mabase.bib

   1 % This file was created with JabRef 2.9.2.
   2 % Encoding: UTF8
   3
   4 @INPROCEEDINGS{AdelsbachKS06,
   5   author = {Andr{\'e} Adelsbach and Stefan Katzenbeisser and Ahmad-Reza Sadeghi},
   6   title = {A Computational Model for Watermark Robustness},
   7   booktitle = {Information Hiding},
   8   year = {2006},
   9   pages = {145-160},
  10   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  11   crossref = {DBLP:conf/ih/2006},
  12   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-74124-4_10},
  13   owner = {guyeux},
  14   timestamp = {2009.06.29}
  15 }
  16
  17 @INPROCEEDINGS{BattiatoCGG99,
  18   author = {Sebastiano Battiato and Dario Catalano and Giovanni Gallo and Rosario
  19         Gennaro},
  20   title = {Robust Watermarking for Images Based on Color Manipulation},
  21   booktitle = {Information Hiding},
  22   year = {1999},
  23   pages = {302-317},
  24   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  25   crossref = {DBLP:conf/ih/1999},
  26   owner = {guyeux},
  27   timestamp = {2009.06.29}
  28 }
  29
  30 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/ih/BergmairK06,
  31   author = {Richard Bergmair and Stefan Katzenbeisser},
  32   title = {Content-Aware Steganography: About Lazy Prisoners and Narrow-Minded
  33         Wardens},
  34   booktitle = {Information Hiding},
  35   year = {2006},
  36   pages = {109-123},
  37   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  38   crossref = {DBLP:conf/ih/2006},
  39   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-74124-4_8}
  40 }
  41
  42 @INPROCEEDINGS{ComesanaPP05,
  43   author = {Pedro Comesa{\~n}a and Luis P{\'e}rez-Freire and Fernando P{\'e}rez-Gonz{\'a}lez},
  44   title = {The Return of the Sensitivity Attack},
  45   booktitle = {IWDW},
  46   year = {2005},
  47   pages = {260-274},
  48   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  49   crossref = {DBLP:conf/iwdw/2005},
  50   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/11551492_20},
  51   owner = {guyeux},
  52   timestamp = {2009.06.29}
  53 }
  54
  55 @INPROCEEDINGS{ComesanaPP05bis,
  56   author = {Pedro Comesa{\~n}a and Luis P{\'e}rez-Freire and Fernando P{\'e}rez-Gonz{\'a}lez},
  57   title = {Fundamentals of Data Hiding Security and Their Application to Spread-Spectrum
  58         Analysis},
  59   booktitle = {IH'05: Information Hiding Workshop},
  60   year = {2005},
  61   pages = {146-160},
  62   publisher = {Lectures Notes in Computer Science, Springer-Verlag},
  63   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  64   crossref = {DBLP:conf/ih/2005},
  65   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/11558859_12},
  66   owner = {guyeux},
  67   timestamp = {2009.06.30}
  68 }
  69
  70 @INPROCEEDINGS{CongJQZ06,
  71   author = {Jin Cong and Yan Jiang and Zhiguo Qu and Zhongmei Zhang},
  72   title = {A Wavelet Packets Watermarking Algorithm Based on Chaos Encryption},
  73   booktitle = {ICCSA (1)},
  74   year = {2006},
  75   pages = {921-928},
  76   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  77   crossref = {DBLP:conf/iccsa/2006-1},
  78   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/11751540_100}
  79 }
  80
  81 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/mdai/Domingo-FerrerB08,
  82   author = {Josep Domingo-Ferrer and Maria Bras-Amor{\'o}s},
  83   title = {A Shared Steganographic File System with Error Correction},
  84   booktitle = {MDAI},
  85   year = {2008},
  86   pages = {227-238},
  87   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  88   crossref = {DBLP:conf/mdai/2008},
  89   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-88269-5_21}
  90 }
  91
  92 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/focs/DziembowskiP08,
  93   author = {Stefan Dziembowski and Krzysztof Pietrzak},
  94   title = {Leakage-Resilient Cryptography},
  95   booktitle = {FOCS},
  96   year = {2008},
  97   pages = {293-302},
  98   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  99   crossref = {DBLP:conf/focs/2008},
 100   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/FOCS.2008.56}
 101 }
 102
 103 @INCOLLECTION{Filiol10,
 104   author = {Eric Filiol},
 105   title = {Viruses and Malware},
 106   booktitle = {Handbook of Information and Communication Security},
 107   year = {2010},
 108   pages = {747-769},
 109   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 110   crossref = {DBLP:reference/icsec/2010},
 111   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04117-4_34}
 112 }
 113
 114 @INPROCEEDINGS{Filiol00,
 115   author = {Eric Filiol},
 116   title = {Decimation Attack of Stream Ciphers},
 117   booktitle = {INDOCRYPT},
 118   year = {2000},
 119   pages = {31-42},
 120   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 121   crossref = {DBLP:conf/indocrypt/2000},
 122   ee = {http://link.springer.de/link/service/series/0558/bibs/1977/19770031.htm}
 123 }
 124
 125 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/mmsec/FridrichPK07,
 126   author = {Jessica J. Fridrich and Tom{\'a}s Pevn{\'y} and Jan Kodovsk{\'y}},
 127   title = {Statistically undetectable jpeg steganography: dead ends challenges,
 128         and opportunities},
 129   booktitle = {MM{\&}Sec},
 130   year = {2007},
 131   pages = {3-14},
 132   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 133   crossref = {DBLP:conf/mmsec/2007},
 134   ee = {http://doi.acm.org/10.1145/1288869.1288872},
 135   owner = {nicolas},
 136   timestamp = {2012.02.21}
 137 }
 138
 139 @INPROCEEDINGS{Furon05,
 140   author = {Teddy Furon},
 141   title = {A Survey of Watermarking Security},
 142   booktitle = {IWDW},
 143   year = {2005},
 144   pages = {201-215},
 145   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 146   crossref = {DBLP:conf/iwdw/2005},
 147   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/11551492_16},
 148   owner = {guyeux},
 149   timestamp = {2009.06.29}
 150 }
 151
 152 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/cec/HiggsSHS10,
 153   author = {Trent Higgs and Bela Stantic and Tamjidul Hoque and Abdul Sattar},
 154   title = {Genetic algorithm feature-based resampling for protein structure
 155         prediction},
 156   booktitle = {IEEE Congress on Evolutionary Computation},
 157   year = {2010},
 158   pages = {1-8},
 159   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 160   crossref = {DBLP:conf/cec/2010},
 161   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/CEC.2010.5586149}
 162 }
 163
 164 @INPROCEEDINGS{Higgs2010,
 165   author = {Trent Higgs and Bela Stantic and Tamjidul Hoque and Abdul Sattar},
 166   title = {Genetic algorithm feature-based resampling for protein structure
 167         prediction},
 168   booktitle = {IEEE Congress on Evolutionary Computation},
 169   year = {2010},
 170   pages = {1-8},
 171   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 172   crossref = {DBLP:conf/cec/2010},
 173   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/CEC.2010.5586149}
 174 }
 175
 176 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/cec/HorvathC10,
 177   author = {Dragos Horvath and Camelia Chira},
 178   title = {Simplified chain folding models as metaheuristic benchmark for tuning
 179         real protein folding algorithms?},
 180   booktitle = {IEEE Congress on Evolutionary Computation},
 181   year = {2010},
 182   pages = {1-8},
 183   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 184   crossref = {DBLP:conf/cec/2010},
 185   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/CEC.2010.5585932}
 186 }
 187
 188 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/cec/IslamC10,
 189   author = {Md. Kamrul Islam and Madhu Chetty},
 190   title = {Clustered memetic algorithm for protein structure prediction},
 191   booktitle = {IEEE Congress on Evolutionary Computation},
 192   year = {2010},
 193   pages = {1-8},
 194   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 195   crossref = {DBLP:conf/cec/2010},
 196   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/CEC.2010.5586187}
 197 }
 198
 199 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/sswmc/KatzenbeisserD04,
 200   author = {Stefan Katzenbeisser and Jana Dittmann},
 201   title = {Malicious attacks on media authentication schemes based on invertible
 202         watermarks},
 203   booktitle = {Security, Steganography, and Watermarking of Multimedia Contents},
 204   year = {2004},
 205   pages = {838-847},
 206   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 207   crossref = {DBLP:conf/sswmc/2004}
 208 }
 209
 210 @INPROCEEDINGS{Ker06,
 211   author = {Andrew D. Ker},
 212   title = {Batch Steganography and Pooled Steganalysis},
 213   booktitle = {Information Hiding},
 214   year = {2006},
 215   pages = {265-281},
 216   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 217   crossref = {DBLP:conf/ih/2006},
 218   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-74124-4_18},
 219   owner = {guyeux},
 220   timestamp = {2009.06.29}
 221 }
 222
 223 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/ih/KimDR06,
 224   author = {Kim, Younhee and Duric, Zoran and Richards, Dana},
 225   title = {Modified Matrix Encoding Technique for Minimal Distortion Steganography.},
 226   booktitle = {Information Hiding},
 227   year = {2006},
 228   editor = {Camenisch, Jan and Collberg, Christian S. and 0001, Neil F. Johnson
 229         and Sallee, Phil},
 230   volume = {4437},
 231   series = {Lecture Notes in Computer Science},
 232   pages = {314-327},
 233   publisher = {Springer},
 234   added-at = {2007-09-20T00:00:00.000+0200},
 235   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/24003963fdc4cae573bdae239ead86d7b/dblp},
 236   crossref = {conf/ih/2006},
 237   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-74124-4_21},
 238   interhash = {399aab122b39cfd6f6e951a1b276c786},
 239   intrahash = {4003963fdc4cae573bdae239ead86d7b},
 240   isbn = {978-3-540-74123-7},
 241   keywords = {dblp},
 242   timestamp = {2007-09-20T00:00:00.000+0200},
 243   url = {http://dblp.uni-trier.de/db/conf/ih/ih2006.html#KimDR06}
 244 }
 245
 246 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/cse/MaimourPH09,
 247   author = {Moufida Maimour and CongDuc Pham and Doan B. Hoang},
 248   title = {A Congestion Control Framework for Handling Video Surveillance Traffics
 249         on WSN},
 250   booktitle = {CSE (2)},
 251   year = {2009},
 252   pages = {943-948},
 253   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 254   crossref = {DBLP:conf/cse/2009},
 255   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/CSE.2009.200}
 256 }
 257
 258 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/icumt/MakhoulSP09,
 259   author = {Abdallah Makhoul and Rachid Saadi and CongDuc Pham},
 260   title = {Coverage and adaptive scheduling algorithms for criticality management
 261         on video wireless sensor networks},
 262   booktitle = {ICUMT},
 263   year = {2009},
 264   pages = {1-8},
 265   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 266   crossref = {DBLP:conf/icumt/2009},
 267   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/ICUMT.2009.5345630}
 268 }
 269
 270 @INPROCEEDINGS{Mittelholzer99,
 271   author = {Thomas Mittelholzer},
 272   title = {An Information-Theoretic Approach to Steganography and Watermarking},
 273   booktitle = {Information Hiding},
 274   year = {1999},
 275   pages = {1-16},
 276   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 277   crossref = {DBLP:conf/ih/1999},
 278   owner = {guyeux},
 279   timestamp = {2009.06.29}
 280 }
 281
 282 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/cec/Perez-HernandezRG10,
 283   author = {Luis Germ{\'a}n P{\'e}rez-Hern{\'a}ndez and Katya Rodr\'{\i}guez-V{\'a}zquez
 284         and Ram{\'o}n Gardu{\~n}o-Ju{\'a}rez},
 285   title = {Estimation of 3D Protein Structure by means of parallel Particle
 286         Swarm Optimization},
 287   booktitle = {IEEE Congress on Evolutionary Computation},
 288   year = {2010},
 289   pages = {1-8},
 290   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 291   crossref = {DBLP:conf/cec/2010},
 292   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/CEC.2010.5586549}
 293 }
 294
 295 @INPROCEEDINGS{PellegriniBA10,
 296   author = {Andrea Pellegrini and Valeria Bertacco and Todd M. Austin},
 297   title = {Fault-based attack of RSA authentication},
 298   booktitle = {DATE},
 299   year = {2010},
 300   pages = {855-860},
 301   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 302   crossref = {DBLP:conf/date/2010},
 303   ee = {http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs_all.jsp?arnumber=5456933}
 304 }
 305
 306 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/ih/PevnyFB10,
 307   author = {Tom{\'a}s Pevn{\'y} and Tom{\'a}s Filler and Patrick Bas},
 308   title = {Using High-Dimensional Image Models to Perform Highly Undetectable
 309         Steganography},
 310   booktitle = {Information Hiding},
 311   year = {2010},
 312   pages = {161-177},
 313   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 314   crossref = {DBLP:conf/ih/2010},
 315   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-16435-4_13},
 316   owner = {nicolas},
 317   timestamp = {2012.02.21}
 318 }
 319
 320 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/ih/SolankiSM07,
 321   author = {Kaushal Solanki and Anindya Sarkar and B. S. Manjunath},
 322   title = {YASS: Yet Another Steganographic Scheme That Resists Blind Steganalysis},
 323   booktitle = {Information Hiding},
 324   year = {2007},
 325   pages = {16-31},
 326   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 327   crossref = {DBLP:conf/ih/2007},
 328   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-77370-2_2},
 329   owner = {nicolas},
 330   timestamp = {2012.02.21}
 331 }
 332
 333 @INPROCEEDINGS{WangNHZH07,
 334   author = {Chuntao Wang and Jiangqun Ni and Jiwu Huang and Rongyue Zhang and
 335         Meiying Huang},
 336   title = {Robust and High Capacity Image Watermarking Based on Jointly Coding
 337         and Embedding Optimization},
 338   booktitle = {Information Hiding},
 339   year = {2007},
 340   pages = {65-79},
 341   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 342   crossref = {DBLP:conf/ih/2007},
 343   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-77370-2_5},
 344   owner = {guyeux},
 345   timestamp = {2009.06.29}
 346 }
 347
 348 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/ih/Westfeld01,
 349   author = {Westfeld, Andreas},
 350   title = {F5-A Steganographic Algorithm.},
 351   booktitle = {Information Hiding},
 352   year = {2001},
 353   editor = {Moskowitz, Ira S.},
 354   volume = {2137},
 355   series = {Lecture Notes in Computer Science},
 356   pages = {289-302},
 357   publisher = {Springer},
 358   added-at = {2011-06-28T00:00:00.000+0200},
 359   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/2fea2c6aabf7eba19ceaec93f913e5d8d/dblp},
 360   crossref = {conf/ih/2001},
 361   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/3-540-45496-9_21},
 362   interhash = {e7eaa917e995dc9373f10304d3e79255},
 363   intrahash = {fea2c6aabf7eba19ceaec93f913e5d8d},
 364   isbn = {3-540-42733-3},
 365   keywords = {dblp},
 366   timestamp = {2011-06-28T00:00:00.000+0200},
 367   url = {http://dblp.uni-trier.de/db/conf/ih/ihw2001.html#Westfeld01}
 368 }
 369
 370 @INPROCEEDINGS{Zhao04,
 371   author = {Jian Zhao and Mingquan Zhou and Hongmei Xie and Jinye Peng and Xin
 372         Zhou},
 373   title = {A Novel Wavelet Image Watermarking Scheme Combined with Chaos Sequence
 374         and Neural Network},
 375   booktitle = {ISNN (2)},
 376   year = {2004},
 377   pages = {663-668},
 378   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 379   crossref = {DBLP:conf/isnn/2004-2},
 380   ee = {http://springerlink.metapress.com/openurl.asp?genre=article{\&}issn=0302-9743{\&}volume=3174{\&}spage=663}
 381 }
 382
 383 @UNPUBLISHED{ANDREW2008,
 384   author = {NIST Special Publication 800-22 rev. 1},
 385   title = {A Statistical Test Suite for Random and Pseudorandom Number Generators
 386         for Cryptographic Applications},
 387   year = {August 2008},
 388   owner = {qianxue},
 389   timestamp = {2009.01.22}
 390 }
 391
 392 @INCOLLECTION{STEG,
 393   author = {Abdelfattah, Eman and Mahmood, Ausif},
 394   title = {Steganography and Steganalysis: Current Status and Future Directions},
 395   booktitle = {Emerging Trends in Computing, Informatics, Systems Sciences, and
 396         Engineering},
 397   publisher = {Springer New York},
 398   year = {2013},
 399   editor = {Sobh, Tarek and Elleithy, Khaled},
 400   volume = {151},
 401   series = {Lecture Notes in Electrical Engineering},
 402   pages = {411-422},
 403   doi = {10.1007/978-1-4614-3558-7_34},
 404   isbn = {978-1-4614-3557-0},
 405   language = {English},
 406   url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4614-3558-7_34}
 407 }
 408
 409 @BOOK{Abuladze64,
 410   title = {Principles of cestodology. Taeniata of Animals and Man and Diseases
 411         Caused by them},
 412   publisher = {Izdatel'stvo Nauka, Moskow},
 413   year = {1964},
 414   editor = {Izdatel'stvo Nauka, Moskow},
 415   author = {Abuladze, K.I.},
 416   volume = {4},
 417   owner = {tof},
 418   timestamp = {2013.07.07}
 419 }
 420
 421 @INPROCEEDINGS{Acharya05securecomparison,
 422   author = {Acharya, Mithun and Girao, Joao and Westhoff, Dirk},
 423   title = {Secure Comparison of Encrypted Data in Wireless Sensor Networks},
 424   booktitle = {WIOPT '05: Proceedings of the Third International Symposium on Modeling
 425         and Optimization in Mobile, Ad Hoc, and Wireless Networks},
 426   year = {2005},
 427   pages = {47--53},
 428   address = {Washington, DC, USA},
 429   publisher = {IEEE Computer Society},
 430   doi = {http://dx.doi.org/10.1109/WIOPT.2005.44},
 431   isbn = {0-7695-2267-X}
 432 }
 433
 434 @INPROCEEDINGS{Acimez07onthe,
 435   author = {Onur Acıi\c{c}mez and \c{C}etin Kaya Ko\c{c} and Jean-Pierre Seifert},
 436   title = {On the power of simple branch prediction analysis },
 437   booktitle = {2007 ACM Symposium on Information, Computer and Communications Security
 438         (ASIACCS'07)},
 439   year = {2007},
 440   pages = {312--320},
 441   publisher = {ACM Press}
 442 }
 443
 444 @ARTICLE{Adler65,
 445   author = {R. L. Adler and A. G. Konheim and M. H. McAndrew},
 446   title = {Topological entropy},
 447   journal = {Trans. Amer. Math. Soc.},
 448   year = {1965},
 449   volume = {114},
 450   pages = {309-319},
 451   owner = {guyeux},
 452   timestamp = {2008.05.29}
 453 }
 454
 455 @TECHREPORT{NSA-report,
 456   author = {N.S. Agency},
 457   title = {Hidden data and metadata in adobe pdf files: Publication risks and
 458         countermeasures},
 459   institution = {Symantech},
 460   year = {2008},
 461   month = {July},
 462   owner = {tof},
 463   timestamp = {2012.09.05}
 464 }
 465
 466 @INPROCEEDINGS{Agrawal04,
 467   author = {Agrawal, Rakesh and Kiernan, Jerry and Srikant, Ramakrishnan and
 468         Xu, Yirong},
 469   title = {Order preserving encryption for numeric data},
 470   booktitle = {SIGMOD '04: Proceedings of the 2004 ACM SIGMOD international conference
 471         on Management of data},
 472   year = {2004},
 473   pages = {563--574},
 474   address = {New York, NY, USA},
 475   publisher = {ACM},
 476   doi = {http://doi.acm.org/10.1145/1007568.1007632},
 477   isbn = {1-58113-859-8},
 478   location = {Paris, France}
 479 }
 480
 481 @ARTICLE{Abouzeid,
 482   author = {J. Ai and A. A. Abouzeid},
 483   title = {Coverage by directional sensors in randomly deployed wireless sensor
 484         networks},
 485   journal = {Journal of Combinatorial Optimization},
 486   year = {2006},
 487   volume = {11},
 488   pages = {21-41},
 489   number = {1}
 490 }
 491
 492 @ARTICLE{51,
 493   author = {I. F. Akyildiz and W. Su and Y. Sankarasubramaniam and E. Cayirci.},
 494   title = {Wireless sensor networks: a survey.},
 495   journal = {IEEE Communications Magazine},
 496   year = {August 2002},
 497   volume = {40},
 498   pages = {102-114},
 499   number = {8}
 500 }
 501
 502 @ARTICLE{Akyildiz,
 503   author = {I. F. Akyildiz and W. Su and Y. Sankarasubramaniam and E. Cayirci.},
 504   title = {Wireless sensor networks: a survey.},
 505   journal = {IEEE Communications Magazine},
 506   year = {August 2002},
 507   volume = {40},
 508   pages = {102-114},
 509   number = {8}
 510 }
 511
 512 @ARTICLE{al2007combined,
 513   author = {Al-Haj, A.},
 514   title = {Combined DWT-DCT digital image watermarking},
 515   journal = {Journal of computer science},
 516   year = {2007},
 517   volume = {3},
 518   pages = {740--746},
 519   number = {9}
 520 }
 521
 522 @INPROCEEDINGS{Alzaid08,
 523   author = {Alzaid, Hani and Foo, Ernest and Nieto, Juan Gonzalez},
 524   title = {Secure data aggregation in wireless sensor network: a survey},
 525   booktitle = {Proceedings of the sixth Australasian conference on Information security
 526         - Volume 81},
 527   year = {2008},
 528   series = {AISC '08},
 529   pages = {93--105},
 530   address = {Darlinghurst, Australia, Australia},
 531   publisher = {Australian Computer Society, Inc.},
 532   acmid = {1385127},
 533   isbn = {978-1-920682-62-0},
 534   keywords = {aggregation, security, survey, wireless sensor networks},
 535   location = {Wollongong, NSW, Australia},
 536   numpages = {13},
 537   url = {http://dl.acm.org/citation.cfm?id=1385109.1385127}
 538 }
 539
 540 @ARTICLE{87,
 541   author = {Anastasi, Giuseppe and Conti, Marco and Di Francesco, Mario and Passarella,
 542         Andrea},
 543   title = {Energy conservation in wireless sensor networks: A survey},
 544   journal = {Ad Hoc Netw.},
 545   year = {2009},
 546   volume = {7},
 547   pages = {537--568},
 548   number = {3},
 549   month = may,
 550   issue_date = {May, 2009},
 551   publisher = {Elsevier Science Publishers B. V.}
 552 }
 553
 554 @ARTICLE{Anfinsen20071973,
 555   author = {Anfinsen, Christian B.},
 556   title = {Principles that Govern the Folding of Protein Chains},
 557   journal = {Science},
 558   year = {1973},
 559   volume = {181},
 560   pages = {223-230},
 561   number = {4096},
 562   doi = {10.1126/science.181.4096.223},
 563   eprint = {http://www.sciencemag.org/content/181/4096/223.full.pdf},
 564   url = {http://www.sciencemag.org/content/181/4096/223.short}
 565 }
 566
 567 @ARTICLE{Anfinsen,
 568   author = {Anfinsen, C. B.},
 569   title = {{Influences of 3-Dimensional Configuration on Chemical Reactivity
 570         and Stability of Proteins}},
 571   year = {1961},
 572   volume = {49},
 573   pages = {31-\&+},
 574   number = {151},
 575   booktitle = {Journal of Polymer Science},
 576   citeulike-article-id = {6256569},
 577   comment = {Times Cited: 35ArticleEnglishCited References Count: 306849BJOHN WILEY
 578         \& SONS INC605 THIRD AVE, NEW YORK, NY 10158-0012NEW YORK},
 579   keywords = {enw, protein, proteins, stability, time},
 580   posted-at = {2009-12-01 19:13:34},
 581   priority = {2}
 582 }
 583
 584 @ARTICLE{Arques1998,
 585   author = {D. G. Arqu\`{e}s and J. P. Fallot and C. J. Michel},
 586   title = {An evolutionary analytical model of a complementary circular code
 587         simulating the protein coding genes, the 5' and 3' regions.},
 588   journal = {Bull Math Biol},
 589   year = {1998},
 590   volume = {60},
 591   pages = {163--194},
 592   number = {1},
 593   month = {Jan},
 594   abstract = {The self-complementary subset T0 = X0 [symbol: see text] ¿AAA, TTT¿
 595         with X0 = ¿AAC, AAT, ACC, ATC, ATT, CAG, CTC, CTG, GAA, GAC, GAG,
 596         GAT, GCC, GGC, GGT, GTA, GTC, GTT, TAC, TTC¿ of 22 trinucleotides
 597         has a preferential occurrence in the frame 0 (reading frame established
 598         by the ATG start trinucleotide) of protein (coding) genes of both
 599         prokaryotes and eukaryotes. The subsets T1 = X1 [symbol: see text]
 600         ¿CCC¿ and T2 = X2 [symbol: see text] ¿GGG¿ of 21 trinucleotides have
 601         a preferential occurrence in the shifted frames 1 and 2 respectively
 602         (frame 0 shifted by one and two nucleotides respectively in the 5'-3'
 603         direction). T1 and T2 are complementary to each other. The subset
 604         T0 contains the subset X0 which has the rarity property (6 x 10(-8)
 605         to be a complementary maximal circular code with two permutated maximal
 606         circular codes X1 and X2 in the frames 1 and 2 respectively. X0 is
 607         called a C3 code. A quantitative study of these three subsets T0,
 608         T1, T2 in the three frames 0, 1, 2 of protein genes, and the 5' and
 609         3' regions of eukaryotes, shows that their occurrence frequencies
 610         are constant functions of the trinucleotide positions in the sequences.
 611         The frequencies of T0, T1, T2 in the frame 0 of protein genes are
 612         49, 28.5 and 22.5\% respectively. In contrast, the frequencies of
 613         T0, T1, T2 in the 5' and 3' regions of eukaryotes, are independent
 614         of the frame. Indeed, the frequency of T0 in the three frames of
 615         5' (respectively 3') regions is equal to 35.5\% (respectively 38\%)
 616         and is greater than the frequencies T1 and T2, both equal to 32.25\%
 617         (respectively 31\%) in the three frames. Several frequency asymmetries
 618         unexpectedly observed (e.g. the frequency difference between T1 and
 619         T2 in the frame 0), are related to a new property of the subset T0
 620         involving substitutions. An evolutionary analytical model at three
 621         parameters (p, q, t) based on an independent mixing of the 22 codons
 622         (trinucleotides in frame 0) of T0 with equiprobability (1/22) followed
 623         by t approximately 4 substitutions per codon according to the proportions
 624         p approximately 0.1, q approximately 0.1 and r = 1 - p - q approximately
 625         0.8 in the three codon sites respectively, retrieves the frequencies
 626         of T0, T1, T2 observed in the three frames of protein genes and explains
 627         these asymmetries. Furthermore, the same model (0.1, 0.1, t) after
 628         t approximately 22 substitutions per codon, retrieves the statistical
 629         properties observed in the three frames of the 5' and 3' regions.
 630         The complex behaviour of these analytical curves is totally unexpected
 631         and a priori difficult to imagine.},
 632   doi = {10.1006/bulm.1997.0033},
 633   institution = {Equipe de Biologie Théorique, Université de Marne la Vallée, Institut
 634         Gaspard Monge, Noisy Le Grand, France. Arqu\`{e}s@univ-mlv.fr},
 635   keywords = {Animals; Biological Evolution; Codon, genetics; Genetic Code; Humans;
 636         Mammals; Models, Genetic; Probability; Proteins, genetics; Rodentia;
 637         Vertebrates},
 638   language = {eng},
 639   medline-pst = {ppublish},
 640   owner = {guyeux},
 641   pii = {S0092-8240(97)90033-1},
 642   pmid = {9530018},
 643   timestamp = {2011.05.05},
 644   url = {http://dx.doi.org/10.1006/bulm.1997.0033}
 645 }
 646
 647 @ARTICLE{Arques1994,
 648   author = {D. G. Arqu\`{e}s and C. J. Michel},
 649   title = {Analytical expression of the purine/pyrimidine autocorrelation function
 650         after and before random mutations.},
 651   journal = {Math Biosci},
 652   year = {1994},
 653   volume = {123},
 654   pages = {103--125},
 655   number = {1},
 656   month = {Sep},
 657   abstract = {The mutation process is a classical evolutionary genetic process.
 658         The type of mutations studied here is the random substitutions of
 659         a purine base R (adenine or guanine) by a pyrimidine base Y (cytosine
 660         or thymine) and reciprocally (transversions). The analytical expressions
 661         derived allow us to analyze in genes the occurrence probabilities
 662         of motifs and d-motifs (two motifs separated by any d bases) on the
 663         R/Y alphabet under transversions. These motif probabilities can be
 664         obtained after transversions (in the evolutionary sense; from the
 665         past to the present) and, unexpectedly, also before transversions
 666         (after back transversions, in the inverse evolutionary sense, from
 667         the present to the past). This theoretical part in Section 2 is a
 668         first generalization of a particular formula recently derived. The
 669         application in Section 3 is based on the analytical expression giving
 670         the autocorrelation function (the d-motif probabilities) before transversions.
 671         It allows us to study primitive genes from actual genes. This approach
 672         solves a biological problem. The protein coding genes of chloroplasts
 673         and mitochondria have a preferential occurrence of the 6-motif YRY(N)6YRY
 674         (maximum of the autocorrelation function for d = 6, N = R or Y) with
 675         a periodicity modulo 3. The YRY(N)6YRY preferential occurrence without
 676         the periodicity modulo 3 is also observed in the RNA coding genes
 677         (ribosomal, transfer, and small nuclear RNA genes) and in the noncoding
 678         genes (introns and 5' regions of eukaryotic nuclei). However, there
 679         are two exceptions to this YRY(N)6YRY rule: the protein coding genes
 680         of eukaryotic nuclei, and prokaryotes, where YRY(N)6YRY has the second
 681         highest value after YRY(N)0YRY (YRYYRY) with a periodicity modulo
 682         3. When we go backward in time with the analytical expression, the
 683         protein coding genes of both eukaryotic nuclei and prokaryotes retrieve
 684         the YRY(N)6YRY preferential occurrence with a periodicity modulo
 685         3 after 0.2 back transversions per base. In other words, the actual
 686         protein coding genes of chloroplasts and mitochondria are similar
 687         to the primitive protein coding genes of eukaryotic nuclei and prokaryotes.
 688         On the other hand, this application represents the first result concerning
 689         the mutation process in the model of DNA sequence evolution we recently
 690         proposed. According to this model, the actual genes on the R/Y alphabet
 691         derive from two successive evolutionary genetic processes: an independent
 692         mixing of a few nonrandom types of oligonucleotides leading to genes
 693         called primitive followed by a mutation process in these primitive
 694         genes.(ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)},
 695   institution = {Université de Franche-Comté, Laboratoire d'Informatique de Besançon,
 696         France.},
 697   keywords = {Base Sequence; Biological Evolution; DNA, genetics; Mathematics; Models,
 698         Genetic; Mutation; Probability; Proteins, genetics; Purines; Pyrimidines},
 699   language = {eng},
 700   medline-pst = {ppublish},
 701   owner = {guyeux},
 702   pii = {0025-5564(94)90020-5},
 703   pmid = {7949744},
 704   timestamp = {2011.05.05}
 705 }
 706
 707 @ARTICLE{Arques1993,
 708   author = {D. G. Arqu\`{e}s and C. J. Michel},
 709   title = {Analytical expression of the purine/pyrimidine codon probability
 710         after and before random mutations.},
 711   journal = {Bull Math Biol},
 712   year = {1993},
 713   volume = {55},
 714   pages = {1025--1038},
 715   number = {6},
 716   month = {Nov},
 717   abstract = {Recently, we proposed a new model of DNA sequence evolution (Arqu\`{e}s
 718         and Michel. 1990b. Bull. math. Biol. 52, 741-772) according to which
 719         actual genes on the purine/pyrimidine (R/Y) alphabet (R = purine
 720         = adenine or guanine, Y = pyrimidine = cytosine or thymine) are the
 721         result of two successive evolutionary genetic processes: (i) a mixing
 722         (independent) process of non-random oligonucleotides (words of base
 723         length less than 10: YRY(N)6, YRYRYR and YRYYRY are so far identified;
 724         N = R or Y) leading to primitive genes (words of several hundreds
 725         of base length) and followed by (ii) a random mutation process, i.e.,
 726         transformations of a base R (respectively Y) into the base Y (respectively
 727         R) at random sites in these primitive genes. Following this model
 728         the problem investigated here is the study of the variation of the
 729         8 R/Y codon probabilities RRR, ..., YYY under random mutations. Two
 730         analytical expressions solved here allow analysis of this variation
 731         in the classical evolutionary sense (from the past to the present,
 732         i.e., after random mutations), but also in the inverted evolutionary
 733         sense (from the present to the past, i.e., before random mutations).
 734         Different properties are also derived from these formulae. Finally,
 735         a few applications of these formulae are presented. They prove the
 736         proposition in Arqu\`{e}s and Michel (1990b. Bull. math. Biol. 52,
 737         741-772), Section 3.3.2, with the existence of a maximal mean number
 738         of random mutations per base of the order 0.3 in the protein coding
 739         genes. They also confirm the mixing process of oligonucleotides by
 740         excluding the purine/pyrimidine contiguous and alternating tracts
 741         from the formation process of primitive genes.},
 742   institution = {Université de Franche-Comté, Besançon, France.},
 743   keywords = {Base Sequence; Codon; DNA, chemistry/genetics; Mathematics; Models,
 744         Genetic; Mutation; Probability; Purines; Pyrimidines},
 745   language = {eng},
 746   medline-pst = {ppublish},
 747   owner = {guyeux},
 748   pmid = {8281128},
 749   timestamp = {2011.05.05}
 750 }
 751
 752 @ARTICLE{Arques1993b,
 753   author = {D. G. Arqu\`{e}s and C. J. Michel},
 754   title = {Identification and simulation of new non-random statistical properties
 755         common to different eukaryotic gene subpopulations.},
 756   journal = {Biochimie},
 757   year = {1993},
 758   volume = {75},
 759   pages = {399--407},
 760   number = {5},
 761   abstract = {The nucleotide distribution in protein coding genes, introns and transfer
 762         RNA genes of eukaryotic subpopulations (primates, rodent and mammals)
 763         is studied by autocorrelation functions. The autocorrelation function
 764         analysing the occurrence probability of the i-motif YRY(N)iYRY (YRY-function)
 765         in protein coding genes and transfer RNA genes of these three eukaryotic
 766         subpopulations retrieves the preferential occurrence of YRY(N)6YRY
 767         (R = purine = adenine or guanine, Y = pyrimidine = cytosine or thymine,
 768         N = R or Y). The autocorrelation functions analysing the occurrence
 769         probability of the i-motifs RRR(N)iRRR (RRR-function) and YYY(N)iYYY
 770         (YYY-function) identify new non-random genetic statistical properties
 771         in these three eukaryotic subpopulations, mainly: i) in their protein
 772         coding genes: local maxima for i identical to 6 [12] (peaks for i
 773         = 6, 18, 30, 42) with the RRR-function and local maxima for i identical
 774         to 8 [10] (peaks for i = 8, 18, 28) with the YYY-function; and ii)
 775         in their introns: local maxima for i identical to 3 [6] (peaks for
 776         i = 3, 9, 15) and a short linear decrease followed by a large exponential
 777         decrease both with the RRR- and YYY-functions. The non-random properties
 778         identified in eukaryotic intron subpopulations are modelised with
 779         a process of random insertions and deletions of nucleotides simulating
 780         the RNA editing.},
 781   institution = {Equipe de Biologie Théorique, Université de Franche-Comté, Laboratoire
 782         d'Informatique de Besançon, France.},
 783   keywords = {Animals; Base Sequence; Data Interpretation, Statistical; Genes; Introns;
 784         Mammals; Models, Genetic; Primates; Probability; Proteins, genetics;
 785         RNA Editing; RNA, Transfer, genetics; Rodentia; Sequence Analysis,
 786         DNA},
 787   language = {eng},
 788   medline-pst = {ppublish},
 789   owner = {guyeux},
 790   pii = {0300-9084(93)90173-P},
 791   pmid = {8347726},
 792   timestamp = {2011.05.05}
 793 }
 794
 795 @ARTICLE{Arques1992,
 796   author = {D. G. Arqu\`{e}s and C. J. Michel},
 797   title = {A simulation of the genetic periodicities modulo 2 and 3 with processes
 798         of nucleotide insertions and deletions.},
 799   journal = {J Theor Biol},
 800   year = {1992},
 801   volume = {156},
 802   pages = {113--127},
 803   number = {1},
 804   month = {May},
 805   abstract = {Recently, a new genetic process termed RNA editing has been identified
 806         showing insertions and deletions of nucleotides in particular RNA
 807         molecules. On the other hand, there are a few non-random statistical
 808         properties in genes: in particular, the periodicity modulo 3 (P3)
 809         associated with an open reading frame, the periodicity modulo 2 (P2)
 810         associated with alternating purine/pyrimidine stretches, the YRY(N)6YRY
 811         preferential occurrence (R = purine = adenine or guanine, Y = pyrimidine
 812         = cytosine or thymine, N = R or Y) representing a "code" of the DNA
 813         helix pitch, etc. The problem investigated here is whether a process
 814         of the type RNA editing can lead to the non-random statistical properties
 815         commonly observed in genes. This paper will show in particular that:
 816         The process of insertions and deletions of mononucleotides in the
 817         initial sequence [YRY(N)3]* [series of YRY(N)3] can lead to the periodicity
 818         modulo 2 (P2). The process of insertions and deletions of trinucleotides
 819         in the initial sequence [YRY(N)6]* [series of YRY(N)6] can lead to
 820         the periodicity modulo 3 (P3) and the YRY(N)6YRY preferential occurrence.
 821         Furthermore, these two processes lead to a strong correlation with
 822         the reality, namely the mononucleotide insertion/deletion process,
 823         with the 5' eukaryotic regions and the trinucleotide insertion/deletion
 824         process, with the eukaryotic protein coding genes.},
 825   institution = {Université de Franche-Comté, Laboratoire d'Informatique de Besançon,
 826         Unité Associée CNRS No 822, France.},
 827   keywords = {Chromosome Deletion; Computer Simulation; Humans; Models, Genetic;
 828         Mutagenesis, genetics; RNA, genetics},
 829   language = {eng},
 830   medline-pst = {ppublish},
 831   owner = {guyeux},
 832   pmid = {1379311},
 833   timestamp = {2011.05.05}
 834 }
 835
 836 @ARTICLE{Arques1990,
 837   author = {D. G. Arqu\`{e}s and C. J. Michel},
 838   title = {Periodicities in coding and noncoding regions of the genes.},
 839   journal = {J Theor Biol},
 840   year = {1990},
 841   volume = {143},
 842   pages = {307--318},
 843   number = {3},
 844   month = {Apr},
 845   abstract = {Gene population statistical studies of protein coding genes and introns
 846         have identified two types of periodicities on the purine/pyrimidine
 847         alphabet: (i) the modulo 3 periodicity or coding periodicity (periodicity
 848         P3) in protein coding genes of eukaryotes, prokaryotes, viruses,
 849         chloroplasts, mitochondria, plasmids and in introns of viruses and
 850         mitochondria, and (ii) the modulo 2 periodicity (periodicity P2)
 851         in the eukaryotic introns. The periodicity study is herein extended
 852         to the 5' and 3' regions of eukaryotes, prokaryotes and viruses and
 853         shows: (i) the periodicity P3 in the 5' and 3' regions of eukaryotes.
 854         Therefore, these observations suggest a unitary and dynamic concept
 855         for the genes as for a given genome, the 5' and 3' regions have the
 856         genetic information for protein coding genes and for introns: (1)
 857         In the eukaryotic genome, the 5' (P2 and P3) and 3' (P2 and P3) regions
 858         have the information for protein coding genes (P3) and for introns
 859         (P2). The intensity of P3 is high in 5' regions and weak in 3' regions,
 860         while the intensity of P2 is weak in 5' regions and high in 3' regions.
 861         (2) In the prokaryotic genome, the 5' (P3) and 3' (P3) regions have
 862         the information for protein coding genes (P3). (3) In the viral genome,
 863         the 5' (P3) and 3' (P3) regions have the information for protein
 864         coding genes (P3) and for introns (P3). The absence of P2 in viral
 865         introns (in opposition to eukaryotic introns) may be related to the
 866         absence of P2 in 5' and 3' regions of viruses.},
 867   institution = {Université de Franche-Comté, Unité Associée CNRS No. 822, Besançon,
 868         France.},
 869   keywords = {Animals; Base Sequence; Eukaryotic Cells; Genes; Introns; Prokaryotic
 870         Cells; Purine Nucleotides; Pyrimidine Nucleotides; Repetitive Sequences,
 871         Nucleic Acid; Viruses, genetics},
 872   language = {eng},
 873   medline-pst = {ppublish},
 874   owner = {guyeux},
 875   pmid = {2385108},
 876   timestamp = {2011.05.05}
 877 }
 878
 879 @ARTICLE{Arques1990a,
 880   author = {D. G. Arqu\`{e}s and C. J. Michel},
 881   title = {A model of DNA sequence evolution.},
 882   journal = {Bull Math Biol},
 883   year = {1990},
 884   volume = {52},
 885   pages = {741--772},
 886   number = {6},
 887   abstract = {Statistical studies of gene populations on the purine/pyrimidine alphabet
 888         have shown that the mean occurrence probability of the i-motif YRY(N)iYRY
 889         (R = purine, Y = pyrimidine, N = R or Y) is not uniform by varying
 890         i in the range, but presents a maximum at i = 6 in the following
 891         populations: protein coding genes of eukaryotes, prokaryotes, chloroplasts
 892         and mitochondria, and also viral introns, ribosomal RNA genes and
 893         transfer RNA genes (Arqu\`{e}s and Michel, 1987b, J. theor. Biol.
 894         128, 457-461). From the "universality" of this observation, we suggested
 895         that the oligonucleotide YRY(N)6 is a primitive one and that it has
 896         a central function in DNA sequence evolution (Arqu\`{e}s and Michel,
 897         1987b, J. theor. Biol. 128, 457-461). Following this idea, we introduce
 898         a concept of a model of DNA sequence evolution which will be validated
 899         according to a schema presented in three parts. In the first part,
 900         using the last version of the gene database, the YRY(N)6YRY preferential
 901         occurrence (maximum at i = 6) is confirmed for the populations mentioned
 902         above and is extended to some newly analysed populations: chloroplast
 903         introns, chloroplast 5' regions, mitochondrial 5' regions and small
 904         nuclear RNA genes. On the other hand, the YRY(N)6YRY preferential
 905         occurrence and periodicities are used in order to classify 18 gene
 906         populations. In the second part, we will demonstrate that several
 907         statistical features characterizing different gene populations (in
 908         particular the YRY(N)6YRY preferential occurrence and the periodicities)
 909         can be retrieved from a simple Markov model based on the mixing of
 910         the two oligonucleotides YRY(N)6 and YRY(N)3 and based on the percentages
 911         of RYR and YRY in the unspecified trinucleotides (N)3 of YRY(N)6
 912         and YRY(N)3. Several properties are identified and prove in particular
 913         that the oligonucleotide mixing is an independent process and that
 914         several different features are functions of a unique parameter. In
 915         the third part, the return of the model to the reality shows a strong
 916         correlation between reality and simulation concerning the presence
 917         of a large alternating purine/pyrimidine stretches and of periodicities.
 918         It also contributes to a greater understanding of biological reality,
 919         e.g. the presence or the absence of large alternating purine/pyrimidine
 920         stretches can be explained as being a simple consequence of the mixing
 921         of two particular oligonucleotides. Finally, we believe that such
 922         an approach is the first step toward a unified model of DNA sequence
 923         evolution allowing the molecular understanding of both the origin
 924         of life and the actual biological reality.},
 925   institution = {Université de Franche-Comté, Laboratoire d'Informatique de Besançon,
 926         Unité Associée CNRS No 822, France.},
 927   keywords = {Base Sequence; Biological Evolution; DNA, genetics; Genetics, Population;
 928         Models, Genetic},
 929   language = {eng},
 930   medline-pst = {ppublish},
 931   owner = {guyeux},
 932   pmid = {2279193},
 933   timestamp = {2011.05.05}
 934 }
 935
 936 @ARTICLE{Arques1993a,
 937   author = {D. G. Arqu\`{e}s and C. J. Michel and K. Orieux},
 938   title = {Identification and simulation of new non-random statistical properties
 939         common to different populations of eukaryotic non-coding genes.},
 940   journal = {J Theor Biol},
 941   year = {1993},
 942   volume = {161},
 943   pages = {329--342},
 944   number = {3},
 945   month = {Apr},
 946   abstract = {The autocorrelation function analysing the occurrence probability
 947         of the i-motif YRY(N)iYRY in genes allows the identification of mainly
 948         two periodicities modulo 2, 3 and the preferential occurrence of
 949         the motif YRY(N)6YRY (R = purine = adenine or guanine, Y = pyrimidine
 950         = cytosine or thymine, N = R or Y). These non-random genetic statistical
 951         properties can be simulated by an independent mixing of the three
 952         oligonucleotides YRYRYR, YRYYRY and YRY(N)6 (Arqu\`{e}s & Michel,
 953         1990b). The problem investigated in this study is whether new properties
 954         can be identified in genes with other autocorrelation functions and
 955         also simulated with an oligonucleotide mixing model. The two autocorrelation
 956         functions analysing the occurrence probability of the i-motifs RRR(N)iRRR
 957         and YYY(N)iYYY simultaneously identify three new non-random genetic
 958         statistical properties: a short linear decrease, local maxima for
 959         i identical to 3[6] (i = 3, 9, etc) and a large exponential decrease.
 960         Furthermore, these properties are common to three different populations
 961         of eukaryotic non-coding genes: 5' regions, introns and 3' regions
 962         (see section 2). These three non-random properties can also be simulated
 963         by an independent mixing of the four oligonucleotides R8, Y8, RRRYRYRRR,
 964         YYYRYRYYY and large alternating R/Y series. The short linear decrease
 965         is a result of R8 and Y8, the local maxima for i identical to 3[6],
 966         of RRRYRYRRR and YYYRYRYYY, and the large exponential decrease, of
 967         large alternating R/Y series (section 3). The biological meaning
 968         of these results and their relation to the previous oligonucleotide
 969         mixing model are presented in the Discussion.},
 970   doi = {10.1006/jtbi.1993.1059},
 971   institution = {Equipe de Biologie Théorique, Université de Franche-Comté, Laboratoire
 972         d'Informatique de Besançon, France.},
 973   keywords = {Animals; Biological Evolution; Genes, genetics; Models, Genetic; Models,
 974         Statistical; Mutation, genetics; Oligonucleotides, genetics; Probability},
 975   language = {eng},
 976   medline-pst = {ppublish},
 977   owner = {guyeux},
 978   pii = {S0022-5193(83)71059-3},
 979   pmid = {8331957},
 980   timestamp = {2011.05.05},
 981   url = {http://dx.doi.org/10.1006/jtbi.1993.1059}
 982 }
 983
 984 @ARTICLE{Arroyo08,
 985   author = {David Arroyo and Gonzalo Alvarez and Veronica Fernandez},
 986   title = {On the inadequacy of the logistic map for cryptographic applications},
 987   journal = {X Reunión Española sobre Criptología y Seguridad de la Información
 988         (X RECSI)},
 989   year = {2008},
 990   volume = {1},
 991   pages = {77-82},
 992   owner = {christophe},
 993   timestamp = {2010.03.01}
 994 }
 995
 996 @BOOK{Athreya_Ney,
 997   title = {{Branching processes}},
 998   publisher = {Dover Publications},
 999   year = {2004},
1000   author = {Athreya, K.B. and Ney, PE},
1001   added-at = {2010-03-29T07:56:01.000+0200},
1002   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/2161875685784f6f68ee50f3c5f3c34e8/peter.ralph},
1003   description = {Athreya and Ney},
1004   interhash = {2e84ceaa70eea2166da74a5b1783a69f},
1005   intrahash = {161875685784f6f68ee50f3c5f3c34e8},
1006   keywords = {branching_processes reference},
1007   timestamp = {2010-03-29T07:56:01.000+0200}
1008 }
1009
1010 @ARTICLE{Bousquet11,
1011   author = {Bacher, Axel and Bousquet-M{\'e}lou, Mireille},
1012   title = {Weakly directed self-avoiding walks},
1013   journal = {J. Comb. Theory Ser. A},
1014   year = {2011},
1015   volume = {118},
1016   pages = {2365--2391},
1017   number = {8},
1018   month = nov,
1019   acmid = {2027519},
1020   address = {Orlando, FL, USA},
1021   doi = {10.1016/j.jcta.2011.06.001},
1022   issn = {0097-3165},
1023   issue_date = {November, 2011},
1024   keywords = {Enumeration, Non-D-finite series, Partially directed bridges, Random
1025         generation, Self-avoiding walks},
1026   numpages = {27},
1027   publisher = {Academic Press, Inc.},
1028   url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.jcta.2011.06.001}
1029 }
1030
1031 @MISC{Backofen99algorithmicapproach,
1032   author = {R. Backofen and S. Will and P. Clote},
1033   title = {Algorithmic Approach To Quantifying The Hydrophobic Force Contribution
1034         In Protein Folding},
1035   year = {1999}
1036 }
1037
1038 @INPROCEEDINGS{bgc11:ip,
1039   author = {Bahi, Jacques and C\^ot\'e, Nathalie and Guyeux, Christophe},
1040   title = {Chaos of Protein Folding},
1041   booktitle = {IJCNN 2011, Int. Joint Conf. on Neural Networks},
1042   year = {2011},
1043   pages = {1948--1954},
1044   address = {San Jose, California, United States},
1045   month = jul,
1046   classement = {ACTI},
1047   doi = {10.1109/IJCNN.2011.6033463},
1048   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1049   equipe = {and},
1050   inhal = {no},
1051   url = {http://dx.doi.org/10.1109/IJCNN.2011.6033463}
1052 }
1053
1054 @ARTICLE{bgcs11:ij,
1055   author = {Bahi, Jacques and C\^ot\'e, Nathalie and Guyeux, Christophe and Salomon,
1056         Michel},
1057   title = {Protein Folding in the {2D} Hydrophobic-Hydrophilic {(HP)} Square
1058         Lattice Model is Chaotic},
1059   journal = {Cognitive Computation},
1060   year = {2012},
1061   volume = {4},
1062   pages = {98--114},
1063   number = {1},
1064   classement = {ACLI},
1065   doi = {10.1007/s12559-011-9118-z},
1066   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1067   equipe = {and},
1068   impact-factor = {1.000},
1069   inhal = {no},
1070   isi-acro = {COGN COMPUT},
1071   publisher = {Springer},
1072   url = {http://dx.doi.org/10.1007/s12559-011-9118-z}
1073 }
1074
1075 @INPROCEEDINGS{bcfg12a:ip,
1076   author = {Bahi, Jacques and Couchot, Jean-Fran\c{c}ois and Friot, Nicolas and
1077         Guyeux, Christophe},
1078   title = {Application of Steganography for Anonymity through the Internet},
1079   booktitle = {IHTIAP'2012, 1-st Workshop on Information Hiding Techniques for Internet
1080         Anonymity and Privacy},
1081   year = {2012},
1082   pages = {96--101},
1083   address = {Venice, Italy},
1084   month = jun,
1085   classement = {ACTI},
1086   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1087   equipe = {and},
1088   inhal = {no},
1089   url = {http://arxiv.org/abs/1202.5302v1}
1090 }
1091
1092 @INPROCEEDINGS{bcfg12b:ip,
1093   author = {Bahi, Jacques and Couchot, Jean-Fran\c{c}ois and Friot, Nicolas and
1094         Guyeux, Christophe},
1095   title = {A Robust Data Hiding Process Contributing to the Development of a
1096         Semantic Web},
1097   booktitle = {INTERNET'2012, 4-th Int. Conf. on Evolving Internet},
1098   year = {2012},
1099   pages = {71--76},
1100   address = {Venice, Italy},
1101   month = jun,
1102   classement = {ACTI},
1103   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1104   equipe = {and},
1105   inhal = {no}
1106 }
1107
1108 @INPROCEEDINGS{bcfg+13:ip,
1109   author = {Bahi, Jacques and Couchot, Jean-Fran\c{c}ois and Friot, Nicolas and
1110         Guyeux, Christophe and Mazouzi, Kamel},
1111   title = {Quality Studies of an Invisible Chaos-Based Watermarking Scheme with
1112         Message Extraction},
1113   booktitle = {IIHMSP'13, 9th Int. Conf. on Intelligent Information Hiding and Multimedia
1114         Signal Processing},
1115   year = {2013},
1116   pages = {***--***},
1117   address = {Beijing, China},
1118   month = oct,
1119   note = {To appear},
1120   classement = {ACTI},
1121   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1122   equipe = {and},
1123   inhal = {no}
1124 }
1125
1126 @TECHREPORT{Bahi2010,
1127   author = {Bahi, Jacques and Couchot, Jean-Fran\c{c}ois and Grasset, Olivier
1128         and Guyeux, Christophe},
1129   title = {{D}iscrete {D}ynamical {S}ystems: {N}ecessary {D}ivergence {C}onditions
1130         for {S}ynchronous {I}terations},
1131   institution = {LIFC - Laboratoire d'Informatique de l'Universit\'{e} de Franche-Comt\'{e}},
1132   year = {2010},
1133   type = {Research Report},
1134   number = {RR2010-04},
1135   month = sep,
1136   classement = {*},
1137   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1138   equipe = {and},
1139   inhal = {no},
1140   pdf = {/~publis/papers/pub/2010/RR2010-04.pdf}
1141 }
1142
1143 @TECHREPORT{bcgg10:ir,
1144   author = {Bahi, Jacques and Couchot, Jean-Fran\c{c}ois and Grasset, Olivier
1145         and Guyeux, Christophe},
1146   title = {{D}iscrete {D}ynamical {S}ystems: {N}ecessary {D}ivergence {C}onditions
1147         for {S}ynchronous {I}terations},
1148   institution = {LIFC - Laboratoire d'{I}nformatique de l'{U}niversit\'{e} de {F}ranche
1149         {C}omt\'{e}},
1150   year = {2010},
1151   type = {Research Report},
1152   number = {RR2010-04},
1153   month = sep,
1154   classement = {*},
1155   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1156   equipe = {and},
1157   inhal = {no},
1158   pdf = {/~publis/papers/pub/2010/RR2010-04.pdf}
1159 }
1160
1161 @ARTICLE{bcg11:ij,
1162   author = {Bahi, Jacques and Couchot, Jean-Fran\c{c}ois and Guyeux, Christophe},
1163   title = {Steganography: a class of secure and robust algorithms},
1164   journal = {The Computer Journal},
1165   year = {2012},
1166   volume = {55},
1167   pages = {653--666},
1168   number = {6},
1169   classement = {ACLI},
1170   doi = {10.1093/comjnl/bxr116},
1171   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1172   equipe = {and},
1173   impact-factor = {1.363},
1174   inhal = {no},
1175   isi-acro = {COMPUT J},
1176   publisher = {Oxford University Press},
1177   url = {http://dx.doi.org/10.1093/comjnl/bxr116}
1178 }
1179
1180 @ARTICLE{bcg12:ij,
1181   author = {Bahi, Jacques and Couchot, Jean-Fran\c{c}ois and Guyeux, Christophe},
1182   title = {Quality analysis of a chaotic proven keyed hash function},
1183   journal = {International Journal On Advances in Internet Technology},
1184   year = {2012},
1185   volume = {5},
1186   pages = {26--33},
1187   number = {1},
1188   classement = {ACLNI},
1189   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1190   equipe = {and},
1191   impact-factor = {#},
1192   inhal = {no},
1193   isi-acro = {#},
1194   publisher = {IARIA}
1195 }
1196
1197 @INPROCEEDINGS{bcg11:ip,
1198   author = {Bahi, Jacques and Couchot, Jean-Fran\c{c}ois and Guyeux, Christophe},
1199   title = {Performance Analysis of a Keyed Hash Function based on Discrete and
1200         Chaotic Proven Iterations},
1201   booktitle = {INTERNET 2011, the 3-rd Int. Conf. on Evolving Internet},
1202   year = {2011},
1203   pages = {52--57},
1204   address = {Luxembourg, Luxembourg},
1205   month = jun,
1206   note = {Best paper award},
1207   classement = {ACTI},
1208   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1209   equipe = {and},
1210   inhal = {no}
1211 }
1212
1213 @INPROCEEDINGS{bcg11b:ip,
1214   author = {Bahi, Jacques and Couchot, Jean-Fran\c{c}ois and Guyeux, Christophe},
1215   title = {Steganography: a Class of Algorithms having Secure Properties},
1216   booktitle = {IIH-MSP-2011, 7-th Int. Conf. on Intelligent Information Hiding and
1217         Multimedia Signal Processing},
1218   year = {2011},
1219   pages = {109--112},
1220   address = {Dalian, China},
1221   month = oct,
1222   classement = {ACTI},
1223   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1224   equipe = {and},
1225   inhal = {no}
1226 }
1227
1228 @INPROCEEDINGS{bcgr11:ip,
1229   author = {Bahi, Jacques and Couchot, Jean-Fran\c{c}ois and Guyeux, Christophe
1230         and Richard, Adrien},
1231   title = {On the Link Between Strongly Connected Iteration Graphs and Chaotic
1232         Boolean Discrete-Time Dynamical Systems},
1233   booktitle = {FCT'11, 18th Int. Symp. on Fundamentals of Computation Theory},
1234   year = {2011},
1235   volume = {6914},
1236   series = {LNCS},
1237   pages = {126--137},
1238   address = {Oslo, Norway},
1239   month = aug,
1240   classement = {ACTI},
1241   doi = {10.1007/978-3-642-22953-4_11},
1242   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1243   equipe = {and},
1244   inhal = {no},
1245   url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-22953-4_11}
1246 }
1247
1248 @ARTICLE{bcgs12:ij,
1249   author = {Bahi, Jacques and Couchot, Jean-Fran\c{c}ois and Guyeux, Christophe
1250         and Salomon, Michel},
1251   title = {Neural Networks and Chaos: Construction, Evaluation of Chaotic Networks,
1252         and Prediction of Chaos with MultiLayer Feedforward Network},
1253   journal = {Chaos, An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science},
1254   year = {2012},
1255   volume = {22},
1256   pages = {013122-1 -- 013122-9},
1257   number = {1},
1258   month = mar,
1259   note = {9 pages},
1260   classement = {ACLI},
1261   doi = {10.1063/1.3685524},
1262   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1263   equipe = {and},
1264   impact-factor = {2.081},
1265   inhal = {no},
1266   isi-acro = {CHAOS},
1267   publisher = {American Institute of Physics},
1268   url = {http://dx.doi.org/10.1063/1.3685524}
1269 }
1270
1271 @INPROCEEDINGS{bcgw11:ip,
1272   author = {Bahi, Jacques and Couchot, Jean-Fran\c{c}ois and Guyeux, Christophe
1273         and Wang, Qianxue},
1274   title = {Class of Trustworthy Pseudo Random Number Generators},
1275   booktitle = {INTERNET 2011, the 3-rd Int. Conf. on Evolving Internet},
1276   year = {2011},
1277   pages = {72--77},
1278   address = {Luxembourg, Luxembourg},
1279   month = jun,
1280   classement = {ACTI},
1281   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1282   equipe = {and},
1283   inhal = {no}
1284 }
1285
1286 @INPROCEEDINGS{bfg12a:ip,
1287   author = {Bahi, Jacques and Fang, Xiaole and Guyeux, Christophe},
1288   title = {An optimization technique on pseudorandom generators based on chaotic
1289         iterations},
1290   booktitle = {INTERNET'2012, 4-th Int. Conf. on Evolving Internet},
1291   year = {2012},
1292   pages = {31--36},
1293   address = {Venice, Italy},
1294   month = jun,
1295   classement = {ACTI},
1296   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1297   equipe = {and},
1298   inhal = {no}
1299 }
1300
1301 @INPROCEEDINGS{bfg12b:ip,
1302   author = {Bahi, Jacques and Fang, Xiaole and Guyeux, Christophe},
1303   title = {State-of-the-art in Chaotic Iterations based pseudorandom numbers
1304         generators Application in Information Hiding},
1305   booktitle = {IHTIAP'2012, 1-st Workshop on Information Hiding Techniques for Internet
1306         Anonymity and Privacy},
1307   year = {2012},
1308   pages = {90--95},
1309   address = {Venice, Italy},
1310   month = jun,
1311   classement = {ACTI},
1312   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1313   equipe = {and},
1314   inhal = {no}
1315 }
1316
1317 @ARTICLE{bfgl13:ij,
1318   author = {Bahi, Jacques and Fang, Xiaole and Guyeux, Christophe and Larger,
1319         Laurent},
1320   title = {{FPGA} Design for Pseudorandom Number Generator Based on Chaotic
1321         Iteration used in Information Hiding Application},
1322   journal = {Applied Mathematics \& Information Sciences},
1323   year = {2013},
1324   volume = {7},
1325   pages = {2175--2188},
1326   number = {6},
1327   classement = {ACLI},
1328   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1329   equipe = {and},
1330   impact-factor = {0.508},
1331   inhal = {no},
1332   isi-acro = {APPL MATH INFORM SCI}
1333 }
1334
1335 @ARTICLE{bfgw13:ij,
1336   author = {Bahi, Jacques and Fang, Xiaole and Guyeux, Christophe and Wang, Qianxue},
1337   title = {Suitability of chaotic iterations schemes using {XORshift} for security
1338         applications},
1339   journal = {JNCA, Journal of Network and Computer Applications},
1340   year = {2013},
1341   volume = {*},
1342   pages = {***--***},
1343   number = {*},
1344   note = {Accepted manuscript. To appear},
1345   classement = {ACLI},
1346   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1347   equipe = {and},
1348   impact-factor = {1.065},
1349   inhal = {no},
1350   isi-acro = {J NETW COMPUT APPL}
1351 }
1352
1353 @ARTICLE{bfgw11:ij,
1354   author = {Bahi, Jacques and Fang, Xiaole and Guyeux, Christophe and Wang, Qianxue},
1355   title = {Evaluating Quality of Chaotic Pseudo-Random Generators. Application
1356         to Information Hiding},
1357   journal = {IJAS, International Journal On Advances in Security},
1358   year = {2011},
1359   volume = {4},
1360   pages = {118--130},
1361   number = {1-2},
1362   abstract = {Guaranteeing the security of information transmitted through the Internet,
1363         against passive or active attacks, is a major concern. The discovery
1364         of new pseudo-random number generators with a strong level of security
1365         is a field of research in full expansion, due to the fact that numerous
1366         cryptosystems and data hiding schemes are directly dependent on the
1367         quality of these generators. At the conference Internet`09, we described
1368         a generator based on chaotic iterations which behaves chaotically
1369         as defined by Devaney. In this paper which is an extension of the
1370         work presented at the conference Internet`10, the proposal is to
1371         improve the speed, the security, and the evaluation of this generator,
1372         to make its use more relevant in the Internet security context. In
1373         order to do so, a comparative study between various generators is
1374         carried out and statistical results are improved. Finally, an application
1375         in the information hiding framework is presented with details, to
1376         give an illustrative example of the use of such a generator in the
1377         Internet security field.},
1378   classement = {ACLNI},
1379   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1380   equipe = {and},
1381   impact-factor = {#},
1382   inhal = {no},
1383   isi-acro = {#}
1384 }
1385
1386 @INPROCEEDINGS{bfgw11:ip,
1387   author = {Bahi, Jacques and Fang, Xiaole and Guyeux, Christophe and Wang, Qianxue},
1388   title = {On the design of a family of {CI} pseudo-random number generators},
1389   booktitle = {WICOM'11, 7th Int. IEEE Conf. on Wireless Communications, Networking
1390         and Mobile Computing},
1391   year = {2011},
1392   pages = {1--4},
1393   address = {Wuhan, China},
1394   month = sep,
1395   classement = {ACTI},
1396   doi = {10.1109/wicom.2011.6040161},
1397   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1398   equipe = {and},
1399   inhal = {no},
1400   url = {http://dx.doi.org/10.1109/wicom.2011.6040161}
1401 }
1402
1403 @INPROCEEDINGS{bfg13:ip,
1404   author = {Bahi, Jacques and Friot, Nicolas and Guyeux, Christophe},
1405   title = {Topological study and Lyapunov exponent of a secure steganographic
1406         scheme},
1407   booktitle = {SECRYPT'2013, Int. Conf. on Security and Cryptography. SECRYPT is
1408         part of ICETE - The International Joint Conference on e-Business
1409         and Telecommunications},
1410   year = {2013},
1411   editor = {Javier Lopez and Pierangela Samarati},
1412   pages = {***--***},
1413   address = {Reykjavik, Iceland},
1414   month = jul,
1415   publisher = {SciTePress},
1416   note = {8 pages. To appear.},
1417   classement = {ACTI},
1418   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1419   equipe = {and},
1420   inhal = {no}
1421 }
1422
1423 @INPROCEEDINGS{bfg12:ip,
1424   author = {Bahi, Jacques and Friot, Nicolas and Guyeux, Christophe},
1425   title = {Lyapunov exponent evaluation of a digital watermarking scheme proven
1426         to be secure},
1427   booktitle = {IIH-MSP'2012, 8-th Int. Conf. on Intelligent Information Hiding and
1428         Multimedia Signal Processing},
1429   year = {2012},
1430   pages = {359--362},
1431   address = {Piraeus-Athens, Greece},
1432   month = jul,
1433   publisher = {IEEE Computer Society},
1434   classement = {ACTI},
1435   doi = {10.1109/IIH-MSP.2012.93},
1436   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1437   equipe = {and},
1438   inhal = {no},
1439   url = {http://dx.doi.org/10.1109/IIH-MSP.2012.93}
1440 }
1441
1442 @BOOK{guyeux13:bc,
1443   title = {Discrete Dynamical Systems and Chaotic Machines: Theory and Applications},
1444   publisher = {Chapman \& Hall, CRC Press},
1445   year = {2013},
1446   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe},
1447   month = jun,
1448   note = {212 pages},
1449   classement = {OS},
1450   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1451   equipe = {and},
1452   inhal = {no}
1453 }
1454
1455 @ARTICLE{bg10:ij,
1456   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe},
1457   title = {Hash Functions Using Chaotic Iterations},
1458   journal = {Journal of Algorithms \& Computational Technology},
1459   year = {2010},
1460   volume = {4},
1461   pages = {167--181},
1462   number = {2},
1463   classement = {ACLI},
1464   doi = {10.1260/1748-3018.4.2.167},
1465   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1466   equipe = {and},
1467   impact-factor = {#},
1468   inhal = {no},
1469   isi-acro = {#},
1470   url = {http://dx.doi.org/10.1260/1748-3018.4.2.167}
1471 }
1472
1473 @INPROCEEDINGS{bg10a:ip,
1474   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe},
1475   title = {Topological chaos and chaotic iterations, application to Hash functions},
1476   booktitle = {IJCNN'10, Int. Joint Conf. on Neural Networks, joint to WCCI'10,
1477         IEEE World Congress on Computational Intelligence},
1478   year = {2010},
1479   pages = {1--7},
1480   address = {Barcelona, Spain},
1481   month = jul,
1482   note = {Best paper award},
1483   classement = {ACTI},
1484   doi = {10.1109/IJCNN.2010.5596512},
1485   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1486   equipe = {and},
1487   inhal = {no},
1488   url = {http://dx.doi.org/10.1109/IJCNN.2010.5596512}
1489 }
1490
1491 @INPROCEEDINGS{bg10b:ip,
1492   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe},
1493   title = {A new chaos-based watermarking algorithm},
1494   booktitle = {SECRYPT'10, Int. conf. on security and cryptography},
1495   year = {2010},
1496   pages = {455--458},
1497   address = {Athens, Greece},
1498   month = jul,
1499   publisher = {SciTePress},
1500   classement = {ACTI},
1501   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1502   equipe = {and},
1503   inhal = {no}
1504 }
1505
1506 @INPROCEEDINGS{guyeux10ter,
1507   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe},
1508   title = {A new chaos-based watermarking algorithm},
1509   booktitle = {SECRYPT'10, Int. conf. on security and cryptography},
1510   year = {2010},
1511   pages = {455--458},
1512   address = {Athens, Greece},
1513   month = jul,
1514   publisher = {SciTePress},
1515   classement = {ACTI},
1516   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1517   equipe = {and},
1518   inhal = {no}
1519 }
1520
1521 @INPROCEEDINGS{bgh13:ip,
1522   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe and H\'eam, Pierre-Cyrille},
1523   title = {A Cryptographic Approach for Steganography},
1524   booktitle = {IIHMSP'13, 9th Int. Conf. on Intelligent Information Hiding and Multimedia
1525         Signal Processing},
1526   year = {2013},
1527   pages = {***--***},
1528   address = {Beijing, China},
1529   month = oct,
1530   note = {To appear},
1531   classement = {ACTI},
1532   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO, INFO:INFO_SE},
1533   equipe = {ie},
1534   inhal = {no}
1535 }
1536
1537 @ARTICLE{bgm11:ij,
1538   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe and Makhoul, Abdallah},
1539   title = {Two Security Layers for Hierarchical Data Aggregation in Sensor Networks},
1540   journal = {IJAACS, International Journal of Autonomous and Adaptive Communications
1541         Systems},
1542   year = {2011},
1543   volume = {*},
1544   pages = {***--***},
1545   number = {*},
1546   note = {Accepted manuscript. To appear},
1547   classement = {ACLI},
1548   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1549   equipe = {and},
1550   impact-factor = {#},
1551   inhal = {no},
1552   isi-acro = {#}
1553 }
1554
1555 @INPROCEEDINGS{bgm10:ip,
1556   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe and Makhoul, Abdallah},
1557   title = {Efficient and Robust Secure Aggregation of Encrypted Data in Sensor
1558         Networks},
1559   booktitle = {SENSORCOMM'10, 4-th Int. Conf. on Sensor Technologies and Applications},
1560   year = {2010},
1561   pages = {472--477},
1562   address = {Venice-Mestre, Italy},
1563   month = jul,
1564   classement = {ACTI},
1565   doi = {10.1109/SENSORCOMM.2010.76},
1566   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1567   equipe = {and},
1568   inhal = {no},
1569   url = {http://dx.doi.org/10.1109/SENSORCOMM.2010.76}
1570 }
1571
1572 @INPROCEEDINGS{bgm10b:ip,
1573   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe and Makhoul, Abdallah},
1574   title = {Secure Data Aggregation in Wireless Sensor Networks. Homomorphism
1575         versus Watermarking Approach},
1576   booktitle = {ADHOCNETS 2010, 2nd Int. Conf. on Ad Hoc Networks},
1577   year = {2010},
1578   volume = {49},
1579   series = {Lecture Notes in ICST},
1580   pages = {344--358},
1581   address = {Victoria, Canada},
1582   month = aug,
1583   classement = {ACTI},
1584   doi = {10.1007/978-3-642-17994-5_23},
1585   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1586   equipe = {and},
1587   inhal = {no},
1588   url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-17994-5_23}
1589 }
1590
1591 @INPROCEEDINGS{guyeux10bis,
1592   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe and Makhoul, Abdallah},
1593   title = {Efficient and Robust Secure Aggregation of Encrypted Data in Sensor
1594         Networks},
1595   booktitle = {SENSORCOMM'10, 4-th Int. Conf. on Sensor Technologies and Applications},
1596   year = {2010},
1597   pages = {472--477},
1598   address = {Venice-Mestre, Italy},
1599   month = jul,
1600   classement = {ACTI},
1601   doi = {10.1109/SENSORCOMM.2010.76},
1602   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1603   equipe = {and},
1604   inhal = {no},
1605   url = {http://dx.doi.org/10.1109/SENSORCOMM.2010.76}
1606 }
1607
1608 @INPROCEEDINGS{guyeuxVictoria,
1609   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe and Makhoul, Abdallah},
1610   title = {Secure Data Aggregation in Wireless Sensor Networks. Homomorphism
1611         versus Watermarking Approach},
1612   booktitle = {ADHOCNETS 2010, 2nd Int. Conf. on Ad Hoc Networks},
1613   year = {2010},
1614   volume = {49},
1615   series = {Lecture Notes in ICST},
1616   pages = {344--358},
1617   address = {Victoria, Canada},
1618   month = aug,
1619   classement = {ACTI},
1620   doi = {10.1007/978-3-642-17994-5_23},
1621   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1622   equipe = {and},
1623   inhal = {no},
1624   url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-17994-5_23}
1625 }
1626
1627 @ARTICLE{bgmp12:ij,
1628   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe and Makhoul, Abdallah and Pham,
1629         Congduc},
1630   title = {Low Cost Monitoring and Intruders Detection using Wireless Video
1631         Sensor Networks},
1632   journal = {International Journal of Distributed Sensor Networks},
1633   year = {2012},
1634   volume = {2012},
1635   note = {11 pages},
1636   classement = {ACLI},
1637   doi = {10.1155/2012/929542},
1638   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1639   equipe = {and},
1640   impact-factor = {0.067},
1641   inhal = {no},
1642   isi-acro = {INT J DISTRIB SENS N},
1643   publisher = {Hindawi Publishing Corporation},
1644   url = {http://dx.doi.org/10.1155/2012/929542}
1645 }
1646
1647 @INPROCEEDINGS{bgmp11:ip,
1648   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe and Makhoul, Abdallah and Pham,
1649         Congduc},
1650   title = {Secure scheduling of wireless video sensor nodes for surveillance
1651         applications},
1652   booktitle = {ADHOCNETS 11, 3rd Int. ICST Conference on Ad Hoc Networks},
1653   year = {2011},
1654   volume = {89},
1655   series = {LNICST},
1656   pages = {1--15},
1657   address = {Paris, France},
1658   month = sep,
1659   publisher = {Springer},
1660   classement = {ACTI},
1661   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1662   equipe = {and},
1663   inhal = {no}
1664 }
1665
1666 @INPROCEEDINGS{bgp12:ip,
1667   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe and Perasso, Antoine},
1668   title = {Predicting the Evolution of Gene ura3 in the Yeast Saccharomyces
1669         Cerevisiae},
1670   booktitle = {CSBio 2012: 3rd Int. Conf. on Computational Systems-Biology and Bioinformatics},
1671   year = {2012},
1672   pages = {***--***},
1673   address = {Bangkok, Thailand},
1674   month = oct,
1675   note = {To appear},
1676   classement = {ACTI},
1677   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1678   equipe = {and},
1679   inhal = {no}
1680 }
1681
1682 @INPROCEEDINGS{bgs11:ip,
1683   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe and Salomon, Michel},
1684   title = {Building a Chaotic Proven Neural Network},
1685   booktitle = {ICCANS 2011, IEEE Int. Conf. on Computer Applications and Network
1686         Security},
1687   year = {2011},
1688   pages = {***--***},
1689   address = {Maldives, Maldives},
1690   month = may,
1691   classement = {ACTI},
1692   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1693   equipe = {and},
1694   inhal = {no}
1695 }
1696
1697 @INPROCEEDINGS{bgw10:ip,
1698   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe and Wang, Qianxue},
1699   title = {A Pseudo Random Numbers Generator Based on Chaotic Iterations. Application
1700         to Watermarking},
1701   booktitle = {WISM 2010, Int. Conf. on Web Information Systems and Mining},
1702   year = {2010},
1703   volume = {6318},
1704   series = {LNCS},
1705   pages = {202--211},
1706   address = {Sanya, China},
1707   month = oct,
1708   classement = {ACTI},
1709   doi = {10.1007/978-3-642-16515-3_26},
1710   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1711   equipe = {and},
1712   inhal = {no},
1713   url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-16515-3_26}
1714 }
1715
1716 @INPROCEEDINGS{bgw10b:ip,
1717   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe and Wang, Qianxue},
1718   title = {Improving random number generators by chaotic iterations. {A}pplication
1719         in data hiding},
1720   booktitle = {ICCASM 2010, Int. Conf. on Computer Application and System Modeling},
1721   year = {2010},
1722   pages = {V13-643--V13-647},
1723   address = {Taiyuan, China},
1724   month = oct,
1725   classement = {ACTI},
1726   doi = {10.1109/ICCASM.2010.5622199},
1727   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1728   equipe = {and},
1729   inhal = {no},
1730   url = {http://dx.doi.org/10.1109/ICCASM.2010.5622199}
1731 }
1732
1733 @INPROCEEDINGS{bgw09:ip,
1734   author = {Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe and Wang, Qianxue},
1735   title = {A novel pseudo-random generator based on discrete chaotic iterations},
1736   booktitle = {INTERNET'09, 1-st Int. Conf. on Evolving Internet},
1737   year = {2009},
1738   pages = {71--76},
1739   address = {Cannes, France},
1740   month = aug,
1741   classement = {ACTI},
1742   doi = {10.1109/INTERNET.2009.18},
1743   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1744   equipe = {and},
1745   inhal = {no},
1746   url = {http://dx.doi.org/10.1109/INTERNET.2009.18}
1747 }
1748
1749 @INPROCEEDINGS{bmg10:onp,
1750   author = {Bahi, Jacques and Makhoul, Abdallah and Guyeux, Christophe},
1751   title = {Efficient and Robust Secure Aggregation of Encrypted Data in Sensor
1752         Networks for critical applications},
1753   booktitle = {RESSACS, Journ\'ee th\'ematique PHC/ResCom sur RESeaux de capteurS
1754         et Applications Critiques de Surveillance},
1755   year = {2010},
1756   address = {Bayonne, France},
1757   month = jun,
1758   note = {Communication orale},
1759   classement = {COM},
1760   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1761   equipe = {and},
1762   inhal = {no}
1763 }
1764
1765 @INPROCEEDINGS{guyeuxBayonne,
1766   author = {Bahi, Jacques and Makhoul, Abdallah and Guyeux, Christophe},
1767   title = {Efficient and Robust Secure Aggregation of Encrypted Data in Sensor
1768         Networks for critical applications},
1769   booktitle = {RESSACS, Journ\'ee th\'ematique PHC/ResCom sur RESeaux de capteurS
1770         et Applications Critiques de Surveillance},
1771   year = {2010},
1772   address = {Bayonne, France},
1773   month = jun,
1774   note = {Communication orale},
1775   classement = {COM},
1776   equipe = {and},
1777   inhal = {no}
1778 }
1779
1780 @ARTICLE{99,
1781   author = {Bahi, Jacques and Makhoul, Abdallah and Medlej, Maguy},
1782   title = {A Two Tiers Data Aggregation Scheme for Periodic Sensor Networks},
1783   journal = {Ad Hoc \& Sensor Wireless Networks},
1784   note = {Accepted manuscript. To appear}
1785 }
1786
1787 @ARTICLE{89,
1788   author = {Bahi, Jacques and Makhoul, Abdallah and Medlej, Maguy},
1789   title = {Data Aggregation for Periodic Sensor Networks Using Sets Similarity
1790         Functions},
1791   journal = {IWCMC 2011, 7th IEEE Int. Wireless Communications and Mobile Computing
1792         Conference},
1793   year = {2011},
1794   pages = {559-564},
1795   month = jul,
1796   publisher = {IEEE Computer Society Press}
1797 }
1798
1799 @ARTICLE{bs10:ij,
1800   author = {Bahi, Jacques and Salomon, Michel},
1801   title = {A Decentralized Energy-based Diffusion Algorithm to Increase the
1802         Lifetime of {MANETs}},
1803   journal = {Computer Networks Journal},
1804   year = {2010},
1805   pages = {***--***},
1806   note = {Accepted manuscript. To appear},
1807   classement = {ACLI},
1808   equipe = {and},
1809   impact-factor = {1.201},
1810   inhal = {no},
1811   isi-acro = {#},
1812   publisher = {Elsevier}
1813 }
1814
1815 @ARTICLE{Bahi2000,
1816   author = {J. M. Bahi},
1817   title = {Boolean totally asynchronous iterations},
1818   journal = {Int. Journal of Mathematical Algorithms},
1819   year = {2000},
1820   volume = {1},
1821   pages = {331--346},
1822   owner = {guyeux},
1823   timestamp = {17/02/2008}
1824 }
1825
1826 @ARTICLE{Bahi2000bis,
1827   author = {Jacques M. Bahi},
1828   title = {Asynchronous iterative algorithms for nonexpansive linear systems},
1829   journal = {Journal of Parallel and Distributed Computing},
1830   year = {2000},
1831   volume = {60},
1832   pages = {92--112},
1833   owner = {guyeux},
1834   timestamp = {2009.01.10}
1835 }
1836
1837 @ARTICLE{Bahi1999,
1838   author = {J. M. Bahi},
1839   title = {Parallel synchronous chaotic iterations for singular linear systems},
1840   journal = {Parallel Algorithms and Applications},
1841   year = {1999},
1842   volume = {14},
1843   pages = {19--35},
1844   owner = {guyeux},
1845   timestamp = {17/02/2008}
1846 }
1847
1848 @ARTICLE{Bahi1998,
1849   author = {Jacques M. Bahi},
1850   title = {Algorithmes paralleles asynchrones pour les systemes singuliers},
1851   journal = {Comptes Rendus de l'Academie des Sciences},
1852   year = {1998},
1853   volume = {t. 326, serie 1},
1854   pages = {1421--1425},
1855   owner = {guyeux},
1856   timestamp = {2009.01.18}
1857 }
1858
1859 @PHDTHESIS{bahi98,
1860   author = {Jacques M. Bahi},
1861   title = {Méthodes itératives dans des espaces produits. Application au calcul
1862         parall\`{e}le},
1863   school = {Université de Franche-Comté},
1864   year = {1998},
1865   type = {Habilitation à diriger des recherches},
1866   owner = {christophe},
1867   timestamp = {2010.08.24}
1868 }
1869
1870 @PHDTHESIS{bahi91,
1871   author = {Jacques M. Bahi},
1872   title = {Algorithmes asynchrones pour des syst\`{e}mes différentiels-algébriques.
1873         Simulation numérique sur des exemples de circuits électriques},
1874   school = {Université de Franche-Comté},
1875   year = {1991},
1876   owner = {christophe},
1877   timestamp = {2010.08.24}
1878 }
1879
1880 @ARTICLE{guyeux:hal-00795127,
1881   author = {Bahi, Jacques M. and Bienia, Wojciech and C{\^o}t{\'e}, Nathalie
1882         and Guyeux, Christophe},
1883   title = {{Is protein folding problem really a NP-complete one ? First investigations}},
1884   journal = {arXiv:1306.1372},
1885   year = {2012},
1886   month = Oct,
1887   note = {Submitted to Journal of Bioinformatics and Computational Biology
1888         (Elsevier)},
1889   abstract = {{To determine the 3D conformation of proteins is a necessity to understand
1890         their functions or interactions with other molecules. It is commonly
1891         admitted that, when proteins fold from their primary linear structures
1892         to their final 3D conformations, they tend to choose the ones that
1893         minimize their free energy. To find the 3D conformation of a protein
1894         knowing its amino acid sequence, bioinformaticians use various models
1895         of different resolutions and artificial intelligence tools, as the
1896         protein folding prediction problem is a NP complete one. More precisely,
1897         to determine the backbone structure of the protein using the low
1898         resolution models (2D HP square and 3D HP cubic), by finding the
1899         conformation that minimize free energy, is intractable exactly. Both
1900         the proof of NP-completeness and the 2D prediction consider that
1901         acceptable conformations have to satisfy a self-avoiding walk (SAW)
1902         requirement, as two different amino acids cannot occupy a same position
1903         in the lattice. It is shown in this document that the SAW requirement
1904         considered when proving NP-completeness is different from the SAW
1905         requirement used in various prediction programs, and that they are
1906         different from the real biological requirement. Indeed, the proof
1907         of NP completeness and the predictions in silico consider conformations
1908         that are not possible in practice. Consequences of this fact are
1909         investigated in this research work.}},
1910   affiliation = {D{\'e}partement d'Informatique des Syst{\`e}mes Complexes - FEMTO-ST/DISC
1911         , Laboratoire Chrono-environnement , Laboratoire des sciences pour
1912         la conception, l'optimisation et la production - G-SCOP},
1913   keywords = {Protein folding problem, Self-Avoiding Walk requirement, NP-completeness,
1914         Graph theory, Pivot moves},
1915   language = {Anglais},
1916   pdf = {http://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00795127/PDF/saw.pdf},
1917   url = {http://arxiv.org/abs/1306.1372}
1918 }
1919
1920 @ARTICLE{bcv06:ij,
1921   author = {Jacques M. Bahi and Sylvain Contassot-Vivier},
1922   title = {Basins of attraction in fully asynchronous discrete-time discrete-state
1923         dynamic networks},
1924   journal = {IEEE Transactions on Neural Networks},
1925   year = {2006},
1926   volume = {17},
1927   pages = {397--408},
1928   number = {2},
1929   inhal = {no},
1930   owner = {guyeux},
1931   timestamp = {2009.12.04}
1932 }
1933
1934 @ARTICLE{Bahi2002,
1935   author = {J.~M. Bahi and S. Contassot-Vivier},
1936   title = {Stability of fully asynchronous discrete-time discrete state dynamic
1937         networks},
1938   journal = {IEEE Transactions on Neural Networks},
1939   year = {2002},
1940   volume = {13(6)},
1941   pages = {1353-1363},
1942   owner = {guyeux},
1943   timestamp = {2009.02.14}
1944 }
1945
1946 @ARTICLE{DBLP:journals/corr/abs-1112-5239,
1947   author = {Jacques M. Bahi and Rapha{\"e}l Couturier and Christophe Guyeux and
1948         Pierre-Cyrille H{\'e}am},
1949   title = {Efficient and Cryptographically Secure Generation of Chaotic Pseudorandom
1950         Numbers on GPU},
1951   journal = {CoRR},
1952   year = {2011},
1953   volume = {abs/1112.5239},
1954   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
1955   ee = {http://arxiv.org/abs/1112.5239}
1956 }
1957
1958 @ARTICLE{articleTheoreme,
1959   author = {Bahi, Jacques M. and Giorgetti, Alain and Guyeux, Christophe},
1960   title = {Unfoldable self-avoiding walks are infinite. {C}onsequences for the
1961         protein structure prediction problem},
1962   journal = {arXiv.org},
1963   year = {2013},
1964   eprint = {arXiv},
1965   numpages = {17}
1966 }
1967
1968 @ARTICLE{2010arXiv1005.0704B,
1969   author = {Jacques M. Bahi and C. Guyeux},
1970   title = {{A chaos-based approach for information hiding security}},
1971   journal = {ArXiv e-prints},
1972   year = {2010},
1973   month = may,
1974   adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System},
1975   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2010arXiv1005.0704B},
1976   archiveprefix = {arXiv},
1977   eprint = {1005.0704},
1978   keywords = {Computer Science - Cryptography and Security}
1979 }
1980
1981 @ARTICLE{guyeux09,
1982   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe},
1983   title = {Hash Functions Using Chaotic Iterations},
1984   journal = {Journal of Algorithms \& Computational Technology},
1985   year = {2010},
1986   volume = {4},
1987   pages = {167--181},
1988   number = {2},
1989   classement = {ACLNI},
1990   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1991   equipe = {and},
1992   impact-factor = {#},
1993   inhal = {no},
1994   isi-acro = {#}
1995 }
1996
1997 @INPROCEEDINGS{guyeux10,
1998   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe},
1999   title = {Topological chaos and chaotic iterations, application to Hash functions},
2000   booktitle = {WCCI'10, IEEE World Congress on Computational Intelligence},
2001   year = {2010},
2002   pages = {1--7},
2003   address = {Barcelona, Spain},
2004   month = jul,
2005   note = {Best paper award},
2006   classement = {ACTI},
2007   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
2008   equipe = {and},
2009   inhal = {no}
2010 }
2011
2012 @MISC{ih10,
2013   author = {Jacques M. Bahi and Christophe Guyeux},
2014   title = {A chaos-based approach for information hiding security.},
2015   howpublished = {arXiv},
2016   month = {April},
2017   year = {2010},
2018   institution = {Computer Science Laboratory LIFC, University of Franche-Comte, France}
2019 }
2020
2021 @ARTICLE{arxiv,
2022   author = {Jacques M. Bahi and Christophe Guyeux},
2023   title = {A watermarking algorithm satisfying topological chaos properties},
2024   journal = {CoRR},
2025   year = {2008},
2026   volume = {abs/0810.4713},
2027   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
2028   ee = {http://arxiv.org/abs/0810.4713}
2029 }
2030
2031 @ARTICLE{Bahi2008,
2032   author = {Jacques M. Bahi and Christophe Guyeux},
2033   title = {Chaotic iterations and topological chaos},
2034   year = {2008},
2035   abstract = {Chaotic iterations have been introduced on the one hand by Chazan,
2036         Miranker [5] and Miellou [9] in a numerical analysis context, and
2037         on the other hand by Robert [11] and Pellegrin [10] in the discrete
2038         dynamical systems framework. In both cases, the objective was to
2039         derive conditions of convergence of such iterations to a fixed state.
2040         In this paper, a new point of view is presented, the goal here is
2041         to derive conditions under which chaotic iterations admit a chaotic
2042         behaviour in a rigorous mathematical sense. Contrary to what has
2043         been studied in the literature, convergence is not desired. More
2044         precisely, we establish in this paper a link between the concept
2045         of chaotic iterations on a finite set and the notion of topological
2046         chaos [8], [6], [7]. We are motivated by concrete applications of
2047         our approach, such as the use of chaotic boolean iterations in the
2048         computer security field. Indeed, the concept of chaos is used in
2049         many areas of data security without real rigorous theoretical foundations,
2050         and without using the fundamental properties that allow chaos. The
2051         wish of this paper is to bring a bit more mathematical rigour in
2052         this field.},
2053   citeseerurl = {\href{http://arxiv.org/abs/0810.3154v1}{arXiv:0810.3154}},
2054   comment = {arXiv},
2055   comments = {6 pages},
2056   eprint = {\href{http://arxiv.org/abs/0810.3154v1}{arXiv:0810.3154}},
2057   oai2identifier = {0810.3154},
2058   owner = {guyeux},
2059   timestamp = {2008.10.23},
2060   url = {\href{http://arxiv.org/abs/0810.3154v1}{arXiv:0810.3154}}
2061 }
2062
2063 @UNPUBLISHED{scientificWorld,
2064   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe and Makhoul, Abdallah},
2065   title = {A Security Framework for Wireless Sensor Networks: Theory and Practice},
2066   note = {Submitted to The Scientific World Journal},
2067   owner = {tof},
2068   timestamp = {2013.09.20}
2069 }
2070
2071 @ARTICLE{articleCalculs,
2072   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe and Mazouzi, Kamel and Philippe,
2073         Laurent},
2074   title = {Computational investigations of folded self-avoiding walks related
2075         to protein folding},
2076   journal = {Computational Biology and Chemistry (Elsevier)},
2077   year = {2013},
2078   note = {Accepted paper, to appear},
2079   eprint = {arXiv}
2080 }
2081
2082 @ARTICLE{articleGeneral,
2083   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe and Nicod, Jean-Marc and
2084         Philippe, Laurent},
2085   title = {Protein structure prediction software generate two different sets
2086         of conformations. {O}r the study of unfolded self-avoiding walks},
2087   journal = {arXiv:1306.1439},
2088   year = {2013},
2089   note = {Submitted to Computational Biology and Chemistry (Elsevier)},
2090   eprint = {arXiv},
2091   numpages = {24}
2092 }
2093
2094 @UNPUBLISHED{unpubBGAbis,
2095   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe and Perasso, Antoine},
2096   title = {Relaxing the Symmetric Hypothesis in Genome Evolutionary Models},
2097   note = {Journal of Biological Systems},
2098   owner = {tof},
2099   timestamp = {2013.09.22}
2100 }
2101
2102 @UNPUBLISHED{unpubbgp,
2103   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe and Perasso, Antoine},
2104   title = {Chaos in DNA Evolution},
2105   note = {Submitted to International Journal of Biomathematics},
2106   owner = {tof},
2107   timestamp = {2013.09.22}
2108 }
2109
2110 @ARTICLE{BahiGP12,
2111   author = {Jacques M. Bahi and Christophe Guyeux and Antoine Perasso},
2112   title = {Predicting the Evolution of two Genes in the Yeast Saccharomyces
2113         Cerevisiae},
2114   journal = {Procedia CS},
2115   year = {2012},
2116   volume = {11},
2117   pages = {4-16},
2118   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
2119   ee = {http://dx.doi.org/10.1016/j.procs.2012.09.002}
2120 }
2121
2122 @ARTICLE{arxivRNNchaos,
2123   author = {Jacques M. Bahi and Christophe Guyeux and Michel Salomon},
2124   title = {Building a Chaotic Proved Neural Network},
2125   journal = {CoRR},
2126   year = {2011},
2127   volume = {abs/1101.4351},
2128   ee = {http://arxiv.org/abs/1101.4351}
2129 }
2130
2131 @INPROCEEDINGS{guyeuxTaiwan10,
2132   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe and Wang, Qianxue},
2133   title = {Improving random number generators by chaotic iterations. {A}pplication
2134         in data hiding},
2135   booktitle = {ICCASM 2010, Int. Conf. on Computer Application and System Modeling},
2136   year = {2010},
2137   pages = {V13-643--V13-647},
2138   address = {Taiyuan, China},
2139   month = oct,
2140   classement = {ACTI},
2141   doi = {10.1109/ICCASM.2010.5622199},
2142   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
2143   equipe = {and},
2144   inhal = {no},
2145   url = {http://dx.doi.org/10.1109/ICCASM.2010.5622199}
2146 }
2147
2148 @ARTICLE{Bahi2009,
2149   author = {Jacques M Bahi and Christian J Michel},
2150   title = {A stochastic model of gene evolution with time dependent pseudochaotic
2151         mutations.},
2152   journal = {Bull Math Biol},
2153   year = {2009},
2154   volume = {71},
2155   pages = {681--700},
2156   number = {3},
2157   month = {Apr},
2158   abstract = {We develop here a new class of stochastic models of gene evolution
2159         in which a random subset of the 64 possible trinucleotides mutates
2160         at each evolutionary time t according to some time dependent substitution
2161         probabilities. Therefore, at each time t, the numbers and the types
2162         of mutable trinucleotides are unknown. Thus, the mutation matrix
2163         changes at each time t. This pseudochaotic model developed generalizes
2164         the standard model in which all the trinucleotides mutate at each
2165         time t. It determines the occurrence probabilities at time t of trinucleotides
2166         which pseudochaotically mutate according to 3 time dependent substitution
2167         parameters associated with the 3 trinucleotide sites. The main result
2168         proves that under suitable assumptions, this pseudochaotic model
2169         converges to a uniform probability vector identical to that of the
2170         standard model. Furthermore, an application of this pseudochaotic
2171         model allows an evolutionary study of the 3 circular codes identified
2172         in both eukaryotic and prokaryotic genes. A circular code is a particular
2173         set of trinucleotides whose main property is the retrieval of the
2174         frames in genes locally, i.e., anywhere in genes and particularly
2175         without start codons, and automatically with a window of a few nucleotides.
2176         After a certain evolutionary time and with particular time dependent
2177         functions for the 3 substitution parameters, precisely an exponential
2178         decrease in the 1st and 2nd trinucleotide sites and an exponential
2179         increase in the 3rd one, this pseudochaotic model retrieves the main
2180         statistical properties of the 3 circular codes observed in genes.
2181         Furthermore, it leads to a circular code asymmetry stronger than
2182         the standard model (nonpseudochaotic) and, therefore, to a better
2183         correlation with the genes.},
2184   doi = {10.1007/s11538-008-9376-4},
2185   institution = {LIFC-EA 4157, Université de Franche-Comté, IUT de Belfort, BP 527,
2186         90016, Belfort Cedex, France. jacques.bahi@univ-fcomte.fr},
2187   keywords = {Evolution, Molecular; Genes; Models, Genetic; Mutation; Stochastic
2188         Processes},
2189   language = {eng},
2190   medline-pst = {ppublish},
2191   owner = {guyeux},
2192   pmid = {19198957},
2193   timestamp = {2011.05.05},
2194   url = {http://dx.doi.org/10.1007/s11538-008-9376-4}
2195 }
2196
2197 @ARTICLE{Bahi2008a,
2198   author = {Jacques M Bahi and Christian J Michel},
2199   title = {A stochastic model of gene evolution with chaotic mutations.},
2200   journal = {J Theor Biol},
2201   year = {2008},
2202   volume = {255},
2203   pages = {53--63},
2204   number = {1},
2205   month = {Nov},
2206   abstract = {We develop here a new class of stochastic models of gene evolution
2207         in which the mutations are chaotic, i.e. a random subset of the 64
2208         possible trinucleotides mutates at each evolutionary time t according
2209         to some substitution probabilities. Therefore, at each time t, the
2210         numbers and the types of mutable trinucleotides are unknown. Thus,
2211         the mutation matrix changes at each time t. The chaotic model developed
2212         generalizes the standard model in which all the trinucleotides mutate
2213         at each time t. It determines the occurrence probabilities at time
2214         t of trinucleotides which chaotically mutate according to three substitution
2215         parameters associated with the three trinucleotide sites. Two theorems
2216         prove that this chaotic model has a probability vector at each time
2217         t and that it converges to a uniform probability vector identical
2218         to that of the standard model. Furthermore, four applications of
2219         this chaotic model (with a uniform random strategy for the 64 trinucleotides
2220         and with a particular strategy for the three stop codons) allow an
2221         evolutionary study of the three circular codes identified in both
2222         eukaryotic and prokaryotic genes. A circular code is a particular
2223         set of trinucleotides whose main property is the retrieval of the
2224         frames in genes locally, i.e. anywhere in genes and particularly
2225         without start codons, and automatically with a window of a few nucleotides.
2226         After a certain evolutionary time and with particular values for
2227         the three substitution parameters, the chaotic models retrieve the
2228         main statistical properties of the three circular codes observed
2229         in genes. These applications also allow an evolutionary comparison
2230         between the standard and chaotic models.},
2231   doi = {10.1016/j.jtbi.2008.07.028},
2232   institution = {LIFC-EA 4157, Université de Franche-Comté, IUT de Belfort, BP 527,
2233         90016 Belfort Cedex, France. jacques.bahi@univ-fcomte.fr},
2234   keywords = {Animals; Computer Simulation; DNA, Circular, genetics; Evolution,
2235         Molecular; Genetic Code; Models, Genetic; Mutation; Nonlinear Dynamics;
2236         Stochastic Processes; Time},
2237   language = {eng},
2238   medline-pst = {ppublish},
2239   owner = {guyeux},
2240   pii = {S0022-5193(08)00395-0},
2241   pmid = {18706428},
2242   timestamp = {2011.05.05},
2243   url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.jtbi.2008.07.028}
2244 }
2245
2246 @ARTICLE{Bahi2008bis,
2247   author = {Bahi, J. M. and Michel, C. J.},
2248   title = {A stochastic model of gene evolution with chaotic mutations},
2249   journal = {Journal of Theoretical Biology},
2250   year = {2008},
2251   volume = {255},
2252   pages = {53-63},
2253   owner = {guyeux},
2254   timestamp = {2009.01.10}
2255 }
2256
2257 @ARTICLE{Bahi2004,
2258   author = {Jacques M Bahi and Christian J Michel},
2259   title = {A stochastic gene evolution model with time dependent mutations.},
2260   journal = {Bull Math Biol},
2261   year = {2004},
2262   volume = {66},
2263   pages = {763--778},
2264   number = {4},
2265   month = {Jul},
2266   abstract = {We develop here a new class of gene evolution models in which the
2267         nucleotide mutations are time dependent. These models allow to study
2268         nonlinear gene evolution by accelerating or decelerating the mutation
2269         rates at different evolutionary times. They generalize the previous
2270         ones which are based on constant mutation rates. The stochastic model
2271         developed in this class determines at some time t the occurrence
2272         probabilities of trinucleotides mutating according to 3 time dependent
2273         substitution parameters associated with the 3 trinucleotide sites.
2274         Therefore, it allows to simulate the evolution of the circular code
2275         recently observed in genes. By varying the class of function for
2276         the substitution parameters, 1 among 12 models retrieves after mutation
2277         the statistical properties of the observed circular code in the 3
2278         frames of actual genes. In this model, the mutation rate in the 3rd
2279         trinucleotide site increases during gene evolution while the mutation
2280         rates in the 1st and 2nd sites decrease. This property agrees with
2281         the actual degeneracy of the genetic code. This approach can easily
2282         be generalized to study evolution of motifs of various lengths, e.g.,
2283         dicodons, etc., with time dependent mutations.},
2284   doi = {10.1016/j.bulm.2003.10.004},
2285   institution = {LIFC - FRE CNRS 2661, IUT de Belfort, Université de Franche-Comté,
2286         BP 527, 90016 Belfort Cédex, France. bahi@iut-bm.univ-fcomte.fr},
2287   keywords = {Codon, genetics; Evolution, Molecular; Genes, genetics; Genetic Code,
2288         genetics; Models, Genetic; Mutation; Stochastic Processes},
2289   language = {eng},
2290   medline-pst = {ppublish},
2291   owner = {guyeux},
2292   pii = {S0092824003001174},
2293   pmid = {15210317},
2294   timestamp = {2011.05.05},
2295   url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.bulm.2003.10.004}
2296 }
2297
2298 @INCOLLECTION{BSP96,
2299   author = {Bakhtiari, S. and Safavi-Naini, R. and Pieprzyk, J.},
2300   title = {Keyed hash functions},
2301   booktitle = {Cryptography: Policy and Algorithms},
2302   publisher = springer,
2303   year = {1996},
2304   volume = {1029},
2305   series = lncs,
2306   pages = {201-214},
2307   affiliation = {University of Wollongong Centre for Computer Security Research Department
2308         of Computer Science 2522 Wollongong NSW Australia 2522 Wollongong
2309         NSW Australia}
2310 }
2311
2312 @ARTICLE{Banks92,
2313   author = {J. Banks and J. Brooks and G. Cairns and P. Stacey},
2314   title = {On {D}evaney's Definition of Chaos},
2315   journal = {Amer. Math. Monthly},
2316   year = {1992},
2317   volume = {99},
2318   pages = {332--334},
2319   keywords = {(c+),},
2320   owner = {guyeux},
2321   timestamp = {27/01/2008}
2322 }
2323
2324 @INPROCEEDINGS{barbier08practical,
2325   author = {J. Barbier and S. Alt},
2326   title = {Practical Insecurity for Effective Steganalysis.},
2327   booktitle = {Proc. of Information Hiding, 10th International Workshop, IH 2008},
2328   year = {2008},
2329   volume = {5284},
2330   series = {Lecture Notes in Computer Science},
2331   pages = {195--2008},
2332   address = {Santa Barbara, (CA) USA},
2333   month = MAY,
2334   publisher = {Springer}
2335 }
2336
2337 @INPROCEEDINGS{barbier09securite,
2338   author = {J. Barbier and S. Alt and E. Mayer},
2339   title = {Modèles de Sécurité en Stéganographie.},
2340   booktitle = {Proc. of Workshop Interdisciplinaire sur la Sécurité Globale, WISG'09},
2341   year = {2009},
2342   address = {Troyes, France},
2343   month = JAN
2344 }
2345
2346 @ARTICLE{barbier06features,
2347   author = {J. Barbier and \'E. Filiol and K. Mayoura},
2348   title = {New Features for Specific \textsc{JPEG} Steganalysis.},
2349   year = {2006},
2350   volume = {2},
2351   pages = {119-124},
2352   number = {3},
2353   paper = {International paper of Applied Mathematics and Computer Sciences}
2354 }
2355
2356 @INPROCEEDINGS{barbier08nonmalleable,
2357   author = {J. Barbier and E. Mayer},
2358   title = {Non-malleable Schemes Resisting Adaptive Adversaries.},
2359   booktitle = {Proc. of Digital Watermarking, 7th International Workshop, IWDW 2008},
2360   year = {2008},
2361   series = {Lecture Notes in Computer Science},
2362   address = {Busan, Korea},
2363   month = NOV,
2364   publisher = {Springer}
2365 }
2366
2367 @MISC{Nist10,
2368   author = {E. Barker and A. Roginsky},
2369   title = {DRAFT {N}{I}{S}{T} Special Publication 800-131 Recommendation for
2370         the Transitioning of Cryptographic Algorithms and Key Sizes},
2371   year = {2010},
2372   owner = {christophe},
2373   timestamp = {2010.08.18}
2374 }
2375
2376 @ARTICLE{BarniBF03,
2377   author = {Mauro Barni and Franco Bartolini and Teddy Furon},
2378   title = {A general framework for robust watermarking security},
2379   journal = {Signal Processing},
2380   year = {2003},
2381   volume = {83},
2382   pages = {2069-2084},
2383   number = {10},
2384   note = {Special issue on Security of Data Hiding Technologies, invited paper},
2385   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
2386   ee = {http://dx.doi.org/10.1016/S0165-1684(03)00168-3},
2387   owner = {guyeux},
2388   timestamp = {2009.06.30}
2389 }
2390
2391 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/ih/BasFP11,
2392   author = {P. Bas and T. Filler and T. Pevn\'{y}},
2393   title = {Break Our Steganographic System --- the ins and outs of organizing
2394         BOSS},
2395   booktitle = {Information Hiding, 13th International Workshop},
2396   year = {2011},
2397   editor = {T. Filler},
2398   series = {Lecture Notes in Computer Science},
2399   address = {Prague, Czech Republic},
2400   month = {May 18--20,},
2401   publisher = {Springer-Verlag, New York},
2402   owner = {nicolas},
2403   timestamp = {2012.01.10}
2404 }
2405
2406 @ARTICLE{Baudet78,
2407   author = {Baudet, G\'{e}rard M.},
2408   title = {Asynchronous Iterative Methods for Multiprocessors},
2409   journal = {J. ACM},
2410   year = {1978},
2411   volume = {25},
2412   pages = {226--244},
2413   number = {2},
2414   address = {New York, NY, USA},
2415   doi = {http://doi.acm.org/10.1145/322063.322067},
2416   issn = {0004-5411},
2417   publisher = {ACM}
2418 }
2419
2420 @PHDTHESIS{Baz98,
2421   author = {Didier El Baz},
2422   title = {Contribution à l'algorithmique parall\`{e}le. Le concept d'asynchronisme
2423         : étude théorique, mise en œuvre, et application},
2424   school = {Institut national polytechnique de Toulouse},
2425   year = {1998},
2426   type = {Habilitation à diriger des recherches},
2427   owner = {christophe},
2428   timestamp = {2010.08.24}
2429 }
2430
2431 @ARTICLE{Beaton12,
2432   author = {Beaton, Nicholas R. and Flajolet, Philippe and Garoni, Timothy M.
2433         and Guttmann, Anthony J.},
2434   title = {Some New Self-avoiding Walk and Polygon Models},
2435   journal = {Fundam. Inf.},
2436   year = {2012},
2437   volume = {117},
2438   pages = {19--33},
2439   number = {1-4},
2440   month = jan,
2441   acmid = {2385107},
2442   address = {Amsterdam, The Netherlands, The Netherlands},
2443   issn = {0169-2968},
2444   issue_date = {January 2012},
2445   numpages = {15},
2446   publisher = {IOS Press},
2447   url = {http://dl.acm.org/citation.cfm?id=2385103.2385107}
2448 }
2449
2450 @ARTICLE{bhr09c:bl,
2451   author = {Benoit, Anne and Hakem, Mourad and Robert, Yves},
2452   title = {Contention awareness and fault-tolerant scheduling for precedence
2453         constrained tasks in heterogeneous systems},
2454   journal = {Parallel Computing},
2455   year = {2009},
2456   volume = {35},
2457   pages = {83--108},
2458   number = {2},
2459   classement = {*},
2460   doi = {10.1016/j.parco.2008.11.001},
2461   equipe = {and},
2462   inhal = {no},
2463   url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.parco.2008.11.001}
2464 }
2465
2466 @INPROCEEDINGS{bhr08b:bl,
2467   author = {Benoit, Anne and Hakem, Mourad and Robert, Yves},
2468   title = {Fault tolerant scheduling of precedence task graphs on heterogeneous
2469         platforms},
2470   booktitle = {IPDPS'08},
2471   year = {2008},
2472   pages = {1--8},
2473   publisher = {IEEE Computer Society Press},
2474   classement = {*},
2475   equipe = {and},
2476   inhal = {no}
2477 }
2478
2479 @INPROCEEDINGS{Berger1998,
2480   author = {Berger, Bonnie and Leighton, Tom},
2481   title = {Protein folding in the hydrophobic-hydrophilic (HP) is NP-complete},
2482   booktitle = {Proceedings of the second annual international conference on Computational
2483         molecular biology},
2484   year = {1998},
2485   series = {RECOMB '98},
2486   pages = {30--39},
2487   address = {New York, NY, USA},
2488   publisher = {ACM},
2489   acmid = {279080},
2490   doi = {10.1145/279069.279080},
2491   isbn = {0-89791-976-9},
2492   location = {New York, New York, United States},
2493   numpages = {10},
2494   url = {http://doi.acm.org/10.1145/279069.279080}
2495 }
2496
2497 @INPROCEEDINGS{Berger98,
2498   author = {Berger, Bonnie and Leighton, Tom},
2499   title = {Protein folding in the hydrophobic-hydrophilic (HP) is NP-complete},
2500   booktitle = {Proceedings of the second annual international conference on Computational
2501         molecular biology},
2502   year = {1998},
2503   series = {RECOMB '98},
2504   pages = {30--39},
2505   address = {New York, NY, USA},
2506   publisher = {ACM},
2507   acmid = {279080},
2508   isbn = {0-89791-976-9},
2509   location = {New York, New York, United States},
2510   numpages = {10}
2511 }
2512
2513 @BOOK{Bertsekas89,
2514   title = {Parallel and distributed computation: numerical methods},
2515   publisher = {Prentice-Hall, Inc.},
2516   year = {1989},
2517   author = {Bertsekas, Dimitri P. and Tsitsiklis, John N.},
2518   address = {Upper Saddle River, NJ, USA},
2519   isbn = {0-13-648700-9}
2520 }
2521
2522 @MISC{Bertsekas88paralleland,
2523   author = {Dimitri P. Bertsekas and John N. Tsitsiklis},
2524   title = {Parallel and distributed iterative algorithms: a selective survey},
2525   year = {1988}
2526 }
2527
2528 @BOOK{rain,
2529   title = {Advanced Statistical Steganalysis},
2530   publisher = {Springer Publishing Company, Incorporated},
2531   year = {2010},
2532   author = {Bhme, Rainer},
2533   edition = {1st},
2534   isbn = {3642143121, 9783642143120}
2535 }
2536
2537 @ARTICLE{textu,
2538   author = {Bin Li, Jiwu Huang, Yun Q. Shi},
2539   title = {Textual Features Based Universal Steganalysis},
2540   journal = {Security, Forensics, Steganography, and Watermarking of Multimedia
2541         Contents},
2542   year = {2008},
2543   optannote = {•},
2544   optkey = {•},
2545   optmonth = {•},
2546   optnote = {•},
2547   optnumber = {•},
2548   optpages = {•},
2549   optvolume = {•}
2550 }
2551
2552 @UNPUBLISHED{F.a,
2553   author = {F. Blanchard and E. Glasner and S. Kolyada and A.Maass},
2554   title = {On Li-Yorke pairs},
2555   note = {Preprint},
2556   optkey = {2000},
2557   owner = {guyeux},
2558   timestamp = {2008.01.02}
2559 }
2560
2561 @UNPUBLISHED{F.,
2562   author = {F. Blanchard and B. Host and S. Ruette},
2563   title = {Asymptotic pairs in positive-entropy systems},
2564   note = {Preprint},
2565   optannote = {to appear in Ergod. Th. Dynam. Sys.},
2566   optkey = {2000},
2567   owner = {guyeux},
2568   timestamp = {2008.01.02}
2569 }
2570
2571 @MISC{Herbert02,
2572   author = {H.L. Blitzer and J.Jacobia},
2573   title = {Forensic digital imaging and photography},
2574   owner = {tof},
2575   timestamp = {2012.09.05}
2576 }
2577
2578 @ARTICLE{10.1371/journal.pone.0052841,
2579   author = {Blouin, Yann AND Hauck, Yolande AND Soler, Charles AND Fabre, Michel
2580         AND Vong, Rithy AND Dehan, Céline AND Cazajous, Géraldine AND Massoure,
2581         Pierre-Laurent AND Kraemer, Philippe AND Jenkins, Akinbowale AND
2582         Garnotel, Eric AND Pourcel, Christine AND Vergnaud, Gilles},
2583   title = {Significance of the Identification in the Horn of Africa of an Exceptionally
2584         Deep Branching <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic> Clade},
2585   journal = {PLoS ONE},
2586   year = {2012},
2587   volume = {7},
2588   pages = {e52841},
2589   number = {12},
2590   month = {12},
2591   abstract = {<p>Molecular and phylogeographic studies have led to the definition
2592         within the <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic> complex (MTBC)
2593         of a number of geotypes and ecotypes showing a preferential geographic
2594         location or host preference. The MTBC is thought to have emerged
2595         in Africa, most likely the Horn of Africa, and to have spread worldwide
2596         with human migrations. Under this assumption, there is a possibility
2597         that unknown deep branching lineages are present in this region.
2598         We genotyped by spoligotyping and multiple locus variable number
2599         of tandem repeats (VNTR) analysis (MLVA) 435 MTBC isolates recovered
2600         from patients. Four hundred and eleven isolates were collected in
2601         the Republic of Djibouti over a 12 year period, with the other 24
2602         isolates originating from neighbouring countries. All major <italic>M.
2603         tuberculosis</italic> lineages were identified, with only two <italic>M.
2604         africanum</italic> and one <italic>M. bovis</italic> isolates. Upon
2605         comparison with typing data of worldwide origin we observed that
2606         several isolates showed clustering characteristics compatible with
2607         new deep branching. Whole genome sequencing (WGS) of seven isolates
2608         and comparison with available WGS data from 38 genomes distributed
2609         in the different lineages confirms the identification of ancestral
2610         nodes for several clades and most importantly of one new lineage,
2611         here referred to as lineage 7. Investigation of specific deletions
2612         confirms the novelty of this lineage, and analysis of its precise
2613         phylogenetic position indicates that the other three superlineages
2614         constituting the MTBC emerged independently but within a relatively
2615         short timeframe from the Horn of Africa. The availability of such
2616         strains compared to the predominant lineages and sharing very ancient
2617         ancestry will open new avenues for identifying some of the genetic
2618         factors responsible for the success of the modern lineages. Additional
2619         deep branching lineages may be readily and efficiently identified
2620         by large-scale MLVA screening of isolates from sub-Saharan African
2621         countries followed by WGS analysis of a few selected isolates.</p>},
2622   doi = {10.1371/journal.pone.0052841},
2623   publisher = {Public Library of Science},
2624   url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0052841}
2625 }
2626
2627 @ARTICLE{BBS,
2628   author = {Lenore Blum and Manuel Blum and Michael Shub},
2629   title = {A Simple Unpredictable Pseudo-Random Number Generator},
2630   journal = {SIAM Journal on Computing},
2631   year = {1986},
2632   volume = {15},
2633   pages = {364--383}
2634 }
2635
2636 @INPROCEEDINGS{Blum:1985:EPP:19478.19501,
2637   author = {Blum, Manuel and Goldwasser, Shafi},
2638   title = {An efficient probabilistic public key encryption scheme which hides
2639         all partial information},
2640   booktitle = {Proceedings of CRYPTO 84 on Advances in cryptology},
2641   year = {1985},
2642   pages = {289--302},
2643   address = {New York, NY, USA},
2644   publisher = {Springer-Verlag New York, Inc.},
2645   acmid = {19501},
2646   isbn = {0-387-15658-5},
2647   keywords = {chosen cyphertext attack, integer factorization, partial information,
2648         passive adversaries, probabilistic encryption},
2649   location = {Santa Barbara, California, United States},
2650   numpages = {14},
2651   url = {http://dl.acm.org/citation.cfm?id=19478.19501}
2652 }
2653
2654 @ARTICLE{Bohm1991375,
2655   author = {Gerald Böhm},
2656   title = {Protein folding and deterministic chaos: Limits of protein folding
2657         simulations and calculations},
2658   journal = {Chaos, Solitons \& Fractals},
2659   year = {1991},
2660   volume = {1},
2661   pages = {375 - 382},
2662   number = {4},
2663   doi = {DOI: 10.1016/0960-0779(91)90028-8},
2664   issn = {0960-0779},
2665   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/B6TJ4-46CBXVT-1X/2/370489c218e4c2732cd9b620ef50c696}
2666 }
2667
2668 @ARTICLE{BFibe,
2669   author = {Dan Boneh and Matt Franklin},
2670   title = {Identity-Based Encryption from the {Weil} Pairing},
2671   journal = {SIAM J. of Computing, extended abstract in CRYPTO'01},
2672   year = {2003},
2673   volume = {32},
2674   pages = {586-615},
2675   number = {3}
2676 }
2677
2678 @ARTICLE{80,
2679   author = {D. Boneh and E.-J. Goh and K. Nissim},
2680   title = {Evaluating 2-DNF Formulas on Ciphertexts},
2681   journal = {Theory of Cryptography, LNCS},
2682   year = {2005},
2683   pages = {325-341}
2684 }
2685
2686 @INCOLLECTION{boneh,
2687   author = {Boneh, Dan and Goh, Eu-Jin and Nissim, Kobbi},
2688   title = {Evaluating 2-DNF Formulas on Ciphertexts},
2689   year = {2005},
2690   pages = {325--341},
2691   abstract = {Let ψ be a 2-DNF formula on boolean variables x 1,..., x n ∈ {0,1}.
2692         We present a homomorphic public key encryption scheme that allows
2693         the public evaluation of ψ given an encryption of the variables x
2694         1,..., x n. In other words, given the encryption of the bits x 1,...,
2695         x n, anyone can create the encryption of ψ( x 1,..., x n). More generally,
2696         we can evaluate quadratic multi-variate polynomials on ciphertexts
2697         provided the resulting value falls within a small set. We present
2698         a number of applications of the system: 1 In a database of size n,
2699         the total communication in the basic step of the Kushilevitz-Ostrovsky
2700         PIR protocol is reduced from to . 2 An efficient election system
2701         based on homomorphic encryption where voters do not need to include
2702         non-interactive zero knowledge proofs that their ballots are valid.
2703         The election system is proved secure without random oracles but still
2704         efficient. 3 A protocol for universally verifiable computation.},
2705   citeulike-article-id = {2719460},
2706   citeulike-linkout-0 = {http://www.springerlink.com/content/wtt5caxkr94laxkg},
2707   journal = {Theory of Cryptography},
2708   keywords = {homomorphic, pairings},
2709   posted-at = {2008-04-25 21:53:15},
2710   priority = {2},
2711   url = {http://www.springerlink.com/content/wtt5caxkr94laxkg}
2712 }
2713
2714 @ARTICLE{Bonneau01,
2715   author = {Bonneau, Richard and Baker, David},
2716   title = {AB INITIO PROTEIN STRUCTURE PREDICTION: Progress and Prospects},
2717   journal = {Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure},
2718   year = {2001},
2719   volume = {30},
2720   pages = {173-189},
2721   number = {1},
2722   doi = {10.1146/annurev.biophys.30.1.173}
2723 }
2724
2725 @ARTICLE{bora,
2726   author = {Bora Park, Jungheum Park, Sangjin Lee},
2727   title = {Data Concealment and detection in Microsoft Office 2007 files},
2728   journal = {Digital Investigation},
2729   year = {2009},
2730   optannote = {•},
2731   optkey = {•},
2732   optmonth = {•},
2733   optnote = {•},
2734   optnumber = {•},
2735   optpages = {•},
2736   optvolume = {•}
2737 }
2738
2739 @INPROCEEDINGS{Bornberg-Bauer:1997:CGA:267521.267528,
2740   author = {Bornberg-Bauer, Erich},
2741   title = {Chain growth algorithms for HP-type lattice proteins},
2742   booktitle = {Proceedings of the first annual international conference on Computational
2743         molecular biology},
2744   year = {1997},
2745   series = {RECOMB '97},
2746   pages = {47--55},
2747   address = {New York, NY, USA},
2748   publisher = {ACM},
2749   acmid = {267528},
2750   doi = {10.1145/267521.267528},
2751   isbn = {0-89791-882-7},
2752   keywords = {chain growth algorithm, cotranslational foldability, lattice models,
2753         look ahead, protein folding},
2754   location = {Santa Fe, New Mexico, United States},
2755   numpages = {9},
2756   url = {http://doi.acm.org/10.1145/267521.267528}
2757 }
2758
2759 @ARTICLE{Bowen,
2760   author = {R. Bowen},
2761   title = {Entropy for group endomorphisms and homogeneous spaces},
2762   journal = {Trans. Amer. Math. Soc.},
2763   year = {1971},
2764   volume = {153},
2765   pages = {401-414},
2766   owner = {guyeux},
2767   timestamp = {15/02/2008}
2768 }
2769
2770 @ARTICLE{Bowen1971,
2771   author = {R. Bowen},
2772   title = {Periodic points and measures for Axiom A diffeomorphisms},
2773   journal = {Trans. Amer. Math. Soc.},
2774   year = {1971},
2775   volume = {154},
2776   pages = {377-397},
2777   owner = {guyeux},
2778   timestamp = {15/02/2008}
2779 }
2780
2781 @UNPUBLISHED{unpubHocquet,
2782   author = {Br\'echet, Caroline and Plantin, Julie and Sauget, Marl\`ene and
2783         Thouverez, Michelle and Cholley, Pascal and Guyeux, Christophe and
2784         Hocquet, Didier and Bertrand, Xavier},
2785   title = {The wastewater treatment plant's outflow and sludge release ESBL-producing
2786         Escherichia coli in the environment.},
2787   note = {Submitted to Clinical infectious disease (30/09/13) 27 pages.},
2788   owner = {tof},
2789   timestamp = {2013.09.27}
2790 }
2791
2792 @ARTICLE{DBLP:journals/tdp/Bras-AmorosD08,
2793   author = {Maria Bras-Amor{\'o}s and Josep Domingo-Ferrer},
2794   title = {On Overlappings of Digitized Straight Lines and Shared Steganographic
2795         File Systems},
2796   journal = {Transactions on Data Privacy},
2797   year = {2008},
2798   volume = {1},
2799   pages = {131-139},
2800   number = {3},
2801   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
2802   ee = {http://www.tdp.cat/issues/abs.a011a08.php}
2803 }
2804
2805 @ARTICLE{Braxenthaler97,
2806   author = {Michael Braxenthaler and R. Ron Unger and Ditza Auerbach and John
2807         Moult},
2808   title = {Chaos in protein dynamics},
2809   journal = {Proteins-structure Function and Bioinformatics},
2810   year = {1997},
2811   volume = {29},
2812   pages = {417--425},
2813   doi = {10.1002/(SICI)1097-0134(199712)29:4<417::AID-PROT2>3.3.CO;2-O},
2814   masid = {2824140}
2815 }
2816
2817 @MISC{google,
2818   author = {Brin, Sergey and Page, Larry},
2819   title = {Google},
2820   month = {May},
2821   year = {2012},
2822   note = {\texttt{http://www.google.com}}
2823 }
2824
2825 @MISC{googlePlus,
2826   author = {Brin, Sergey and Page, Larry},
2827   title = {Google+},
2828   month = {May},
2829   year = {2012},
2830   note = {\texttt{https://plus.google.com}}
2831 }
2832
2833 @INPROCEEDINGS{Brumley03remotetiming,
2834   author = {David Brumley and Dan Boneh},
2835   title = {Remote Timing Attacks are Practical},
2836   booktitle = {Proceedings of the 12th USENIX Security Symposium},
2837   year = {2003},
2838   pages = {1--14}
2839 }
2840
2841 @ARTICLE{Buchholz2004,
2842   author = {F. Buchholz and E. Spafford},
2843   title = {On the role of file system metadata in digital forensics},
2844   journal = {Digital Investigation},
2845   year = {2004},
2846   volume = {1},
2847   pages = {298--309},
2848   number = {4},
2849   owner = {tof},
2850   timestamp = {2012.09.05}
2851 }
2852
2853 @UNPUBLISHED{unpubclgb,
2854   author = {C\^ot\'e, Nathalie M.-L and Le Bailly, Matthieu and Guyeux, Christophe
2855         and Bahi, Jacques M.},
2856   title = {A molecular phylogeny of 33 Eucestoda species based on complete mitochondrial
2857         genomes},
2858   note = {Submitted to...},
2859   owner = {tof},
2860   timestamp = {2013.09.22}
2861 }
2862
2863 @INCOLLECTION{Cachin2004,
2864   author = {Cachin, Christian},
2865   title = {An Information-Theoretic Model for Steganography},
2866   booktitle = {Information Hiding},
2867   publisher = {Springer Berlin / Heidelberg},
2868   year = {1998},
2869   volume = {1525},
2870   series = {Lecture Notes in Computer Science},
2871   pages = {306-318},
2872   affiliation = {MIT Laboratory for Computer Science 545 Technology Square Cambridge
2873         MA 02139 USA}
2874 }
2875
2876 @ARTICLE{Yanli,
2877   author = {Yanli Cai and Wei Lou and Minglu Li and Xiang-Yang Li},
2878   title = {Target-Oriented Scheduling in Directional Sensor Networks},
2879   journal = {26th IEEE International Conference on Computer Communications, INFOCOM
2880         2007},
2881   year = {2007},
2882   pages = {1550-1558}
2883 }
2884
2885 @ARTICLE{77,
2886   author = {H. Cam and S. Ozdemir and P. Nair and D. Muthuavinashinappan and
2887         H. O. Sanli},
2888   title = {ESPDA: Energy-efficient secure pattern based data aggregation for
2889         wireless sensor networks.},
2890   journal = {Computer Communication journal (29)},
2891   year = {2006},
2892   pages = {446-455}
2893 }
2894
2895 @ARTICLE{Cam2006,
2896   author = {H. Cam and S. Ozdemir and P. Nair and D. Muthuavinashinappan and
2897         H. O. Sanli},
2898   title = {E{S}{P}{D}{A}: Energy-efficient secure pattern based data aggregation
2899         for wireless sensor networks.},
2900   journal = {Computer Communication Journal (29)},
2901   year = {2006},
2902   pages = {446-455}
2903 }
2904
2905 @ARTICLE{CarletCZ98,
2906   author = {Claude Carlet and Pascale Charpin and Victor Zinoviev},
2907   title = {Codes, Bent Functions and Permutations Suitable For DES-like Cryptosystems},
2908   journal = {Des. Codes Cryptography},
2909   year = {1998},
2910   volume = {15},
2911   pages = {125-156},
2912   number = {2},
2913   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de}
2914 }
2915
2916 @INPROCEEDINGS{Castelluccia05efficientaggregation,
2917   author = {Claude Castelluccia},
2918   title = {Efficient aggregation of encrypted data in wireless sensor networks},
2919   booktitle = {MobiQuitous},
2920   year = {2005},
2921   pages = {109--117},
2922   publisher = {IEEE Computer Society}
2923 }
2924
2925 @ARTICLE{Mykletun09,
2926   author = {C. Castelluccia and A. Chan and E. Mykletun and G. Tsudik},
2927   title = {Efficient and provably secure aggregation of encrypted data in wireless
2928         sensor networks},
2929   journal = {ACM Trans. Sen. Netw.},
2930   year = {2009},
2931   volume = {5},
2932   pages = {1--36},
2933   number = {3},
2934   address = {New York, NY, USA},
2935   doi = {http://doi.acm.org/10.1145/1525856.1525858},
2936   issn = {1550-4859},
2937   publisher = {ACM}
2938 }
2939
2940 @ARTICLE{Castelluccia:2009:EPS:1525856.1525858,
2941   author = {Castelluccia, Claude and Chan, Aldar C-F. and Mykletun, Einar and
2942         Tsudik, Gene},
2943   title = {Efficient and provably secure aggregation of encrypted data in wireless
2944         sensor networks},
2945   journal = {ACM Trans. Sen. Netw.},
2946   year = {2009},
2947   volume = {5},
2948   pages = {20:1--20:36},
2949   number = {3},
2950   month = jun,
2951   acmid = {1525858},
2952   address = {New York, NY, USA},
2953   articleno = {20},
2954   doi = {10.1145/1525856.1525858},
2955   issn = {1550-4859},
2956   issue_date = {May 2009},
2957   keywords = {Authentication, cryptography, privacy, pseudorandom functions, secure
2958         data aggregation, stream ciphers, wireless sensor networks},
2959   numpages = {36},
2960   publisher = {ACM},
2961   url = {http://doi.acm.org/10.1145/1525856.1525858}
2962 }
2963
2964 @ARTICLE{69,
2965   author = {C. Castelluccia and E. Mykletun and G. Tsudik},
2966   title = {Efficient aggregation of encrypted data in wireless sensor networks},
2967   journal = {Proc. of the 2nd Annual MobiQuitous},
2968   year = {2005},
2969   pages = {119-117}
2970 }
2971
2972 @ARTICLE{Castiglione2007,
2973   author = {A. Castiglione and A.D. Santis and C.Soriente},
2974   title = {Taking advantages of a disadvantage: Digital forensics and steganography
2975         using document metadata},
2976   journal = {Journal of Systems and Software},
2977   year = {2007},
2978   volume = {80},
2979   pages = {750--764},
2980   number = {5},
2981   owner = {tof},
2982   timestamp = {2012.09.05}
2983 }
2984
2985 @ARTICLE{Cayre2008,
2986   author = {Cayre, F. and Bas, P.},
2987   title = {Kerckhoffs-Based Embedding Security Classes for WOA Data Hiding},
2988   journal = {IEEE Transactions on Information Forensics and Security},
2989   year = {2008},
2990   volume = {3},
2991   pages = {1--15},
2992   number = {1},
2993   doi = {10.1109/TIFS.2007.916006},
2994   issn = {1556-6013},
2995   keywords = {cryptography, random sequences, spread spectrum communication, telecommunication
2996         security, watermarking, Kerckhoffs-based embedding security classes,
2997         WOA Data Hiding, pseudorandom sequences, spread-spectrum techniques,
2998         steganography security, watermark-only-attack, watermarking, Security,
2999         spread-spectrum (SS) watermarking},
3000   owner = {guyeux},
3001   timestamp = {2009.06.29}
3002 }
3003
3004 @ARTICLE{cayre2008kerckhoffs,
3005   author = {Cayre, Fran{\c{c}}ois and Bas, Patrick},
3006   title = {Kerckhoffs-based embedding security classes for woa data hiding},
3007   journal = {Information Forensics and Security, IEEE Transactions on},
3008   year = {2008},
3009   volume = {3},
3010   pages = {1--15},
3011   number = {1},
3012   publisher = {IEEE}
3013 }
3014
3015 @ARTICLE{Cayre2005,
3016   author = {Cayre, F. and Fontaine, C. and Furon, T.},
3017   title = {Watermarking security: theory and practice},
3018   journal = {IEEE Transactions on Signal Processing},
3019   year = {2005},
3020   volume = {53},
3021   pages = {3976--3987},
3022   number = {10},
3023   doi = {10.1109/TSP.2005.855418},
3024   issn = {1053-587X},
3025   keywords = {blind source separation, cryptography, watermarking, Fisher information
3026         matrix, blind source separation, cryptanalysis, information theory,
3027         spread spectrum techniques, substitutive scheme, watermarking security,
3028         Blind source separation, Fisher information matrix, equivocation,
3029         security, watermarking},
3030   owner = {guyeux},
3031   timestamp = {2009.06.29}
3032 }
3033
3034 @ARTICLE{Chajakis91,
3035   author = {Chajakis, Emmanuel D. and Zenios, Stavros A.},
3036   title = {Synchronous and asynchronous implementations of relaxation algorithms
3037         for nonlinear network optimization},
3038   journal = {Parallel Comput.},
3039   year = {1991},
3040   volume = {17},
3041   pages = {873--894},
3042   number = {8},
3043   address = {Amsterdam, The Netherlands, The Netherlands},
3044   doi = {http://dx.doi.org/10.1016/S0167-8191(05)80072-9},
3045   issn = {0167-8191},
3046   publisher = {Elsevier Science Publishers B. V.}
3047 }
3048
3049 @ARTICLE{Chan2007,
3050   author = {Chan, Haowen and Perrig, Adrian and Przydatek, Bartosz and Song,
3051         Dawn},
3052   title = {SIA: Secure information aggregation in sensor networks},
3053   journal = {J. Comput. Secur.},
3054   year = {2007},
3055   volume = {15},
3056   pages = {69--102},
3057   number = {1},
3058   address = {Amsterdam, The Netherlands, The Netherlands},
3059   issn = {0926-227X},
3060   publisher = {IOS Press}
3061 }
3062
3063 @ARTICLE{Chandramouli06,
3064   author = {R. Chandramouli and S. Bapatla and K.P. Subbalakshmi},
3065   title = {Battery power-aware encryption},
3066   journal = {ACM transactions on information and system security},
3067   year = {2006},
3068   pages = {162--180},
3069   owner = {christophe},
3070   timestamp = {2010.07.31}
3071 }
3072
3073 @ARTICLE{68,
3074   author = {R. Chandramouli and S. Bapatla and K.P. Subbalakshmi and Chandramouli,
3075         R. and Bapatla, S. and Subbalakshmi, K. P. and Uma, R. N.},
3076   title = {Battery power-aware encryption},
3077   journal = {ACM Trans. Inf. Syst. Secur.},
3078   year = {2006},
3079   volume = {9},
3080   pages = {162--180},
3081   month = {May},
3082   acmid = {1151417},
3083   address = {New York, NY, USA},
3084   doi = {http://doi.acm.org/10.1145/1151414.1151417},
3085   issn = {1094-9224},
3086   issue = {2},
3087   keywords = {Low-power encryption, optimization, profiling},
3088   numpages = {19},
3089   publisher = {ACM},
3090   url = {http://doi.acm.org/10.1145/1151414.1151417}
3091 }
3092
3093 @ARTICLE{Charpin85,
3094   author = {Pascale Charpin},
3095   title = {A description of some extended cyclic codes with application to Reed-Solomon
3096         codes},
3097   journal = {Discrete Mathematics},
3098   year = {1985},
3099   volume = {56},
3100   pages = {117-124},
3101   number = {2-3},
3102   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
3103   ee = {http://dx.doi.org/10.1016/0012-365X(85)90019-6}
3104 }
3105
3106 @ARTICLE{CGOT10,
3107   author = {Cedric Chauve and Haris Gavranovic and Aida Ouangraoua and Eric Tannier},
3108   title = {Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational
3109         Methods II},
3110   journal = {Journal of Computational Biology},
3111   year = {2010},
3112   volume = {17},
3113   pages = {1097--1112},
3114   number = {9},
3115   month = sep,
3116   doi = {10.1089/cmb.2010.0092}
3117 }
3118
3119 @ARTICLE{Chazan69,
3120   author = {D. Chazan and W. Miranker},
3121   title = {Chaotic relaxation},
3122   journal = {Linear algebra and its applications},
3123   year = {1969},
3124   pages = {199-222},
3125   owner = {guyeux},
3126   timestamp = {2008.05.22}
3127 }
3128
3129 @INPROCEEDINGS{ChenS08,
3130   author = {Chunhua Chen and Yun Q. Shi},
3131   title = {JPEG image steganalysis utilizing both intrablock and interblock
3132         correlations},
3133   booktitle = {International Symposium on Circuits and Systems (ISCAS 2008), Seattle,
3134         Washington, USA},
3135   year = {2008},
3136   pages = {3029-3032},
3137   address = {Washington, DC},
3138   month = may,
3139   publisher = {IEEE Computer Society}
3140 }
3141
3142 @ARTICLE{Cheng05,
3143   author = {M. X. Cheng and L. Ruan and W. Wu},
3144   title = {Achieving minimum coverage breach under bandwidth constraints in
3145         wireless sensor networks},
3146   journal = {in IEEE INFOCOM},
3147   year = {2005}
3148 }
3149
3150 @ARTICLE{81,
3151   author = {J. Cheon and W.-H. Kim and H. Nam},
3152   title = {Known-plaintext cryptanalysis of the domingo ferrer algebraic privacy
3153         homomorphism scheme},
3154   journal = {Inf. Processing Letters},
3155   year = {2006},
3156   volume = {97},
3157   pages = {118-123},
3158   number = {3}
3159 }
3160
3161 @ARTICLE{Cheon2006,
3162   author = {Cheon, Jung Hee and Kim, Woo-Hwan and Nam, Hyun Soo},
3163   title = {Known-plaintext cryptanalysis of the {D}omingo-{F}errer algebraic
3164         privacy homomorphism scheme},
3165   journal = {Inf. Process. Lett.},
3166   year = {2006},
3167   volume = {97},
3168   pages = {118--123},
3169   number = {3},
3170   address = {Amsterdam, The Netherlands, The Netherlands},
3171   doi = {http://dx.doi.org/10.1016/j.ipl.2005.09.016},
3172   issn = {0020-0190},
3173   publisher = {Elsevier North-Holland, Inc.}
3174 }
3175
3176 @MISC{Cheon03acryptanalysis,
3177   author = {Jung Hee Cheon and Hyun Soo Nam},
3178   title = {A Cryptanalysis of the Original Domingo-Ferrer's Algebraic Privacy
3179         Homomorphism},
3180   year = {2003}
3181 }
3182
3183 @ARTICLE{Cheung05,
3184   author = {R.C.C. Cheung and N.J. Telle and W. Luk and P.Y.K. Cheung},
3185   title = {Secure encrypted-data aggregation for wireless sensor networks},
3186   journal = {IEEE Trans. on Very Large Scale Integration Systems},
3187   year = {2005},
3188   volume = {13},
3189   pages = {1048-1059},
3190   number = {9}
3191 }
3192
3193 @ARTICLE{Chivian2005,
3194   author = {Chivian, Dylan and Kim, David E. and Malmström, Lars and Schonbrun,
3195         Jack and Rohl, Carol A. and Baker, David},
3196   title = {Prediction of CASP6 structures using automated robetta protocols},
3197   journal = {Proteins},
3198   year = {2005},
3199   volume = {61},
3200   pages = {157--166},
3201   number = {S7},
3202   issn = {1097-0134},
3203   keywords = {Rosetta, fragment assembly, de novo modeling, homology modeling, parametric
3204         alignment ensemble},
3205   owner = {christophe},
3206   publisher = {Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company},
3207   timestamp = {2011.01.22},
3208   url = {http://dx.doi.org/10.1002/prot.20733}
3209 }
3210
3211 @INPROCEEDINGS{CFS08,
3212   author = {Chrysochos,E and Fotopoulos,V and Skodras, A N },
3213   title = {Robust Watermarking of Digital Images Based on Chaotic Mapping and
3214         DCT},
3215   booktitle = {16th European Signal Processing Conference (EUSIPCO 2008), Lausanne,
3216         Switzerland,},
3217   year = {2008},
3218   pages = {17-21},
3219   month = aug,
3220   publisher = {EURASIP}
3221 }
3222
3223 @ARTICLE{Zhu06,
3224   author = {Congxu, Zhu and Xuefeng, Liao and Zhihua, Li},
3225   title = {Chaos-based multipurpose image watermarking algorithm},
3226   journal = {Wuhan University Journal of Natural Sciences},
3227   year = {2006},
3228   volume = {11},
3229   pages = {1675-1678},
3230   note = {10.1007/BF02831848},
3231   abstract = {To achieve the goal of image content authentication and copyright
3232         protection simultaneously, this paper presents a novel image dual
3233         watermarking method based on chaotic map. Firstly, the host image
3234         was split into many nonoverlapping small blocks, and the block-wise
3235         discrete cosine transform (DCT) is computed. Secondly, the robust
3236         watermarks, shuffled by the chaotic sequences, are embedded in the
3237         DC coefficients of blocks to achieve the goal of copyright protection.
3238         The semi-fragile watermarks, generated by chaotic map, are embedded
3239         in the AC coefficients of blocks to obtain the aim of image authentication.
3240         Both of them can be extracted without the original image. Simulation
3241         results demonstrate the effectiveness of our algorithm in terms of
3242         robustness and fragility.},
3243   affiliation = {Central South University School of Information Science and Engineering
3244         410083 Changsha, Hunan China},
3245   issn = {1007-1202},
3246   issue = {6},
3247   keyword = {Mathematics, general},
3248   publisher = {Wuhan University, co-published with Springer},
3249   url = {http://dx.doi.org/10.1007/BF02831848}
3250 }
3251
3252 @ARTICLE{Conley1978,
3253   author = {C. Conley},
3254   title = {Isolated invariant sets and the Morse index},
3255   journal = {CBMS Regional Conference. AMS.},
3256   year = {1978},
3257   optvolume = {38},
3258   owner = {guyeux},
3259   timestamp = {2008.01.02}
3260 }
3261
3262 @ARTICLE{Conway1993,
3263   author = {{Conway}, A.~R. and {Enting}, I.~G. and {Guttmann}, A.~J.},
3264   title = {{Algebraic techniques for enumerating self-avoiding walks on the
3265         square lattice}},
3266   journal = {Journal of Physics A Mathematical General},
3267   year = {1993},
3268   volume = {26},
3269   pages = {1519-1534},
3270   month = apr,
3271   __markedentry = {[tof:6]},
3272   abstract = {We describe a new algebraic technique for enumerating self-avoiding
3273         walks on the rectangular lattice. The computational complexity of
3274         enumerating walks of $N$ steps is of order $3^{N/4}$ times a polynomial
3275         in $N$, and so the approach is greatly superior to direct counting
3276         techniques. We have enumerated walks of up to 39 steps. As a consequence,
3277         we are able to accurately estimate the critical point, critical exponent,
3278         and critical amplitude.},
3279   adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System},
3280   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/1993JPhA...26.1519C},
3281   doi = {10.1088/0305-4470/26/7/012},
3282   eprint = {arXiv:hep-lat/9211062},
3283   owner = {tof},
3284   timestamp = {2013.04.19}
3285 }
3286
3287 @ARTICLE{Coppel55,
3288   author = {Coppel,W. A.},
3289   title = {The solution of equations by iteration},
3290   journal = {Mathematical Proceedings of the Cambridge Philosophical Society},
3291   year = {1955},
3292   volume = {51},
3293   pages = {41-43},
3294   number = {01},
3295   doi = {10.1017/S030500410002990X},
3296   eprint = {http://journals.cambridge.org/article_S030500410002990X},
3297   url = {http://dx.doi.org/10.1017/S030500410002990X}
3298 }
3299
3300 @ARTICLE{Cornu2002,
3301   author = {Philippe Cornu and André Smolarz},
3302   title = {Image characterization by texture},
3303   journal = {Traitement du signal},
3304   year = {2002},
3305   volume = {19},
3306   pages = {29-35},
3307   file = {:/home/guyeux/Documents/Bibliotheque/These/Watermarking/Caractérisation d'images par textures associées.pdf:PDF},
3308   owner = {guyeux},
3309   timestamp = {2008.05.12}
3310 }
3311
3312 @INBOOK{cg13,
3313   chapter = {19},
3314   pages = {***-***},
3315   title = {Pseudorandom number generator on GPU},
3316   publisher = {CRC press},
3317   year = {2013},
3318   editor = {Rapha{\"e}l Couturier},
3319   author = {Rapha{\"e}l Couturier and Christophe Guyeux},
3320   note = {To appear},
3321   owner = {tof},
3322   timestamp = {2013.08.17}
3323 }
3324
3325 @INPROCEEDINGS{Cox99,
3326   author = {Ingemar Cox and Matt L. Miller and Andrew L. Mckellips},
3327   title = {Watermarking as Communications With Side Information},
3328   booktitle = {Proceedings of the IEEE},
3329   year = {1999},
3330   pages = {1127--1141},
3331   owner = {christophe},
3332   timestamp = {2010.03.06}
3333 }
3334
3335 @ARTICLE{Cox97securespread,
3336   author = {Ingemar J. Cox and Senior Member and Joe Kilian and F. Thomson Leighton
3337         and Talal Shamoon},
3338   title = {Secure spread spectrum watermarking for multimedia},
3339   journal = {IEEE Transactions on Image Processing},
3340   year = {1997},
3341   volume = {6},
3342   pages = {1673--1687}
3343 }
3344
3345 @ARTICLE{Cramer96,
3346   author = {Christopher Cramer and Erol Gelenbe and Hakan Bakircioglu},
3347   title = {Video Compression with Random Neural Networks},
3348   journal = {Neural Networks for Identification, Control, and Robotics, International
3349         Workshop},
3350   year = {1996},
3351   volume = {0},
3352   pages = {0476},
3353   address = {Los Alamitos, CA, USA},
3354   isbn = {0-8186-7456-3},
3355   publisher = {IEEE Computer Society}
3356 }
3357
3358 @INPROCEEDINGS{Crescenzi98,
3359   author = {Crescenzi, Pierluigi and Goldman, Deborah and Papadimitriou, Christos
3360         and Piccolboni, Antonio and Yannakakis, Mihalis},
3361   title = {On the complexity of protein folding (extended abstract)},
3362   booktitle = {Proceedings of the thirtieth annual ACM symposium on Theory of computing},
3363   year = {1998},
3364   series = {STOC '98},
3365   pages = {597--603},
3366   address = {New York, NY, USA},
3367   publisher = {ACM},
3368   acmid = {276875},
3369   isbn = {0-89791-962-9},
3370   location = {Dallas, Texas, United States},
3371   numpages = {7}
3372 }
3373
3374 @ARTICLE{Crook2007267,
3375   author = {Nigel Crook and Wee Jin Goh and Mohammad Hawarat},
3376   title = {Pattern recall in networks of chaotic neurons},
3377   journal = {Biosystems},
3378   year = {2007},
3379   volume = {87},
3380   pages = {267 - 274},
3381   number = {2-3},
3382   doi = {DOI: 10.1016/j.biosystems.2006.09.022},
3383   issn = {0303-2647},
3384   keywords = {Chaos}
3385 }
3386
3387 @MISC{CSO705170,
3388   author = {CSI},
3389   title = {Embedded data, not breasts, brought down hacker},
3390   howpublished = {\url{http://www.csoonline.com/article/705170/embedded-data-not-breasts-brought-down-hacker}},
3391   month = {April},
3392   year = {2012},
3393   owner = {tof},
3394   timestamp = {2012.09.17}
3395 }
3396
3397 @ARTICLE{Cybenko89,
3398   author = {George Cybenko},
3399   title = {Approximation by Superpositions of a Sigmoidal function},
3400   journal = {Mathematics of Control, Signals and Systems},
3401   year = {1989},
3402   volume = {2},
3403   pages = {303-314}
3404 }
3405
3406 @MISC{Dailymail2129257,
3407   author = {Dailymail},
3408   title = {Busted! FBI led to Anonymous hacker after he posts picture of girlfriend's
3409         breasts online},
3410   howpublished = {\url{http://www.dailymail.co.uk/news/article-2129257/Higinio-O-Ochoa-III-FBI-led-Anonymous-hacker-girlfriend-posts\-picture-breasts-online.html}},
3411   month = {April},
3412   year = {2012},
3413   owner = {tof},
3414   timestamp = {2012.09.17}
3415 }
3416
3417 @ARTICLE{dalkiran10,
3418   author = {Ilker Dalkiran and Kenan Danisman},
3419   title = {Artificial neural network based chaotic generator for cryptology},
3420   journal = {Turk. J.Elec. Eng. \& Comp. Sci.},
3421   year = {2010},
3422   volume = {18},
3423   pages = {225-240},
3424   number = {2},
3425   affiliation = {Faculty of Engineering Erciyes University 38039 Kayseri Turkey}
3426 }
3427
3428 @PATENT{Davis07Pat,
3429   nationality = {US},
3430   number = {7209571},
3431   year = {2007},
3432   yearfiled = {2007},
3433   author = {B.L. Davis and G.B. Rhoads and W.Y. Conwell},
3434   title = {Authenticating metadata and embedding metadata in watermarks of media
3435         signals},
3436   owner = {tof},
3437   timestamp = {2012.09.05}
3438 }
3439
3440 @ARTICLE{Dawei2004,
3441   author = {Zhao Dawei and Chen Guanrong and Liu Wenbo},
3442   title = {A chaos-based robust wavelet-domain watermarking algorithm},
3443   journal = {Chaos, Solitons and Fractals},
3444   year = {2004},
3445   volume = {22},
3446   pages = {47-54},
3447   owner = {guyeux},
3448   timestamp = {2008.10.07}
3449 }
3450
3451 @ARTICLE{Pradip06,
3452   author = {Pradip De and Yonghe Liu and Sajal K. Das},
3453   title = {Modeling Node Compromise Spread in Wireless Sensor Networks Using
3454         Epidemic Theory},
3455   journal = {2012 IEEE International Symposium on a World of Wireless, Mobile
3456         and Multimedia Networks (WoWMoM)},
3457   year = {2006},
3458   volume = {0},
3459   pages = {237-243},
3460   address = {Los Alamitos, CA, USA},
3461   doi = {http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/WOWMOM.2006.74},
3462   isbn = {0-7695-2593-8},
3463   publisher = {IEEE Computer Society}
3464 }
3465
3466 @MISC{1011.1638,
3467   author = {Anthony Desnos and Robert Erra and Eric Filiol},
3468   title = {Processor-Dependent Malware... and codes},
3469   year = {2010},
3470   comment = {arXiv:1011.1638},
3471   eprint = {arXiv:1011.1638}
3472 }
3473
3474 @INCOLLECTION{fastme,
3475   author = {Desper, Richard and Gascuel, Olivier},
3476   title = {Fast and Accurate Phylogeny Reconstruction Algorithms Based on the
3477         Minimum-Evolution Principle},
3478   booktitle = {Algorithms in Bioinformatics},
3479   publisher = {Springer Berlin Heidelberg},
3480   year = {2002},
3481   editor = {Guigó, Roderic and Gusfield, Dan},
3482   volume = {2452},
3483   series = {Lecture Notes in Computer Science},
3484   pages = {357-374},
3485   doi = {10.1007/3-540-45784-4_27},
3486   isbn = {978-3-540-44211-0},
3487   language = {English},
3488   url = {http://dx.doi.org/10.1007/3-540-45784-4_27}
3489 }
3490
3491 @BOOK{devaney,
3492   title = {An Introduction to Chaotic Dynamical Systems},
3493   publisher = {Addison-Wesley},
3494   year = {1989},
3495   author = {Devaney, Robert L.},
3496   address = {Redwood City, CA},
3497   edition = {2nd}
3498 }
3499
3500 @ARTICLE{diffie76,
3501   author = {Whitfield Diffie and Martin E. Hellman},
3502   title = {New Directions in Cryptography},
3503   journal = {IEEE Transactions on Information Theory},
3504   year = {1976},
3505   volume = {IT-22},
3506   pages = {644--654},
3507   number = {6},
3508   date = {November 1976},
3509   owner = {guyeux},
3510   timestamp = {2009.06.30},
3511   url = {citeseer.ist.psu.edu/diffie76new.html}
3512 }
3513
3514 @INCOLLECTION{Dijk10,
3515   author = {van Dijk, Marten and Gentry, Craig and Halevi, Shai and Vaikuntanathan,
3516         Vinod},
3517   title = {Fully Homomorphic Encryption over the Integers},
3518   booktitle = {Advances in Cryptology – EUROCRYPT 2010},
3519   publisher = {Springer Berlin / Heidelberg},
3520   year = {2010},
3521   editor = {Gilbert, Henri},
3522   volume = {6110},
3523   series = {Lecture Notes in Computer Science},
3524   pages = {24-43},
3525   abstract = {We construct a simple fully homomorphic encryption scheme, using only
3526         elementary modular arithmetic. We use Gentry’s technique to construct
3527         a fully homomorphic scheme from a bootstrappable somewhat homomorphic
3528         scheme. However, instead of using ideal lattices over a polynomial
3529         ring, our bootstrappable encryption scheme merely uses addition and
3530         multiplication over the integers. The main appeal of our scheme is
3531         the conceptual simplicity. We reduce the security of our scheme to
3532         finding an approximate integer gcd – i.e., given a list of integers
3533         that are near-multiples of a hidden integer, output that hidden integer.
3534         We investigate the hardness of this task, building on earlier work
3535         of Howgrave-Graham.},
3536   affiliation = {MIT CSAIL}
3537 }
3538
3539 @ARTICLE{Dill1985,
3540   author = {Dill, KA},
3541   title = {Theory for the folding and stability of globular proteins.},
3542   journal = {Biochemistry},
3543   year = {1985},
3544   volume = {24},
3545   pages = {1501-9--},
3546   number = {6},
3547   month = mar,
3548   abstract = {Using lattice statistical mechanics, we develop theory to account
3549         for the folding of a heteropolymer molecule such as a protein to
3550         the globular and soluble state. Folding is assumed to be driven by
3551         the association of solvophobic monomers to avoid solvent and opposed
3552         by the chain configurational entropy. Theory predicts a phase transition
3553         as a function of temperature or solvent character. Molecules that
3554         are too short or too long or that have too few solvophobic residues
3555         are predicted not to fold. Globular molecules should have a largely
3556         solvophobic core, but there is an entropic tendency for some residues
3557         to be "out of place", particularly in small molecules. For long chains,
3558         molecules comprised of globular domains are predicted to be thermodynamically
3559         more stable than spherical molecules. The number of accessible conformations
3560         in the globular state is calculated to be an exceedingly small fraction
3561         of the number available to the random coil. Previous estimates of
3562         this number, which have motivated kinetic theories of folding, err
3563         by many tens of orders of magnitude.},
3564   comment = {Research Support, Non-U.S. Gov't,Research Support, U.S. Gov't, P.H.S.,},
3565   keywords = {Mathematics, Models, Chemical, Polymers, Protein Conformation},
3566   owner = {christophe},
3567   timestamp = {2011.01.22},
3568   url = {http://ukpmc.ac.uk/abstract/MED/3986190}
3569 }
3570
3571 @ARTICLE{Dill07,
3572   author = {Dill, Ken A. and Ozkan, S. Banu and Weikl, Thomas R. and Chodera,
3573         John D. and Voelz, Vincent A.},
3574   title = {{The protein folding problem: when will it be solved?}},
3575   journal = {Current opinion in structural biology},
3576   year = {2007},
3577   volume = {17},
3578   pages = {342--346},
3579   number = {3},
3580   month = jun,
3581   abstract = {{ The protein folding problem can be viewed as three different problems:
3582         defining the thermodynamic folding code; devising a good computational
3583         structure prediction algorithm; and answering Levinthal's question
3584         regarding the kinetic mechanism of how proteins can fold so quickly.
3585         Once regarded as a grand challenge, protein folding has seen much
3586         progress in recent years. Folding codes are now being used to successfully
3587         design proteins and non-biological foldable polymers; aided by the
3588         Critical Assessment of Techniques for Structure Prediction (CASP)
3589         competition, protein structure prediction has now become quite good.
3590         Even the once-challenging Levinthal puzzle now seems to have an answer--a
3591         protein can avoid searching irrelevant conformations and fold quickly
3592         by making local independent decisions first, followed by non-local
3593         global decisions later. }},
3594   address = {Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California,
3595         San Francisco, CA 94143, USA.},
3596   citeulike-article-id = {1402858},
3597   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1016/j.sbi.2007.06.001},
3598   citeulike-linkout-1 = {http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17572080},
3599   citeulike-linkout-2 = {http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=17572080},
3600   citeulike-linkout-3 = {http://www.sciencedirect.com/science/article/B6VS6-4NYSH72-3/2/995168b6b1836828871e4445093d2eb1},
3601   day = {13},
3602   doi = {10.1016/j.sbi.2007.06.001},
3603   issn = {0959-440X},
3604   keywords = {ibs, kyte\_doolittle, membrane},
3605   pmid = {17572080},
3606   posted-at = {2012-08-14 22:16:40},
3607   priority = {2},
3608   url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.sbi.2007.06.001}
3609 }
3610
3611 @ARTICLE{Dill1995,
3612   author = {Dill, KA and Bromberg, S and Yue, K and Fiebig, KM and Yee, DP and
3613         Thomas, PD and Chan, HS},
3614   title = {Principles of protein folding--a perspective from simple exact models.},
3615   journal = {Protein Sci},
3616   year = {1995},
3617   volume = {4},
3618   pages = {561-602--},
3619   number = {4},
3620   month = apr,
3621   abstract = {General principles of protein structure, stability, and folding kinetics
3622         have recently been explored in computer simulations of simple exact
3623         lattice models. These models represent protein chains at a rudimentary
3624         level, but they involve few parameters, approximations, or implicit
3625         biases, and they allow complete explorations of conformational and
3626         sequence spaces. Such simulations have resulted in testable predictions
3627         that are sometimes unanticipated: The folding code is mainly binary
3628         and delocalized throughout the amino acid sequence. The secondary
3629         and tertiary structures of a protein are specified mainly by the
3630         sequence of polar and nonpolar monomers. More specific interactions
3631         may refine the structure, rather than dominate the folding code.
3632         Simple exact models can account for the properties that characterize
3633         protein folding: two-state cooperativity, secondary and tertiary
3634         structures, and multistage folding kinetics--fast hydrophobic collapse
3635         followed by slower annealing. These studies suggest the possibility
3636         of creating "foldable" chain molecules other than proteins. The encoding
3637         of a unique compact chain conformation may not require amino acids;
3638         it may require only the ability to synthesize specific monomer sequences
3639         in which at least one monomer type is solvent-averse.},
3640   address = {Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California,
3641         San Francisco 94143-1204, USA.},
3642   comment = {Review,Research Support, Non-U.S. Gov't,Research Support, U.S. Gov't,
3643         Non-P.H.S.,Research Support, U.S. Gov't, P.H.S.,},
3644   keywords = {Amino Acid Sequence, Biological Evolution, Hydrogen Bonding, Models,
3645         Molecular, Molecular Sequence Data, Mutation, Protein Conformation,
3646         Protein Denaturation, Protein Folding, Temperature, Thermodynamics},
3647   owner = {christophe},
3648   timestamp = {2011.01.22},
3649   url = {http://ukpmc.ac.uk/abstract/MED/7613459}
3650 }
3651
3652 @INPROCEEDINGS{DiPietro08,
3653   author = {Di Pietro, Roberto and Mancini, Luigi V. and Soriente, Claudio and
3654         Spognardi, Angelo and Tsudik, Gene},
3655   title = {Catch Me (If You Can): Data Survival in Unattended Sensor Networks},
3656   booktitle = {Proceedings of the 2008 Sixth Annual IEEE International Conference
3657         on Pervasive Computing and Communications},
3658   year = {2008},
3659   series = {PERCOM '08},
3660   pages = {185--194},
3661   address = {Washington, DC, USA},
3662   publisher = {IEEE Computer Society},
3663   acmid = {1372952},
3664   doi = {10.1109/PERCOM.2008.31},
3665   isbn = {978-0-7695-3113-7},
3666   keywords = {Data Survival, Sensor Networks, WSN, UWSN},
3667   numpages = {10},
3668   url = {http://dx.doi.org/10.1109/PERCOM.2008.31}
3669 }
3670
3671 @INPROCEEDINGS{DiPietro11,
3672   author = {Di Pietro, Roberto and Verde, Nino Vincenzo},
3673   title = {Epidemic data survivability in unattended wireless sensor networks},
3674   booktitle = {Proceedings of the fourth ACM conference on Wireless network security},
3675   year = {2011},
3676   series = {WiSec '11},
3677   pages = {11--22},
3678   address = {New York, NY, USA},
3679   publisher = {ACM},
3680   acmid = {1998417},
3681   doi = {10.1145/1998412.1998417},
3682   isbn = {978-1-4503-0692-8},
3683   keywords = {data survivability, epidemic models, unattended wireless sensor network},
3684   location = {Hamburg, Germany},
3685   numpages = {12},
3686   url = {http://doi.acm.org/10.1145/1998412.1998417}
3687 }
3688
3689 @ARTICLE{probcons,
3690   author = {Chuong B. Do and Mahathi S. P. Mahabhashyam and Michael Brudno and
3691         Serafim Batzoglou},
3692   title = {PROBCONS: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment},
3693   journal = {Genome Res},
3694   year = {2005},
3695   volume = {15},
3696   pages = {330--340}
3697 }
3698
3699 @INPROCEEDINGS{Dobbertin96,
3700   author = {Dobbertin, Hans},
3701   title = {Cryptanalysis of MD4},
3702   booktitle = {Proceedings of the Third International Workshop on Fast Software
3703         Encryption},
3704   year = {1996},
3705   pages = {53--69},
3706   address = {London, UK},
3707   publisher = {Springer-Verlag},
3708   isbn = {3-540-60865-6}
3709 }
3710
3711 @INPROCEEDINGS{DomingoFerrer2002,
3712   author = {Domingo-Ferrer, Josep},
3713   title = {A Provably Secure Additive and Multiplicative Privacy Homomorphism},
3714   booktitle = {ISC '02: Proceedings of the 5th International Conference on Information
3715         Security},
3716   year = {2002},
3717   pages = {471--483},
3718   address = {London, UK},
3719   publisher = {Springer-Verlag},
3720   isbn = {3-540-44270-7}
3721 }
3722
3723 @INPROCEEDINGS{DongT08,
3724   author = {Jing Dong and Tieniu Tan},
3725   title = {Blind image steganalysis based on run-length histogram analysis},
3726   booktitle = {Proceedings of the International Conference on Image Processing,
3727         ICIP 2008, San Diego, California, USA},
3728   year = {2008},
3729   pages = {2064-2067},
3730   address = {Washington, DC},
3731   month = oct,
3732   publisher = {IEEE Computer Society}
3733 }
3734
3735 @ARTICLE{Dotu,
3736   author = {I. Dotu and M Cebri\'{a}n and P. Van Hentenryck and P.Clote},
3737   title = {On lattice protein structure prediction revisited},
3738   journal = {IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics},
3739   year = {2011},
3740   volume = {8},
3741   pages = {1620--32},
3742   number = {6},
3743   month = {Nov--Dec},
3744   owner = {tof},
3745   timestamp = {2012.10.17}
3746 }
3747
3748 @ARTICLE{Dubchak1995,
3749   author = {I. Dubchak and I. Muchnik and S. R. Holbrook and S. H. Kim},
3750   title = {Prediction of protein folding class using global description of amino
3751         acid sequence.},
3752   journal = {Proc Natl Acad Sci U S A},
3753   year = {1995},
3754   volume = {92},
3755   pages = {8700--8704},
3756   number = {19},
3757   month = {Sep},
3758   abstract = {We present a method for predicting protein folding class based on
3759         global protein chain description and a voting process. Selection
3760         of the best descriptors was achieved by a computer-simulated neural
3761         network trained on a data base consisting of 83 folding classes.
3762         Protein-chain descriptors include overall composition, transition,
3763         and distribution of amino acid attributes, such as relative hydrophobicity,
3764         predicted secondary structure, and predicted solvent exposure. Cross-validation
3765         testing was performed on 15 of the largest classes. The test shows
3766         that proteins were assigned to the correct class (correct positive
3767         prediction) with an average accuracy of 71.7\%, whereas the inverse
3768         prediction of proteins as not belonging to a particular class (correct
3769         negative prediction) was 90-95\% accurate. When tested on 254 structures
3770         used in this study, the top two predictions contained the correct
3771         class in 91\% of the cases.},
3772   institution = {Department of Chemistry, University of California, Berkeley 94720,
3773         USA.},
3774   keywords = {Amino Acid Sequence; Amino Acids, chemistry; Computer Simulation;
3775         Databases, Factual; Models, Chemical; Neural Networks (Computer);
3776         Protein Folding; Protein Structure, Secondary; Proteins, chemistry/classification;
3777         Reproducibility of Results; Solvents},
3778   language = {eng},
3779   medline-pst = {ppublish},
3780   owner = {guyeux},
3781   pmid = {7568000},
3782   timestamp = {2011.07.18}
3783 }
3784
3785 @BOOK{Dudley,
3786   title = {Real analysis and probability},
3787   publisher = {Cambridge University Press},
3788   author = {Richard M. Dudley},
3789   optpages = {209},
3790   owner = {guyeux},
3791   timestamp = {2008.01.02}
3792 }
3793
3794 @ARTICLE{Muscle,
3795   author = {Edgar, R. C.},
3796   title = {MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and
3797         space complexity.},
3798   journal = {BMC Bioinformatics},
3799   year = {2004},
3800   volume = {5},
3801   number = {1},
3802   month = {August},
3803   abstract = {BACKGROUND: In a previous paper, we introduced MUSCLE, a new program
3804         for creating multiple alignments of protein sequences, giving a brief
3805         summary of the algorithm and showing MUSCLE to achieve the highest
3806         scores reported to date on four alignment accuracy benchmarks. Here
3807         we present a more complete discussion of the algorithm, describing
3808         several previously unpublished techniques that improve biological
3809         accuracy and / or computational complexity. We introduce a new option,
3810         MUSCLE-fast, designed for high-throughput applications. We also describe
3811         a new protocol for evaluating objective functions that align two
3812         profiles. RESULTS: We compare the speed and accuracy of MUSCLE with
3813         CLUSTALW, Progressive POA and the MAFFT script FFTNS1, the fastest
3814         previously published program known to the author. Accuracy is measured
3815         using four benchmarks: BAliBASE, PREFAB, SABmark and SMART. We test
3816         three variants that offer highest accuracy (MUSCLE with default settings),
3817         highest speed (MUSCLE-fast), and a carefully chosen compromise between
3818         the two (MUSCLE-prog). We find MUSCLE-fast to be the fastest algorithm
3819         on all test sets, achieving average alignment accuracy similar to
3820         CLUSTALW in times that are typically two to three orders of magnitude
3821         less. MUSCLE-fast is able to align 1,000 sequences of average length
3822         282 in 21 seconds on a current desktop computer. CONCLUSIONS: MUSCLE
3823         offers a range of options that provide improved speed and / or alignment
3824         accuracy compared with currently available programs. MUSCLE is freely
3825         available at http://www.drive5.com/muscle.},
3826   added-at = {2009-05-19T18:00:18.000+0200},
3827   address = {Department of Plant and Microbial Biology, 461 Koshland Hall, University
3828         of California, Berkeley, CA 94720-3102, USA. bob@drive5.com},
3829   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/2a6b77f877eef63f7186d95b4f3b5180e/earthfare},
3830   citeulike-article-id = {692},
3831   description = {CiteULike: Everyone's library},
3832   doi = {10.1186/1471-2105-5-113},
3833   interhash = {ab841ef8ef61f28f2d40757ede4ce3bb},
3834   intrahash = {a6b77f877eef63f7186d95b4f3b5180e},
3835   issn = {1471-2105},
3836   keywords = {alignment, method},
3837   posted-at = {2009-05-19 15:13:59},
3838   priority = {2},
3839   timestamp = {2009-05-19T18:00:18.000+0200},
3840   url = {http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-5-113}
3841 }
3842
3843 @INPROCEEDINGS{EAPLBC06,
3844   author = {Egiazarian, Karen and Astola, Jaakko and Ponomarenko, Nikolayand
3845         Lukin, Vladimir and Battisti, Frederica and Carli, Marco},
3846   title = {New full-reference quality metrics based on HVS},
3847   booktitle = {CD-ROM Proceedings of the Second International Workshop on Video
3848         Processing and Quality Metrics, Scottsdale, USA},
3849   year = {2006},
3850   editor = {Li,Baoxin},
3851   month = jan
3852 }
3853
3854 @ARTICLE{Tarazi84,
3855   author = {El Tarazi, Mouhamed Nabih},
3856   title = {Algorithmes mixtes asynchrones. Etude de convergence monotone},
3857   journal = {Numerische Mathematik},
3858   year = {1984},
3859   volume = {44},
3860   pages = {363-369},
3861   note = {10.1007/BF01405568},
3862   affiliation = {Department of Mathematics, Faculty of Science Kuwait University P.O.
3863         Box 5969 Kuwait},
3864   issn = {0029-599X},
3865   issue = {3},
3866   keyword = {Mathematics and Statistics},
3867   publisher = {Springer Berlin / Heidelberg},
3868   url = {http://dx.doi.org/10.1007/BF01405568}
3869 }
3870
3871 @ARTICLE{Tarazi82,
3872   author = {El Tarazi, Mouhamed Nabih},
3873   title = {Some convergence results for asynchronous algorithms},
3874   journal = {Numerische Mathematik},
3875   year = {1982},
3876   volume = {39},
3877   pages = {325-340},
3878   note = {10.1007/BF01407866},
3879   affiliation = {Department of Mathematics, Faculty of Science Kuwait University P.O.
3880         Box 5969 Kuwait Kuwait},
3881   issn = {0029-599X},
3882   issue = {3},
3883   keyword = {Mathematics and Statistics},
3884   publisher = {Springer Berlin / Heidelberg},
3885   url = {http://dx.doi.org/10.1007/BF01407866}
3886 }
3887
3888 @ARTICLE{P1150442004,
3889   author = {G. S. El-Taweel and H. M. Onsi and M. Samy and M. G. Darwish},
3890   title = {Secure and Non-Blind Watermarking Scheme for Color Images Based on
3891         DWT},
3892   journal = {ICGST International Journal on Graphics, Vision and Image Processing},
3893   year = {2005},
3894   volume = {05},
3895   pages = {1--5},
3896   month = {April},
3897   issue = {4},
3898   owner = {christophe},
3899   timestamp = {2010.03.07}
3900 }
3901
3902 @ARTICLE{90,
3903   author = {Mehdi Esnaashari and M. R. Meybodi},
3904   title = {Data aggregation in sensor networks using learning automata},
3905   journal = {Wireless Networks},
3906   year = {2010},
3907   volume = {16},
3908   pages = {687-699},
3909   number = {3}
3910 }
3911
3912 @PHDTHESIS{Xiaole13,
3913   author = {Xiaole Fang},
3914   title = {Utilization of chaotic dynamics for generating pseudorandom numbers
3915         in various contexts},
3916   school = {Universit\'{e} de Franche-Comt\'{e}},
3917   year = {2013},
3918   owner = {guyeux},
3919   timestamp = {2008.01.02}
3920 }
3921
3922 @ARTICLE{larger13,
3923   author = {Fang, Xiaole and Wetzel, Benjamin and Merolla, Jean-Marc and Dudley,
3924         John M. and Larger, Laurent and Guyeux, Christophe and Bahi, Jacques
3925         M.},
3926   title = {Noise and chaos contributions in fast random bit sequence generated
3927         from broadband optoelectronic entropy sources},
3928   journal = {IEEE Transactions on Circuits and Systems I},
3929   year = {2013},
3930   volume = {*},
3931   pages = {***--***},
3932   number = {*},
3933   note = {Accepted manuscript. To appear}
3934 }
3935
3936 @ARTICLE{Faver12,
3937   author = {Faver, John C. and Benson, Mark L. and He, Xiao and Roberts, Benjamin
3938         P. and Wang, Bing and Marshall, Michael S. and Sherrill, C. David
3939         and Merz, Kenneth M.},
3940   title = {{The Energy Computation Paradox and ab initio Protein Folding}},
3941   journal = {PLoS ONE},
3942   year = {2011},
3943   volume = {6},
3944   pages = {e18868+},
3945   number = {4},
3946   month = apr,
3947   abstract = {{The routine prediction of three-dimensional protein structure from
3948         sequence remains a challenge in computational biochemistry. It has
3949         been intuited that calculated energies from physics-based scoring
3950         functions are able to distinguish native from nonnative folds based
3951         on previous performance with small proteins and that conformational
3952         sampling is the fundamental bottleneck to successful folding. We
3953         demonstrate that as protein size increases, errors in the computed
3954         energies become a significant problem. We show, by using error probability
3955         density functions, that physics-based scores contain significant
3956         systematic and random errors relative to accurate reference energies.
3957         These errors propagate throughout an entire protein and distort its
3958         energy landscape to such an extent that modern scoring functions
3959         should have little chance of success in finding the free energy minima
3960         of large proteins. Nonetheless, by understanding errors in physics-based
3961         score functions, they can be reduced in a post-hoc manner, improving
3962         accuracy in energy computation and fold discrimination.}},
3963   citeulike-article-id = {9247152},
3964   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0018868},
3965   citeulike-linkout-1 = {http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3081830/},
3966   citeulike-linkout-2 = {http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21541343},
3967   citeulike-linkout-3 = {http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=21541343},
3968   day = {25},
3969   doi = {10.1371/journal.pone.0018868},
3970   issn = {1932-6203},
3971   pmcid = {PMC3081830},
3972   pmid = {21541343},
3973   posted-at = {2011-05-04 11:10:41},
3974   priority = {2},
3975   publisher = {Public Library of Science},
3976   url = {http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0018868}
3977 }
3978
3979 @ARTICLE{Fei2005,
3980   author = {Peng Fei and Qiu Shui-Sheng and Long Min},
3981   title = {A secure digital signature algorithm based on elliptic curve and
3982         chaotic mappings},
3983   journal = {Circuits Systems Signal Processing},
3984   year = {2005},
3985   volume = {24, No. 5},
3986   pages = {585--597},
3987   owner = {guyeux},
3988   timestamp = {2009.01.16}
3989 }
3990
3991 @BOOK{Feigenbaum1908,
3992   title = {Universal behavior in nonlinear systems},
3993   publisher = {Los Alamos Science},
3994   year = {1908},
3995   author = {Feigenbaum},
3996   owner = {guyeux},
3997   timestamp = {2008.01.02}
3998 }
3999
4000 @ARTICLE{Felsenstein1980,
4001   author = {J. Felsenstein},
4002   title = {A view of population genetics.},
4003   journal = {Science},
4004   year = {1980},
4005   volume = {208},
4006   pages = {1253},
4007   number = {4449},
4008   month = {Jun},
4009   doi = {10.1126/science.208.4449.1253},
4010   language = {eng},
4011   medline-pst = {ppublish},
4012   owner = {guyeux},
4013   pii = {208/4449/1253},
4014   pmid = {17830806},
4015   timestamp = {2011.05.05},
4016   url = {http://dx.doi.org/10.1126/science.208.4449.1253}
4017 }
4018
4019 @BOOK{Filiol09,
4020   title = {Les virus informatiques : techniques virales et antivirales avancées},
4021   year = {2009},
4022   editor = {Springer},
4023   author = {Eric Filiol},
4024   owner = {christophe},
4025   timestamp = {2010.10.13}
4026 }
4027
4028 @INPROCEEDINGS{FiliolBlackHat,
4029   author = {Eric Filiol},
4030   title = {Passive and Active Leakage of Secret Data from Non Networked Computer},
4031   booktitle = {Black Hat},
4032   year = {2008},
4033   owner = {christophe},
4034   timestamp = {2010.11.28}
4035 }
4036
4037 @INPROCEEDINGS{Fischlin,
4038   author = {Fischlin, R. and Schnorr, C. P.},
4039   title = {Stronger security proofs for RSA and rabin bits},
4040   booktitle = {Proceedings of the 16th annual international conference on Theory
4041         and application of cryptographic techniques},
4042   year = {1997},
4043   series = {EUROCRYPT'97},
4044   pages = {267--279},
4045   address = {Berlin, Heidelberg},
4046   publisher = {Springer-Verlag},
4047   acmid = {1754569},
4048   isbn = {3-540-62975-0},
4049   location = {Konstanz, Germany},
4050   numpages = {13},
4051   url = {http://dl.acm.org/citation.cfm?id=1754542.1754569}
4052 }
4053
4054 @ARTICLE{Flory49,
4055   author = {Flory, Paul J.},
4056   title = {{The Configuration of Real Polymer Chains}},
4057   journal = {The Journal of Chemical Physics},
4058   year = {1949},
4059   volume = {17},
4060   pages = {303--310},
4061   number = {3},
4062   citeulike-article-id = {3509574},
4063   citeulike-linkout-0 = {http://scitation.aip.org/getabs/servlet/GetabsServlet?prog=normal\&id=JCPSA6000017000003000303000001\&idtype=cvips\&gifs=yes},
4064   citeulike-linkout-1 = {http://link.aip.org/link/?JCP/17/303},
4065   citeulike-linkout-2 = {http://dx.doi.org/10.1063/1.1747243},
4066   doi = {10.1063/1.1747243},
4067   keywords = {polymer\_class},
4068   posted-at = {2008-11-13 18:42:26},
4069   priority = {0},
4070   publisher = {AIP},
4071   url = {http://dx.doi.org/10.1063/1.1747243}
4072 }
4073
4074 @PHDTHESIS{Formenti2003,
4075   author = {Enrico Formenti},
4076   title = {De l'algorithmique du chaos dans les syst\`{e}mes dynamiques discrets},
4077   school = {Université de Provence},
4078   year = {2003},
4079   owner = {guyeux},
4080   timestamp = {2008.01.02}
4081 }
4082
4083 @PHDTHESIS{Formenti1998,
4084   author = {Enrico Formenti},
4085   title = {Automates cellulaires et chaos : de la vision topologique à la vision
4086         algorithmique},
4087   school = {\'Ecole Normale Supérieure de Lyon},
4088   year = {1998},
4089   optmonth = {Octobre},
4090   owner = {guyeux},
4091   timestamp = {2008.01.02}
4092 }
4093
4094 @ARTICLE{Frey2006,
4095   author = {Gabriel Frey and Christian J Michel},
4096   title = {Identification of circular codes in bacterial genomes and their use
4097         in a factorization method for retrieving the reading frames of genes.},
4098   journal = {Comput Biol Chem},
4099   year = {2006},
4100   volume = {30},
4101   pages = {87--101},
4102   number = {2},
4103   month = {Apr},
4104   abstract = {We developed a statistical method that allows each trinucleotide to
4105         be associated with a unique frame among the three possible ones in
4106         a (protein coding) gene. An extensive gene study in 175 complete
4107         bacterial genomes based on this statistical approach resulted in
4108         identification of 72 new circular codes. Finding a circular code
4109         enables an immediate retrieval of the reading frame locally anywhere
4110         in a gene. No knowledge of location of the start codon is required
4111         and a short window of only a few nucleotides is sufficient for automatic
4112         retrieval. We have therefore developed a factorization method (that
4113         explores previously found circular codes) for retrieving the reading
4114         frames of bacterial genes. Its principle is new and easy to understand.
4115         Neither complex treatment nor specific information on the nucleotide
4116         sequences is necessary. Moreover, the method can be used for short
4117         regions in nucleotide sequences (less than 25 nucleotides in protein
4118         coding genes). Selected additional properties of circular codes and
4119         their possible biological consequences are also discussed.},
4120   doi = {10.1016/j.compbiolchem.2005.11.001},
4121   institution = {Equipe de Bioinformatique Théorique, LSIIT (UMR CNRS-ULP 7005), Université
4122         Louis Pasteur de Strasbourg, Pôle API, Boulevard Sébastien Brant,
4123         67400 Illkirch, France. frey@dpt-info.u-strasbg.fr},
4124   keywords = {Base Sequence; Computational Biology; Genes, Bacterial; Genome, Bacterial;
4125         Genomics, statistics /&/ numerical data; Models, Genetic; Models,
4126         Statistical; Reading Frames},
4127   language = {eng},
4128   medline-pst = {ppublish},
4129   owner = {guyeux},
4130   pii = {S1476-9271(05)00111-8},
4131   pmid = {16439185},
4132   timestamp = {2011.05.05},
4133   url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2005.11.001}
4134 }
4135
4136 @ARTICLE{Frey2006a,
4137   author = {Gabriel Frey and Christian J Michel},
4138   title = {An analytical model of gene evolution with six mutation parameters:
4139         an application to archaeal circular codes.},
4140   journal = {Comput Biol Chem},
4141   year = {2006},
4142   volume = {30},
4143   pages = {1--11},
4144   number = {1},
4145   month = {Feb},
4146   abstract = {We develop here an analytical evolutionary model based on a trinucleotide
4147         mutation matrix 64 x 64 with six substitution parameters associated
4148         with the transitions and transversions in the three trinucleotide
4149         sites. It generalizes the previous models based on the nucleotide
4150         mutation matrices 4 x 4 and the trinucleotide mutation matrix 64
4151         x 64 with three parameters. It determines at some time t the exact
4152         occurrence probabilities of trinucleotides mutating randomly according
4153         to six substitution parameters. An application of this model allows
4154         an evolutionary study of the common circular code COM and the 15
4155         archaeal circular codes X which have been recently identified in
4156         several archaeal genomes. The main property of a circular code is
4157         the retrieval of the reading frames in genes, both locally, i.e.
4158         anywhere in genes and in particular without a start codon, and automatically
4159         with a window of a few nucleotides. In genes, the circular code is
4160         superimposed on the traditional genetic one. Very unexpectedly, the
4161         evolutionary model demonstrates that the archaeal circular codes
4162         can derive from the common circular code subjected to random substitutions
4163         with particular values for six substitutions parameters. It has a
4164         strong correlation with the statistical observations of three archaeal
4165         codes in actual genes. Furthermore, the properties of these substitution
4166         rates allow proposal of an evolutionary classification of the 15
4167         archaeal codes into three main classes according to this model. In
4168         almost all the cases, they agree with the actual degeneracy of the
4169         genetic code with substitutions more frequent in the third trinucleotide
4170         site and with transitions more frequent that transversions in any
4171         trinucleotide site.},
4172   doi = {10.1016/j.compbiolchem.2005.09.001},
4173   institution = {Equipe de Bioinformatique Théorique, LSIIT (UMR CNRS-ULP 7005), Université
4174         Louis Pasteur de Strasbourg, Pôle API, Boulevard Sébastien Brant,
4175         67400 Illkirch, France. frey@dpt-info.u-strasbg.fr},
4176   keywords = {Archaea, genetics; DNA, Circular; Evolution, Molecular; Genetic Code;
4177         Genome, Archaeal; Models, Genetic; Mutation; Trinucleotide Repeats},
4178   language = {eng},
4179   medline-pst = {ppublish},
4180   owner = {guyeux},
4181   pii = {S1476-9271(05)00083-6},
4182   pmid = {16324886},
4183   timestamp = {2011.05.05},
4184   url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2005.09.001}
4185 }
4186
4187 @BOOK{Fridrich:2009:SDM:1721894,
4188   title = {Steganography in Digital Media: Principles, Algorithms, and Applications},
4189   publisher = {Cambridge University Press},
4190   year = {2009},
4191   author = {Fridrich, Jessica},
4192   address = {New York, NY, USA},
4193   edition = {1st},
4194   isbn = {0521190193, 9780521190190}
4195 }
4196
4197 @INPROCEEDINGS{REL,
4198   author = {Fridrich, Jessica and Goljan, Miroslav and Du, Rui},
4199   title = {Reliable detection of LSB steganography in color and grayscale images},
4200   booktitle = {Proceedings of the 2001 workshop on Multimedia and security: new
4201         challenges},
4202   year = {2001},
4203   series = {MM\&\#38;Sec '01},
4204   pages = {27--30},
4205   address = {New York, NY, USA},
4206   publisher = {ACM},
4207   acmid = {1232466},
4208   doi = {10.1145/1232454.1232466},
4209   isbn = {1-58113-393-6},
4210   keywords = {LSB embedding, attacks, detection of LSB steganography -- algorithms,
4211         results, steganalysis, steganography},
4212   location = {Ottawa, Ontario, Canada},
4213   numpages = {4},
4214   url = {http://doi.acm.org/10.1145/1232454.1232466}
4215 }
4216
4217 @INPROCEEDINGS{FridrichKHG11a,
4218   author = {Jessica J. Fridrich and Jan Kodovsk{\'y} and Vojtech Holub and Miroslav
4219         Goljan},
4220   title = {Steganalysis of Content-Adaptive Steganography in Spatial Domain},
4221   booktitle = {Information Hiding - 13th International Conference, IH 2011, Prague,
4222         Czech Republic},
4223   year = {2011},
4224   series = {Lecture Notes in Computer Science},
4225   pages = {102-117},
4226   address = {Berlin},
4227   month = may,
4228   publisher = {Springer-Verlag}
4229 }
4230
4231 @INPROCEEDINGS{fgb11:ip,
4232   author = {Friot, Nicolas and Guyeux, Christophe and Bahi, Jacques},
4233   title = {Chaotic Iterations for Steganography - Stego-security and chaos-security},
4234   booktitle = {SECRYPT'2011, Int. Conf. on Security and Cryptography. SECRYPT is
4235         part of ICETE - The International Joint Conference on e-Business
4236         and Telecommunications},
4237   year = {2011},
4238   editor = {Javier Lopez and Pierangela Samarati},
4239   pages = {218--227},
4240   address = {Sevilla, Spain},
4241   month = jul,
4242   publisher = {SciTePress},
4243   classement = {ACTI},
4244   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
4245   equipe = {and},
4246   inhal = {no}
4247 }
4248
4249 @MISC{Frisch,
4250   author = {Alain Frisch},
4251   title = {Entropie topologique et définition du chaos},
4252   year = {1998},
4253   note = {Rapport de tipe},
4254   file = {Tipe_Entropie Topologique et Definition du Chaos (Alain Frisch).ps:Chaos/Tipe_Entropie Topologique et Definition du Chaos (Alain Frisch).ps:PDF},
4255   keywords = {Chaos, Entropie Topologique, Tipe},
4256   owner = {guyeux},
4257   timestamp = {2008.01.02},
4258   url = {http://alain.frisch.fr/math.html}
4259 }
4260
4261 @MISC{Frisch98,
4262   author = {Alain Frisch},
4263   title = {Entropie topologique et définition du chaos},
4264   year = {1998},
4265   note = {[En ligne; Page disponible le 12-août-2010]},
4266   url = {\url{http://alain.frisch.fr/math.html}}
4267 }
4268
4269 @ARTICLE{Frommer97asynchronousweighted,
4270   author = {Andreas Frommer and Hartmut Schwandt and Daniel and Daniel B. Szyld},
4271   title = {Asynchronous Weighted Additive Schwarz Methods},
4272   journal = {Electronic Transactions on Numerical Analysis},
4273   year = {1997},
4274   volume = {5},
4275   pages = {48--61}
4276 }
4277
4278 @MISC{Frommer94asynchronoustwo-stage,
4279   author = {Andreas Frommer and Daniel B. Szyld},
4280   title = {Asynchronous Two-Stage Iterative Methods},
4281   year = {1994}
4282 }
4283
4284 @BOOK{J1992,
4285   title = {Introduction to Chaos and Coherence},
4286   publisher = {IOP Publishing},
4287   year = {1992},
4288   author = {J. Frøyland},
4289   owner = {guyeux},
4290   timestamp = {2008.01.02}
4291 }
4292
4293 @MISC{Furon2002,
4294   author = {T. Furon},
4295   title = {Security analysis},
4296   year = {2002},
4297   note = {European Project IST-1999-10987 CERTIMARK, Deliverable D.5.5},
4298   owner = {guyeux},
4299   timestamp = {2009.06.30}
4300 }
4301
4302 @ARTICLE{Furon08,
4303   author = {Furon, Teddy and Bas, Patrick},
4304   title = {Broken arrows},
4305   journal = {EURASIP J. Inf. Secur.},
4306   year = {2008},
4307   volume = {2008},
4308   pages = {1--13},
4309   address = {New York, NY, United States},
4310   doi = {http://dx.doi.org/10.1155/2008/597040},
4311   issn = {1687-4161},
4312   owner = {christophe},
4313   publisher = {Hindawi Publishing Corp.},
4314   timestamp = {2010.03.06}
4315 }
4316
4317 @ARTICLE{Galimberti12,
4318   author = {Galimberti, A. and Romano, D.F. and Genchi, M. and Paoloni, D. and
4319         Vercillo, F. and Bizzarri, L. and Sassera, D. and Bandi, C. and Genchi,
4320         C. and Ragni, B. and Casiraghi, M.},
4321   title = {Integrative taxonomy at work: DNA barcoding of taeniids harboured
4322         by wild and domestic cats.},
4323   journal = {Mol Ecol Resour},
4324   year = {2012},
4325   volume = {12},
4326   pages = {403-13},
4327   number = {3},
4328   abstract = {In modern taxonomy, DNA barcoding is particularly useful where biometric
4329         parameters are difficult to determine or useless owing to the poor
4330         quality of samples. These situations are frequent in parasitology.
4331         Here, we present an integrated study, based on both DNA barcoding
4332         and morphological analysis, on cestodes belonging to the genus Taenia,
4333         for which biodiversity is still largely underestimated. In particular,
4334         we characterized cestodes from Italian wildcats (Felis silvestris
4335         silvestris), free-ranging domestic cats (Felis silvestris catus)
4336         and hybrids populations. Adult taeniids were collected by post-mortem
4337         examinations of the hosts and morphologically identified as Taenia
4338         taeniaeformis. We produced cox1 barcode sequences for all the analysed
4339         specimens, and we compared them with reference sequences of individuals
4340         belonging to the genus Taenia retrieved from GenBank. In order to
4341         evaluate the performance of a DNA barcoding approach to discriminate
4342         these parasites, the strength of correlation between species identification
4343         based on classical morphology and the molecular divergence of cox1
4344         sequences was measured. Our study provides clear evidence that DNA
4345         barcoding is highly efficient to reveal the presence of cryptic lineages
4346         within already-described taeniid species. Indeed, we detected three
4347         well-defined molecular lineages within the whole panel of specimens
4348         morphologically identified as T. taeniaeformis. Two of these molecular
4349         groups were already identified by other authors and should be ranked
4350         at species level. The third molecular group encompasses only samples
4351         collected in Italy during this study, and it represents a third candidate
4352         species, still morphologically undescribed. }
4353 }
4354
4355 @ARTICLE{Gascuel97,
4356   author = {Gascuel, O.},
4357   title = {{BIONJ: an improved version of the NJ algorithm based on a simple
4358         model of sequence data.}},
4359   journal = {Molecular biology and evolution},
4360   year = {1997},
4361   volume = {14},
4362   pages = {685--695},
4363   number = {7},
4364   month = jul,
4365   abstract = {{ We propose an improved version of the neighbor-joining (NJ) algorithm
4366         of Saitou and Nei. This new algorithm, BIONJ, follows the same agglomerative
4367         scheme as NJ, which consists of iteratively picking a pair of taxa,
4368         creating a new mode which represents the cluster of these taxa, and
4369         reducing the distance matrix by replacing both taxa by this node.
4370         Moreover, BIONJ uses a simple first-order model of the variances
4371         and covariances of evolutionary distance estimates. This model is
4372         well adapted when these estimates are obtained from aligned sequences.
4373         At each step it permits the selection, from the class of admissible
4374         reductions, of the reduction which minimizes the variance of the
4375         new distance matrix. In this way, we obtain better estimates to choose
4376         the pair of taxa to be agglomerated during the next steps. Moreover,
4377         in comparison with NJ's estimates, these estimates become better
4378         and better as the algorithm proceeds. BIONJ retains the good properties
4379         of NJ--especially its low run time. Computer simulations have been
4380         performed with 12-taxon model trees to determine BIONJ's efficiency.
4381         When the substitution rates are low (maximum pairwise divergence
4382         approximately 0.1 substitutions per site) or when they are constant
4383         among lineages, BIONJ is only slightly better than NJ. When the substitution
4384         rates are higher and vary among lineages,BIONJ clearly has better
4385         topological accuracy. In the latter case, for the model trees and
4386         the conditions of evolution tested, the topological error reduction
4387         is on the average around 20\%. With highly-varying-rate trees and
4388         with high substitution rates (maximum pairwise divergence approximately
4389         1.0 substitutions per site), the error reduction may even rise above
4390         50\%, while the probability of finding the correct tree may be augmented
4391         by as much as 15\%. }},
4392   address = {GERAD, Ecole des HEC, Montreal, Quebec, Canada. gascuel@lirmm.fr},
4393   citeulike-article-id = {852556},
4394   citeulike-linkout-0 = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/14/7/685.abstract},
4395   citeulike-linkout-1 = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/14/7/685.full.pdf},
4396   citeulike-linkout-2 = {http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/14/7/685},
4397   citeulike-linkout-3 = {http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9254330},
4398   citeulike-linkout-4 = {http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=9254330},
4399   day = {1},
4400   issn = {0737-4038},
4401   keywords = {algorithm, clustering, phylogeny},
4402   pmid = {9254330},
4403   posted-at = {2009-12-02 12:35:40},
4404   priority = {2},
4405   url = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/14/7/685.abstract}
4406 }
4407
4408 @ARTICLE{Gennes72,
4409   author = {de Gennes, P. G.},
4410   title = {{Exponents for the excluded volume problem as derived by the Wilson
4411         method}},
4412   journal = {Physics Letters A},
4413   year = {1972},
4414   volume = {38},
4415   pages = {339--340},
4416   number = {5},
4417   month = feb,
4418   abstract = {{By an expansion to second order in \"{I}µ = 4-d, we derive the mean
4419         square extension R2 for a random, self excluding walk of N jumps
4420         on a d-dimensional lattice. The result is: R2 = const. N1.195(for
4421         d = 3).}},
4422   citeulike-article-id = {6994521},
4423   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1016/0375-9601(72)90149-1},
4424   day = {28},
4425   doi = {10.1016/0375-9601(72)90149-1},
4426   issn = {03759601},
4427   posted-at = {2011-11-03 13:42:19},
4428   priority = {2},
4429   url = {http://dx.doi.org/10.1016/0375-9601(72)90149-1}
4430 }
4431
4432 @INPROCEEDINGS{Gentry09,
4433   author = {Gentry, Craig},
4434   title = {Fully homomorphic encryption using ideal lattices},
4435   booktitle = {STOC '09: Proceedings of the 41st annual ACM symposium on Theory
4436         of computing},
4437   year = {2009},
4438   pages = {169--178},
4439   address = {New York, NY, USA},
4440   publisher = {ACM},
4441   doi = {http://doi.acm.org/10.1145/1536414.1536440},
4442   isbn = {978-1-60558-506-2},
4443   location = {Bethesda, MD, USA}
4444 }
4445
4446 @ARTICLE{DBLP:journals/ijns/GhoshS92,
4447   author = {Joydeep Ghosh and Yoan Shin},
4448   title = {Efficient Higher-Order Neural Networks for Classification and Function
4449         Approximation},
4450   journal = {Int. J. Neural Syst.},
4451   year = {1992},
4452   volume = {3},
4453   pages = {323-350},
4454   number = {4},
4455   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4456   ee = {http://dx.doi.org/10.1142/S0129065792000255}
4457 }
4458
4459 @ARTICLE{70,
4460   author = {Joao Girao and Markus Schneider and Dirk Westhoff},
4461   title = {CDA: Concealed Data Aggregation in Wireless Sensor Networks},
4462   year = {2004},
4463   month = {October},
4464   note = {Poster presentation},
4465   abstract = {End-to-end encryption for wireless sensor networks is a challenging
4466         problem. To save the overall energy resources of the network it is
4467         agreed that sensed data need to be consolidated and aggregated on
4468         their way to the final destination. For such circumstances we present
4469         an approach that conceals sensed and aggregated data end-to-end.
4470         Even the aggregating intermediate nodes are not enabled to read the
4471         sensed plaintext data. We apply a particular class of encryption
4472         transformation and exemplary discuss the approach on the basis of
4473         two aggregation functions. We show their appliance in hierarchical
4474         aggregator topologies and use actual implementation to show that
4475         the approach is feasible and frequently even more energy efficient
4476         than hop-by-hop encryption addressing a much weaker attacker model.},
4477   added-at = {2011-02-14T16:52:54.000+0100},
4478   address = {Philadelphia, USA},
4479   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/2723cc6485dbae704cc2663e84a5e4cbe/fohv},
4480   booktitle = {ACM Workshop on Wireless Security},
4481   cfp = {http://www.girao.org/joao/cfps/wise2004.pdf},
4482   date-modified = {2006-08-22 11:34:19 +0200},
4483   interhash = {e505bc56640625ec5f7a870bb979205e},
4484   intrahash = {723cc6485dbae704cc2663e84a5e4cbe},
4485   keywords = {Data Energy Homomorphism Privacy Wireless aggregation, consumption,
4486         encryption, networks, sensor},
4487   organization = {WiSe 2004},
4488   pdf = {http://www.girao.org/joao/papers/wise2004.pdf},
4489   timestamp = {2011-02-14T16:52:54.000+0100},
4490   url = {http://www.ece.cmu.edu/~adrian/wise2004/}
4491 }
4492
4493 @INPROCEEDINGS{Girao04,
4494   author = {J. Girao and M. Schneider and D. Westhoff},
4495   title = {CDA: Concealed data aggregation in wireless sensor networks},
4496   booktitle = {Proceedings of the ACM Workshop on Wireless Security},
4497   year = {2004},
4498   owner = {christophe},
4499   timestamp = {2010.07.31}
4500 }
4501
4502 @ARTICLE{Goldman94,
4503   author = {Goldman, N. and Yang, Z.},
4504   title = {A codon-based model of nucleotide substitution for protein-coding
4505         {DNA} sequences.},
4506   journal = {Molecular biology and evolution},
4507   year = {1994},
4508   volume = {11},
4509   pages = {725--736},
4510   number = {5},
4511   month = sep,
4512   abstract = { A codon-based model for the evolution of protein-coding {DNA} sequences
4513         is presented for use in phylogenetic estimation. A Markov process
4514         is used to describe substitutions between codons. Transition/transversion
4515         rate bias and codon usage bias are allowed in the model, and selective
4516         restraints at the protein level are accommodated using physicochemical
4517         distances between the amino acids coded for by the codons. Analyses
4518         of two data sets suggest that the new codon-based model can provide
4519         a better fit to data than can nucleotide-based models and can produce
4520         more reliable estimates of certain biologically important measures
4521         such as the transition/transversion rate ratio and the synonymous/nonsynonymous
4522         substitution rate ratio. },
4523   address = {Laboratory of Mathematical Biology, National Institute for Medical
4524         Research, United Kingdom.},
4525   citeulike-article-id = {835193},
4526   citeulike-linkout-0 = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/11/5/725.abstract},
4527   citeulike-linkout-1 = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/11/5/725.full.pdf},
4528   citeulike-linkout-2 = {http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/11/5/725},
4529   citeulike-linkout-3 = {http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7968486},
4530   citeulike-linkout-4 = {http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=7968486},
4531   day = {1},
4532   issn = {0737-4038},
4533   keywords = {adaptation, positive, selection, w},
4534   pmid = {7968486},
4535   posted-at = {2006-09-08 10:00:07},
4536   priority = {2},
4537   url = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/11/5/725.abstract}
4538 }
4539
4540 @BOOK{Goldreich,
4541   title = {Foundations of Cryptography: Basic Tools},
4542   publisher = {Cambridge University Press},
4543   year = {2007},
4544   author = {Oded Goldreich}
4545 }
4546
4547 @ARTICLE{Goldreich86,
4548   author = {Goldreich, Oded and Goldwasser, Shafi and Micali, Silvio},
4549   title = {How to construct random functions},
4550   journal = {J. ACM},
4551   year = {1986},
4552   volume = {33},
4553   pages = {792--807},
4554   month = {August},
4555   acmid = {6503},
4556   address = {New York, NY, USA},
4557   doi = {http://doi.acm.org/10.1145/6490.6503},
4558   issn = {0004-5411},
4559   issue = {4},
4560   numpages = {16},
4561   publisher = {ACM},
4562   url = {http://doi.acm.org/10.1145/6490.6503}
4563 }
4564
4565 @INPROCEEDINGS{GFH06,
4566   author = {Miroslav Goljan and Jessica J. Fridrich and Taras Holotyak},
4567   title = { New Blind Steganalysis and its Implications},
4568   booktitle = {Proc. SPIE, Electronic Imaging, Security, Steganography, and Watermarking
4569         of Multimedia Contents VIII, San Jose. CA.},
4570   year = {2006},
4571   volume = {6072},
4572   address = {Bellingham, WA},
4573   month = jan,
4574   publisher = {Society of Photo-Optical Instrumentation Engineers}
4575 }
4576
4577 @ARTICLE{17623808,
4578   author = {Gomez-Valero, Laura and Rocha, Eduardo P C and Latorre, Amparo and
4579         Silva, Francisco J},
4580   title = {Reconstructing the ancestor of Mycobacterium leprae: the dynamics
4581         of gene loss and genome reduction.},
4582   journal = {Genome Res},
4583   year = {2007},
4584   volume = {17},
4585   pages = {1178-85},
4586   number = {8},
4587   issn = {1088-9051},
4588   pubmedid = {17623808},
4589   url = {http://www.biomedsearch.com/nih/Reconstructing-ancestor-Mycobacterium-leprae-dynamics/17623808.html}
4590 }
4591
4592 @MISC{GSoC,
4593   author = {Google},
4594   title = {GSoc, the Google Summer of Code},
4595   howpublished = {\url{http://www.google-melange.com/gsoc/homepage/google/gsoc2011}},
4596   month = jan,
4597   year = {2012}
4598 }
4599
4600 @CONFERENCE{Gotsman88,
4601   author = {C. Gotsman and D. Lehmann and E. Shamir},
4602   title = {Asynchronous Dynamics of Random Boolean Networks},
4603   booktitle = {San Diego '88 Neural Networks Conference},
4604   year = {1988},
4605   owner = {guyeux},
4606   timestamp = {30/03/2008}
4607 }
4608
4609 @MISC{Gray47,
4610   author = {F. Gray},
4611   title = {Pulse code communication},
4612   year = {1953},
4613   note = {US Patent 2,632,058, March 17 1953,(filed November 13 1947)}
4614 }
4615
4616 @ARTICLE{Guckenheimer1979,
4617   author = {J. Guckenheimer},
4618   title = {Sensitive dependence to initial conditions for one-dimensional maps},
4619   journal = {Comm. Math. Phys.},
4620   year = {1979},
4621   optpages = {133-160},
4622   owner = {guyeux},
4623   timestamp = {2008.01.02}
4624 }
4625
4626 @BOOK{J.1983,
4627   title = {Nonlinear oscillations, dynamical systems, and bifurcations of vector
4628         fields},
4629   publisher = {Springer Verlag},
4630   year = {1983},
4631   author = {J. Guckenheimer and P. Holmes},
4632   owner = {guyeux},
4633   timestamp = {2008.01.02}
4634 }
4635
4636 @ARTICLE{phyml,
4637   author = {Guindon, S. and Dufayard, JF and Lefort, V. and Anisimova, M. and
4638         Hordijk, W. and Gascuel, O.},
4639   title = {New algorithms and methods to estimate maximum-likelihood phylogenies:
4640         assessing the performance of PhyML 3.0.},
4641   journal = {Systematic Biology},
4642   year = {2010},
4643   volume = {59},
4644   pages = {307-321},
4645   number = {3},
4646   abstract = {PhyML is a phylogeny software based on the maximum-likelihood principle.
4647         Early PhyML versions used a fast algorithm performing nearest neighbor
4648         interchanges to improve a reasonable starting tree topology. Since
4649         the original publication (Guindon S., Gascuel O. 2003. A simple,
4650         fast and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum
4651         likelihood. Syst. Biol. 52:696-704), PhyML has been widely used (>2500
4652         citations in ISI Web of Science) because of its simplicity and a
4653         fair compromise between accuracy and speed. In the meantime, research
4654         around PhyML has continued, and this article describes the new algorithms
4655         and methods implemented in the program. First, we introduce a new
4656         algorithm to search the tree space with user-defined intensity using
4657         subtree pruning and regrafting topological moves. The parsimony criterion
4658         is used here to filter out the least promising topology modifications
4659         with respect to the likelihood function. The analysis of a large
4660         collection of real nucleotide and amino acid data sets of various
4661         sizes demonstrates the good performance of this method. Second, we
4662         describe a new test to assess the support of the data for internal
4663         branches of a phylogeny. This approach extends the recently proposed
4664         approximate likelihood-ratio test and relies on a nonparametric,
4665         Shimodaira-Hasegawa-like procedure. A detailed analysis of real alignments
4666         sheds light on the links between this new approach and the more classical
4667         nonparametric bootstrap method. Overall, our tests show that the
4668         last version (3.0) of PhyML is fast, accurate, stable, and ready
4669         to use. A Web server and binary files are available from http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/.},
4670   added-at = {2011-04-15T03:22:04.000+0200},
4671   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/2a48c0011e1db096bb957749fa80a5385/compevol},
4672   interhash = {2df42f789ce9ac23c39f7f22719c0db2},
4673   intrahash = {a48c0011e1db096bb957749fa80a5385},
4674   keywords = {from:stephane.guindon}
4675 }
4676
4677 @ARTICLE{Guo20093201,
4678   author = {Wei Guo and Xiaoming Wang and Dake He and Yang Cao},
4679   title = {Cryptanalysis on a parallel keyed hash function based on chaotic
4680         maps},
4681   journal = {Physics Letters A},
4682   year = {2009},
4683   volume = {373},
4684   pages = {3201 - 3206},
4685   number = {36},
4686   abstract = {This Letter analyzes the security of a novel parallel keyed hash function
4687         based on chaotic maps, proposed by Xiao et al. to improve the efficiency
4688         in parallel computing environment. We show how to devise forgery
4689         attacks on Xiao's scheme with differential cryptanalysis and give
4690         the experiment results of two kinds of forgery attacks firstly. Furthermore,
4691         we discuss the problem of weak keys in the scheme and demonstrate
4692         how to utilize weak keys to construct collision.},
4693   issn = {0375-9601},
4694   keywords = {Cryptanalysis}
4695 }
4696
4697 @BOOK{guyeux12:bc,
4698   title = {Le d\'esordre des it\'erations chaotiques - Applications aux r\'eseaux
4699         de capteurs, \`a la dissimulation d'information, et aux fonctions
4700         de hachage},
4701   publisher = {\'Editions Universitaires Europ\'eennes},
4702   year = {2012},
4703   author = {Guyeux, Christophe},
4704   note = {ISBN 978-3-8417-9417-8. 362 pages. Publication de la thèse de doctorat.},
4705   abstract = {Les itérations chaotiques, un outil issu des mathématiques discrètes,
4706         sont pour la première fois étudiées pour obtenir de la divergence
4707         et du désordre. Après avoir utilisé les mathématiques discrètes pour
4708         en déduire des situations de non convergence, ces itérations sont
4709         modélisées sous la forme d'un système dynamique et sont étudiées
4710         topologiquement dans le cadre de la théorie mathématique du chaos.
4711         Nous prouvons que leur adjectif « chaotique » a été bien choisi :
4712         ces itérations sont du chaos aux sens de Devaney, Li-Yorke, l'expansivité,
4713         l'entropie topologique et l'exposant de Lyapunov, etc. Ces propriétés
4714         ayant été établies pour une topologie autre que la topologie de l'ordre,
4715         les conséquences de ce choix sont discutées. Nous montrons alors
4716         que ces itérations chaotiques peuvent être portées telles quelles
4717         sur ordinateur, sans perte de propriétés, et qu'il est possible de
4718         contourner le problème de la finitude des ordinateurs pour obtenir
4719         des programmes aux comportements prouvés chaotiques selon Devaney,
4720         etc. Cette manière de faire est respectée pour générer des algorithmes
4721         de tatouage numérique et des fonction de hachage chaotiques au sens
4722         le plus fort qui soit.},
4723   classement = {OS},
4724   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
4725   equipe = {and},
4726   inhal = {no},
4727   isbn = {978-3-8417-9417-8}
4728 }
4729
4730 @BOOK{Guyeux2012,
4731   title = {Le d\'esordre des it\'erations chaotiques - Applications aux r\'eseaux
4732         de capteurs, \`a la dissimulation d'information, et aux fonctions
4733         de hachage},
4734   publisher = {\'Editions Universitaires Europ\'eennes},
4735   year = {2012},
4736   author = {Guyeux, Christophe},
4737   note = {ISBN 978-3-8417-9417-8. 362 pages. Publication de la thèse de doctorat.},
4738   abstract = {Les itérations chaotiques, un outil issu des mathématiques discrètes,
4739         sont pour la première fois étudiées pour obtenir de la divergence
4740         et du désordre. Après avoir utilisé les mathématiques discrètes pour
4741         en déduire des situations de non convergence, ces itérations sont
4742         modélisées sous la forme d'un système dynamique et sont étudiées
4743         topologiquement dans le cadre de la théorie mathématique du chaos.
4744         Nous prouvons que leur adjectif « chaotique » a été bien choisi :
4745         ces itérations sont du chaos aux sens de Devaney, Li-Yorke, l'expansivité,
4746         l'entropie topologique et l'exposant de Lyapunov, etc. Ces propriétés
4747         ayant été établies pour une topologie autre que la topologie de l'ordre,
4748         les conséquences de ce choix sont discutées. Nous montrons alors
4749         que ces itérations chaotiques peuvent être portées telles quelles
4750         sur ordinateur, sans perte de propriétés, et qu'il est possible de
4751         contourner le problème de la finitude des ordinateurs pour obtenir
4752         des programmes aux comportements prouvés chaotiques selon Devaney,
4753         etc. Cette manière de faire est respectée pour générer des algorithmes
4754         de tatouage numérique et des fonction de hachage chaotiques au sens
4755         le plus fort qui soit.},
4756   classement = {OS},
4757   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
4758   equipe = {and},
4759   inhal = {no},
4760   isbn = {978-3-8417-9417-8}
4761 }
4762
4763 @PHDTHESIS{GuyeuxThese10,
4764   author = {Christophe Guyeux},
4765   title = {Le d\'{e}sordre des it\'{e}rations chaotiques et leur utilit\'{e}
4766         en s\'{e}curit\'{e} informatique},
4767   school = {Universit\'{e} de Franche-Comt\'{e}},
4768   year = {2010},
4769   owner = {christophe},
4770   timestamp = {2010.12.21}
4771 }
4772
4773 @INCOLLECTION{gb11:bc,
4774   author = {Guyeux, Christophe and Bahi, Jacques},
4775   title = {A Topological Study of Chaotic Iterations. Application to Hash Functions},
4776   booktitle = {CIPS, Computational Intelligence for Privacy and Security},
4777   publisher = {Springer},
4778   year = {2012},
4779   volume = {394},
4780   series = {Studies in Computational Intelligence},
4781   pages = {51--73},
4782   note = {Revised and extended journal version of an IJCNN best paper},
4783   classement = {OS},
4784   doi = {10.1007/978-3-642-25237-2_5},
4785   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
4786   equipe = {and},
4787   inhal = {no},
4788   url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-25237-2_5}
4789 }
4790
4791 @MISC{gb11:onp,
4792   author = {Guyeux, Christophe and Bahi, Jacques},
4793   title = {\'Etude topologique de l'\'etalement de spectre},
4794   howpublished = {Journ\'ees Codes et St\'eganographie, \'Ecoles Militaires de Saint-Cyr,
4795         Co\"etquidan},
4796   month = jan,
4797   year = {2011},
4798   classement = {COM},
4799   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
4800   equipe = {and},
4801   inhal = {no}
4802 }
4803
4804 @INPROCEEDINGS{bg10:ip,
4805   author = {Guyeux, Christophe and Bahi, Jacques},
4806   title = {An improved watermarking algorithm for Internet applications},
4807   booktitle = {INTERNET'2010. The 2nd Int. Conf. on Evolving Internet},
4808   year = {2010},
4809   pages = {119--124},
4810   address = {Valencia, Spain},
4811   month = sep,
4812   classement = {ACTI},
4813   doi = {10.1109/INTERNET.2010.29},
4814   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
4815   equipe = {and},
4816   inhal = {no},
4817   url = {http://dx.doi.org/10.1109/INTERNET.2010.29}
4818 }
4819
4820 @UNPUBLISHED{unpubIJUC,
4821   author = {Guyeux, Christophe and Bahi, Jacques M. and Couturier, Rapha{\"e}l},
4822   title = {Introducing the truly chaotic finite state machines and theirs applications
4823         in security field},
4824   note = {Submitted to the International Journal of Unconventional Computing},
4825   owner = {tof},
4826   timestamp = {2013.10.03}
4827 }
4828
4829 @ARTICLE{unputgcbb12,
4830   author = {Guyeux, Christophe and C\^{o}t\'e, Nathalie and Bienia, Wojciech
4831         and Bahi, Jacques M.},
4832   title = {Is protein folding problem really a NP-complete one? first investigations.},
4833   journal = {Journal of bioinformatics and computational biology (JBCB)},
4834   year = {*},
4835   volume = {(*)},
4836   pages = {***-***},
4837   note = {Accepted paper, to appear},
4838   owner = {tof},
4839   timestamp = {2013.09.21}
4840 }
4841
4842 @UNPUBLISHED{unpubBio,
4843   author = {Guyeux, C. and Couchot, J.-F. and Roland, J.-Y. and Al Kindy, B and
4844         Bahi, J.M.},
4845   title = {Reconstructing the last common ancestor of the Mycobacterium tuberculosis
4846         complex: a position paper},
4847   note = {Submitted to Bioinformatics, the 5th international conference on
4848         bioinformatics models, methods and algorithms},
4849   owner = {tof},
4850   timestamp = {2013.09.29}
4851 }
4852
4853 @INPROCEEDINGS{gfb10:ip,
4854   author = {Guyeux, Christophe and Friot, Nicolas and Bahi, Jacques},
4855   title = {Chaotic iterations versus Spread-spectrum: chaos and stego security},
4856   booktitle = {IIH-MSP'10, 6-th Int. Conf. on Intelligent Information Hiding and
4857         Multimedia Signal Processing},
4858   year = {2010},
4859   pages = {208--211},
4860   address = {Darmstadt, Germany},
4861   month = oct,
4862   classement = {ACTI},
4863   doi = {10.1109/IIHMSP.2010.59},
4864   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
4865   equipe = {and},
4866   inhal = {no},
4867   url = {http://dx.doi.org/10.1109/IIHMSP.2010.59}
4868 }
4869
4870 @ARTICLE{2010arXiv1005.0705G,
4871   author = {{Guyeux}, C. and {Friot}, N. and {Bahi}, J.~M.},
4872   title = {{Chaotic iterations versus Spread-spectrum: chaos and stego security}},
4873   journal = {ArXiv e-prints},
4874   year = {2010},
4875   month = may,
4876   adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System},
4877   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2010arXiv1005.0705G},
4878   archiveprefix = {arXiv},
4879   eprint = {1005.0705},
4880   keywords = {Computer Science - Cryptography and Security}
4881 }
4882
4883 @ARTICLE{friot10,
4884   author = {Christophe Guyeux and Nicolas Friot and Jacques M. Bahi},
4885   title = {A more secure information hiding scheme than spread-spectrum obtained
4886         by chaos-security},
4887   journal = {arXiv 0032565},
4888   year = {2010},
4889   owner = {guyeux},
4890   timestamp = {2010.04.30}
4891 }
4892
4893 @UNPUBLISHED{subgmb13,
4894   author = {Guyeux, Christophe and Makhoul, Abdallah and Bahi, Jacques M.},
4895   title = {Epidemiological approaches for data survivability in unattended wireless
4896         sensor networks: considering the sensors lifetime},
4897   note = {Submitted to New Generation Computing (Springer)},
4898   owner = {tof},
4899   timestamp = {2013.09.21}
4900 }
4901
4902 @INPROCEEDINGS{networkx,
4903   author = {Aric A. Hagberg and Daniel A. Schult and Pieter J. Swart},
4904   title = {Exploring network structure, dynamics, and function using {NetworkX}},
4905   booktitle = {Proceedings of the 7th Python in Science Conference (SciPy2008)},
4906   year = {2008},
4907   pages = {11--15},
4908   address = {Pasadena, CA USA},
4909   month = Aug,
4910   editors = {G\"{a}el Varoquaux, Travis Vaught, and Jarrod Millman},
4911   urlpdf = {http://math.lanl.gov/~hagberg/Papers/hagberg-2008-exploring.pdf}
4912 }
4913
4914 @BOOK{ECC,
4915   title = {Guide to Elliptic Curve Cryptography},
4916   publisher = {Springer Professional Computing},
4917   year = {2004},
4918   editor = {Springer},
4919   author = {D. Hankerson and A. Menezes and S. Vanstone},
4920   owner = {christophe},
4921   timestamp = {2010.07.31}
4922 }
4923
4924 @ARTICLE{74,
4925   author = {D. Hankerson and A. Menezes and S. Vanstone.},
4926   title = {Guide to Elliptic Curve Cryptography},
4927   journal = {Springer},
4928   year = {2004}
4929 }
4930
4931 @MISC{abajournal,
4932   author = {Mark Hansen},
4933   title = {How the cops caught BTK},
4934   howpublished = {Abajournal},
4935   month = {April},
4936   year = {2006},
4937   owner = {tof},
4938   timestamp = {2012.10.15},
4939   url = {\url{http://www.abajournal.com/magazine/article/how_the_cops_caught_btk/}}
4940 }
4941
4942 @ARTICLE{72,
4943   author = {W. Haodong and S. Bo and L. Qun},
4944   title = {Elliptic Curve Cryptography-based Access Control in Sensor Networks},
4945   journal = {International Journal of Security and Networks},
4946   year = {2006},
4947   volume = {1},
4948   pages = {127-137},
4949   number = {3-4}
4950 }
4951
4952 @ARTICLE{Haodong06,
4953   author = {W. Haodong and S. Bo and L. Qun},
4954   title = {Elliptic Curve Cryptography-based Access Control in Sensor Networks},
4955   journal = {International Journal of Security and Networks},
4956   year = {2006},
4957   volume = {1},
4958   pages = {127-137},
4959   number = {3-4}
4960 }
4961
4962 @MISC{ExifTool,
4963   author = {Phil Harvey},
4964   title = {ExifTool},
4965   howpublished = {\url{http://nschloe.blogspot.fr/2009/06/bibtex-how-to-cite-website_21.html}},
4966   month = {September},
4967   year = {2012},
4968   owner = {tof},
4969   timestamp = {2012.09.17}
4970 }
4971
4972 @ARTICLE{Hasegawa1985,
4973   author = {M. Hasegawa and H. Kishino and T. Yano},
4974   title = {Dating of the human-ape splitting by a molecular clock of mitochondrial
4975         DNA.},
4976   journal = {J Mol Evol},
4977   year = {1985},
4978   volume = {22},
4979   pages = {160--174},
4980   number = {2},
4981   abstract = {A new statistical method for estimating divergence dates of species
4982         from DNA sequence data by a molecular clock approach is developed.
4983         This method takes into account effectively the information contained
4984         in a set of DNA sequence data. The molecular clock of mitochondrial
4985         DNA (mtDNA) was calibrated by setting the date of divergence between
4986         primates and ungulates at the Cretaceous-Tertiary boundary (65 million
4987         years ago), when the extinction of dinosaurs occurred. A generalized
4988         least-squares method was applied in fitting a model to mtDNA sequence
4989         data, and the clock gave dates of 92.3 +/- 11.7, 13.3 +/- 1.5, 10.9
4990         +/- 1.2, 3.7 +/- 0.6, and 2.7 +/- 0.6 million years ago (where the
4991         second of each pair of numbers is the standard deviation) for the
4992         separation of mouse, gibbon, orangutan, gorilla, and chimpanzee,
4993         respectively, from the line leading to humans. Although there is
4994         some uncertainty in the clock, this dating may pose a problem for
4995         the widely believed hypothesis that the pipedal creature Australopithecus
4996         afarensis, which lived some 3.7 million years ago at Laetoli in Tanzania
4997         and at Hadar in Ethiopia, was ancestral to man and evolved after
4998         the human-ape splitting. Another likelier possibility is that mtDNA
4999         was transferred through hybridization between a proto-human and a
5000         proto-chimpanzee after the former had developed bipedalism.},
5001   keywords = {Animals; Biological Evolution; DNA, Mitochondrial, genetics; Genes;
5002         Haplorhini, genetics; Humans; Mathematics; Models, Genetic; Nucleic
5003         Acid Hybridization; Primates, genetics; Proteins, genetics; Species
5004         Specificity},
5005   language = {eng},
5006   medline-pst = {ppublish},
5007   owner = {guyeux},
5008   pmid = {3934395},
5009   timestamp = {2011.05.05}
5010 }
5011
5012 @ARTICLE{Krishnamurthy,
5013   author = {T. He and S. Krishnamurthy and J. A. Stankovic and T. Abdelzaher
5014         and L. Luo and R. Stoleru and T. Yan and L. Gu and J. Hui and B.
5015         Krogh},
5016   title = {Energy-efficient surveillance system using wireless sensor networks},
5017   journal = {in MobiSys},
5018   year = {2003},
5019   pages = {270 - 283}
5020 }
5021
5022 @ARTICLE{Hethcote00,
5023   author = {Herbert W. Hethcote},
5024   title = {The mathematics of infectious diseases},
5025   journal = {SIAM Review},
5026   year = {2000},
5027   volume = {42},
5028   pages = {599--653}
5029 }
5030
5031 @ARTICLE{Hoberg06,
5032   author = {Hoberg, E.P.},
5033   title = {Phylogeny of Taenia: Species definitions and origins of human parasites.},
5034   journal = {Parasitol Int},
5035   year = {2006},
5036   volume = {55 Suppl},
5037   abstract = {Phylogeny is fundamental as it constrains explanations about history
5038         and forms our foundation for recognizing and diagnosing species.
5039         In the absence of such a framework taxonomists historically relied
5040         on intuitive processes, personal judgment and authority, often embracing
5041         a typological view of species that disregarded otherwise unequivocal
5042         historical and biological criteria. Species of Taenia are among the
5043         most characteristic tapeworms infecting carnivores and humans as
5044         definitive hosts and indeed Taeniidae is unique among the Eucestoda
5045         in requiring 2 obligate mammalian hosts for transmission; a high
5046         percentage (>80\%) of life cycles have been completely elucidated
5047         among the approximately 45 species and nominal subspecies of Taenia.
5048         Until recently there had been no comprehensive attempts at reconstruction
5049         of a phylogeny among these important parasites. Such analyses have
5050         allowed us to explore the origins and evolution of those independent
5051         species of Taenia that occur in humans (T. saginata, T. asiatica,
5052         and T. solium) and to understand the ecological and historical processes
5053         serving as determinants of biogeography and host-association. These
5054         studies supported the status of T. asiatica as a valid species and
5055         diagnosed a relationship as the sister-species of T. saginata. These
5056         conclusions contrasted with a diversity of opinions that would subsume
5057         T. asiatica as a subspecies. Recognition of a species constitutes
5058         a specific and testable hypothesis, is not an arbitrary decision
5059         and is most appropriately assessed in the context of phylogenetic
5060         or historical data. Considering macrospecies, a process has been
5061         outlined by Brooks and McLennan [Brooks DR, McLennan DA. The nature
5062         of diversity: an evolutionary voyage of discovery. University of
5063         Chicago Press: Chicago; 2002] as follows: (1) Discovery: a systematist
5064         describes the species; (2) Phylogenetic reconstruction; (3) Evaluation
5065         I: do sister-species show geographical overlap-are they sympatric
5066         or allopatric (use phylogeny+geographical distributions)? (4) Evaluation
5067         II: are sister-species reproductively isolated based on information
5068         from natural history, ecology and reproductive biology? Species may
5069         be viewed in the context of microevolutionary and macroevolutionary
5070         processes. For instance, microspecies are defined in ecological time
5071         and involve populations and contemporary process that are potentially
5072         reversible (reticulate). In contrast, macrospecies as exemplified
5073         by T. saginata and T. asiatica are divergent lineages resulting from
5074         processes in evolutionary time where an ancestor has undergone a
5075         permanent split that is non-reversible (non-reticulate). Applying
5076         these criteria in evaluation of T. saginata and T. asiatica, it becomes
5077         clear that in evolutionary time these represent historical lineages
5078         with independent spatial and temporal trajectories, having separated
5079         from a common ancestor near 0.78 to 1.71 MYBP in Africa, or Eurasia.
5080         In ecological time, sympatry, reproductive isolation, and differences
5081         in life history evident for T. saginata and T. asiatica as observed
5082         in China, and perhaps other regions of Southeast Asia, further serve
5083         to validate these taeniids. }
5084 }
5085
5086 @ARTICLE{Hoberg00a,
5087   author = {Hoberg, E.P. and Jones, A. and Rausch, R.L. and Eom, K.S. and Gardner,
5088         S.L.},
5089   title = {A phylogenetic hypothesis for species of the genus Taenia (Eucestoda
5090         : Taeniidae).},
5091   journal = {J Parasitol},
5092   year = {2000},
5093   volume = {86},
5094   pages = {89-98},
5095   number = {1},
5096   abstract = {Cladistic analysis of a numerical data matrix describing 27 characters
5097         for species of Taenia resulted in 4 most parsimonious phylogenetic
5098         trees (174 steps; consistency index = 0.28; homoplasy index = 0.72;
5099         retention index = 0.48). Monophyly for Taenia is diagnosed by the
5100         metacestode that is either a cysticercus or a form derived from a
5101         bladder-like larva; no other unequivocal synapomorphies are evident.
5102         Tree structure provides no support for recognition of a diversity
5103         of tribes or genera within the Taeniinae: Fimbriotaeniini and Taeniini
5104         have no phylogenetic basis. Hydatigera, Fimbriotaenia, Fossor, Monordotaenia,
5105         Multiceps, Taeniarhynchus, Tetratirotaenia must be subsumed within
5106         Taenia as synonyms. Taenia saginata and Taenia asiatica are sister
5107         species and distantly related to Taenia solium. Cospeciation with
5108         respect to carnivorous definitive hosts and Taenia appears to be
5109         limited. Although felids are putative ancestral hosts, contemporary
5110         associations appear to have resulted from extensive host-switching
5111         among felids, canids, hyaenids, and others. In contrast, relationships
5112         with herbivorous intermediate hosts are indicative of more pervasive
5113         coevolution; rodents as intermediate hosts are postulated as ancestral
5114         for the Taeniidae, Taenia + Echinococcus. Patterns appear consistent
5115         with rapid shifts between phylogenetically unrelated carnivores but
5116         among those that historically exploited a common prey resource within
5117         communities in specific biogeographic regions. }
5118 }
5119
5120 @ARTICLE{Hoberg00,
5121   author = {Hoberg, Eric P. and Alkire, Nancy L. and Queiroz, Alan D. and Jones,
5122         Arlene},
5123   title = {{Out of Africa : origins of the Taenia tapeworms in humans}},
5124   year = {2001},
5125   number = {September 2000},
5126   citeulike-article-id = {8099282},
5127   keywords = {aenia, ecology, evolution, historical, human, parasites, tapeworms,
5128         todo\_mendeley},
5129   pdf = {file:///C:/LITERATURA ok/Articulos/Invertebrados/Hoberg et al.. 2001. Out of Africa origins of the Taenia tapeworms in humans.pdf},
5130   posted-at = {2010-10-23 19:30:54}
5131 }
5132
5133 @ARTICLE{10.1109/CIMSiM.2010.36,
5134   author = {Jiri Holoska and Zuzana Oplatkova and Ivan Zelinka and Roman Senkerik},
5135   title = {Comparison between Neural Network Steganalysis and Linear Classification
5136         Method Stegdetect},
5137   journal = {Computational Intelligence, Modelling and Simulation, International
5138         Conference on},
5139   year = {2010},
5140   volume = {0},
5141   pages = {15-20},
5142   address = {Los Alamitos, CA, USA},
5143   doi = {http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/CIMSiM.2010.36},
5144   isbn = {978-0-7695-4262-1},
5145   publisher = {IEEE Computer Society}
5146 }
5147
5148 @BOOK{R1994,
5149   title = {A First Course in Discrete Dynamical Systems},
5150   publisher = {Springer-Verlag},
5151   year = {1994},
5152   author = {R. Homlgren},
5153   optpages = {106},
5154   owner = {guyeux},
5155   timestamp = {2008.01.02}
5156 }
5157
5158 @INCOLLECTION{Hoque09,
5159   author = {Hoque, Md. and Chetty, Madhu and Sattar, Abdul},
5160   title = {Genetic Algorithm in Ab Initio Protein Structure Prediction Using
5161         Low Resolution Model: A Review},
5162   booktitle = {Biomedical Data and Applications},
5163   publisher = {Springer Berlin Heidelberg},
5164   year = {2009},
5165   editor = {Sidhu, Amandeep and Dillon, Tharam},
5166   volume = {224},
5167   series = {Studies in Computational Intelligence},
5168   pages = {317-342},
5169   affiliation = {IIIS, Griffith University, Nathan, QLD-4111 Australia}
5170 }
5171
5172 @ARTICLE{DBLP:journals/nn/HornikSW89,
5173   author = {Kurt Hornik and Maxwell B. Stinchcombe and Halbert White},
5174   title = {Multilayer feedforward networks are universal approximators},
5175   journal = {Neural Networks},
5176   year = {1989},
5177   volume = {2},
5178   pages = {359-366},
5179   number = {5},
5180   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
5181   ee = {http://dx.doi.org/10.1016/0893-6080(89)90020-8}
5182 }
5183
5184 @CONFERENCE{Houmansadr09,
5185   author = {A. Houmansadr and N. Kiyavash and N. Borisov},
5186   title = {Rainbow: A robust and invisible non-blind watermark for network flows},
5187   booktitle = {NDSS’09: 16th Annual Network and Distributed System Security Symposium},
5188   year = {2009},
5189   owner = {christophe},
5190   timestamp = {2010.03.07}
5191 }
5192
5193 @ARTICLE{HuangFang,
5194   author = {H. C. Huang and W. C. Fang},
5195   title = {Metadata-Based Image Watermarking for Copyright Protection},
5196   journal = {Simulation Modelling Practice and Theory},
5197   year = {2010},
5198   volume = {18},
5199   pages = {436-445},
5200   number = {4},
5201   owner = {guyeux},
5202   timestamp = {2008.05.29}
5203 }
5204
5205 @ARTICLE{Huang10,
5206   author = {Huang, Shih-I and Shieh, Shiuhpyng and Tygar, J.},
5207   title = {Secure encrypted-data aggregation for wireless sensor networks},
5208   journal = {Wireless Networks},
5209   abstract = {Abstract\&nbsp;\&nbsp;This paper proposes a secure encrypted-data
5210         aggregation scheme for wireless sensor networks. Our design for data
5211         aggregation eliminates redundant sensor readings without using encryption
5212         and maintains data secrecy and privacy during transmission. Conventional
5213         aggregation functions operate when readings are received in plaintext.
5214         If readings are encrypted, aggregation requires decryption creating
5215         extra overhead and key management issues. In contrast to conventional
5216         schemes, our proposed scheme provides security and privacy, and duplicate
5217         instances of original readings will be aggregated into a single packet.
5218         Our scheme is resilient to known-plaintext attacks, chosen-plaintext
5219         attacks, ciphertext-only attacks and man-in-the-middle attacks. Our
5220         experiments show that our proposed aggregation method significantly
5221         reduces communication overhead and can be practically implemented
5222         in on-the-shelf sensor platforms.},
5223   citeulike-article-id = {4499496},
5224   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1007/s11276-009-0177-y},
5225   citeulike-linkout-1 = {http://www.springerlink.com/content/g573138072642u63},
5226   doi = {10.1007/s11276-009-0177-y},
5227   posted-at = {2009-05-10 09:55:44},
5228   url = {http://dx.doi.org/10.1007/s11276-009-0177-y}
5229 }
5230
5231 @ARTICLE{78,
5232   author = {Huang, Shih-I and Shieh, Shiuhpyng and Tygar, J. D.},
5233   title = {Secure encrypted-data aggregation for wireless sensor networks},
5234   journal = {Wirel. Netw.},
5235   year = {2010},
5236   volume = {16},
5237   pages = {915--927},
5238   month = {May},
5239   acmid = {1825011},
5240   address = {Hingham, MA, USA},
5241   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/s11276-009-0177-y},
5242   issn = {1022-0038},
5243   issue = {4},
5244   keywords = {Data aggregation, Privacy, Secrecy, Sensor networks, Wireless},
5245   numpages = {13},
5246   publisher = {Kluwer Academic Publishers},
5247   url = {http://dx.doi.org/10.1007/s11276-009-0177-y}
5248 }
5249
5250 @ARTICLE{W.2001,
5251   author = {W. Huang and X. Ye},
5252   title = {Homeomorphisms with the whole compacta being scrambled sets},
5253   journal = {Ergod. Th. Dynam. Systems},
5254   year = {2001},
5255   volume = {21},
5256   pages = {77--91},
5257   optnumber = {1},
5258   owner = {guyeux},
5259   timestamp = {2008.01.02}
5260 }
5261
5262 @ARTICLE{Huang:2009:PSA:1649534.1649539,
5263   author = {Huang, Y. M. and Hsieh, M. Y. and Chao, H. C. and Hung, S. H. and
5264         Park, J. H.},
5265   title = {Pervasive, secure access to a hierarchical sensor-based healthcare
5266         monitoring architecture in wireless heterogeneous networks},
5267   journal = {IEEE J.Sel. A. Commun.},
5268   year = {2009},
5269   volume = {27},
5270   pages = {400--411},
5271   number = {4},
5272   month = may,
5273   acmid = {1649539},
5274   address = {Piscataway, NJ, USA},
5275   doi = {10.1109/JSAC.2009.090505},
5276   issn = {0733-8716},
5277   issue_date = {May 2009},
5278   keywords = {ECG, Healthcare monitoring, wearable sensor, security, ad hoc, WSN,
5279         ECG, WSN, ad hoc, healthcare monitoring, security, wearable sensor},
5280   numpages = {12},
5281   publisher = {IEEE Press},
5282   url = {http://dx.doi.org/10.1109/JSAC.2009.090505}
5283 }
5284
5285 @ARTICLE{MrBayes,
5286   author = {Huelsenbeck, John P. and Ronquist, Fredrik},
5287   title = {{MRBAYES:} Bayesian inference of phylogenetic trees},
5288   journal = {Bioinformatics},
5289   year = {2001},
5290   volume = {17},
5291   pages = {754--755},
5292   number = {8},
5293   month = {August},
5294   abstract = {Summary: The program {MRBAYES} performs Bayesian inference of phylogeny
5295         using a variant of Markov chain Monte Carlo. Availability: {MRBAYES,}
5296         including the source code, documentation, sample data files, and
5297         an executable, is available at http://brahms.biology.rochester.edu/software.html.
5298         Contact: johnh@brahms.biology.rochester.edu},
5299   added-at = {2009-12-09T17:59:08.000+0100},
5300   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/2cb1e921bdbca1cd52d65fe86d30e1440/derele},
5301   description = {my big master bibtex file},
5302   doi = {10.1093/bioinformatics/17.8.754},
5303   interhash = {04acdd1116b59f43bda2722b7469fd92},
5304   intrahash = {cb1e921bdbca1cd52d65fe86d30e1440},
5305   keywords = {imported},
5306   opturl = {http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/17/8/754},
5307   timestamp = {2009-12-09T17:59:08.000+0100}
5308 }
5309
5310 @BOOK{Hughes95,
5311   title = {{Random walks and random environments, Volume 1: Random walks}},
5312   publisher = {Clarendon Press},
5313   year = {1995},
5314   author = {Hughes, Barry D.},
5315   address = {Oxford},
5316   month = mar,
5317   abstract = {{Volume 1.}},
5318   day = {30},
5319   howpublished = {Hardcover},
5320   isbn = {0198537883},
5321   posted-at = {2012-03-16 07:32:02},
5322   priority = {2},
5323   url = {http://www.worldcat.org/isbn/0198537883}
5324 }
5325
5326 @ARTICLE{Hurley1982,
5327   author = {M. Hurley},
5328   title = {Attractors, persistence and density of their bassin},
5329   journal = {Transactions of AMS},
5330   year = {1982},
5331   optpages = {247-271},
5332   optvolume = {269},
5333   owner = {guyeux},
5334   timestamp = {2008.01.02}
5335 }
5336
5337 @ARTICLE{huttner07,
5338   author = {Hüttner, M. and Nakao, M. and Wassermann, T. and Siefert, L. and
5339         Boomker, J.D.F. and Dinkel, A. and Sako, Y. and Mackenstedt, U. and
5340         Romig, T. and Ito, A.},
5341   title = {Genetic characterization and phylogenetic position of Echinococcus
5342         felidis (Cestoda: Taeniidae) from the African lion.},
5343   journal = {Int J Parasitol},
5344   year = {2007},
5345   abstract = {Echinococcus felidis had been described in 1937 from African lions,
5346         but was later included in Echinococcus granulosus as a subspecies
5347         or a strain. In the absence of any genetic characterization, most
5348         previous records of this taxon from a variety of large African mammals
5349         remained unconfirmed due to the lack of diagnostic criteria and the
5350         possible confusion with the sympatric E. granulosus sensu stricto,
5351         Echinococcus ortleppi and Echinococcus canadensis. In this study,
5352         we obtained taeniid eggs from lion feces in Uganda and amplified
5353         DNA from individual eggs. Mitochondrial and nuclear DNA sequences
5354         showed similarities with those of other Echinococcus spp., but high
5355         values of percentage divergence of mitochondrial genes indicated
5356         the presence of a distinct species. In a second step, we compared
5357         this material with the preserved specimens of adult E. granulosus
5358         felidis, which had been identified morphologically approximately
5359         40years ago in South Africa. All DNA fragments (&lt;200bp) that could
5360         be amplified from the adults showed 100\% similarity with the Ugandan
5361         material. In the phylogenetic tree of Echinococcus which was constructed
5362         from the mitochondrial genes, E. felidis is positioned as a sister
5363         taxon of E. granulosus sensu stricto. The data obtained will facilitate
5364         the development of diagnostic tools necessary to study the epidemiology
5365         of this enigmatic parasite.}
5366 }
5367
5368 @INPROCEEDINGS{Islam:2009:NMA:1695134.1695181,
5369   author = {Islam, Md. Kamrul and Chetty, Madhu},
5370   title = {Novel Memetic Algorithm for Protein Structure Prediction},
5371   booktitle = {Proceedings of the 22nd Australasian Joint Conference on Advances
5372         in Artificial Intelligence},
5373   year = {2009},
5374   series = {AI '09},
5375   pages = {412--421},
5376   address = {Berlin, Heidelberg},
5377   publisher = {Springer-Verlag},
5378   acmid = {1695181},
5379   isbn = {978-3-642-10438-1},
5380   keywords = {Guided search space, Memetic Algorithm, Modified fitness function,
5381         Pair-wise-interchange, Schema preservation, Tabu Search},
5382   location = {Melbourne, Australia},
5383   numpages = {10}
5384 }
5385
5386 @ARTICLE{47,
5387   author = {J.Bahi and A.Makhoul and A.Mostefaoui},
5388   title = {Localization and coverage for high density sensor networks},
5389   journal = {Computer Communications journal},
5390   year = {2008},
5391   volume = {31},
5392   pages = {770-781},
5393   number = {4}
5394 }
5395
5396 @PATENT{Ohmura05Pat,
5397   nationality = {US},
5398   number = {6963363},
5399   year = {2005},
5400   yearfiled = {2005},
5401   author = {J.Ohmura and A. Kawasaki},
5402   title = {Digital camera capable of embedding an electronic watermark into
5403         image data},
5404   owner = {tof},
5405   timestamp = {2012.09.05}
5406 }
5407
5408 @PHDTHESIS{Jacquemard77,
5409   author = {C. Jacquemard},
5410   title = {Contribution à l'étude d'algorithmes à convergence monotone},
5411   school = {Université de Franche-Comté},
5412   year = {1977},
5413   owner = {christophe},
5414   timestamp = {2010.08.25}
5415 }
5416
5417 @ARTICLE{ensemble,
5418   author = {Jan Kodovsky, Jessica Fridrich, Vojtech Holub},
5419   title = {Ensemble Classifiers for Steganalysis of Digital Media},
5420   journal = {Information Forensics and Security},
5421   year = {2012},
5422   optannote = {•},
5423   optkey = {•},
5424   optmonth = {April},
5425   optnote = {•},
5426   optnumber = {•},
5427   optpages = {432-444},
5428   optvolume = {7}
5429 }
5430
5431 @INPROCEEDINGS{Jenkins96,
5432   author = {Jenkins},
5433   title = {{ISAAC}},
5434   booktitle = {IWFSE: International Workshop on Fast Software Encryption, LNCS},
5435   year = {1996}
5436 }
5437
5438 @ARTICLE{Jenkins1996,
5439   author = {R. J. Jenkins},
5440   title = {{ISAAC}},
5441   journal = {Fast Software Encryption},
5442   year = {1996},
5443   pages = {41--49},
5444   owner = {qianxue},
5445   timestamp = {2009.10.28}
5446 }
5447
5448 @ARTICLE{Jensen04,
5449   author = {Iwan Jensen},
5450   title = {Enumeration of self-avoiding walks on the square lattice},
5451   journal = {J. Phys. A},
5452   year = {2004},
5453   pages = {5503--5524}
5454 }
5455
5456 @ARTICLE{Jensen04a,
5457   author = {Iwan Jensen},
5458   title = {Enumeration of self-avoiding walks on the square lattice},
5459   journal = {J. Phys. A},
5460   year = {2004},
5461   pages = {5503--5524}
5462 }
5463
5464 @ARTICLE{STE,
5465   author = {Jessica Friedrich, Jan Kodovsky},
5466   title = {Steganalysis of LSB Replacement Using Parity-Aware Features},
5467   journal = {Springer},
5468   year = {2012},
5469   optannote = {•},
5470   optkey = {•},
5471   optmonth = {•},
5472   optnote = {•},
5473   optnumber = {•},
5474   optpages = {•},
5475   optvolume = {•}
5476 }
5477
5478 @ARTICLE{Jia12,
5479   author = {Wanzhong Jia and Hongbin Yan and Zhongzi Lou and Xingwei Ni and Viktor
5480         Dyachenko and Hongmin Li and D. Timothy J. Littlewood},
5481   title = {Mitochondrial genes and genomes support a cryptic species of tapeworm
5482         within Taenia taeniaeformis },
5483   journal = {Acta Tropica },
5484   year = {2012},
5485   volume = {123},
5486   pages = {154 - 163},
5487   number = {3},
5488   abstract = {Taenia taeniaeformis is a globally distributed cestode, which uses
5489         felids as definitive and rodents as intermediate hosts. The complete
5490         mitochondrial \{DNA\} (mtDNA) of T. taeniaeformis from Germany (Tt-GER)
5491         was sequenced, and compared with that of another isolate from China
5492         (GenBank NC_014768; Tt-CHN), both taken from cats. Analysis of the
5493         two mtDNAs indicated that the isolates are significantly different
5494         from one another with 12.6\% and 9.9\% nucleotide and amino acid
5495         divergence between them, for concatenated protein-coding genes; overall
5496         difference based on a pairwise nucleotide alignment of complete mtDNAs
5497         was 11.8\%. A phylogenetic analysis based on the 12 protein-coding
5498         genes of all available taeniid mtDNAs confirmed the two T. taeniaeformis
5499         isolates as sister taxa (likely separate species) and early divergent
5500         members of the genus, as suggested previously by morphology. Phylogenetic
5501         analysis of published fragments of mt genes rrnS, cox1 and nad1,
5502         which represent multiple geographic isolates of T. taeniaeformis
5503         also resolve two distinct clades that at present do not seem to be
5504         geographically isolated. Mean pairwise (nucleotide) differences between
5505         the two clades of T. taeniaeformis were approximately 11\%, 10\%
5506         and 13\% in partial rrnS (182&#xa0;bp), cox1 (371&#xa0;bp) and nad1
5507         (459&#xa0;bp) genes, respectively. Differences between entire mtDNAs
5508         and partial mt genes of the two T. taeniaeformis isolates are of
5509         a similar magnitude between established taeniid sister species. Tt-CHN
5510         differs from all other Taenia mtDNAs in lacking a short (∼69&#xa0;bp)
5511         non-coding region between trnY and trnL1. Partial mt fragment analysis
5512         highlighted likely misidentifications of T. taeniaeformis on GenBank.
5513         },
5514   doi = {http://dx.doi.org/10.1016/j.actatropica.2012.04.006},
5515   issn = {0001-706X},
5516   keywords = {<span style='font-style: italic'>Taenia taeniaeformis</span>},
5517   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0001706X12001830}
5518 }
5519
5520 @BOOK{Jukes69,
5521   title = {{Evolution of Protein Molecules}},
5522   publisher = {Academy Press},
5523   year = {1969},
5524   editor = {Munro, H. N.},
5525   author = {Jukes, T. H. and Cantor, C. R.},
5526   booktitle = {Evolution of Protein Molecules},
5527   citeulike-article-id = {1673661},
5528   keywords = {compbio, fresco},
5529   posted-at = {2007-09-19 06:23:18},
5530   priority = {2}
5531 }
5532
5533 @BOOK{junod1999cryptographic,
5534   title = {Cryptographic secure pseudo-random bits generation: The Blum-Blum-Shub
5535         generator},
5536   publisher = {August},
5537   year = {1999},
5538   author = {Junod, P.},
5539   owner = {nicolas},
5540   timestamp = {2012.02.22}
5541 }
5542
5543 @ARTICLE{repbase,
5544   author = {Jurka, J. and Kapitonov, V. V. and Pavlicek, A. and Klonowski, P.
5545         and Kohany, O. and Walichiewicz, J.},
5546   title = {{Repbase Update, a database of eukaryotic repetitive elements.}},
5547   journal = {Cytogenetic and genome research},
5548   year = {2005},
5549   volume = {110},
5550   pages = {462--467},
5551   number = {1-4},
5552   abstract = {{ Repbase Update is a comprehensive database of repetitive elements
5553         from diverse eukaryotic organisms. Currently, it contains over 3600
5554         annotated sequences representing different families and subfamilies
5555         of repeats, many of which are unreported anywhere else. Each sequence
5556         is accompanied by a short description and references to the original
5557         contributors. Repbase Update includes Repbase Reports, an electronic
5558         journal publishing newly discovered transposable elements, and the
5559         Transposon Pub, a web-based browser of selected chromosomal maps
5560         of transposable elements. Sequences from Repbase Update are used
5561         to screen and annotate repetitive elements using programs such as
5562         Censor and RepeatMasker. Repbase Update is available on the worldwide
5563         web at http://www.girinst.org/Repbase\_Update.html. }},
5564   address = {Genetic Information Research Institute, Mountain View, CA 94043,
5565         USA. jurka@girinst.org},
5566   citeulike-article-id = {622632},
5567   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1159/000084979},
5568   citeulike-linkout-1 = {http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16093699},
5569   citeulike-linkout-2 = {http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=16093699},
5570   doi = {10.1159/000084979},
5571   issn = {1424-859X},
5572   keywords = {censor, masking, repeat, transposable\_elements},
5573   pmid = {16093699},
5574   posted-at = {2009-11-15 21:45:55},
5575   url = {http://dx.doi.org/10.1159/000084979}
5576 }
5577
5578 @INPROCEEDINGS{Kalker2001,
5579   author = {Kalker, T.},
5580   title = {Considerations on watermarking security},
5581   booktitle = {Multimedia Signal Processing, 2001 IEEE Fourth Workshop on},
5582   year = {2001},
5583   pages = {201-206},
5584   doi = {10.1109/MMSP.2001.962734},
5585   keywords = {audio coding;copy protection;data encapsulation;image coding;audio-visual
5586         objects;copy protection;copyright;digital watermarking;watermarking
5587         security;Communication channels;Cryptography;Data mining;Data security;Degradation;Information
5588         security;Protection;Robustness;Watermarking}
5589 }
5590
5591 @ARTICLE{Kanso20092557,
5592   author = {Ali Kanso and Nejib Smaoui},
5593   title = {Logistic chaotic maps for binary numbers generations},
5594   journal = {Chaos, Solitons \&amp; Fractals},
5595   year = {2009},
5596   volume = {40},
5597   pages = {2557--2568},
5598   number = {5},
5599   doi = {10.1016/j.chaos.2007.10.049},
5600   issn = {0960-0779},
5601   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960077907009320}
5602 }
5603
5604 @ARTICLE{Kaplan_TCL,
5605   author = {Kaplan, N.},
5606   title = {A note on the branching random walk},
5607   journal = {J. Appl. Probab.},
5608   year = {1982},
5609   volume = {19},
5610   pages = {421--424},
5611   number = {2},
5612   owner = {tof},
5613   timestamp = {2013.10.03}
5614 }
5615
5616 @ARTICLE{mafft,
5617   author = {Kazutaka Katoh and Kei-ichi Kuma and Hiroyuki Toh and Takashi Miyata},
5618   title = {MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment},
5619   journal = {Nucleic Acids Research},
5620   year = {2005},
5621   pages = {511–518},
5622   number = {2},
5623   doi = {10.1093/nar/gki198},
5624   url = {http://nar.oxfordjournals.org/content/33/2/511}
5625 }
5626
5627 @ARTICLE{Katoh2005,
5628   author = {Katoh, Kazutaka and Kuma, Kei-ichi and Toh, Hiroyuki and Miyata,
5629         Takashi},
5630   title = {MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment},
5631   journal = {Nucleic Acids Research},
5632   year = {2005},
5633   pages = {511–518},
5634   number = {2},
5635   doi = {10.1093/nar/gki198},
5636   url = {http://nar.oxfordjournals.org/content/33/2/511}
5637 }
5638
5639 @INPROCEEDINGS{ker:hal-00836407,
5640   author = {Ker, Andrew and Bas, Patrick and B{\"o}hme, Rainer and Cogranne,
5641         R{\'e}mi and Craver, Scott and Filler, Tom{\'a}{\v s} and Fridrich,
5642         Jessica and Pevny, Tomas},
5643   title = {{Moving Steganography and Steganalysis from the Laboratory into the
5644         Real World}},
5645   booktitle = {{ACM IH-MMSEC 2013}},
5646   year = {2013},
5647   pages = {ACM 978-1-4503-2081-8/13/06},
5648   address = {Montpellier, France},
5649   month = Jun,
5650   url = {http://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00836407}
5651 }
5652
5653 @INPROCEEDINGS{1411349,
5654   author = {Ker, Andrew D. and Pevn\'{y}, Tom\'{a}\v{s} and Kodovsk\'{y}, Jan
5655         and Fridrich, Jessica},
5656   title = {The square root law of steganographic capacity},
5657   booktitle = {MMSec '08: Proceedings of the 10th ACM workshop on Multimedia and
5658         security},
5659   year = {2008},
5660   pages = {107--116},
5661   address = {New York, NY, USA},
5662   publisher = {ACM},
5663   doi = {http://doi.acm.org/10.1145/1411328.1411349},
5664   isbn = {978-1-60558-058-6},
5665   location = {Oxford, United Kingdom}
5666 }
5667
5668 @ARTICLE{Kerckhoffs83,
5669   author = {Kerckhoffs, Auguste},
5670   title = {La cryptographie militaire},
5671   journal = {Journal des sciences militaires},
5672   year = {1883},
5673   volume = {IX},
5674   pages = {5--83},
5675   month = {January},
5676   abstract = {pp. 161–191, Feb. 1883.},
5677   citeulike-article-id = {505508},
5678   keywords = {cryptography, master},
5679   owner = {guyeux},
5680   posted-at = {2006-02-15 04:49:15},
5681   priority = {2},
5682   timestamp = {2009.06.30}
5683 }
5684
5685 @ARTICLE{Kermack27,
5686   author = {Kermack, W. O. and McKendrick, Ag},
5687   title = {{A Contribution to the Mathematical Theory of Epidemics}},
5688   journal = {Proceedings of the Royal Society of London. Series A, Containing
5689         Papers of a Mathematical and Physical Character},
5690   year = {1927},
5691   volume = {115},
5692   pages = {700--721},
5693   number = {772},
5694   month = aug,
5695   citeulike-article-id = {6661488},
5696   keywords = {deterministic\_model, epidemiology, infectious\_diseases, kermack,
5697         math},
5698   posted-at = {2010-02-14 00:53:17}
5699 }
5700
5701 @ARTICLE{Kim09,
5702   author = {Kim, David E. and Blum, Ben and Bradley, Philip and Baker, David},
5703   title = {{Sampling Bottlenecks in De novo Protein Structure Prediction}},
5704   journal = {Journal of Molecular Biology},
5705   year = {2009},
5706   volume = {393},
5707   pages = {249--260},
5708   number = {1},
5709   month = oct,
5710   abstract = {{The primary obstacle to de novo protein structure prediction is conformational
5711         sampling: the native state generally has lower free energy than nonnative
5712         structures but is exceedingly difficult to locate. Structure predictions
5713         with atomic level accuracy have been made for small proteins using
5714         the Rosetta structure prediction method, but for larger and more
5715         complex proteins, the native state is virtually never sampled, and
5716         it has been unclear how much of an increase in computing power would
5717         be required to successfully predict the structures of such proteins.
5718         In this paper, we develop an approach to determining how much computer
5719         power is required to accurately predict the structure of a protein,
5720         based on a reformulation of the conformational search problem as
5721         a combinatorial sampling problem in a discrete feature space. We
5722         find that conformational sampling for many proteins is limited by
5723         critical ” linchpin” features, often the backbone torsion angles
5724         of individual residues, which are sampled very rarely in unbiased
5725         trajectories and, when constrained, dramatically increase the sampling
5726         of the native state. These critical features frequently occur in
5727         less regular and likely strained regions of proteins that contribute
5728         to protein function. In a number of proteins, the linchpin features
5729         are in regions found experimentally to form late in folding, suggesting
5730         a correspondence between folding in silico and in reality.}},
5731   citeulike-article-id = {5298994},
5732   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2009.07.063},
5733   citeulike-linkout-1 = {http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19646450},
5734   citeulike-linkout-2 = {http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=19646450},
5735   day = {16},
5736   doi = {10.1016/j.jmb.2009.07.063},
5737   issn = {00222836},
5738   keywords = {conformational\_search, sampling, torsion\_angles},
5739   pmid = {19646450},
5740   posted-at = {2009-09-25 18:41:11},
5741   priority = {2},
5742   url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2009.07.063}
5743 }
5744
5745 @ARTICLE{Kimura80,
5746   author = {Kimura, Motoo},
5747   title = {A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions
5748         through comparative studies of nucleotide sequences},
5749   journal = {Journal of Molecular Evolution},
5750   year = {1980},
5751   volume = {16},
5752   pages = {111-120},
5753   note = {10.1007/BF01731581},
5754   affiliation = {National Institute of Genetics 411 Mishima Japan},
5755   issn = {0022-2844},
5756   issue = {2},
5757   keyword = {Biomedical and Life Sciences},
5758   publisher = {Springer New York},
5759   url = {http://dx.doi.org/10.1007/BF01731581}
5760 }
5761
5762 @ARTICLE{Knapp11,
5763   author = {Knapp, Jenny and Nakao, Minoru and Yanagida, Tetsuya and Okamoto,
5764         Munehiro and Saarma, Urmas and Lavikainen, Antti and Ito, Akira},
5765   title = {Phylogenetic relationships within Echinococcus and Taenia tapeworms
5766         (Cestoda: Taeniidae): An inference from nuclear protein-coding genes.},
5767   journal = {Mol Phylogenet Evol},
5768   year = {2011},
5769   issn = {1095-9513},
5770   pubmedid = {21907295},
5771   url = {http://www.biomedsearch.com/nih/Phylogenetic-relationships-within-Echinococcus-Taenia/21907295.html}
5772 }
5773
5774 @ARTICLE{Knudsen94,
5775   author = {Knudsen},
5776   title = {Chaos Without Nonperiodicity},
5777   journal = {Amer. Math. Monthly},
5778   year = {1994},
5779   volume = {101},
5780   owner = {guyeux},
5781   timestamp = {27/01/2008}
5782 }
5783
5784 @PHDTHESIS{Knudsen1994a,
5785   author = {C. Knudsen},
5786   title = {Aspects of noninvertible dynamics and chaos},
5787   school = {Technical University of Denmark},
5788   year = {1994},
5789   owner = {guyeux},
5790   timestamp = {2008.01.02}
5791 }
5792
5793 @BOOK{Knuth1998,
5794   title = {The Art of Computer Programming, Volume 2: Seminumerical Algorithms},
5795   publisher = {Addison-Wesley},
5796   year = {1998},
5797   editor = {Reading and Mass and {third edition}},
5798   author = {D. E. Knuth},
5799   owner = {qianxue},
5800   timestamp = {2010.02.05}
5801 }
5802
5803 @BOOK{Knuth97,
5804   title = {Seminumerical Algorithms},
5805   publisher = {Addison-Wesley, Reading, MA, USA},
5806   year = {1997},
5807   author = {D. E. Knuth},
5808   volume = {3},
5809   edition = {Third Edition},
5810   owner = {guyeux},
5811   timestamp = {2012.02.15}
5812 }
5813
5814 @ARTICLE{Kocarev06,
5815   author = {L. Kocarev and J. Szczepanski and J.M. Amigo and I. Tomovski},
5816   title = {Discrete Chaos - I: Theory},
5817   journal = {IEEE Trans. on Circuits Systems},
5818   year = {2006},
5819   volume = {53},
5820   pages = {1300-1309},
5821   owner = {christophe},
5822   timestamp = {2010.10.10}
5823 }
5824
5825 @INPROCEEDINGS{Kocher95cryptanalysisof,
5826   author = {Paul C. Kocher},
5827   title = {Cryptanalysis of Diffie-Hellman, RSA, DSS, and Other Systems Using
5828         Timing Attacks (Extended Abstract)},
5829   booktitle = {Advances in Cryptology, CRYPTO '95: 15th Annual International Cryptology
5830         Conference},
5831   year = {1995},
5832   pages = {27--31},
5833   publisher = {Springer-Verlag}
5834 }
5835
5836 @INPROCEEDINGS{holmes11,
5837   author = {J. Kodovský and J. Fridrich},
5838   title = {Steganalysis in high dimensions: fusing classifiers built on random
5839         subspaces},
5840   booktitle = {Proc. SPIE, Electronic Imaging, Media Watermarking, Security, and
5841         Forensics XIII, San Francisco, CA,},
5842   year = {2011},
5843   month = jan,
5844   owner = {nicolas},
5845   timestamp = {2012.02.21}
5846 }
5847
5848 @ARTICLE{ensemble11,
5849   author = {J. Kodovský and J. Fridrich and V. Holub},
5850   title = {Ensemble Classifiers for Steganalysis of Digital Media},
5851   journal = {IEEE Transactions on Information Forensics and Security},
5852   year = {2011},
5853   volume = {PP Issue:99},
5854   pages = {1 - 1},
5855   note = {To appear},
5856   owner = {nicolas},
5857   timestamp = {2012.02.21}
5858 }
5859
5860 @INCOLLECTION{Koller+al:SRL07,
5861   author = {D. Koller and N. Friedman and L. Getoor and B. Taskar},
5862   title = {Graphical Models in a Nutshell},
5863   booktitle = {Introduction to Statistical Relational Learning},
5864   publisher = {MIT Press},
5865   year = {2007},
5866   editor = {L. Getoor and B. Taskar}
5867 }
5868
5869 @INPROCEEDINGS{Krishnamachari,
5870   author = {Krishnamachari, Bhaskar and Estrin, Deborah and Wicker, Stephen B.},
5871   title = {The Impact of Data Aggregation in Wireless Sensor Networks},
5872   booktitle = {Proceedings of the 22nd International Conference on Distributed Computing
5873         Systems},
5874   year = {2002},
5875   series = {ICDCSW '02},
5876   pages = {575--578},
5877   address = {Washington, DC, USA},
5878   publisher = {IEEE Computer Society},
5879   acmid = {708078},
5880   isbn = {0-7695-1588-6},
5881   numpages = {4},
5882   url = {http://dl.acm.org/citation.cfm?id=646854.708078}
5883 }
5884
5885 @ARTICLE{Kryshtafovych,
5886   author = {Kryshtafovych, Andriy and Fidelis, Krzysztof and Moult, John},
5887   title = {{CASP8 results in context of previous experiments}},
5888   journal = {Proteins},
5889   year = {2009},
5890   volume = {77},
5891   pages = {217--228},
5892   number = {S9},
5893   month = jan,
5894   abstract = {{The quality of structure models submitted to CASP8 is analyzed in
5895         the context of previous CASPs. To compare models from the latest
5896         experiment with their predecessors, we use the approaches consistent
5897         with the previous articles in this series. Using the basic evaluation
5898         measures accepted in CASP, there were no noticeable advances in the
5899         quality of the methods in any of the target difficulty categories.
5900         At the same time, there were three positive developments: (1) for
5901         set of the best models on each target, CASP8 registered the highest
5902         number of cases from all CASPs where alignment accuracy exceeded
5903         the maximum possible from the best template; (2) modeling accuracy
5904         of regions not present in the best template has improved; and (3)
5905         the loss in modeling quality from selection of nonoptimal models
5906         as the best ones submitted on the target has decreased. Proteins
5907         2009. {\copyright} 2009 Wiley-Liss, Inc.}},
5908   address = {Genome Center, University of California, Davis, California 95616;
5909         Center for Advanced Research in Biotechnology, University of Maryland
5910         Biotechnology Institute, Rockville, Maryland 20850},
5911   citeulike-article-id = {6102973},
5912   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1002/prot.22562},
5913   citeulike-linkout-1 = {http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19722266},
5914   citeulike-linkout-2 = {http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=19722266},
5915   citeulike-linkout-3 = {http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/abstract/122523534/ABSTRACT},
5916   day = {1},
5917   doi = {10.1002/prot.22562},
5918   issn = {1097-0134},
5919   pmid = {19722266},
5920   posted-at = {2010-09-18 21:38:02},
5921   priority = {2},
5922   publisher = {Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company},
5923   url = {http://dx.doi.org/10.1002/prot.22562}
5924 }
5925
5926 @ARTICLE{Kullback1951,
5927   author = {Kullback, Solomon and Leibler, Richard A.},
5928   title = {On Information and Sufficiency},
5929   journal = {The Annals of Mathematical Statistics},
5930   year = {1951},
5931   volume = {22},
5932   pages = {79--86},
5933   number = {1},
5934   citeulike-article-id = {3245942},
5935   keywords = {file-import-08-09-12},
5936   owner = {guyeux},
5937   posted-at = {2008-09-12 14:30:37},
5938   priority = {2},
5939   timestamp = {2009.06.29}
5940 }
5941
5942 @ARTICLE{Kurtz2004Versatile,
5943   author = {Kurtz, Stefan and Phillippy, Adam and Delcher, Arthur L. and Smoot,
5944         Michael and Shumway, Martin and Antonescu, Corina and Salzberg, Steven
5945         L.},
5946   title = {{Versatile and open software for comparing large genomes.}},
5947   journal = {Genome biology},
5948   year = {2004},
5949   volume = {5},
5950   pages = {R12+},
5951   number = {2},
5952   abstract = {{ The newest version of MUMmer easily handles comparisons of large
5953         eukaryotic genomes at varying evolutionary distances, as demonstrated
5954         by applications to multiple genomes. Two new graphical viewing tools
5955         provide alternative ways to analyze genome alignments. The new system
5956         is the first version of MUMmer to be released as open-source software.
5957         This allows other developers to contribute to the code base and freely
5958         redistribute the code. The MUMmer sources are available at http://www.tigr.org/software/mummer.
5959         }},
5960   address = {Center for Bioinformatics, University of Hamburg, Bundesstrasse 43,
5961         20146 Hamburg, Germany.},
5962   citeulike-article-id = {578704},
5963   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1186/gb-2004-5-2-r12},
5964   citeulike-linkout-1 = {http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC395750/},
5965   citeulike-linkout-2 = {http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14759262},
5966   citeulike-linkout-3 = {http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=14759262},
5967   doi = {10.1186/gb-2004-5-2-r12},
5968   issn = {1465-6914},
5969   keywords = {bioinformatics, mummer},
5970   pmcid = {PMC395750},
5971   pmid = {14759262},
5972   posted-at = {2013-01-21 14:09:29},
5973   priority = {0},
5974   url = {http://dx.doi.org/10.1186/gb-2004-5-2-r12}
5975 }
5976
5977 @ARTICLE{LEcuyerS07,
5978   author = {Pierre L'Ecuyer and Richard J. Simard},
5979   title = {Test{U01}: {A} {C} library for empirical testing of random number
5980         generators},
5981   journal = {ACM Trans. Math. Softw},
5982   year = {2007},
5983   volume = {33},
5984   number = {4},
5985   bibdate = {2007-11-06},
5986   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de/db/journals/toms/toms33.html#LEcuyerS07},
5987   url = {http://doi.acm.org/10.1145/1268776.1268777}
5988 }
5989
5990 @ARTICLE{Larger10,
5991   author = {{L}arger, {L}. and {D}udley, {J}.{M}.},
5992   title = { {N}onlinear dynamics {O}ptoelectronic chaos},
5993   journal = {{N}ature },
5994   year = {2010},
5995   volume = {465 },
5996   pages = {41-42 },
5997   number = {7294 },
5998   month = {05},
5999   abstract = {{O}ptoelectronic circuits with delayed feedback provide a convenient
6000         bench-top platform to study a wide range of nonlinear dynamic systems,
6001         from ultrastable clocks to complex chaotic devices.},
6002   affiliation = {{F}ranche-{C}omt{\'e} {\'E}lectronique {M}{\'e}canique, {T}hermique
6003         et {O}ptique - {S}ciences et {T}echnologies - {FEMTO}-{ST} - {CNRS}
6004         : {UMR}6174 - {U}niversit{\'e} de {F}ranche-{C}omt{\'e} - {U}niversit{\'e}
6005         de {T}echnologie de {B}elfort-{M}ontbeliard - {E}cole {N}ationale
6006         {S}up{\'e}rieure de {M}{\'e}canique et des {M}icrotechniques },
6007   audience = {internationale },
6008   day = {05},
6009   doi = {10.1038/465041a },
6010   hal_id = {hal-00517696},
6011   language = {{A}nglais},
6012   url = {http://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00517696/en/}
6013 }
6014
6015 @ARTICLE{Lang08,
6016   author = {Lang, Gregory I. and Murray, Andrew W.},
6017   title = {Estimating the Per-Base-Pair Mutation Rate in the Yeast Saccharomyces
6018         cerevisiae},
6019   journal = {Genetics},
6020   year = {January 2008},
6021   volume = {178},
6022   pages = {67-82},
6023   number = {1},
6024   abstract = {Although mutation rates are a key determinant of the rate of evolution
6025         they are difficult to measure precisely and global mutations rates
6026         (mutations per genome per generation) are often extrapolated from
6027         the per-base-pair mutation rate assuming that mutation rate is uniform
6028         across the genome. Using budding yeast, we describe an improved method
6029         for the accurate calculation of mutation rates based on the fluctuation
6030         assay. Our analysis suggests that the per-base-pair mutation rates
6031         at two genes differ significantly (3.80 × 10−10 at URA3 and 6.44
6032         × 10−10 at CAN1) and we propose a definition for the effective target
6033         size of genes (the probability that a mutation inactivates the gene)
6034         that acknowledges that the mutation rate is nonuniform across the
6035         genome.},
6036   doi = {10.1534/genetics.107.071506},
6037   eprint = {http://www.genetics.org/content/178/1/67.full.pdf+html},
6038   url = {http://www.genetics.org/content/178/1/67.abstract}
6039 }
6040
6041 @INPROCEEDINGS{VanLanh07,
6042   author = {T.V. Lanh and K.-S. Chong and S. Emmanuel and M. Kankanhalli},
6043   title = {A survey on digital camera image forensic methods},
6044   booktitle = {IEEE International Conference on Multimedia and Expo},
6045   year = {2007},
6046   pages = {16--19},
6047   month = {July},
6048   owner = {tof},
6049   timestamp = {2012.09.05}
6050 }
6051
6052 @ARTICLE{ClustalW,
6053   author = {Larkin, M.A. and Blackshields, G. and Brown, N.P. and Chenna, R.
6054         and McGettigan, P.A. and McWilliam, H. and Valentin, F. and Wallace,
6055         I.M. and Wilm, A. and Lopez, R. and Thompson, J.D. and Gibson, T.J.
6056         and Higgins, D.G.},
6057   title = {Clustal W and Clustal X version 2.0},
6058   journal = {Bioinformatics},
6059   year = {2007},
6060   volume = {23},
6061   pages = {2947--2948},
6062   number = {21},
6063   month = nov,
6064   acmid = {1349224},
6065   address = {Oxford, UK},
6066   doi = {10.1093/bioinformatics/btm404},
6067   issn = {1367-4803},
6068   issue_date = {November 2007},
6069   numpages = {2},
6070   publisher = {Oxford University Press},
6071   url = {http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btm404}
6072 }
6073
6074 @ARTICLE{phylobayes,
6075   author = {Lartillot, Nicolas and Lepage, Thomas and Blanquart, Samuel},
6076   title = {{PhyloBayes 3: a Bayesian software package for phylogenetic reconstruction
6077         and molecular dating}},
6078   journal = {Bioinformatics},
6079   year = {2009},
6080   volume = {25},
6081   pages = {2286--2288},
6082   number = {17},
6083   month = sep,
6084   abstract = {{Motivation: A variety of probabilistic models describing the evolution
6085         of DNA or protein sequences have been proposed for phylogenetic reconstruction
6086         or for molecular dating. However, there still lacks a common implementation
6087         allowing one to freely combine these independent features, so as
6088         to test their ability to jointly improve phylogenetic and dating
6089         accuracy.}},
6090   citeulike-article-id = {4886186},
6091   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp368},
6092   citeulike-linkout-1 = {http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/25/17/2286.abstract},
6093   citeulike-linkout-2 = {http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/25/17/2286.full.pdf},
6094   citeulike-linkout-3 = {http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/25/17/2286},
6095   citeulike-linkout-4 = {http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19535536},
6096   citeulike-linkout-5 = {http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=19535536},
6097   day = {01},
6098   doi = {10.1093/bioinformatics/btp368},
6099   issn = {1460-2059},
6100   keywords = {mdb-manuscript-3},
6101   pmid = {19535536},
6102   posted-at = {2013-01-14 20:44:56},
6103   publisher = {Oxford University Press},
6104   url = {http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp368}
6105 }
6106
6107 @ARTICLE{Lavikainen08,
6108   author = {Lavikainen, A. and Haukisalmi, V. and Lehtinen, M. J. and Henttonen,
6109         H. and Oksanen, A. and Meri, S.},
6110   title = {{A phylogeny of members of the family Taeniidae based on the mitochondrial
6111         cox1 and nad1 gene data.}},
6112   journal = {Parasitology},
6113   year = {2008},
6114   volume = {135},
6115   pages = {1457--1467},
6116   number = {12},
6117   month = oct,
6118   abstract = {{The cestode family Taeniidae consists of 2 genera, Taenia and Echinococcus,
6119         which both have been the focus of intensive taxonomic and epidemiological
6120         studies because of their zoonotic importance. However, a comprehensive
6121         molecular phylogeny of this family has yet to be reconstructed. In
6122         this study, 54 isolates representing 9 Taenia species were characterized
6123         using DNA sequences in the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit
6124         1 (cox1) and NADH dehydrogenase subunit 1 (nad1) genes. Phylogenetic
6125         relationships within the family Taeniidae were inferred by combining
6126         cox1 and nad1 sequence data of the present and previous studies.
6127         In the phylogenetic analysis, the genus Echinococcus was shown to
6128         be monophyletic, but Taenia proved to be paraphyletic due to the
6129         position of T. mustelae as a probable sister taxon of Echinococcus.
6130         This indicates that T. mustelae should form a genus of its own. Taenia
6131         ovis krabbei was placed distant from T. ovis ovis, as a sister taxon
6132         of T. multiceps, supporting its recognition as a distinct species,
6133         T. krabbei. High intraspecific sequence variation within both T.
6134         polyacantha and T. taeniaeformis suggests the existence of cryptic
6135         sister species.}},
6136   citeulike-article-id = {3445871},
6137   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1017/s003118200800499x},
6138   citeulike-linkout-1 = {http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18937885},
6139   citeulike-linkout-2 = {http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=18937885},
6140   doi = {10.1017/s003118200800499x},
6141   issn = {1469-8161},
6142   pmid = {18937885},
6143   posted-at = {2008-10-24 08:18:25},
6144   priority = {2},
6145   url = {http://dx.doi.org/10.1017/s003118200800499x}
6146 }
6147
6148 @ARTICLE{Lavikainen10,
6149   author = {Antti Lavikainen and Voitto Haukisalmi and Markus J. Lehtinen and
6150         Sauli Laaksonen and Sauli Holmström and Marja Isomursu and Antti
6151         Oksanen and Seppo Meri},
6152   title = {Mitochondrial \{DNA\} data reveal cryptic species within Taenia krabbei
6153         },
6154   journal = {Parasitology International },
6155   year = {2010},
6156   volume = {59},
6157   pages = {290 - 293},
6158   number = {2},
6159   doi = {http://dx.doi.org/10.1016/j.parint.2010.03.003},
6160   issn = {1383-5769},
6161   keywords = {<span style='font-style: italic'>Taenia krabbei</span>},
6162   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1383576910000565}
6163 }
6164
6165 @MISC{ledoux,
6166   author = {Eshter Ledoux},
6167   title = {Introduction à la théorie du chaos},
6168   year = {2002},
6169   note = {[En ligne; Page disponible le 12-août-2010]},
6170   url = {\url{http://www.nux.be/eledoux/mem/node1.html}}
6171 }
6172
6173 @ARTICLE{poa,
6174   author = {Lee, Christopher and Grasso, Catherine and Sharlow, Mark F},
6175   title = {Multiple sequence alignment using partial order graphs},
6176   journal = {Bioinformatics},
6177   year = {2002},
6178   volume = {18},
6179   pages = {452--64},
6180   number = {3},
6181   month = Mar,
6182   abstract = {MOTIVATION: Progressive Multiple Sequence Alignment (MSA) methods
6183         depend on reducing an MSA to a linear profile for each alignment
6184         step. However, this leads to loss of information needed for accurate
6185         alignment, and gap scoring artifacts. RESULTS: We present a graph
6186         representation of an MSA that can itself be aligned directly by pairwise
6187         dynamic programming, eliminating the need to reduce the MSA to a
6188         profile. This enables our algorithm (Partial Order Alignment (POA))
6189         to guarantee that the optimal alignment of each new sequence versus
6190         each sequence in the MSA will be considered. Moreover, this algorithm
6191         introduces a new edit operator, homologous recombination, important
6192         for multidomain sequences. The algorithm has improved speed (linear
6193         time complexity) over existing MSA algorithms, enabling construction
6194         of massive and complex alignments (e.g. an alignment of 5000 sequences
6195         in 4 h on a Pentium II). We demonstrate the utility of this algorithm
6196         on a family of multidomain SH2 proteins, and on EST assemblies containing
6197         alternative splicing and polymorphism. AVAILABILITY: The partial
6198         order alignment program POA is available at http://www.bioinformatics.ucla.edu/poa.},
6199   added-at = {2007-09-17T20:19:41.000+0200},
6200   affiliation = {Department of Chemistry and Biochemistry, University of California,
6201         Los Angeles, Los Angeles, CA 90095-1570, USA. leec@mbi.ucla.edu},
6202   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/281238c67b322e3148e22776c9d9cbf3d/dzerbino},
6203   interhash = {3f4f1dd6276f6899961c841019646a24},
6204   intrahash = {81238c67b322e3148e22776c9d9cbf3d},
6205   issue = {3},
6206   keywords = {Adenylyltransferase, Algorithms, Alignment, Base Control DNA, Data,
6207         Databases, Expressed Factors, Genetic, Glucose-1-Phosphate Homology,
6208         Humans, Messenger, Models, Molecular Nucleotidyltransferases, Plant
6209         Proteins, Quality RNA, Sensitivity Sequence Sequence, Software, Specificity,
6210         Statistical, Tags, Time and},
6211   language = {English},
6212   local-url = {file://localhost/Users/danielzerbino/Documents/Papers/2002/Lee/Bioinformatics%202002%20Lee.pdf},
6213   pmid = {11934745},
6214   timestamp = {2007-09-17T20:19:41.000+0200},
6215   uri = {papers://055852FE-1648-42FE-91D0-8CA474D2B905/Paper/p9}
6216 }
6217
6218 @BOOK{Lehning1997,
6219   title = {Analyse en dimension finie},
6220   publisher = {Masson},
6221   year = {1997},
6222   author = {Lehning},
6223   optpages = {28},
6224   optvolume = {4},
6225   owner = {guyeux},
6226   timestamp = {2008.01.02}
6227 }
6228
6229 @ARTICLE{Lenstra01,
6230   author = {A. K. Lenstra and E. R. Verheul},
6231   title = {Selecting Cryptographic Key Sizes},
6232   journal = {Jour. of the International Association for Cryptologic Research},
6233   year = {2001},
6234   volume = {14},
6235   pages = {255-293},
6236   number = {4}
6237 }
6238
6239 @ARTICLE{Pitts59,
6240   author = {Lettvin, J.Y. and Maturana, H.R. and McCulloch, W.S. and Pitts, W.H.},
6241   title = {What the Frog's Eye Tells the Frog's Brain},
6242   journal = {Proceedings of the IRE},
6243   year = {1959},
6244   volume = {47},
6245   pages = {1940--51},
6246   number = {11},
6247   owner = {christophe},
6248   timestamp = {2010.12.21}
6249 }
6250
6251 @ARTICLE{LiHeShi,
6252   author = {B. Li and J. He and J. Huang and Y. Q. Shi},
6253   title = {A Survey on Image Steganography and Steganalysis},
6254   journal = {Journal of Information Hiding and Multimedia Signal Processing},
6255   year = {2011},
6256   volume = {2},
6257   pages = {142-172},
6258   number = {2},
6259   owner = {guyeux},
6260   timestamp = {2008.05.29}
6261 }
6262
6263 @PHDTHESIS{Li11,
6264   author = {Ming Li},
6265   title = {User-Centric Security and Privacy Mechanisms in Untrusted Networking
6266         and Computing Environments},
6267   school = {Worcester Polytechnic Institute},
6268   year = {2011},
6269   owner = {guyeux},
6270   timestamp = {2012.05.04}
6271 }
6272
6273 @ARTICLE{Li75,
6274   author = {T. Y. Li and J. A. Yorke},
6275   title = {Period three implies chaos},
6276   journal = {Amer. Math. Monthly},
6277   year = {1975},
6278   volume = {82},
6279   pages = {985--992},
6280   number = {10},
6281   owner = {guyeux},
6282   timestamp = {27/01/2008}
6283 }
6284
6285 @ARTICLE{88,
6286   author = {X. Li},
6287   title = {A Survey on Data Aggregation in Wireless Sensor Networks},
6288   journal = {Project Report for CMPT 765},
6289   year = {2006}
6290 }
6291
6292 @ARTICLE{springerlink:10.1007/s00521-010-0432-2,
6293   author = {Li, Yantao and Deng, Shaojiang and Xiao, Di},
6294   title = {A novel Hash algorithm construction based on chaotic neural network},
6295   journal = {Neural Computing and Applications},
6296   year = {2010},
6297   pages = {1-9},
6298   affiliation = {Chongqing University College of Computer Science 400044 Chongqing
6299         China},
6300   issn = {0941-0643},
6301   keyword = {Computer Science},
6302   publisher = {Springer London}
6303 }
6304
6305 @ARTICLE{Xiao10,
6306   author = {Li, Yantao and Deng, Shaojiang and Xiao, Di},
6307   title = {A novel Hash algorithm construction based on chaotic neural network},
6308   journal = {Neural Computing and Applications},
6309   year = {2010},
6310   pages = {1-9},
6311   affiliation = {Chongqing University College of Computer Science 400044 Chongqing
6312         China},
6313   issn = {0941-0643},
6314   keyword = {Computer Science},
6315   publisher = {Springer London}
6316 }
6317
6318 @ARTICLE{Lian20091296,
6319   author = {Shiguo Lian},
6320   title = {A block cipher based on chaotic neural networks},
6321   journal = {Neurocomputing},
6322   year = {2009},
6323   volume = {72},
6324   pages = {1296 - 1301},
6325   number = {4-6},
6326   issn = {0925-2312},
6327   keywords = {Neural network}
6328 }
6329
6330 @INPROCEEDINGS{Lin09,
6331   author = {Lin, Hua-Yi and Chiang, Tzu-Chiang},
6332   title = {Cooperative secure data aggregation in sensor networks using elliptic
6333         curve based cryptosystems},
6334   booktitle = {CDVE'09: Proceedings of the 6th international conference on Cooperative
6335         design, visualization, and engineering},
6336   year = {2009},
6337   pages = {384--387},
6338   address = {Berlin, Heidelberg},
6339   publisher = {Springer-Verlag},
6340   isbn = {3-642-04264-3, 978-3-642-04264-5},
6341   location = {Luxembourg, Luxembourg}
6342 }
6343
6344 @ARTICLE{23424133,
6345   author = {Lin, Yu and Hu, Fei and Tang, Jijun and Moret, Bernard M E},
6346   title = {Maximum likelihood phylogenetic reconstruction from high-resolution
6347         whole-genome data and a tree of 68 eukaryotes.},
6348   journal = {Pac Symp Biocomput},
6349   year = {2013},
6350   pages = {285-96},
6351   issn = {2335-6936},
6352   pubmedid = {23424133},
6353   url = {http://www.biomedsearch.com/nih/Maximum-likelihood-phylogenetic-reconstruction-from/23424133.html}
6354 }
6355
6356 @ARTICLE{10.1109/TKDE.2012.94,
6357   author = {Yue-Hsun Lin and Shih-Ying Chang and Hung-Min Sun},
6358   title = {CDAMA: Concealed Data Aggregation Scheme for Multiple Applications
6359         in Wireless Sensor Networks},
6360   journal = {IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering},
6361   year = {2012},
6362   volume = {99},
6363   number = {PrePrints},
6364   address = {Los Alamitos, CA, USA},
6365   doi = {http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/TKDE.2012.94},
6366   issn = {1041-4347},
6367   publisher = {IEEE Computer Society}
6368 }
6369
6370 @ARTICLE{73,
6371   author = {A. Liu and P. Ning},
6372   title = {TinyECC: A Configurable Library for Elliptic Curve Cryptography in
6373         Wireless Sensor Networks},
6374   journal = {Proceedings of IPSN'08},
6375   year = {2008},
6376   pages = {245-256}
6377 }
6378
6379 @INPROCEEDINGS{Liu2008,
6380   author = {Liu, An and Ning, Peng},
6381   title = {TinyECC: A Configurable Library for Elliptic Curve Cryptography in
6382         Wireless Sensor Networks},
6383   booktitle = {7th International Conference on Information Processing in Sensor
6384         Networks (IPSN 2008)},
6385   year = {2008},
6386   pages = {245--256},
6387   month = {April},
6388   citeulike-article-id = {3041699},
6389   howpublished = {SPOTS Track},
6390   keywords = {hagg},
6391   posted-at = {2008-07-25 05:25:05},
6392   priority = {2}
6393 }
6394
6395 @ARTICLE{60,
6396   author = {Hai Liu and Pengjun Wan and Xiaohua Jia},
6397   title = {Maximal Lifetime Scheduling for Sensor Surveillance Systems with
6398         K Sensors to One Target},
6399   journal = {IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems},
6400   year = {2006},
6401   volume = {17},
6402   pages = {1526-1536},
6403   number = {12}
6404 }
6405
6406 @ARTICLE{Pengjun,
6407   author = {Hai Liu and Pengjun Wan and Xiaohua Jia},
6408   title = {Maximal Lifetime Scheduling for Sensor Surveillance Systems with
6409         K Sensors to One Target},
6410   journal = {IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems},
6411   year = {2006},
6412   volume = {17},
6413   pages = {1526-1536},
6414   number = {12}
6415 }
6416
6417 @ARTICLE{Liu2007bis,
6418   author = {Shao-Hui Liu and Hong-Xun Yao and Wen Gao and Yong-Liang Liu},
6419   title = {An image fragile watermark scheme based on chaotic image pattern
6420         and pixel-pairs},
6421   journal = {Applied Mathematics and Computation},
6422   year = {2007},
6423   volume = {185},
6424   pages = {869-882},
6425   owner = {guyeux},
6426   timestamp = {2008.10.07}
6427 }
6428
6429 @INPROCEEDINGS{Liu07,
6430   author = {Liu, Zhen and Xi, Lifeng},
6431   title = {Image Information Hiding Encryption Using Chaotic Sequence},
6432   booktitle = {KES '07: Knowledge-Based Intelligent Information and Engineering
6433         Systems and the XVII Italian Workshop on Neural Networks on Proceedings
6434         of the 11th International Conference},
6435   year = {2007},
6436   pages = {202--208},
6437   address = {Berlin, Heidelberg},
6438   publisher = {Springer-Verlag},
6439   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-74827-4_26},
6440   isbn = {978-3-540-74826-7},
6441   location = {Vietri sul Mare, Italy}
6442 }
6443
6444 @ARTICLE{Liu2007,
6445   author = {Zhen Liu and Lifeng Xi},
6446   title = {Image Information Hiding Encryption Using Chaotic Sequence},
6447   journal = {LNAI},
6448   year = {2007},
6449   volume = {4693},
6450   pages = {202-208},
6451   owner = {guyeux},
6452   timestamp = {11/04/2008}
6453 }
6454
6455 @ARTICLE{Lubachevsky86,
6456   author = {Lubachevsky, Boris and Mitra, Debasis},
6457   title = {A chaotic asynchronous algorithm for computing the fixed point of
6458         a nonnegative matrix of unit spectral radius},
6459   journal = {J. ACM},
6460   year = {1986},
6461   volume = {33},
6462   pages = {130--150},
6463   number = {1},
6464   address = {New York, NY, USA},
6465   doi = {http://doi.acm.org/10.1145/4904.4801},
6466   issn = {0004-5411},
6467   publisher = {ACM}
6468 }
6469
6470 @ARTICLE{42,
6471   author = {M.Cardei and J.Wu},
6472   title = {Energy-efficient coverage problems in wireless ad-hoc sensor networks},
6473   journal = {Computer Communications},
6474   year = {2006},
6475   volume = {29},
6476   number = {4},
6477   no-pages = {413-420}
6478 }
6479
6480 @INPROCEEDINGS{Ma08,
6481   author = {Ma, Di and Tsudik, Gene},
6482   title = {DISH: Distributed Self-Healing},
6483   booktitle = {Proceedings of the 10th International Symposium on Stabilization,
6484         Safety, and Security of Distributed Systems},
6485   year = {2008},
6486   series = {SSS '08},
6487   pages = {47--62},
6488   address = {Berlin, Heidelberg},
6489   publisher = {Springer-Verlag},
6490   acmid = {1484028},
6491   doi = {10.1007/978-3-540-89335-6_7},
6492   isbn = {978-3-540-89334-9},
6493   location = {Detroit, MI},
6494   numpages = {16},
6495   url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-89335-6_7}
6496 }
6497
6498 @ARTICLE{94,
6499   author = {Huadong Ma and Yonghe Liu},
6500   title = {Some problems of directional sensor networks},
6501   journal = {International Journal of Sensor Networks},
6502   year = {2007},
6503   volume = {2},
6504   pages = {44-52},
6505   number = {1-2}
6506 }
6507
6508 @ARTICLE{Huadong07,
6509   author = {Huadong Ma and Yonghe Liu},
6510   title = {Some problems of directional sensor networks},
6511   journal = {International Journal of Sensor Networks},
6512   year = {2007},
6513   volume = {2},
6514   pages = {44-52},
6515   number = {1-2}
6516 }
6517
6518 @BOOK{Madras,
6519   title = {The {S}elf-avoiding walk},
6520   publisher = {Birkhauser},
6521   year = {1993},
6522   author = {Neal Madras and Gordon Slade},
6523   series = {Probability and its applications}
6524 }
6525
6526 @ARTICLE{Sokal88,
6527   author = {Madras, Neal and Sokal, Alan D.},
6528   title = {The pivot algorithm: A highly efficient Monte Carlo method for the
6529         self-avoiding walk},
6530   journal = {Journal of Statistical Physics},
6531   year = {1988},
6532   volume = {50},
6533   pages = {109-186},
6534   doi = {10.1007/BF01022990},
6535   issn = {0022-4715},
6536   issue = {1-2},
6537   keywords = {Self-avoiding walk; polymer; Monte Carlo; pivot algorithm; critical
6538         exponent},
6539   language = {English},
6540   publisher = {Kluwer Academic Publishers-Plenum Publishers},
6541   url = {http://dx.doi.org/10.1007/BF01022990}
6542 }
6543
6544 @BOOK{Madras93,
6545   title = {The self-avoiding walk},
6546   publisher = {Birkhäuser},
6547   year = {1993},
6548   author = {Madras, Neal Noah and Slade, Gordon},
6549   series = {Probability and its applications},
6550   address = {Boston},
6551   isbn = {0-8176-3589-0},
6552   url = {http://opac.inria.fr/record=b1082524}
6553 }
6554
6555 @INPROCEEDINGS{Mahimkar04,
6556   author = {Ajay Mahimkar},
6557   title = {SecureDAV: A secure data aggregation and verification protocol for
6558         sensor networks},
6559   booktitle = {In Proceedings of the IEEE Global Telecommunications Conference},
6560   year = {2004},
6561   pages = {2175--2179}
6562 }
6563
6564 @INPROCEEDINGS{Mahoney00,
6565   author = {Mahoney, Matthew V.},
6566   title = {Fast Text Compression with Neural Networks},
6567   booktitle = {Proceedings of the Thirteenth International Florida Artificial Intelligence
6568         Research Society Conference},
6569   year = {2000},
6570   pages = {230--234},
6571   publisher = {AAAI Press},
6572   acmid = {707654},
6573   isbn = {1-57735-113-4},
6574   numpages = {5}
6575 }
6576
6577 @ARTICLE{91,
6578   author = {Makhoul, Abdallah and Pham, Congduc},
6579   title = {Dynamic Scheduling of Cover-Sets in Randomly Deployed Wireless Video
6580         Sensor Networks for Surveillance Applications},
6581   journal = {2nd IFIP Wireless Days Conference, WD'09},
6582   year = {2009},
6583   pages = {73-78},
6584   month = dec,
6585   address = {Paris, France}
6586 }
6587
6588 @INPROCEEDINGS{msp10:bl,
6589   author = {Makhoul, Abdallah and Saadi, Rachid and Pham, Congduc},
6590   title = {Risk Management in Intrusion Detection Applications with Wireless
6591         Video Sensor Networks},
6592   booktitle = {WCNC'10 IEEE Int. Conf.},
6593   year = {2010},
6594   pages = {***--***},
6595   address = {Sydney, Australia},
6596   month = apr,
6597   note = {To appear},
6598   classement = {*},
6599   equipe = {and},
6600   inhal = {no}
6601 }
6602
6603 @ARTICLE{Malvar03,
6604   author = {H. S. Malvar and D. Florencio},
6605   title = {Improved Spread Spectrum: A New Modulation Technique for Robust Watermarking},
6606   journal = {IEEE Trans. Signal Proceeding},
6607   year = {2003},
6608   volume = {53},
6609   pages = {898--905},
6610   owner = {christophe},
6611   timestamp = {2010.03.07}
6612 }
6613
6614 @ARTICLE{cpsp,
6615   author = {M. Mann and S. Will and R. Backofen},
6616   title = {CPSP-tools--exact and complete algorithms for high-throughput 3D
6617         lattice protein studies},
6618   journal = {BMC Bioinformatics},
6619   year = {2008},
6620   volume = {7},
6621   pages = {9:230},
6622   month = {May},
6623   owner = {tof},
6624   timestamp = {2012.10.17}
6625 }
6626
6627 @ARTICLE{Marsaglia2003,
6628   author = {G. Marsaglia},
6629   title = {Xorshift RNGs},
6630   journal = {Journal of Statistical Software},
6631   year = {2003},
6632   volume = {8(14)},
6633   pages = {1--6},
6634   owner = {qianxue},
6635   timestamp = {2009.10.28}
6636 }
6637
6638 @ARTICLE{Marsaglia1996,
6639   author = {G. Marsaglia},
6640   title = {DIEHARD: a battery of tests of randomness.},
6641   journal = {http://stat.fsu.edu/~geo/diehard.html},
6642   year = {1996},
6643   owner = {qianxue},
6644   timestamp = {2009.11.09}
6645 }
6646
6647 @ARTICLE{DefiningChaos,
6648   author = {M. Martelli and M. Dang and T. Seph},
6649   title = {Defining chaos},
6650   journal = {Mathematics Magazine},
6651   year = {1998},
6652   volume = {71},
6653   pages = {112--122},
6654   owner = {christophe},
6655   timestamp = {2010.08.11}
6656 }
6657
6658 @ARTICLE{Flybase,
6659   author = {Marygold, Steven J. and Leyland, Paul C. and Seal, Ruth L. and Goodman,
6660         Joshua L. and Thurmond, Jim and Strelets, Victor B. and Wilson, Robert
6661         J.},
6662   title = {FlyBase: improvements to the bibliography.},
6663   journal = {Nucleic Acids Research},
6664   year = {2013},
6665   volume = {41},
6666   pages = {751-757},
6667   number = {Database-Issue},
6668   added-at = {2013-01-12T00:00:00.000+0100},
6669   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/27ee8e74de63ccfe7a9cc9e198f18be9c/dblp},
6670   ee = {http://dx.doi.org/10.1093/nar/gks1024},
6671   interhash = {be5389ad6af44edbce3587708cdf308a},
6672   intrahash = {7ee8e74de63ccfe7a9cc9e198f18be9c},
6673   keywords = {dblp},
6674   timestamp = {2013-01-12T00:00:00.000+0100},
6675   url = {http://dblp.uni-trier.de/db/journals/nar/nar41.html#MarygoldLSGTSWc13}
6676 }
6677
6678 @BOOK{Menezes1997,
6679   title = {Handbook of {A}pplied {C}ryptography},
6680   publisher = {CRC Press},
6681   year = {1997},
6682   editor = {Bocarton},
6683   author = {A. Menezes and Paul C. van Oorschot and S. Vanstone},
6684   owner = {qianxue},
6685   timestamp = {2010.04.13}
6686 }
6687
6688 @ARTICLE{Michel2007c,
6689   author = {Christian J Michel},
6690   title = {An analytical model of gene evolution with 9 mutation parameters:
6691         an application to the amino acids coded by the common circular code.},
6692   journal = {Bull Math Biol},
6693   year = {2007},
6694   volume = {69},
6695   pages = {677--698},
6696   number = {2},
6697   month = {Feb},
6698   abstract = {We develop here an analytical evolutionary model based on a trinucleotide
6699         mutation matrix 64 x 64 with nine substitution parameters associated
6700         with the three types of substitutions in the three trinucleotide
6701         sites. It generalizes the previous models based on the nucleotide
6702         mutation matrices 4 x 4 and the trinucleotide mutation matrix 64
6703         x 64 with three and six parameters. It determines at some time t
6704         the exact occurrence probabilities of trinucleotides mutating randomly
6705         according to these nine substitution parameters. An application of
6706         this model allows an evolutionary study of the common circular code
6707         [Formula: see text] of eukaryotes and prokaryotes and its 12 coded
6708         amino acids. The main property of this code [Formula: see text] is
6709         the retrieval of the reading frames in genes, both locally, i.e.
6710         anywhere in genes and in particular without a start codon, and automatically
6711         with a window of a few nucleotides. However, since its identification
6712         in 1996, amino acid information coded by [Formula: see text] has
6713         never been studied. Very unexpectedly, this evolutionary model demonstrates
6714         that random substitutions in this code [Formula: see text] and with
6715         particular values for the nine substitutions parameters retrieve
6716         after a certain time of evolution a frequency distribution of these
6717         12 amino acids very close to the one coded by the actual genes.},
6718   doi = {10.1007/s11538-006-9147-z},
6719   institution = {Equipe de Bioinformatique Théorique, LSIIT (UMR CNRS-ULP 7005), Université
6720         Louis Pasteur de Strasbourg, Pôle API, Boulevard Sébastien Brant,
6721         67400 Illkirch, France. michel@dpt-info.u-strasbg.fr},
6722   keywords = {Amino Acids, genetics; Codon, genetics; Eukaryotic Cells; Evolution,
6723         Molecular; Models, Genetic; Prokaryotic Cells},
6724   language = {eng},
6725   medline-pst = {ppublish},
6726   owner = {guyeux},
6727   pmid = {16952018},
6728   timestamp = {2011.05.05},
6729   url = {http://dx.doi.org/10.1007/s11538-006-9147-z}
6730 }
6731
6732 @MISC{cofee,
6733   author = {Microsoft},
6734   title = {COFEE , the Computer Online Forensic Evidence Extractor tool},
6735   owner = {tof},
6736   timestamp = {2012.10.15},
6737   url = {\url{https://cofee.nw3c.org/}}
6738 }
6739
6740 @ARTICLE{Miellou75,
6741   author = {J.-C. Miellou},
6742   title = {Algorithmes de relaxation chaotique \`{a} retards},
6743   journal = {Rairo},
6744   year = {1975},
6745   volume = {R1},
6746   pages = {148-162},
6747   owner = {guyeux},
6748   timestamp = {2008.05.22}
6749 }
6750
6751 @ARTICLE{Miellou75b,
6752   author = {Miellou, J.-C.},
6753   title = {Itérations chaotiques à retards, étude de la convergence dans le
6754         cas d'espaces partiellement ordonnés},
6755   journal = {C.R.A.S. Paris},
6756   year = {1975},
6757   volume = {280},
6758   pages = {233--236},
6759   owner = {christophe},
6760   timestamp = {2010.08.17}
6761 }
6762
6763 @ARTICLE{Spiteri85,
6764   author = {Jean-Claude Miellou and Pierre Spitéri},
6765   title = {Un crit\`{e}re de convergence pour des méthodes générales de point
6766         fixe},
6767   journal = {Rairo -- Modélisation mathématique et analyse numérique},
6768   year = {1985},
6769   volume = {19},
6770   pages = {645--669},
6771   number = {4},
6772   owner = {christophe},
6773   timestamp = {2010.10.13}
6774 }
6775
6776 @ARTICLE{Miyazawa11,
6777   author = {Miyazawa, Sanzo},
6778   title = {Selective Constraints on Amino Acids Estimated by a Mechanistic Codon
6779         Substitution Model with Multiple Nucleotide Changes},
6780   journal = {PLoS ONE},
6781   year = {2011},
6782   volume = {6},
6783   pages = {e17244},
6784   number = {3},
6785   month = {03},
6786   abstract = { <sec> <title>Background</title> <p>Empirical substitution matrices
6787         represent the average tendencies of substitutions over various protein
6788         families by sacrificing gene-level resolution. We develop a codon-based
6789         model, in which mutational tendencies of codon, a genetic code, and
6790         the strength of selective constraints against amino acid replacements
6791         can be tailored to a given gene. First, selective constraints averaged
6792         over proteins are estimated by maximizing the likelihood of each
6793         1-PAM matrix of empirical amino acid (JTT, WAG, and LG) and codon
6794         (KHG) substitution matrices. Then, selective constraints specific
6795         to given proteins are approximated as a linear function of those
6796         estimated from the empirical substitution matrices.</p> </sec> <sec>
6797         <title>Results</title> <p>Akaike information criterion (AIC) values
6798         indicate that a model allowing multiple nucleotide changes fits the
6799         empirical substitution matrices significantly better. Also, the ML
6800         estimates of transition-transversion bias obtained from these empirical
6801         matrices are not so large as previously estimated. The selective
6802         constraints are characteristic of proteins rather than species. However,
6803         their relative strengths among amino acid pairs can be approximated
6804         not to depend very much on protein families but amino acid pairs,
6805         because the present model, in which selective constraints are approximated
6806         to be a linear function of those estimated from the JTT/WAG/LG/KHG
6807         matrices, can provide a good fit to other empirical substitution
6808         matrices including cpREV for chloroplast proteins and mtREV for vertebrate
6809         mitochondrial proteins.</p> </sec> <sec> <title>Conclusions/Significance</title>
6810         <p>The present codon-based model with the ML estimates of selective
6811         constraints and with adjustable mutation rates of nucleotide would
6812         be useful as a simple substitution model in ML and Bayesian inferences
6813         of molecular phylogenetic trees, and enables us to obtain biologically
6814         meaningful information at both nucleotide and amino acid levels from
6815         codon and protein sequences.</p> </sec> },
6816   doi = {10.1371/journal.pone.0017244},
6817   publisher = {Public Library of Science},
6818   url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0017244}
6819 }
6820
6821 @ARTICLE{MK08,
6822   author = {Mohan, B.Chandra and Kumar, S.Srinivas},
6823   title = {Robust Digital Watermarking Scheme using Contourlet Transform},
6824   journal = {IJCSNS International Journal of Computer Science and Network Security},
6825   year = {2008},
6826   volume = {8},
6827   number = {2}
6828 }
6829
6830 @ARTICLE{Mohanty:2008:IWB:1413862.1413865,
6831   author = {Mohanty, Saraju P. and Bhargava, Bharat K.},
6832   title = {Invisible watermarking based on creation and robust insertion-extraction
6833         of image adaptive watermarks},
6834   journal = {ACM Trans. Multimedia Comput. Commun. Appl.},
6835   year = {2008},
6836   volume = {5},
6837   pages = {12:1--12:22},
6838   month = {November},
6839   acmid = {1413865},
6840   address = {New York, NY, USA},
6841   articleno = {12},
6842   doi = {http://doi.acm.org/10.1145/1413862.1413865},
6843   issn = {1551-6857},
6844   issue = {2},
6845   keywords = {Watermarking, content protection, copyright protection, image, invisible
6846         watermarking},
6847   numpages = {22},
6848   publisher = {ACM},
6849   url = {http://doi.acm.org/10.1145/1413862.1413865}
6850 }
6851
6852 @ARTICLE{Mooney08,
6853   author = {Aidan Mooney and John G. Keating and Ioannis Pitas},
6854   title = {A comparative study of chaotic and white noise signals in digital
6855         watermarking},
6856   journal = {Chaos, Solitons and Fractals},
6857   year = {2008},
6858   volume = {35},
6859   pages = {913-921},
6860   owner = {christophe},
6861   timestamp = {2010.03.01}
6862 }
6863
6864 @ARTICLE{MB10,
6865   author = {Moorthy, Anush K. Moorthy and Bovik, Alan Conrad},
6866   title = {A Two-Step Framework for Constructing Blind Image Quality Indices},
6867   journal = {IEEE Signal Processing Letters},
6868   year = {2010},
6869   volume = {17},
6870   pages = {513--516},
6871   number = {5},
6872   month = may
6873 }
6874
6875 @ARTICLE{Muse01091994,
6876   author = {Muse, S V and Gaut, B S},
6877   title = {A likelihood approach for comparing synonymous and nonsynonymous
6878         nucleotide substitution rates, with application to the chloroplast
6879         genome.},
6880   journal = {Molecular Biology and Evolution},
6881   year = {1994},
6882   volume = {11},
6883   pages = {715-724},
6884   number = {5},
6885   abstract = {A model of DNA sequence evolution applicable to coding regions is
6886         presented. This represents the first evolutionary model that accounts
6887         for dependencies among nucleotides within a codon. The model uses
6888         the codon, as opposed to the nucleotide, as the unit of evolution,
6889         and is parameterized in terms of synonymous and nonsynonymous nucleotide
6890         substitution rates. One of the model's advantages over those used
6891         in methods for estimating synonymous and nonsynonymous substitution
6892         rates is that it completely corrects for multiple hits at a codon,
6893         rather than taking a parsimony approach and considering only pathways
6894         of minimum change between homologous codons. Likelihood-ratio versions
6895         of the relative-rate test are constructed and applied to data from
6896         the complete chloroplast DNA sequences of Oryza sativa, Nicotiana
6897         tabacum, and Marchantia polymorpha. Results of these tests confirm
6898         previous findings that substitution rates in the chloroplast genome
6899         are subject to both lineage-specific and locus-specific effects.
6900         Additionally, the new tests suggest tha the rate heterogeneity is
6901         due primarily to differences in nonsynonymous substitution rates.
6902         Simulations help confirm previous suggestions that silent sites are
6903         saturated, leaving no evidence of heterogeneity in synonymous substitution
6904         rates.},
6905   eprint = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/11/5/715.full.pdf+html},
6906   url = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/11/5/715.abstract}
6907 }
6908
6909 @INPROCEEDINGS{Muzzarelli:2010,
6910   author = {Muzzarelli, Michele and Carli, Marco and Boato, Giulia and Egiazarian,
6911         Karen},
6912   title = {Reversible watermarking via histogram shifting and least square optimization},
6913   booktitle = {Proceedings of the 12th ACM workshop on Multimedia and security,
6914         MM\&Sec'10,Roma, Italy},
6915   year = {2010},
6916   pages = {147--152},
6917   address = {New York, NY, USA},
6918   publisher = {ACM}
6919 }
6920
6921 @ARTICLE{Nakao13,
6922   author = {Nakao, Minoru and Lavikainen, Antti and Iwaki, Takashi and Haukisalmi,
6923         Voitto and Konyaev, Sergey and Oku, Yuzaburo and Okamoto, Munehiro
6924         and Ito, Akira},
6925   title = {Molecular phylogeny of the genus Taenia (Cestoda: Taeniidae): proposals
6926         for the resurrection of Hydatigera Lamarck, 1816 and the creation
6927         of a new genus Versteria.},
6928   journal = {Int J Parasitol},
6929   issn = {1879-0135},
6930   pubmedid = {23428901},
6931   url = {http://www.biomedsearch.com/nih/Molecular-phylogeny-genus-Taenia-Cestoda/23428901.html},
6932   yeear = {2013}
6933 }
6934
6935 @ARTICLE{Nakao07,
6936   author = {Nakao,M. and McManus,D.P. and Schantz,P.M. and Craig,P.S. and Ito,A.},
6937   title = {A molecular phylogeny of the genus Echinococcus inferred from complete
6938         mitochondrial genomes},
6939   journal = {Parasitology},
6940   year = {2007},
6941   volume = {134},
6942   pages = {713--722},
6943   month = {4},
6944   abstract = { ABSTRACT SUMMARYTaxonomic revision by molecular phylogeny is needed
6945         to categorize members of the genus Echinococcus (Cestoda: Taeniidae).
6946         We have reconstructed the phylogenetic relationships of E. oligarthrus,
6947         E. vogeli, E. multilocularis, E. shiquicus, E. equinus, E. ortleppi,
6948         E. granulosus sensu stricto and 3 genotypes of E. granulosus sensu
6949         lato (G6, G7 and G8) from their complete mitochondrial genomes. Maximum
6950         likelihood and partitioned Bayesian analyses using concatenated data
6951         sets of nucleotide and amino acid sequences depicted phylogenetic
6952         trees with the same topology. The 3 E. granulosus genotypes corresponding
6953         to the camel, pig, and cervid strains were monophyletic, and their
6954         high level of genetic similarity supported taxonomic species unification
6955         of these genotypes into E. canadensis. Sister species relationships
6956         were confirmed between E. ortleppi and E. canadensis, and between
6957         E. multilocularis and E. shiquicus, regardless of the analytical
6958         approach employed. The basal positions of the phylogenetic tree were
6959         occupied by the neotropical endemic species, E. oligarthrus and E.
6960         vogeli, whose definitive hosts are derived from carnivores that immigrated
6961         from North America after the formation of the Panamanian land bridge.
6962         Host-parasite co-evolution comparisons suggest that the ancestral
6963         homeland of Echinococcus was North America or Asia, depending on
6964         whether the ancestral definitive hosts were canids or felids. },
6965   doi = {10.1017/S0031182006001934},
6966   issn = {1469-8161},
6967   issue = {05},
6968   numpages = {10},
6969   url = {http://journals.cambridge.org/article_S0031182006001934}
6970 }
6971
6972 @ARTICLE{Nakao10,
6973   author = {Minoru Nakao and Tetsuya Yanagida and Munehiro Okamoto and Jenny
6974         Knapp and Agathe Nkouawa and Yasuhito Sako and Akira Ito},
6975   title = {State-of-the-art Echinococcus and Taenia: Phylogenetic taxonomy of
6976         human-pathogenic tapeworms and its application to molecular diagnosis
6977         },
6978   journal = {Infection, Genetics and Evolution },
6979   year = {2010},
6980   volume = {10},
6981   pages = {444 - 452},
6982   number = {4},
6983   doi = {http://dx.doi.org/10.1016/j.meegid.2010.01.011},
6984   issn = {1567-1348},
6985   keywords = {<span style='font-style: italic'>Echinococcus</span>},
6986   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134810000158}
6987 }
6988
6989 @ARTICLE{Nakao02,
6990   author = {Nakao, M. and Yokoyama, N. and Sako, Y. and Fukunaga, M. and Ito,
6991         A.},
6992   title = {The complete mitochondrial DNA sequence of the cestode Echinococcus
6993         multilocularis (Cyclophyllidea: Taeniidae).},
6994   journal = {Mitochondrion},
6995   year = {2002},
6996   volume = {1},
6997   pages = {497-509},
6998   number = {6},
6999   abstract = {The 13,738 bp mitochondrial DNA from the cestode Echinococcus multilocularis
7000         has been sequenced. It contains two major noncoding regions and 36
7001         genes (12 for proteins involved in oxidative phosphorylation, two
7002         for rRNAs and 22 for tRNAs) but a gene for ATPase subunit 8 is missing.
7003         All genes are transcribed in the same direction. Putative secondary
7004         structures of tRNAs indicate that most of them are conventional clover
7005         leaves but the dihydrouridine arm is unpaired in tRNA(Ser(AGN)),
7006         tRNA(Ser(UCN)), tRNA(Arg) and tRNA(Cys). The base composition at
7007         the wobble positions of fourfold degenerate codon families is highly
7008         biased toward U and against C. }
7009 }
7010
7011 @ARTICLE{Nakashima2003,
7012   author = {Nakashima, Y. and Tachibana, R. and Babaguchi, N.},
7013   title = {Watermarked Movie Soundtrack Finds the Position of the Camcorder
7014         in a Theater},
7015   journal = {IEEE Transactions on Multimedia},
7016   year = {2009},
7017   note = {Accepted for future publication Multimedia}
7018 }
7019
7020 @INCOLLECTION{springerlink:10.1007/978-3-642-04431-1_16,
7021   author = {Nelson, Michael and Nahapetian, Ani and Koushanfar, Farinaz and Potkonjak,
7022         Miodrag},
7023   title = {SVD-Based Ghost Circuitry Detection},
7024   booktitle = {Information Hiding},
7025   publisher = {Springer Berlin / Heidelberg},
7026   year = {2009},
7027   editor = {Katzenbeisser, Stefan and Sadeghi, Ahmad-Reza},
7028   volume = {5806},
7029   series = {Lecture Notes in Computer Science},
7030   pages = {221-234},
7031   note = {10.1007/978-3-642-04431-1_16},
7032   affiliation = {Computer Science Department, UCLA, Los Angeles, CA 90095, USA},
7033   url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04431-1_16}
7034 }
7035
7036 @ARTICLE{tcoffee,
7037   author = {Notredame, C. and Higgins, D. G. and Heringa, J.},
7038   title = {{T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence
7039         alignment.}},
7040   journal = {Journal of molecular biology},
7041   year = {2000},
7042   volume = {302},
7043   pages = {205--217},
7044   number = {1},
7045   month = sep,
7046   abstract = {{ We describe a new method (T-Coffee) for multiple sequence alignment
7047         that provides a dramatic improvement in accuracy with a modest sacrifice
7048         in speed as compared to the most commonly used alternatives. The
7049         method is broadly based on the popular progressive approach to multiple
7050         alignment but avoids the most serious pitfalls caused by the greedy
7051         nature of this algorithm. With T-Coffee we pre-process a data set
7052         of all pair-wise alignments between the sequences. This provides
7053         us with a library of alignment information that can be used to guide
7054         the progressive alignment. Intermediate alignments are then based
7055         not only on the sequences to be aligned next but also on how all
7056         of the sequences align with each other. This alignment information
7057         can be derived from heterogeneous sources such as a mixture of alignment
7058         programs and/or structure superposition. Here, we illustrate the
7059         power of the approach by using a combination of local and global
7060         pair-wise alignments to generate the library. The resulting alignments
7061         are significantly more reliable, as determined by comparison with
7062         a set of 141 test cases, than any of the popular alternatives that
7063         we tried. The improvement, especially clear with the more difficult
7064         test cases, is always visible, regardless of the phylogenetic spread
7065         of the sequences in the tests. Copyright 2000 Academic Press. }},
7066   address = {National Institute for Medical Research, The Ridgeway, London, NW7
7067         1AA, UK. cedric.notredame@europe.com},
7068   citeulike-article-id = {503161},
7069   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1006/jmbi.2000.4042},
7070   citeulike-linkout-1 = {http://www.ebi.ac.uk/citexplore/citationDetails.do?externalId=10964570\&dataSource=MED},
7071   citeulike-linkout-2 = {http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10964570},
7072   citeulike-linkout-3 = {http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=10964570},
7073   citeulike-linkout-4 = {http://www.sciencedirect.com/science/article/B6WK7-45F5150-7S/2/9c2fd0f2a43f877fd801b3245fe0beed},
7074   day = {8},
7075   doi = {10.1006/jmbi.2000.4042},
7076   issn = {0022-2836},
7077   keywords = {compbio, fresco},
7078   pmid = {10964570},
7079   posted-at = {2007-09-18 01:18:53},
7080   priority = {2},
7081   url = {http://dx.doi.org/10.1006/jmbi.2000.4042}
7082 }
7083
7084 @MANUAL{curand11,
7085   title = {Curand library},
7086   author = {Nvidia},
7087   year = {2011},
7088   note = {Version 4.0}
7089 }
7090
7091 @MANUAL{Nvid10,
7092   title = {Cuda cublas library},
7093   author = {Nvidia},
7094   year = {2011},
7095   note = {Version 4.0}
7096 }
7097
7098 @ARTICLE{Sastry,
7099   author = {S. Oh and P. Chen and M. Manzo and S. Sastry},
7100   title = {Instrumenting wireless sensor networks for real-time surveillance},
7101   journal = {Proc. of the International Conference on Robotics and Automation},
7102   year = {2006}
7103 }
7104
7105 @ARTICLE{Perez-Freire2006:Security,
7106   author = {L. P{\'e}rez-Freire and F. P{\'e}rez-González and T. Furon and P.
7107         Comesaña},
7108   title = {Security of lattice-based data hiding against the known message attack},
7109   journal = {IEEE Trans. on Information Forensics and Security},
7110   year = {2006},
7111   volume = {1},
7112   pages = {421-439},
7113   number = {4},
7114   month = {Dec},
7115   owner = {guyeux},
7116   timestamp = {2009.12.06}
7117 }
7118
7119 @INPROCEEDINGS{Perez-Hernandez09,
7120   author = {P\'{e}rez-Hern\'{a}ndez, Luis Germ\'{a}n and Rodr\'{\i}guez-V\'{a}zquez,
7121         Katya and Gardu\~{n}o-Ju\'{a}rez, Ram\'{o}n},
7122   title = {Parallel particle swarm optimization applied to the protein folding
7123         problem},
7124   booktitle = {Proceedings of the 11th Annual conference on Genetic and evolutionary
7125         computation},
7126   year = {2009},
7127   series = {GECCO '09},
7128   pages = {1791--1792},
7129   address = {New York, NY, USA},
7130   publisher = {ACM},
7131   acmid = {1570163},
7132   isbn = {978-1-60558-325-9},
7133   keywords = {bioinformatics, biology and chemistry, combinatorial optimization,
7134         parallelization, swarm intelligence},
7135   location = {Montreal, Qu\&\#233;bec, Canada},
7136   numpages = {2}
7137 }
7138
7139 @INPROCEEDINGS{Paillier99,
7140   author = {Paillier, Pascal},
7141   title = {Public-key cryptosystems based on composite degree residuosity classes},
7142   booktitle = {Proceedings of the 17th international conference on Theory and application
7143         of cryptographic techniques},
7144   year = {1999},
7145   series = {EUROCRYPT'99},
7146   pages = {223--238},
7147   address = {Berlin, Heidelberg},
7148   publisher = {Springer-Verlag},
7149   acmid = {1756146},
7150   isbn = {3-540-65889-0},
7151   location = {Prague, Czech Republic},
7152   numpages = {16},
7153   url = {http://dl.acm.org/citation.cfm?id=1756123.1756146}
7154 }
7155
7156 @INPROCEEDINGS{Pang:2008:cec,
7157   author = {Wai-Man Pang and Tien-Tsin Wong and Pheng-Ann Heng},
7158   title = {Generating Massive High-Quality Random Numbers using {GPU}},
7159   booktitle = {2008 IEEE World Congress on Computational Intelligence},
7160   year = {2008},
7161   editor = {Jun Wang},
7162   address = {Hong Kong},
7163   organization = {IEEE Computational Intelligence Society},
7164   publisher = {IEEE Press}
7165 }
7166
7167 @BOOK{paul2011rc4,
7168   title = {Rc4 Stream Cipher and Its Variants},
7169   publisher = {Taylor and Francis},
7170   year = {2011},
7171   author = {G. Paul and S. Maitra},
7172   series = {Discrete Mathematics and Its Applications Series},
7173   isbn = {9781439831359},
7174   lccn = {2011039582},
7175   url = {http://books.google.com/books?id=8J5OYjg4-ccC}
7176 }
7177
7178 @ARTICLE{pcma,
7179   author = {Pei, Jimin and Sadreyev, Ruslan and Grishin, Nick V.},
7180   title = {PCMA: fast and accurate multiple sequence alignment based on profile
7181         consistency.},
7182   journal = {Bioinformatics},
7183   year = {2003},
7184   volume = {19},
7185   pages = {427-428},
7186   number = {3},
7187   added-at = {2011-06-29T00:00:00.000+0200},
7188   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/2f5a035c350abee9df221bb90b55a4df6/dblp},
7189   ee = {http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btg008},
7190   interhash = {bb986a399cc266e9ee606dc035a2a451},
7191   intrahash = {f5a035c350abee9df221bb90b55a4df6},
7192   keywords = {dblp},
7193   timestamp = {2011-06-29T00:00:00.000+0200},
7194   url = {http://dblp.uni-trier.de/db/journals/bioinformatics/bioinformatics19.html#PeiSG03}
7195 }
7196
7197 @PHDTHESIS{Pellegrin1986,
7198   author = {D. Pellegrin},
7199   title = {Algorithmique discr\`{e}te et r\'{e}seaux d'automates},
7200   school = {Grenoble},
7201   year = {1986},
7202   owner = {guyeux},
7203   timestamp = {2008.05.22}
7204 }
7205
7206 @ARTICLE{Peng2005,
7207   author = {F. Peng and S.-S. Qiu and M. Long},
7208   title = {One way Hash function construction based on two-dimensional hyperchaotic
7209         mappings},
7210   journal = {Acta Phys. Sinici.},
7211   year = {2005},
7212   volume = {54},
7213   pages = {98--104},
7214   owner = {guyeux},
7215   timestamp = {2009.01.16}
7216 }
7217
7218 @ARTICLE{raptorX,
7219   author = {Peng, Jian and Xu, Jinbo},
7220   title = {{Raptorx: Exploiting structure information for protein alignment
7221         by statistical inference}},
7222   journal = {Proteins},
7223   year = {2011},
7224   volume = {79},
7225   pages = {161--171},
7226   number = {S10},
7227   abstract = {{This work presents RaptorX, a statistical method for template-based
7228         protein modeling that improves alignment accuracy by exploiting structural
7229         information in a single or multiple templates. RaptorX consists of
7230         three major components: single-template threading, alignment quality
7231         prediction, and multiple-template threading. This work summarizes
7232         the methods used by RaptorX and presents its CASP9 result analysis,
7233         aiming to identify major bottlenecks with RaptorX and template-based
7234         modeling and hopefully directions for further study. Our results
7235         show that template structural information helps a lot with both single-template
7236         and multiple-template protein threading especially when closely-related
7237         templates are unavailable, and there is still large room for improvement
7238         in both alignment and template selection. The RaptorX web server
7239         is available at http://raptorx.uchicago.edu. Proteins 2011; {\copyright}
7240         2011 Wiley-Liss, Inc.}},
7241   citeulike-article-id = {9785616},
7242   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1002/prot.23175},
7243   doi = {10.1002/prot.23175},
7244   keywords = {prediction, structure},
7245   posted-at = {2012-01-30 11:57:40},
7246   priority = {0},
7247   publisher = {Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company},
7248   url = {http://dx.doi.org/10.1002/prot.23175}
7249 }
7250
7251 @INPROCEEDINGS{Perez06,
7252   author = {Luis Perez-Freire and F. Pérez-gonzalez and Pedro Comesaña},
7253   title = {Secret Dither Estimation in Lattice-Quantization Data Hiding: A Set-Membership
7254         Approach},
7255   booktitle = {Security, Steganography, and Watermarking of Multimedia Contents},
7256   year = {2006},
7257   editor = {Edward J. Delp and Ping W. Wong},
7258   address = {San Jose, California, USA},
7259   month = {January},
7260   organization = {SPIE},
7261   owner = {guyeux},
7262   timestamp = {2009.06.30}
7263 }
7264
7265 @INPROCEEDINGS{Perez-Freire06,
7266   author = {Luis Perez-Freire and Pedro Comesana and Juan Ramon Troncoso-Pastoriza
7267         and Fernando Perez-Gonzalez},
7268   title = {Watermarking Security: a Survey},
7269   booktitle = {LNCS Transactions on Data Hiding and Multimedia Security},
7270   year = {2006},
7271   owner = {guyeux},
7272   timestamp = {2009.06.29}
7273 }
7274
7275 @ARTICLE{Perri02,
7276   author = {A. Perri and R. Szewczyk and J. D. Tygar and V. Wen and D. E. Culler},
7277   title = {Spins: security protocols for sensor networks},
7278   journal = {Wireless Networking},
7279   year = {2002},
7280   volume = {5},
7281   pages = {521-534},
7282   number = {2}
7283 }
7284
7285 @PROCEEDINGS{Peter07,
7286   title = {On Concealed Data Aggregation for WSNs},
7287   year = {2007},
7288   author = {Peter, Steffen and Piotrowski, Krzysztof and Langendoerfer, Peter},
7289   booktitle = {Consumer Communications and Networking Conference, 2007. CCNC 2007.
7290         4th IEEE},
7291   citeulike-article-id = {2281643},
7292   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1109/CCNC.2007.45},
7293   citeulike-linkout-1 = {http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs\_all.jsp?arnumber=4199133},
7294   doi = {10.1109/CCNC.2007.45},
7295   journal = {Consumer Communications and Networking Conference, 2007. CCNC 2007.
7296         4th IEEE},
7297   keywords = {hagg},
7298   pages = {192--196},
7299   posted-at = {2008-01-23 19:36:19},
7300   priority = {3},
7301   url = {http://dx.doi.org/10.1109/CCNC.2007.45}
7302 }
7303
7304 @ARTICLE{DBLP:journals/tifs/PevnyBF10,
7305   author = {Pevný, Tomás and Bas, Patrick and Fridrich, Jessica J.},
7306   title = {Steganalysis by subtractive pixel adjacency matrix.},
7307   journal = {IEEE Transactions on Information Forensics and Security},
7308   year = {2010},
7309   volume = {5},
7310   pages = {215-224},
7311   number = {2},
7312   added-at = {2010-09-25T00:00:00.000+0200},
7313   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/2b5c7620c3927116323504e4bf0aba49c/dblp},
7314   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/TIFS.2010.2045842},
7315   interhash = {549561d5f69ba84f20af7afd920d86e9},
7316   intrahash = {b5c7620c3927116323504e4bf0aba49c},
7317   keywords = {dblp},
7318   timestamp = {2010-09-25T00:00:00.000+0200},
7319   url = {http://dblp.uni-trier.de/db/journals/tifs/tifs5.html#PevnyBF10}
7320 }
7321
7322 @MISC{Boss10,
7323   author = {Pevný, Tomáš and Filler, Tomáš and Bas, Patrick},
7324   title = {Break Our Steganographic System},
7325   year = {2010},
7326   note = { available at \url{http://www.agents.cz/boss/}}
7327 }
7328
7329 @INPROCEEDINGS{93,
7330   author = {Pham, Congduc and Makhoul, Abdallah},
7331   title = {Performance study of multiple cover-set strategies for mission-critical
7332         video surveillance with wireless video sensors},
7333   booktitle = {6th IEEE Int. Conf. on Wireless and Mobile Computing, Networking
7334         and Communications, wimob'10 },
7335   year = {2010},
7336   pages = {208-216}
7337 }
7338
7339 @INPROCEEDINGS{Pham10,
7340   author = {Pham, Congduc and Makhoul, Abdallah},
7341   title = {Performance study of multiple cover-set strategies for mission-critical
7342         video surveillance with wireless video sensors},
7343   booktitle = {6th IEEE Int. Conf. on Wireless and Mobile Computing, Networking
7344         and Communications, wimob'10 },
7345   year = {2010},
7346   pages = {208-216},
7347   authorartic = {Pham, Congduc and Makhoul, Abdallah}
7348 }
7349
7350 @ARTICLE{92,
7351   author = {Pham, Congduc and Makhoul, Abdallah and Saadi, Rachid},
7352   title = {Risk-based Adaptive Scheduling in Randomly Deployed Video Sensor
7353         Networks for Critical Surveillance Applications},
7354   journal = {Journal of Network and Computer Applications},
7355   year = {2011},
7356   volume = {34},
7357   pages = {783-795},
7358   number = {2},
7359   publisher = {Springer}
7360 }
7361
7362 @ARTICLE{Pham11,
7363   author = {Pham, Congduc and Makhoul, Abdallah and Saadi, Rachid},
7364   title = {Risk-based Adaptive Scheduling in Randomly Deployed Video Sensor
7365         Networks for Critical Surveillance Applications},
7366   journal = {Journal of Network and Computer Applications},
7367   year = {2011},
7368   volume = {34},
7369   pages = {783-795},
7370   number = {2},
7371   publisher = {Springer}
7372 }
7373
7374 @ARTICLE{pms11:ij,
7375   author = {Pham, Congduc and Makhoul, Abdallah and Saadi, Rachid},
7376   title = {Risk-based Adaptive Scheduling in Randomly Deployed Video Sensor
7377         Networks for Critical Surveillance Applications},
7378   journal = {Journal of Network and Computer Applications},
7379   year = {2011},
7380   volume = {*},
7381   pages = {***--***},
7382   number = {*},
7383   note = {Accepted manuscript. To appear},
7384   classement = {ACLI},
7385   equipe = {and},
7386   impact-factor = {1.111},
7387   inhal = {no},
7388   isi-acro = {J NETW COMPU APPL},
7389   publisher = {Springer}
7390 }
7391
7392 @ARTICLE{Phillips01,
7393   author = {Phillips, M. J. and Lin, Y. H. and Harrison, G. L. and Penny, D.},
7394   title = {Mitochondrial genomes of a bandicoot and a brushtail possum confirm
7395         the monophyly of australidelphian marsupials.},
7396   journal = {Proc Biol Sci},
7397   year = {2001},
7398   volume = {268},
7399   pages = {1533--1538},
7400   number = {1475},
7401   month = jul,
7402   abstract = {Recent molecular analyses suggest that the position of bandicoots
7403         is the major difficulty in determining the root of the tree of extant
7404         marsupials. To resolve this, we analyse mitochondrial genome sequences
7405         of a bandicoot (Isoodon macrourus) and a brushtail possum (Trichosurus
7406         vulpecula) together with the previously available marsupial mitochondrial
7407         genomes, the Virginia opossum (Didelphis virginiana) and the wallaroo
7408         (Macropus robustus). Analyses of mitochondrial protein-coding and
7409         {RNA} genes strongly support the bandicoot as sister to the wallaroo
7410         and the brushtail possum. This result, combined with other recent
7411         molecular analyses, confirms the monophyly of Australidelphia (Australasian
7412         marsupials plus Dromiciops from South America). Further, {RY} coding
7413         was found to nullify {AGCT} coding nucleotide composition bias.},
7414   address = {Institute of Molecular BioSciences, Massey University, Palmerston
7415         North, New Zealand. m.j.phillips@massey.ac.nz},
7416   citeulike-article-id = {1467997},
7417   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2001.1677},
7418   citeulike-linkout-1 = {http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2001.1677},
7419   citeulike-linkout-2 = {http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11454299},
7420   citeulike-linkout-3 = {http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=11454299},
7421   day = {22},
7422   doi = {10.1098/rspb.2001.1677},
7423   issn = {0962-8452},
7424   keywords = {bias, phylogenetics, ry\_coding, systematic},
7425   pmid = {11454299},
7426   posted-at = {2007-07-19 23:36:35},
7427   priority = {2},
7428   url = {http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2001.1677}
7429 }
7430
7431 @ARTICLE{DiPietro13,
7432   author = {Roberto Di Pietro and Nino Vincenzo Verde},
7433   title = {Epidemic theory and data survivability in unattended wireless sensor
7434         networks: Models and gaps },
7435   journal = {Pervasive and Mobile Computing },
7436   year = {2013},
7437   volume = {9},
7438   pages = {588 - 597},
7439   number = {4},
7440   doi = {http://dx.doi.org/10.1016/j.pmcj.2012.07.010},
7441   issn = {1574-1192},
7442   keywords = {Unattended wireless sensor network},
7443   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1574119212000946}
7444 }
7445
7446 @MISC{Poe,
7447   author = {Edgar Alan Poe},
7448   title = {The Raven},
7449   month = {April},
7450   year = {1839},
7451   note = {American Museum (Baltimore)},
7452   owner = {christophe},
7453   timestamp = {2010.11.23}
7454 }
7455
7456 @INPROCEEDINGS{PSECAL07,
7457   author = {Ponomarenko, Nikolay and Silvestri, Flavia and Egiazarian, Karen
7458         and Carli, Marco and Astola, Jaakko and Lukin,Vladimir},
7459   title = {On between-coefficient contrast masking of DCT basis functions},
7460   booktitle = {CD-ROM Proceedings of the Third International Workshop on Video Processing
7461         and Quality Metrics for Consumer Electronics VPQM-07,Scottsdale,
7462         Arizona, USA},
7463   year = {2007},
7464   editor = {Li,Baoxin},
7465   month = jan
7466 }
7467
7468 @PROCEEDINGS{citeulike:3805944,
7469   title = {{Analysis of energy consumption of RC4 and AES algorithms in wireless
7470         LANs}},
7471   year = {2003},
7472   volume = {3},
7473   abstract = {{Encryption algorithms are known to be computationally intensive.
7474         They consume a significant amount of computing resources such as
7475         CPU time, memory, and battery power. A wireless device, usually with
7476         very limited resources, especially battery power, is subject to the
7477         problem of energy consumption due to encryption algorithms. Designing
7478         energy efficient security protocols first requires an understanding
7479         of and data related to the energy consumption of common encryption
7480         schemes. In this paper, we provide the results of experiments with
7481         AES and RC4, two symmetric key algorithms that are commonly suggested
7482         or used in WLANs. Our results show that RC4 is more suitable for
7483         large packets and AES for small packets.}},
7484   author = {Prasithsangaree, P. and Krishnamurthy, P.},
7485   booktitle = {Global Telecommunications Conference, 2003. GLOBECOM '03. IEEE},
7486   citeulike-article-id = {3805944},
7487   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1109/glocom.2003.1258477},
7488   citeulike-linkout-1 = {http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs\_all.jsp?arnumber=1258477},
7489   doi = {10.1109/glocom.2003.1258477},
7490   journal = {Global Telecommunications Conference, 2003. GLOBECOM '03. IEEE},
7491   keywords = {alwen},
7492   pages = {1445--1449 vol.3},
7493   posted-at = {2008-12-18 13:17:31},
7494   url = {http://dx.doi.org/10.1109/glocom.2003.1258477}
7495 }
7496
7497 @ARTICLE{76,
7498   author = {B. Przydatek and D. Song and A. Perrig},
7499   title = {SIA: Secure information aggregation in sensor networks},
7500   journal = {In proceedings of ACM SenSys conference},
7501   year = {2003},
7502   pages = {255-265}
7503 }
7504
7505 @INPROCEEDINGS{Przydatek03sia:secure,
7506   author = {Bartosz Przydatek and Dawn Song and Adrian Perrig},
7507   title = {SIA: Secure Information Aggregation in Sensor Networks},
7508   year = {2003},
7509   pages = {255--265},
7510   publisher = {ACM Press}
7511 }
7512
7513 @INPROCEEDINGS{WCBG11:ip,
7514   author = {Qianxue, W. and Bahi, J. and Couchot, J.-F. and Guyeux, C.},
7515   title = {Class of Trustworthy Pseudo-Random Number Generators},
7516   booktitle = {INTERNET'2011. The 3rd Int. Conf. on Evolving Internet},
7517   year = {2011},
7518   equipe = {and}
7519 }
7520
7521 @INPROCEEDINGS{Qiao:2009:SM:1704555.1704664,
7522   author = {Qiao, Mengyu and Sung, Andrew H. and Liu, Qingzhong},
7523   title = {Steganalysis of MP3Stego},
7524   booktitle = {Proceedings of the 2009 international joint conference on Neural
7525         Networks},
7526   year = {2009},
7527   series = {IJCNN'09},
7528   pages = {2723--2728},
7529   address = {Piscataway, NJ, USA},
7530   publisher = {IEEE Press},
7531   acmid = {1704664},
7532   isbn = {978-1-4244-3549-4},
7533   location = {Atlanta, Georgia, USA},
7534   numpages = {6},
7535   url = {http://portal.acm.org/citation.cfm?id=1704555.1704664}
7536 }
7537
7538 @MISC{Quisquater02sidechannel,
7539   author = {J-J. Quisquater and D. Samyde and Université Catholique De Louvain
7540         and Groupe Crypto},
7541   title = {Side Channel Cryptanalysis},
7542   year = {2002}
7543 }
7544
7545 @UNPUBLISHED{Randall11,
7546   author = {Randall, Aaron},
7547   title = {A Novel Semi-Fragile Watermarking Scheme with Iterative Restoration},
7548   note = {Available at \url{http://www.aaronrandall.com/Files/WatermarkingPaperLight.pdf}},
7549   year = {2011}
7550 }
7551
7552 @ARTICLE{Raynal2001,
7553   author = {Frédéric Raynal and Fabien A. P. Petitcolas and Caroline Fontaine},
7554   title = {Evaluation automatique des méthodes de tatouage},
7555   journal = {Traitement du signal},
7556   year = {2001},
7557   volume = {18},
7558   pages = {271-282},
7559   owner = {guyeux},
7560   timestamp = {2008.05.21}
7561 }
7562
7563 @ARTICLE{Dugelay11,
7564   author = {J. Redi and W. Taktak and J.-L. Dugelay},
7565   title = {Digital image forensics: a booklet for beginners},
7566   journal = {Multimedia Tools and Applications},
7567   volume = {51},
7568   pages = {133--162},
7569   owner = {tof},
7570   timestamp = {2012.09.05}
7571 }
7572
7573 @ARTICLE{Richeson2008251,
7574   author = {David Richeson and Jim Wiseman},
7575   title = {Chain recurrence rates and topological entropy},
7576   journal = {Topology and its Applications},
7577   year = {2008},
7578   volume = {156},
7579   pages = {251 - 261},
7580   number = {2},
7581   abstract = {We investigate the properties of chain recurrent, chain transitive,
7582         and chain mixing maps (generalizations of the well-known notions
7583         of non-wandering, topologically transitive, and topologically mixing
7584         maps). We describe the structure of chain transitive maps. These
7585         notions of recurrence are defined using ε-chains, and the minimal
7586         lengths of these ε-chains give a way to measure recurrence time (chain
7587         recurrence and chain mixing times). We give upper and lower bounds
7588         for these recurrence times and relate the chain mixing time to topological
7589         entropy.},
7590   doi = {10.1016/j.topol.2008.07.005},
7591   issn = {0166-8641},
7592   keywords = {Chain recurrence},
7593   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0166864108002526}
7594 }
7595
7596 @INPROCEEDINGS{rifq/others03,
7597   author = {Rifqi, Maria and Detyniecki, Marcin and Bouchon-Meunier, Bernadette},
7598   title = {{D}iscrimination power of measures of resemblance},
7599   booktitle = {{IFSA}'03},
7600   year = {2003},
7601   location = {Istanbul, Turkey},
7602   x-international-audience = {yes},
7603   x-lip6id = {4425},
7604   x-lip6teams = {APA}
7605 }
7606
7607 @MISC{rijmen05,
7608   author = {Vincent Rijmen and Elisabeth Oswald},
7609   title = {Update on SHA-1},
7610   howpublished = {Cryptology ePrint Archive, Report 2005/010},
7611   year = {2005},
7612   note = {\url{http://eprint.iacr.org/}}
7613 }
7614
7615 @BOOK{Robert,
7616   title = {Discrete Iterations, a Metric Study},
7617   publisher = {Springer-Verlag},
7618   year = {1986},
7619   editor = {Berlin Heidelberg New-York},
7620   author = {François Robert},
7621   volume = {6},
7622   series = {Series in Computational Mathematics}
7623 }
7624
7625 @BOOK{Robert1986,
7626   title = {Discrete Iterations: A Metric Study},
7627   year = {1986},
7628   editor = {Springer-Verlag},
7629   author = {F. Robert},
7630   volume = {6},
7631   series = {Springer Series in Computational Mathematics},
7632   owner = {guyeux},
7633   timestamp = {17/02/2008}
7634 }
7635
7636 @BOOK{,
7637   title = {Python Reference Manual},
7638   publisher = {PythonLabs, Virginia, USA},
7639   year = {2001},
7640   editor = {van Rossum, G. and Drake, F.L.},
7641   author = {van Rossum, G. and Drake, F.L.},
7642   owner = {tof},
7643   timestamp = {2013.06.09}
7644 }
7645
7646 @ARTICLE{Rudenko08,
7647   author = {Rudenko, O. and Snytkin, M.},
7648   title = {Image compression based on the neural network art},
7649   journal = {Cybernetics and Systems Analysis},
7650   year = {2008},
7651   volume = {44},
7652   pages = {797-802},
7653   affiliation = {Kharkov National University of Radio Electronics Kharkov Ukraine},
7654   issn = {1060-0396},
7655   issue = {6},
7656   keyword = {Computer Science},
7657   publisher = {Springer New York}
7658 }
7659
7660 @PHDTHESIS{Ruette2001,
7661   author = {Sylvie Ruette},
7662   title = {Chaos en dynamique topologique, en particulier sur l'intervalle,
7663         mesures d'entropie maximale},
7664   school = {Université d'Aix-Marseille II},
7665   year = {2001},
7666   optmonth = {Novembre},
7667   owner = {guyeux},
7668   timestamp = {2008.01.02}
7669 }
7670
7671 @ARTICLE{citeulike:118812,
7672   author = {S[breve]ali, Andrej and Shakhnovich, Eugene and Karplus, Martin},
7673   title = {How does a protein fold?},
7674   journal = {Nature},
7675   year = {1994},
7676   volume = {369},
7677   pages = {248--251},
7678   number = {6477},
7679   month = may,
7680   abstract = {The number of all possible conformations of a polypeptide chain is
7681         too large to be sampled exhaustively. Nevertheless, protein sequences
7682         do fold into unique native states in seconds (the Levinthal paradox).
7683         To determine how the Levinthal paradox is resolved, we use a lattice
7684         Monte Carlo model in which the global minimum (native state) is known.
7685         The necessary and sufficient condition for folding in this model
7686         is that the native state be a pronounced global minimum on the potential
7687         surface. This guarantees thermodynamic stability of the native state
7688         at a temperature where the chain does not get trapped in local minima.
7689         Folding starts by a rapid collapse from a random-coil state to a
7690         random semi-compact globule. It then proceeds by a slow, rate-determining
7691         search through the semi-compact states to find a transition state
7692         from which the chain folds rapidly to the native state. The elements
7693         of the folding mechanism that lead to the resolution of the Levinthal
7694         paradox are the reduced number of conformations that need to be searched
7695         in the semi-compact globule (approximately 10(10) versus approximately
7696         10(16) for the random coil) and the existence of many (approximately
7697         10(3)) transition states. The results have evolutionary implications
7698         and suggest principles for the folding of real proteins.},
7699   address = {Department of Chemistry, Harvard University, Cambridge, Massachusetts
7700         02138.},
7701   citeulike-article-id = {118812},
7702   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1038/369248a0},
7703   citeulike-linkout-1 = {http://dx.doi.org/10.1038/369248a0},
7704   citeulike-linkout-2 = {http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7710478},
7705   citeulike-linkout-3 = {http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=7710478},
7706   day = {19},
7707   doi = {10.1038/369248a0},
7708   issn = {0028-0836},
7709   keywords = {fold\_space, protein\_evolution, protein\_folding, protein\_sequence,
7710         protein\_structure, structural\_bioinformatics},
7711   pmid = {7710478},
7712   posted-at = {2005-03-16 03:16:39},
7713   priority = {5},
7714   publisher = {Nature Publishing Group},
7715   url = {http://dx.doi.org/10.1038/369248a0}
7716 }
7717
7718 @ARTICLE{Saarma09,
7719   author = {SAARMA,U. and JÕGISALU,I. and MOKS,E. and VARCASIA,A. and LAVIKAINEN,A.
7720         and OKSANEN,A. and SIMSEK,S. and ANDRESIUK,V. and DENEGRI,G. and
7721         GONZÁLEZ,L. M. and FERRER,E. and GÁRATE,T. and RINALDI,L. and MARAVILLA,P.},
7722   title = {A novel phylogeny for the genus Echinococcus, based on nuclear data,
7723         challenges relationships based on mitochondrial evidence},
7724   journal = {Parasitology},
7725   year = {2009},
7726   volume = {136},
7727   pages = {317--328},
7728   month = {2},
7729   doi = {10.1017/S0031182008005453},
7730   issn = {1469-8161},
7731   issue = {03},
7732   numpages = {12},
7733   url = {http://journals.cambridge.org/article_S0031182008005453}
7734 }
7735
7736 @ARTICLE{neighborJoining,
7737   author = {Saitou, N. and Nei, M.},
7738   title = {{The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic
7739         trees.}},
7740   journal = {Molecular Biology and Evolution},
7741   year = {1987},
7742   volume = {4},
7743   pages = {406--425},
7744   number = {4},
7745   month = jul,
7746   abstract = {{A new method called the neighbor-joining method is proposed for reconstructing
7747         phylogenetic trees from evolutionary distance data. The principle
7748         of this method is to find pairs of operational taxonomic units (OTUs
7749         [= neighbors]) that minimize the total branch length at each stage
7750         of clustering of OTUs starting with a starlike tree. The branch lengths
7751         as well as the topology of a parsimonious tree can quickly be obtained
7752         by using this method. Using computer simulation, we studied the efficiency
7753         of this method in obtaining the correct unrooted tree in comparison
7754         with that of five other tree-making methods: the unweighted pair
7755         group method of analysis, Farris's method, Sattath and Tversky's
7756         method, Li's method, and Tateno et al.'s modified Farris method.
7757         The new, neighbor-joining method and Sattath and Tversky's method
7758         are shown to be generally better than the other methods.}},
7759   address = {Center for Demographic and Population Genetics, University of Texas
7760         Health Science Center, Houston 77225.},
7761   citeulike-article-id = {93683},
7762   citeulike-linkout-0 = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/4/4/406.abstract},
7763   citeulike-linkout-1 = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/4/4/406.full.pdf},
7764   citeulike-linkout-2 = {http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/4/4/406},
7765   citeulike-linkout-3 = {http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3447015},
7766   citeulike-linkout-4 = {http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=3447015},
7767   day = {01},
7768   issn = {1537-1719},
7769   keywords = {biology, dna, neighbour\_joining, nj, phylogenetic\_trees, phylogeny},
7770   pmid = {3447015},
7771   posted-at = {2009-11-06 12:10:47},
7772   priority = {2},
7773   publisher = {Oxford University Press},
7774   url = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/4/4/406.abstract}
7775 }
7776
7777 @PROCEEDINGS{Sang,
7778   title = {Secure Data Aggregation in Wireless Sensor Networks: A Survey},
7779   year = {2006},
7780   abstract = {Data aggregation is a widely used technique in wireless sensor networks.
7781         The security issues, data confidentiality and integrity, in data
7782         aggregation become vital when the sensor network is deployed in a
7783         hostile environment. There has been many related work proposed to
7784         address these security issues. In this paper we survey these work
7785         and classify them into two cases: hop-by-hop encrypted data aggregation
7786         and end-to-end encrypted data aggregation. We also propose two general
7787         frameworks for the two cases respectively. The framework for end-to-end
7788         encrypted data aggregation has higher computation cost on the sensor
7789         nodes, but achieves stronger security, in comparison with the framework
7790         for hop-by-hop encrypted data aggregation},
7791   author = {Sang, Yingpeng and Shen, Hong and Inoguchi, Yasushi and Tan, Yasuo
7792         and Xiong, Naixue},
7793   booktitle = {Parallel and Distributed Computing, Applications and Technologies,
7794         2006. PDCAT '06. Seventh International Conference on},
7795   citeulike-article-id = {1621840},
7796   citeulike-linkout-0 = {http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs\_all.jsp?arnumber=4032199},
7797   journal = {Parallel and Distributed Computing, Applications and Technologies,
7798         2006. PDCAT '06. Seventh International Conference on},
7799   keywords = {aggregation, security, survey, wsn},
7800   pages = {315--320},
7801   posted-at = {2008-06-25 03:34:17},
7802   priority = {2},
7803   url = {http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs\_all.jsp?arnumber=4032199}
7804 }
7805
7806 @MISC{Sarkar_furtherstudy,
7807   author = {Anindya Sarkar and Kaushal Solanki and B. S. Manjunath},
7808   title = {Further Study on YASS: Steganography Based on Randomized Embedding
7809         to Resist Blind Steganalysis}
7810 }
7811
7812 @MISC{SSM09,
7813   author = {Anindya Sarkar and Kaushal Solanki and B. S. Manjunath},
7814   title = {Further Study on YASS: Steganography Based on Randomized Embedding
7815         to Resist Blind Steganalysis}
7816 }
7817
7818 @ARTICLE{1309431,
7819   author = {Satish, K. and Jayakar, T. and Tobin, C. and Madhavi, K. and Murali,
7820         K.},
7821   title = {Chaos based spread spectrum image steganography},
7822   journal = {Consumer Electronics, IEEE Transactions on},
7823   year = {2004},
7824   volume = {50},
7825   pages = { 587 - 590},
7826   number = {2},
7827   month = may,
7828   doi = {10.1109/TCE.2004.1309431},
7829   issn = {0098-3063},
7830   keywords = { authentication; chaos based spread spectrum image steganography;
7831         chaotic encryption; chaotic modulation; covert communication; digital
7832         security schemes; home-office environment; in-band captioning; large-scale
7833         proliferation; tamperproofing; wireless products; chaotic communication;
7834         cryptography; data encapsulation; image processing; message authentication;
7835         modulation; spread spectrum communication;}
7836 }
7837
7838 @MASTERSTHESIS{Saulnier02,
7839   author = {Boris Saulnier},
7840   title = {Entropie topologique},
7841   school = {DEA Sémantique, Preuves et Langages, Paris 7},
7842   year = {2002},
7843   owner = {christophe},
7844   timestamp = {2010.08.12}
7845 }
7846
7847 @ARTICLE{Schmitz2001,
7848   author = {Roland Schmitz},
7849   title = {Use of chaotic dynamical systems in cryptography},
7850   journal = {Journal of Franklin Institute},
7851   year = {2001},
7852   volume = {338},
7853   pages = {429-441},
7854   owner = {guyeux},
7855   timestamp = {17/02/2008}
7856 }
7857
7858 @BOOK{Schwartz80,
7859   title = {Analyse: topologie g\'{e}n\'{e}rale et analyse fonctionnelle},
7860   publisher = {Hermann},
7861   year = {1980},
7862   editor = {Hermann},
7863   author = {Laurent Schwartz},
7864   owner = {christophe},
7865   timestamp = {2010.09.15}
7866 }
7867
7868 @ARTICLE{Shannon49,
7869   author = {Shannon, Claude E.},
7870   title = {Communication Theory of Secrecy Systems},
7871   journal = {Bell Systems Technical Journal},
7872   year = {1949},
7873   volume = {28},
7874   pages = {656--715},
7875   citeulike-article-id = {507362},
7876   keywords = {master, secrecy\_systems, teoria-informacao, theory\_communication,
7877         theory\_cryptography},
7878   owner = {guyeux},
7879   posted-at = {2006-02-16 23:24:09},
7880   priority = {2},
7881   timestamp = {2009.06.29}
7882 }
7883
7884 @ARTICLE{10.1109/ICME.2003.1221665,
7885   author = {Liu Shaohui and Yao Hongxun and Gao Wen},
7886   title = {Neural network based steganalysis in still images},
7887   journal = {Multimedia and Expo, IEEE International Conference on},
7888   year = {2003},
7889   volume = {2},
7890   pages = {509-512},
7891   address = {Los Alamitos, CA, USA},
7892   doi = {http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/ICME.2003.1221665},
7893   isbn = {0-7803-7965-9},
7894   publisher = {IEEE Computer Society}
7895 }
7896
7897 @MISC{Wireshark-report,
7898   author = {Sharkfest'11},
7899   title = {A-11: Trace File Anonymisation},
7900   year = {2011},
7901   owner = {tof},
7902   timestamp = {2012.09.05}
7903 }
7904
7905 @ARTICLE{SheikhB06,
7906   author = {Sheikh, Hamid R. and Bovik, Alan Conrad },
7907   title = {Image information and visual quality},
7908   journal = {IEEE Transactions on Image Processing},
7909   year = {2006},
7910   volume = {15},
7911   pages = {430-444},
7912   number = {2}
7913 }
7914
7915 @ARTICLE{Shmygelska05,
7916   author = {Shmygelska, Alena and Hoos, Holger},
7917   title = {An ant colony optimisation algorithm for the 2D and 3D hydrophobic
7918         polar protein folding problem},
7919   journal = {BMC Bioinformatics},
7920   year = {2005},
7921   volume = {6},
7922   pages = {30},
7923   number = {1},
7924   abstract = {BACKGROUND:The protein folding problem is a fundamental problems in
7925         computational molecular biology and biochemical physics. Various
7926         optimisation methods have been applied to formulations of the ab-initio
7927         folding problem that are based on reduced models of protein structure,
7928         including Monte Carlo methods, Evolutionary Algorithms, Tabu Search
7929         and hybrid approaches. In our work, we have introduced an ant colony
7930         optimisation (ACO) algorithm to address the non-deterministic polynomial-time
7931         hard (NP-hard) combinatorial problem of predicting a protein's conformation
7932         from its amino acid sequence under a widely studied, conceptually
7933         simple model - the 2-dimensional (2D) and 3-dimensional (3D) hydrophobic-polar
7934         (HP) model.RESULTS:We present an improvement of our previous ACO
7935         algorithm for the 2D HP model and its extension to the 3D HP model.
7936         We show that this new algorithm, dubbed ACO-HPPFP-3, performs better
7937         than previous state-of-the-art algorithms on sequences whose native
7938         conformations do not contain structural nuclei (parts of the native
7939         fold that predominantly consist of local interactions) at the ends,
7940         but rather in the middle of the sequence, and that it generally finds
7941         a more diverse set of native conformations.CONCLUSIONS:The application
7942         of ACO to this bioinformatics problem compares favourably with specialised,
7943         state-of-the-art methods for the 2D and 3D HP protein folding problem;
7944         our empirical results indicate that our rather simple ACO algorithm
7945         scales worse with sequence length but usually finds a more diverse
7946         ensemble of native states. Therefore the development of ACO algorithms
7947         for more complex and realistic models of protein structure holds
7948         significant promise.},
7949   doi = {10.1186/1471-2105-6-30},
7950   issn = {1471-2105},
7951   pubmedid = {15710037}
7952 }
7953
7954 @OTHER{Shmygelska2005Feb,
7955   abstract = {Abstract Background The protein folding problem is a fundamental problems
7956         in computational molecular biology and biochemical physics. Various
7957         optimisation methods have been applied to formulations of the ab-initio
7958         folding problem that are based on reduced models of protein structure,
7959         including Monte Carlo methods, Evolutionary Algorithms, Tabu Search
7960         and hybrid approaches. In our work, we have introduced an ant colony
7961         optimisation (ACO) algorithm to address the non-deterministic polynomial-time
7962         hard (NP-hard) combinatorial problem of predicting a protein's conformation
7963         from its amino acid sequence under a widely studied, conceptually
7964         simple model – the 2-dimensional (2D) and 3-dimensional (3D) hydrophobic-polar
7965         (HP) model. Results We present an improvement of our previous ACO
7966         algorithm for the 2D HP model and its extension to the 3D HP model.
7967         We show that this new algorithm, dubbed ACO-HPPFP-3, performs better
7968         than previous state-of-the-art algorithms on sequences whose native
7969         conformations do not contain structural nuclei (parts of the native
7970         fold that predominantly consist of local interactions) at the ends,
7971         but rather in the middle of the sequence, and that it generally finds
7972         a more diverse set of native conformations. Conclusions The application
7973         of ACO to this bioinformatics problem compares favourably with specialised,
7974         state-of-the-art methods for the 2D and 3D HP protein folding problem;
7975         our empirical results indicate that our rather simple ACO algorithm
7976         scales worse with sequence length but usually finds a more diverse
7977         ensemble of native states. Therefore the development of ACO algorithms
7978         for more complex and realistic models of protein structure holds
7979         significant promise.},
7980   author = {Shmygelska, Alena and Hoos, Holger H},
7981   journal = {BMC Bioinformatics. 2005 Feb 14},
7982   number = {1},
7983   owner = {christophe},
7984   pages = {30},
7985   timestamp = {2011.01.24},
7986   title = {An ant colony optimisation algorithm for the 2D and 3D hydrophobic
7987         polar protein folding problem},
7988   volume = {6},
7989   year = {2005 Feb}
7990 }
7991
7992 @ARTICLE{Shujun1,
7993   author = {Li Shujun and Li Qi and Li Wenmin and Mou Xuanqin and Cai Yuanlong},
7994   title = {Statistical Properties of Digital Piecewise Linear Chaotic Maps and
7995         Their Roles in Cryptography and Pseudo-Random Coding},
7996   journal = {Proceedings of the 8th IMA International Conference on Cryptography
7997         and Coding},
7998   year = {2001},
7999   volume = {1},
8000   pages = {205--221},
8001   owner = {christophe},
8002   timestamp = {2010.03.06}
8003 }
8004
8005 @MISC{Lecuyer2009,
8006   author = {Richard Simard and Universit{\'e} De Montr{\'e}al},
8007   title = {TestU01: A Software Library in ANSI C for Empirical Testing of Random
8008         Number Generators. },
8009   year = {2002}
8010 }
8011
8012 @ARTICLE{Simard07testu01:a,
8013   author = {Richard Simard and Université De Montréal},
8014   title = {TestU01: A C library for empirical testing of random number generators},
8015   journal = {ACM Transactions on Mathematical Software},
8016   year = {2007},
8017   pages = {2007}
8018 }
8019
8020 @INPROCEEDINGS{Simmons83,
8021   author = {Gustavus J. Simmons},
8022   title = {The Prisoners' Problem and the Subliminal Channel},
8023   booktitle = {Advances in Cryptology, Proc. CRYPTO'83},
8024   year = {1984},
8025   pages = {51--67},
8026   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
8027   owner = {guyeux},
8028   timestamp = {2009.06.29}
8029 }
8030
8031 @MISC{Gordon11,
8032   author = {Slade, Gordon},
8033   title = {{The self-avoiding walk: a brief survey.}},
8034   howpublished = {{Blath, Jochen (ed.) et al., Surveys in stochastic processes. Selected
8035         papers based on the presentations at the 33rd conference on stochastic
8036         processes and their applications, Berlin, Germany, July 27--31, 2009.
8037         Z\"urich: European Mathematical Society (EMS). EMS Series of Congress
8038         Reports, 181-199 (2011).}},
8039   year = {2011},
8040   abstract = {{From the introduction: This article provides an overview of the critical
8041         behaviour of the self-avoiding walk model on $\Bbb{Z}^d$, and discusses,
8042         in particular, how this behaviour differs as the dimension $d$ is
8043         varied. The books [{\it B. D. Hughes}, Random walks and random environments.
8044         Vol. 1: Random walks. Oxford: Clarendon Press (1995; Zbl 0820.60053);
8045         {\it N. Madras} and the author, The self-avoiding walk. Boston, MA:
8046         Birkh\"auser (1993; Zbl 0780.60103)] are general references for the
8047         model. Our emphasis is on dimensions $d = 4$ and $d \geq 5$ for which
8048         results are obtained using the renormalisation group and the lace
8049         expansion, respectively.}},
8050   classmath = {{*60K37 (Processes in random environments) 82C41 (Dynamics of random
8051         walks, etc.) }},
8052   doi = {10.4171/072},
8053   language = {English}
8054 }
8055
8056 @MISC{EnCase,
8057   author = {Guidance Software},
8058   title = {EnCase Forensic},
8059   owner = {tof},
8060   timestamp = {2012.10.15},
8061   url = {\url{http://www.guidancesoftware.com/encase-forensic.htm}}
8062 }
8063
8064 @ARTICLE{Solak2004389,
8065   author = {Ercan Solak},
8066   title = {On the security of a class of discrete-time chaotic cryptosystems},
8067   journal = {Physics Letters A},
8068   year = {2004},
8069   volume = {320},
8070   pages = {389 - 395},
8071   number = {5-6},
8072   doi = {DOI: 10.1016/j.physleta.2003.11.008},
8073   issn = {0375-9601},
8074   keywords = {Communication using chaos},
8075   owner = {guyeux},
8076   timestamp = {2009.12.12},
8077   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/B6TVM-4B22RC9-2/2/99a0af737c9b6ba8af47ae4d3c7a326d}
8078 }
8079
8080 @PHDTHESIS{Spiteri74,
8081   author = {Pierre Spitéri},
8082   title = {Contribution à l'étude de la stabilite au sens de liapounov de certains
8083         systemes differentiels non lineaires},
8084   school = {Université de Franche-Comté},
8085   year = {1974},
8086   owner = {christophe},
8087   timestamp = {2010.10.13}
8088 }
8089
8090 @ARTICLE{Stam_TCL,
8091   author = {Stam, A.J.},
8092   title = {On a conjecture by Harris},
8093   journal = {Z. Wahrscheinlichkeitstheorie und Verw. Gebiete},
8094   year = {1966},
8095   volume = {5},
8096   pages = {202--206},
8097   owner = {tof},
8098   timestamp = {2013.10.03}
8099 }
8100
8101 @INPROCEEDINGS{RAxML,
8102   author = {Ros Stamatakis and Thomas Ludwig},
8103   title = {RAxML-OMP: An efficient program for phylogenetic inference on SMPs},
8104   booktitle = {In Proc. of PaCT05},
8105   year = {2005},
8106   pages = {288--302}
8107 }
8108
8109 @BOOK{Stewart1989,
8110   title = {Does God Play Dices?: {T}he {M}athematics of {C}haos},
8111   publisher = {Penguin},
8112   year = {1989},
8113   author = {Ian Stewart},
8114   owner = {guyeux},
8115   timestamp = {2008.01.02}
8116 }
8117
8118 @BOOK{Stinson02,
8119   title = {Cryptography: Theory and Practice, Second Edition},
8120   publisher = {{Chapman \& Hall/CRC}},
8121   year = {2002},
8122   author = {Stinson, Douglas R.},
8123   month = {February},
8124   abstract = {{Douglas R. Stinson's <I>Cryptography: Theory and Practice</I> is
8125         a mathematically intensive examination of cryptography, including
8126         ciphers, the Data Encryption Standard (DES), public key cryptography,
8127         one-way hash functions, and digital signatures. Stinson's explication
8128         of "zero-sum proofs"--a process by which one person lets another
8129         person know that he or she has a password without actually revealing
8130         any information--is especially good.<P> If you are new to the math
8131         behind cryptography but want to tackle it, the author covers all
8132         of the required background to understand the real mathematics here.
8133         <I>Cryptography</I> includes extensive exercises with each chapter
8134         and makes an ideal introduction for any math-literate person willing
8135         to get acquainted with this material.} {<P>Major advances over the
8136         last five years precipitated this major revision of the bestselling
8137         Cryptography: Theory and Practice. With more than 40 percent new
8138         or updated material, the second edition now provides an even more
8139         comprehensive treatment of modern cryptography. It focuses on the
8140         new Advanced Encryption Standards and features an entirely new chapter
8141         on that subject. Another new chapter explores the applications of
8142         secret sharing schemes, including ramp schemes, visual cryptography,
8143         threshold cryptography, and broadcast encryption. This is an ideal
8144         introductory text for both computer science and mathematics students
8145         and a valuable reference for professionals.</P>}},
8146   citeulike-article-id = {2401855},
8147   day = {27},
8148   howpublished = {Hardcover},
8149   isbn = {1584882069},
8150   keywords = {security},
8151   posted-at = {2008-02-20 08:28:49},
8152   priority = {0},
8153   url = {http://www.amazon.com/exec/obidos/redirect?tag=citeulike07-20\&path=ASIN/1584882069}
8154 }
8155
8156 @ARTICLE{Sullivan06steganalysisfor,
8157   author = {Kenneth Sullivan and Upamanyu Madhow and Shivkumar Ch and B. S. Manjunath},
8158   title = {Steganalysis for Markov cover data with applications to images},
8159   journal = {IEEE Trans. Inform. Forensics and Security},
8160   year = {2006},
8161   volume = {1},
8162   pages = {275--287}
8163 }
8164
8165 @ARTICLE{SMMR+13,
8166   author = {Philip Supply and Michael Marceau and Sophie Mangenot and David Roche
8167         and Carine Rouanet and Varun Khanna and Laleh Majlessi and Alexis
8168         Criscuolo and Julien Tap and Alexandre Pawlik},
8169   title = {Genomic analysis of smooth tubercle bacilli provides insights into
8170         ancestry and pathoadaptation of Mycobacterium tuberculosis},
8171   journal = {Nature Genetics},
8172   year = {2013},
8173   volume = {45},
8174   pages = {172–179},
8175   number = {2},
8176   doi = {10.1038/ng.2517},
8177   url = {http://www.nature.com/ng/journal/v45/n2/full/ng.2517.html}
8178 }
8179
8180 @MISC{Symantech-report,
8181   author = {Symantech},
8182   title = {Anonymizing Filesystem Metadata for Analysis},
8183   year = {2006},
8184   owner = {tof},
8185   timestamp = {2012.09.05}
8186 }
8187
8188 @MISC{tails,
8189   author = {Tails},
8190   title = {Tails},
8191   howpublished = {\url{https://tails.boum.org}},
8192   month = {September},
8193   year = {2012}
8194 }
8195
8196 @ARTICLE{Tamura92,
8197   author = {Tamura, K},
8198   title = {Estimation of the number of nucleotide substitutions when there are
8199         strong transition-transversion and G+C-content biases.},
8200   journal = {Molecular Biology and Evolution},
8201   year = {1992},
8202   volume = {9},
8203   pages = {678-687},
8204   number = {4},
8205   abstract = {A simple mathematical method is developed to estimate the number of
8206         nucleotide substitutions per site between two DNA sequences, by extending
8207         Kimura's (1980) two-parameter method to the case where a G+C-content
8208         bias exists. This method will be useful when there are strong transition-transversion
8209         and G+C-content biases, as in the case of Drosophila mitochondrial
8210         DNA.},
8211   eprint = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/9/4/678.full.pdf+html},
8212   url = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/9/4/678.abstract}
8213 }
8214
8215 @ARTICLE{Tamura93,
8216   author = {Tamura, K and Nei, M},
8217   title = {Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control
8218         region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees.},
8219   journal = {Molecular Biology and Evolution},
8220   year = {1993},
8221   volume = {10},
8222   pages = {512-526},
8223   number = {3},
8224   abstract = {Examining the pattern of nucleotide substitution for the control region
8225         of mitochondrial DNA (mtDNA) in humans and chimpanzees, we developed
8226         a new mathematical method for estimating the number of transitional
8227         and transversional substitutions per site, as well as the total number
8228         of nucleotide substitutions. In this method, excess transitions,
8229         unequal nucleotide frequencies, and variation of substitution rate
8230         among different sites are all taken into account. Application of
8231         this method to human and chimpanzee data suggested that the transition/transversion
8232         ratio for the entire control region was approximately 15 and nearly
8233         the same for the two species. The 95% confidence interval of the
8234         age of the common ancestral mtDNA was estimated to be 80,000-480,000
8235         years in humans and 0.57-2.72 Myr in common chimpanzees.},
8236   eprint = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/10/3/512.full.pdf+html},
8237   url = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/10/3/512.abstract}
8238 }
8239
8240 @INPROCEEDINGS{Takana90,
8241   author = {K. Tanaka and Y. Nakamura and K. Matsui},
8242   title = {Embedding Secret Information into a Dithered Multi-level Image},
8243   booktitle = {IEEE Military Communications Conference},
8244   year = {1990},
8245   owner = {christophe},
8246   timestamp = {2010.08.05}
8247 }
8248
8249 @INCOLLECTION{FI09,
8250   author = {Tannier, Eric},
8251   title = {Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational
8252         Methods},
8253   booktitle = {Comparative Genomics},
8254   publisher = {Springer Berlin Heidelberg},
8255   year = {2009},
8256   editor = {Ciccarelli, FrancescaD. and Miklós, István},
8257   volume = {5817},
8258   series = {Lecture Notes in Computer Science},
8259   pages = {1-12},
8260   doi = {10.1007/978-3-642-04744-2_1},
8261   isbn = {978-3-642-04743-5},
8262   url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04744-2_1}
8263 }
8264
8265 @ARTICLE{95,
8266   author = {Dan Tao and Huadong Ma and Liang Liu},
8267   title = {Coverage-Enhancing Algorithm for Directional Sensor Networks},
8268   journal = {Lecture Notes in Computer Science - Springer},
8269   year = {November 2006},
8270   pages = {256-267}
8271 }
8272
8273 @ARTICLE{Tao06,
8274   author = {Dan Tao and Huadong Ma and Liang Liu},
8275   title = {Coverage-Enhancing Algorithm for Directional Sensor Networks},
8276   journal = {Lecture Notes in Computer Science},
8277   year = {November 2006},
8278   pages = {256-267}
8279 }
8280
8281 @PHDTHESIS{ElTarazi81,
8282   author = {M. N. El Tarazi},
8283   title = {Contraction et ordre partiel pour l'étude d'algorithmes synchrones
8284         et asynchrones en analyse numérique},
8285   school = {Faculté des Sciences et Techniques de l'Université de Franche-Comté,
8286         Besançon},
8287   year = {1981},
8288   owner = {christophe},
8289   timestamp = {2010.08.17}
8290 }
8291
8292 @INPROCEEDINGS{TCL05,
8293   author = {Temi, C. and Choomchuay, S. and Lasakul, A.},
8294   title = {A robust image watermarking using multiresolution analysis of wavelet},
8295   booktitle = {ISCIT 2005. IEEE International Symposium on Communications and Information
8296         Technology},
8297   year = {2005},
8298   pages = {623--626},
8299   address = {Washington, DC},
8300   month = oct,
8301   publisher = {IEEE Computer Society}
8302 }
8303
8304 @INPROCEEDINGS{conf/fpga/ThomasHL09,
8305   author = {David B. Thomas and Lee W. Howes and Wayne Luk},
8306   title = {A comparison of {CPU}s, {GPU}s, {FPGA}s, and massively parallel processor
8307         arrays for random number generation},
8308   booktitle = {Proceedings of the {ACM}/{SIGDA} 17th International Symposium on
8309         Field Programmable Gate Arrays, {FPGA} 2009, Monterey, California,
8310         {USA}, February 22-24, 2009},
8311   year = {2009},
8312   editor = {Paul Chow and Peter Y. K. Cheung},
8313   pages = {63--72},
8314   publisher = {ACM},
8315   bibdate = {2010-06-29},
8316   isbn = {978-1-60558-410-2},
8317   url = {http://doi.acm.org/10.1145/1508128.1508139}
8318 }
8319
8320 @MISC{Tor,
8321   author = {Tor},
8322   title = {TOR, The Onion Router},
8323   howpublished = {\url{https://www.torproject.org/}},
8324   month = jan,
8325   year = {2012}
8326 }
8327
8328 @ARTICLE{Turan2008,
8329   author = {M. S. Turan and A Doganaksoy and S Boztas},
8330   title = {On Independence and Sensitivity of Statistical Randomness Tests},
8331   journal = {SETA 2008},
8332   year = {2008},
8333   volume = {LNCS 5203},
8334   pages = {18--29},
8335   owner = {qianxue},
8336   timestamp = {2010.03.29}
8337 }
8338
8339 @ARTICLE{ulam1947,
8340   author = {S. M. Ulam and J. V. Neumann},
8341   title = {On combination of stochastic and deterministic processes},
8342   journal = {Amer. Math. Soc.},
8343   year = {1947},
8344   volume = {53},
8345   pages = {1120},
8346   owner = {qianxue},
8347   timestamp = {2009.01.27}
8348 }
8349
8350 @INPROCEEDINGS{Unger93,
8351   author = {Unger, Ron and Moult, John},
8352   title = {Genetic Algorithm for 3D Protein Folding Simulations},
8353   booktitle = {Proceedings of the 5th International Conference on Genetic Algorithms},
8354   year = {1993},
8355   pages = {581--588},
8356   address = {San Francisco, CA, USA},
8357   publisher = {Morgan Kaufmann Publishers Inc.},
8358   acmid = {657747},
8359   isbn = {1-55860-299-2},
8360   numpages = {8}
8361 }
8362
8363 @ARTICLE{DA10,
8364   author = {V. Dharwadkar, Nagaraj and Amberker B.B.},
8365   title = {Watermarking Scheme for Color Images using Wavelet Transform based
8366         Texture Properties and Secret Sharing},
8367   journal = {International Journal of Information and Communication Engineering},
8368   year = {2010},
8369   volume = {6},
8370   pages = {93--100},
8371   number = {2}
8372 }
8373
8374 @MISC{Van93electronicwater,
8375   author = {Tirkel Rankin Van},
8376   title = {Electronic Water Mark},
8377   year = {1993}
8378 }
8379
8380 @INCOLLECTION{prng-Blum-goldwasser,
8381   author = {Vazirani, Umesh and Vazirani, Vijay},
8382   title = {Efficient and Secure Pseudo-Random Number Generation (Extended Abstract)},
8383   booktitle = {Advances in Cryptology},
8384   publisher = {Springer Berlin / Heidelberg},
8385   year = {1985},
8386   editor = {Blakley, George and Chaum, David},
8387   volume = {196},
8388   series = {Lecture Notes in Computer Science},
8389   pages = {193-202},
8390   note = {10.1007/3-540-39568-7\_17},
8391   abstract = {Cryptographically secure pseudo-random number generators known so
8392         far suffer from the handicap of being inefficient; the most efficient
8393         ones can generate only one bit on each modular multiplication ( n
8394         2 steps). Blum, Blum and Shub ask the open problem of outputting
8395         even two bits securely. We state a simple condition, the XOR-Condition
8396         , and show that any generator satisfying this condition can output
8397         logn bits on each multiplication. We also show that the logn least
8398         significant bits of RSA, Rabin’s Scheme, and the x 2 mod N generator
8399         satisfy this condition. As a corollary, we prove that all boolean
8400         predicates of these bits are secure. Furthermore, we strengthen the
8401         security of the x 2 mod N generator, which being a Trapdoor Generator,
8402         has several applications, by proving it as hard as Factoring .},
8403   affiliation = {University of California Berkeley USA},
8404   isbn = {978-3-540-15658-1},
8405   keyword = {Computer Science},
8406   owner = {nicolas},
8407   timestamp = {2012.02.22},
8408   url = {http://dx.doi.org/10.1007/3-540-39568-7_17}
8409 }
8410
8411 @ARTICLE{Venkatesan2007397,
8412   author = {R.C. Venkatesan},
8413   title = {Encryption of covert information into multiple statistical distributions},
8414   journal = {Physics Letters A},
8415   year = {2007},
8416   volume = {370},
8417   pages = {397 - 404},
8418   number = {5-6},
8419   doi = {DOI: 10.1016/j.physleta.2007.05.117},
8420   issn = {0375-9601},
8421   keywords = {Statistical encryption/decryption},
8422   owner = {guyeux},
8423   timestamp = {2009.12.12},
8424   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/B6TVM-4P4FV2M-1/2/cd11a2ec144526e3c4552d2a7e7906cc}
8425 }
8426
8427 @ARTICLE{pitas,
8428   author = {G. Voyatzis and I. Pitas},
8429   title = {Chaotic watermarks for embedding in the spatial digital image domain},
8430   journal = {Proceedings of IEEE ICIP},
8431   year = {1998},
8432   volume = {2},
8433   pages = {432-436},
8434   owner = {christophe},
8435   timestamp = {2010.03.06}
8436 }
8437
8438 @INCOLLECTION{Wagner03,
8439   author = {Wagner, David},
8440   title = {Cryptanalysis of an Algebraic Privacy Homomorphism},
8441   booktitle = {Information Security},
8442   publisher = {Springer Berlin, Heidelberg},
8443   year = {2003},
8444   volume = {2851},
8445   series = {Lecture Notes in Computer Science},
8446   pages = {234-239},
8447   abstract = {We use linear algebra to show that an algebraic privacy homomorphism
8448         proposed by Domingo-Ferrer is insecure for some parameter settings.},
8449   affiliation = {University of California, Berkeley USA}
8450 }
8451
8452 @ARTICLE{Shen07,
8453   author = {J. Wang and C. Niu and R. Shen},
8454   title = {Randomized approach for target coverage scheduling in directional
8455         sensor network},
8456   journal = {Lecture Notes in Computer Science},
8457   year = {2007},
8458   pages = {379-390},
8459   eid = {Springer}
8460 }
8461
8462 @PHDTHESIS{bibtexwangqianxue,
8463   author = {Qianxue Wang},
8464   title = {Generating pseudo-random numbers. Applications in cryptology},
8465   school = {Universit{\'e} de Franche-Comt{\'e}},
8466   year = {2012},
8467   owner = {qianxue},
8468   timestamp = {2010.12.21}
8469 }
8470
8471 @PHDTHESIS{Wang12,
8472   author = {Qianxue Wang},
8473   title = {Generating pseudo-random numbers. Applications in cryptology},
8474   school = {Universit{\'e} de Franche-Comt{\'e}},
8475   year = {2012},
8476   owner = {qianxue},
8477   timestamp = {2010.12.21}
8478 }
8479
8480 @INPROCEEDINGS{wbg10:ip,
8481   author = {Wang, Qianxue and Bahi, Jacques and Guyeux, Christophe and Fang,
8482         Xiaole},
8483   title = {Randomness quality of {CI} chaotic generators. Application to Internet
8484         security},
8485   booktitle = {INTERNET'2010. The 2nd Int. Conf. on Evolving Internet},
8486   year = {2010},
8487   pages = {125--130},
8488   address = {Valencia, Spain},
8489   month = sep,
8490   publisher = {IEEE Computer Society Press},
8491   note = {Best Paper award},
8492   classement = {ACTI},
8493   doi = {10.1109/INTERNET.2010.30},
8494   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
8495   equipe = {and},
8496   inhal = {no},
8497   url = {http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/INTERNET.2010.30}
8498 }
8499
8500 @ARTICLE{Wang2003,
8501   author = {X. M. Wang and J. S. Zhang and W. F. Zhang},
8502   title = {One-way hash function construction based on the extended chaotic
8503         maps switch},
8504   journal = {Acta Phys. Sinici.},
8505   year = {2003},
8506   volume = {52, No. 11},
8507   pages = {2737--2742},
8508   owner = {guyeux},
8509   timestamp = {2009.01.16}
8510 }
8511
8512 @ARTICLE{Wang20093089,
8513   author = {Yong Wang and Kwok-Wo Wong and Xiaofeng Liao and Tao Xiang},
8514   title = {A block cipher with dynamic S-boxes based on tent map},
8515   journal = {Communications in Nonlinear Science and Numerical Simulation},
8516   year = {2009},
8517   volume = {14},
8518   pages = {3089 - 3099},
8519   number = {7},
8520   abstract = {In this paper, a block encryption scheme based on dynamic substitution
8521         boxes (S-boxes) is proposed. Firstly, the difference trait of the
8522         tent map is analyzed. Then, a method for generating S-boxes based
8523         on iterating the tent map is presented. The plaintexts are divided
8524         into blocks and encrypted with different S-boxes. The cipher blocks
8525         are obtained by 32 rounds of substitution and left cyclic shift.
8526         To improve the security of the cryptosystem, a cipher feedback is
8527         used to change the state value of the tent map, which makes the S-boxes
8528         relate to the plaintext and enhances the confusion and diffusion
8529         properties of the cryptosystem. Since dynamic S-boxes are used in
8530         the encryption, the cryptosystem does not suffer from the problem
8531         of fixed structure block ciphers. Theoretical and experimental results
8532         indicate that the cryptosystem has high security and is suitable
8533         for secure communications.},
8534   doi = {10.1016/j.cnsns.2008.12.005},
8535   issn = {1007-5704},
8536   keywords = {Block cipher},
8537   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1007570408004218}
8538 }
8539
8540 @ARTICLE{Girao06,
8541   author = {Westhoff, Dirk and Girao, Joao and Acharya, Mithun},
8542   title = {Concealed Data Aggregation for Reverse Multicast Traffic in Sensor
8543         Networks: Encryption, Key Distribution, and Routing Adaptation},
8544   journal = {IEEE Transactions on Mobile Computing},
8545   year = {2006},
8546   volume = {5},
8547   pages = {1417--1431},
8548   number = {10},
8549   address = {Piscataway, NJ, USA},
8550   doi = {http://dx.doi.org/10.1109/TMC.2006.144},
8551   issn = {1536-1233},
8552   publisher = {IEEE Educational Activities Department}
8553 }
8554
8555 @ARTICLE{75,
8556   author = {Wikipedia},
8557   title = {Elliptic curve cryptography.},
8558   journal = {http://en.wikipedia.org/wiki/Elliptic\_curve\_cryptography, Visited
8559         on 3 February 2010}
8560 }
8561
8562 @MISC{web:lyapunov,
8563   author = {Wikipédia},
8564   title = {Exposant de Lyapunov -- Site web d'André Lévesque},
8565   year = {2010},
8566   note = {[En ligne; Page disponible le 9-septembre-2010]},
8567   url = {\url{http://math.cmaisonneuve.qc.ca/alevesque/chaos_fract/Lyapunov/Exposant.html}}
8568 }
8569
8570 @MISC{wiki:complet,
8571   author = {Wikipédia},
8572   title = {Espace complet --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
8573   year = {2010},
8574   note = {[En ligne; Page disponible le 9-août-2010]},
8575   url = {\url{https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=Espace_complet&oldid=52734266}}
8576 }
8577
8578 @MISC{wiki:densite,
8579   author = {Wikipédia},
8580   title = {Densité (mathématiques) --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
8581   year = {2010},
8582   note = {[En ligne; Page disponible le 8-août-2010]},
8583   url = {\url{https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=Densit%C3%A9_(math%C3%A9matiques)&oldid=53938121}}
8584 }
8585
8586 @MISC{wiki:fisher,
8587   author = {Wikipédia},
8588   title = {Information de Fisher --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
8589   year = {2010},
8590   note = {[En ligne; Page disponible le 5-août-2010]},
8591   url = {\url{https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=Information_de_Fisher&oldid=52877871}}
8592 }
8593
8594 @MISC{wiki:Kerkhoffs,
8595   author = {Wikipédia},
8596   title = {Principe de Kerckhoffs --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
8597   year = {2010},
8598   note = {[En ligne; Page disponible le 20-août-2010]},
8599   url = {\url{https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=Principe_de_Kerckhoffs&oldid=52133114}}
8600 }
8601
8602 @MISC{wiki:sarkovskii,
8603   author = {Wikipédia},
8604   title = {Théor\`{e}me de Sarkovskii --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
8605   year = {2010},
8606   note = {[En ligne; Page disponible le 8-août-2010]},
8607   url = {\url{https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=Th%C3%A9or%C3%A8me_de_Sarkovskii&oldid=54196167}}
8608 }
8609
8610 @MISC{wiki:steganographie,
8611   author = {Wikipédia},
8612   title = {Stéganographie --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
8613   year = {2010},
8614   note = {[En ligne; Page disponible le 5-août-2010]},
8615   url = {\url{https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=St%C3%A9ganographie&oldid=54724435}}
8616 }
8617
8618 @MISC{wiki:tatouage,
8619   author = {Wikipédia},
8620   title = {Tatouage numérique --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
8621   year = {2010},
8622   note = {[En ligne; Page disponible le 5-août-2010]},
8623   url = {https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=Tatouage_num%C3%A9rique&oldid=55484940}
8624 }
8625
8626 @MISC{wiki:testsHypothese,
8627   author = {Wikipédia},
8628   title = {Test d'hypoth\`{e}se --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
8629   year = {2010},
8630   note = {[En ligne; Page disponible le 5-août-2010]},
8631   url = {\url{https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=Test_d%27hypoth%C3%A8se&oldid=55344108}}
8632 }
8633
8634 @MISC{gowalla,
8635   author = {Williams, Josh and Raymond, Scott},
8636   title = {Gowalla},
8637   month = {April},
8638   year = {2012},
8639   note = {\texttt{http://gowalla.com}}
8640 }
8641
8642 @ARTICLE{Wu2007bis,
8643   author = {Xianyong Wu and Zhi-Hong Guan},
8644   title = {A novel digital watermark algorithm based on chaotic maps},
8645   journal = {Physics Letters A},
8646   year = {2007},
8647   volume = {365},
8648   pages = {403 - 406},
8649   number = {5-6},
8650   doi = {DOI: 10.1016/j.physleta.2007.01.034},
8651   issn = {0375-9601},
8652   keywords = {Watermarking},
8653   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/B6TVM-4MY0MF3-8/2/0b4d1298fa84337d2e59b3fefe26f583}
8654 }
8655
8656 @INPROCEEDINGS{Wu2007,
8657   author = {Wu, Xianyong and Guan, Zhi-Hong and Wu, Zhengping},
8658   title = {A Chaos Based Robust Spatial Domain Watermarking Algorithm},
8659   booktitle = {ISNN '07: Proceedings of the 4th international symposium on Neural
8660         Networks},
8661   year = {2007},
8662   pages = {113--119},
8663   address = {Berlin, Heidelberg},
8664   publisher = {Springer-Verlag},
8665   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-72393-6_15},
8666   isbn = {978-3-540-72392-9},
8667   location = {Nanjing, China}
8668 }
8669
8670 @ARTICLE{Xiao20092288,
8671   author = {Di Xiao and Xiaofeng Liao and Yong Wang},
8672   title = {Parallel keyed hash function construction based on chaotic neural
8673         network},
8674   journal = {Neurocomputing},
8675   year = {2009},
8676   volume = {72},
8677   pages = {2288 - 2296},
8678   number = {10-12},
8679   note = {Lattice Computing and Natural Computing (JCIS 2007) / Neural Networks
8680         in Intelligent Systems Designn (ISDA 2007)},
8681   abstract = {Recently, various hash functions based on chaos or neural networks
8682         were proposed. Nevertheless, none of them works efficiently in parallel
8683         computing environment. In this paper, an algorithm for parallel keyed
8684         hash function construction based on chaotic neural network is proposed.
8685         The mechanism of changeable-parameter and self-synchronization establishes
8686         a close relation between the hash value bit and message, and the
8687         algorithm structure ensures the uniform sensitivity of the hash value
8688         to the message blocks at different positions. The proposed algorithm
8689         can satisfy the performance requirements of hash function. These
8690         properties make it a promising choice for hashing on parallel computing
8691         platform.},
8692   issn = {0925-2312},
8693   keywords = {Chaotic neural network}
8694 }
8695
8696 @ARTICLE{Xiao20094346,
8697   author = {Di Xiao and Xiaofeng Liao and Yong Wang},
8698   title = {Improving the security of a parallel keyed hash function based on
8699         chaotic maps},
8700   journal = {Physics Letters A},
8701   year = {2009},
8702   volume = {373},
8703   pages = {4346 - 4353},
8704   number = {47},
8705   issn = {0375-9601},
8706   keywords = {Hash function},
8707   owner = {guyeux},
8708   timestamp = {2009.12.12}
8709 }
8710
8711 @ARTICLE{Xiao20102254,
8712   author = {Di Xiao and Frank Y. Shih and Xiaofeng Liao},
8713   title = {A chaos-based hash function with both modification detection and
8714         localization capabilities},
8715   journal = {Communications in Nonlinear Science and Numerical Simulation},
8716   year = {2010},
8717   volume = {15},
8718   pages = {2254 - 2261},
8719   number = {9},
8720   abstract = {Recently, a variety of chaos-based hash functions have been proposed.
8721         Nevertheless, none of them can realize modification localization.
8722         In this paper, a hash function with both modification detection and
8723         localization capabilities is proposed, which can also support the
8724         parallel processing mode. By using the mechanism of changeable-parameter
8725         and self-synchronization, the keystream can establish a close relation
8726         with the algorithm key, the content, and the order of each message
8727         unit. Theoretical analysis and computer simulation indicate that
8728         the proposed algorithm can satisfy the performance requirements of
8729         hash functions.},
8730   issn = {1007-5704},
8731   keywords = {Hash function}
8732 }
8733
8734 @INPROCEEDINGS{Xie09:BASecurity,
8735   author = {F. Xie and T. Furon and C. Fontaine},
8736   title = {Better security levels for `Broken Arrows'},
8737   booktitle = {Proc. of SPIE Electronic Imaging on Media Forensics and Security
8738         XII},
8739   year = {2010},
8740   address = {San Jose, CA, USA},
8741   month = {jan}
8742 }
8743
8744 @BOOK{Yamaguti59,
8745   title = {Systema helminthum. The Cestodes of Vertebrates},
8746   publisher = {Interscience Publishers Inc., New York.},
8747   year = {1959},
8748   editor = {Interscience Publishers Inc., New York.},
8749   author = {Yamaguti, S.},
8750   volume = {2},
8751   owner = {tof},
8752   timestamp = {2013.07.07}
8753 }
8754
8755 @ARTICLE{yang94,
8756   author = {Yang, Z.},
8757   title = {Estimating the pattern of nucleotide substitution},
8758   journal = {Journal of Molecular Evolution},
8759   year = {1994},
8760   volume = {10},
8761   pages = {105-111},
8762   added-at = {2009-01-22T02:55:58.000+0100},
8763   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/27da68ebb5221b9e97c5f9567cbd72bb5/stephane.guindon},
8764   interhash = {951d2d6b98320cb775fd695a0c058092},
8765   intrahash = {7da68ebb5221b9e97c5f9567cbd72bb5},
8766   keywords = {imported},
8767   timestamp = {2009-01-22T02:55:58.000+0100}
8768 }
8769
8770 @ARTICLE{Yang01121998,
8771   author = {Yang, Z and Nielsen, R and Hasegawa, M},
8772   title = {Models of amino acid substitution and applications to mitochondrial
8773         protein evolution.},
8774   journal = {Molecular Biology and Evolution},
8775   year = {1998},
8776   volume = {15},
8777   pages = {1600-1611},
8778   number = {12},
8779   abstract = {Models of amino acid substitution were developed and compared using
8780         maximum likelihood. Two kinds of models are considered. "Empirical"
8781         models do not explicitly consider factors that shape protein evolution,
8782         but attempt to summarize the substitution pattern from large quantities
8783         of real data. "Mechanistic" models are formulated at the codon level
8784         and separate mutational biases at the nucleotide level from selective
8785         constraints at the amino acid level. They account for features of
8786         sequence evolution, such as transition-transversion bias and base
8787         or codon frequency biases, and make use of physicochemical distances
8788         between amino acids to specify nonsynonymous substitution rates.
8789         A general approach is presented that transforms a Markov model of
8790         codon substitution into a model of amino acid replacement. Protein
8791         sequences from the entire mitochondrial genomes of 20 mammalian species
8792         were analyzed using different models. The mechanistic models were
8793         found to fit the data better than empirical models derived from large
8794         databases. Both the mutational distance between amino acids (determined
8795         by the genetic code and mutational biases such as the transition-transversion
8796         bias) and the physicochemical distance are found to have strong effects
8797         on amino acid substitution rates. A significant proportion of amino
8798         acid substitutions appeared to have involved more than one codon
8799         position, indicating that nucleotide substitutions at neighboring
8800         sites may be correlated. Rates of amino acid substitution were found
8801         to be highly variable among sites.},
8802   eprint = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/15/12/1600.full.pdf+html},
8803   url = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/15/12/1600.abstract}
8804 }
8805
8806 @INPROCEEDINGS{Yao82,
8807   author = {Yao, Andrew C.},
8808   title = {Theory and application of trapdoor functions},
8809   booktitle = {Proceedings of the 23rd Annual Symposium on Foundations of Computer
8810         Science},
8811   year = {1982},
8812   series = {SFCS '82},
8813   pages = {80--91},
8814   address = {Washington, DC, USA},
8815   publisher = {IEEE Computer Society},
8816   acmid = {1382790},
8817   doi = {http://dx.doi.org/10.1109/SFCS.1982.95},
8818   numpages = {12},
8819   url = {http://dx.doi.org/10.1109/SFCS.1982.95}
8820 }
8821
8822 @ARTICLE{Yick08,
8823   author = {Yick, Jennifer and Mukherjee, Biswanath and Ghosal, Dipak},
8824   title = {Wireless sensor network survey},
8825   journal = {Comput. Netw.},
8826   year = {2008},
8827   volume = {52},
8828   pages = {2292--2330},
8829   number = {12},
8830   month = aug,
8831   acmid = {1389832},
8832   address = {New York, NY, USA},
8833   doi = {10.1016/j.comnet.2008.04.002},
8834   issn = {1389-1286},
8835   issue_date = {August, 2008},
8836   keywords = {Protocols, Sensor network deployment, Sensor network services, Survey,
8837         Wireless sensor network},
8838   numpages = {39},
8839   publisher = {Elsevier North-Holland, Inc.},
8840   url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.comnet.2008.04.002}
8841 }
8842
8843 @INPROCEEDINGS{Yu06,
8844   author = {Yu, Yu and Leiwo, Jussipekka and Premkumar, Benjamin},
8845   title = {A Study on the Security of Privacy Homomorphism},
8846   booktitle = {ITNG '06: Proceedings of the Third International Conference on Information
8847         Technology: New Generations},
8848   year = {2006},
8849   pages = {470--475},
8850   address = {Washington, DC, USA},
8851   publisher = {IEEE Computer Society},
8852   doi = {http://dx.doi.org/10.1109/ITNG.2006.19},
8853   isbn = {0-7695-2497-4}
8854 }
8855
8856 @ARTICLE{ZWZ07,
8857   author = {Zhang, J.S. and Wang, X.M. and Zhang, W.F.},
8858   title = {Chaotic keyed hash function based on feedforward-feedback nonlinear
8859         digital filter},
8860   journal = {Physics Letters A},
8861   year = {2007},
8862   volume = {362},
8863   pages = {439--448}
8864 }
8865
8866 @ARTICLE{Zhang2005759,
8867   author = {Linhua Zhang and Xiaofeng Liao and Xuebing Wang},
8868   title = {An image encryption approach based on chaotic maps},
8869   journal = {Chaos, Solitons \& Fractals},
8870   year = {2005},
8871   volume = {24},
8872   pages = {759 - 765},
8873   number = {3},
8874   doi = {DOI: 10.1016/j.chaos.2004.09.035},
8875   issn = {0960-0779}
8876 }
8877
8878 @ARTICLE{Zhang2008658,
8879   author = {Wei Zhang and Yonghe Liu and Sajal K. Das and Pradip De},
8880   title = {Secure data aggregation in wireless sensor networks: A watermark
8881         based authentication supportive approach},
8882   journal = {Pervasive and Mobile Computing},
8883   year = {2008},
8884   volume = {4},
8885   pages = {658 - 680},
8886   number = {5},
8887   doi = {DOI: 10.1016/j.pmcj.2008.05.005},
8888   issn = {1574-1192},
8889   keywords = {Wireless sensor networks},
8890   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/B7MF1-4SKB3MD-1/2/b73948dcaa3eb63a2c21d09041882625}
8891 }
8892
8893 @ARTICLE{Zhang2005,
8894   author = {Zhang, Yang and Arakaki, Adrian K. and Skolnick, Jeffrey},
8895   title = {TASSER: An automated method for the prediction of protein tertiary
8896         structures in CASP6},
8897   journal = {Proteins},
8898   year = {2005},
8899   volume = {61},
8900   pages = {91--98},
8901   number = {S7},
8902   issn = {1097-0134},
8903   keywords = {comparative modeling, threading, ab initio prediction, TASSER, PROSPECTOR_3},
8904   owner = {christophe},
8905   publisher = {Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company},
8906   timestamp = {2011.01.22},
8907   url = {http://dx.doi.org/10.1002/prot.20724}
8908 }
8909
8910 @ARTICLE{46,
8911   author = {T. Zhao and Q. Zhao},
8912   title = {Coverage based information retrieval for lifetime maximization in
8913         sensor networks},
8914   journal = {In the 41st Conference on Information Sciences and Systems},
8915   year = {2007},
8916   no-pages = {220-225}
8917 }
8918
8919 @ARTICLE{ZRKB10,
8920   author = {A. Zhmurov and K. Rybnikov and Y. Kholodov and V. Barsegov},
8921   title = {Generation of Random Numbers on Graphics Processors: Forced Indentation
8922         In Silico of the Bacteriophage HK97},
8923   journal = {J. Phys. Chem. B},
8924   year = {2011},
8925   volume = {115},
8926   pages = {5278--5288},
8927   number = {18}
8928 }
8929
8930 @ARTICLE{Zhou1997429,
8931   author = {Chang-song Zhou and Tian-lun Chen},
8932   title = {Extracting information masked by chaos and contaminated with noise:
8933         Some considerations on the security of communication approaches using
8934         chaos},
8935   journal = {Physics Letters A},
8936   year = {1997},
8937   volume = {234},
8938   pages = {429 - 435},
8939   number = {6},
8940   issn = {0375-9601},
8941   keywords = {Communication},
8942   owner = {guyeux},
8943   timestamp = {2009.12.12}
8944 }
8945
8946 @ARTICLE{Zhou96,
8947   author = {Zhou, Huai-bei and Wang, Lu},
8948   title = {Chaos in Biomolecular Dynamics},
8949   journal = {The Journal of Physical Chemistry},
8950   year = {1996},
8951   volume = {100},
8952   pages = {8101-8105},
8953   number = {20},
8954   doi = {10.1021/jp953409x}
8955 }
8956
8957 @ARTICLE{zhou:multimedia,
8958   author = {Liang Zhou and Han-Chieh Chao},
8959   title = {Multimedia traffic security architecture for the internet of things},
8960   journal = {IEEE Network},
8961   year = {2011},
8962   pages = {35-40}
8963 }
8964
8965 @ARTICLE{zhou:joint,
8966   author = {Liang Zhou and Han-Chieh Chao and Athanasios V. Vasilakos},
8967   title = {Joint Forensics-Scheduling Strategy for Delay-Sensitive Multimedia
8968         Applications over Heterogeneous Networks},
8969   journal = {IEEE Journal on Selected Areas in Communications},
8970   year = {2011},
8971   pages = {1358-1367}
8972 }
8973
8974 @ARTICLE{Zhu08,
8975   author = {Y. Zhu and L. M. Ni},
8976   title = {Probabilistic approach to provisioning guaranteed qos for distributed
8977         event detection},
8978   journal = {in IEEE INFOCOM},
8979   year = {2008}
8980 }
8981
8982 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/ih/2010,
8983   title = {Information Hiding - 12th International Conference, IH 2010, Calgary,
8984         AB, Canada, June 28-30, 2010, Revised Selected Papers},
8985   year = {2010},
8986   editor = {Rainer B{\"o}hme and Philip W. L. Fong and Reihaneh Safavi-Naini},
8987   volume = {6387},
8988   series = {Lecture Notes in Computer Science},
8989   publisher = {Springer},
8990   __markedentry = {[nicolas]},
8991   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
8992   booktitle = {Information Hiding},
8993   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-16435-4},
8994   isbn = {978-3-642-16434-7},
8995   owner = {nicolas},
8996   timestamp = {2011.06.20}
8997 }
8998
8999 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/iwdw/2005,
9000   title = {IWDW'05: 4th International Workshop on Digital Watermarking},
9001   year = {2005},
9002   editor = {Mauro Barni and Ingemar J. Cox and Ton Kalker and Hyoung Joong Kim},
9003   volume = {3710},
9004   series = {Lecture Notes in Computer Science},
9005   address = {Siena, Italy},
9006   publisher = {Springer},
9007   month = {September 15-17},
9008   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9009   booktitle = {IWDW},
9010   isbn = {3-540-28768-X},
9011   owner = {guyeux},
9012   timestamp = {2009.06.29}
9013 }
9014
9015 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/ih/2005,
9016   title = {Information Hiding, 7th International Workshop, IH 2005, Barcelona,
9017         Spain, June 6-8, 2005, Revised Selected Papers},
9018   year = {2005},
9019   editor = {Mauro Barni and Jordi Herrera-Joancomart\'{\i} and Stefan Katzenbeisser
9020         and Fernando P{\'e}rez-Gonz{\'a}lez},
9021   volume = {3727},
9022   series = {Lecture Notes in Computer Science},
9023   publisher = {Springer},
9024   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9025   booktitle = {Information Hiding},
9026   isbn = {3-540-29039-7},
9027   owner = {nicolas},
9028   timestamp = {2012.02.22}
9029 }
9030
9031 @PROCEEDINGS{conf/ih/2006,
9032   title = {Information Hiding, 8th International Workshop, IH 2006, Alexandria,
9033         VA, USA, July 10-12, 2006. Revised Selcted Papers},
9034   year = {2007},
9035   editor = {Jan Camenisch and Christian S. Collberg and Neil F. Johnson and Phil
9036         Sallee},
9037   volume = {4437},
9038   series = {Lecture Notes in Computer Science},
9039   publisher = {Springer},
9040   __markedentry = {[nicolas]},
9041   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9042   booktitle = {Information Hiding},
9043   isbn = {978-3-540-74123-7},
9044   owner = {nicolas},
9045   timestamp = {2011.06.20}
9046 }
9047
9048 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/ih/2006,
9049   title = {IH 2006: Information Hiding, 8th International Workshop},
9050   year = {2007},
9051   editor = {Jan Camenisch and Christian S. Collberg and Neil F. Johnson and Phil
9052         Sallee},
9053   volume = {4437},
9054   series = {Lecture Notes in Computer Science},
9055   address = {Alexandria, VA, USA},
9056   publisher = {Springer},
9057   month = {July},
9058   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9059   booktitle = {Information Hiding},
9060   isbn = {978-3-540-74123-7},
9061   owner = {guyeux},
9062   timestamp = {2009.06.29}
9063 }
9064
9065 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/sswmc/2004,
9066   title = {Security, Steganography, and Watermarking of Multimedia Contents
9067         VI, San Jose, California, USA, January 18-22, 2004, Proceedings},
9068   year = {2004},
9069   editor = {Edward J. Delp and Ping Wah Wong},
9070   volume = {5306},
9071   series = {Proceedings of SPIE},
9072   publisher = {SPIE},
9073   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9074   booktitle = {Security, Steganography, and Watermarking of Multimedia Contents}
9075 }
9076
9077 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/ih/2007,
9078   title = {Information Hiding, 9th International Workshop, IH 2007, Saint Malo,
9079         France, June 11-13, 2007, Revised Selected Papers},
9080   year = {2008},
9081   editor = {Teddy Furon and Fran\c{c}ois Cayre and Gwena{\"e}l J. Do{\"e}rr and
9082         Patrick Bas},
9083   volume = {4567},
9084   series = {Lecture Notes in Computer Science},
9085   publisher = {Springer},
9086   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9087   booktitle = {Information Hiding},
9088   isbn = {978-3-540-77369-6},
9089   owner = {guyeux},
9090   timestamp = {2009.06.29}
9091 }
9092
9093 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/iccsa/2006-1,
9094   title = {Computational Science and Its Applications - ICCSA 2006, International
9095         Conference, Glasgow, UK, May 8-11, 2006, Proceedings, Part I},
9096   year = {2006},
9097   editor = {Marina L. Gavrilova and Osvaldo Gervasi and Vipin Kumar and Chih
9098         Jeng Kenneth Tan and David Taniar and Antonio Lagan{\`a} and Youngsong
9099         Mun and Hyunseung Choo},
9100   volume = {3980},
9101   series = {Lecture Notes in Computer Science},
9102   publisher = {Springer},
9103   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9104   booktitle = {ICCSA (1)},
9105   isbn = {3-540-34070-X}
9106 }
9107
9108 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/secrypt/2010,
9109   title = {SECRYPT 2010 - Proceedings of the International Conference on Security
9110         and Cryptography, Athens, Greece, July 26-28, 2010, SECRYPT is part
9111         of ICETE - The International Joint Conference on e-Business and Telecommunications},
9112   year = {2010},
9113   editor = {Sokratis K. Katsikas and Pierangela Samarati},
9114   publisher = {SciTePress},
9115   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9116   booktitle = {SECRYPT},
9117   isbn = {978-989-8425-18-8}
9118 }
9119
9120 @BOOK{Katzenbeisser00,
9121   title = {Information Hiding Techniques for Steganography and Digital Watermarking},
9122   publisher = {Artech House, Inc.},
9123   year = {2000},
9124   editor = {Katzenbeisser, Stefan and Petitcolas, Fabien A.},
9125   address = {Norwood, MA, USA},
9126   isbn = {1580530354}
9127 }
9128
9129 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/mmsec/2007,
9130   title = {Proceedings of the 9th workshop on Multimedia {\&} Security, MM{\&}Sec
9131         2007, Dallas, Texas, USA, September 20-21, 2007},
9132   year = {2007},
9133   editor = {Deepa Kundur and Balakrishnan Prabhakaran and Jana Dittmann and Jessica
9134         J. Fridrich},
9135   publisher = {ACM},
9136   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9137   booktitle = {MM{\&}Sec},
9138   isbn = {978-1-59593-857-2},
9139   owner = {nicolas},
9140   timestamp = {2012.02.22}
9141 }
9142
9143 @PROCEEDINGS{conf/ih/2001,
9144   title = {Information Hiding, 4th International Workshop, IHW 2001, Pittsburgh,
9145         PA, USA, April 25-27, 2001, Proceedings},
9146   year = {2001},
9147   editor = {Moskowitz, Ira S.},
9148   volume = {2137},
9149   series = {Lecture Notes in Computer Science},
9150   publisher = {Springer},
9151   added-at = {2002-01-03T00:00:00.000+0100},
9152   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/2bf530b247a62d2a2cd2746bfb9080db9/dblp},
9153   booktitle = {Information Hiding},
9154   interhash = {bb1e38e8fc912febc1342282aff55958},
9155   intrahash = {bf530b247a62d2a2cd2746bfb9080db9},
9156   isbn = {3-540-42733-3},
9157   keywords = {dblp},
9158   timestamp = {2002-01-03T00:00:00.000+0100},
9159   url = {http://dblp.uni-trier.de/db/conf/ih/ihw2001.html}
9160 }
9161
9162 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/ih/1999,
9163   title = {IH'99: 3rd International Workshop on Information Hiding},
9164   year = {2000},
9165   editor = {Andreas Pfitzmann},
9166   volume = {1768},
9167   series = {Lecture Notes in Computer Science},
9168   address = {Dresden, Germany},
9169   publisher = {Springer},
9170   month = {September 29 - October 1.},
9171   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9172   booktitle = {Information Hiding},
9173   isbn = {3-540-67182-X},
9174   owner = {guyeux},
9175   timestamp = {2009.06.29}
9176 }
9177
9178 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/indocrypt/2000,
9179   title = {Progress in Cryptology - INDOCRYPT 2000, First International Conference
9180         in Cryptology in India, Calcutta, India, December 10-13, 2000, Proceedings},
9181   year = {2000},
9182   editor = {Bimal K. Roy and Eiji Okamoto},
9183   volume = {1977},
9184   series = {Lecture Notes in Computer Science},
9185   publisher = {Springer},
9186   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9187   booktitle = {INDOCRYPT},
9188   isbn = {3-540-41452-5}
9189 }
9190
9191 @BOOK{DBLP:reference/icsec/2010,
9192   title = {Handbook of Information and Communication Security},
9193   publisher = {Springer},
9194   year = {2010},
9195   editor = {Peter P. Stavroulakis and Mark Stamp},
9196   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9197   booktitle = {Handbook of Information and Communication Security},
9198   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04117-4},
9199   isbn = {978-3-642-04116-7}
9200 }
9201
9202 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/mdai/2008,
9203   title = {Modeling Decisions for Artificial Intelligence, 5th International
9204         Conference, MDAI 2008, Sabadell, Spain, October 30-31, 2008. Proceedings},
9205   year = {2008},
9206   editor = {Vicen\c{c} Torra and Yasuo Narukawa},
9207   volume = {5285},
9208   series = {Lecture Notes in Computer Science},
9209   publisher = {Springer},
9210   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9211   booktitle = {MDAI},
9212   isbn = {978-3-540-88268-8}
9213 }
9214
9215 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/isnn/2004-2,
9216   title = {Advances in Neural Networks - ISNN 2004, International Symposium
9217         on Neural Networks, Dalian, China, August 19-21, 2004, Proceedings,
9218         Part II},
9219   year = {2004},
9220   editor = {Fuliang Yin and Jun Wang and Chengan Guo},
9221   volume = {3174},
9222   series = {Lecture Notes in Computer Science},
9223   publisher = {Springer},
9224   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9225   booktitle = {ISNN (2)},
9226   isbn = {3-540-22843-8}
9227 }
9228
9229 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/adhocnets/2010,
9230   title = {Ad Hoc Networks - Second International Conference, ADHOCNETS 2010,
9231         Victoria, BC, Canada, August 18-20, 2010, Revised Selected Papers},
9232   year = {2010},
9233   editor = {Jun Zheng and David Simplot-Ryl and Victor C. M. Leung},
9234   volume = {49},
9235   series = {Lecture Notes of the Institute for Computer Sciences, Social Informatics
9236         and Telecommunications Engineering},
9237   publisher = {Springer},
9238   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9239   booktitle = {ADHOCNETS},
9240   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-17994-5},
9241   isbn = {978-3-642-17993-8}
9242 }
9243
9244 @MISC{Delicious,
9245   title = {Delicious social bookmarking, http://delicious.com/},
9246   comment = {http://delicious.com/},
9247   type = {web page},
9248   url = {http://delicious.com/}
9249 }
9250
9251 @MISC{Frick,
9252   title = {The Frick Collection, http://www.frick.org/},
9253   comment = {http://www.frick.org/},
9254   type = {web page},
9255   url = {http://www.frick.org/}
9256 }
9257
9258 @MISC{hachoir,
9259   title = {Hachoir},
9260   owner = {tof},
9261   timestamp = {2012.11.23},
9262   url = {\url{https://bitbucket.org/haypo/hachoir/wiki/Home}}
9263 }
9264
9265 @MISC{jondo,
9266   owner = {tof},
9267   timestamp = {2012.11.23},
9268   url = {\url{https://anonymous-proxy-servers.net/en/jondo-live-cd.html}}
9269 }
9270
9271 @MISC{Jondonym,
9272   owner = {tof},
9273   timestamp = {2012.11.23},
9274   url = {\url{https://anonymous-proxy-servers.net/}}
9275 }
9276
9277 @MISC{libertelinux,
9278   owner = {tof},
9279   timestamp = {2012.11.23},
9280   url = {\url{http://dee.su/liberte}}
9281 }
9282
9283 @MISC{Metadata,
9284   title = {Metadata Extraction Tool},
9285   howpublished = {The National Library of New Zealand},
9286   owner = {tof},
9287   timestamp = {2012.10.15},
9288   url = {\url{http://meta-extractor.sourceforge.net/}}
9289 }
9290
9291 @MISC{python,
9292   title = {www.python.org},
9293   owner = {tof},
9294   timestamp = {2012.11.23},
9295   url = {\url{http://www.python.org/}}
9296 }
9297
9298 @INPROCEEDINGS{,
9299   owner = {tof},
9300   timestamp = {2013.09.29}
9301 }
9302
9303 @MISC{biqi11,
9304   title = {BIQI page},
9305   year = {2011},
9306   note = {\url{http://live.ece.utexas.edu/research/quality/BIQI_release.zip}}
9307 }
9308
9309 @MISC{psnrhvsm11,
9310   title = {PSNR-HVS-M page},
9311   year = {2011},
9312   note = {\url{http://www.ponomarenko.info/psnrhvsm.htm}}
9313 }
9314
9315 @PROCEEDINGS{2010,
9316   title = {Proceedings of the IEEE Congress on Evolutionary Computation, CEC
9317         2010, Barcelona, Spain, 18-23 July 2010},
9318   year = {2010},
9319   publisher = {IEEE},
9320   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9321   booktitle = {IEEE Congress on Evolutionary Computation}
9322 }
9323
9324 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/cec/2010,
9325   title = {Proceedings of the IEEE Congress on Evolutionary Computation, CEC
9326         2010, Barcelona, Spain, 18-23 July 2010},
9327   year = {2010},
9328   publisher = {IEEE},
9329   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9330   booktitle = {IEEE Congress on Evolutionary Computation}
9331 }
9332
9333 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/date/2010,
9334   title = {Design, Automation and Test in Europe, DATE 2010, Dresden, Germany,
9335         March 8-12, 2010},
9336   year = {2010},
9337   publisher = {IEEE},
9338   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9339   booktitle = {DATE}
9340 }
9341
9342 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/cse/2009,
9343   title = {Proceedings IEEE CSE'09, 12th IEEE International Conference on Computational
9344         Science and Engineering, August 29-31, 2009, Vancouver, BC, Canada},
9345   year = {2009},
9346   publisher = {IEEE Computer Society},
9347   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9348   booktitle = {CSE}
9349 }
9350
9351 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/icumt/2009,
9352   title = {Proceedings of the International Conference on Ultra Modern Telecommunications,
9353         ICUMT 2009, 12-14 October 2009, St. Petersburg, Russia},
9354   year = {2009},
9355   publisher = {IEEE},
9356   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9357   booktitle = {ICUMT}
9358 }
9359
9360 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/focs/2008,
9361   title = {49th Annual IEEE Symposium on Foundations of Computer Science, FOCS
9362         2008, October 25-28, 2008, Philadelphia, PA, USA},
9363   year = {2008},
9364   publisher = {IEEE Computer Society},
9365   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
9366   booktitle = {FOCS}
9367 }
9368
9369 @ARTICLE{combined_lcg,
9370   title = {Efficient and portable combined random number generators},
9371   journal = {Communications of the ACM},
9372   year = {1988},
9373   volume = {31},
9374   pages = {742--749},
9375   number = {6}
9376 }
9377
9378 @comment{jabref-meta: selector_publisher:}
9379
9380 @comment{jabref-meta: selector_author:}
9381
9382 @comment{jabref-meta: selector_journal:}
9383
9384 @comment{jabref-meta: selector_keywords:Chaos;Entropie Topologique;Tip
9385 e;}
9386