biblio.bib

   1 @article{SMMR+13,
   2 title={Genomic analysis of smooth tubercle bacilli provides insights into ancestry and pathoadaptation of Mycobacterium tuberculosis},
   3 url={http://www.nature.com/ng/journal/v45/n2/full/ng.2517.html},
   4 DOI={10.1038/ng.2517},
   5 volume={45},
   6 number={2},
   7 journal={Nature Genetics},
   8 author={Philip Supply and Michael Marceau and Sophie Mangenot and David Roche and  Carine Rouanet and  Varun Khanna and  Laleh Majlessi and  Alexis Criscuolo and  Julien Tap and  Alexandre Pawlik},
   9 year={2013},
  10  pages={172–179}}
  11
  12 @article{CGOT10,
  13 title={Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods II},
  14 author={Cedric Chauve and  Haris Gavranovic and  Aida Ouangraoua and Eric Tannier},
  15 journal={Journal of Computational Biology},
  16 month=sep,
  17 year={2010},
  18 volume=17,
  19 number=9,
  20 pages={1097--1112},
  21 DOI={10.1089/cmb.2010.0092}
  22 }
  23
  24 @article{parra2007cegma,
  25   title={CEGMA: a pipeline to accurately annotate core genes in eukaryotic genomes},
  26   author={Parra, Genis and Bradnam, Keith and Korf, Ian},
  27   journal={Bioinformatics},
  28   volume={23},
  29   number={9},
  30   pages={1061--1067},
  31   year={2007},
  32   publisher={Oxford Univ Press}
  33 }
  34
  35 @article{parra2000geneid,
  36   title={Geneid in drosophila},
  37   author={Parra, Gen{\'\i}s and Blanco, Enrique and Guig{\'o}, Roderic},
  38   journal={Genome research},
  39   volume={10},
  40   number={4},
  41   pages={511--515},
  42   year={2000},
  43   publisher={Cold Spring Harbor Lab}
  44 }
  45
  46 @article{birney2004genewise,
  47   title={GeneWise and genomewise},
  48   author={Birney, Ewan and Clamp, Michele and Durbin, Richard},
  49   journal={Genome research},
  50   volume={14},
  51   number={5},
  52   pages={988--995},
  53   year={2004},
  54   publisher={Cold Spring Harbor Lab}
  55 }
  56
  57 @article{chapman2000biopython,
  58   title={Biopython: Python tools for computational biology},
  59   author={Chapman, Brad and Chang, Jeffrey},
  60   journal={ACM SIGBIO Newsletter},
  61   volume={20},
  62   number={2},
  63   pages={15--19},
  64   year={2000},
  65   publisher={ACM}
  66 }
  67
  68 @incollection{FI09,
  69 year={2009},
  70 isbn={978-3-642-04743-5},
  71 booktitle={Comparative Genomics},
  72 volume={5817},
  73 series={Lecture Notes in Computer Science},
  74 editor={Ciccarelli, FrancescaD. and Miklós, István},
  75 doi={10.1007/978-3-642-04744-2_1},
  76 title={Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods},
  77 url={http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04744-2_1},
  78 publisher={Springer Berlin Heidelberg},
  79 author={Tannier, Eric},
  80 pages={1-12}
  81 }
  82
  83 @article{gansner2002drawing,
  84   title={Drawing graphs with dot},
  85   author={Gansner, Emden and Koutsofios, Eleftherios and North, Stephen},
  86   journal={Retrieved June},
  87   volume={13},
  88   pages={2005},
  89   year={2002}
  90 }
  91
  92 @article{10.1371/journal.pone.0052841,
  93     author = {Blouin, Yann AND Hauck, Yolande AND Soler, Charles AND Fabre, Michel AND Vong, Rithy AND Dehan, Céline AND Cazajous, Géraldine AND Massoure, Pierre-Laurent AND Kraemer, Philippe AND Jenkins, Akinbowale AND Garnotel, Eric AND Pourcel, Christine AND Vergnaud, Gilles},
  94     journal = {PLoS ONE},
  95     publisher = {Public Library of Science},
  96     title = {Significance of the Identification in the Horn of Africa of an Exceptionally Deep Branching <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic> Clade},
  97     year = {2012},
  98     month = {12},
  99     volume = {7},
 100     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0052841},
 101     pages = {e52841},
 102     abstract = {<p>Molecular and phylogeographic studies have led to the definition within the <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic> complex (MTBC) of a number of geotypes and ecotypes showing a preferential geographic location or host preference. The MTBC is thought to have emerged in Africa, most likely the Horn of Africa, and to have spread worldwide with human migrations. Under this assumption, there is a possibility that unknown deep branching lineages are present in this region. We genotyped by spoligotyping and multiple locus variable number of tandem repeats (VNTR) analysis (MLVA) 435 MTBC isolates recovered from patients. Four hundred and eleven isolates were collected in the Republic of Djibouti over a 12 year period, with the other 24 isolates originating from neighbouring countries. All major <italic>M. tuberculosis</italic> lineages were identified, with only two <italic>M. africanum</italic> and one <italic>M. bovis</italic> isolates. Upon comparison with typing data of worldwide origin we observed that several isolates showed clustering characteristics compatible with new deep branching. Whole genome sequencing (WGS) of seven isolates and comparison with available WGS data from 38 genomes distributed in the different lineages confirms the identification of ancestral nodes for several clades and most importantly of one new lineage, here referred to as lineage 7. Investigation of specific deletions confirms the novelty of this lineage, and analysis of its precise phylogenetic position indicates that the other three superlineages constituting the MTBC emerged independently but within a relatively short timeframe from the Horn of Africa. The availability of such strains compared to the predominant lineages and sharing very ancient ancestry will open new avenues for identifying some of the genetic factors responsible for the success of the modern lineages. Additional deep branching lineages may be readily and efficiently identified by large-scale MLVA screening of isolates from sub-Saharan African countries followed by WGS analysis of a few selected isolates.</p>},
 103     number = {12},
 104     doi = {10.1371/journal.pone.0052841}
 105 }
 106
 107 @article{zafar2002coregenes,
 108   title={CoreGenes: A computational tool for identifying and cataloging},
 109   author={Zafar, Nikhat and Mazumder, Raja and Seto, Donald},
 110   journal={BMC bioinformatics},
 111   volume={3},
 112   number={1},
 113   pages={12},
 114   year={2002},
 115   publisher={BioMed Central Ltd}
 116 }
 117
 118 @Article{17623808,
 119 AUTHOR = {Gomez-Valero, Laura and Rocha, Eduardo P C and Latorre, Amparo and Silva, Francisco J},
 120 TITLE = {Reconstructing the ancestor of Mycobacterium leprae: the dynamics of gene loss and genome reduction.},
 121 JOURNAL = {Genome Res},
 122 VOLUME = {17},
 123 YEAR = {2007},
 124 NUMBER = {8},
 125 PAGES = {1178-85},
 126 URL = {http://www.biomedsearch.com/nih/Reconstructing-ancestor-Mycobacterium-leprae-dynamics/17623808.html},
 127 PubMedID = {17623808},
 128 ISSN = {1088-9051}
 129 }
 130 @article{Eisen2007,
 131     author = {Eisen, Jonathan A},
 132     journal = {PLoS Biol},
 133     publisher = {Public Library of Science},
 134     title = {Environmental Shotgun Sequencing: Its Potential and Challenges for Studying the Hidden World of Microbes},
 135     year = {2007},
 136     month = {03},
 137     volume = {5},
 138     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pbio.0050082},
 139     pages = {e82},
 140     abstract = {
 141         <p>Environmental shotgun sequencing promises to reveal novel and fundamental insights into the hidden world of microbes, but the complexity of analysis required to realize this potential poses unique interdisciplinary challenges.</p>
 142       },
 143     number = {3},
 144     doi = {10.1371/journal.pbio.0050082}
 145 }
 146 @Article{RDogma,
 147 AUTHOR = {Stacia K. Wyman, Robert K. Jansen and Jeffrey L. Boore},
 148 TITLE = {Automatic annotation of organellar genomes
 149 with DOGMA},
 150 JOURNAL = {BIOINFORMATICS, oxford Press},
 151 VOLUME = {20},
 152 YEAR = {2004},
 153 NUMBER = {172004},
 154 PAGES = {3252-3255},
 155 URL={http://www.biosci.utexas.edu/ib/faculty/jansen/pubs/Wyman%20et%20al.%202004.pdf},
 156 }
 157 @article{guindon2005phyml,
 158   title={PHYML Online—a web server for fast maximum likelihood-based phylogenetic inference},
 159   author={Guindon, Stephane and Lethiec, Franck and Duroux, Patrice and Gascuel, Olivier},
 160   journal={Nucleic acids research},
 161   volume={33},
 162   number={suppl 2},
 163   pages={W557--W559},
 164   year={2005},
 165   publisher={Oxford Univ Press}
 166 }
 167
 168 @article{goloboff2008tnt,
 169   title={TNT, a free program for phylogenetic analysis},
 170   author={Goloboff, Pablo A and Farris, James S and Nixon, Kevin C},
 171   journal={Cladistics},
 172   volume={24},
 173   number={5},
 174   pages={774--786},
 175   year={2008},
 176   publisher={Wiley Online Library}
 177 }
 178
 179 @article{stamatakis2008raxml,
 180   title={The RAxML 7.0. 4 Manual},
 181   author={Stamatakis, Alexandros},
 182   journal={Department of Computer Science. Ludwig-Maximilians-Universit{\"a}t M{\"u}nchen},
 183   year={2008}
 184 }
 185 @article{stamatakis2005raxml,
 186   title={RAxML-III: a fast program for maximum likelihood-based inference of large phylogenetic trees},
 187   author={Stamatakis, Alexandros and Ludwig, Thomas and Meier, Harald},
 188   journal={Bioinformatics},
 189   volume={21},
 190   number={4},
 191   pages={456--463},
 192   year={2005},
 193   publisher={Oxford Univ Press}
 194 }
 195
 196
 197 @article{Bakke2009,
 198     author = {Bakke, Peter AND Carney, Nick AND DeLoache, Will AND Gearing, Mary AND Ingvorsen, Kjeld AND Lotz, Matt AND McNair, Jay AND Penumetcha, Pallavi AND Simpson, Samantha AND Voss, Laura AND Win, Max AND Heyer, Laurie J. AND Campbell, A. Malcolm},
 199     journal = {PLoS ONE},
 200     publisher = {Public Library of Science},
 201     title = {Evaluation of Three Automated Genome Annotations for <italic>Halorhabdus utahensis</italic>},
 202     year = {2009},
 203     month = {07},
 204     volume = {4},
 205     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0006291},
 206     pages = {e6291},
 207     abstract = {
 208 <p>Genome annotations are accumulating rapidly and depend heavily on automated annotation systems. Many genome centers offer annotation systems but no one has compared their output in a systematic way to determine accuracy and inherent errors. Errors in the annotations are routinely deposited in databases such as NCBI and used to validate subsequent annotation errors. We submitted the genome sequence of halophilic archaeon <italic>Halorhabdus utahensis</italic> to be analyzed by three genome annotation services. We have examined the output from each service in a variety of ways in order to compare the methodology and effectiveness of the annotations, as well as to explore the genes, pathways, and physiology of the previously unannotated genome. The annotation services differ considerably in gene calls, features, and ease of use. We had to manually identify the origin of replication and the species-specific consensus ribosome-binding site. Additionally, we conducted laboratory experiments to test <italic>H. utahensis</italic> growth and enzyme activity. Current annotation practices need to improve in order to more accurately reflect a genome's biological potential. We make specific recommendations that could improve the quality of microbial annotation projects.</p>
 209 },
 210     number = {7},
 211     doi = {10.1371/journal.pone.0006291}
 212 }
 213
 214 @article{altschul1990basic,
 215   title={Basic local alignment search tool},
 216   author={Altschul, Stephen F and Gish, Warren and Miller, Webb and Myers, Eugene W and Lipman, David J},
 217   journal={Journal of molecular biology},
 218   volume={215},
 219   number={3},
 220   pages={403--410},
 221   year={1990},
 222   publisher={Elsevier}
 223 }
 224
 225 @article{geneVision,
 226   title={DNASTAR- GenVision Software for Genomic Visualizations},
 227   author={DNASTAR},
 228   url = {http://www.dnastar.com/products/genvision.php}
 229 }