Paper2/biblio.bib

   1 @article{Alkindy2014,
   2 author = {Alkindy B. \emph{et al}},
   3 title = {Find Core-Genes for Chloroplasts},
   4 volume = {},
   5 number = {},
   6 pages = {},
   7 year = {2014},
   8 doi = {},
   9 URL = {},
  10 journal = {}
  11 }
  12
  13 @article{Sayers01012011,
  14 author = {Sayers \emph{et al}},
  15 title = {Database resources of the National Center for Biotechnology Information},
  16 volume = {39},
  17 number = {suppl 1},
  18 pages = {D38-D51},
  19 year = {2011},
  20 doi = {10.1093/nar/gkq1172},
  21 URL = {http://nar.oxfordjournals.org/content/39/suppl_1/D38.abstract},
  22 eprint = {http://nar.oxfordjournals.org/content/39/suppl_1/D38.full.pdf+html},
  23 journal = {Nucleic Acids Research}
  24 }
  25
  26 @misc{acgs13:onp,
  27 inhal = {no},
  28 domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
  29 equipe = {and},
  30 classement = {COM},
  31 author = {Alkindy, Bassam and Couchot, Jean-Fran\c{c}ois and Guyeux, Christophe and Salomon, Michel},
  32 title = {Finding the core-genes of Chloroplast Species},
  33 howpublished = {Journ\'ees SeqBio 2013, Montpellier},
  34 month = nov,
  35 year = 2013,
  36
  37 }
  38
  39 @article{Rice2000,
  40   added-at = {2011-12-21T01:05:11.000+0100},
  41   author = {Rice, P. and Longden, I. and Bleasby, A.},
  42   biburl = {http://www.bibsonomy.org/bibtex/28f45367da937b4116be3db30538af20f/fairybasslet},
  43   interhash = {5d90f52b0e7101e8ee9c1cfb5eb3237b},
  44   intrahash = {8f45367da937b4116be3db30538af20f},
  45   journal = {Trends Genet},
  46   keywords = {imported},
  47   number = 6,
  48   pages = {276-7},
  49   timestamp = {2011-12-21T01:05:11.000+0100},
  50   title = {EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite},
  51   volume = 16,
  52   year = 2000
  53 }
  54
  55
  56
  57 @Article{RDogma,
  58 AUTHOR = {Stacia K. Wyman, Robert K. Jansen and Jeffrey L. Boore},
  59 TITLE = {Automatic annotation of organellar genomes
  60 with DOGMA},
  61 JOURNAL = {BIOINFORMATICS, oxford Press},
  62 VOLUME = {20},
  63 YEAR = {2004},
  64 NUMBER = {172004},
  65 PAGES = {3252-3255},
  66 URL={http://www.biosci.utexas.edu/ib/faculty/jansen/pubs/Wyman%20et%20al.%202004.pdf},
  67 }
  68
  69 @article{SMMR+13,
  70 title={Genomic analysis of smooth tubercle bacilli provides insights into ancestry and pathoadaptation of Mycobacterium tuberculosis},
  71 url={http://www.nature.com/ng/journal/v45/n2/full/ng.2517.html},
  72 DOI={10.1038/ng.2517},
  73 volume={45},
  74 number={2},
  75 journal={Nature Genetics},
  76 author={Philip Supply and Michael Marceau and Sophie Mangenot and David Roche and  Carine Rouanet and  Varun Khanna and  Laleh Majlessi and  Alexis Criscuolo and  Julien Tap and  Alexandre Pawlik},
  77 year={2013},
  78  pages={172–179}}
  79
  80 @article{CGOT10,
  81 title={Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods II},
  82 author={Cedric Chauve and  Haris Gavranovic and  Aida Ouangraoua and Eric Tannier},
  83 journal={Journal of Computational Biology},
  84 month=sep,
  85 year={2010},
  86 volume=17,
  87 number=9,
  88 pages={1097--1112},
  89 DOI={10.1089/cmb.2010.0092}
  90 }
  91
  92 @article{Eisen2007,
  93     author = {Eisen, Jonathan A},
  94     journal = {PLoS Biol},
  95     publisher = {Public Library of Science},
  96     title = {Environmental Shotgun Sequencing: Its Potential and Challenges for Studying the Hidden World of Microbes},
  97     year = {2007},
  98     month = {03},
  99     volume = {5},
 100     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pbio.0050082},
 101     pages = {e82},
 102     abstract = {
 103         <p>Environmental shotgun sequencing promises to reveal novel and fundamental insights into the hidden world of microbes, but the complexity of analysis required to realize this potential poses unique interdisciplinary challenges.</p>
 104       },
 105     number = {3},
 106     doi = {10.1371/journal.pbio.0050082}
 107 }
 108
 109 @article{de2002comparative,
 110   title={Comparative analysis of chloroplast genomes: functional annotation, genome-based phylogeny, and deduced evolutionary patterns},
 111   author={De Las Rivas, Javier and Lozano, Juan Jose and Ortiz, Angel R},
 112   journal={Genome research},
 113   volume={12},
 114   number={4},
 115   pages={567--583},
 116   year={2002},
 117   publisher={Cold Spring Harbor Lab}
 118 }
 119
 120 @article{liu2012cpgavas,
 121   title={CpGAVAS, an integrated web server for the annotation, visualization, analysis, and GenBank submission of completely sequenced chloroplast genome sequences},
 122   author={Zhang \emph{et al}},
 123   %Liu, Chang and Shi, Linchun and Zhu, Yingjie and Chen, Haimei and Zhang, Jianhui %and Lin, Xiaohan and Guan, Xiaojun},
 124   journal={BMC genomics},
 125   volume={13},
 126   number={1},
 127   pages={715},
 128   year={2012},
 129   publisher={BioMed Central Ltd}
 130 }
 131
 132 @article{parra2007cegma,
 133   title={CEGMA: a pipeline to accurately annotate core genes in eukaryotic genomes},
 134   author={Parra, Genis and Bradnam, Keith and Korf, Ian},
 135   journal={Bioinformatics},
 136   volume={23},
 137   number={9},
 138   pages={1061--1067},
 139   year={2007},
 140   publisher={Oxford Univ Press}
 141 }
 142
 143 @article{parra2000geneid,
 144   title={Geneid in drosophila},
 145   author={Parra, Gen{\'\i}s and Blanco, Enrique and Guig{\'o}, Roderic},
 146   journal={Genome research},
 147   volume={10},
 148   number={4},
 149   pages={511--515},
 150   year={2000},
 151   publisher={Cold Spring Harbor Lab}
 152 }
 153
 154 @article{birney2004genewise,
 155   title={GeneWise and genomewise},
 156   author={Birney, Ewan and Clamp, Michele and Durbin, Richard},
 157   journal={Genome research},
 158   volume={14},
 159   number={5},
 160   pages={988--995},
 161   year={2004},
 162   publisher={Cold Spring Harbor Lab}
 163 }
 164
 165 @article{apweiler1985swiss,
 166   title={SWISS-PROT AND ITS COMPUTER-ANNOTATED SUPPLEMENT TREMBL: HOW TO PRODUCE HIGH QUALITY AUTOMATIC ANNOTATION},
 167   author={Apweiler, Rolf and O’Donovan, Claire and Martin, Maria Jesus and Fleischmann, Wolfgang and Hermjakob, Henning and Moeller, Steffen and Contrino, Sergio and Junker, Vivien},
 168   journal={EUR. J. BIOCHEM},
 169   volume={147},
 170   pages={9--15},
 171   year={1985},
 172   url={http://www.ebi.ac.uk/ena/}
 173 }
 174
 175 @article{sugawara2008ddbj,
 176   title={DDBJ with new system and face},
 177   author={Sugawara, Hideaki and Ogasawara, Osamu and Okubo, Kousaku and Gojobori, Takashi and Tateno, Yoshio},
 178   journal={Nucleic acids research},
 179   volume={36},
 180   number={suppl 1},
 181   pages={D22--D24},
 182   year={2008},
 183   publisher={Oxford Univ Press}
 184 }
 185
 186 @article{chapman2000biopython,
 187   title={Biopython: Python tools for computational biology},
 188   author={Chapman, Brad and Chang, Jeffrey},
 189   journal={ACM SIGBIO Newsletter},
 190   volume={20},
 191   number={2},
 192   pages={15--19},
 193   year={2000},
 194   publisher={ACM}
 195 }
 196
 197 @incollection{FI09,
 198 year={2009},
 199 isbn={978-3-642-04743-5},
 200 booktitle={Comparative Genomics},
 201 volume={5817},
 202 series={Lecture Notes in Computer Science},
 203 editor={Ciccarelli, FrancescaD. and Miklós, István},
 204 doi={10.1007/978-3-642-04744-2_1},
 205 title={Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods},
 206 url={http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04744-2_1},
 207 publisher={Springer Berlin Heidelberg},
 208 author={Tannier, Eric},
 209 pages={1-12}
 210 }
 211
 212 @article{gansner2002drawing,
 213   title={Drawing graphs with dot},
 214   author={Gansner, Emden and Koutsofios, Eleftherios and North, Stephen},
 215   journal={Retrieved June},
 216   volume={13},
 217   pages={2005},
 218   year={2002}
 219 }
 220
 221 @article{10.1371/journal.pone.0052841,
 222     author ={Blouin \emph{et al}},
 223     %{Blouin, Yann AND Hauck, Yolande AND Soler,Charles AND Fabre, Michel AND Vong, Rithy ANDDehan, Céline AND Cazajous, Géraldine ANDMassoure, Pierre-Laurent AND Kraemer, PhilippeANDJenkins, Akinbowale AND Garnotel, EricAND Pourcel, Christine AND Vergnaud, Gilles}
 224     journal = {PLoS ONE},
 225     publisher = {Public Library of Science},
 226     title = {Significance of the Identification in the Horn of Africa of an Exceptionally Deep Branching \textit{Mycobacterium tuberculosis} Clade},
 227     year = {2012},
 228     month = {12},
 229     volume = {7},
 230     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0052841},
 231     pages = {e52841},
 232     number = {12},
 233     doi = {10.1371/journal.pone.0052841}
 234 }
 235
 236
 237
 238 @article{zafar2002coregenes,
 239   title={CoreGenes: A computational tool for identifying and cataloging},
 240   author={Zafar, Nikhat and Mazumder, Raja and Seto, Donald},
 241   journal={BMC bioinformatics},
 242   volume={3},
 243   number={1},
 244   pages={12},
 245   year={2002},
 246   publisher={BioMed Central Ltd}
 247 }
 248
 249 @Article{17623808,
 250 AUTHOR = {Gomez-Valero, Laura and Rocha, Eduardo P C and Latorre, Amparo and Silva, Francisco J},
 251 TITLE = {Reconstructing the ancestor of Mycobacterium leprae: the dynamics of gene loss and genome reduction.},
 252 JOURNAL = {Genome Res},
 253 VOLUME = {17},
 254 YEAR = {2007},
 255 NUMBER = {8},
 256 PAGES = {1178-85},
 257 URL = {http://www.biomedsearch.com/nih/Reconstructing-ancestor-Mycobacterium-leprae-dynamics/17623808.html},
 258 PubMedID = {17623808},
 259 ISSN = {1088-9051}
 260 }
 261
 262 @article{guindon2005phyml,
 263   title={PHYML Online—a web server for fast maximum likelihood-based phylogenetic inference},
 264   author={Guindon, Stephane and Lethiec, Franck and Duroux, Patrice and Gascuel, Olivier},
 265   journal={Nucleic acids research},
 266   volume={33},
 267   number={suppl 2},
 268   pages={W557--W559},
 269   year={2005},
 270   publisher={Oxford Univ Press}
 271 }
 272
 273 @article{goloboff2008tnt,
 274   title={TNT, a free program for phylogenetic analysis},
 275   author={Goloboff, Pablo A and Farris, James S and Nixon, Kevin C},
 276   journal={Cladistics},
 277   volume={24},
 278   number={5},
 279   pages={774--786},
 280   year={2008},
 281   publisher={Wiley Online Library}
 282 }
 283
 284 @article{stamatakis2008raxml,
 285   title={The RAxML 7.0. 4 Manual},
 286   author={Stamatakis, Alexandros},
 287   journal={Department of Computer Science. Ludwig-Maximilians-Universit{\"a}t M{\"u}nchen},
 288   year={2008}
 289 }
 290 @article{stamatakis2005raxml,
 291   title={RAxML-III: a fast program for maximum likelihood-based inference of large phylogenetic trees},
 292   author={Stamatakis, Alexandros and Ludwig, Thomas and Meier, Harald},
 293   journal={Bioinformatics},
 294   volume={21},
 295   number={4},
 296   pages={456--463},
 297   year={2005},
 298   publisher={Oxford Univ Press}
 299 }
 300
 301
 302 @article{Bakke2009,
 303     author = {Bakke \emph{et al}},
 304     journal = {PLoS ONE},
 305     publisher = {Public Library of Science},
 306     title = {Evaluation of Three Automated Genome Annotations for \textit{Halorhabdus utahensis}},
 307     year = {2009},
 308     month = {07},
 309     volume = {4},
 310     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0006291},
 311     pages = {e6291},
 312     number = {7},
 313     doi = {10.1371/journal.pone.0006291}
 314 }
 315
 316 @article{altschul1990basic,
 317   title={Basic local alignment search tool},
 318   author={Altschul, Stephen F and Gish, Warren and Miller, Webb and Myers, Eugene W and Lipman, David J},
 319   journal={Journal of molecular biology},
 320   volume={215},
 321   number={3},
 322   pages={403--410},
 323   year={1990},
 324   publisher={Elsevier}
 325 }
 326
 327 @article{geneVision,
 328   title={DNASTAR- GenVision Software for Genomic Visualizations},
 329   author={DNASTAR},
 330   url = {http://www.dnastar.com/products/genvision.php}
 331 }
 332
 333 @article{mcfadden2001primary,
 334   title={Primary and secondary endosymbiosis and the origin of plastids},
 335   author={McFadden, Geoffrey Ian},
 336   journal={Journal of Phycology},
 337   volume={37},
 338   number={6},
 339   pages={951--959},
 340   year={2001},
 341   publisher={Wiley Online Library}
 342 }
 343
 344 @article{li2013complete,
 345   title={Complete Chloroplast Genome Sequence of Holoparasite Cistanche deserticola (Orobanchaceae) Reveals Gene Loss and Horizontal Gene Transfer from Its Host Haloxylon ammodendron (Chenopodiaceae)},
 346   author={Li \emph{et al}},
 347   journal={PloS one},
 348   volume={8},
 349   number={3},
 350   pages={e58747},
 351   year={2013},
 352   publisher={Public Library of Science}
 353 }