affranchir, à terme, de tout autre générateur et améliorer la
 connaissance à ce sujet.
 Les propriété établies notamment sur les temps d'arrêt devraient être conservées.
 Il restera à le prouver.
 connaissance à ce sujet.
 Les propriété établies notamment sur les temps d'arrêt devraient être conservées.
 Il restera à le prouver.
@@ -646,9 +717,9 @@ Jusqu'à présent, une seule expérimentation d'implantation de nos générateur
 sur des dispositifs physiques comme les FPGAs a été réalisée. Celle-ci 
 s'est faite automatiquement à l'aide de l'outil Matlab. Si le code engendré
 sur le circuit est bien une implantation fidèle à la spécification,
 sur des dispositifs physiques comme les FPGAs a été réalisée. Celle-ci 
 s'est faite automatiquement à l'aide de l'outil Matlab. Si le code engendré
 sur le circuit est bien une implantation fidèle à la spécification,
-il n'en est pas pour autant efficace: le nombre de bits généré par surface
-est plutôt faible. Nous allons exploiter les meilleurs démarches mises en 
-exergue lors de la rédaction d'un état de l'art exhaustif sur les PRNG 
+il n'en est pas pour autant efficace: le nombre de bits générés par surface
+est plutôt faible. Nous allons exploiter les meilleures démarches mises en 
+exergue lors de la rédaction d'un état de l'art exhaustif sur les PRNGs 
 implantés sur FPGA pour produire du code optimisé. 
 Je prévois de réaliser ceci dans la thèse de M. Bakiri, en cours.
 
 implantés sur FPGA pour produire du code optimisé. 
 Je prévois de réaliser ceci dans la thèse de M. Bakiri, en cours.
 
@@ -671,7 +742,7 @@ Je prévois des collaborations avec l'équipe VESONTIO du DISC sur ce sujet.
 
 Enfin, marcher dans une partie d'un $n$-cube est le modèle théorique que 
 nous avons établi pour notre classe de générateurs. On pourrait cependant 
 
 Enfin, marcher dans une partie d'un $n$-cube est le modèle théorique que 
 nous avons établi pour notre classe de générateurs. On pourrait cependant 
-penser à ``sauter'' dans ce $n$-cube, c'est à dire modifier plusieurs bits 
+penser à ``sauter'' dans ce $n$-cube, c'est-à-dire modifier plusieurs bits 
 en une seule itération. J'ai commencé à étudier ce modèle avec les résultats
 pratiques suivants: le nombre d'itérations suffisant pour un mélange 
 correct est plus petit que celui obtenu en marchant. De plus,  
 en une seule itération. J'ai commencé à étudier ce modèle avec les résultats
 pratiques suivants: le nombre d'itérations suffisant pour un mélange 
 correct est plus petit que celui obtenu en marchant. De plus,  
@@ -721,57 +792,105 @@ Ceci se réalisera notamment au travers du doctorat de Y. Fadil.
 
 
 
 
 
 
-
-
 \newpage
 \section{Insertion dans l'équipe de recherche} 
 
 \newpage
 \section{Insertion dans l'équipe de recherche} 
 
-La thématique prinsipale de ma thèse et du post doctorat qui a suivi 
+La thématique principale de ma thèse et du post-doctorat qui a suivi 
 était la vérification de programmes par preuve automatique, soit de 
 la logique informatique.
 Suite à mon recrutement dans l'équipe AND, mes recherches se sont réorientées
 était la vérification de programmes par preuve automatique, soit de 
 la logique informatique.
 Suite à mon recrutement dans l'équipe AND, mes recherches se sont réorientées
-autours des SDDs et donc de l'analyse numérique plus généralement.
-En plus des publications obtenues avec les membres de l'équipe AND, 
-ce qui suit récapitules quelques éléments permettant 
-d'apprécier mon insertion dans l'équipe AND
+autour des SDDs et donc de l'analyse numérique plus généralement.
+Ce défi de changement de thématique a été attaqué dès mon recrutement.
+Les publications obtenues dans ces 
+domaines nouveaux pour moi ainsi que les éléments factuels suivants
+permettent d'apprécier mon insertion au sein  de cette équipe de recherche.
 
 
 
 
+J'ai participé avec succès à deux appels à projets de la région de 
+Franche-Comté:
+\begin{itemize}
+\item \JFC{Projet region avec christophe}
+\item appel 2015: j'ai participé à l'élaboration du  
+projet de \og capteurs multimédias collaboratifs: une approche
+intégrée de la sécurité et de la robustesse\fg{} dont le porteur 
+est M. A. Mostefaoui. Nous avons obtenu le financement d'une bourse doctorale 
+pour la période d'oct. 2015--oct. 2018. Ce doctorat sera co-encadré par 
+M. A. Mostefaoui et moi-même.
+\end{itemize}
 
 
+J'ai établi des collaborations:
+\begin{itemize}
+\item avec A. Richard CR CNRS du laboratoire
+I3S (Nice)- UMR CNRS 7271 sur la thématique des SDDs et leurs 
+applications en Bio. Cela s'est traduit notamment avec 
+la publication~\cite{bcgr11:ip}.
+
+\item avec R. Darazy de l'Université Antonine au Liban. 
+  J'ai co-encadré trois stages de Master 2 recherche avec
+  des membres de cette université.
+  J'ai un article en cours de soumission résumant un travail en collaboration 
+  avec un ancien étudiant et un enseignant chercheur de cette université.
+
+\item avec Pr. S. Contassot-Vivier du LORIA (Nancy)- UMR CNRS 7503 
+sur la thématique des SDDs, de leur convergence dans les itérations 
+mixtes et de la générations de matrices de Markov doublement
+stochastiques. Cela s'est traduit notamment avec 
+le rapport~\cite{BCVC10:ir}.
+
+\item avec Pr. Y. Bailly et J.-C. Roy de l'équipe 
+  MIE du département \'Energie de FEMTO-ST sur la thématique 
+  de la prédiction d'écoulement d'un flux d'air le long d'un véhicule.
+  Cela s'est traduit notamment avec 
+  les publications~\ref{cds13:ij,cds12:ip}.
+\end{itemize}
 
 
-J'ai monté une collaboration active avec l'Université Antonine au Liban. 
-J'y ai été invité en mai 2013. J'ai par la suite co-encadré trois stages de 
-master 2 recherche avec des membres de cette université.
-J'ai un article en cours de soummission résumant un travail en collaboration 
-avec un ancien étudiant et un enseignant chercheur de cette université.
-
-Je suis membre du GDR codes et cryptographie. J'ai à ce titre 
-participé aux Journées Codes et Stéganographie en 2012 (Rennes) 
-où j'ai présenté le travail 
-de \og Steganography: secure and robust algorithms \fg{} et en 2013 (Paris).
 
 
+J'ai été invité:
+\begin{itemize}
+\item au workshop \og Théorie des réseaux booléens et ses applications en
+  biologie\fg{}  à Nice en novembre 2014 (20 participants);
+\item à la journée \og Advances in Mobile Technologies Day\ fg{} 
+  organisée par l'Université Antonine au Liban en mai 2013 (10 participants);
+\item au Séminaire MDSC (Modèles Discrets pour les Systèmes Complexes)
+  du laboratoire I3S sur le sujet \og Efficiently dealing with 
+  SMT-LIB provers in software verification\fg{} 
+  en décembre 2007 (30 participants).
+\end{itemize}
 
 J'ai co-organisé avec J. Bahi et C. Guyeux 
 \og The First Workshop on Information Hiding Techniques 
 
 J'ai co-organisé avec J. Bahi et C. Guyeux 
 \og The First Workshop on Information Hiding Techniques 
-for Internet Anonymity and Privacy (IHTIAP) \fg{} à Venise en juin 2012.
-Le comité de programme était composé
-de 18 chercheurs internationaux (dont je faisais aussi partie). 
-Il s'est  déroulé sur 1 journée.
+for Internet Anonymity and Privacy (IHTIAP) \fg{} à Venise en juin 2012
+dont l'url est
+\url{http://www.iaria.org/conferences2012/IHTIAP.html}.
+Le comité de programme était composé de 18 chercheurs internationaux 
+(dont je faisais aussi partie). 
+Il s'est  déroulé sur 1/2 journée et 5 chercheurs ont présenté leurs travaux.
+Le taux d'acceptation des articles a été de 41\%. 
 
 
 
 
-J'ai fait partie des comités de programme de conférences 
-comme \og international conference on evolving internet \fg{} 
-(2012, 2013,2014 )\ldots 
-J'ai été session chair de \og international conference on evolving internet\fg{}
-en 2011 et  IHTIAP en 2012
+J'ai fait partie des comités de programme des conférences \og int. conf. on Evolving Internet \fg{}, (2013, 2014) 
+et IHTIAP 2012.
 
 
-J'ai reviewé des articles pour les journaux internationnaux 
-suivants: The computer Journal, Springer Multimedia Tool and application, 
-Springer Annals in Telecommunication\ldots
+J'ai rédigé des rapports de relecture pour les journaux internationaux 
+suivants: 
+\begin{itemize}
+\item The computer Journal (2); 
+\item Springer Multimedia Tool and application (1);
+\item Springer Annals in Telecommunication (1);
+\end{itemize}
+et pour les conférences suivantes:
+\begin{itemize}
+\item MAJECSTIC (2005 (2), 2007 (2));
+\item ZB 2007 (1), A-BZ 2008 (1);\JFC{A verifier}
+\item Evolving Internet \fg{}, (2012 (2), 2013 (2), 2014 (1));
+\item ICCVE 2014 (1).\JFC{A verifier}
+\end{itemize}
+
+Membre du GDR codes et cryptographie, j'ai 
+participé aux Journées Codes et Stéganographie en 2012 (Rennes) 
+où j'ai présenté \og Steganography: secure and robust algorithms \fg{} et en 2013 (Paris).
 
 
 
 
-Je suis régulièrement membre de jury des épreuves TIPE, épreuves communes
-à 90 concours d'ingénieurs (sessions 2012 et  2015) et fournit  
-à chaque session des sujets scientifiques pour l'épreuve.
 
 
 
 
 
 
@@ -780,17 +899,18 @@ Je suis régulièrement membre de jury des épreuves TIPE, épreuves communes
 
 \subsection{Thèse d'université}
 
 
 \subsection{Thèse d'université}
 
-Je co-encadre (à hauteur de 40\%) avec Michel Salomon (40\%) et  
-Jacques M. Bahi  (20\%) le doctorat de Bassam Al Kindy
+Je co-encadre:
+\begin{itemize}
+\item
+(à hauteur de 40\%) avec Michel Salomon (40\%) et  
+Jacques M. Bahi  (20\%) le doctorat de Bassam Alkindy
 sur les combinaisons d'approches pour la prédiction de l'évolution génomique.       
 Le doctorat a commencé en septembre 2012 et devrait être soutenu en 
 novembre 2015. 
 Ce travail de thèse a donné lieu à 6 publications dans des conférences 
 internationales.
 sur les combinaisons d'approches pour la prédiction de l'évolution génomique.       
 Le doctorat a commencé en septembre 2012 et devrait être soutenu en 
 novembre 2015. 
 Ce travail de thèse a donné lieu à 6 publications dans des conférences 
 internationales.
-
-
-Je co-encadre (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
-le doctorat de  Youssra Fadili
+\item  (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
+le doctorat de  Youssra Fadil
 sur
 l'étude du comportement des outils d'intelligence artificielle
 face à des dynamiques complexes.      
 sur
 l'étude du comportement des outils d'intelligence artificielle
 face à des dynamiques complexes.      
@@ -799,33 +919,32 @@ décembre 2016.
 Ce travail de thèse a donné lieu à 1 publication dans une conférence
 internationale.
                
 Ce travail de thèse a donné lieu à 1 publication dans une conférence
 internationale.
                
-
-Je co-encadre (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
+\item  (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
 le doctorat de  Mohamed Bakiri
 sur
 l'implémentation matérielle de générateurs de nombres pseudo-aléatoires basés sur les itérations chaotiques.
 Le doctorat a commencé en septembre 2014 et devrait être soutenu en 
 aout 2017.     
 Ce travail de thèse a donné lieu à 1 publication dans un journal international 
 le doctorat de  Mohamed Bakiri
 sur
 l'implémentation matérielle de générateurs de nombres pseudo-aléatoires basés sur les itérations chaotiques.
 Le doctorat a commencé en septembre 2014 et devrait être soutenu en 
 aout 2017.     
 Ce travail de thèse a donné lieu à 1 publication dans un journal international 
-en cours de soummission.
+en cours de soumission.
+\end{itemize}
+
 
 \subsection{Master 2 recherche}
 
 
 
 \subsection{Master 2 recherche}
 
 
-J'ai co-encadré (à hauteur de 34\%) avec Raphael Couturier (33\%) et 
+J'ai co-encadré:
+\begin{itemize}
+\item  (à hauteur de 34\%) avec Raphael Couturier (33\%) et 
 Rony Darazi -- Université Antonine au Liban--(33\%)
 le stage de recherche de Master 2 de  Ahmad Bittar
 sur
 la 
 Steganography in PDF documents based on Unprintable Control ASCII Codes.
 Le stage a commencé le 01 mai 2013 et a été soutenu le 30 septembre 2013. 
 Rony Darazi -- Université Antonine au Liban--(33\%)
 le stage de recherche de Master 2 de  Ahmad Bittar
 sur
 la 
 Steganography in PDF documents based on Unprintable Control ASCII Codes.
 Le stage a commencé le 01 mai 2013 et a été soutenu le 30 septembre 2013. 
-Ce travail de master a donné lieu à 1 publication dans un journal international 
-en cours de soummission (en révision mineure).
-
-
-
-
-J'ai co-encadré (à hauteur de 80\%) avec   
+Ce travail de Master a donné lieu à 1 publication dans un journal international 
+en cours de soumission (en révision mineure).
+\item  (à hauteur de 80\%) avec   
 Talar Atechian -- Université Antonine au Liban--(20\%)
 le stage de recherche de Master 2 de Hussein Nasser
 sur
 Talar Atechian -- Université Antonine au Liban--(20\%)
 le stage de recherche de Master 2 de Hussein Nasser
 sur
@@ -835,13 +954,13 @@ Network Lifetime Maximization.
 Le stage a commencé le 01 avril 2014 et a été soutenu le 31 août 2014. 
 
 
 Le stage a commencé le 01 avril 2014 et a été soutenu le 31 août 2014. 
 
 
-Je co-encadre (à hauteur de 80\%) avec   
+\item (à hauteur de 80\%) avec   
 Talar Atechian -- Université Antonine au Liban--(20\%)
 le stage de recherche de Master 2 de Khaled Daher 
 Talar Atechian -- Université Antonine au Liban--(20\%)
 le stage de recherche de Master 2 de Khaled Daher 
-sur la désynchronisation du calcul d'optimisatin de la durée de vie 
+sur la désynchronisation du calcul d'optimisation de la durée de vie 
 d'un réseau de capteurs.
 Le stage a commencé le 01 avril 2015 et sera soutenu le 31 août 2015. 
 d'un réseau de capteurs.
 Le stage a commencé le 01 avril 2015 et sera soutenu le 31 août 2015. 
-
+\end{itemize}
 
 
 \newpage
 
 
 \newpage
@@ -850,61 +969,197 @@ Le stage a commencé le 01 avril 2015 et sera soutenu le 31 août 2015.
 Depuis septembre 2000, je suis titulaire à l'Université de Franche-Comté,
 soit sur un poste de PrCe (de 2000 à 2008, sauf l'année 2006-2007) soit sur
 un poste de MdC. J'ai assuré un grand nombre d'enseignements de la première
 Depuis septembre 2000, je suis titulaire à l'Université de Franche-Comté,
 soit sur un poste de PrCe (de 2000 à 2008, sauf l'année 2006-2007) soit sur
 un poste de MdC. J'ai assuré un grand nombre d'enseignements de la première
-année de licence ou de DUT jusqu'en senconde année de Master. Depuis mon
-recrutement comme MdC, j'ai recentré mes enseignements autours 
+année de licence ou de DUT jusqu'en seconde année de Master. 
+Depuis mon
+recrutement comme MdC, j'ai recentré mes enseignements autour 
 de mes thématiques de recherche, à savoir essentiellement les 
 mathématiques discrètes.
 de mes thématiques de recherche, à savoir essentiellement les 
 mathématiques discrètes.
-Je suis de plus le coordinateur des enseignements de mathématiques 
+La répartition moyenne de mes enseignements 
+sur les quatre dernières années  est la suivante:
+\begin{itemize}
+\item 6\% en le master Informatique Mobile et Répartie (UFR STGI), 
+  dans l'UE de
+  \og Modélisation et d'Evaluation des Systèmes Informatiques \fg{}. Ce sont des
+  promotions d'une vingtaine d'étudiants à chaque fois;
+\item 7\% en Licence Pro Conception des Application Multi-tiers (LP CAM) à l'IUT BM dans l'UE de \og Développement d'applications mobiles\fg{}. Ce sont des
+  promotions d'une vingtaine d'étudiants à chaque fois;
+\item 15\% en encadrement de projets tutorés ou de stage;
+\item 28\% en DUT d'informatique  dans l'UE de 
+\og conception et développement d'applications mobiles\fg{}; 
+\item 44\% en DUT d'informatique  dans les UEs de 
+\og mathématiques discrètes \fg{} et 
+de
+\og  modélisations mathématiques \fg{}.
+\end{itemize}
+
+J'ai aussi la responsabilité de toutes les UE données ci-dessus et 
+suis de plus le coordinateur des enseignements de mathématiques 
 au département d'informatique de l'IUT BM. 
 au département d'informatique de l'IUT BM. 
+J'ai participé à ce titre à l'élaboration des parties de mathématiques du 
+PPN du DUT d'informatique, à Dijon en 2011 et Orléans en 2012.  
+Depuis septembre 2014, je suis le responsable du parcours TeProw
+de la LP CAM  localisée 
+à l'IUT BM. Cette licence 
+a aussi un parcours à l'UFR ST. Je coordonne toute l'organisation 
+de cette licence avec mon collègue de Besançon. 
+
 
 J'ai été membre élu du conseil d'institut de l'IUT BM 
 
 J'ai été membre élu du conseil d'institut de l'IUT BM 
-de 2011 à 2014. A ce titre j'ai participé à la vie administrative de l'IUT, 
-aux commissions de recrutement d'enseignants et  d'enseignant-chercheurs\ldots
+de novembre 2010 à novembre 2014. A ce titre j'ai participé à la vie administrative de l'IUT, 
+aux commissions de recrutement d'enseignants et  d'enseignants-chercheurs\ldots
 Depuis septembre 2014,  je suis élu au conseil du département d'informatique 
 de l'IUT BM. 
 
 Depuis septembre 2014,  je suis élu au conseil du département d'informatique 
 de l'IUT BM. 
 
-Depuis spetembre 2014, je suis le responsable du parcours TeProw
-de la Licence Pro Conception des Application Multi-tiers localisé 
-à l'IUT BM. Cette licence 
-a aussi un parcours à l'UFR ST. Je coordonne toute l'organisation 
-de cette licence avec mon collègue de Besançon. 
+Je suis régulièrement membre de jury des épreuves TIPE, épreuves communes
+à 90 concours d'ingénieurs (sessions 2012 et  2015) et fournis  
+à chaque session des sujets scientifiques pour l'épreuve.
 
 
 
 
 \newpage
 
 
 
 
 \newpage
-\section{Publications après la thèse}
+\section{Publications après la thèse}\label{sec:publi}
+Le tableau de la figure~\ref{fig:bilan} donné 
+ci dessous synthéthise les références détaillées ci-après.
 
 
-\subsection{Journaux internationaux avec comité de sélection}
 
 
-\begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
+\begin{figure}[h]
+\begin{center}
+\begin{tabular}{|c|c|c|c|c|}
+\hline
+%& \multicolumn{2}{|c|}{Internationaux} &  {Nationaux} &  \\
+%\hline
+& Journaux & Conférences  & 
+Conférences  &  Divers\\
+& internationaux & internationales  & 
+nationales  &  \\
 
 
-\bibitem[CCG15]{ccg15:ij}
-Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Rapha\"el Couturier, and Christophe Guyeux.
-\newblock {STABYLO}: {STeganography with Adaptive, Bbs, and binarY embedding at
-  LOw cost}.
-\newblock {\em Annals of Telecommunications}, 2015.
-\newblock Available online. Paper version to appear.
+\hline
+Pendant le doctorat &
+%journaux
+\cite{cdgr03:ij}
+&
+% conf inter
+\cite{cddg+04:ip,CGK05}
+
+&
+% conf nat
+\cite{cdgr04:onp,cg04:np}
+
+&
+% divers
+\cite{couchot04:onp}
+
+\\ \hline  
+En post-doctorat & 
+%journaux
+
+&
+% conf inter
+\cite{BCDG07,CouchotD07IFM,cgs09:ip,couchot07FTP,couchot07cade}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+
+
+\\ \hline  
+
+&
+%journaux
+&
+% conf inter
+\cite{aangc+15:ip,aagp+15:ip,acgm+14:ij,
+  akgcs+14:oip,agcs+15:ip}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+
+%%%%%%%%%%%%%%
+
+\\ %\cline{3-3}  
+
+Au DISC à FEMTO-ST&
+%journaux
+\cite{bcg12:ij,bcg11:ij,bcgs12:ij,ccg15:ij,cds13:ij}
 
 
 
 
-\bibitem[CDS13]{cds13:ij}
-Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Karine Deschinkel, and Michel Salomon.
-\newblock Active {MEMS}-based flow control using artificial neural network.
-\newblock {\em Mechatronics}, 23(7):898--905, October 2013.
-\newblock Available online. Paper version to appear.
 
 
-\bibitem[BCG12a]{bcg12:ij}
+
+
+
+
+&
+% conf inter
+\cite{bcfg+13:ip,bcfg12a:ip,bcfg12b:ip,bcg11:ip,bcg11b:ip}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+\cite{acgs13:onp,BCVC10:ir,chgw+14:onp,Cou10:ir}
+
+
+
+\\ %\hline  
+
+&
+%journaux
+
+&
+% conf inter
+\cite{bcgr11:ip,bcgw11:ip,cds12:ip,chgw+14:oip,fccg15:ip}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+
+
+
+%%%%%%%%%%%%%
+
+
+\\ \hline  
+\end{tabular}
+\end{center}
+\caption{Bilan synthétique des publications}\label{fig:bilan}
+\end{figure}
+
+
+
+\subsection{Journaux internationaux avec comité de sélection}
+
+\begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
+
+\makeatletter
+\addtocounter{\@listctr}{6}
+\makeatother
+
+\bibitem{bcg12:ij}
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
 \newblock Quality analysis of a chaotic proven keyed hash function.
 \newblock {\em International Journal On Advances in Internet Technology},
   5(1):26--33, 2012.
 
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
 \newblock Quality analysis of a chaotic proven keyed hash function.
 \newblock {\em International Journal On Advances in Internet Technology},
   5(1):26--33, 2012.
 
-\bibitem[BCG12b]{bcg11:ij}
+
+\bibitem{bcg11:ij}
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
 \newblock Steganography: a class of secure and robust algorithms.
 \newblock {\em The Computer Journal}, 55(6):653--666, 2012.
 
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
 \newblock Steganography: a class of secure and robust algorithms.
 \newblock {\em The Computer Journal}, 55(6):653--666, 2012.
 
-\bibitem[BCGS12]{bcgs12:ij}
+\bibitem{bcgs12:ij}
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel Salomon.
 \newblock Neural networks and chaos: Construction, evaluation of chaotic
   networks, and prediction of chaos with multilayer feedforward network.
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel Salomon.
 \newblock Neural networks and chaos: Construction, evaluation of chaotic
   networks, and prediction of chaos with multilayer feedforward network.
@@ -912,23 +1167,41 @@ Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel Salomon.
   22(1):013122--1 -- 013122--9, March 2012.
 \newblock 9 pages.
 
   22(1):013122--1 -- 013122--9, March 2012.
 \newblock 9 pages.
 
+
+
+\bibitem{ccg15:ij}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Rapha\"el Couturier, and Christophe Guyeux.
+\newblock {STABYLO}: {STeganography with Adaptive, Bbs, and binarY embedding at
+  LOw cost}.
+\newblock {\em Annals of Telecommunications}, 2015.
+\newblock Available online. Paper version to appear.
+
+
+\bibitem{cds13:ij}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Karine Deschinkel, and Michel Salomon.
+\newblock Active {MEMS}-based flow control using artificial neural network.
+\newblock {\em Mechatronics}, 23(7):898--905, October 2013.
+\newblock Available online. Paper version to appear.
+
 \end{thebibliography}
 
 \subsection{Conférences internationales avec comité de sélection}
 
 \begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
 \end{thebibliography}
 
 \subsection{Conférences internationales avec comité de sélection}
 
 \begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
+\makeatletter
+\addtocounter{\@listctr}{11}
+\makeatother
 
 
-\bibitem[AAG{\etalchar{+}}15]{aagp+15:ip}
-Reem Alsrraj, Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Laurent Philippe, and
-  Jean-Fran\c{c}ois Couchot.
-\newblock Well-supported phylogenies using largest subsets of core-genes by
-  discrete particle swarm optimization.
-\newblock In {\em CIBB 2015, 12th Int. Meeting on Computational Intelligence
-  Methods for Bioinformatics and Biostatistics}, pages ***--***, Naples, Italy,
-  September 2015.
-\newblock To appear.
+\bibitem{aangc+15:ip}
+Bassam Alkindy, Huda Al'Nayyef, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot,
+  Michel Salomon, and Jacques Bahi.
+\newblock Improved core genes prediction for constructing well-supported
+  phylogenetic trees in large sets of plant species.
+\newblock In {\em IWBBIO 2015, 3rd Int. Work-Conf. on Bioinformatics and
+  Biomedical Engineering, Part I}, volume 9043 of {\em LNCS}, pages 379--390,
+  Granada, Spain, April 2015.
 
 
-\bibitem[ACG{\etalchar{+}}14]{acgm+14:ij}
+\bibitem{acgm+14:ij}
 Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, Arnaud Mouly,
   Michel Salomon, and Jacques Bahi.
 \newblock Finding the core-genes of chloroplasts.
 Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, Arnaud Mouly,
   Michel Salomon, and Jacques Bahi.
 \newblock Finding the core-genes of chloroplasts.
@@ -936,13 +1209,7 @@ Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, Arnaud Mouly,
   Science}, number 4(5) in IJBBB, Journal of Bioscience, Biochemistery, and
   Bioinformatics, pages 357--364, Copenhagen, Denmark, June 2014.
 
   Science}, number 4(5) in IJBBB, Journal of Bioscience, Biochemistery, and
   Bioinformatics, pages 357--364, Copenhagen, Denmark, June 2014.
 
-\bibitem[ACGS13]{acgs13:onp}
-Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel
-  Salomon.
-\newblock Finding the core-genes of chloroplast species.
-\newblock Journ\'ees SeqBio 2013, Montpellier, November 2013.
-
-\bibitem[AGC{\etalchar{+}}14]{akgcs+14:oip}
+\bibitem{akgcs+14:oip}
 Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Michel Salomon,
   and Jacques Bahi.
 \newblock Gene similarity-based approaches for determining core-genes of
 Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Michel Salomon,
   and Jacques Bahi.
 \newblock Gene similarity-based approaches for determining core-genes of
@@ -951,39 +1218,50 @@ Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Michel Salomon,
   Belfast, United Kingdom, November 2014.
 \newblock Short paper.
 
   Belfast, United Kingdom, November 2014.
 \newblock Short paper.
 
-\bibitem[BCDG07]{BCDG07}
-Fabrice Bouquet, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Fr\'ed\'eric Dadeau, and Alain
-  Giorgetti.
-\newblock Instantiation of parameterized data structures for model-based
-  testing.
-\newblock In Jacques Julliand and Olga Kouchnarenko, editors, {\em B'2007, the
-  7th Int. B Conference}, volume 4355 of {\em LNCS}, pages 96--110, Besancon,
-  France, January 2007. Springer.
-
+\bibitem{agcs+15:ip}
+Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Michel Salomon,
+  Christian Parisod, and Jacques Bahi.
+\newblock Hybrid genetic algorithm and lasso test approach for inferring well
+  supported phylogenetic trees based on subsets of chloroplastic core genes.
+\newblock In {\em AlCoB 2015, 2nd Int. Conf. on Algorithms for Computational
+  Biology}, volume~* of {\em LNCS/LNBI}, pages ***--***, Mexico City, Mexico,
+  August 2015. Springer.
+\newblock To appear in the LNCS/LNBI series.
+
+\bibitem{aagp+15:ip}
+Reem Alsrraj, Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Laurent Philippe, and
+  Jean-Fran\c{c}ois Couchot.
+\newblock Well-supported phylogenies using largest subsets of core-genes by
+  discrete particle swarm optimization.
+\newblock In {\em CIBB 2015, 12th Int. Meeting on Computational Intelligence
+  Methods for Bioinformatics and Biostatistics}, pages ***--***, Naples, Italy,
+  September 2015.
+\newblock To appear.
 
 
-\bibitem[BCF{\etalchar{+}}13]{bcfg+13:ip}
-Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Nicolas Friot, Christophe Guyeux, and
-  Kamel Mazouzi.
-\newblock Quality studies of an invisible chaos-based watermarking scheme with
-  message extraction.
-\newblock In {\em IIHMSP'13, 9th Int. Conf. on Intelligent Information Hiding
-  and Multimedia Signal Processing}, pages 547--550, Beijing, China, October
-  2013.
 
 
-\bibitem[BCFG12a]{bcfg12a:ip}
+\bibitem{bcfg12a:ip}
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Nicolas Friot, and Christophe Guyeux.
 \newblock Application of steganography for anonymity through the internet.
 \newblock In {\em IHTIAP'2012, 1-st Workshop on Information Hiding Techniques
   for Internet Anonymity and Privacy}, pages 96--101, Venice, Italy, June 2012.
 
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Nicolas Friot, and Christophe Guyeux.
 \newblock Application of steganography for anonymity through the internet.
 \newblock In {\em IHTIAP'2012, 1-st Workshop on Information Hiding Techniques
   for Internet Anonymity and Privacy}, pages 96--101, Venice, Italy, June 2012.
 
-\bibitem[BCFG12b]{bcfg12b:ip}
+\bibitem{bcfg12b:ip}
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Nicolas Friot, and Christophe Guyeux.
 \newblock A robust data hiding process contributing to the development of a
   semantic web.
 \newblock In {\em INTERNET'2012, 4-th Int. Conf. on Evolving Internet}, pages
   71--76, Venice, Italy, June 2012.
 
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Nicolas Friot, and Christophe Guyeux.
 \newblock A robust data hiding process contributing to the development of a
   semantic web.
 \newblock In {\em INTERNET'2012, 4-th Int. Conf. on Evolving Internet}, pages
   71--76, Venice, Italy, June 2012.
 
-\bibitem[BCG11a]{bcg11:ip}
+\bibitem{bcfg+13:ip}
+Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Nicolas Friot, Christophe Guyeux, and
+  Kamel Mazouzi.
+\newblock Quality studies of an invisible chaos-based watermarking scheme with
+  message extraction.
+\newblock In {\em IIHMSP'13, 9th Int. Conf. on Intelligent Information Hiding
+  and Multimedia Signal Processing}, pages 547--550, Beijing, China, October
+  2013.
+
+\bibitem{bcg11:ip}
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
 \newblock Performance analysis of a keyed hash function based on discrete and
   chaotic proven iterations.
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
 \newblock Performance analysis of a keyed hash function based on discrete and
   chaotic proven iterations.
@@ -991,14 +1269,15 @@ Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
   pages 52--57, Luxembourg, Luxembourg, June 2011.
 \newblock Best paper award.
 
   pages 52--57, Luxembourg, Luxembourg, June 2011.
 \newblock Best paper award.
 
-\bibitem[BCG11b]{bcg11b:ip}
+\bibitem{bcg11b:ip}
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
 \newblock Steganography: a class of algorithms having secure properties.
 \newblock In {\em IIH-MSP-2011, 7-th Int. Conf. on Intelligent Information
   Hiding and Multimedia Signal Processing}, pages 109--112, Dalian, China,
   October 2011.
 
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
 \newblock Steganography: a class of algorithms having secure properties.
 \newblock In {\em IIH-MSP-2011, 7-th Int. Conf. on Intelligent Information
   Hiding and Multimedia Signal Processing}, pages 109--112, Dalian, China,
   October 2011.
 
-\bibitem[BCGR11]{bcgr11:ip}
+
+\bibitem{bcgr11:ip}
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Adrien Richard.
 \newblock On the link between strongly connected iteration graphs and chaotic
   boolean discrete-time dynamical systems.
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Adrien Richard.
 \newblock On the link between strongly connected iteration graphs and chaotic
   boolean discrete-time dynamical systems.
@@ -1006,27 +1285,29 @@ Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Adrien Richard.
   Theory}, volume 6914 of {\em LNCS}, pages 126--137, Oslo, Norway, August
   2011.
 
   Theory}, volume 6914 of {\em LNCS}, pages 126--137, Oslo, Norway, August
   2011.
 
-\bibitem[BCGW11]{bcgw11:ip}
+\bibitem{bcgw11:ip}
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Qianxue Wang.
 \newblock Class of trustworthy pseudo random number generators.
 \newblock In {\em INTERNET 2011, the 3-rd Int. Conf. on Evolving Internet},
   pages 72--77, Luxembourg, Luxembourg, June 2011.
 
 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Qianxue Wang.
 \newblock Class of trustworthy pseudo random number generators.
 \newblock In {\em INTERNET 2011, the 3-rd Int. Conf. on Evolving Internet},
   pages 72--77, Luxembourg, Luxembourg, June 2011.
 
-\bibitem[BCVC10]{BCVC10:ir}
-J.~M. Bahi, S.~Contassot-Vivier, and J.-F. Couchot.
-\newblock Convergence results of combining synchronism and asynchronism for
-  discrete-state discrete-time dynamic network.
-\newblock Research Report RR2010-02, LIFC - Laboratoire d’{I}nformatique de
-  l'{U}niversit\'{e} de {F}ranche {C}omt\'{e}, May 2010.
+\bibitem{BCDG07}
+Fabrice Bouquet, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Fr\'ed\'eric Dadeau, and Alain
+  Giorgetti.
+\newblock Instantiation of parameterized data structures for model-based
+  testing.
+\newblock In Jacques Julliand and Olga Kouchnarenko, editors, {\em B'2007, the
+  7th Int. B Conference}, volume 4355 of {\em LNCS}, pages 96--110, Besancon,
+  France, January 2007. Springer.
 
 
-\bibitem[CD07]{CouchotD07IFM}
+\bibitem{CouchotD07IFM}
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot and Fr\'ed\'eric Dadeau.
 \newblock Guiding the correction of parameterized specifications.
 \newblock In {\em IFM'07, 6th Int. Conf. on Integrated Formal Methods}, volume
   4591 of {\em LNCS}, pages 176--194, Oxford, UK, July 2007. Springer.
 
 
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot and Fr\'ed\'eric Dadeau.
 \newblock Guiding the correction of parameterized specifications.
 \newblock In {\em IFM'07, 6th Int. Conf. on Integrated Formal Methods}, volume
   4591 of {\em LNCS}, pages 176--194, Oxford, UK, July 2007. Springer.
 
 
-\bibitem[CDS12]{cds12:ip}
+\bibitem{cds12:ip}
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Karine Deschinkel, and Michel Salomon.
 \newblock Suitability of artificial neural network for {MEMS}-based flow
   control.
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Karine Deschinkel, and Michel Salomon.
 \newblock Suitability of artificial neural network for {MEMS}-based flow
   control.
@@ -1034,40 +1315,36 @@ Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Karine Deschinkel, and Michel Salomon.
   2012, Workshop on design, control and software implementation for distributed
   MEMS}, pages 1--6, Besan\c{c}on, France, April 2012. IEEE CPS.
 
   2012, Workshop on design, control and software implementation for distributed
   MEMS}, pages 1--6, Besan\c{c}on, France, April 2012. IEEE CPS.
 
-\bibitem[CGS09]{cgs09:ip}
+
+\bibitem{cgs09:ip}
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Alain Giorgetti, and Nicolas Stouls.
 \newblock {G}raph {B}ased {R}eduction of {P}rogram {V}erification {C}onditions.
 \newblock In Hassen Sa\"{i}di and N.~Shankar, editors, {\em AFM'09, {A}utomated
   {F}ormal {M}ethods (colocated with {CAV}'09)}, pages 40--47, Grenoble,
   France, 2009. ACM Press.
 
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Alain Giorgetti, and Nicolas Stouls.
 \newblock {G}raph {B}ased {R}eduction of {P}rogram {V}erification {C}onditions.
 \newblock In Hassen Sa\"{i}di and N.~Shankar, editors, {\em AFM'09, {A}utomated
   {F}ormal {M}ethods (colocated with {CAV}'09)}, pages 40--47, Grenoble,
   France, 2009. ACM Press.
 
-
-\bibitem[CH07]{couchot07FTP}
-Jean-Fran\c{c}ois Couchot and T.~Hubert.
-\newblock A graph-based strategy for the selection of hypotheses.
-\newblock In {\em FTP'07, Int. Workshop on First-Order Theorem Proving},
-  Liverpool, UK, September 2007.
-
-\bibitem[CHG{\etalchar{+}}14a]{chgw+14:oip}
+\bibitem{chgw+14:oip}
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Pierre-Cyrille H\'eam, Christophe Guyeux, Qianxue
   Wang, and Jacques Bahi.
 \newblock Pseudorandom number generators with balanced gray codes.
 \newblock In {\em Secrypt 2014, 11th Int. Conf. on Security and Cryptography},
   pages 469--475, Vienna, Austria, August 2014.
 
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Pierre-Cyrille H\'eam, Christophe Guyeux, Qianxue
   Wang, and Jacques Bahi.
 \newblock Pseudorandom number generators with balanced gray codes.
 \newblock In {\em Secrypt 2014, 11th Int. Conf. on Security and Cryptography},
   pages 469--475, Vienna, Austria, August 2014.
 
-\bibitem[CL07]{couchot07cade}
+
+\bibitem{couchot07FTP}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot and T.~Hubert.
+\newblock A graph-based strategy for the selection of hypotheses.
+\newblock In {\em FTP'07, Int. Workshop on First-Order Theorem Proving},
+  Liverpool, UK, September 2007.
+
+\bibitem{couchot07cade}
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot and S.~Lescuyer.
 \newblock Handling polymorphism in automated deduction.
 \newblock In {\em CADE'07, 21st Int. Conf. on Automated Deduction}, volume 4603
   of {\em LNCS}, pages 263--278, Bremen, Germany, July 2007. Springer.
 
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot and S.~Lescuyer.
 \newblock Handling polymorphism in automated deduction.
 \newblock In {\em CADE'07, 21st Int. Conf. on Automated Deduction}, volume 4603
   of {\em LNCS}, pages 263--278, Bremen, Germany, July 2007. Springer.
 
-\bibitem[Cou10]{Cou10:ir}
-J.-F. Couchot.
-\newblock Formal {C}onvergence {P}roof for {D}iscrete {D}ynamical {S}ystems.
-\newblock Research Report RR2010-03, LIFC - Laboratoire d’{I}nformatique de
-  l'{U}niversit\'{e} de {F}ranche {C}omt\'{e}, May 2010.
 
 
-\bibitem[FCCG15]{fccg15:ip}
+\bibitem{fccg15:ip}
 Yousra~Ahmed Fadil, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Rapha\"el Couturier, and
   Christophe Guyeux.
 \newblock Steganalyzer performances in operational contexts.
 Yousra~Ahmed Fadil, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Rapha\"el Couturier, and
   Christophe Guyeux.
 \newblock Steganalyzer performances in operational contexts.
@@ -1084,7 +1361,7 @@ J'ai été invité:
 \begin{itemize}
 
 \item au Workshop \og Théorie des réseaux booléens et ses applications en biologie\fg{}  
 \begin{itemize}
 
 \item au Workshop \og Théorie des réseaux booléens et ses applications en biologie\fg{}  
-à Nice en novembre 2014.
+à Nice en novembre 2014;
 
 \item à la journée \og Advances in Mobile Technologies Day\fg{}  par l'Université Antonine  (Liban) en mai 2013;
 
 
 \item à la journée \og Advances in Mobile Technologies Day\fg{}  par l'Université Antonine  (Liban) en mai 2013;
 
@@ -1095,21 +1372,53 @@ J'ai été invité:
 \subsection{Communications diverses}
 \begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
 
 \subsection{Communications diverses}
 \begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
 
-\bibitem[CHG{\etalchar{+}}14b]{chgw+14:onp}
+\makeatletter
+\addtocounter{\@listctr}{31}
+\makeatother
+
+\bibitem{acgs13:onp}
+Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel
+  Salomon.
+\newblock Finding the core-genes of chloroplast species.
+\newblock Journ\'ees SeqBio 2013, Montpellier, November 2013.
+
+
+
+
+\bibitem{BCVC10:ir}
+J.~M. Bahi, S.~Contassot-Vivier, and J.-F. Couchot.
+\newblock Convergence results of combining synchronism and asynchronism for
+  discrete-state discrete-time dynamic network.
+\newblock Research Report RR2010-02, LIFC - Laboratoire d’{I}nformatique de
+  l'{U}niversit\'{e} de {F}ranche {C}omt\'{e}, May 2010.
+
+
+\bibitem{Cou10:ir}
+J.-F. Couchot.
+\newblock Formal {C}onvergence {P}roof for {D}iscrete {D}ynamical {S}ystems.
+\newblock Research Report RR2010-03, LIFC - Laboratoire d’{I}nformatique de
+  l'{U}niversit\'{e} de {F}ranche {C}omt\'{e}, May 2010.
+
+\bibitem{chgw+14:onp}
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Pierre-Cyrille H\'eam, Christophe Guyeux, Qianxue
   Wang, and Jacques Bahi.
 \newblock Traversing a n-cube without balanced hamiltonian cycle to generate
   pseudorandom numbers.
 \newblock 15-th Mons Theoretical Computer Science Days (15e Journ\'ees
   Montoises d'Informatique Th\'eorique), Nancy, France, September 2014.
 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Pierre-Cyrille H\'eam, Christophe Guyeux, Qianxue
   Wang, and Jacques Bahi.
 \newblock Traversing a n-cube without balanced hamiltonian cycle to generate
   pseudorandom numbers.
 \newblock 15-th Mons Theoretical Computer Science Days (15e Journ\'ees
   Montoises d'Informatique Th\'eorique), Nancy, France, September 2014.
+
+
 \end{thebibliography}
 
 
 
 \end{thebibliography}
 
 
 
+
+
+
 % \newpage
 % \section{Avis du directeur de l'Equipe}\label{sec:avis:directeur}
 
 % \newpage
 % \section{Avis du directeur de l'Equipe}\label{sec:avis:directeur}
 
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