abstract.tex

   1 \begin{abstract}
   2 DNA analysis  techniques have received  a lot of attention  these last
   3 years, because  they play an  important role in  understanding genomes
   4 evolution over time, and in phylogenetic and genetic analyses. Various
   5 models  of  genomes  evolution  are  based  on  the  analysis  of  DNA
   6 sequences, SNPs,  mutations, and so on. We  have recently investigated
   7 the use of  core (\emph{i.e.}, common genes) and  pan genomes to infer
   8 evolutionary  information on  a  collection of  107 chloroplasts.   In
   9 particular,  we  have  regarded  methods  to  build  a  genes  content
  10 evolutionary  tree  using  distances  to core  genome.   However,  the
  11 production of reliable  core and pan genomes is not  an easy task, due
  12 to error  annotations. We will  first compare different  approaches to
  13 construct such a tree using fully annoted genomes provided by NCBI and
  14 Dogma, followed by a gene quality control among the common genes. Then
  15 we  will explain  how, by  comparing  sequences from  Dogma with  NCBI
  16 contents, we  achieved to identify the  genes that play a  key role in
  17 the dynamics of genomes evolution.
  18
  19 \textbf{Keywords:} genome evolution, phylogenetic tree, core genes, evolution tree, genome annotation
  20 \end{abstract}