biblio.bib

   1 @article{SMMR+13,
   2 title={Genomic analysis of smooth tubercle bacilli provides insights into ancestry and pathoadaptation of Mycobacterium tuberculosis},
   3 url={http://www.nature.com/ng/journal/v45/n2/full/ng.2517.html},
   4 DOI={10.1038/ng.2517},
   5 volume={45},
   6 number={2},
   7 journal={Nature Genetics},
   8 author={Philip Supply and Michael Marceau and Sophie Mangenot and David Roche and  Carine Rouanet and  Varun Khanna and  Laleh Majlessi and  Alexis Criscuolo and  Julien Tap and  Alexandre Pawlik},
   9 year={2013},
  10  pages={172–179}}
  11
  12 @article{CGOT10,
  13 title={Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods II},
  14 author={Cedric Chauve and  Haris Gavranovic and  Aida Ouangraoua and Eric Tannier},
  15 journal={Journal of Computational Biology},
  16 month=sep,
  17 year={2010},
  18 volume=17,
  19 number=9,
  20 pages={1097--1112},
  21 DOI={10.1089/cmb.2010.0092}
  22 }
  23
  24 @incollection{FI09,
  25 year={2009},
  26 isbn={978-3-642-04743-5},
  27 booktitle={Comparative Genomics},
  28 volume={5817},
  29 series={Lecture Notes in Computer Science},
  30 editor={Ciccarelli, FrancescaD. and Miklós, István},
  31 doi={10.1007/978-3-642-04744-2_1},
  32 title={Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods},
  33 url={http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04744-2_1},
  34 publisher={Springer Berlin Heidelberg},
  35 author={Tannier, Eric},
  36 pages={1-12}
  37 }
  38
  39
  40 @article{10.1371/journal.pone.0052841,
  41     author = {Blouin, Yann AND Hauck, Yolande AND Soler, Charles AND Fabre, Michel AND Vong, Rithy AND Dehan, Céline AND Cazajous, Géraldine AND Massoure, Pierre-Laurent AND Kraemer, Philippe AND Jenkins, Akinbowale AND Garnotel, Eric AND Pourcel, Christine AND Vergnaud, Gilles},
  42     journal = {PLoS ONE},
  43     publisher = {Public Library of Science},
  44     title = {Significance of the Identification in the Horn of Africa of an Exceptionally Deep Branching <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic> Clade},
  45     year = {2012},
  46     month = {12},
  47     volume = {7},
  48     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0052841},
  49     pages = {e52841},
  50     abstract = {<p>Molecular and phylogeographic studies have led to the definition within the <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic> complex (MTBC) of a number of geotypes and ecotypes showing a preferential geographic location or host preference. The MTBC is thought to have emerged in Africa, most likely the Horn of Africa, and to have spread worldwide with human migrations. Under this assumption, there is a possibility that unknown deep branching lineages are present in this region. We genotyped by spoligotyping and multiple locus variable number of tandem repeats (VNTR) analysis (MLVA) 435 MTBC isolates recovered from patients. Four hundred and eleven isolates were collected in the Republic of Djibouti over a 12 year period, with the other 24 isolates originating from neighbouring countries. All major <italic>M. tuberculosis</italic> lineages were identified, with only two <italic>M. africanum</italic> and one <italic>M. bovis</italic> isolates. Upon comparison with typing data of worldwide origin we observed that several isolates showed clustering characteristics compatible with new deep branching. Whole genome sequencing (WGS) of seven isolates and comparison with available WGS data from 38 genomes distributed in the different lineages confirms the identification of ancestral nodes for several clades and most importantly of one new lineage, here referred to as lineage 7. Investigation of specific deletions confirms the novelty of this lineage, and analysis of its precise phylogenetic position indicates that the other three superlineages constituting the MTBC emerged independently but within a relatively short timeframe from the Horn of Africa. The availability of such strains compared to the predominant lineages and sharing very ancient ancestry will open new avenues for identifying some of the genetic factors responsible for the success of the modern lineages. Additional deep branching lineages may be readily and efficiently identified by large-scale MLVA screening of isolates from sub-Saharan African countries followed by WGS analysis of a few selected isolates.</p>},
  51     number = {12},
  52     doi = {10.1371/journal.pone.0052841}
  53 }
  54 @Article{17623808,
  55 AUTHOR = {Gomez-Valero, Laura and Rocha, Eduardo P C and Latorre, Amparo and Silva, Francisco J},
  56 TITLE = {Reconstructing the ancestor of Mycobacterium leprae: the dynamics of gene loss and genome reduction.},
  57 JOURNAL = {Genome Res},
  58 VOLUME = {17},
  59 YEAR = {2007},
  60 NUMBER = {8},
  61 PAGES = {1178-85},
  62 URL = {http://www.biomedsearch.com/nih/Reconstructing-ancestor-Mycobacterium-leprae-dynamics/17623808.html},
  63 PubMedID = {17623808},
  64 ISSN = {1088-9051}
  65 }
  66
  67 @Article{23424133,
  68 AUTHOR = {Lin, Yu and Hu, Fei and Tang, Jijun and Moret, Bernard M E},
  69 TITLE = {Maximum likelihood phylogenetic reconstruction from high-resolution whole-genome data and a tree of 68 eukaryotes.},
  70 JOURNAL = {Pac Symp Biocomput},
  71 VOLUME = {},
  72 YEAR = {2013},
  73 NUMBER = {},
  74 PAGES = {285-96},
  75 URL = {http://www.biomedsearch.com/nih/Maximum-likelihood-phylogenetic-reconstruction-from/23424133.html},
  76 PubMedID = {23424133},
  77 ISSN = {2335-6936}
  78 }