X-Git-Url: https://bilbo.iut-bm.univ-fcomte.fr/and/gitweb/hdrcouchot.git/blobdiff_plain/ab856c6a43de1e2a3bdbc0361e1da1e4da76a3d1..4eb1ee7d55b10be299e02f6374289a378ff478d7:/demandeInscription/synthese.tex

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@@ -1,4 +1,4 @@
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+\documentclass[a4paper,french,12pt]{article}
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+\newcommand{\etalchar}[1]{$^{#1}$}
 
 %
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-
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                                     %les afficher complÚtement.
-     pdftitle={Cours d'algèbre et de géométrie}, %informations apparaissant dans
-     pdfauthor={Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux},     %dans les informations du document
-     pdfsubject={Algèbre et géométrie}          %sous Acrobat.
+     pdftitle={Demande d'inscription à l'HDR de JF COUCHOT}, %informations apparaissant dans
+     pdfauthor={Jean-Fran\c{c}ois Couchot},     %dans les informations du document
+     pdfsubject={Demande d'inscription à l'HDR de JF COUCHOT}          %sous Acrobat.
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 \begin{document}
+\renewcommand{\refname}{ }
 
-
-\title{Mémoire de synthèse des activités de recherche et d'encadrement.}
+\title{Mémoire de synthèse des activités de recherche et d'encadrement}
 \author{Jean-Fran\c{c}ois {\sc Couchot}}
 
 
 %\lstset{language=C}
 \maketitle
 
-\section{Curriculum vit{\ae} (1 page).}
+\section{Curriculum vit{\ae}}
 
 
 \subsection{Contacts}
 \begin{itemize}
-\item \textbf{web~:} \url{http://members.femto-st.fr/jf-couchot/}
-\item \textbf{courrier~:} 
-\begin{minipage}[t]{10cm} FEMTO-ST, dpt DISC, IUT BM, 19 rue du maréchal Juin,  90000 Belfort
-\end{minipage}
-\item \textbf{mail~:} \url{couchot@femto-st.fr}
-\item\textbf {tel~:}       (+33) (0)3 84 58 77 38
-\item\textbf {gsm~:} (+33) (0)6 76 06 68 94 
+\item \textbf{web:} \url{http://members.femto-st.fr/jf-couchot/}
+\item \textbf{courrier:} 
+%\begin{minipage}[t]{10cm} 
+FEMTO-ST, dpt DISC, IUT BM, 19 rue du maréchal Juin, 90000 Belfort
+%\end{minipage}
+\item \textbf{mail:} \url{couchot@femto-st.fr}
+\item\textbf {tel:}       (+33) (0)3 84 58 77 38
+\item\textbf {gsm:} (+33) (0)6 76 06 68 94 
 \end{itemize}
 
 \subsection{Diplômes universitaires}
 \begin{itemize}
-\item{\bf{91~:}} Baccalauréat série C mention AB, Besançon.
-\item{\bf{95~:}} Maîtrise de mathématiques pures, Université de
+\item{\bf{91:}} Baccalauréat série C mention AB, Besançon.
+\item{\bf{95:}} Maîtrise de mathématiques pures, Université de
   Franche-Comté (UFC).
-\item{\bf{96~:}} 
+\item{\bf{96:}} 
 CAPES de mathématiques, IUFM d'Auvergne.
-\item{\bf{02~:}} 
+\item{\bf{02:}} 
 Maîtrise d'informatique, mention B (UFC). 
-\item{\bf{02~:}}
+\item{\bf{02:}}
  DEA Informatique, option {\em Génie Logiciel} (UFC). Stage intitulé {\em Atteignabilité d'états et spécifications
-logico-ensemblistes}. Major de Promotion, mention TB. 
-\item{\bf{avril 06~:}}
+logico-ensemblistes}. Major de promotion, mention TB. 
+\item{\bf{avril 06:}}
  Doctorat en  informatique au Laboratoire d'Informatique 
-de l'Université de Franche Comté (LIFC EA 4269), 
+de l'Université de Franche Comté (devenu département DISC de FEMTO-ST), 
 sur la {\em vérification d'invariants par superposition}, 
 mention très honorable.
 \end{itemize}
@@ -125,79 +126,1400 @@ mention très honorable.
 
 \subsection{Fonctions et expériences professionnelles}
 \begin{itemize}
-\item{\bf{95-00~:}} Enseignant en mathématiques dans le secondaire,
+\item{\bf{95-00:}} Enseignant en mathématiques dans le secondaire,
   successivement à Aurillac(15), Beaune(21), Belfort(90) et 
   Montbéliard(25).  
-\item{\bf{sept. 00-06~:}} PrCe $71^{eme}$ section, Unité de Formation
+\item{\bf{sept. 00-06:}} PrCe $71^{ème}$ section, Unité de Formation
   et de Recherche (UFR) Sciences du 
   Langage de l'Homme et de la Société (SLHS) à l'UFC. 
-\item{\bf{sept. 06-07~:}} Post-doctorant INRIA (projet ProVal) sur le
+\item{\bf{sept. 06-07:}} Post-doctorant INRIA (projet ProVal) sur le
   thème de l'intégration de preuves interactives dans des preuves
   automatiques (et vice-versa). %pour la vérification de programmes C embarqués.
-\item{\bf{sept. 07-08~:}} PrCe $71^{eme}$ section, UFR SLHS à l'UFC. 
-\item{\bf{sept. 08-\ldots~:}} Maître de Conférences $27^{eme}$ section, IUT de Belfort-Montbéliard, dpt. informatique (UFC). 
-\item{\bf{sept. 10-14\ldots~:}} \'Elu au Conseil d'Institut de l'IUT de Belfort-Montbéliard. 
+\item{\bf{sept. 07-08:}} PrCe $71^{ème}$ section, UFR SLHS à l'UFC. 
+\item{\bf{sept. 08-\ldots:}} Maître de Conférences $27^{ème}$ section, IUT de Belfort-Montbéliard (IUT BM), au département d'informatique (UFC). 
+\item{\bf{nov. 10- nov. 14:}} \'Elu au Conseil d'Institut de l'IUT BM. 
  \end{itemize}
 
 
-\section{Nom et type de l'équipe de recherche (1 page).}
+%\newpage
+\section{Nom et type de l'équipe de recherche}
 
 Je suis membre de l'équipe Algorithmique Numérique Distribuée (AND) du 
 Département d'Informatique des Systèmes Complexes (DISC)
 du laboratoire FEMTO-ST. 
 Je relève de l'école doctorale 37 Sciences Pour l'Ingénieur et Microtechniques (SPIM) de l'UFC.
+Mon directeur de recherche pour cette HDR est Pr. J. {\sc Bahi} 
+du département DISC. Son avis, ainsi que celui du directeur de l'équipe (Pr. R. {\sc Couturier}, du directeur de l'école doctorale (PR. P. {\sc Lutz}) 
+et du directeur du département (Pr. O. {\sc Kouchnarenko}) sont donnés en annexes. 
+
+
+% \subsection{Avis du directeur de l'équipe}\label{sec:avis:directeur:equipe}
+
+% \subsection{Avis du directeur de recherche}\label{sec:avis:directeur:recherhce}
+
+% \subsection{Avis du directeur de l'école doctorale}\label{sec:avis:directeur:spim}
+
+
+
+\section{Résumé de la thématique de la thèse d'université}
+On considère en entrée de la démarche une description
+mathématique d'un programme: par exemple une fonction enrichie avec  
+une  spécification du contexte dans lequel elle est invoquée (la pré-condition) et 
+une spécification exprimant quelles  propriétés sont garanties en retour (la
+post-condition). Lorsque pré-condition et post-condition sont équivalentes,
+on parle d'invariant.
+La thématique de \emph{vérification de programmes par preuve automatique} 
+consiste à tout d'abord construire des formules mathématiques 
+qui doivent être vraies si et seulement si 
+la post-condition est établie par le programme sous hypothèse de pré-condition,
+puis ensuite à 
+décharger ces formules dans des prouveurs de théorèmes. 
+Cette thématique est au c{\oe}ur des travaux de recherche effectués
+pendant mon doctorat et le post-doctorat qui a suivi à l'INRIA.
+
+
+
+Durant mon travail de thèse intitulée 
+{\em vérification d'invariants par superposition}, 
+j'ai proposé différentes traductions en logique équationnelle~\cite{cdgr03:ij,cddg+04:ip,cg04:np,couchot04:onp} 
+des obligations de preuve,  
+dans l'objectif de faire converger
+le plus rapidement possible un prouveur par superposition qui les décharge.
+J'ai démontré la correction et la complétude partielle de la démarche et 
+ai montré que la démarche supplante celles basées sur la  
+logique WS1S et l'outil MONA. 
+J'ai appliqué ceci à la  vérification de protocoles notamment d'exclusion
+mutuelle~\cite{CGK05} définis à l'aide de spécifications ensemblistes B~\cite{cdgr04:onp}.
+
+
+
+
+
+\subsection*{Publications issues de ces recherches}
+ 
+
+\begin{thebibliography}{9}
+\bibitem{CGK05}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Alain Giorgetti, and Nikolai Kosmatov.
+\newblock A uniform deductive approach for parameterized protocol safety.
+\newblock In David~F. Redmiles, Thomas Ellman, and Andrea Zisman, editors, {\em
+  ASE}, pages 364--367. ACM, 2005.
+
+
+\bibitem{cddg+04:ip}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Fr\'ed\'eric Dadeau, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti,
+  and S.~Ranise.
+\newblock Proving and debugging set-based specifications.
+\newblock In A.~Cavalcanti and P.~Machado, editors, {\em WMF'03 proceedings},
+  volume~95 of {\em ENTCS, Electronic Notes in Theoretical Computer Science},
+  pages 189--208, Campina Grande, Brazil, May 2004.
+
+\bibitem{cdgr03:ij}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
+\newblock Scalable automated proving and debugging of set-based specifications.
+\newblock {\em Journal of the Brazilian Computer Society (JBCS)}, 9(2):17--36,
+  November 2003.
+\newblock ISSN 0104-6500.
+
+\bibitem{cg04:np}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot and Alain Giorgetti.
+\newblock Analyse d'atteignabilit\'e d\'eductive.
+\newblock In Jacques Julliand, editor, {\em Congr\`es Approches Formelles dans
+  l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels, AFADL'04}, pages 269--283,
+  Besan\c{c}on, France, June 2004.
+
+\bibitem{cdgr04:onp}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
+\newblock {B}arvey: {V}\'erification automatique de consistance de machines
+  abstraites {B}.
+\newblock In Jacques Julliand, editor, {\em AFADL'04, Approches Formelles dans
+  l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels,} pages 369--372, Besan\c{c}on,
+  France, June 2004.
+\newblock Session outils.
+
+
+\bibitem{couchot04:onp}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot.
+\newblock V\'erification d'invariant par superposition.
+\newblock In {\em {MAJECSTIC}'04, {MA}nifestation de {JE}unes {C}hercheurs
+  {STIC}}, Calais, France, October 2004.
+\newblock Actes en ligne sur { t
+  http://lil.univ-littoral.fr/\~{}lewandowski/majecstic/programme.html}.
+
+
+\end{thebibliography}
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+%\newpage
+\section{Exposé des recherches réalisées au cours de la période postdoctorale}
+
+Entre avril 2006 et aujourd'hui, les recherches réalisées ont concerné plusieurs domaines synthétisés ci-après. Le premier travail (Sec.~\ref{sub:verif}) 
+est une suite directe des travaux de thèse. 
+Le second concerne les systèmes dynamiques discrets 
+et leurs applications (Sec.~\ref{sub:sdd}), thématique 
+pour laquelle j'ai été recruté dans l'équipe AND du département
+DISC. Enfin la section~\ref{sub:gen} présente comment je me suis investi dans 
+le  domaine de la bio-informatique à l'aide de compétences connexes.
+Ces travaux ont été valorisés par des publications dont les références sont données à la section~\ref{sec:publi} et synthétisées à la figure~\ref{fig:bilan}
+en fin de document.
+
+\subsection{Vérification de programmes par 
+  preuve automatique}\label{sub:verif}
+
+Lors de mon post-doctorat à l'INRIA, j'ai d'abord montré qu'il était possible
+d'instancier des contre-exemples~\cite{BCDG07} et de voir 
+si ceux-ci sont atteignables~\cite{CouchotD07IFM} lorsque 
+l'obligation de preuve à vérifier n'est pas établie.
+Ceci peut aider l'ingénieur à corriger ses modèles.
+Je  me suis ensuite intéressé  à la
+logique du premier ordre polymorphe. 
+Dans ce but, j'ai présenté un réducteur de logique
+polymorphe vers de la logique sans sorte et de la logique multi-sortes
+du premier ordre, préservant la correction et la
+complétude~\cite{couchot07cade}. 
+Toujours pendant mon post-doctorat, face au problème d'explosion
+combinatoire rencontré  
+lors de déduction automatique, j'ai présenté une approche
+de réduction de
+formules~\cite{couchot07FTP, cgs09:ip} de type SMT-LIB
+basée sur la sélection des hypothèses les plus  
+pertinentes.   
+L'approche a été implantée et validée sur un exemple industriel réel
+de 5000 lignes de Code C annoté fourni par Dassault aviation.
+
+
+
+
+
+
+\subsection{Les Systèmes dynamiques discrets (SDD)}\label{sub:sdd}
+Un système dynamique discret (SDD) est une fonction $f$ 
+du $n$-cube ($\{0,1\}^n$) dans lui même et un mode opératoire
+(parallèle, unaire, généralisé) qui peut être itéré 
+en synchrone ou en asynchrone. Cette section présente un ensemble 
+de mes contributions dans cette thématique. 
+
+
+\subsubsection{Convergence de systèmes  dynamiques discrets}
+
+%Ils ont été étudiés à de maintes reprises ~\cite{Rob95,Bah00,bcv02}.
+Pour chacun de ces modes, il existe des critères  (suffisants) de convergence
+globale ou locale, souvent basés sur le fait que  $f$ 
+est un opérateur contractant dans un espace.
+
+Les modes  asynchrones ont une dynamique avec plus de liberté 
+puisqu'ils autorisent chaque élément à modifier sa valeur avant 
+de connaître les valeurs des autres éléments dont il dépend. 
+Cependant, lorsque les calculs à effectuer sur certains n{\oe}uds
+sont coûteux en temps et/ou que les temps de communication sont élevés,   
+ces modes peuvent présenter une convergence plus rapide que le cas synchrone.  
+
+J'ai formalisé le mode des 
+\emph{itérations mixtes} (introduit par Pr. J. M.  Bahi en 2005 notamment)
+qui combine synchronisme et asynchronisme.
+Intuitivement, les n{\oe}uds qui pourraient engendrer des cycles dans 
+les itérations asynchrones sont regroupés dans une même classe. 
+Les noeuds à l'intérieur de celle-ci seront itérés de manière 
+synchrone et les itérations asynchrones sont conservées entre les groupes. 
+Pour gommer les  différences entre les n{\oe}uds d'une même classe
+lorsqu'ils  sont vus depuis des n{\oe}uds extérieurs, j'ai défini le 
+mode des \emph{itérations mixtes avec délais uniformes}.
+J'ai pu ainsi énoncer puis démontrer un théorème 
+établissant que pour des conditions classiques de convergence des itérations
+synchrones d'une fonction $f$, les itérations mixtes à délai uniforme
+convergent aussi vers le même point fixe.
+Ceci a été synthétisé dans~\cite{BCVC10:ir}. 
+
+
+L'étude de convergence de SDDs de modèles de petite taille 
+est simple à vérifier pratiquement pour le mode synchrone parallèle: 
+l'espace d'intérêt est fini.  
+C'est beaucoup plus complexe lorsqu'on traite des itérations
+unaires, voire généralisées
+asynchrones et mixtes prenant de plus en compte les délais. 
+Des méthodes de simulation basées sur des stratégies et des délais générés aléatoirement avaient déjà été présentées.
+Cependant, comme ces implantations ne sont pas exhaustives, elles ne sont intéressantes que lorsqu'elles fournissent un contre-exemple. 
+Lorsqu'elles exhibent une convergence,  
+cela ne permet que de donner une intuition de convergence, pas  une preuve.
+Autant que je sache, aucune démarche de preuve formelle automatique 
+de convergence n'avait jamais été établie. 
+
+
+J'ai démontré qu'on peut simuler 
+des SDDs selon tous les modes pour établir 
+formellement leur convergence (ou pas).
+Cette simulation est basée sur l'outil SPIN de \emph{Model-Checking}.
+Pour traiter le problème d'explosion 
+combinatoire, les outils de cette classe 
+appliquent des méthodes d'ordre partiel, d'abstraction,
+de quotientage selon une relation d'équivalence.
+J'ai présenté pour cela une démarche de traduction d'un SDD  
+dans SPIN.
+J'ai énoncé puis prouvé ensuite la  correction et la complétude de la démarche.
+Des données pratiques comme la complexité et des synthèses d'expérimentation
+ont aussi été fournies.
+Ceci a été synthétisé dans~\cite{Cou10:ir}
+
+
+\subsubsection{Construction de fonctions chaotiques}
+Je me suis intéressé ensuite à l'étude du problème dual 
+de l'étude de divergence d'un SDD.
+Le Pr. C. Guyeux de l'équipe AND a proposé dans sa thèse en 2010
+une caractérisation des fonctions $f$ de $\{0,1\}^n$ dans lui-même 
+dont les itérations sont chaotiques selon Devanney pour un  mode donné: 
+il est nécessaire et suffisant que son graphe des itérations soit
+fortement connexe.  
+J'ai proposé plusieurs méthodes de construction de 
+fonctions ayant de tels graphes d'itérations~\cite{bcgr11:ip,chgw+14:onp}.
+
+Dans la première~\cite{bcgr11:ip},
+l'algorithme enlève des arcs et vérifie ensuite que  
+la forte connexité est maintenue.
+Même si cet algorithme retourne toujours des fonctions dont le graphe 
+des itérations est fortement connexe, il n'en est pas pour autant efficace 
+car il  nécessite une vérification à posteriori de la 
+forte connexité sur le graphe entier composé de  $2^n$ sommets.
+La seconde méthode propose une solution à ce problème en présentant
+des conditions suffisantes sur un graphe à $n$ sommets
+qui permettent d'obtenir des graphes d'itérations fortement connexes.
+Ce théorème a aussi été prouvé dans~\cite{bcgr11:ip}
+et des instanciations effectives 
+ont été produites. 
+Une troisième méthode~\cite{chgw+14:onp} s'appuie sur les codes 
+de Gray, ou de manière équivalente sur les cycles hamiltoniens du graphe des
+itérations.
+% : un cycle qui visite chaque n{\oe}ud exactement une fois est un  
+% \emph{cycle hamiltonien}.
+%La démarche consiste à enlever du graphe un de ses cycles hamiltoniens dont 
+%la démarche de génération est un problème connu. 
+
+Ces méthodes ont permis d'étendre à l'infini la classe des fonctions 
+dont les itérations sont chaotiques.
+
+
+\subsubsection{Apprentissage par réseaux neuronaux}
+Nous disposons grâce aux travaux présentés à la section précédente d'un grand
+nombre de fonctions dont les itérations sont chaotiques.
+Nous avons entrepris d'étudier ces itérations et plus particulièrement leur 
+apprentissage par un réseau de neurones. 
+J'ai notamment pu contribuer à montrer pratiquement qu'il
+est très difficile (voir impossible) de les prédire 
+à l'aide d'outils d'intelligence artificielle~\cite{bcgs12:ij}.
+
+
+Nous nous sommes attaqués parallèlement 
+à un problème physique d'optimisation de  
+l'écoulement d'un flux d'air le long d'un véhicule. 
+Ce flux peut être modifié si l'on active des injecteurs d'air placés 
+par exemple sur le becquet du véhicule. 
+Le flux d'air peut être modélisé à l'aide d'équations de Navier-Stokes
+dont on ne connaît pas de méthode analytique de résolution. 
+De plus, le nombre de Reynolds calculé dans cette situation fait apparaître 
+que le régime est extrêmement turbulent, donc difficile à prévoir.
+Nous avons souhaité 
+continuer nos expériences d'apprentissage à l'aide 
+de réseau de neurones dans ce contexte.
+La figure~\ref{fig:mems}, issue de~\cite{cds13:ij}, montre 
+que notre approche a pu apprendre ce régime turbulent. 
+Il est apparu comme intéressant de mémoriser les configurations
+représentant l'état des actionneurs à l'aide de nombres binaires.
+De plus les codes de Gray (dont deux mots adjacents ne diffèrent que d'un 
+bit) se sont présentés comme une des manières de mémoriser les sorties du 
+réseau de neurones comme un seul nombre binaire.
+Or trouver un chemin hamiltonien 
+(comme étudié dans la partie précédente) dans un
+$n$-cube revient à trouver un code 
+de Gray dans un mot de $n$-bits. Les compétences acquises lors du travail 
+sur les chemins hamiltoniens ont ainsi pu être réutilisées et approfondies.
+Les résultats pratiques quant à l'utilisation de ces codes se sont cependant 
+révélés comme moins pertinents que l'utilisation de $n$ sorties.
+Ceci a été valorisé dans les publications~\cite{cds12:ip,cds13:ij}.
+
+\begin{figure}
+\begin{center}
+\includegraphics[scale=0.5]{test.pdf}
+\end{center}
+\caption{Prédiction d'une force issue d'un flux d'air
+  le long d'un véhicule avec injecteurs}\label{fig:mems}
+\end{figure}
+
+
+\subsubsection{Génération de nombres pseudo-aléatoires}
+Au commencement de ce travail, notre équipe disposait d'un générateur de nombres 
+pseudo-aléatoires (PRNG) 
+basé sur une seule fonction dont nous avions prouvé la chaoticité 
+des itérations, à savoir la négation booléenne vectorielle. Cependant pour 
+réussir les tests statistiques dédiés aux PRNGs, il était nécessaire d'itérer 
+un grand nombre (arbitraire) de fois cette fonction entre deux 
+sorties. 
+
+Avec la production d'une grande collection de fonctions à itérations chaotiques, 
+j'ai proposé de répondre à la question suivante: comment engendrer des fonctions 
+dont les itérations vont produire des nombres simulant correctement l'aléa.
+J'ai d'abord caractérisé les fonctions dont les itérations produisent des nombres 
+selon une distribution uniforme~\cite{bcgr11:ip}. Pour cela il a fallu réécrire
+l'algorithme de génération comme une marche aléatoire dans une partie du $n$-cube,
+de se ramener à une chaîne de Markov puis d'utiliser la théorie élaborée sur ce sujet 
+pour conclure. Par la même occasion, nous avons démontré que certaines fonctions 
+chaotiques ne peuvent pas produire un aléa suivant une distribution uniforme.
+La sortie est biaisée.
+
+J'ai proposé ensuite des méthodes permettant de trouver de telles 
+fonctions en commençant par filtrer celles qui ne disposent pas 
+de cette caractéristique parmi toutes les fonctions chaotiques qui peuvent 
+être engendrées~\cite{bcgr11:ip}. J'ai démontré ensuite que supprimer 
+un cycle hamiltonien dans un $n$-cube permettait d'engendrer directement 
+des fonctions avec une telle caractéristique~\cite{chgw+14:oip}.
+De plus, je me suis attaché à montrer l'importance 
+de l'équilibrage du chemin hamiltonien à enlever. 
+
+ 
+Les qualités statistiques des générateurs produits  
+ont été évalués avec succès~\cite{bcgw11:ip,chgw+14:onp,chgw+14:oip}
+ en se confrontant à 
+des batteries de tests telles que Die-Hard, NIST, TestU01.
+
+Plus récemment, nous avons entrepris de trouver des bornes du temps d'arrêt
+d'obtention d'une distribution uniforme d'un générateur 
+construit en enlevant un chemin hamiltonien équilibré dans un $n$-cube. Le travail 
+en collaboration avec Pr. P.-C. Heam du DISC
+est en cours de soumission~\cite{cgh16:onp}
+dans un  journal international.
+
+Enfin j'ai été sollicité pour encadrer une thèse sur l'implantation 
+de générateurs de nombre pseudo-aléatoires à bases d'itérations 
+chaotiques sur des circuits logiques 
+programmables. J'ai commencé ce travail en encadrant une étude exhaustive 
+de toutes les instances d'implantations de cette classe.
+Ce travail complet théorique et pratique est terminé aujourd'hui et 
+est en cours de soumission~\cite{bgco16:onp} dans un journal international.
+
+
+
+
+
+
+\subsubsection{Masquage d'information}\label{sub:ih}
+
+La propriété de transitivité des fonctions chaotiques implique que l'on peut 
+atteindre tout point depuis le voisinage de n'importe quel point.
+Lorsqu'on cherche à embarquer une marque dans un média, 
+si l'on souhaite de plus que celle-ci soit robuste, \textit{i.e.},
+ne puisse pas être enlevée facilement, il paraît naturel d'embarquer 
+cette marque sur une grande partie du média. 
+L'utilisation de fonctions chaotiques
+paraît alors judicieuse.
+
+J'ai participé à la formalisation de la méthode de
+marquage de médias~\cite{bcg11b:ip,bcg11:ij} et particularisé
+ceci à des images numériques fournissant un 
+nouveau contexte pour l'étude théorique et mathématique d'algorithmes de marquage.
+La chaos-sécurité a été introduite comme une nouvelle propriété 
+de tels algorithmes de marquage.
+Nous avons de plus montré la robustesse d'un tel marquage dans les 
+domaines fréquentiels usuels (DWT ou DCT).
+
+Des instances de ces algorithmes ont été présentées en sélectionnant de manière 
+pertinente les fonctions à itérer soit pour garantir une robustesse 
+élevée~\cite{bcfg12b:ip,bcfg+13:ip} soit pour masquer l'information dans le média 
+et être le moins détectable possible~\cite{bcfg12a:ip}. 
+
+D'autre méthodes de watermarking ont été investies, 
+particulièrement celles basées sur la Quantization Index Modulation (QIM), méthodes 
+étant supposées comme les plus robustes. Mes principales contributions 
+sur ce travail --en collaboration avec Dr R. Darazy de l'Université Antonine au Liban
+et en co-encadrant le stage de M2 de Ahmad Bittar--,
+ont été 
+d'intégrer ceci à du marquage de document PDF puis de 
+présenter ce problème comme un problème d'optimisation. 
+Grâce à une telle présentation nous avons pu trouver les paramètre optimaux
+des méthodes QIM assurant à la fois robustesse et indétectabilité.
+Le travail est en cours de soumission dans un  journal international~\cite{bdcc15:onp}.
+
+Lorsque l'objectif visé est l'indétectabilité, on parle de \emph{stéganographie}.
+Ce domaine a été adressé en critiquant notamment les scénarios usuels d'évaluation
+des algorithmes de stéganographie. J'ai proposé un cadre complémentaire permettant 
+d'évaluer ces schémas de masquage~\cite{fccg15:ip}.
+Ceci se réalise en co-encadrant le doctorat de Y. Fadil.
+
+J'ai de plus participé à l'élaboration de l'algorithme STABYLO~\cite{ccg15:ij}
+qui est un schéma de
+stéganographie basé sur l'enfouissement de l'information dans les contours 
+présents dans une image et illustré à la figure~\ref{fig:STABYLO}.
+Ce travail est en collaboration avec Pr. R. Couturier.
+Mes contributions ont principalement été la formalisation de l'algorithme et 
+son étude de complexité. Grâce a l'optimisation de cette dernière,
+nous avons  pu montrer 
+que cet algorithme présente un excellent compromis entre sécurité
+fournie et complexité.
+
+
+
+\begin{figure}[h]
+  \begin{center}
+    \subfigure[Support]{
+      \includegraphics[scale=0.20]{lena512}
+    }
+    \subfigure[Message]{
+      \begin{minipage}[b]{0.28\linewidth}
+        \begin{flushleft}
+          \begin{scriptsize}
+            The skies they were ashen and sober;\linebreak
+            $\qquad$ The leaves they were crisped and sere—\linebreak
+            $\qquad$ The leaves they were withering and sere;\linebreak
+            It was night in the lonesome October\linebreak
+            $\qquad$ Of my most immemorial year;\linebreak
+            It was hard by the dim lake of Auber,\linebreak
+            $\qquad$ In the misty mid region of Weir—\linebreak
+            It was down by the dank tarn of Auber,\linebreak
+            $\qquad$ In the ghoul-haunted woodland of Weir.
+          \end{scriptsize}
+        \end{flushleft}
+      \end{minipage}
+    }
+    \subfigure[Contours]{
+      \includegraphics[scale=0.20]{edge7}
+    }
+    \subfigure[Image avec msg.]{
+      \includegraphics[scale=0.20]{lena7}
+    }
+
+  \end{center}
+  \caption{Embarquement d'un message dans une image selon STABYLO}\label{fig:STABYLO}
+\end{figure}
+
+  
+
+\subsubsection{Les fonctions de hachage}\label{sub:hash}
+Une fonction qui calcule une empreinte servant à identifier rapidement toute 
+donnée fournie en entrée est une fonction de hachage. On utilise ce genre
+de fonctions dès qu'on veut comparer des éléments de grande taille car il 
+suffit de comparer leurs empreintes (généralement de taille plus réduite).  
+Une telle fonction doit induire de grandes variations dans l'empreinte 
+lorsque l'entrée varie même très peu. C'est l'effet avalanche. Cette 
+condition fait penser à la forte sensibilité aux conditions initiales
+d'une fonction chaotique.
+
+Forts de nos compétences sur les fonctions dont les itérations sont 
+chaotiques, nous avons proposé de nouvelles fonctions de hachage.
+Celles-ci combinent des outils classiques utilisés dans les
+fonctions de hachage 
+usuelles et des itérations de systèmes dynamiques discrets étudiés 
+au préalable.
+Nous avons prouvé que ces fonctions sont résistantes à la 
+seconde pré-image. Leur complexité, polynomiale en la taille 
+du message et la taille de l'empreinte, a été évaluée et correspond
+à ce que l'on attend d'une telle fonction.
+Nous avons de plus vérifié statistiquement le critère d'avalanche.
+Ces résultats ont été valorisés dans les publications~\cite{bcg11:ip,bcg12:ij}.
+
+
+
+
+\subsection{Application à la génomique}\label{sub:gen}
+
+Ayant acquis des compétences sur certaines structures de mathématiques 
+discrètes (particulièrement théorie des graphes, 
+relations d'équivalence,\ldots), j'ai pu contribuer en bio-informatique
+en les réappliquant notamment.
+
+Une de mes premières pistes de travail a été de proposer une méthode automatique 
+de construction d'un ensemble de gènes communs (nommés core-génome) 
+à une famille de génomes.
+La méthode s'appuie sur la construction du graphe de  similarité
+entre les gènes quotienté selon une relation d'équivalence pour en
+réduire sa taille. Chaque gène est assimilé à son représentant de
+classe dans chaque génome. Le core-génome se déduit comme  l'intersection 
+de tous les génomes. Ceci a donné lieu aux 
+publications~\cite{acgs13:onp,akgcs+14:oip,acgm+14:ij}.
+
+L'approche précédente souffrait de n'engendrer que des core-génomes de (trop)
+petits cardinaux. J'ai contribué notamment 
+à l'amélioration de la méthode en proposant une étape d'optimisation issue 
+d'une adaptation discrète la méthode d'essaims particulaires~\cite{aagp+15:ip}.
+D'autres travaux (dont la première étape est cette construction de 
+core-génome) ont été ensuite réalisés, principalement dans le but de 
+construire des arbres phylogénétiques de qualité~\cite{agcs+15:ip,aangc+15:ip}.
+Une synthèse de ces arbres a été réalisée et est présentée à l'adresse~\url{http://meso.univ-fcomte.fr/peg/phylo}.
+
+
+Tous ces travaux ont été réalisés en collaboration avec M. Salomon et en co-encadrant 
+le doctorat de B. Alkindy.
+
+
+
+
+%\newpage
+\section{Perspectives de recherche}
+Les trois sections suivantes présentent quelques perspectives de recherche 
+autour de la thématique des systèmes dynamiques discrets. 
+
+
+
+\subsection{Les codes de Gray}
+L'utilisation des codes de Gray dans une démarche d'apprentissage 
+(d'écoulement d'air ou  de fonctions chaotiques) ne s'est pas révélée comme 
+concluante. Dans chacun des cas, la distance de Hamming entre deux 
+configurations voisines peut être très petite tandis que le chemin (dans le 
+cycle  hamiltonien) qui les relie peut être long et ce même 
+pour des codes équilibrés.
+Je propose de travailler sur ce problème discret en mesurant la qualité 
+du code de Gray à l'aide d'une fonction basée sur la longueur des chemins
+(du cycle hamiltonien) entre les configurations voisines.
+Je pense ainsi réduire ce problème à un problème d'optimisation et dégager 
+une démarche de génération, comme je l'ai fait en bio-informatique.
+ 
+Jusqu'à présent, la production de codes de Gray équilibrés pour la génération 
+de nombres pseudo-aléatoires bute sur des problèmes d'explosion combinatoire:
+les seuls algorithmes connus répondant à ce problème nécessitent a priori
+plus de $10^{36}$ évaluations pour $n=8$. 
+Il n'est ainsi pas raisonnable de mettre en  
+pratique ce genre d'approche lorsque chacune de ces évaluations prend 1s.
+On peut peut-être
+se contenter de codes ``presque'' équilibrés , à défaut de pouvoir 
+trouver ceux qui seront équilibrés.
+Je propose d'investiguer  
+dans cette thématique en exploitant des approches itératives permettant 
+d'obtenir des optimums locaux et trouver ainsi des codes presque équilibrés.
+
+
+ 
+\subsection{Génération de nombres pseudo-aléatoires}
+
+La démarche actuelle de génération de nombres pseudo-aléatoires
+consiste à marcher dans une partie d'un $n$-cube en choisissant son chemin
+à l'aide d'un générateur fourni en entrée. Or ces générateurs sont tous des 
+fonctions de $\{0,1\}^n$ dans lui-même. Cette approche
+semble pouvoir se réécrire
+comme un produit synchrone de deux automates.
+L'intérêt d'une telle réécriture est qu'on pourrait exploiter 
+tous les résultats théoriques et pratiques déjà connus dans la communauté
+des automates. 
+Je pense investiguer cette voie pour améliorer notre approche, 
+s'affranchir, à terme, de tout autre générateur et améliorer la
+connaissance à ce sujet.
+Les propriété établies notamment sur les temps d'arrêt devraient être conservées.
+Il restera à le prouver.
+
+
+Jusqu'à présent, une seule expérimentation d'implantation de nos générateurs 
+sur des dispositifs physiques comme les FPGAs a été réalisée. Celle-ci 
+s'est faite automatiquement à l'aide de l'outil Matlab. Si le code engendré
+sur le circuit est bien une implantation fidèle à la spécification,
+il n'en est pas pour autant efficace: le nombre de bits générés par surface
+est plutôt faible. Nous allons exploiter les meilleures démarches mises en 
+exergue lors de la rédaction d'un état de l'art exhaustif sur les PRNGs 
+implantés sur FPGA pour produire du code optimisé. 
+Je prévois de réaliser ceci dans la thèse de M. Bakiri, en cours.
+
+Pour générer une fonction dont la matrice de Markov est doublement
+stochastique, nous avons proposé principalement deux méthodes 
+(génération puis test, suppression de chemin hamiltonien dans un $n$-cube).  
+Ces deux méthodes ne passent pas à l'échelle, même pour des $n$ de petite taille.
+Je pense attaquer ce problème algébriquement et en programmation logique avec 
+contraintes. Dans le premier cas, on peut remarquer qu'un matrice
+composée de $1$ uniquement 
+en $(i,i+1)$ est une réponse triviale au problème. Je pense continuer l'étude 
+de ce genre de matrices et proposer une méthode plus générale de génération.
+Je prévois de réaliser ce travail avec M. S. Contassot, Pr. à l'Université de Lorraine.
+Le département DISC et l'équipe VESONTIO 
+a de fortes compétences en programmation logique avec 
+contraintes. J'ai déjà démontré que ce problème peut être soluble par cette
+approche, sans avoir pour autant réussi à le faire.
+Je prévois des collaborations avec l'équipe VESONTIO du DISC sur ce sujet.
+
+
+Enfin, marcher dans une partie d'un $n$-cube est le modèle théorique que 
+nous avons établi pour notre classe de générateurs. On pourrait cependant 
+penser à ``sauter'' dans ce $n$-cube, c'est-à-dire modifier plusieurs bits 
+en une seule itération. J'ai commencé à étudier ce modèle avec les résultats
+pratiques suivants: le nombre d'itérations suffisant pour un mélange 
+correct est plus petit que celui obtenu en marchant. De plus,  
+il diminue à mesure que $n$ augmente ce qui n'est pas le cas en marchant.
+Pour l'instant, nous n'avons pas réussi à obtenir des bornes
+du temps d'arrêt. Je propose d'investiguer aussi dans cette direction.
+
+
+
+\subsection{Masquage d'information}
+
+Concernant le marquage de données, plusieurs approches duales cohabitent pour 
+établir ou non la sécurité d'un algorithme 
+de cette classe: les probabilistes (stego-securité par ex.), 
+les métriques (chaos-securité par ex.),
+les cryptographiques (mesure de fuite d'information).
+Notre approche n'a pas encore été évaluée selon cette dernière métrique, ce 
+que je propose de faire. 
+
+Concernant l'indétectabilité, je propose de travailler à la fois sur 
+la stéganographie et sur la stéganalyse.
+Nos expériences sur les schémas les plus efficaces de stéganographie 
+nous font penser qu'embarquer un message dans les contours comme cela l'a été fait pour 
+STABYLO est perfectible: on sait depuis qu'il existe des fonctions mathématiques 
+qui modélisent ces contours. Lorsqu'on modifie sans garde la valeur des bits de ces 
+contours,  la ``continuité'' des fonctions qui les modélisent peut être perdue et 
+le message peut s'en trouver détectable. Que je sache, aucune approche de stéganographie 
+basée sur la continuité des fonctions de contours n'a jamais été proposée. 
+Je propose donc d'investiguer dans cette voie.
+
+Les démarches de stéganalyse sont souvent composées de 2 étapes: 
+caractérisation puis classification. 
+On extrait au préalable une grande quantité des caractéristiques du média 
+puis on utilise une méthode de 
+classification basée sur celles-ci. La communauté voit souvent cette 
+seconde étape comme une boite noire et se concentre 
+sur la construction de l'ensemble des caractéristiques les plus discriminantes.
+Autant que je sache, les méthodes algébriques 
+de réduction de domaine (analyse par composant principaux, SVD) 
+ont rarement été utilisées comme une étape intermédiaire entre la caractérisation et 
+la classification. Ces méthodes ont déjà été 
+appliquées avec succès lorsqu'elles sont combinées avec des méthodes 
+d'apprentissage, par exemple dans de la reconnaissance faciale.
+Je propose d'étudier cette piste dans ce domaine. 
+Ceci se réalisera notamment au travers du doctorat de Y. Fadil.
+
+
+
+
+%\newpage
+\section{Insertion dans l'équipe de recherche} 
+Cette section donne quelques éléments factuels 
+permettent d'apprécier mon insertion au sein  de cette équipe de recherche.
+
+
+
+\subsection{Un défi de changement de thématique}
+La thématique principale de ma thèse et du post-doctorat qui a suivi 
+était la vérification de programmes par preuve automatique, soit de 
+la logique informatique.
+Suite à mon recrutement dans l'équipe AND, mes recherches se sont réorientées
+autour des SDDs et donc de l'analyse numérique plus généralement.
+Ce défi de changement de thématique a été attaqué dès mon recrutement.
+En plus des 5 journaux dans cette nouvelle thématique, 
+j'ai publié après ma thèse notamment dans
+les conférences reconnues suivantes: 
+\cite{couchot07cade}, de rang A, 
+\cite{bcgr11:ip}, de rang A  et 
+\cite{chgw+14:oip}, de rang B.
+
+
+\subsection{Appels à projet}
+
+
+En 2014 (les dates a verifier), j'ai participé 
+au projet Jeune chercheur de l'UFC porté par
+Christophe Guyeux dont le thème était 
+\og la sécurisation numérique par chaos\fg{}.
+
+J'ai répondu avec succès à l'appel à projets de la région de 
+Franche-Comté en 2015: j'ai participé à l'élaboration du  
+projet de \og capteurs multimédias collaboratifs: une approche
+intégrée de la sécurité et de la robustesse\fg{} dont le porteur 
+est M. A. Mostefaoui. Nous avons obtenu le financement d'une bourse doctorale 
+pour la période d'oct. 2015--oct. 2018. Ce doctorat sera co-encadré par 
+M. A. Mostefaoui et moi-même.
+
+J'ai répondu à de nombreux autres appels à projets sans succès: 
+\begin{itemize}
+\item porteur d'un projet ANR COSINUS 2009: \og 
+A FRAMEwork for predicting the behavior of Dicrete Dynamic Systems\fg{}
+avec l'I3S et le LORIA. 
+\item participant à un projet ANR blanc en 2010: 
+\og Unification des Systèmes Dynamiques Discrets \fg{}
+avec l'I3S, le LORIA et le LIF de MArseille.
+\item porteur d'un projet PEPS 2011 avec l'équipe MIE du département Energie de  FEMTO-ST.
+\item participant à un projet PHC CAI YUANPEI 2014: \og Theoretical study, design, and circuit implementation of high dimensional integer domain chaotic systems \fg{} avec l'Université Technlogique de Guangdong.
+\item porteur d'un projet PHC Cedre 2015: \og surveillance vidéo sécurisée et robuste par réseau de capteurs\fg{} avec l'Université Antonine.
+\item participant à un  projet PHC Cedre 2015: \og 
+méthodes et outils pour concevoir, évaluer et déployer des réseaux de capteurs 
+pour l'agriculture au liban\fg{} avec l'Université Libanaise.
+\item participant au projet PEPS JCJC INS2I 2015, sur 
+\og Prédiction bio-informatique de l'évolution des génomes\fg{} avec le
+LMB et le l'université de Neuchâtel en Suisse. 
+\end{itemize}
+
+\subsection{Collaborations}
+J'ai établi des collaborations:
+\begin{itemize}
+\item avec A. Richard CR CNRS du laboratoire
+I3S (Nice)- UMR CNRS 7271 sur la thématique des SDDs et leurs 
+applications en Bio. Cela s'est traduit notamment avec 
+la publication~\cite{bcgr11:ip}.
+
+\item avec R. Darazy de l'Université Antonine au Liban. 
+  J'ai co-encadré trois stages de Master 2 recherche avec
+  des membres de cette université.
+  J'ai un article en cours de soumission\cite{bdcc15:onp} résumant un travail en collaboration 
+  avec un ancien étudiant et un enseignant chercheur de cette université.
+
+\item avec Pr. S. Contassot-Vivier du LORIA (Nancy)- UMR CNRS 7503 
+sur la thématique des SDDs, de leur convergence dans les itérations 
+mixtes et de la générations de matrices de Markov doublement
+stochastiques. Cela s'est traduit notamment avec 
+le rapport~\cite{BCVC10:ir}.
+
+\item avec Pr. Y. Bailly et J.-C. Roy de l'équipe 
+  MIE du département \'Energie de FEMTO-ST sur la thématique 
+  de la prédiction d'écoulement d'un flux d'air le long d'un véhicule.
+  Cela s'est traduit notamment avec 
+  les publications~\cite{cds13:ij,cds12:ip}.
+
+\item avec Dr. Qianxue Wang de l'Université Technlogique de Guangdong 
+sur la génération de nombres pseudo aléatoires. 
+Nous avons collaboré sur deux publications~\cite{bcgw11:ip,chgw+14:oip}.
+
+\end{itemize}
+
+
+\subsection{Invitations}
+J'ai été invité:
+\begin{itemize}
+\item au workshop \og Théorie des réseaux booléens et ses applications en
+  biologie\fg{}  à Nice en novembre 2014 (20 participants);
+\item à la journée \og Advances in Mobile Technologies Day\ fg{} 
+  organisée par l'Université Antonine au Liban en mai 2013 (10 participants);
+\item au Séminaire MDSC (Modèles Discrets pour les Systèmes Complexes)
+  du laboratoire I3S sur le sujet \og Efficiently dealing with 
+  SMT-LIB provers in software verification\fg{} 
+  en décembre 2007 (30 participants).
+\end{itemize}
+
+\subsection{Organisation d'événements scientifiques}
+
+J'ai co-organisé avec J. Bahi et C. Guyeux 
+\og The First Workshop on Information Hiding Techniques 
+for Internet Anonymity and Privacy (IHTIAP) \fg{} à Venise en juin 2012
+dont l'url est
+\url{http://www.iaria.org/conferences2012/IHTIAP.html}.
+Le comité de programme était composé de 18 chercheurs internationaux 
+(dont je faisais aussi partie). 
+Il s'est  déroulé sur 1/2 journée et 5 chercheurs ont présenté leurs travaux.
+Le taux d'acceptation des articles a été de 41\%. 
+
+J'ai fait partie des comités de programme des conférences \og int. conf. on Evolving Internet \fg{}, (2013, 2014) 
+et IHTIAP 2012.
+
+J'ai rédigé des rapports de relecture pour les journaux internationaux 
+suivants: 
+\begin{itemize}
+\item The computer Journal (2); 
+\item Springer Multimedia Tool and application (1);
+\item Springer Annals in Telecommunication (1);
+\item International Journal of Bioinformatics Research (1);
+\end{itemize}
+et pour les conférences suivantes:
+\begin{itemize}
+\item MAJECSTIC (2005 (2), 2007 (2));
+\item B 2007 (1), A-BZ 2008 (1);
+\item Evolving Internet \fg{}, (2012 (2), 2013 (2), 2014 (1));
+\end{itemize}
+
+Membre du GDR codes et cryptographie, j'ai 
+participé aux Journées Codes et Stéganographie en 2012 (Rennes) 
+où j'ai présenté \og Steganography: secure and robust algorithms \fg{} et en 2013 (Paris).
+
+
+
+
+
+%\newpage
+\section{Encadrement et co-encadrement d'étudiants} 
+
+\subsection{Thèse d'université}
+
+Je co-encadre:
+\begin{itemize}
+\item
+(à hauteur de 40\%) avec Michel Salomon (40\%) et  
+Jacques M. Bahi  (20\%) le doctorat de Bassam Alkindy
+sur les combinaisons d'approches pour la prédiction de l'évolution génomique.	
+Le doctorat a commencé en septembre 2012 et devrait être soutenu en 
+novembre 2015.	
+Ce travail de thèse a donné lieu à 6 publications dans des conférences 
+internationales.
+\item  (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
+le doctorat de  Youssra Fadil
+sur
+l'étude du comportement des outils d'intelligence artificielle
+face à des dynamiques complexes.	
+Le doctorat a commencé en décembre 2013 et devrait être soutenu en 
+décembre 2016.	
+Ce travail de thèse a donné lieu à 1 publication dans une conférence
+internationale.
+		
+\item  (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
+le doctorat de  Mohamed Bakiri
+sur
+l'implémentation matérielle de générateurs de nombres pseudo-aléatoires basés sur les itérations chaotiques.
+Le doctorat a commencé en septembre 2014 et devrait être soutenu en 
+août 2017.	
+Ce travail de thèse a donné lieu à 1 publication dans un journal international 
+en cours de soumission~\cite{bgco16:onp}.
+\end{itemize}
+
+
+\subsection{Master 2 recherche}
+
+
+J'ai co-encadré:
+\begin{itemize}
+\item  (à hauteur de 34\%) avec Raphael Couturier (33\%) et 
+Rony Darazi -- Université Antonine au Liban--(33\%)
+le stage de recherche de Master 2 de  Ahmad Bittar
+sur
+la 
+Steganography in PDF documents based on Unprintable Control ASCII Codes.
+Le stage a commencé le 01 mai 2013 et a été soutenu le 30 septembre 2013. 
+Ce travail de Master a donné lieu à 1 publication dans un journal international 
+en cours de soumission~\cite{bdcc15:onp} (en révision mineure).
+\item  (à hauteur de 80\%) avec   
+Talar Atechian -- Université Antonine au Liban--(20\%)
+le stage de recherche de Master 2 de Hussein Nasser
+sur
+une  
+Critical Analysis of Distributed Algorithm for Sensor
+Network Lifetime Maximization.
+Le stage a commencé le 01 avril 2014 et a été soutenu le 31 août 2014. 
+
+
+\item (à hauteur de 80\%) avec   
+Talar Atechian -- Université Antonine au Liban--(20\%)
+le stage de recherche de Master 2 de Khaled Daher 
+sur la désynchronisation du calcul d'optimisation de la durée de vie 
+d'un réseau de capteurs.
+Le stage a commencé le 01 avril 2015 et sera soutenu le 31 août 2015. 
+\end{itemize}
+
+
+%\newpage
+\section{Participation à des tâches d'intérêt collectif}
+
+\subsection{Tâches d'enseignement} 
+Depuis septembre 2000, je suis titulaire à l'Université de Franche-Comté,
+soit sur un poste de PrCe (de 2000 à 2008, sauf l'année 2006-2007) soit sur
+un poste de MdC. J'ai assuré un grand nombre d'enseignements de la première
+année de licence ou de DUT jusqu'en seconde année de Master. 
+Depuis mon
+recrutement comme MdC, j'ai recentré mes enseignements autour 
+de mes thématiques de recherche, à savoir essentiellement les 
+mathématiques discrètes.
+La répartition moyenne de mes enseignements 
+sur les quatre dernières années  est la suivante:
+\begin{itemize}
+\item 6\% en le Master Informatique Mobile et Répartie (UFR STGI), 
+  dans l'UE de
+  \og Modélisation et d'Evaluation des Systèmes Informatiques \fg{}. Ce sont des
+  promotions d'une vingtaine d'étudiants à chaque fois;
+\item 7\% en Licence Pro Conception des Application Multi-tiers (LP CAM) à l'IUT BM dans l'UE de \og Développement d'applications mobiles\fg{}. Ce sont des
+  promotions d'une vingtaine d'étudiants à chaque fois;
+\item 15\% en encadrement de projets tutorés ou de stage;
+\item 28\% en DUT d'informatique  dans l'UE de 
+\og conception et développement d'applications mobiles\fg{}; 
+\item 44\% en DUT d'informatique  dans les UEs de 
+\og mathématiques discrètes \fg{} et 
+de
+\og  modélisations mathématiques \fg{}.
+\end{itemize}
+
+\subsection{Responsabilités} 
+
+J'ai aussi la responsabilité de toutes les UE données ci-dessus et 
+suis de plus le coordinateur des enseignements de mathématiques 
+au département d'informatique de l'IUT BM. 
+J'ai participé à ce titre à l'élaboration des parties de mathématiques du 
+PPN du DUT d'informatique, à Dijon en 2011 et Orléans en 2012.  
+Depuis septembre 2014, je suis le responsable du parcours TeProw
+de la LP CAM  localisée 
+à l'IUT BM. Cette licence 
+a aussi un parcours à l'UFR ST. Je coordonne toute l'organisation 
+de cette licence avec mon collègue de Besançon. 
+
+
+J'ai été membre élu du conseil d'institut de l'IUT BM 
+de novembre 2010 à novembre 2014. A ce titre j'ai participé à la vie administrative de l'IUT, 
+aux commissions de recrutement d'enseignants et  d'enseignants-chercheurs\ldots
+Depuis septembre 2014,  je suis élu au conseil du département d'informatique 
+de l'IUT BM. 
+
+\subsection{Montage de projets BQF}
+J'ai monté avec succès deux projets BQF au sein de l'UFC autour
+de la programmation mobile en 2009 et 2014. 
+Ces projets BQF ont permis l'achat de smartphones et ordinateurs 
+portables pour les projets d'étudiants du département d'info de l'IUTBM. 
+
+
+\subsection{\`A l'extérieur de l'université}
+
+Je suis régulièrement membre de jury des épreuves TIPE, épreuves communes
+à 90 concours d'ingénieurs (sessions 2012 et  2015) et fournis  
+à chaque session des sujets scientifiques pour l'épreuve.
+
+
+
+
+%\newpage
+\section{Publications après la thèse}\label{sec:publi}
+Le tableau de la figure~\ref{fig:bilan} donné 
+ci dessous synthétise les références détaillées ci-après.
+
+
+\begin{figure}[h]
+\begin{center}
+\begin{tabular}{|c|c|c|c|c|}
+\hline
+%& \multicolumn{2}{|c|}{Internationaux} &  {Nationaux} &  \\
+%\hline
+& Journaux & Conférences  & 
+Conférences  &  Divers\\
+& internationaux & internationales  & 
+nationales  &  \\
+
+\hline
+Pendant le doctorat &
+%journaux
+\cite{cdgr03:ij}
+&
+% conf inter
+\cite{cddg+04:ip,CGK05}
+
+&
+% conf nat
+\cite{cdgr04:onp,cg04:np}
+
+&
+% divers
+\cite{couchot04:onp}
+
+\\ \hline  
+En post-doctorat & 
+%journaux
+
+&
+% conf inter
+\cite{BCDG07,CouchotD07IFM,cgs09:ip,couchot07FTP,couchot07cade}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+
+
+\\ \hline  
+
+&
+%journaux
+&
+% conf inter
+\cite{aangc+15:ip,aagp+15:ip,acgm+14:ij,
+  akgcs+14:oip,agcs+15:ip}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+
+%%%%%%%%%%%%%%
+
+\\ %\cline{3-3}  
+
+Au DISC à FEMTO-ST&
+%journaux
+\cite{bcg12:ij,bcg11:ij,bcgs12:ij,ccg15:ij,cds13:ij}
+
+
+
+
+
+
+
+&
+% conf inter
+\cite{bcfg+13:ip,bcfg12a:ip,bcfg12b:ip,bcg11:ip,bcg11b:ip}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+\cite{acgs13:onp,BCVC10:ir,chgw+14:onp,Cou10:ir}
+
+
+
+\\ %\hline  
+
+&
+%journaux
+
+&
+% conf inter
+\cite{bcgr11:ip,bcgw11:ip,cds12:ip,chgw+14:oip,fccg15:ip}
+
+&
+% conf nat
+
+
+&
+% divers
+
+
+
+%%%%%%%%%%%%%
+
+
+\\ \hline  
+\end{tabular}
+\end{center}
+\caption{Bilan synthétique des publications}\label{fig:bilan}
+\end{figure}
+
+
+
+\subsection{Journaux internationaux avec comité de sélection}
+
+\vspace{-2em}
+\begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
+
+\makeatletter
+\addtocounter{\@listctr}{6}
+\makeatother
+
+\bibitem{bcg12:ij}
+Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
+\newblock Quality analysis of a chaotic proven keyed hash function.
+\newblock {\em International Journal On Advances in Internet Technology},
+  5(1):26--33, 2012.
+
+
+\bibitem{bcg11:ij}
+Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
+\newblock Steganography: a class of secure and robust algorithms.
+\newblock {\em The Computer Journal}, 55(6):653--666, 2012.
+
+\bibitem{bcgs12:ij}
+Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel Salomon.
+\newblock Neural networks and chaos: Construction, evaluation of chaotic
+  networks, and prediction of chaos with multilayer feedforward network.
+\newblock {\em Chaos, An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science},
+  22(1):013122--1 -- 013122--9, March 2012.
+\newblock 9 pages.
+
+
+
+\bibitem{ccg15:ij}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Rapha\"el Couturier, and Christophe Guyeux.
+\newblock {STABYLO}: {STeganography with Adaptive, Bbs, and binarY embedding at
+  LOw cost}.
+\newblock {\em Annals of Telecommunications}, 2015.
+\newblock Available online. Paper version to appear.
+
+
+\bibitem{cds13:ij}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Karine Deschinkel, and Michel Salomon.
+\newblock Active {MEMS}-based flow control using artificial neural network.
+\newblock {\em Mechatronics}, 23(7):898--905, October 2013.
+\newblock Available online. Paper version to appear.
+
+\end{thebibliography}
+
+
+
+
+\subsection{Journaux internationaux avec comité de sélection (en cours de soumission)}
+
+\vspace{-2em}
+\begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
+
+\makeatletter
+\addtocounter{\@listctr}{11}
+\makeatother
+
+
+\bibitem{bdcc15:onp}
+Ahmad Bitar, Rony Darazi, Jean-François Couchot, and Raphaël Couturier.
+\newblock Blind digital watermarking in pdf documents using spread transform
+  dither modulation.
+\newblock in submission to the Multimedia Tools and Applications journal,
+  December 2014.
+
+\bibitem{cgh16:onp}
+Jean-François Couchot, Christophe Guyeux, and Pierre-Cyrille H\'eam.
+\newblock Random walk in a n-cube without hamiltonian cycle to chaotic
+  pseudorandom number generation: Theoretical and practical considerations.
+\newblock in submission to the RAIRO - Theoretical Informatics and Applications
+  special issue to the 15-th Mons Theoretical Computer Science Days, March
+  2015.
+
+\bibitem{bgco16:onp}
+Mohammed Bakiri, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}cois Couchot, and
+  Abdelkrim~Kamel Oudjida.
+\newblock Survey on hardware implementation of random number generators on
+  fpga: Theory and experimental analyses.
+\newblock in submission to the ACM Computing Surveys journal, August 2015.
+
+
+
+
+
+
+
+
+\end{thebibliography}
+
+\subsection{Conférences internationales avec comité de sélection}
+\vspace{-2em}
+\begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
+\makeatletter
+\addtocounter{\@listctr}{14}
+\makeatother
+
+\bibitem{aangc+15:ip}
+Bassam Alkindy, Huda Al'Nayyef, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot,
+  Michel Salomon, and Jacques Bahi.
+\newblock Improved core genes prediction for constructing well-supported
+  phylogenetic trees in large sets of plant species.
+\newblock In {\em IWBBIO 2015, 3rd Int. Work-Conf. on Bioinformatics and
+  Biomedical Engineering, Part I}, volume 9043 of {\em LNCS}, pages 379--390,
+  Granada, Spain, April 2015.
+
+\bibitem{acgm+14:ij}
+Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, Arnaud Mouly,
+  Michel Salomon, and Jacques Bahi.
+\newblock Finding the core-genes of chloroplasts.
+\newblock In {\em ICBBS 2014, 3rd Int. Conf. on Bioinformatics and Biomedical
+  Science}, number 4(5) in IJBBB, Journal of Bioscience, Biochemistery, and
+  Bioinformatics, pages 357--364, Copenhagen, Denmark, June 2014.
+
+\bibitem{akgcs+14:oip}
+Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Michel Salomon,
+  and Jacques Bahi.
+\newblock Gene similarity-based approaches for determining core-genes of
+  chloroplasts.
+\newblock In {\em BIBM14, IEEE Int. Conf. on Bioinformatics and Biomedicine},
+  Belfast, United Kingdom, November 2014.
+\newblock Short paper.
+
+\bibitem{agcs+15:ip}
+Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Michel Salomon,
+  Christian Parisod, and Jacques Bahi.
+\newblock Hybrid genetic algorithm and lasso test approach for inferring well
+  supported phylogenetic trees based on subsets of chloroplastic core genes.
+\newblock In {\em AlCoB 2015, 2nd Int. Conf. on Algorithms for Computational
+  Biology}, volume~* of {\em LNCS/LNBI}, pages ***--***, Mexico City, Mexico,
+  August 2015. Springer.
+\newblock To appear in the LNCS/LNBI series.
+
+\bibitem{aagp+15:ip}
+Reem Alsrraj, Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Laurent Philippe, and
+  Jean-Fran\c{c}ois Couchot.
+\newblock Well-supported phylogenies using largest subsets of core-genes by
+  discrete particle swarm optimization.
+\newblock In {\em CIBB 2015, 12th Int. Meeting on Computational Intelligence
+  Methods for Bioinformatics and Biostatistics}, pages ***--***, Naples, Italy,
+  September 2015.
+\newblock To appear.
+
+
+\bibitem{bcfg12a:ip}
+Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Nicolas Friot, and Christophe Guyeux.
+\newblock Application of steganography for anonymity through the internet.
+\newblock In {\em IHTIAP'2012, 1-st Workshop on Information Hiding Techniques
+  for Internet Anonymity and Privacy}, pages 96--101, Venice, Italy, June 2012.
+
+\bibitem{bcfg12b:ip}
+Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Nicolas Friot, and Christophe Guyeux.
+\newblock A robust data hiding process contributing to the development of a
+  semantic web.
+\newblock In {\em INTERNET'2012, 4-th Int. Conf. on Evolving Internet}, pages
+  71--76, Venice, Italy, June 2012.
+
+\bibitem{bcfg+13:ip}
+Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Nicolas Friot, Christophe Guyeux, and
+  Kamel Mazouzi.
+\newblock Quality studies of an invisible chaos-based watermarking scheme with
+  message extraction.
+\newblock In {\em IIHMSP'13, 9th Int. Conf. on Intelligent Information Hiding
+  and Multimedia Signal Processing}, pages 547--550, Beijing, China, October
+  2013.
+
+\bibitem{bcg11:ip}
+Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
+\newblock Performance analysis of a keyed hash function based on discrete and
+  chaotic proven iterations.
+\newblock In {\em INTERNET 2011, the 3-rd Int. Conf. on Evolving Internet},
+  pages 52--57, Luxembourg, Luxembourg, June 2011.
+\newblock Best paper award.
+
+\bibitem{bcg11b:ip}
+Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
+\newblock Steganography: a class of algorithms having secure properties.
+\newblock In {\em IIH-MSP-2011, 7-th Int. Conf. on Intelligent Information
+  Hiding and Multimedia Signal Processing}, pages 109--112, Dalian, China,
+  October 2011.
+
+
+\bibitem{bcgr11:ip}
+Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Adrien Richard.
+\newblock On the link between strongly connected iteration graphs and chaotic
+  boolean discrete-time dynamical systems.
+\newblock In {\em FCT'11, 18th Int. Symp. on Fundamentals of Computation
+  Theory}, volume 6914 of {\em LNCS}, pages 126--137, Oslo, Norway, August
+  2011.
+
+\bibitem{bcgw11:ip}
+Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Qianxue Wang.
+\newblock Class of trustworthy pseudo random number generators.
+\newblock In {\em INTERNET 2011, the 3-rd Int. Conf. on Evolving Internet},
+  pages 72--77, Luxembourg, Luxembourg, June 2011.
+
+\bibitem{BCDG07}
+Fabrice Bouquet, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Fr\'ed\'eric Dadeau, and Alain
+  Giorgetti.
+\newblock Instantiation of parameterized data structures for model-based
+  testing.
+\newblock In Jacques Julliand and Olga Kouchnarenko, editors, {\em B'2007, the
+  7th Int. B Conference}, volume 4355 of {\em LNCS}, pages 96--110, Besancon,
+  France, January 2007. Springer.
+
+\bibitem{CouchotD07IFM}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot and Fr\'ed\'eric Dadeau.
+\newblock Guiding the correction of parameterized specifications.
+\newblock In {\em IFM'07, 6th Int. Conf. on Integrated Formal Methods}, volume
+  4591 of {\em LNCS}, pages 176--194, Oxford, UK, July 2007. Springer.
+
+
+\bibitem{cds12:ip}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Karine Deschinkel, and Michel Salomon.
+\newblock Suitability of artificial neural network for {MEMS}-based flow
+  control.
+\newblock In Julien Bourgeois and Michel de~Labachelerie, editors, {\em dMEMS
+  2012, Workshop on design, control and software implementation for distributed
+  MEMS}, pages 1--6, Besan\c{c}on, France, April 2012. IEEE CPS.
+
+
+\bibitem{cgs09:ip}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Alain Giorgetti, and Nicolas Stouls.
+\newblock {G}raph {B}ased {R}eduction of {P}rogram {V}erification {C}onditions.
+\newblock In Hassen Sa\"{i}di and N.~Shankar, editors, {\em AFM'09, {A}utomated
+  {F}ormal {M}ethods (colocated with {CAV}'09)}, pages 40--47, Grenoble,
+  France, 2009. ACM Press.
+
+\bibitem{chgw+14:oip}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Pierre-Cyrille H\'eam, Christophe Guyeux, Qianxue
+  Wang, and Jacques Bahi.
+\newblock Pseudorandom number generators with balanced gray codes.
+\newblock In {\em Secrypt 2014, 11th Int. Conf. on Security and Cryptography},
+  pages 469--475, Vienna, Austria, August 2014.
+
+
+\bibitem{couchot07FTP}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot and T.~Hubert.
+\newblock A graph-based strategy for the selection of hypotheses.
+\newblock In {\em FTP'07, Int. Workshop on First-Order Theorem Proving},
+  Liverpool, UK, September 2007.
+
+\bibitem{couchot07cade}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot and S.~Lescuyer.
+\newblock Handling polymorphism in automated deduction.
+\newblock In {\em CADE'07, 21st Int. Conf. on Automated Deduction}, volume 4603
+  of {\em LNCS}, pages 263--278, Bremen, Germany, July 2007. Springer.
+
+
+\bibitem{fccg15:ip}
+Yousra~Ahmed Fadil, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Rapha\"el Couturier, and
+  Christophe Guyeux.
+\newblock Steganalyzer performances in operational contexts.
+\newblock In {\em IIH-MSP 2015, 11th Int. Conf. on Intelligent Information
+  Hiding and Multimedia Signal Processing}, pages ***--***, Adelaide,
+  Australia, September 2015.
+\newblock To appear.
+
+\end{thebibliography}
+
+\subsection{Communications orales invitées}
+
+J'ai été invité:
+\begin{itemize}
+
+\item au Workshop \og Théorie des réseaux booléens et ses applications en biologie\fg{}  
+à Nice en novembre 2014;
+
+\item à la journée \og Advances in Mobile Technologies Day\fg{}  par l'Université Antonine  (Liban) en mai 2013;
+
+\item au Séminaire MDSC (Modèles Discrets pour les Systèmes Complexes)
+  du laboratoire I3S sur le sujet \og Efficiently dealing with SMT-LIB provers in software verification\fg{} en décembre 2007.
+\end{itemize}
+
+\subsection{Communications diverses}
+\vspace{-2em}
+\begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
+
+\makeatletter
+\addtocounter{\@listctr}{34}
+\makeatother
+
+\bibitem{acgs13:onp}
+Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel
+  Salomon.
+\newblock Finding the core-genes of chloroplast species.
+\newblock Journ\'ees SeqBio 2013, Montpellier, November 2013.
+
+
+
+
+\bibitem{BCVC10:ir}
+J.~M. Bahi, S.~Contassot-Vivier, and J.-F. Couchot.
+\newblock Convergence results of combining synchronism and asynchronism for
+  discrete-state discrete-time dynamic network.
+\newblock Research Report RR2010-02, LIFC - Laboratoire d’{I}nformatique de
+  l'{U}niversit\'{e} de {F}ranche {C}omt\'{e}, May 2010.
+
+
+\bibitem{Cou10:ir}
+J.-F. Couchot.
+\newblock Formal {C}onvergence {P}roof for {D}iscrete {D}ynamical {S}ystems.
+\newblock Research Report RR2010-03, LIFC - Laboratoire d’{I}nformatique de
+  l'{U}niversit\'{e} de {F}ranche {C}omt\'{e}, May 2010.
+
+\bibitem{chgw+14:onp}
+Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Pierre-Cyrille H\'eam, Christophe Guyeux, Qianxue
+  Wang, and Jacques Bahi.
+\newblock Traversing a n-cube without balanced hamiltonian cycle to generate
+  pseudorandom numbers.
+\newblock 15-th Mons Theoretical Computer Science Days (15e Journ\'ees
+  Montoises d'Informatique Th\'eorique), Nancy, France, September 2014.
+
+
+\end{thebibliography}
+
+
+
+
+
+
+% \newpage
+% \section{Avis du directeur de l'Equipe}\label{sec:avis:directeur}
+
+%\bibliographystyle{plain}
+%\bibliography{abbrev,biblioand}
 
-L'avis du directeur de l'équipe et du directeur de l'école doctorale sont 
-annexés à cette synthèse.
-\JFC{joindre l'avis de Raphale, d'Olga de Nicolas et de PH. Lutz} 
-
-
-\newpage
-\section{Résumé (1 page)} de la thématique de la thèse d'université (ou d'Etat le cas échéant)
-et liste des publications auxquelles elle a donné lieu ;
-
-\newpage
-\section{Exposé des recherches réalisées au cours de la période postdoctorale (5 pages maximum)}
-
-(ou post-DEA pour les candidats autorisés à présenter leur demande sans
-thèse), en identifiant les grandes thématiques de recherche, la démarche suivie et les
-retombées en terme de publications et/ou de brevets ;
-
-\newpage
-\section{Perspectives de recherche (1 à 2 pages maximum)}
-
-\newpage
-\section{Insertion dans l'équipe de recherche (3 pages maximum).} 
-Rôle personnel joué dans l'animation de la recherche au
-sein de cette (ces) équipe(s), sa gestion administrative et financière. Obtention et
-gestion de contrats de recherche. Collaborations internationales et insertion dans un
-réseau international. Organisation de manifestations scientifiques (colloques,
-congrès, diffusion des résultats de la recherche en direction du public…) ;
-
-\newpage
-\section{Encadrement et co-encadrement d'étudiants (1 page)} (maîtrise, DEA, thèses d'Université,
-stages d'ingénieurs…) pour des activités de recherche en indiquant de manière
-explicite la part d’encadrement assurée par le candidat à l’HDR  ;
-
-\newpage
-\section{Participation éventuelle à des tâches administratives d'intérêt collectif (1 à 2 pages)},
-à l'activité d'enseignement, ou expérience en entreprise ;
-
-
-\newpage
-\section{Liste des publications}
-selon le plan suivant : Internationales avec comité de
-lecture ; Nationales avec comité de lecture ; Didactiques et non référencées ;
-Chapitres de livres et documents multi-médias ; Compte-rendu de colloques (avec
-sélection sur résumés puis sans sélection sur résumés) ;
-\newpage
-\section{Liste des communications}
- selon le plan suivant : Conférences sur invitation
-personnelle ; Communication à des colloques, avec sélection sur résumés ;
-Internationaux ; Nationaux ; Communications diverses.
-\bibliographystyle{alpha}
-\bibliography{biblio}
-\include{Bibliographie}
 
 
 \end{document}