biblio.bib

   1 @article{SMMR+13,
   2 title={Genomic analysis of smooth tubercle bacilli provides insights into ancestry and pathoadaptation of Mycobacterium tuberculosis},
   3 url={http://www.nature.com/ng/journal/v45/n2/full/ng.2517.html},
   4 DOI={10.1038/ng.2517},
   5 volume={45},
   6 number={2},
   7 journal={Nature Genetics},
   8 author={Philip Supply and Michael Marceau and Sophie Mangenot and David Roche and  Carine Rouanet and  Varun Khanna and  Laleh Majlessi and  Alexis Criscuolo and  Julien Tap and  Alexandre Pawlik},
   9 year={2013},
  10  pages={172–179}}
  11
  12 @article{CGOT10,
  13 title={Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods II},
  14 author={Cedric Chauve and  Haris Gavranovic and  Aida Ouangraoua and Eric Tannier},
  15 journal={Journal of Computational Biology},
  16 month=sep,
  17 year={2010},
  18 volume=17,
  19 number=9,
  20 pages={1097--1112},
  21 DOI={10.1089/cmb.2010.0092}
  22 }
  23
  24 @article{parra2007cegma,
  25   title={CEGMA: a pipeline to accurately annotate core genes in eukaryotic genomes},
  26   author={Parra, Genis and Bradnam, Keith and Korf, Ian},
  27   journal={Bioinformatics},
  28   volume={23},
  29   number={9},
  30   pages={1061--1067},
  31   year={2007},
  32   publisher={Oxford Univ Press}
  33 }
  34
  35 @article{parra2000geneid,
  36   title={Geneid in drosophila},
  37   author={Parra, Gen{\'\i}s and Blanco, Enrique and Guig{\'o}, Roderic},
  38   journal={Genome research},
  39   volume={10},
  40   number={4},
  41   pages={511--515},
  42   year={2000},
  43   publisher={Cold Spring Harbor Lab}
  44 }
  45
  46 @article{birney2004genewise,
  47   title={GeneWise and genomewise},
  48   author={Birney, Ewan and Clamp, Michele and Durbin, Richard},
  49   journal={Genome research},
  50   volume={14},
  51   number={5},
  52   pages={988--995},
  53   year={2004},
  54   publisher={Cold Spring Harbor Lab}
  55 }
  56 @incollection{FI09,
  57 year={2009},
  58 isbn={978-3-642-04743-5},
  59 booktitle={Comparative Genomics},
  60 volume={5817},
  61 series={Lecture Notes in Computer Science},
  62 editor={Ciccarelli, FrancescaD. and Miklós, István},
  63 doi={10.1007/978-3-642-04744-2_1},
  64 title={Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods},
  65 url={http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04744-2_1},
  66 publisher={Springer Berlin Heidelberg},
  67 author={Tannier, Eric},
  68 pages={1-12}
  69 }
  70
  71 @article{gansner2002drawing,
  72   title={Drawing graphs with dot},
  73   author={Gansner, Emden and Koutsofios, Eleftherios and North, Stephen},
  74   journal={Retrieved June},
  75   volume={13},
  76   pages={2005},
  77   year={2002}
  78 }
  79
  80 @article{10.1371/journal.pone.0052841,
  81     author = {Blouin, Yann AND Hauck, Yolande AND Soler, Charles AND Fabre, Michel AND Vong, Rithy AND Dehan, Céline AND Cazajous, Géraldine AND Massoure, Pierre-Laurent AND Kraemer, Philippe AND Jenkins, Akinbowale AND Garnotel, Eric AND Pourcel, Christine AND Vergnaud, Gilles},
  82     journal = {PLoS ONE},
  83     publisher = {Public Library of Science},
  84     title = {Significance of the Identification in the Horn of Africa of an Exceptionally Deep Branching <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic> Clade},
  85     year = {2012},
  86     month = {12},
  87     volume = {7},
  88     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0052841},
  89     pages = {e52841},
  90     abstract = {<p>Molecular and phylogeographic studies have led to the definition within the <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic> complex (MTBC) of a number of geotypes and ecotypes showing a preferential geographic location or host preference. The MTBC is thought to have emerged in Africa, most likely the Horn of Africa, and to have spread worldwide with human migrations. Under this assumption, there is a possibility that unknown deep branching lineages are present in this region. We genotyped by spoligotyping and multiple locus variable number of tandem repeats (VNTR) analysis (MLVA) 435 MTBC isolates recovered from patients. Four hundred and eleven isolates were collected in the Republic of Djibouti over a 12 year period, with the other 24 isolates originating from neighbouring countries. All major <italic>M. tuberculosis</italic> lineages were identified, with only two <italic>M. africanum</italic> and one <italic>M. bovis</italic> isolates. Upon comparison with typing data of worldwide origin we observed that several isolates showed clustering characteristics compatible with new deep branching. Whole genome sequencing (WGS) of seven isolates and comparison with available WGS data from 38 genomes distributed in the different lineages confirms the identification of ancestral nodes for several clades and most importantly of one new lineage, here referred to as lineage 7. Investigation of specific deletions confirms the novelty of this lineage, and analysis of its precise phylogenetic position indicates that the other three superlineages constituting the MTBC emerged independently but within a relatively short timeframe from the Horn of Africa. The availability of such strains compared to the predominant lineages and sharing very ancient ancestry will open new avenues for identifying some of the genetic factors responsible for the success of the modern lineages. Additional deep branching lineages may be readily and efficiently identified by large-scale MLVA screening of isolates from sub-Saharan African countries followed by WGS analysis of a few selected isolates.</p>},
  91     number = {12},
  92     doi = {10.1371/journal.pone.0052841}
  93 }
  94 @Article{17623808,
  95 AUTHOR = {Gomez-Valero, Laura and Rocha, Eduardo P C and Latorre, Amparo and Silva, Francisco J},
  96 TITLE = {Reconstructing the ancestor of Mycobacterium leprae: the dynamics of gene loss and genome reduction.},
  97 JOURNAL = {Genome Res},
  98 VOLUME = {17},
  99 YEAR = {2007},
 100 NUMBER = {8},
 101 PAGES = {1178-85},
 102 URL = {http://www.biomedsearch.com/nih/Reconstructing-ancestor-Mycobacterium-leprae-dynamics/17623808.html},
 103 PubMedID = {17623808},
 104 ISSN = {1088-9051}
 105 }
 106 @article{Eisen2007,
 107     author = {Eisen, Jonathan A},
 108     journal = {PLoS Biol},
 109     publisher = {Public Library of Science},
 110     title = {Environmental Shotgun Sequencing: Its Potential and Challenges for Studying the Hidden World of Microbes},
 111     year = {2007},
 112     month = {03},
 113     volume = {5},
 114     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pbio.0050082},
 115     pages = {e82},
 116     abstract = {
 117         <p>Environmental shotgun sequencing promises to reveal novel and fundamental insights into the hidden world of microbes, but the complexity of analysis required to realize this potential poses unique interdisciplinary challenges.</p>
 118       },
 119     number = {3},
 120     doi = {10.1371/journal.pbio.0050082}
 121 }
 122 @Article{RDogma,
 123 AUTHOR = {Stacia K. Wyman, Robert K. Jansen and Jeffrey L. Boore},
 124 TITLE = {Automatic annotation of organellar genomes
 125 with DOGMA},
 126 JOURNAL = {BIOINFORMATICS, oxford Press},
 127 VOLUME = {20},
 128 YEAR = {2004},
 129 NUMBER = {172004},
 130 PAGES = {3252-3255},
 131 URL={http://www.biosci.utexas.edu/ib/faculty/jansen/pubs/Wyman%20et%20al.%202004.pdf},
 132 }
 133 @article{guindon2005phyml,
 134   title={PHYML Online—a web server for fast maximum likelihood-based phylogenetic inference},
 135   author={Guindon, Stephane and Lethiec, Franck and Duroux, Patrice and Gascuel, Olivier},
 136   journal={Nucleic acids research},
 137   volume={33},
 138   number={suppl 2},
 139   pages={W557--W559},
 140   year={2005},
 141   publisher={Oxford Univ Press}
 142 }
 143
 144 @article{goloboff2008tnt,
 145   title={TNT, a free program for phylogenetic analysis},
 146   author={Goloboff, Pablo A and Farris, James S and Nixon, Kevin C},
 147   journal={Cladistics},
 148   volume={24},
 149   number={5},
 150   pages={774--786},
 151   year={2008},
 152   publisher={Wiley Online Library}
 153 }
 154
 155 @article{stamatakis2008raxml,
 156   title={The RAxML 7.0. 4 Manual},
 157   author={Stamatakis, Alexandros},
 158   journal={Department of Computer Science. Ludwig-Maximilians-Universit{\"a}t M{\"u}nchen},
 159   year={2008}
 160 }
 161 @article{stamatakis2005raxml,
 162   title={RAxML-III: a fast program for maximum likelihood-based inference of large phylogenetic trees},
 163   author={Stamatakis, Alexandros and Ludwig, Thomas and Meier, Harald},
 164   journal={Bioinformatics},
 165   volume={21},
 166   number={4},
 167   pages={456--463},
 168   year={2005},
 169   publisher={Oxford Univ Press}
 170 }
 171
 172
 173 @article{Bakke2009,
 174     author = {Bakke, Peter AND Carney, Nick AND DeLoache, Will AND Gearing, Mary AND Ingvorsen, Kjeld AND Lotz, Matt AND McNair, Jay AND Penumetcha, Pallavi AND Simpson, Samantha AND Voss, Laura AND Win, Max AND Heyer, Laurie J. AND Campbell, A. Malcolm},
 175     journal = {PLoS ONE},
 176     publisher = {Public Library of Science},
 177     title = {Evaluation of Three Automated Genome Annotations for <italic>Halorhabdus utahensis</italic>},
 178     year = {2009},
 179     month = {07},
 180     volume = {4},
 181     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0006291},
 182     pages = {e6291},
 183     abstract = {
 184 <p>Genome annotations are accumulating rapidly and depend heavily on automated annotation systems. Many genome centers offer annotation systems but no one has compared their output in a systematic way to determine accuracy and inherent errors. Errors in the annotations are routinely deposited in databases such as NCBI and used to validate subsequent annotation errors. We submitted the genome sequence of halophilic archaeon <italic>Halorhabdus utahensis</italic> to be analyzed by three genome annotation services. We have examined the output from each service in a variety of ways in order to compare the methodology and effectiveness of the annotations, as well as to explore the genes, pathways, and physiology of the previously unannotated genome. The annotation services differ considerably in gene calls, features, and ease of use. We had to manually identify the origin of replication and the species-specific consensus ribosome-binding site. Additionally, we conducted laboratory experiments to test <italic>H. utahensis</italic> growth and enzyme activity. Current annotation practices need to improve in order to more accurately reflect a genome's biological potential. We make specific recommendations that could improve the quality of microbial annotation projects.</p>
 185 },
 186     number = {7},
 187     doi = {10.1371/journal.pone.0006291}
 188 }