biblio.bib

   1 @article{SMMR+13,
   2 title={Genomic analysis of smooth tubercle bacilli provides insights into ancestry and pathoadaptation of Mycobacterium tuberculosis},
   3 url={http://www.nature.com/ng/journal/v45/n2/full/ng.2517.html},
   4 DOI={10.1038/ng.2517},
   5 volume={45},
   6 number={2},
   7 journal={Nature Genetics},
   8 author={Philip Supply and Michael Marceau and Sophie Mangenot and David Roche and  Carine Rouanet and  Varun Khanna and  Laleh Majlessi and  Alexis Criscuolo and  Julien Tap and  Alexandre Pawlik},
   9 year={2013},
  10  pages={172–179}}
  11
  12 @article{CGOT10,
  13 title={Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods II},
  14 author={Cedric Chauve and  Haris Gavranovic and  Aida Ouangraoua and Eric Tannier},
  15 journal={Journal of Computational Biology},
  16 month=sep,
  17 year={2010},
  18 volume=17,
  19 number=9,
  20 pages={1097--1112},
  21 DOI={10.1089/cmb.2010.0092}
  22 }
  23
  24 @article{parra2007cegma,
  25   title={CEGMA: a pipeline to accurately annotate core genes in eukaryotic genomes},
  26   author={Parra, Genis and Bradnam, Keith and Korf, Ian},
  27   journal={Bioinformatics},
  28   volume={23},
  29   number={9},
  30   pages={1061--1067},
  31   year={2007},
  32   publisher={Oxford Univ Press}
  33 }
  34
  35 @article{parra2000geneid,
  36   title={Geneid in drosophila},
  37   author={Parra, Gen{\'\i}s and Blanco, Enrique and Guig{\'o}, Roderic},
  38   journal={Genome research},
  39   volume={10},
  40   number={4},
  41   pages={511--515},
  42   year={2000},
  43   publisher={Cold Spring Harbor Lab}
  44 }
  45
  46 @article{birney2004genewise,
  47   title={GeneWise and genomewise},
  48   author={Birney, Ewan and Clamp, Michele and Durbin, Richard},
  49   journal={Genome research},
  50   volume={14},
  51   number={5},
  52   pages={988--995},
  53   year={2004},
  54   publisher={Cold Spring Harbor Lab}
  55 }
  56 @incollection{FI09,
  57 year={2009},
  58 isbn={978-3-642-04743-5},
  59 booktitle={Comparative Genomics},
  60 volume={5817},
  61 series={Lecture Notes in Computer Science},
  62 editor={Ciccarelli, FrancescaD. and Miklós, István},
  63 doi={10.1007/978-3-642-04744-2_1},
  64 title={Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods},
  65 url={http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04744-2_1},
  66 publisher={Springer Berlin Heidelberg},
  67 author={Tannier, Eric},
  68 pages={1-12}
  69 }
  70
  71
  72 @article{10.1371/journal.pone.0052841,
  73     author = {Blouin, Yann AND Hauck, Yolande AND Soler, Charles AND Fabre, Michel AND Vong, Rithy AND Dehan, Céline AND Cazajous, Géraldine AND Massoure, Pierre-Laurent AND Kraemer, Philippe AND Jenkins, Akinbowale AND Garnotel, Eric AND Pourcel, Christine AND Vergnaud, Gilles},
  74     journal = {PLoS ONE},
  75     publisher = {Public Library of Science},
  76     title = {Significance of the Identification in the Horn of Africa of an Exceptionally Deep Branching <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic> Clade},
  77     year = {2012},
  78     month = {12},
  79     volume = {7},
  80     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0052841},
  81     pages = {e52841},
  82     abstract = {<p>Molecular and phylogeographic studies have led to the definition within the <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic> complex (MTBC) of a number of geotypes and ecotypes showing a preferential geographic location or host preference. The MTBC is thought to have emerged in Africa, most likely the Horn of Africa, and to have spread worldwide with human migrations. Under this assumption, there is a possibility that unknown deep branching lineages are present in this region. We genotyped by spoligotyping and multiple locus variable number of tandem repeats (VNTR) analysis (MLVA) 435 MTBC isolates recovered from patients. Four hundred and eleven isolates were collected in the Republic of Djibouti over a 12 year period, with the other 24 isolates originating from neighbouring countries. All major <italic>M. tuberculosis</italic> lineages were identified, with only two <italic>M. africanum</italic> and one <italic>M. bovis</italic> isolates. Upon comparison with typing data of worldwide origin we observed that several isolates showed clustering characteristics compatible with new deep branching. Whole genome sequencing (WGS) of seven isolates and comparison with available WGS data from 38 genomes distributed in the different lineages confirms the identification of ancestral nodes for several clades and most importantly of one new lineage, here referred to as lineage 7. Investigation of specific deletions confirms the novelty of this lineage, and analysis of its precise phylogenetic position indicates that the other three superlineages constituting the MTBC emerged independently but within a relatively short timeframe from the Horn of Africa. The availability of such strains compared to the predominant lineages and sharing very ancient ancestry will open new avenues for identifying some of the genetic factors responsible for the success of the modern lineages. Additional deep branching lineages may be readily and efficiently identified by large-scale MLVA screening of isolates from sub-Saharan African countries followed by WGS analysis of a few selected isolates.</p>},
  83     number = {12},
  84     doi = {10.1371/journal.pone.0052841}
  85 }
  86 @Article{17623808,
  87 AUTHOR = {Gomez-Valero, Laura and Rocha, Eduardo P C and Latorre, Amparo and Silva, Francisco J},
  88 TITLE = {Reconstructing the ancestor of Mycobacterium leprae: the dynamics of gene loss and genome reduction.},
  89 JOURNAL = {Genome Res},
  90 VOLUME = {17},
  91 YEAR = {2007},
  92 NUMBER = {8},
  93 PAGES = {1178-85},
  94 URL = {http://www.biomedsearch.com/nih/Reconstructing-ancestor-Mycobacterium-leprae-dynamics/17623808.html},
  95 PubMedID = {17623808},
  96 ISSN = {1088-9051}
  97 }
  98 @article{Eisen2007,
  99     author = {Eisen, Jonathan A},
 100     journal = {PLoS Biol},
 101     publisher = {Public Library of Science},
 102     title = {Environmental Shotgun Sequencing: Its Potential and Challenges for Studying the Hidden World of Microbes},
 103     year = {2007},
 104     month = {03},
 105     volume = {5},
 106     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pbio.0050082},
 107     pages = {e82},
 108     abstract = {
 109         <p>Environmental shotgun sequencing promises to reveal novel and fundamental insights into the hidden world of microbes, but the complexity of analysis required to realize this potential poses unique interdisciplinary challenges.</p>
 110       },
 111     number = {3},
 112     doi = {10.1371/journal.pbio.0050082}
 113 }
 114 @Article{RDogma,
 115 AUTHOR = {Stacia K. Wyman, Robert K. Jansen and Jeffrey L. Boore},
 116 TITLE = {Automatic annotation of organellar genomes
 117 with DOGMA},
 118 JOURNAL = {BIOINFORMATICS, oxford Press},
 119 VOLUME = {20},
 120 YEAR = {2004},
 121 NUMBER = {172004},
 122 PAGES = {3252-3255},
 123 URL={http://www.biosci.utexas.edu/ib/faculty/jansen/pubs/Wyman%20et%20al.%202004.pdf},
 124 }
 125 @article{Bakke2009,
 126     author = {Bakke, Peter AND Carney, Nick AND DeLoache, Will AND Gearing, Mary AND Ingvorsen, Kjeld AND Lotz, Matt AND McNair, Jay AND Penumetcha, Pallavi AND Simpson, Samantha AND Voss, Laura AND Win, Max AND Heyer, Laurie J. AND Campbell, A. Malcolm},
 127     journal = {PLoS ONE},
 128     publisher = {Public Library of Science},
 129     title = {Evaluation of Three Automated Genome Annotations for <italic>Halorhabdus utahensis</italic>},
 130     year = {2009},
 131     month = {07},
 132     volume = {4},
 133     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0006291},
 134     pages = {e6291},
 135     abstract = {
 136 <p>Genome annotations are accumulating rapidly and depend heavily on automated annotation systems. Many genome centers offer annotation systems but no one has compared their output in a systematic way to determine accuracy and inherent errors. Errors in the annotations are routinely deposited in databases such as NCBI and used to validate subsequent annotation errors. We submitted the genome sequence of halophilic archaeon <italic>Halorhabdus utahensis</italic> to be analyzed by three genome annotation services. We have examined the output from each service in a variety of ways in order to compare the methodology and effectiveness of the annotations, as well as to explore the genes, pathways, and physiology of the previously unannotated genome. The annotation services differ considerably in gene calls, features, and ease of use. We had to manually identify the origin of replication and the species-specific consensus ribosome-binding site. Additionally, we conducted laboratory experiments to test <italic>H. utahensis</italic> growth and enzyme activity. Current annotation practices need to improve in order to more accurately reflect a genome's biological potential. We make specific recommendations that could improve the quality of microbial annotation projects.</p>
 137 },
 138     number = {7},
 139     doi = {10.1371/journal.pone.0006291}
 140 }