Partially revert "Reverted extract-all and extract-all-inv to use original log files from run-all"

This partially reverts commit cd83815d1aaa00919c7f972eeba5be8ceb2a9f18.

In fact only revert the sample_parameters file.  Also add a comment
advising for no modifications for a specific usage.

Add as_parameters (as for A. Sider), copy current sample_parameters.

Fix run-all script broken by commits cd83815d1a and d3914e4821.

Add the possibility to specify the initial load with the average among the nodes.

If the value given for the '-L' option is negative, it is the
opposite of the load average.

For backward compatibility, '-L 0' is a synonym for '-L -1' (load
average of 1.0).

Fix typo in help message.

Add option for integer transfer.

Factorize computation of load_to_send.

Add algorithm 2besteffort.

Don't be so picky about new algorithm name.

ALGORITHMS: spell check, reindent, and keep algorithms in alphabetical order.

Be consistent, and start lb-loop by a receive too.

Cosmetics: replace in doc "xxx-er thread" by "xxx-ing" thread.

Not sure that it is better, but at least it is consistent. ;)

Cosmetics: declare condition_t as friend of mutex_t.

Reverted run-all to original

Reverted extract-all and extract-all-inv to use original log files from run-all

Merge branch 'master' of ssh://info.iut-bm.univ-fcomte.fr/loba

Adding extract-all and extract-all-inv bash scripts that create latex tabular data with the results folder of run-all. Compile and view all results using sample-latex-tabular-results.tex inside the results/platform folder

Update BUGS.

Stop locking the mutex on data_receive.

Do not run a last data_send round on exit.

Report lost load with exit status.

Cosmetics in debug messages.

Cosmetics: rename message types, INFO -> CTRL, and LOAD -> DATA.

Merge INFO and CREDIT messages.

It reduces the number of control messages with bookkeeping, and makes
the simulation about 40% faster.

Use bigger chunk allocations in sync_queue.

And avoid to make a new node for each push.

Remove parameter "next" for constructor of sync_queue<T>::node.

Fix missing definition in gcc 4.4/cstdatomic.

Use a lock-free synchronized queue for the message queue.

Add a lock-free synchronized queue.

It is useless to mention "tr1", now that compilation is done with -std=c++0x.

Compile with -std=c++0x.

Makefile: add compiler flags to MAKEDEPEND, define MAKEDEPEND.C.

Update files descriptions in README.

Spell sig_atomic_t as std::sig_atomic_t.

Use sig_atomic_t for opt::exit_request.

Add a bug entry about mutex usage in process.

Use -pipe to speed up compilation a little bit.

Quit immediately on 2nd Ctrl-C.

Account for elapsed (wall clock) time too.

May be useful when monitoring parallel execution.

timestamp: add possibility to choose clock type.

Missing loba_lln.h and loba_lln.cpp added. ALGORITHMS updated to include bulk and lln descirptions

Added Least Load Neighbors and another bulk algorithm

Merge branch 'master' of ssh://info.iut-bm.univ-fcomte.fr/loba

Add script to run experimentations.

Wrap long lines, and other typos.

Update .gitignore.

Update BUGS.

Fix valgrind_suppressions.

Merge branch 'master' of ssh://info.iut-bm.univ-fcomte.fr/loba

Line was too long in help message.

Improve help messages.

Most memory leaks in SimGrid are gone.

Add algorithm bulk.

Add colors to trace categories.

I am still unable to exploit those traces...

Now that THROWF is in SG/svn, remove compatibility hack.

Update valgrind_suppressions.

Rename valgrind_suppressions.

Preparation for the removal of THROW1 in SG/svn.

Update BUGS.

SimGrid version <= 3.5 is not supported anymore.

Cleanup: remove simple_async.

Add debugging option -x.

Use two empty lines to separate data sets.

This is required by gnuplot.  Also add some exemples in README file.

Use absolute path for SIMGRID_INSTALL_DIR (take #2).

Flush pending comms just before send.

Neighbor/debt should be protected against concurrent access too.

New bug?

Protect concurrent access to real_load.

Is it really needed?

Remove unused default for 2nd parameter of sleep_until_date.

Remove useless include.

Use absolute path for SIMGRID_INSTALL_DIR.

Whitespace cleanup.  Rename makhoul.txt -> MAKHOUL.txt.

Check for real_load being null *after* sending loop.

Use FATPIPE for backbone in machines1000.xml.

Make colorized-loba obey to LOBA environment variable.

Implement random initial load distribution.

Using drand48() for an uniform distribution.

Implement loba_besteffort.

Minor cleanups.

Terminate smoothly on CTRL-C.

Minor fixes (cosmetics only).

Do not insert line twice.

Hide dependency files.

Automatically update "options.cpp".

Add forgotten files.

Cosmetics: reorder includes.

Add skeleton for algorithm besteffort.

Not yet implemented.

Add new_loba.sh to help adding a new algorithm.

One more simplification for algorithm makhoul.

Render algorithm makhoul much more simpler.

Add algorithm makhoul2.

Update description of fairstrategy algorithm.

Add reference code for Makhoul's algorithm.

Add references.

Use the correct algorithm to find the bound.

Should not change result, just be slightly faster.

Update TODO.

Try to describe load-balancing algorithms.

Fix loba_makhoul.

Load difference (delta) must be computed before the sending loop.

Fix loba_simple.

It was not doing exactly what was envisioned.

Assign value at declaration.

Improve output alignment.