closedgenomes.tex

   1 The approache is further based on the ability to decide how far is each
   2 genome from each others. To achieve this, we combine XXX metrics which are
   3 detailed in this part.
   4
   5 \subsection{Core SNP based metric}
   6 Due to the definition of the core genome, for each element $\dot{x}$
   7 in this set, there is a gene $x \in \dot{x}$ in each genome.
   8 Let us consider a class
   9 $\dot{x}= \{y  | x \sim y\}$.
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  11 \JFC{Il faudrait être cohérent: deux génomes proches devraient partout avoir
  12 soit une métrique élevée soit une métrique très faible}
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  14 %1/ On SNPs of the core genome strict
  15 All the $y$ are thus aligned
  16 thanks to a global alignment tool. The SNPs may thus be extracted.
  17 For each genome, one can thus compute the vector of boolean values
  18 memorizing at index $i$ wether the SNP $i$ is present in one of its gene
  19 (postive value) or  not (null value).
  20 A Hamming distance between two vectors allows to build the distance
  21 between two genes.
  22 This metric is further refered as to $m_S$.
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  24 % plus il y a de diff, plus le nombre est élevé
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  27 %2/ On SNPs of the core genome strict, each gene having the same weight
  28 The $m_S$ method does not consider genes to have the same incidence in the
  29 metric value. A gene with many SNPs has a larger influence in
  30 the metric computation than a gene with fewer ones.
  31 The metric further refered as to $m_{|S|}$ gives the same weight to each gene
  32 without considering the number of SNP it contains.
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  34 % plus il y a de diff, plus le nombre est élevé
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  36
  37 %3/ On gene content (symmetric difference)
  38 The third metric consider the symetric difference $\Delta$
  39 between the two sets $G_1$ and $G_2$ of genes.
  40 $$
  41 G_1\Delta G2 =
  42 (G1\cup G_2)\setminus (G1\cap G_2) = (G1\setminus G_2)\cup(G_2\setminus G1)
  43 $$
  44 \end{document}
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  46 % 4/ Using EPFL method
  47 % 5/ On size of the biggest syntheny bloc
  48 % 6/ On average size of syntheny blocs
  49 % 7/ On number of syntheny blocs.