bib/biblioand.bib

   1 c% This file was created with JabRef 2.3.1.
   2 % Encoding: ANSI_X3.4-1968
   3
   4 @INPROCEEDINGS{nusmv02,
   5   author = {Alessandro Cimatti and Edmund M. Clarke and Enrico Giunchiglia and
   6         Fausto Giunchiglia and Marco Pistore and Marco Roveri and Roberto
   7         Sebastiani and Armando Tacchella},
   8   title = {NuSMV 2: An OpenSource Tool for Symbolic Model Checking},
   9   booktitle = {CAV},
  10   year = {2002},
  11   pages = {359-364},
  12   crossref = {DBLP:conf/cav/2002}
  13 }
  14
  15 @INPROCEEDINGS{CGK05,
  16   author = {Jean-Fran\c{c}ois Couchot and Alain Giorgetti and Nikolai Kosmatov},
  17   title = {A uniform deductive approach for parameterized protocol safety},
  18   booktitle = {ASE},
  19   year = {2005},
  20   pages = {364-367},
  21   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  22   crossref = {DBLP:conf/kbse/2005},
  23   ee = {http://doi.acm.org/10.1145/1101908.1101971}
  24 }
  25
  26 @INPROCEEDINGS{abcvs05,
  27   author = {Abbas, A. and Bahi, J. M. and Contassot-Vivier, S. and Salomon, M.},
  28   title = {Mixing Synchronism / Asynchronism in Discrete-State Discrete-Time
  29         Dynamic Networks},
  30   booktitle = {4th Int. Conf. on Engineering Applications and Computational Algorithms,
  31         DCDIS'2005},
  32   year = {2005},
  33   pages = {524--529},
  34   address = {Guelph, Canada},
  35   month = jul,
  36   note = {ISSN 1492-8760}
  37 }
  38
  39 @ARTICLE{Bah00,
  40   author = {Bahi, J. M.},
  41   title = {Boolean totally asynchronous iterations},
  42   journal = ijma,
  43   year = {2000},
  44   volume = {1},
  45   pages = {331--346}
  46 }
  47
  48 @ARTICLE{BCV06,
  49   author = {Bahi, J. M. and Contassot-Vivier, S.},
  50   title = {Basins of attraction in fully asynchronous discrete-time discrete-state
  51         dynamic networks},
  52   journal = TNN,
  53   year = {2006},
  54   volume = {17},
  55   pages = {397-408},
  56   number = {2}
  57 }
  58
  59 @ARTICLE{bcv02,
  60   author = {Bahi, J. M. and Contassot-Vivier, S.},
  61   title = {Stability of fully asynchronous discrete-time discrete-state dynamic
  62         networks},
  63   journal = TNN,
  64   year = {2002},
  65   volume = {13},
  66   pages = {1353--1363},
  67   number = {6}
  68 }
  69
  70 @techreport{BCVC10:ir,
  71   author = {Bahi, J. M. and Contassot-Vivier, S. and Couchot, J.-F.},
  72   title = {Convergence Results of Combining Synchronism and Asynchronism for
  73         Discrete-State Discrete-Time Dynamic Network},
  74   year = {2010},
  75  institution = {LIFC - Laboratoire d’{I}nformatique de
  76                 l'{U}niversit\'{e} de {F}ranche {C}omt\'{e}},
  77  type = {Research Report},
  78  number = {RR2010-02},
  79  pdf = {/publis/papers/pub/2010/RR2010-02.pdf},
  80  month = may
  81  }
  82
  83 @techreport{Cou10:ir,
  84   author = {Couchot, J.-F.},
  85   title = {Formal {C}onvergence {P}roof for {D}iscrete
  86 {D}ynamical {S}ystems},
  87   year = {2010},
  88  institution = {LIFC - Laboratoire d’{I}nformatique de
  89                 l'{U}niversit\'{e} de {F}ranche {C}omt\'{e}},
  90  type = {Research Report},
  91  number = {RR2010-03},
  92  pdf = {/publis/papers/pub/2010/RR2010-03.pdf},
  93  month = may,
  94  year = 2010
  95  }
  96
  97
  98
  99 @ARTICLE{BM00,
 100   author = {Bahi, J. M. and Michel, C.},
 101   title = {Convergence of discrete asynchronous iterations},
 102   journal = {International Journal Computer Mathematics},
 103   year = {2000},
 104   volume = {74},
 105   pages = {113--125}
 106 }
 107
 108 @ARTICLE{BM99,
 109   author = {Bahi, J. M. and Michel, C.},
 110   title = {Simulations of asynchronous evolution of discrete systems},
 111   journal = {Simulation Practice and Theory},
 112   year = {1999},
 113   volume = {7},
 114   pages = {309--324}
 115 }
 116
 117
 118 @ARTICLE{Bau78,
 119   author = {G\'{e}rard M. Baudet},
 120   title = {Asynchronous Iterative Methods for Multiprocessors},
 121   journal = JACM,
 122   year = {1978},
 123   volume = {25},
 124   pages = {226--244},
 125   number = {2},
 126   doi = {http://doi.acm.org/10.1145/322063.322067},
 127   issn = {0004-5411},
 128   publisher = {ACM}
 129 }
 130
 131 @BOOK{BT89,
 132   title = {Parallel and distributed computation: numerical methods},
 133   publisher = prenticeHall,
 134   year = {1989},
 135   author = {Dimitri P. Bertsekas and John N. Tsitsiklis},
 136   isbn = {0-13-648700-9}
 137 }
 138
 139 @ARTICLE{blast07,
 140   author = {Dirk Beyer and Thomas A. Henzinger and Ranjit Jhala and Rupak Majumdar},
 141   title = {The software model checker Blast},
 142   journal = STTT,
 143   year = {2007},
 144   volume = {9},
 145   pages = {505-525},
 146   number = {5-6}
 147 }
 148
 149 @INPROCEEDINGS{LeCun85,
 150   author = {Y Le~Cun},
 151   title = {A learning scheme for threshold networks},
 152   booktitle = {Cognitiva'95},
 153   year = {1985},
 154   pages = {599--604},
 155   address = {Paris, France}
 156 }
 157
 158 @ARTICLE{Elm90,
 159   author = {Jeffrey L. Elman},
 160   title = {Finding Structure in Time},
 161   journal = {Cognitive Science},
 162   year = {1990},
 163   volume = {14},
 164   pages = {179--211}
 165 }
 166
 167 @ARTICLE{FS00,
 168   author = {Andreas Frommer and Daniel B. Szyld},
 169   title = {On asynchronous iterations},
 170   journal = JCAM,
 171   year = {2000},
 172   volume = {123},
 173   pages = {201--216},
 174   number = {1-2},
 175   doi = {http://dx.doi.org/10.1016/S0377-0427(00)00409-X},
 176   issn = {0377-0427},
 177   publisher = elsevier
 178 }
 179
 180 @ARTICLE{GS08,
 181   author = {Goles Ch., E. and Salinas,L.},
 182   title = {Comparison between parallel and serial dynamics of Boolean networks},
 183   journal = tcs,
 184   year = {2008},
 185   volume = {396},
 186   pages = {247--253},
 187   number = {1-3}
 188 }
 189
 190 @BOOK{Hol03,
 191   title = {The SPIN Model Checker: Primer and Reference Manual},
 192   publisher = {Addison-Wesley, Pearson Education},
 193   year = {2003},
 194   author = {Gerard J. Holzmann}
 195 }
 196
 197 @ARTICLE{SH99,
 198   author = {Shih M.-H. and Ho, J.-L.},
 199   title = {Solution of the Boolean Markus-Yamabe Problem},
 200   journal = advapplMath,
 201   year = {1999},
 202   volume = {22},
 203   pages = {60 - 102},
 204   number = {1}
 205 }
 206
 207 @ARTICLE{Ric08,
 208   author = {Adrien Richard},
 209   title = {An extension of a combinatorial fixed point theorem of Shih and Dong
 210         },
 211   journal = advapplMath,
 212   year = {2008},
 213   volume = {41},
 214   pages = {620--627},
 215   number = {4},
 216   publisher = elsevier
 217 }
 218
 219 @ARTICLE{RC07,
 220   author = {Adrien Richard and Jean-Paul Comet},
 221   title = {Necessary conditions for multistationarity in discrete dynamical
 222         systems},
 223   journal = discreteapplMath,
 224   year = {2007},
 225   volume = {155},
 226   pages = {2403--2413},
 227   number = {18},
 228   issn = {0166-218X},
 229   publisher = elsevier
 230 }
 231
 232 @BOOK{Rob95,
 233   title = {Les syst\`emes dynamiques discrets},
 234   publisher = springer,
 235   year = {1995},
 236   author = {F. Robert},
 237   volume = {19},
 238   series = {Math\'ematiques et Applications}
 239 }
 240
 241 @ARTICLE{SD05,
 242   author = {Shih, M.-H. and Dong J.-L.},
 243   title = {A combinatorial analogue of the Jacobian problem in automata networks},
 244   journal = advapplMath,
 245   year = {2005},
 246   volume = {34},
 247   pages = {30 - 46},
 248   number = {1},
 249   issn = {0196-8858}
 250 }
 251
 252 @ARTICLE{Tho73,
 253   author = {Thomas, R.},
 254   title = {Boolean Formalization of Genetic Control Circuits},
 255   journal = jtb,
 256   year = {1973},
 257   volume = {42},
 258   pages = {563--585}
 259 }
 260
 261 @ARTICLE{WJBG98,
 262   author = {Xin Wang and Arun K. Jagota and Fernanda Botelho and Max H. Garzon},
 263   title = {Absence of Cycles in Symmetric Neural Networks},
 264   journal = NC,
 265   year = {1998},
 266   volume = {10},
 267   pages = {1235-1249},
 268   number = {5},
 269   file = {:/home/couchot/rech/Ref/WJBG98.pdf:PDF}
 270 }
 271
 272 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/cav/2002,
 273   title = {Computer Aided Verification, 14th International Conference, CAV 2002,Copenhagen,
 274         Denmark, July 27-31, 2002, Proceedings},
 275   year = {2002},
 276   editor = {Ed Brinksma and Kim Guldstrand Larsen},
 277   volume = {2404},
 278   series = lncs,
 279   publisher = springer,
 280   booktitle = {CAV}
 281 }
 282
 283 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/kbse/2005,
 284   title = {20th IEEE/ACM International Conference on Automated Software Engineering
 285         (ASE 2005), November 7-11, 2005, Long Beach, CA, USA},
 286   year = {2005},
 287   editor = {David F. Redmiles and Thomas Ellman and Andrea Zisman},
 288   publisher = {ACM},
 289   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 290   booktitle = {ASE}
 291 }
 292
 293 @book{Mor08,
 294  author = {Ben-Ari, Mordechai},
 295  year = {2008},
 296  title = {Principles of the Spin Model Checker},
 297  isbn = {1846287693, 9781846287695}},
 298  publisher = springer,
 299  }
 300
 301
 302 @INPROCEEDINGS{Wei97,
 303   author = {Weise,Carsten},
 304   title = {An incremental formal semantics for {PROMELA}},
 305   booktitle = {SPIN97, the Third SPIN Workshop},
 306   year = {1997},
 307   pages = {}
 308 }
 309
 310 @PHDTHESIS{Couchot-PhD06,
 311   AUTHOR = {Couchot, Jean-Fran\c{c}ois},
 312   TITLE = {V\'erification d'invariant de syst\`emes param\'etr\'es par
 313   superposition},
 314   MONTH = {avril},
 315   SCHOOL = {LIFC, Universit\'e de Franche-Comt\'e},
 316   TYPE = {Th\`ese de {D}octorat},
 317   YEAR = {2006}
 318 }
 319
 320 @Article{dJGH04,
 321   author =       {de Jong, H. and Gouz\'e, J.-L. and Hernandez, C. and
 322                   Page, M. and Tewfik, S. and Geiselmann, J.},
 323   title =        {Qualitative simulation of genetic regulatory networks
 324                   using piecewise-linear models},
 325   journal =      {Bull. Math. Biol.},
 326   year =         {2004},
 327   OPTkey =       {},
 328   volume =       {66},
 329   number =       {2},
 330   pages =        {301--340},
 331   OPTmonth =     {},
 332   OPTnote =      {},
 333   OPTannote =    {}
 334 }
 335
 336 @Article{BCRG04,
 337   author =       {Bernot, G. and Comet, J.-P. and Richard, A. and Guespin, J.},
 338   title =        {A Fruitful Application of Formal Methods to Biological
 339                   Regulatory Networks: Extending {T}homas' Asynchronous
 340                   Logical Approach with Temporal Logic},
 341   journal =      {J. Theor. Biol.},
 342   year =         {2004},
 343   volume =       {229},
 344   number =       {3},
 345   pages =        {339--347},
 346   EQUIPE =       {bioinfo},
 347   KIND =         {intrevue}
 348 }
 349
 350 @Article{GN06,
 351   author =       {Gonzales, A.G. and Naldi, A. and S\'anchez, L. and Thieffry, D. and Chaouiya, C.},
 352   title =        {{GINsim}: a software suite for the qualitative modelling, simulation and analysis of regulatory networks},
 353   journal =      {Biosystems},
 354   year =         {2006},
 355   OPTkey =       {},
 356   volume =       {84},
 357   number =       {2},
 358   pages =        {91--100},
 359   OPTmonth =     {},
 360   OPTnote =      {},
 361   OPTannote =    {}
 362 }
 363
 364 @Article{dJGH03,
 365   author =       {De Jong, H. and Geiselmann, J. and Hernandez, C. and
 366                   Page, M.},
 367   title =        {Genetic Network Analyzer: qualitative simulation
 368                   of genetic regulatory networks.},
 369   journal =      {Bioinformatics},
 370   year =         {2003},
 371   volume =       {19},
 372   number =       {3},
 373   pages =        {336-44.}
 374 }
 375
 376 @Article{KCRB09,
 377   author =       {Khalis, Z. and Comet, J.-P. and Richard, A. and Bernot, G.},
 378   title =        {The SMBioNet Method for Discovering Models of Gene Regulatory Networks},
 379   journal =      {Genes, Genomes and Genomics},
 380   year =         {2009},
 381   OPTkey =       {},
 382   volume =       {3},
 383   number =       {1},
 384   OPTpages =     {15-22},
 385   OPTmonth =     {},
 386   OPTnote =      {},
 387   OPTannote =    {}
 388 }
 389
 390 @article{ARBCR08,
 391  author = {Ahmad, Jamil and Roux, Olivier and Bernot, Gilles and Comet, Jean-Paul and Richard, Adrien},
 392  title = {Analysing formal models of genetic regulatory networks with delays},
 393  journal = {Int. J. Bioinformatics Res. Appl.},
 394  volume = {4},
 395  number = {3},
 396  year = {2008},
 397  issn = {1744-5485},
 398  pages = {240--262},
 399  doi = {http://dx.doi.org/10.1504/IJBRA.2008.019573},
 400  publisher = {Inderscience Publishers},
 401  address = {Inderscience Publishers, Geneva, SWITZERLAND},
 402  }
 403 @TechReport{R09-c,
 404   author =       {Richard, A.},
 405   title =        {Local negative circuits and fixed points in Boolean networks},
 406   institution =  {preprint arXiv number 0910.0750},
 407   year =         {2009},
 408   OPTkey =       {},
 409   OPTtype =      {},
 410   OPTnumber =    {},
 411   OPTaddress =   {},
 412   OPTmonth =     {},
 413   OPTnote =      {},
 414   OPTannote =    {}
 415 }
 416
 417
 418 @ARTICLE{RRT08,
 419   author = {Remy, R. and Ruet, P. and Thieffry, D.},
 420   title = {Graphic requirement for multistability and attractive cycles in a
 421         Boolean dynamical framework},
 422   journal = {Advances in Applied Mathematics},
 423   year = {2008},
 424   volume = {41},
 425   pages = {335-350},
 426   number = {3},
 427   owner = {couchot},
 428   timestamp = {2009.02.05}
 429 }
 430
 431 @inproceedings{DBLP:conf/icann/BahiCMMS06,
 432   author    = {Jacques M. Bahi and
 433                Sylvain Contassot-Vivier and
 434                Libor Makovicka and
 435                {\'E}ric Martin and
 436                Marc Sauget},
 437   title     = {Neural Network Based Algorithm for Radiation Dose Evaluation
 438                in Heterogeneous Environments},
 439   booktitle = {ICANN (2)},
 440   year      = {2006},
 441   pages     = {777-787},
 442   ee        = {http://dx.doi.org/10.1007/11840930_81},
 443   crossref  = {DBLP:conf/icann/2006-2},
 444   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de}
 445 }
 446
 447 @proceedings{DBLP:conf/icann/2006-2,
 448   editor    = {Stefanos D. Kollias and
 449                Andreas Stafylopatis and
 450                Wlodzislaw Duch and
 451                Erkki Oja},
 452   title     = {Artificial Neural Networks - ICANN 2006, 16th International
 453                Conference, Athens, Greece, September 10-14, 2006. Proceedings,
 454                Part II},
 455   booktitle = {ICANN (2)},
 456   publisher = {Springer},
 457   series    = {Lecture Notes in Computer Science},
 458   volume    = {4132},
 459   year      = {2006},
 460   isbn      = {3-540-38871-0},
 461   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de}
 462 }
 463
 464
 465
 466
 467 @Book{Drey08,
 468   author =       {Dreyfus, Gérard and Martinez, Jean-Marc and Samuelides, Manuel   and Gordon, Mirta B.  and Badran, Fouad  and Thiria, Sylvie },
 469   ALTeditor =    {},
 470   title =        {Apprentissage statistique, Réseaux de neurones - Cartes topologiques - Machines à vecteurs supports},
 471   publisher =    {Eyrolles},
 472   year =         {2008},
 473   OPTkey =       {},
 474   OPTvolume =    {},
 475   OPTnumber =    {},
 476   OPTseries =    {},
 477   OPTaddress =   {},
 478   OPTedition =   {},
 479   OPTmonth =     {},
 480   OPTnote =      {},
 481   OPTannote =    {}
 482 }
 483
 484
 485
 486
 487
 488 @BOOK{Dev89,
 489   title = {An Introduction to Chaotic Dynamical Systems},
 490   publisher = {Redwood City: Addison-Wesley},
 491   year = {1989},
 492   author = {R. L. Devaney},
 493   edition = {2nd},
 494   owner = {guyeux},
 495   timestamp = {27/01/2008}
 496 }
 497
 498
 499 @article{byrd1995limited,
 500   abstract = {An algorithm for solving large nonlinear optimization problems with simple bounds is described. It is based on the gradient projection method and uses a limited memory BFGS matrix to approximate the Hessian of the objective function. It is shown how to take advantage of the form of the limited memory approximation to implement the algorithm efficiently. The results of numerical tests on a set of large problems are reported.},
 501   added-at = {2012-09-21T02:02:46.000+0200},
 502   author = {Byrd, R. and Lu, P. and Nocedal, J. and Zhu, C.},
 503   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/2c7605a5d75473a64f24fb02d2a0a8281/peter.ralph},
 504   doi = {10.1137/0916069},
 505   eprint = {http://epubs.siam.org/doi/pdf/10.1137/0916069},
 506   interhash = {5b3e191b77610d28f48a64125fbd050b},
 507   intrahash = {c7605a5d75473a64f24fb02d2a0a8281},
 508   journal = {SIAM Journal on Scientific Computing},
 509   keywords = {methods optimization original},
 510   number = 5,
 511   pages = {1190-1208},
 512   timestamp = {2012-09-21T02:02:46.000+0200},
 513   title = {A Limited Memory Algorithm for Bound}
 514 }
 515
 516 @article{ANU:1770520,
 517 author = {Powell,M. J. D.},
 518 title = {Direct search algorithms for optimization calculations},
 519 journal = {Acta Numerica},
 520 volume = {7},
 521 month = {1},
 522 year = {1998},
 523 issn = {1474-0508},
 524 pages = {287--336},
 525 numpages = {50},
 526 doi = {10.1017/S0962492900002841},
 527 URL = {http://journals.cambridge.org/article_S0962492900002841},
 528 }
 529
 530
 531
 532
 533