Paper2/main.log

   1 This is pdfTeX, Version 3.1415926-1.40.10 (TeX Live 2009/Debian) (format=pdflatex 2012.11.30)  20 FEB 2014 10:24
   2 entering extended mode
   3  %&-line parsing enabled.
   4 **main.tex
   5 (./main.tex
   6 LaTeX2e <2009/09/24>
   7 Babel <v3.8l> and hyphenation patterns for english, usenglishmax, dumylang, noh
   8 yphenation, farsi, arabic, croatian, bulgarian, ukrainian, russian, czech, slov
   9 ak, danish, dutch, finnish, french, basque, ngerman, german, german-x-2009-06-1
  10 9, ngerman-x-2009-06-19, ibycus, monogreek, greek, ancientgreek, hungarian, san
  11 skrit, italian, latin, latvian, lithuanian, mongolian2a, mongolian, bokmal, nyn
  12 orsk, romanian, irish, coptic, serbian, turkish, welsh, esperanto, uppersorbian
  13 , estonian, indonesian, interlingua, icelandic, kurmanji, slovenian, polish, po
  14 rtuguese, spanish, galician, catalan, swedish, ukenglish, pinyin, loaded.
  15 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/article.cls
  16 Document Class: article 2007/10/19 v1.4h Standard LaTeX document class
  17 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/size10.clo
  18 File: size10.clo 2007/10/19 v1.4h Standard LaTeX file (size option)
  19 )
  20 \c@part=\count79
  21 \c@section=\count80
  22 \c@subsection=\count81
  23 \c@subsubsection=\count82
  24 \c@paragraph=\count83
  25 \c@subparagraph=\count84
  26 \c@figure=\count85
  27 \c@table=\count86
  28 \abovecaptionskip=\skip41
  29 \belowcaptionskip=\skip42
  30 \bibindent=\dimen102
  31 )
  32 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/subfig/subfig.sty
  33 Package: subfig 2005/06/28 ver: 1.3 subfig package
  34
  35 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/keyval.sty
  36 Package: keyval 1999/03/16 v1.13 key=value parser (DPC)
  37 \KV@toks@=\toks14
  38 )
  39 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/caption/caption.sty
  40 Package: caption 2009/10/09 v3.1k Customizing captions (AR)
  41
  42 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/caption/caption3.sty
  43 Package: caption3 2009/10/09 v3.1k caption3 kernel (AR)
  44 \captionmargin=\dimen103
  45 \captionmargin@=\dimen104
  46 \captionwidth=\dimen105
  47 \caption@indent=\dimen106
  48 \caption@parindent=\dimen107
  49 \caption@hangindent=\dimen108
  50 )
  51 \c@ContinuedFloat=\count87
  52 )
  53 \c@KVtest=\count88
  54 \sf@farskip=\skip43
  55 \sf@captopadj=\dimen109
  56 \sf@capskip=\skip44
  57 \sf@nearskip=\skip45
  58 \c@subfigure=\count89
  59 \c@subfigure@save=\count90
  60 \c@lofdepth=\count91
  61 \c@subtable=\count92
  62 \c@subtable@save=\count93
  63 \c@lotdepth=\count94
  64 \sf@top=\skip46
  65 \sf@bottom=\skip47
  66 )
  67 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/color.sty
  68 Package: color 2005/11/14 v1.0j Standard LaTeX Color (DPC)
  69
  70 (/etc/texmf/tex/latex/config/color.cfg
  71 File: color.cfg 2007/01/18 v1.5 color configuration of teTeX/TeXLive
  72 )
  73 Package color Info: Driver file: pdftex.def on input line 130.
  74
  75 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/pdftex-def/pdftex.def
  76 File: pdftex.def 2010/03/12 v0.04p Graphics/color for pdfTeX
  77 \Gread@gobject=\count95
  78 ))
  79 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/graphicx.sty
  80 Package: graphicx 1999/02/16 v1.0f Enhanced LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
  81
  82 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/graphics.sty
  83 Package: graphics 2009/02/05 v1.0o Standard LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
  84
  85 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/trig.sty
  86 Package: trig 1999/03/16 v1.09 sin cos tan (DPC)
  87 )
  88 (/etc/texmf/tex/latex/config/graphics.cfg
  89 File: graphics.cfg 2009/08/28 v1.8 graphics configuration of TeX Live
  90 )
  91 Package graphics Info: Driver file: pdftex.def on input line 91.
  92 )
  93 \Gin@req@height=\dimen110
  94 \Gin@req@width=\dimen111
  95 )
  96 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/ltxmisc/url.sty
  97 \Urlmuskip=\muskip10
  98 Package: url 2006/04/12  ver 3.3  Verb mode for urls, etc.
  99 )
 100 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/cite/cite.sty
 101 LaTeX Info: Redefining \cite on input line 285.
 102 LaTeX Info: Redefining \nocite on input line 356.
 103 Package: cite 2009/08/29  v 5.2
 104 )
 105 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/algorithms/algorithm.sty
 106 Package: algorithm 2009/08/24 v0.1 Document Style `algorithm' - floating enviro
 107 nment
 108
 109 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/float/float.sty
 110 Package: float 2001/11/08 v1.3d Float enhancements (AL)
 111 \c@float@type=\count96
 112 \float@exts=\toks15
 113 \float@box=\box26
 114 \@float@everytoks=\toks16
 115 \@floatcapt=\box27
 116 )
 117 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/ifthen.sty
 118 Package: ifthen 2001/05/26 v1.1c Standard LaTeX ifthen package (DPC)
 119 )
 120 \@float@every@algorithm=\toks17
 121 \c@algorithm=\count97
 122 )
 123 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/algorithms/algorithmic.sty
 124 Package: algorithmic 2009/08/24 v0.1 Document Style `algorithmic'
 125 \c@ALC@unique=\count98
 126 \c@ALC@line=\count99
 127 \c@ALC@rem=\count100
 128 \c@ALC@depth=\count101
 129 \ALC@tlm=\skip48
 130 \algorithmicindent=\skip49
 131 )
 132 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/oberdiek/pdflscape.sty
 133 Package: pdflscape 2008/08/11 v0.10 Landscape pages in PDF (HO)
 134
 135 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/lscape.sty
 136 Package: lscape 2000/10/22 v3.01 Landscape Pages (DPC)
 137 )
 138 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/ifpdf.sty
 139 Package: ifpdf 2009/04/10 v2.0 Provides the ifpdf switch (HO)
 140 Package ifpdf Info: pdfTeX in pdf mode detected.
 141 )
 142 Package pdflscape Info: Auto-detected driver: pdftex on input line 75.
 143
 144 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/ifxetex/ifxetex.sty
 145 Package: ifxetex 2009/01/23 v0.5 Provides ifxetex conditional
 146 ))
 147 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/preprint/authblk.sty
 148 Package: authblk 2001/02/27 1.3 (PWD)
 149 \affilsep=\skip50
 150 \@affilsep=\skip51
 151 \c@Maxaffil=\count102
 152 \c@authors=\count103
 153 \c@affil=\count104
 154 )
 155 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/fontenc.sty
 156 Package: fontenc 2005/09/27 v1.99g Standard LaTeX package
 157
 158 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/t1enc.def
 159 File: t1enc.def 2005/09/27 v1.99g Standard LaTeX file
 160 LaTeX Font Info:    Redeclaring font encoding T1 on input line 43.
 161 ))
 162 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/multirow/multirow.sty
 163 \bigstrutjot=\dimen112
 164 )
 165 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/tools/longtable.sty
 166 Package: longtable 2004/02/01 v4.11 Multi-page Table package (DPC)
 167 \LTleft=\skip52
 168 \LTright=\skip53
 169 \LTpre=\skip54
 170 \LTpost=\skip55
 171 \LTchunksize=\count105
 172 \LTcapwidth=\dimen113
 173 \LT@head=\box28
 174 \LT@firsthead=\box29
 175 \LT@foot=\box30
 176 \LT@lastfoot=\box31
 177 \LT@cols=\count106
 178 \LT@rows=\count107
 179 \c@LT@tables=\count108
 180 \c@LT@chunks=\count109
 181 \LT@p@ftn=\toks18
 182 )
 183 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amsmath.sty
 184 Package: amsmath 2000/07/18 v2.13 AMS math features
 185 \@mathmargin=\skip56
 186
 187 For additional information on amsmath, use the `?' option.
 188 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amstext.sty
 189 Package: amstext 2000/06/29 v2.01
 190
 191 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amsgen.sty
 192 File: amsgen.sty 1999/11/30 v2.0
 193 \@emptytoks=\toks19
 194 \ex@=\dimen114
 195 ))
 196 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amsbsy.sty
 197 Package: amsbsy 1999/11/29 v1.2d
 198 \pmbraise@=\dimen115
 199 )
 200 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amsopn.sty
 201 Package: amsopn 1999/12/14 v2.01 operator names
 202 )
 203 \inf@bad=\count110
 204 LaTeX Info: Redefining \frac on input line 211.
 205 \uproot@=\count111
 206 \leftroot@=\count112
 207 LaTeX Info: Redefining \overline on input line 307.
 208 \classnum@=\count113
 209 \DOTSCASE@=\count114
 210 LaTeX Info: Redefining \ldots on input line 379.
 211 LaTeX Info: Redefining \dots on input line 382.
 212 LaTeX Info: Redefining \cdots on input line 467.
 213 \Mathstrutbox@=\box32
 214 \strutbox@=\box33
 215 \big@size=\dimen116
 216 LaTeX Font Info:    Redeclaring font encoding OML on input line 567.
 217 LaTeX Font Info:    Redeclaring font encoding OMS on input line 568.
 218 \macc@depth=\count115
 219 \c@MaxMatrixCols=\count116
 220 \dotsspace@=\muskip11
 221 \c@parentequation=\count117
 222 \dspbrk@lvl=\count118
 223 \tag@help=\toks20
 224 \row@=\count119
 225 \column@=\count120
 226 \maxfields@=\count121
 227 \andhelp@=\toks21
 228 \eqnshift@=\dimen117
 229 \alignsep@=\dimen118
 230 \tagshift@=\dimen119
 231 \tagwidth@=\dimen120
 232 \totwidth@=\dimen121
 233 \lineht@=\dimen122
 234 \@envbody=\toks22
 235 \multlinegap=\skip57
 236 \multlinetaggap=\skip58
 237 \mathdisplay@stack=\toks23
 238 LaTeX Info: Redefining \[ on input line 2666.
 239 LaTeX Info: Redefining \] on input line 2667.
 240 )
 241 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/mh/mathtools.sty
 242 Package: mathtools 2008/08/01 v1.06 mathematical typesetting tools (MH)
 243
 244 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/tools/calc.sty
 245 Package: calc 2007/08/22 v4.3 Infix arithmetic (KKT,FJ)
 246 \calc@Acount=\count122
 247 \calc@Bcount=\count123
 248 \calc@Adimen=\dimen123
 249 \calc@Bdimen=\dimen124
 250 \calc@Askip=\skip59
 251 \calc@Bskip=\skip60
 252 LaTeX Info: Redefining \setlength on input line 76.
 253 LaTeX Info: Redefining \addtolength on input line 77.
 254 \calc@Ccount=\count124
 255 \calc@Cskip=\skip61
 256 )
 257 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/mh/mhsetup.sty
 258 Package: mhsetup 2007/12/03 v1.2 programming setup (MH)
 259 )
 260 \g_MT_multlinerow_int=\count125
 261 \l_MT_multwidth_dim=\dimen125
 262 )
 263 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/amssymb.sty
 264 Package: amssymb 2009/06/22 v3.00
 265
 266 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/amsfonts.sty
 267 Package: amsfonts 2009/06/22 v3.00 Basic AMSFonts support
 268 \symAMSa=\mathgroup4
 269 \symAMSb=\mathgroup5
 270 LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathfrak' in version `bold'
 271 (Font)                  U/euf/m/n --> U/euf/b/n on input line 96.
 272 ))
 273 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/ntheorem/ntheorem.sty
 274 Style `ntheorem', Version 1.25 <2005/07/07>
 275 Package: ntheorem 2005/07/07 1.25
 276 \theorem@style=\toks24
 277 \theorem@@style=\toks25
 278 \theorembodyfont=\toks26
 279 \theoremnumbering=\toks27
 280 \theorempreskipamount=\skip62
 281 \theorempostskipamount=\skip63
 282 \theoremindent=\dimen126
 283 \theorem@indent=\dimen127
 284 \theoremheaderfont=\toks28
 285 \theoremseparator=\toks29
 286 \theoremprework=\toks30
 287 \theorempostwork=\toks31
 288 \theoremsymbol=\toks32
 289 \qedsymbol=\toks33
 290 \theoremkeyword=\toks34
 291 \qedsymbol=\toks35
 292 \thm@topsepadd=\skip64
 293 Package ntheorem Info: Standard config file ntheorem.std used on input line 103
 294 8.
 295 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/ntheorem/ntheorem.std
 296 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/latexsym.sty
 297 Package: latexsym 1998/08/17 v2.2e Standard LaTeX package (lasy symbols)
 298 \symlasy=\mathgroup6
 299 LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `lasy' in version `bold'
 300 (Font)                  U/lasy/m/n --> U/lasy/b/n on input line 47.
 301 )
 302 \c@Theorem=\count126
 303 \c@theorem=\count127
 304 \c@Satz=\count128
 305 \c@satz=\count129
 306 \c@Proposition=\count130
 307 \c@proposition=\count131
 308 \c@Lemma=\count132
 309 \c@lemma=\count133
 310 \c@Korollar=\count134
 311 \c@korollar=\count135
 312 \c@Corollary=\count136
 313 \c@corollary=\count137
 314 \c@Example=\count138
 315 \c@example=\count139
 316 \c@Beispiel=\count140
 317 \c@beispiel=\count141
 318 \c@Bemerkung=\count142
 319 \c@bemerkung=\count143
 320 \c@Anmerkung=\count144
 321 \c@anmerkung=\count145
 322 \c@Remark=\count146
 323 \c@remark=\count147
 324 \c@Definition=\count148
 325 \c@definition=\count149
 326 \c@Proof=\count150
 327 \c@proof=\count151
 328 \c@Beweis=\count152
 329 \c@beweis=\count153
 330 ))
 331 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/stmaryrd/stmaryrd.sty
 332 Package: stmaryrd 1994/03/03 St Mary's Road symbol package
 333 \symstmry=\mathgroup7
 334 LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `stmry' in version `bold'
 335 (Font)                  U/stmry/m/n --> U/stmry/b/n on input line 89.
 336 )
 337 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/inputenc.sty
 338 Package: inputenc 2008/03/30 v1.1d Input encoding file
 339 \inpenc@prehook=\toks36
 340 \inpenc@posthook=\toks37
 341
 342 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/utf8.def
 343 File: utf8.def 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
 344 Now handling font encoding OML ...
 345 ... no UTF-8 mapping file for font encoding OML
 346 Now handling font encoding T1 ...
 347 ... processing UTF-8 mapping file for font encoding T1
 348
 349 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/t1enc.dfu
 350 File: t1enc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
 351    defining Unicode char U+00A1 (decimal 161)
 352    defining Unicode char U+00A3 (decimal 163)
 353    defining Unicode char U+00AB (decimal 171)
 354    defining Unicode char U+00BB (decimal 187)
 355    defining Unicode char U+00BF (decimal 191)
 356    defining Unicode char U+00C0 (decimal 192)
 357    defining Unicode char U+00C1 (decimal 193)
 358    defining Unicode char U+00C2 (decimal 194)
 359    defining Unicode char U+00C3 (decimal 195)
 360    defining Unicode char U+00C4 (decimal 196)
 361    defining Unicode char U+00C5 (decimal 197)
 362    defining Unicode char U+00C6 (decimal 198)
 363    defining Unicode char U+00C7 (decimal 199)
 364    defining Unicode char U+00C8 (decimal 200)
 365    defining Unicode char U+00C9 (decimal 201)
 366    defining Unicode char U+00CA (decimal 202)
 367    defining Unicode char U+00CB (decimal 203)
 368    defining Unicode char U+00CC (decimal 204)
 369    defining Unicode char U+00CD (decimal 205)
 370    defining Unicode char U+00CE (decimal 206)
 371    defining Unicode char U+00CF (decimal 207)
 372    defining Unicode char U+00D0 (decimal 208)
 373    defining Unicode char U+00D1 (decimal 209)
 374    defining Unicode char U+00D2 (decimal 210)
 375    defining Unicode char U+00D3 (decimal 211)
 376    defining Unicode char U+00D4 (decimal 212)
 377    defining Unicode char U+00D5 (decimal 213)
 378    defining Unicode char U+00D6 (decimal 214)
 379    defining Unicode char U+00D8 (decimal 216)
 380    defining Unicode char U+00D9 (decimal 217)
 381    defining Unicode char U+00DA (decimal 218)
 382    defining Unicode char U+00DB (decimal 219)
 383    defining Unicode char U+00DC (decimal 220)
 384    defining Unicode char U+00DD (decimal 221)
 385    defining Unicode char U+00DE (decimal 222)
 386    defining Unicode char U+00DF (decimal 223)
 387    defining Unicode char U+00E0 (decimal 224)
 388    defining Unicode char U+00E1 (decimal 225)
 389    defining Unicode char U+00E2 (decimal 226)
 390    defining Unicode char U+00E3 (decimal 227)
 391    defining Unicode char U+00E4 (decimal 228)
 392    defining Unicode char U+00E5 (decimal 229)
 393    defining Unicode char U+00E6 (decimal 230)
 394    defining Unicode char U+00E7 (decimal 231)
 395    defining Unicode char U+00E8 (decimal 232)
 396    defining Unicode char U+00E9 (decimal 233)
 397    defining Unicode char U+00EA (decimal 234)
 398    defining Unicode char U+00EB (decimal 235)
 399    defining Unicode char U+00EC (decimal 236)
 400    defining Unicode char U+00ED (decimal 237)
 401    defining Unicode char U+00EE (decimal 238)
 402    defining Unicode char U+00EF (decimal 239)
 403    defining Unicode char U+00F0 (decimal 240)
 404    defining Unicode char U+00F1 (decimal 241)
 405    defining Unicode char U+00F2 (decimal 242)
 406    defining Unicode char U+00F3 (decimal 243)
 407    defining Unicode char U+00F4 (decimal 244)
 408    defining Unicode char U+00F5 (decimal 245)
 409    defining Unicode char U+00F6 (decimal 246)
 410    defining Unicode char U+00F8 (decimal 248)
 411    defining Unicode char U+00F9 (decimal 249)
 412    defining Unicode char U+00FA (decimal 250)
 413    defining Unicode char U+00FB (decimal 251)
 414    defining Unicode char U+00FC (decimal 252)
 415    defining Unicode char U+00FD (decimal 253)
 416    defining Unicode char U+00FE (decimal 254)
 417    defining Unicode char U+00FF (decimal 255)
 418    defining Unicode char U+0102 (decimal 258)
 419    defining Unicode char U+0103 (decimal 259)
 420    defining Unicode char U+0104 (decimal 260)
 421    defining Unicode char U+0105 (decimal 261)
 422    defining Unicode char U+0106 (decimal 262)
 423    defining Unicode char U+0107 (decimal 263)
 424    defining Unicode char U+010C (decimal 268)
 425    defining Unicode char U+010D (decimal 269)
 426    defining Unicode char U+010E (decimal 270)
 427    defining Unicode char U+010F (decimal 271)
 428    defining Unicode char U+0110 (decimal 272)
 429    defining Unicode char U+0111 (decimal 273)
 430    defining Unicode char U+0118 (decimal 280)
 431    defining Unicode char U+0119 (decimal 281)
 432    defining Unicode char U+011A (decimal 282)
 433    defining Unicode char U+011B (decimal 283)
 434    defining Unicode char U+011E (decimal 286)
 435    defining Unicode char U+011F (decimal 287)
 436    defining Unicode char U+0130 (decimal 304)
 437    defining Unicode char U+0131 (decimal 305)
 438    defining Unicode char U+0132 (decimal 306)
 439    defining Unicode char U+0133 (decimal 307)
 440    defining Unicode char U+0139 (decimal 313)
 441    defining Unicode char U+013A (decimal 314)
 442    defining Unicode char U+013D (decimal 317)
 443    defining Unicode char U+013E (decimal 318)
 444    defining Unicode char U+0141 (decimal 321)
 445    defining Unicode char U+0142 (decimal 322)
 446    defining Unicode char U+0143 (decimal 323)
 447    defining Unicode char U+0144 (decimal 324)
 448    defining Unicode char U+0147 (decimal 327)
 449    defining Unicode char U+0148 (decimal 328)
 450    defining Unicode char U+014A (decimal 330)
 451    defining Unicode char U+014B (decimal 331)
 452    defining Unicode char U+0150 (decimal 336)
 453    defining Unicode char U+0151 (decimal 337)
 454    defining Unicode char U+0152 (decimal 338)
 455    defining Unicode char U+0153 (decimal 339)
 456    defining Unicode char U+0154 (decimal 340)
 457    defining Unicode char U+0155 (decimal 341)
 458    defining Unicode char U+0158 (decimal 344)
 459    defining Unicode char U+0159 (decimal 345)
 460    defining Unicode char U+015A (decimal 346)
 461    defining Unicode char U+015B (decimal 347)
 462    defining Unicode char U+015E (decimal 350)
 463    defining Unicode char U+015F (decimal 351)
 464    defining Unicode char U+0160 (decimal 352)
 465    defining Unicode char U+0161 (decimal 353)
 466    defining Unicode char U+0162 (decimal 354)
 467    defining Unicode char U+0163 (decimal 355)
 468    defining Unicode char U+0164 (decimal 356)
 469    defining Unicode char U+0165 (decimal 357)
 470    defining Unicode char U+016E (decimal 366)
 471    defining Unicode char U+016F (decimal 367)
 472    defining Unicode char U+0170 (decimal 368)
 473    defining Unicode char U+0171 (decimal 369)
 474    defining Unicode char U+0178 (decimal 376)
 475    defining Unicode char U+0179 (decimal 377)
 476    defining Unicode char U+017A (decimal 378)
 477    defining Unicode char U+017B (decimal 379)
 478    defining Unicode char U+017C (decimal 380)
 479    defining Unicode char U+017D (decimal 381)
 480    defining Unicode char U+017E (decimal 382)
 481    defining Unicode char U+200C (decimal 8204)
 482    defining Unicode char U+2013 (decimal 8211)
 483    defining Unicode char U+2014 (decimal 8212)
 484    defining Unicode char U+2018 (decimal 8216)
 485    defining Unicode char U+2019 (decimal 8217)
 486    defining Unicode char U+201A (decimal 8218)
 487    defining Unicode char U+201C (decimal 8220)
 488    defining Unicode char U+201D (decimal 8221)
 489    defining Unicode char U+201E (decimal 8222)
 490    defining Unicode char U+2030 (decimal 8240)
 491    defining Unicode char U+2031 (decimal 8241)
 492    defining Unicode char U+2039 (decimal 8249)
 493    defining Unicode char U+203A (decimal 8250)
 494    defining Unicode char U+2423 (decimal 9251)
 495 )
 496 Now handling font encoding OT1 ...
 497 ... processing UTF-8 mapping file for font encoding OT1
 498
 499 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/ot1enc.dfu
 500 File: ot1enc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
 501    defining Unicode char U+00A1 (decimal 161)
 502    defining Unicode char U+00A3 (decimal 163)
 503    defining Unicode char U+00B8 (decimal 184)
 504    defining Unicode char U+00BF (decimal 191)
 505    defining Unicode char U+00C5 (decimal 197)
 506    defining Unicode char U+00C6 (decimal 198)
 507    defining Unicode char U+00D8 (decimal 216)
 508    defining Unicode char U+00DF (decimal 223)
 509    defining Unicode char U+00E6 (decimal 230)
 510    defining Unicode char U+00EC (decimal 236)
 511    defining Unicode char U+00ED (decimal 237)
 512    defining Unicode char U+00EE (decimal 238)
 513    defining Unicode char U+00EF (decimal 239)
 514    defining Unicode char U+00F8 (decimal 248)
 515    defining Unicode char U+0131 (decimal 305)
 516    defining Unicode char U+0141 (decimal 321)
 517    defining Unicode char U+0142 (decimal 322)
 518    defining Unicode char U+0152 (decimal 338)
 519    defining Unicode char U+0153 (decimal 339)
 520    defining Unicode char U+2013 (decimal 8211)
 521    defining Unicode char U+2014 (decimal 8212)
 522    defining Unicode char U+2018 (decimal 8216)
 523    defining Unicode char U+2019 (decimal 8217)
 524    defining Unicode char U+201C (decimal 8220)
 525    defining Unicode char U+201D (decimal 8221)
 526 )
 527 Now handling font encoding OMS ...
 528 ... processing UTF-8 mapping file for font encoding OMS
 529
 530 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/omsenc.dfu
 531 File: omsenc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
 532    defining Unicode char U+00A7 (decimal 167)
 533    defining Unicode char U+00B6 (decimal 182)
 534    defining Unicode char U+00B7 (decimal 183)
 535    defining Unicode char U+2020 (decimal 8224)
 536    defining Unicode char U+2021 (decimal 8225)
 537    defining Unicode char U+2022 (decimal 8226)
 538 )
 539 Now handling font encoding OMX ...
 540 ... no UTF-8 mapping file for font encoding OMX
 541 Now handling font encoding U ...
 542 ... no UTF-8 mapping file for font encoding U
 543    defining Unicode char U+00A9 (decimal 169)
 544    defining Unicode char U+00AA (decimal 170)
 545    defining Unicode char U+00AE (decimal 174)
 546    defining Unicode char U+00BA (decimal 186)
 547    defining Unicode char U+02C6 (decimal 710)
 548    defining Unicode char U+02DC (decimal 732)
 549    defining Unicode char U+200C (decimal 8204)
 550    defining Unicode char U+2026 (decimal 8230)
 551    defining Unicode char U+2122 (decimal 8482)
 552    defining Unicode char U+2423 (decimal 9251)
 553 ))
 554 (/usr/share/texmf/tex/latex/pgf/frontendlayer/tikz.sty
 555 (/usr/share/texmf/tex/latex/pgf/basiclayer/pgf.sty
 556 (/usr/share/texmf/tex/latex/pgf/utilities/pgfrcs.sty
 557 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/utilities/pgfutil-common.tex
 558 \pgfutil@everybye=\toks38
 559 )
 560 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/utilities/pgfutil-latex.def
 561 \pgfutil@abb=\box34
 562
 563 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/ms/everyshi.sty
 564 Package: everyshi 2001/05/15 v3.00 EveryShipout Package (MS)
 565 ))
 566 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/utilities/pgfrcs.code.tex
 567 Package: pgfrcs 2010/10/25 v2.10 (rcs-revision 1.24)
 568 ))
 569 Package: pgf 2008/01/15 v2.10 (rcs-revision 1.12)
 570
 571 (/usr/share/texmf/tex/latex/pgf/basiclayer/pgfcore.sty
 572 (/usr/share/texmf/tex/latex/pgf/systemlayer/pgfsys.sty
 573 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/systemlayer/pgfsys.code.tex
 574 Package: pgfsys 2010/06/30 v2.10 (rcs-revision 1.37)
 575
 576 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/utilities/pgfkeys.code.tex
 577 \pgfkeys@pathtoks=\toks39
 578 \pgfkeys@temptoks=\toks40
 579
 580 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/utilities/pgfkeysfiltered.code.tex
 581 \pgfkeys@tmptoks=\toks41
 582 ))
 583 \pgf@x=\dimen128
 584 \pgf@y=\dimen129
 585 \pgf@xa=\dimen130
 586 \pgf@ya=\dimen131
 587 \pgf@xb=\dimen132
 588 \pgf@yb=\dimen133
 589 \pgf@xc=\dimen134
 590 \pgf@yc=\dimen135
 591 \w@pgf@writea=\write3
 592 \r@pgf@reada=\read1
 593 \c@pgf@counta=\count154
 594 \c@pgf@countb=\count155
 595 \c@pgf@countc=\count156
 596 \c@pgf@countd=\count157
 597
 598 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/systemlayer/pgf.cfg
 599 File: pgf.cfg 2008/05/14  (rcs-revision 1.7)
 600 )
 601 Package pgfsys Info: Driver file for pgf: pgfsys-pdftex.def on input line 900.
 602
 603 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/systemlayer/pgfsys-pdftex.def
 604 File: pgfsys-pdftex.def 2009/05/22  (rcs-revision 1.26)
 605
 606 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/systemlayer/pgfsys-common-pdf.def
 607 File: pgfsys-common-pdf.def 2008/05/19  (rcs-revision 1.10)
 608 )))
 609 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/systemlayer/pgfsyssoftpath.code.tex
 610 File: pgfsyssoftpath.code.tex 2008/07/18  (rcs-revision 1.7)
 611 \pgfsyssoftpath@smallbuffer@items=\count158
 612 \pgfsyssoftpath@bigbuffer@items=\count159
 613 )
 614 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/systemlayer/pgfsysprotocol.code.tex
 615 File: pgfsysprotocol.code.tex 2006/10/16  (rcs-revision 1.4)
 616 ))
 617 (/usr/share/texmf/tex/latex/xcolor/xcolor.sty
 618 Package: xcolor 2007/01/21 v2.11 LaTeX color extensions (UK)
 619
 620 (/etc/texmf/tex/latex/config/color.cfg
 621 File: color.cfg 2007/01/18 v1.5 color configuration of teTeX/TeXLive
 622 )
 623 Package xcolor Info: Driver file: pdftex.def on input line 225.
 624 LaTeX Info: Redefining \color on input line 702.
 625 Package xcolor Info: Model `cmy' substituted by `cmy0' on input line 1337.
 626 Package xcolor Info: Model `hsb' substituted by `rgb' on input line 1341.
 627 Package xcolor Info: Model `RGB' extended on input line 1353.
 628 Package xcolor Info: Model `HTML' substituted by `rgb' on input line 1355.
 629 Package xcolor Info: Model `Hsb' substituted by `hsb' on input line 1356.
 630 Package xcolor Info: Model `tHsb' substituted by `hsb' on input line 1357.
 631 Package xcolor Info: Model `HSB' substituted by `hsb' on input line 1358.
 632 Package xcolor Info: Model `Gray' substituted by `gray' on input line 1359.
 633 Package xcolor Info: Model `wave' substituted by `hsb' on input line 1360.
 634 )
 635 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcore.code.tex
 636 Package: pgfcore 2010/04/11 v2.10 (rcs-revision 1.7)
 637
 638 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/math/pgfmath.code.tex
 639 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/math/pgfmathcalc.code.tex
 640 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/math/pgfmathutil.code.tex)
 641 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/math/pgfmathparser.code.tex
 642 \pgfmath@dimen=\dimen136
 643 \pgfmath@count=\count160
 644 \pgfmath@box=\box35
 645 \pgfmath@toks=\toks42
 646 \pgfmath@stack@operand=\toks43
 647 \pgfmath@stack@operation=\toks44
 648 )
 649 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/math/pgfmathfunctions.code.tex
 650 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/math/pgfmathfunctions.basic.code.tex)
 651 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/math/pgfmathfunctions.trigonometric.code.tex)
 652 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/math/pgfmathfunctions.random.code.tex)
 653 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/math/pgfmathfunctions.comparison.code.tex)
 654 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/math/pgfmathfunctions.base.code.tex)
 655 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/math/pgfmathfunctions.round.code.tex)
 656 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/math/pgfmathfunctions.misc.code.tex)))
 657 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/math/pgfmathfloat.code.tex
 658 \c@pgfmathroundto@lastzeros=\count161
 659 ))
 660 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcorepoints.code.tex
 661 File: pgfcorepoints.code.tex 2010/04/09  (rcs-revision 1.20)
 662 \pgf@picminx=\dimen137
 663 \pgf@picmaxx=\dimen138
 664 \pgf@picminy=\dimen139
 665 \pgf@picmaxy=\dimen140
 666 \pgf@pathminx=\dimen141
 667 \pgf@pathmaxx=\dimen142
 668 \pgf@pathminy=\dimen143
 669 \pgf@pathmaxy=\dimen144
 670 \pgf@xx=\dimen145
 671 \pgf@xy=\dimen146
 672 \pgf@yx=\dimen147
 673 \pgf@yy=\dimen148
 674 \pgf@zx=\dimen149
 675 \pgf@zy=\dimen150
 676 )
 677 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcorepathconstruct.code.tex
 678 File: pgfcorepathconstruct.code.tex 2010/08/03  (rcs-revision 1.24)
 679 \pgf@path@lastx=\dimen151
 680 \pgf@path@lasty=\dimen152
 681 )
 682 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcorepathusage.code.tex
 683 File: pgfcorepathusage.code.tex 2008/04/22  (rcs-revision 1.12)
 684 \pgf@shorten@end@additional=\dimen153
 685 \pgf@shorten@start@additional=\dimen154
 686 )
 687 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcorescopes.code.tex
 688 File: pgfcorescopes.code.tex 2010/09/08  (rcs-revision 1.34)
 689 \pgfpic=\box36
 690 \pgf@hbox=\box37
 691 \pgf@layerbox@main=\box38
 692 \pgf@picture@serial@count=\count162
 693 )
 694 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcoregraphicstate.code.tex
 695 File: pgfcoregraphicstate.code.tex 2008/04/22  (rcs-revision 1.9)
 696 \pgflinewidth=\dimen155
 697 )
 698 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcoretransformations.code.tex
 699 File: pgfcoretransformations.code.tex 2009/06/10  (rcs-revision 1.11)
 700 \pgf@pt@x=\dimen156
 701 \pgf@pt@y=\dimen157
 702 \pgf@pt@temp=\dimen158
 703 )
 704 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcorequick.code.tex
 705 File: pgfcorequick.code.tex 2008/10/09  (rcs-revision 1.3)
 706 )
 707 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcoreobjects.code.tex
 708 File: pgfcoreobjects.code.tex 2006/10/11  (rcs-revision 1.2)
 709 )
 710 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcorepathprocessing.code.tex
 711 File: pgfcorepathprocessing.code.tex 2008/10/09  (rcs-revision 1.8)
 712 )
 713 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcorearrows.code.tex
 714 File: pgfcorearrows.code.tex 2008/04/23  (rcs-revision 1.11)
 715 )
 716 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcoreshade.code.tex
 717 File: pgfcoreshade.code.tex 2008/11/23  (rcs-revision 1.13)
 718 \pgf@max=\dimen159
 719 \pgf@sys@shading@range@num=\count163
 720 )
 721 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcoreimage.code.tex
 722 File: pgfcoreimage.code.tex 2010/03/25  (rcs-revision 1.16)
 723
 724 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcoreexternal.code.tex
 725 File: pgfcoreexternal.code.tex 2010/09/01  (rcs-revision 1.17)
 726 \pgfexternal@startupbox=\box39
 727 ))
 728 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcorelayers.code.tex
 729 File: pgfcorelayers.code.tex 2010/08/27  (rcs-revision 1.2)
 730 )
 731 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcoretransparency.code.tex
 732 File: pgfcoretransparency.code.tex 2008/01/17  (rcs-revision 1.2)
 733 )
 734 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/basiclayer/pgfcorepatterns.code.tex
 735 File: pgfcorepatterns.code.tex 2009/07/02  (rcs-revision 1.3)
 736 )))
 737 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/modules/pgfmoduleshapes.code.tex
 738 File: pgfmoduleshapes.code.tex 2010/09/09  (rcs-revision 1.13)
 739 \pgfnodeparttextbox=\box40
 740 )
 741 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/modules/pgfmoduleplot.code.tex
 742 File: pgfmoduleplot.code.tex 2010/10/22  (rcs-revision 1.8)
 743 )
 744 (/usr/share/texmf/tex/latex/pgf/compatibility/pgfcomp-version-0-65.sty
 745 Package: pgfcomp-version-0-65 2007/07/03 v2.10 (rcs-revision 1.7)
 746 \pgf@nodesepstart=\dimen160
 747 \pgf@nodesepend=\dimen161
 748 )
 749 (/usr/share/texmf/tex/latex/pgf/compatibility/pgfcomp-version-1-18.sty
 750 Package: pgfcomp-version-1-18 2007/07/23 v2.10 (rcs-revision 1.1)
 751 ))
 752 (/usr/share/texmf/tex/latex/pgf/utilities/pgffor.sty
 753 (/usr/share/texmf/tex/latex/pgf/utilities/pgfkeys.sty
 754 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/utilities/pgfkeys.code.tex))
 755 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/utilities/pgffor.code.tex
 756 Package: pgffor 2010/03/23 v2.10 (rcs-revision 1.18)
 757 \pgffor@iter=\dimen162
 758 \pgffor@skip=\dimen163
 759 \pgffor@stack=\toks45
 760 \pgffor@toks=\toks46
 761 ))
 762 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/frontendlayer/tikz/tikz.code.tex
 763 Package: tikz 2010/10/13 v2.10 (rcs-revision 1.76)
 764
 765 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/libraries/pgflibraryplothandlers.code.tex
 766 File: pgflibraryplothandlers.code.tex 2010/05/31 v2.10 (rcs-revision 1.15)
 767 \pgf@plot@mark@count=\count164
 768 \pgfplotmarksize=\dimen164
 769 )
 770 \tikz@lastx=\dimen165
 771 \tikz@lasty=\dimen166
 772 \tikz@lastxsaved=\dimen167
 773 \tikz@lastysaved=\dimen168
 774 \tikzleveldistance=\dimen169
 775 \tikzsiblingdistance=\dimen170
 776 \tikz@figbox=\box41
 777 \tikz@tempbox=\box42
 778 \tikztreelevel=\count165
 779 \tikznumberofchildren=\count166
 780 \tikznumberofcurrentchild=\count167
 781 \tikz@fig@count=\count168
 782
 783 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/modules/pgfmodulematrix.code.tex
 784 File: pgfmodulematrix.code.tex 2010/08/24  (rcs-revision 1.4)
 785 \pgfmatrixcurrentrow=\count169
 786 \pgfmatrixcurrentcolumn=\count170
 787 \pgf@matrix@numberofcolumns=\count171
 788 )
 789 \tikz@expandcount=\count172
 790
 791 (/usr/share/texmf/tex/generic/pgf/frontendlayer/tikz/libraries/tikzlibrarytopat
 792 hs.code.tex
 793 File: tikzlibrarytopaths.code.tex 2008/06/17 v2.10 (rcs-revision 1.2)
 794 ))) (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/rotating/rotating.sty
 795 Package: rotating 2009/03/28 v2.16a rotated objects in LaTeX
 796 \c@r@tfl@t=\count173
 797 \rotFPtop=\skip65
 798 \rotFPbot=\skip66
 799 \rot@float@box=\box43
 800 \rot@mess@toks=\toks47
 801 )
 802 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/blindtext/blindtext.sty
 803 Package: blindtext 2009/06/14 V1.9b blindtext-Package
 804
 805 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/tools/xspace.sty
 806 Package: xspace 2006/05/08 v1.12 Space after command names (DPC,MH)
 807 )
 808 \c@blindtext=\count174
 809 \c@Blindtext=\count175
 810 \blind@countxx=\count176
 811 \blindtext@numBlindtext=\count177
 812 \blind@countyy=\count178
 813 \c@blindlist=\count179
 814 \c@blindlistlevel=\count180
 815 \c@blindlist@level=\count181
 816 \blind@listitem=\count182
 817 \c@blind@listcount=\count183
 818 \c@blind@levelcount=\count184
 819 \blind@mathformula=\count185
 820 \blind@Mathformula=\count186
 821 ) (./main.aux
 822
 823 LaTeX Warning: Label `fig:sizes of core and pan' multiply defined.
 824
 825 )
 826 \openout1 = `main.aux'.
 827
 828 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OML/cmm/m/it on input line 39.
 829 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 39.
 830 LaTeX Font Info:    Checking defaults for T1/cmr/m/n on input line 39.
 831 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 39.
 832 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OT1/cmr/m/n on input line 39.
 833 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 39.
 834 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMS/cmsy/m/n on input line 39.
 835 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 39.
 836 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMX/cmex/m/n on input line 39.
 837 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 39.
 838 LaTeX Font Info:    Checking defaults for U/cmr/m/n on input line 39.
 839 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 39.
 840 Package caption Info: Begin \AtBeginDocument code.
 841 Package caption3 Info: subfig package 1.2 or 1.3 is loaded.
 842 LaTeX Info: Redefining \subref on input line 39.
 843 Package caption Info: float package is loaded.
 844 Package caption Info: longtable package is loaded.
 845  (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/caption/ltcaption.sty
 846 Package: ltcaption 2008/03/28 v1.2 longtable captions (AR)
 847 )
 848 Package caption Info: rotating package is loaded.
 849 Package caption Info: End \AtBeginDocument code.
 850
 851 (/usr/share/texmf-texlive/tex/context/base/supp-pdf.mkii
 852 [Loading MPS to PDF converter (version 2006.09.02).]
 853 \scratchcounter=\count187
 854 \scratchdimen=\dimen171
 855 \scratchbox=\box44
 856 \nofMPsegments=\count188
 857 \nofMParguments=\count189
 858 \everyMPshowfont=\toks48
 859 \MPscratchCnt=\count190
 860 \MPscratchDim=\dimen172
 861 \MPnumerator=\count191
 862 \everyMPtoPDFconversion=\toks49
 863 ) ABD: EveryShipout initializing macros
 864 LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+msa on input line 41.
 865
 866 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/umsa.fd
 867 File: umsa.fd 2009/06/22 v3.00 AMS symbols A
 868 )
 869 LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+msb on input line 41.
 870
 871 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/umsb.fd
 872 File: umsb.fd 2009/06/22 v3.00 AMS symbols B
 873 )
 874 LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+lasy on input line 41.
 875
 876 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/ulasy.fd
 877 File: ulasy.fd 1998/08/17 v2.2e LaTeX symbol font definitions
 878 )
 879 LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+stmry on input line 41.
 880
 881 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/stmaryrd/Ustmry.fd) (./abstract.tex)
 882 (./intro.tex [1
 883
 884 {/var/lib/texmf/fonts/map/pdftex/updmap/pdftex.map}] [2])
 885 (./general.tex <Whole_system.png, id=18, 767.86874pt x 332.24126pt>
 886 File: Whole_system.png Graphic file (type png)
 887
 888 <use Whole_system.png> [3 <./Whole_system.png (PNG copy)>]) (./classEquiv.tex
 889 [4] [5]) (./Mixed.tex <gensim.png, id=40, 927.465pt x 638.385pt>
 890 File: gensim.png Graphic file (type png)
 891
 892 <use gensim.png> [6]
 893 Overfull \hbox (5.64026pt too wide) in paragraph at lines 52--53
 894 []\T1/cmr/m/n/10 The pro-posed dis-tance is the Lev-en-shtein one, which is clo
 895 se to the Needleman-
 896  []
 897
 898 [7 <./gensim.png (PNG copy)>]
 899
 900 LaTeX Warning: Reference `wholesystem' on page 8 undefined on input line 70.
 901
 902 [8]) (./implementation.tex
 903 Overfull \hbox (5.78264pt too wide) in paragraph at lines 14--14
 904 []\T1/cmr/m/n/7 Name|
 905  []
 906
 907
 908 Overfull \hbox (5.05746pt too wide) in paragraph at lines 14--14
 909 []\T1/cmr/m/n/7 Seq|
 910  []
 911
 912
 913 Overfull \hbox (2.98024pt too wide) in paragraph at lines 11--22
 914 [][]
 915  []
 916
 917
 918 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 11--22
 919
 920  []
 921
 922 [9]
 923 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 73--73
 924 []\T1/cmr/m/n/7 Load
 925  []
 926
 927
 928 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 73--73
 929 []\T1/cmr/m/n/7 Conv.
 930  []
 931
 932
 933 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 73--73
 934 []\T1/cmr/m/n/7 Read
 935  []
 936
 937
 938 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 73--73
 939 []\T1/cmr/m/n/7 Core
 940  []
 941
 942
 943 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 73--74
 944 []\T1/cmr/m/n/7 Core
 945  []
 946
 947 <coregenome.png, id=59, 672.5125pt x 372.39125pt>
 948 File: coregenome.png Graphic file (type png)
 949  <use coregenome.png>
 950 <pangenome.png, id=60, 712.6625pt x 379.4175pt>
 951 File: pangenome.png Graphic file (type png)
 952  <use pangenome.png>
 953 Overfull \hbox (6.66504pt too wide) in paragraph at lines 92--97
 954 [][] []
 955  []
 956
 957 <cover_ncbi.png, id=61, 813.0375pt x 654.445pt>
 958 File: cover_ncbi.png Graphic file (type png)
 959  <use cover_ncbi.png>
 960 <cover_dogma.png, id=62, 758.835pt x 718.685pt>
 961 File: cover_dogma.png Graphic file (type png)
 962  <use cover_dogma.png>
 963 Overfull \hbox (6.66504pt too wide) in paragraph at lines 105--110
 964 [][] []
 965  []
 966
 967 [10]) (./discussion.tex
 968 LaTeX Font Info:    Try loading font information for T1+cmtt on input line 156.
 969
 970  (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/t1cmtt.fd
 971 File: t1cmtt.fd 1999/05/25 v2.5h Standard LaTeX font definitions
 972 )
 973 Overfull \hbox (3.26242pt too wide) in paragraph at lines 155--170
 974 \T1/cmr/m/n/10 tained with DOGMA, see $\T1/cmtt/m/n/10 http : / / members . fem
 975 to-[]st . fr / christophe-[]guyeux /
 976  []
 977
 978 [11 <./coregenome.png (PNG copy)> <./pangenome.png (PNG copy)> <./cover_ncbi.pn
 979 g (PNG copy)> <./cover_dogma.png (PNG copy)>]) (./conclusion.tex [12])
 980 (./main.bbl [13])
 981 \tf@thm=\write4
 982 \openout4 = `main.thm'.
 983
 984  [14] (./main.aux)
 985
 986 LaTeX Warning: There were undefined references.
 987
 988
 989 LaTeX Warning: There were multiply-defined labels.
 990
 991  )
 992 Here is how much of TeX's memory you used:
 993  13868 strings out of 493848
 994  240951 string characters out of 1152822
 995  297521 words of memory out of 3000000
 996  16773 multiletter control sequences out of 15000+50000
 997  22851 words of font info for 67 fonts, out of 3000000 for 9000
 998  717 hyphenation exceptions out of 8191
 999  56i,12n,55p,1127b,750s stack positions out of 5000i,500n,10000p,200000b,50000s
1000 {/usr/share/texmf/fonts/enc/dvips/cm-super/cm-super-t1.enc}</usr/share/texmf-
1001 texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmex10.pfb></usr/share/texmf-texlive/fon
1002 ts/type1/public/amsfonts/cm/cmmi10.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/pu
1003 blic/amsfonts/cm/cmmi5.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfont
1004 s/cm/cmmi7.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr10.p
1005 fb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr5.pfb></usr/shar
1006 e/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr7.pfb></usr/share/texmf-texli
1007 ve/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmsy10.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/ty
1008 pe1/public/amsfonts/cm/cmsy5.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/a
1009 msfonts/cm/cmsy7.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/symb
1010 ols/msam10.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/public/cm-super/sfbx0500.pfb></usr
1011 /share/texmf/fonts/type1/public/cm-super/sfbx0900.pfb></usr/share/texmf/fonts/t
1012 ype1/public/cm-super/sfbx1000.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/public/cm-super
1013 /sfbx1200.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/public/cm-super/sfbx1440.pfb></usr/
1014 share/texmf/fonts/type1/public/cm-super/sfrm0500.pfb></usr/share/texmf/fonts/ty
1015 pe1/public/cm-super/sfrm0700.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/public/cm-super/
1016 sfrm0800.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/public/cm-super/sfrm0900.pfb></usr/s
1017 hare/texmf/fonts/type1/public/cm-super/sfrm1000.pfb></usr/share/texmf/fonts/typ
1018 e1/public/cm-super/sfrm1200.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/public/cm-super/s
1019 frm1728.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/public/cm-super/sfti1000.pfb></usr/sh
1020 are/texmf/fonts/type1/public/cm-super/sftt1000.pfb>
1021 Output written on main.pdf (14 pages, 909089 bytes).
1022 PDF statistics:
1023  158 PDF objects out of 1000 (max. 8388607)
1024  0 named destinations out of 1000 (max. 500000)
1025  43 words of extra memory for PDF output out of 10000 (max. 10000000)
1026