abstract.tex

   1 DNA analysis techniques have received  a lot of attention  these last
   2 years,  because they play an  important role  in understanding
   3 genomes evolution over time, and in phylogenetic and genetic analyses. Various models
   4 of genomes evolution  are based on the analysis  of DNA sequences, SNPs,
   5 mutations, and so on. We have recently investigated the use of
   6 core (\emph{i.e.}, common  genes) and pan genomes  to infer evolutionary information
   7 on a collection of 107 chloroplasts. In particular,
   8 we have regarded methods to  build a genes content evolutionary tree  using
   9 distances to core  genome. However,
  10 the production of reliable core and pan genomes is not an easy task,
  11 due to error annotations of the NCBI. The presentation will then
  12 consist in various compared approaches to construct such a tree using
  13 fully annotated genomes by NCBI and Dogma, followed by a gene quality
  14 control among the  common genes. We will finally explain how, by comparing
  15 sequences from Dogma with NCBI contents, we achieved to identify the
  16 genes that play a key role in the dynamics of genomes evolution. \\
  17
  18 \textbf{Keywords:} genome evolution, phylogenetic tree, core genes, evolution tree, genome annotation
  19 \end{abstract}