Paper2/main.bbl

   1 \begin{thebibliography}{10}
   2
   3 \bibitem{acgs13:onp}
   4 Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel
   5   Salomon.
   6 \newblock Finding the core-genes of chloroplast species.
   7 \newblock Journ\'ees SeqBio 2013, Montpellier, November 2013.
   8
   9 \bibitem{altschul1990basic}
  10 Stephen~F Altschul, Warren Gish, Webb Miller, Eugene~W Myers, and David~J
  11   Lipman.
  12 \newblock Basic local alignment search tool.
  13 \newblock {\em Journal of molecular biology}, 215(3):403--410, 1990.
  14
  15 \bibitem{apweiler1985swiss}
  16 Rolf Apweiler, Claire O’Donovan, Maria~Jesus Martin, Wolfgang Fleischmann,
  17   Henning Hermjakob, Steffen Moeller, Sergio Contrino, and Vivien Junker.
  18 \newblock Swiss-prot and its computer-annotated supplement trembl: How to
  19   produce high quality automatic annotation.
  20 \newblock {\em EUR. J. BIOCHEM}, 147:9--15, 1985.
  21
  22 \bibitem{birney2004genewise}
  23 Ewan Birney, Michele Clamp, and Richard Durbin.
  24 \newblock Genewise and genomewise.
  25 \newblock {\em Genome research}, 14(5):988--995, 2004.
  26
  27 \bibitem{de2002comparative}
  28 Javier De~Las~Rivas, Juan~Jose Lozano, and Angel~R Ortiz.
  29 \newblock Comparative analysis of chloroplast genomes: functional annotation,
  30   genome-based phylogeny, and deduced evolutionary patterns.
  31 \newblock {\em Genome research}, 12(4):567--583, 2002.
  32
  33 \bibitem{Alkindy2014}
  34 Alkindy~B. \emph{et al}.
  35 \newblock Find core-genes for chloroplasts.
  36 \newblock 2014.
  37
  38 \bibitem{Bakke2009}
  39 Bakke \emph{et al}.
  40 \newblock Evaluation of three automated genome annotations for
  41   \textit{Halorhabdus utahensis}.
  42 \newblock {\em PLoS ONE}, 4(7):e6291, 07 2009.
  43
  44 \bibitem{li2013complete}
  45 Li~\emph{et al}.
  46 \newblock Complete chloroplast genome sequence of holoparasite cistanche
  47   deserticola (orobanchaceae) reveals gene loss and horizontal gene transfer
  48   from its host haloxylon ammodendron (chenopodiaceae).
  49 \newblock {\em PloS one}, 8(3):e58747, 2013.
  50
  51 \bibitem{Sayers01012011}
  52 Sayers \emph{et al}.
  53 \newblock Database resources of the national center for biotechnology
  54   information.
  55 \newblock {\em Nucleic Acids Research}, 39(suppl 1):D38--D51, 2011.
  56
  57 \bibitem{liu2012cpgavas}
  58 Zhang \emph{et al}.
  59 \newblock Cpgavas, an integrated web server for the annotation, visualization,
  60   analysis, and genbank submission of completely sequenced chloroplast genome
  61   sequences.
  62
  63 \bibitem{guindon2005phyml}
  64 Stephane Guindon, Franck Lethiec, Patrice Duroux, and Olivier Gascuel.
  65 \newblock Phyml online—a web server for fast maximum likelihood-based
  66   phylogenetic inference.
  67 \newblock {\em Nucleic acids research}, 33(suppl 2):W557--W559, 2005.
  68
  69 \bibitem{mcfadden2001primary}
  70 Geoffrey~Ian McFadden.
  71 \newblock Primary and secondary endosymbiosis and the origin of plastids.
  72 \newblock {\em Journal of Phycology}, 37(6):951--959, 2001.
  73
  74 \bibitem{parra2000geneid}
  75 Gen{\'\i}s Parra, Enrique Blanco, and Roderic Guig{\'o}.
  76 \newblock Geneid in drosophila.
  77 \newblock {\em Genome research}, 10(4):511--515, 2000.
  78
  79 \bibitem{parra2007cegma}
  80 Genis Parra, Keith Bradnam, and Ian Korf.
  81 \newblock Cegma: a pipeline to accurately annotate core genes in eukaryotic
  82   genomes.
  83 \newblock {\em Bioinformatics}, 23(9):1061--1067, 2007.
  84
  85 \bibitem{Rice2000}
  86 P.~Rice, I.~Longden, and A.~Bleasby.
  87 \newblock Emboss: the european molecular biology open software suite.
  88 \newblock {\em Trends Genet}, 16(6):276--7, 2000.
  89
  90 \bibitem{RDOGMA}
  91 Robert K.~Jansen Stacia K.~Wyman and Jeffrey~L. Boore.
  92 \newblock Automatic annotation of organellar genomes with dogma.
  93 \newblock {\em BIOINFORMATICS, oxford Press}, 20(172004):3252--3255, 2004.
  94
  95 \bibitem{stamatakis2008raxml}
  96 Alexandros Stamatakis.
  97 \newblock The raxml 7.0. 4 manual.
  98 \newblock {\em Department of Computer Science.
  99   Ludwig-Maximilians-Universit{\"a}t M{\"u}nchen}, 2008.
 100
 101 \bibitem{stamatakis2005raxml}
 102 Alexandros Stamatakis, Thomas Ludwig, and Harald Meier.
 103 \newblock Raxml-iii: a fast program for maximum likelihood-based inference of
 104   large phylogenetic trees.
 105 \newblock {\em Bioinformatics}, 21(4):456--463, 2005.
 106
 107 \bibitem{sugawara2008ddbj}
 108 Hideaki Sugawara, Osamu Ogasawara, Kousaku Okubo, Takashi Gojobori, and Yoshio
 109   Tateno.
 110 \newblock Ddbj with new system and face.
 111 \newblock {\em Nucleic acids research}, 36(suppl 1):D22--D24, 2008.
 112
 113 \end{thebibliography}