biblio.bib

   1 @article{SMMR+13,
   2 title={Genomic analysis of smooth tubercle bacilli provides insights into ancestry and pathoadaptation of Mycobacterium tuberculosis},
   3 url={http://www.nature.com/ng/journal/v45/n2/full/ng.2517.html},
   4 DOI={10.1038/ng.2517},
   5 volume={45},
   6 number={2},
   7 journal={Nature Genetics},
   8 author={Philip Supply and Michael Marceau and Sophie Mangenot and David Roche and  Carine Rouanet and  Varun Khanna and  Laleh Majlessi and  Alexis Criscuolo and  Julien Tap and  Alexandre Pawlik},
   9 year={2013},
  10  pages={172–179}}
  11
  12 @article{CGOT10,
  13 title={Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods II},
  14 author={Cedric Chauve and  Haris Gavranovic and  Aida Ouangraoua and Eric Tannier},
  15 journal={Journal of Computational Biology},
  16 month=sep,
  17 year={2010},
  18 volume=17,
  19 number=9,
  20 pages={1097--1112},
  21 DOI={10.1089/cmb.2010.0092}
  22 }
  23
  24 @article{parra2007cegma,
  25   title={CEGMA: a pipeline to accurately annotate core genes in eukaryotic genomes},
  26   author={Parra, Genis and Bradnam, Keith and Korf, Ian},
  27   journal={Bioinformatics},
  28   volume={23},
  29   number={9},
  30   pages={1061--1067},
  31   year={2007},
  32   publisher={Oxford Univ Press}
  33 }
  34
  35 @article{parra2000geneid,
  36   title={Geneid in drosophila},
  37   author={Parra, Gen{\'\i}s and Blanco, Enrique and Guig{\'o}, Roderic},
  38   journal={Genome research},
  39   volume={10},
  40   number={4},
  41   pages={511--515},
  42   year={2000},
  43   publisher={Cold Spring Harbor Lab}
  44 }
  45
  46 @article{birney2004genewise,
  47   title={GeneWise and genomewise},
  48   author={Birney, Ewan and Clamp, Michele and Durbin, Richard},
  49   journal={Genome research},
  50   volume={14},
  51   number={5},
  52   pages={988--995},
  53   year={2004},
  54   publisher={Cold Spring Harbor Lab}
  55 }
  56
  57 @article{chapman2000biopython,
  58   title={Biopython: Python tools for computational biology},
  59   author={Chapman, Brad and Chang, Jeffrey},
  60   journal={ACM SIGBIO Newsletter},
  61   volume={20},
  62   number={2},
  63   pages={15--19},
  64   year={2000},
  65   publisher={ACM}
  66 }
  67
  68 @incollection{FI09,
  69 year={2009},
  70 isbn={978-3-642-04743-5},
  71 booktitle={Comparative Genomics},
  72 volume={5817},
  73 series={Lecture Notes in Computer Science},
  74 editor={Ciccarelli, FrancescaD. and Miklós, István},
  75 doi={10.1007/978-3-642-04744-2_1},
  76 title={Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods},
  77 url={http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04744-2_1},
  78 publisher={Springer Berlin Heidelberg},
  79 author={Tannier, Eric},
  80 pages={1-12}
  81 }
  82
  83 @article{gansner2002drawing,
  84   title={Drawing graphs with dot},
  85   author={Gansner, Emden and Koutsofios, Eleftherios and North, Stephen},
  86   journal={Retrieved June},
  87   volume={13},
  88   pages={2005},
  89   year={2002}
  90 }
  91
  92 @article{10.1371/journal.pone.0052841,
  93     author = {Blouin, Yann AND Hauck, Yolande AND Soler, Charles AND Fabre, Michel AND Vong, Rithy AND Dehan, Céline AND Cazajous, Géraldine AND Massoure, Pierre-Laurent AND Kraemer, Philippe AND Jenkins, Akinbowale AND Garnotel, Eric AND Pourcel, Christine AND Vergnaud, Gilles},
  94     journal = {PLoS ONE},
  95     publisher = {Public Library of Science},
  96     title = {Significance of the Identification in the Horn of Africa of an Exceptionally Deep Branching <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic> Clade},
  97     year = {2012},
  98     month = {12},
  99     volume = {7},
 100     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0052841},
 101     pages = {e52841},
 102     abstract = {<p>Molecular and phylogeographic studies have led to the definition within the <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic> complex (MTBC) of a number of geotypes and ecotypes showing a preferential geographic location or host preference. The MTBC is thought to have emerged in Africa, most likely the Horn of Africa, and to have spread worldwide with human migrations. Under this assumption, there is a possibility that unknown deep branching lineages are present in this region. We genotyped by spoligotyping and multiple locus variable number of tandem repeats (VNTR) analysis (MLVA) 435 MTBC isolates recovered from patients. Four hundred and eleven isolates were collected in the Republic of Djibouti over a 12 year period, with the other 24 isolates originating from neighbouring countries. All major <italic>M. tuberculosis</italic> lineages were identified, with only two <italic>M. africanum</italic> and one <italic>M. bovis</italic> isolates. Upon comparison with typing data of worldwide origin we observed that several isolates showed clustering characteristics compatible with new deep branching. Whole genome sequencing (WGS) of seven isolates and comparison with available WGS data from 38 genomes distributed in the different lineages confirms the identification of ancestral nodes for several clades and most importantly of one new lineage, here referred to as lineage 7. Investigation of specific deletions confirms the novelty of this lineage, and analysis of its precise phylogenetic position indicates that the other three superlineages constituting the MTBC emerged independently but within a relatively short timeframe from the Horn of Africa. The availability of such strains compared to the predominant lineages and sharing very ancient ancestry will open new avenues for identifying some of the genetic factors responsible for the success of the modern lineages. Additional deep branching lineages may be readily and efficiently identified by large-scale MLVA screening of isolates from sub-Saharan African countries followed by WGS analysis of a few selected isolates.</p>},
 103     number = {12},
 104     doi = {10.1371/journal.pone.0052841}
 105 }
 106
 107 @article{Sayers01012011,
 108 author = {Sayers, Eric W. and Barrett, Tanya and Benson, Dennis A. and Bolton, Evan and Bryant, Stephen H. and Canese, Kathi and Chetvernin, Vyacheslav and Church, Deanna M. and DiCuccio, Michael and Federhen, Scott and Feolo, Michael and Fingerman, Ian M. and Geer, Lewis Y. and Helmberg, Wolfgang and Kapustin, Yuri and Landsman, David and Lipman, David J. and Lu, Zhiyong and Madden, Thomas L. and Madej, Tom and Maglott, Donna R. and Marchler-Bauer, Aron and Miller, Vadim and Mizrachi, Ilene and Ostell, James and Panchenko, Anna and Phan, Lon and Pruitt, Kim D. and Schuler, Gregory D. and Sequeira, Edwin and Sherry, Stephen T. and Shumway, Martin and Sirotkin, Karl and Slotta, Douglas and Souvorov, Alexandre and Starchenko, Grigory and Tatusova, Tatiana A. and Wagner, Lukas and Wang, Yanli and Wilbur, W. John and Yaschenko, Eugene and Ye, Jian},
 109 title = {Database resources of the National Center for Biotechnology Information},
 110 volume = {39},
 111 number = {suppl 1},
 112 pages = {D38-D51},
 113 year = {2011},
 114 doi = {10.1093/nar/gkq1172},
 115 abstract ={In addition to maintaining the GenBank® nucleic acid sequence database, the National Center for Biotechnology Information (NCBI) provides analysis and retrieval resources for the data in GenBank and other biological data made available through the NCBI Web site. NCBI resources include Entrez, the Entrez Programming Utilities, MyNCBI, PubMed, PubMed Central (PMC), Entrez Gene, the NCBI Taxonomy Browser, BLAST, BLAST Link (BLink), Primer-BLAST, COBALT, Electronic PCR, OrfFinder, Splign, ProSplign, RefSeq, UniGene, HomoloGene, ProtEST, dbMHC, dbSNP, dbVar, Epigenomics, Cancer Chromosomes, Entrez Genomes and related tools, the Map Viewer, Model Maker, Evidence Viewer, Trace Archive, Sequence Read Archive, Retroviral Genotyping Tools, HIV-1/Human Protein Interaction Database, Gene Expression Omnibus (GEO), Entrez Probe, GENSAT, Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), Online Mendelian Inheritance in Animals (OMIA), the Molecular Modeling Database (MMDB), the Conserved Domain Database (CDD), the Conserved Domain Architecture Retrieval Tool (CDART), IBIS, Biosystems, Peptidome, OMSSA, Protein Clusters and the PubChem suite of small molecule databases. Augmenting many of the Web applications are custom implementations of the BLAST program optimized to search specialized data sets. All of these resources can be accessed through the NCBI home page at www.ncbi.nlm.nih.gov.},
 116 URL = {http://nar.oxfordjournals.org/content/39/suppl_1/D38.abstract},
 117 eprint = {http://nar.oxfordjournals.org/content/39/suppl_1/D38.full.pdf+html},
 118 journal = {Nucleic Acids Research}
 119 }
 120
 121 @article{zafar2002coregenes,
 122   title={CoreGenes: A computational tool for identifying and cataloging},
 123   author={Zafar, Nikhat and Mazumder, Raja and Seto, Donald},
 124   journal={BMC bioinformatics},
 125   volume={3},
 126   number={1},
 127   pages={12},
 128   year={2002},
 129   publisher={BioMed Central Ltd}
 130 }
 131
 132 @Article{17623808,
 133 AUTHOR = {Gomez-Valero, Laura and Rocha, Eduardo P C and Latorre, Amparo and Silva, Francisco J},
 134 TITLE = {Reconstructing the ancestor of Mycobacterium leprae: the dynamics of gene loss and genome reduction.},
 135 JOURNAL = {Genome Res},
 136 VOLUME = {17},
 137 YEAR = {2007},
 138 NUMBER = {8},
 139 PAGES = {1178-85},
 140 URL = {http://www.biomedsearch.com/nih/Reconstructing-ancestor-Mycobacterium-leprae-dynamics/17623808.html},
 141 PubMedID = {17623808},
 142 ISSN = {1088-9051}
 143 }
 144 @article{Eisen2007,
 145     author = {Eisen, Jonathan A},
 146     journal = {PLoS Biol},
 147     publisher = {Public Library of Science},
 148     title = {Environmental Shotgun Sequencing: Its Potential and Challenges for Studying the Hidden World of Microbes},
 149     year = {2007},
 150     month = {03},
 151     volume = {5},
 152     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pbio.0050082},
 153     pages = {e82},
 154     abstract = {
 155         <p>Environmental shotgun sequencing promises to reveal novel and fundamental insights into the hidden world of microbes, but the complexity of analysis required to realize this potential poses unique interdisciplinary challenges.</p>
 156       },
 157     number = {3},
 158     doi = {10.1371/journal.pbio.0050082}
 159 }
 160 @Article{RDogma,
 161 AUTHOR = {Stacia K. Wyman, Robert K. Jansen and Jeffrey L. Boore},
 162 TITLE = {Automatic annotation of organellar genomes
 163 with DOGMA},
 164 JOURNAL = {BIOINFORMATICS, oxford Press},
 165 VOLUME = {20},
 166 YEAR = {2004},
 167 NUMBER = {172004},
 168 PAGES = {3252-3255},
 169 URL={http://www.biosci.utexas.edu/ib/faculty/jansen/pubs/Wyman%20et%20al.%202004.pdf},
 170 }
 171 @article{guindon2005phyml,
 172   title={PHYML Online—a web server for fast maximum likelihood-based phylogenetic inference},
 173   author={Guindon, Stephane and Lethiec, Franck and Duroux, Patrice and Gascuel, Olivier},
 174   journal={Nucleic acids research},
 175   volume={33},
 176   number={suppl 2},
 177   pages={W557--W559},
 178   year={2005},
 179   publisher={Oxford Univ Press}
 180 }
 181
 182 @article{goloboff2008tnt,
 183   title={TNT, a free program for phylogenetic analysis},
 184   author={Goloboff, Pablo A and Farris, James S and Nixon, Kevin C},
 185   journal={Cladistics},
 186   volume={24},
 187   number={5},
 188   pages={774--786},
 189   year={2008},
 190   publisher={Wiley Online Library}
 191 }
 192
 193 @article{stamatakis2008raxml,
 194   title={The RAxML 7.0. 4 Manual},
 195   author={Stamatakis, Alexandros},
 196   journal={Department of Computer Science. Ludwig-Maximilians-Universit{\"a}t M{\"u}nchen},
 197   year={2008}
 198 }
 199 @article{stamatakis2005raxml,
 200   title={RAxML-III: a fast program for maximum likelihood-based inference of large phylogenetic trees},
 201   author={Stamatakis, Alexandros and Ludwig, Thomas and Meier, Harald},
 202   journal={Bioinformatics},
 203   volume={21},
 204   number={4},
 205   pages={456--463},
 206   year={2005},
 207   publisher={Oxford Univ Press}
 208 }
 209
 210
 211 @article{Bakke2009,
 212     author = {Bakke, Peter AND Carney, Nick AND DeLoache, Will AND Gearing, Mary AND Ingvorsen, Kjeld AND Lotz, Matt AND McNair, Jay AND Penumetcha, Pallavi AND Simpson, Samantha AND Voss, Laura AND Win, Max AND Heyer, Laurie J. AND Campbell, A. Malcolm},
 213     journal = {PLoS ONE},
 214     publisher = {Public Library of Science},
 215     title = {Evaluation of Three Automated Genome Annotations for <italic>Halorhabdus utahensis</italic>},
 216     year = {2009},
 217     month = {07},
 218     volume = {4},
 219     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0006291},
 220     pages = {e6291},
 221     abstract = {
 222 <p>Genome annotations are accumulating rapidly and depend heavily on automated annotation systems. Many genome centers offer annotation systems but no one has compared their output in a systematic way to determine accuracy and inherent errors. Errors in the annotations are routinely deposited in databases such as NCBI and used to validate subsequent annotation errors. We submitted the genome sequence of halophilic archaeon <italic>Halorhabdus utahensis</italic> to be analyzed by three genome annotation services. We have examined the output from each service in a variety of ways in order to compare the methodology and effectiveness of the annotations, as well as to explore the genes, pathways, and physiology of the previously unannotated genome. The annotation services differ considerably in gene calls, features, and ease of use. We had to manually identify the origin of replication and the species-specific consensus ribosome-binding site. Additionally, we conducted laboratory experiments to test <italic>H. utahensis</italic> growth and enzyme activity. Current annotation practices need to improve in order to more accurately reflect a genome's biological potential. We make specific recommendations that could improve the quality of microbial annotation projects.</p>
 223 },
 224     number = {7},
 225     doi = {10.1371/journal.pone.0006291}
 226 }
 227
 228 @article{altschul1990basic,
 229   title={Basic local alignment search tool},
 230   author={Altschul, Stephen F and Gish, Warren and Miller, Webb and Myers, Eugene W and Lipman, David J},
 231   journal={Journal of molecular biology},
 232   volume={215},
 233   number={3},
 234   pages={403--410},
 235   year={1990},
 236   publisher={Elsevier}
 237 }
 238
 239 @article{geneVision,
 240   title={DNASTAR- GenVision Software for Genomic Visualizations},
 241   author={DNASTAR},
 242   url = {http://www.dnastar.com/products/genvision.php}
 243 }