suppression de qlq commentaires

[hpcc2014.git] / hpcc.tex

diff --git a/hpcc.tex b/hpcc.tex
index 16a5943f8f72659143c9feaa802fc6a60839976e..b33be480342b22567e11213011fe1051ce0d4c68 100644 (file)
--- a/hpcc.tex
+++ b/hpcc.tex
@@ -445,13 +445,14 @@ We did not encounter major blocking problems when adapting the multisplitting al
 debugging. Indeed, apart from the review of the program sequence for asynchronous exchanges between processors within a cluster or between clusters, the algorithm was executed successfully with SMPI and provided identical outputs as those obtained with direct execution under MPI. In synchronous 
 mode, the execution of the program raised no particular issue but in asynchronous mode, the review of the sequence of MPI\_Isend, MPI\_Irecv and MPI\_Waitall instructions
 and with the addition of the primitive MPI\_Test was needed to avoid a memory fault due to an infinite loop resulting from the non-convergence of the algorithm.
 debugging. Indeed, apart from the review of the program sequence for asynchronous exchanges between processors within a cluster or between clusters, the algorithm was executed successfully with SMPI and provided identical outputs as those obtained with direct execution under MPI. In synchronous 
 mode, the execution of the program raised no particular issue but in asynchronous mode, the review of the sequence of MPI\_Isend, MPI\_Irecv and MPI\_Waitall instructions
 and with the addition of the primitive MPI\_Test was needed to avoid a memory fault due to an infinite loop resulting from the non-convergence of the algorithm.

-\CER{On voulait en fait montrer la simplicité de l'adaptation de l'algo a SimGrid. Les problèmes rencontrés décrits dans ce paragraphe concerne surtout le mode async}\LZK{OK. J'aurais préféré avoir un peu plus de détails sur l'adaptation de la version async} 
-\CER{Le problème majeur sur l'adaptation MPI vers SMPI pour la partie asynchrone de l'algorithme a été le plantage en SMPI de Waitall après un Isend et Irecv. J'avais proposé un workaround en utilisant un MPI\_wait séparé pour chaque échange a la place d'un waitall unique pour TOUTES les échanges, une instruction qui semble bien fonctionner en MPI. Ce workaround aussi fonctionne bien. Mais après, tu as modifié le programme avec l'ajout d'un MPI\_Test, au niveau de la routine de détection de la convergence et du coup, l'échange global avec waitall a aussi fonctionné.}
+%\CER{On voulait en fait montrer la simplicité de l'adaptation de l'algo a SimGrid. Les problèmes rencontrés décrits dans ce paragraphe concerne surtout le mode async}\LZK{OK. J'aurais préféré avoir un peu plus de détails sur l'adaptation de la version async} 
+%\CER{Le problème majeur sur l'adaptation MPI vers SMPI pour la partie asynchrone de l'algorithme a été le plantage en SMPI de Waitall après un Isend et Irecv. J'avais proposé un workaround en utilisant un MPI\_wait séparé pour chaque échange a la place d'un waitall unique pour TOUTES les échanges, une instruction qui semble bien fonctionner en MPI. Ce workaround aussi fonctionne bien. Mais après, tu as modifié le programme avec l'ajout d'un MPI\_Test, au niveau de la routine de détection de la convergence et du coup, l'échange global avec waitall a aussi fonctionné.}

 Note here that the use of SMPI functions optimizer for memory footprint and CPU usage is not recommended knowing that one wants to get real results by simulation.
 As mentioned, upon this adaptation, the algorithm is executed as in the real life in the simulated environment after the following minor changes. First, the scope of all declared 
 global variables have been moved to local to subroutine. Indeed, global variables generate side effects arising from the concurrent access of 
 shared memory used by threads simulating each computing unit in the SimGrid architecture. 
 Second, some compilation errors on MPI\_Waitall and MPI\_Finalize primitives have been fixed with the latest version of SimGrid.
 Note here that the use of SMPI functions optimizer for memory footprint and CPU usage is not recommended knowing that one wants to get real results by simulation.
 As mentioned, upon this adaptation, the algorithm is executed as in the real life in the simulated environment after the following minor changes. First, the scope of all declared 
 global variables have been moved to local to subroutine. Indeed, global variables generate side effects arising from the concurrent access of 
 shared memory used by threads simulating each computing unit in the SimGrid architecture. 
 Second, some compilation errors on MPI\_Waitall and MPI\_Finalize primitives have been fixed with the latest version of SimGrid.

+\AG{compilation or run-time error?}

 In total, the initial MPI program running on the simulation environment SMPI gave after a very simple adaptation the same results as those obtained in a real 
 environment. We have successfully executed the code in synchronous mode using parallel GMRES algorithm compared with our multisplitting algorithm in asynchronous mode after few modifications. 
 
 In total, the initial MPI program running on the simulation environment SMPI gave after a very simple adaptation the same results as those obtained in a real 
 environment. We have successfully executed the code in synchronous mode using parallel GMRES algorithm compared with our multisplitting algorithm in asynchronous mode after few modifications. 
 


@@ -489,7 +490,7 @@ The algorithm was run on a two clusters based network with 50 hosts each, totali
 factors have provided the results shown in Table~\ref{tab.cluster.2x50}. The algorithm convergence with a 3D
 matrix size ranging from $N_x = N_y = N_z = \text{62}$ to 150 elements (that is from
 $\text{62}^\text{3} = \text{\np{238328}}$ to $\text{150}^\text{3} =
 factors have provided the results shown in Table~\ref{tab.cluster.2x50}. The algorithm convergence with a 3D
 matrix size ranging from $N_x = N_y = N_z = \text{62}$ to 150 elements (that is from
 $\text{62}^\text{3} = \text{\np{238328}}$ to $\text{150}^\text{3} =

-\text{\np{3375000}}$ entries), is obtained in asynchronous in average 2.5 times speeder than the synchronous mode. 
+\text{\np{3375000}}$ entries), is obtained in asynchronous in average 2.5 times faster than in the synchronous mode.

 \AG{Expliquer comment lire les tableaux.}
 \CER{J'ai reformulé la phrase par la lecture du tableau. Plus de détails seront lus dans la partie Interprétations et commentaires}
 % use the same column width for the following three tables
 \AG{Expliquer comment lire les tableaux.}
 \CER{J'ai reformulé la phrase par la lecture du tableau. Plus de détails seront lus dans la partie Interprétations et commentaires}
 % use the same column width for the following three tables


@@ -516,7 +517,7 @@ $\text{62}^\text{3} = \text{\np{238328}}$ to $\text{150}^\text{3} =
     power (GFlops)
     & 1         & 1         & 1         & 1.5       & 1.5       \\
     \hline
     power (GFlops)
     & 1         & 1         & 1         & 1.5       & 1.5       \\
     \hline

-    size
+    size $(n^3)$

     & 62        & 62        & 62        & 100       & 100       \\
     \hline
     Precision
     & 62        & 62        & 62        & 100       & 100       \\
     \hline
     Precision


@@ -541,7 +542,7 @@ $\text{62}^\text{3} = \text{\np{238328}}$ to $\text{150}^\text{3} =
     Power (GFlops)
     & 1.5       & 1.5       & 1.5       & 1.5       & 1.5 \\ %      & 1         & 1.5 \\
     \hline
     Power (GFlops)
     & 1.5       & 1.5       & 1.5       & 1.5       & 1.5 \\ %      & 1         & 1.5 \\
     \hline

-    size
+    size $(n^3)$

     & 110       & 120       & 130       & 140       & 150  \\ %     & 171       & 171 \\
     \hline
     Precision
     & 110       & 120       & 130       & 140       & 150  \\ %     & 171       & 171 \\
     \hline
     Precision


@@ -624,25 +625,27 @@ Note that the program was run with the following parameters:
 \begin{itemize}
 \item HOSTFILE: Text file containing the list of the processors units name. Here 100 hosts;
 \item PLATFORM: XML file description of the platform architecture : two clusters (cluster1 and cluster2) with the following characteristics :
 \begin{itemize}
 \item HOSTFILE: Text file containing the list of the processors units name. Here 100 hosts;
 \item PLATFORM: XML file description of the platform architecture : two clusters (cluster1 and cluster2) with the following characteristics :

-
-       - Processor unit power : 1.5 GFlops;
-
-       - Intracluster network : bandwidth = 1,25 Gbits/s and latency = \np{E-5} ms;
-
-       - Intercluster network : bandwidth = 5 Mbits/s and latency = 5.\np{E-3} ms;
+  \begin{itemize}
+  \item Processor unit power: \np[GFlops]{1.5};
+  \item Intracluster network bandwidth: \np[Gbit/s]{1.25} and latency:
+    \np[$\mu$s]{0.05};
+  \item Intercluster network bandwidth: \np[Mbit/s]{5} and latency:
+    \np[$\mu$s]{5};
+  \end{itemize}

 \end{itemize}
 
 
 \paragraph*{Arguments of the program}
 
 \begin{itemize}
 \end{itemize}
 
 
 \paragraph*{Arguments of the program}
 
 \begin{itemize}

-       \item Description of the cluster architecture matching the format <Number of cluster> <Number of hosts in cluster\_1> <Number of hosts in cluster\_2>;
-       \item Maximum number of iterations;
-       \item Precisions on the residual error;
-       \item Matrix size $N_x$, $N_y$ and $N_z$;
-       \item Matrix diagonal value: \np{1.0}   (See (3));
-       \item Matrix off-diagonal value: $-\frac{1}{6}$         (See(3));
-       \item Communication mode: Asynchronous.
+\item Description of the cluster architecture matching the format <Number of
+  cluster> <Number of hosts in cluster1> <Number of hosts in cluster2>;
+\item Maximum number of iterations;
+\item Precisions on the residual error;
+\item Matrix size $N_x$, $N_y$ and $N_z$;
+\item Matrix diagonal value: \np{1.0} (See~(\ref{eq:03}));
+\item Matrix off-diagonal value: \np{-1}/\np{6} (See~(\ref{eq:03}));
+\item Communication mode: asynchronous.

 \end{itemize}
 
 \paragraph*{Interpretations and comments}
 \end{itemize}
 
 \paragraph*{Interpretations and comments}


@@ -677,10 +680,10 @@ elements.
 %obtained with a bandwidth of \np[Mbit/s]{1} as shown in
 %Table~\ref{tab.cluster.3x67}.
 
 %obtained with a bandwidth of \np[Mbit/s]{1} as shown in
 %Table~\ref{tab.cluster.3x67}.
 

-\RC{Est ce qu'on sait expliquer pourquoi il y a une telle différence entre les résultats avec 2 et 3 clusters... Avec 3 clusters, ils sont pas très bons... Je me demande s'il ne faut pas les enlever...}
-\RC{En fait je pense avoir la réponse à ma remarque... On voit avec les 2 clusters que le gain est d'autant plus grand qu'on choisit une bonne précision. Donc, plusieurs solutions, lancer rapidement un long test pour confirmer ca, ou enlever des tests... ou on ne change rien :-)}
-\LZK{Ma question est: le bandwidth et latency sont ceux inter-clusters ou pour les deux inter et intra cluster??}
-\CER{Définitivement, les paramètres réseaux variables ici se rapportent au réseau INTER cluster.}
+%\RC{Est ce qu'on sait expliquer pourquoi il y a une telle différence entre les résultats avec 2 et 3 clusters... Avec 3 clusters, ils sont pas très bons... Je me demande s'il ne faut pas les enlever...}
+%\RC{En fait je pense avoir la réponse à ma remarque... On voit avec les 2 clusters que le gain est d'autant plus grand qu'on choisit une bonne précision. Donc, plusieurs solutions, lancer rapidement un long test pour confirmer ca, ou enlever des tests... ou on ne change rien :-)}
+%\LZK{Ma question est: le bandwidth et latency sont ceux inter-clusters ou pour les deux inter et intra cluster??}
+%\CER{Définitivement, les paramètres réseaux variables ici se rapportent au réseau INTER cluster.}

 \section{Conclusion}
 The experimental results on executing a parallel iterative algorithm in 
 asynchronous mode on an environment simulating a large scale of virtual 
 \section{Conclusion}
 The experimental results on executing a parallel iterative algorithm in 
 asynchronous mode on an environment simulating a large scale of virtual