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Some remarks.
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index b857d5cbd0ed5b22d597c4bd65982acda5315199..d37619469442bee9c8f51c604bb526d60a114ab8 100644 (file)
--- a/hpcc.tex
+++ b/hpcc.tex
@@ -72,6 +72,7 @@
 
 \RC{Ordre des auteurs pas définitif.}
 \begin{abstract}
 
 \RC{Ordre des auteurs pas définitif.}
 \begin{abstract}
+\AG{L'abstract est AMHA incompréhensible et ne donne pas envie de lire la suite.}
 In recent years, the scalability of large-scale implementation in a 
 distributed environment of algorithms becoming more and more complex has 
 always been hampered by the limits of physical computing resources 
 In recent years, the scalability of large-scale implementation in a 
 distributed environment of algorithms becoming more and more complex has 
 always been hampered by the limits of physical computing resources 
@@ -151,11 +152,11 @@ approach of the simulation of AIAC algorithms using a simulation tool (i.e. the
 SimGrid toolkit~\cite{SimGrid}). Second, we confirm the effectiveness of
 asynchronous mode algorithms by comparing their performance with the synchronous
 mode. More precisely, we had implemented a program for solving large
 SimGrid toolkit~\cite{SimGrid}). Second, we confirm the effectiveness of
 asynchronous mode algorithms by comparing their performance with the synchronous
 mode. More precisely, we had implemented a program for solving large
-non-symmetric linear system of equations by numerical method GMRES (Generalized
-Minimal Residual) []\AG[]{[]?}.\LZK{Problème traité dans le papier est symétrique ou asymétrique? (Poisson 3D symétrique?)} We show, that with minor modifications of the
+linear system of equations by numerical method GMRES (Generalized
+Minimal Residual) \cite{ref1}. We show, that with minor modifications of the
 initial MPI code, the SimGrid toolkit allows us to perform a test campaign of a
 real AIAC application on different computing architectures. The simulated
 initial MPI code, the SimGrid toolkit allows us to perform a test campaign of a
 real AIAC application on different computing architectures. The simulated
-results we obtained are in line with real results exposed in ??\AG[]{??}.
+results we obtained are in line with real results exposed in ??\AG[]{ref?}.
 SimGrid had allowed us to launch the application from a modest computing
 infrastructure by simulating different distributed architectures composed by
 clusters nodes interconnected by variable speed networks.  With selected
 SimGrid had allowed us to launch the application from a modest computing
 infrastructure by simulating different distributed architectures composed by
 clusters nodes interconnected by variable speed networks.  With selected
@@ -165,6 +166,9 @@ in the simulated environment, the experimental results have demonstrated not
 only the algorithm convergence within a reasonable time compared with the
 physical environment performance, but also a time saving of up to \np[\%]{40} in
 asynchronous mode.
 only the algorithm convergence within a reasonable time compared with the
 physical environment performance, but also a time saving of up to \np[\%]{40} in
 asynchronous mode.
+\AG{Il faudrait revoir la phrase précédente (couper en deux?).  Là, on peut
+  avoir l'impression que le gain de \np[\%]{40} est entre une exécution réelle
+  et une exécution simulée!}
 
 This article is structured as follows: after this introduction, the next  section will give a brief description of
 iterative asynchronous model.  Then, the simulation framework SimGrid is presented with the settings to create various
 
 This article is structured as follows: after this introduction, the next  section will give a brief description of
 iterative asynchronous model.  Then, the simulation framework SimGrid is presented with the settings to create various
@@ -187,7 +191,9 @@ times generated by synchronizations are very penalizing. One way to overcome thi
 \textit{Asynchronous Iterations~-- Asynchronous Communications (AIAC)} model. Here, local computations do not need to
 wait for required data. Processors can then perform their iterations with the data present at that time. Figure~\ref{fig:aiac}
 illustrates this model where the gray blocks represent the computation phases, the white spaces the idle
 \textit{Asynchronous Iterations~-- Asynchronous Communications (AIAC)} model. Here, local computations do not need to
 wait for required data. Processors can then perform their iterations with the data present at that time. Figure~\ref{fig:aiac}
 illustrates this model where the gray blocks represent the computation phases, the white spaces the idle
-times and the arrows the communications. With this algorithmic model, the number of iterations required before the
+times and the arrows the communications.
+\AG{There are no ``white spaces'' on the figure.}
+With this algorithmic model, the number of iterations required before the
 convergence is generally greater than for the two former classes. But, and as detailed in~\cite{bcvc06:ij}, AIAC
 algorithms can significantly reduce overall execution times by suppressing idle times due to synchronizations especially
 in a grid computing context.
 convergence is generally greater than for the two former classes. But, and as detailed in~\cite{bcvc06:ij}, AIAC
 algorithms can significantly reduce overall execution times by suppressing idle times due to synchronizations especially
 in a grid computing context.
@@ -252,8 +258,11 @@ with their computing power, the interconnection links with their bandwidth and
 latency, and the routing strategy.  The simulated running time of the
 application is computed according to these properties.
 
 latency, and the routing strategy.  The simulated running time of the
 application is computed according to these properties.
 
+%%% TODO: add some words+refs about SimGrid's accuracy and scalability.}
+
 \AG{Faut-il ajouter quelque-chose ?} 
 \AG{Faut-il ajouter quelque-chose ?} 
-\CER{Comme tu as décrit la plateforme d'exécution, on peut ajouter éventuellement le fichier XML contenant des hosts dans les clusters formant la grille} 
+\CER{Comme tu as décrit la plateforme d'exécution, on peut ajouter éventuellement le fichier XML contenant des hosts dans les clusters formant la grille
+  \AG{Bof.}}
 
 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
 \section{Simulation of the multisplitting method}
 
 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
 \section{Simulation of the multisplitting method}
@@ -322,19 +331,7 @@ is solved independently by a cluster and communications are required to update t
 \label{algo:01}
 \end{figure}
 
 \label{algo:01}
 \end{figure}
 
-Algorithm on Figure~\ref{algo:01} shows the main key points of the
-multisplitting method to solve a large sparse linear system. This algorithm is
-based on an outer-inner iteration method where the parallel synchronous GMRES
-method is used to solve the inner iteration. It is executed in parallel by each
-cluster of processors. For all $l,m\in\{1,\ldots,L\}$, the matrices and vectors
-with the subscript $l$ represent the local data for cluster $l$, while
-$\{A_{lm}\}_{m\neq l}$ are off-diagonal matrices of sparse matrix $A$ and
-$\{X_m\}_{m\neq l}$ contain vector elements of solution $x$ shared with
-neighboring clusters. At every outer iteration $k$, asynchronous communications
-are performed between processors of the local cluster and those of distant
-clusters (lines~\ref{algo:01:send} and~\ref{algo:01:recv} in
-Figure~\ref{algo:01}). The shared vector elements of the solution $x$ are
-exchanged by message passing using MPI non-blocking communication routines.
+Algorithm on Figure~\ref{algo:01} shows the main key points of the multisplitting method to solve a large sparse linear system. This algorithm is based on an outer-inner iteration method where the parallel synchronous GMRES method is used to solve the inner iteration. It is executed in parallel by each cluster of processors. For all $l,m\in\{1,\ldots,L\}$, the matrices and vectors with the subscript $l$ represent the local data for cluster $l$, while $\{A_{lm}\}_{m\neq l}$ are off-diagonal matrices of sparse matrix $A$ and $\{X_m\}_{m\neq l}$ contain vector elements of solution $x$ shared with neighboring clusters. At every outer iteration $k$, asynchronous communications are performed between processors of the local cluster and those of distant clusters (lines~\ref{algo:01:send} and~\ref{algo:01:recv} in Figure~\ref{algo:01}). The shared vector elements of the solution $x$ are exchanged by message passing using MPI non-blocking communication routines.
 
 \begin{figure}[!t]
 \centering
 
 \begin{figure}[!t]
 \centering
@@ -352,7 +349,7 @@ Figure~\ref{fig:4.1}). During the resolution, a Boolean token circulates around
 the virtual ring from a master processor to another until the global convergence
 is achieved. So starting from the cluster with rank 1, each master processor $i$
 sets the token to \textit{True} if the local convergence is achieved or to
 the virtual ring from a master processor to another until the global convergence
 is achieved. So starting from the cluster with rank 1, each master processor $i$
 sets the token to \textit{True} if the local convergence is achieved or to
-\text\it{False} otherwise, and sends it to master processor $i+1$. Finally, the
+\textit{False} otherwise, and sends it to master processor $i+1$. Finally, the
 global convergence is detected when the master of cluster 1 receives from the
 master of cluster $L$ a token set to \textit{True}. In this case, the master of
 cluster 1 broadcasts a stop message to masters of other clusters. In this work,
 global convergence is detected when the master of cluster 1 receives from the
 master of cluster $L$ a token set to \textit{True}. In this case, the master of
 cluster 1 broadcasts a stop message to masters of other clusters. In this work,
@@ -361,15 +358,16 @@ condition is satisfied
 \begin{equation*}
   (k\leq \MI) \text{ or } (\|X_l^k - X_l^{k+1}\|_{\infty}\leq\epsilon)
 \end{equation*}
 \begin{equation*}
   (k\leq \MI) \text{ or } (\|X_l^k - X_l^{k+1}\|_{\infty}\leq\epsilon)
 \end{equation*}
-where $\MI$ is the maximum number of outer iterations and $\epsilon$ is the tolerance threshold of the error computed between two successive local solution $X_l^k$ and $X_l^{k+1}$. 
+where $\MI$ is the maximum number of outer iterations and $\epsilon$ is the
+tolerance threshold of the error computed between two successive local solution
+$X_l^k$ and $X_l^{k+1}$.
 
 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
 
 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
-We did not encounter major blocking problems when adapting the multisplitting algorithm previously described to a simulation environment like SimGrid\LZK[]{SimGrid} unless some code 
-debugging. Indeed, apart from the review of the program sequence for asynchronous exchanges between the six neighbors of each point (left,right,front,behind,top,down) in a cubic partitionned submatrix within a cluster or between clusters, \LZK{Il faut expliquer pourquoi 6 points voisins (7-point stencil problem)} \CER{J'ai rajouté quelques précisions mais serait-il nécessaire de décrire a ce niveau la discrétisation 3D ?}
-the algorithm was executed successfully with SMPI and provided identical outputs as those obtained with direct execution under MPI. In synchronous 
+We did not encounter major blocking problems when adapting the multisplitting algorithm previously described to a simulation environment like SimGrid unless some code 
+debugging. Indeed, apart from the review of the program sequence for asynchronous exchanges between processors within a cluster or between clusters, the algorithm was executed successfully with SMPI and provided identical outputs as those obtained with direct execution under MPI. In synchronous 
 mode, the execution of the program raised no particular issue but in asynchronous mode, the review of the sequence of MPI\_Isend, MPI\_Irecv and MPI\_Waitall instructions
 and with the addition of the primitive MPI\_Test was needed to avoid a memory fault due to an infinite loop resulting from the non-convergence of the algorithm.
 mode, the execution of the program raised no particular issue but in asynchronous mode, the review of the sequence of MPI\_Isend, MPI\_Irecv and MPI\_Waitall instructions
 and with the addition of the primitive MPI\_Test was needed to avoid a memory fault due to an infinite loop resulting from the non-convergence of the algorithm.
-\LZK{Peut-être mettre plus de précisions sur les difficultés rencontrées dans la version async et les adaptaions effectuées pour SimGrid}\CER{On voulait en fait montrer la simplicité de l'adaptation de l'algo a SimGrid. Les problèmes rencontrés décrits dans ce paragraphe concerne surtout le mode async}
+\CER{On voulait en fait montrer la simplicité de l'adaptation de l'algo a SimGrid. Les problèmes rencontrés décrits dans ce paragraphe concerne surtout le mode async}\LZK{OK. J'aurais préféré avoir un peu plus de détails sur l'adaptation de la version async}
 Note here that the use of SMPI functions optimizer for memory footprint and CPU usage is not recommended knowing that one wants to get real results by simulation.
 As mentioned, upon this adaptation, the algorithm is executed as in the real life in the simulated environment after the following minor changes. First, all declared 
 global variables have been moved to local variables for each subroutine. In fact, global variables generate side effects arising from the concurrent access of 
 Note here that the use of SMPI functions optimizer for memory footprint and CPU usage is not recommended knowing that one wants to get real results by simulation.
 As mentioned, upon this adaptation, the algorithm is executed as in the real life in the simulated environment after the following minor changes. First, all declared 
 global variables have been moved to local variables for each subroutine. In fact, global variables generate side effects arising from the concurrent access of 
@@ -377,7 +375,7 @@ shared memory used by threads simulating each computing unit in the SimGrid arch
 also to be reviewed. Finally, some compilation errors on MPI\_Waitall and MPI\_Finalize primitives have been fixed with the latest version of SimGrid.
 In total, the initial MPI program running on the simulation environment SMPI gave after a very simple adaptation the same results as those obtained in a real 
 environment. We have tested in synchronous mode with a simulated platform starting from a modest 2 or 3 clusters grid to a larger configuration like simulating 
 also to be reviewed. Finally, some compilation errors on MPI\_Waitall and MPI\_Finalize primitives have been fixed with the latest version of SimGrid.
 In total, the initial MPI program running on the simulation environment SMPI gave after a very simple adaptation the same results as those obtained in a real 
 environment. We have tested in synchronous mode with a simulated platform starting from a modest 2 or 3 clusters grid to a larger configuration like simulating 
-Grid5000 with more than 1500 hosts with 5000 cores~\cite{bolze2006grid}.\LZK{Dernière phrase peut être supprimée} \CER {J'ai enlevé la dernière phrase}
+Grid5000 with more than 1500 hosts with 5000 cores~\cite{bolze2006grid}.
 
 
 
 
 
 
@@ -397,7 +395,7 @@ study that the results depend on the following parameters:
   experimentation of the simulation in having an execution time in asynchronous
   less than in synchronous mode (i.e. speed-up less than 1).
 \end{itemize}
   experimentation of the simulation in having an execution time in asynchronous
   less than in synchronous mode (i.e. speed-up less than 1).
 \end{itemize}
-\LZK{Propositions pour changer le terme ``speedup'': acceleration ratio ou relative gain}
+\LZK{Propositions pour remplacer le terme ``speedup'': acceleration ratio ou relative gain}
 
 A priori, obtaining a speedup less than 1 would be difficult in a local area
 network configuration where the synchronous mode will take advantage on the
 
 A priori, obtaining a speedup less than 1 would be difficult in a local area
 network configuration where the synchronous mode will take advantage on the
@@ -408,14 +406,45 @@ configuration, degrading the inter-cluster network performance will
 This action simulates the case of clusters linked with long distance network
 like Internet.
 
 This action simulates the case of clusters linked with long distance network
 like Internet.
 
+In this paper, we solve the 3D Poisson problem whose the mathematical model is 
+\begin{equation}
+\left\{
+\begin{array}{l}
+\nabla^2 u = f \text{~in~} \Omega \\
+u =0 \text{~on~} \Gamma =\partial\Omega
+\end{array}
+\right.
+\label{eq:02}
+\end{equation}
+where $\nabla^2$ is the Laplace operator, $f$ and $u$ are real-valued functions, and $\Omega=[0,1]^3$. The spatial discretization with a finite difference scheme reduces problem~(\ref{eq:02}) to a system of sparse linear equations. The general iteration scheme of our multisplitting method in a 3D domain using a seven point stencil could be written as 
+\begin{equation}
+\begin{array}{ll}
+u^{k+1}(x,y,z)= & u^k(x,y,z) - \frac{1}{6}\times\\
+               & (u^k(x-1,y,z) + u^k(x+1,y,z) + \\
+               & u^k(x,y-1,z) + u^k(x,y+1,z) + \\
+               & u^k(x,y,z-1) + u^k(x,y,z+1)),
+\end{array}
+\label{eq:03}
+\end{equation} 
+where the iteration matrix $A$ of size $N_x\times N_y\times N_z$ of the discretized linear system is sparse, symmetric and positive definite. 
+
+The parallel solving of the 3D Poisson problem with our multisplitting method requires a data partitioning of the problem between clusters and between processors within a cluster. We have chosen the 3D partitioning instead of the row-by-row partitioning in order to reduce the data exchanges at sub-domain boundaries. Figure~\ref{fig:4.2} shows an example of the data partitioning of the 3D Poisson problem between two clusters of processors, where each sub-problem is assigned to a processor. In this context, a processor has at most six neighbors within a cluster or in distant clusters with which it shares data at sub-domain boundaries. 
+
+\begin{figure}[!t]
+\centering
+  \includegraphics[width=80mm,keepaspectratio]{partition}
+\caption{Example of the 3D data partitioning between two clusters of processors.}
+\label{fig:4.2}
+\end{figure}
+
+
 As a first step, the algorithm was run on a network consisting of two clusters
 containing 50 hosts each, totaling 100 hosts. Various combinations of the above
 factors have providing the results shown in Table~\ref{tab.cluster.2x50} with a
 matrix size ranging from $N_x = N_y = N_z = \text{62}$ to 171 elements or from
 $\text{62}^\text{3} = \text{\np{238328}}$ to $\text{171}^\text{3} =
 \text{\np{5211000}}$ entries.
 As a first step, the algorithm was run on a network consisting of two clusters
 containing 50 hosts each, totaling 100 hosts. Various combinations of the above
 factors have providing the results shown in Table~\ref{tab.cluster.2x50} with a
 matrix size ranging from $N_x = N_y = N_z = \text{62}$ to 171 elements or from
 $\text{62}^\text{3} = \text{\np{238328}}$ to $\text{171}^\text{3} =
 \text{\np{5211000}}$ entries.
-\LZK{Donner le type et la description du problème traité (problème symétrique Poisson 3D) et préciser peut être aussi qu'on a utilisé un partitionnement 3D}
-\CER{Voir ma remarque plus si nécessaire de décrire en détail le partitionnement 3D}
+
 % use the same column width for the following three tables
 \newlength{\mytablew}\settowidth{\mytablew}{\footnotesize\np{E-11}}
 \newenvironment{mytable}[1]{% #1: number of columns for data
 % use the same column width for the following three tables
 \newlength{\mytablew}\settowidth{\mytablew}{\footnotesize\np{E-11}}
 \newenvironment{mytable}[1]{% #1: number of columns for data
@@ -555,14 +584,11 @@ lat latency, \dots{}).
        \item Maximum number of internal and external iterations;
        \item Internal and external precisions;
        \item Matrix size $N_x$, $N_y$ and $N_z$;
        \item Maximum number of internal and external iterations;
        \item Internal and external precisions;
        \item Matrix size $N_x$, $N_y$ and $N_z$;
-<<<<<<< HEAD
+%<<<<<<< HEAD
        \item Matrix diagonal value: \np{6.0};
        \item Matrix diagonal value: \np{6.0};
-       \item Matrix Off-diagonal value: \np{-1};
-        \LZK{Off-diagonal values? (-1?)}
-        \CER{oui}
-=======
-       \item Matrix diagonal value: \np{6.0}, \LZK{Off-diagonal values? (-1.0?)}
->>>>>>> 5fb6769d88c1720b6480a28521119ef010462fa6
+       \item Matrix Off-diagonal value: \np{-1.0};
+%=======
+%>>>>>>> 5fb6769d88c1720b6480a28521119ef010462fa6
        \item Execution Mode: synchronous or asynchronous.
 \end{itemize}
 
        \item Execution Mode: synchronous or asynchronous.
 \end{itemize}