presentation.tex

   1 Given a bacteria, various complete genomes can be found on the Internet.
   2 For each genome, the complete records in fasta file are downloaded from the
   3 NCBI nucleotide website. Then, GenemarkS is queried to find open reading
   4 frames we will improperly called genes in the remainder of this document.
   5 Another approach could be to download directly the coding sequence files from
   6 the NCBI, however our experiments show that the annotated files are sometimes
   7 really problematic. Furthermore, almost thirty gene prediction software (GPS) exist,
   8 and they potentially can be used with various parameters, leading to numerous
   9 different annotated genomes. For our part, we have chosen the three most famous
  10 GPS, namely Glimmer, GeneMark, and Rast (see Table~\ref{GPS}).
  11 \begin{table}
  12 \centering
  13 \begin{tabular}{|l|c|}
  14 \hline
  15 Gene prediction software & Good ORFs \\
  16 \hline
  17 Glimmer & 2558 \\
  18 Genemask & 2768 \\
  19 Rast & 2560 \\
  20 \hline
  21 \end{tabular}
  22 \caption{Gene prediction scores of the best GPS on H37Rv}
  23 \label{GPS}
  24 \end{table}