biblio.bib

   1 @article{Sayers01012011,
   2 author = {Sayers \emph{et al}},
   3 title = {Database resources of the National Center for Biotechnology Information},
   4 volume = {39},
   5 number = {suppl 1},
   6 pages = {D38-D51},
   7 year = {2011},
   8 doi = {10.1093/nar/gkq1172},
   9 URL = {http://nar.oxfordjournals.org/content/39/suppl_1/D38.abstract},
  10 eprint = {http://nar.oxfordjournals.org/content/39/suppl_1/D38.full.pdf+html},
  11 journal = {Nucleic Acids Research}
  12 }
  13
  14 @Article{RDogma,
  15 AUTHOR = {Stacia K. Wyman, Robert K. Jansen and Jeffrey L. Boore},
  16 TITLE = {Automatic annotation of organellar genomes
  17 with DOGMA},
  18 JOURNAL = {BIOINFORMATICS, oxford Press},
  19 VOLUME = {20},
  20 YEAR = {2004},
  21 NUMBER = {172004},
  22 PAGES = {3252-3255},
  23 URL={http://www.biosci.utexas.edu/ib/faculty/jansen/pubs/Wyman%20et%20al.%202004.pdf},
  24 }
  25
  26 @article{SMMR+13,
  27 title={Genomic analysis of smooth tubercle bacilli provides insights into ancestry and pathoadaptation of Mycobacterium tuberculosis},
  28 url={http://www.nature.com/ng/journal/v45/n2/full/ng.2517.html},
  29 DOI={10.1038/ng.2517},
  30 volume={45},
  31 number={2},
  32 journal={Nature Genetics},
  33 author={Philip Supply and Michael Marceau and Sophie Mangenot and David Roche and  Carine Rouanet and  Varun Khanna and  Laleh Majlessi and  Alexis Criscuolo and  Julien Tap and  Alexandre Pawlik},
  34 year={2013},
  35  pages={172–179}}
  36
  37 @article{CGOT10,
  38 title={Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods II},
  39 author={Cedric Chauve and  Haris Gavranovic and  Aida Ouangraoua and Eric Tannier},
  40 journal={Journal of Computational Biology},
  41 month=sep,
  42 year={2010},
  43 volume=17,
  44 number=9,
  45 pages={1097--1112},
  46 DOI={10.1089/cmb.2010.0092}
  47 }
  48
  49 @article{Eisen2007,
  50     author = {Eisen, Jonathan A},
  51     journal = {PLoS Biol},
  52     publisher = {Public Library of Science},
  53     title = {Environmental Shotgun Sequencing: Its Potential and Challenges for Studying the Hidden World of Microbes},
  54     year = {2007},
  55     month = {03},
  56     volume = {5},
  57     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pbio.0050082},
  58     pages = {e82},
  59     abstract = {
  60         <p>Environmental shotgun sequencing promises to reveal novel and fundamental insights into the hidden world of microbes, but the complexity of analysis required to realize this potential poses unique interdisciplinary challenges.</p>
  61       },
  62     number = {3},
  63     doi = {10.1371/journal.pbio.0050082}
  64 }
  65
  66 @article{de2002comparative,
  67   title={Comparative analysis of chloroplast genomes: functional annotation, genome-based phylogeny, and deduced evolutionary patterns},
  68   author={De Las Rivas, Javier and Lozano, Juan Jose and Ortiz, Angel R},
  69   journal={Genome research},
  70   volume={12},
  71   number={4},
  72   pages={567--583},
  73   year={2002},
  74   publisher={Cold Spring Harbor Lab}
  75 }
  76
  77 @article{liu2012cpgavas,
  78   title={CpGAVAS, an integrated web server for the annotation, visualization, analysis, and GenBank submission of completely sequenced chloroplast genome sequences},
  79   author={Liu, Chang and Shi, Linchun and Zhu, Yingjie and Chen, Haimei and Zhang, Jianhui and Lin, Xiaohan and Guan, Xiaojun},
  80   journal={BMC genomics},
  81   volume={13},
  82   number={1},
  83   pages={715},
  84   year={2012},
  85   publisher={BioMed Central Ltd}
  86 }
  87
  88 @article{parra2007cegma,
  89   title={CEGMA: a pipeline to accurately annotate core genes in eukaryotic genomes},
  90   author={Parra, Genis and Bradnam, Keith and Korf, Ian},
  91   journal={Bioinformatics},
  92   volume={23},
  93   number={9},
  94   pages={1061--1067},
  95   year={2007},
  96   publisher={Oxford Univ Press}
  97 }
  98
  99 @article{parra2000geneid,
 100   title={Geneid in drosophila},
 101   author={Parra, Gen{\'\i}s and Blanco, Enrique and Guig{\'o}, Roderic},
 102   journal={Genome research},
 103   volume={10},
 104   number={4},
 105   pages={511--515},
 106   year={2000},
 107   publisher={Cold Spring Harbor Lab}
 108 }
 109
 110 @article{birney2004genewise,
 111   title={GeneWise and genomewise},
 112   author={Birney, Ewan and Clamp, Michele and Durbin, Richard},
 113   journal={Genome research},
 114   volume={14},
 115   number={5},
 116   pages={988--995},
 117   year={2004},
 118   publisher={Cold Spring Harbor Lab}
 119 }
 120
 121 @article{apweiler1985swiss,
 122   title={SWISS-PROT AND ITS COMPUTER-ANNOTATED SUPPLEMENT TREMBL: HOW TO PRODUCE HIGH QUALITY AUTOMATIC ANNOTATION},
 123   author={Apweiler, Rolf and O’Donovan, Claire and Martin, Maria Jesus and Fleischmann, Wolfgang and Hermjakob, Henning and Moeller, Steffen and Contrino, Sergio and Junker, Vivien},
 124   journal={EUR. J. BIOCHEM},
 125   volume={147},
 126   pages={9--15},
 127   year={1985},
 128   url={http://www.ebi.ac.uk/ena/}
 129 }
 130
 131 @article{sugawara2008ddbj,
 132   title={DDBJ with new system and face},
 133   author={Sugawara, Hideaki and Ogasawara, Osamu and Okubo, Kousaku and Gojobori, Takashi and Tateno, Yoshio},
 134   journal={Nucleic acids research},
 135   volume={36},
 136   number={suppl 1},
 137   pages={D22--D24},
 138   year={2008},
 139   publisher={Oxford Univ Press}
 140 }
 141
 142 @article{chapman2000biopython,
 143   title={Biopython: Python tools for computational biology},
 144   author={Chapman, Brad and Chang, Jeffrey},
 145   journal={ACM SIGBIO Newsletter},
 146   volume={20},
 147   number={2},
 148   pages={15--19},
 149   year={2000},
 150   publisher={ACM}
 151 }
 152
 153 @incollection{FI09,
 154 year={2009},
 155 isbn={978-3-642-04743-5},
 156 booktitle={Comparative Genomics},
 157 volume={5817},
 158 series={Lecture Notes in Computer Science},
 159 editor={Ciccarelli, FrancescaD. and Miklós, István},
 160 doi={10.1007/978-3-642-04744-2_1},
 161 title={Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods},
 162 url={http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04744-2_1},
 163 publisher={Springer Berlin Heidelberg},
 164 author={Tannier, Eric},
 165 pages={1-12}
 166 }
 167
 168 @article{gansner2002drawing,
 169   title={Drawing graphs with dot},
 170   author={Gansner, Emden and Koutsofios, Eleftherios and North, Stephen},
 171   journal={Retrieved June},
 172   volume={13},
 173   pages={2005},
 174   year={2002}
 175 }
 176
 177 @article{10.1371/journal.pone.0052841,
 178     author = {Blouin, Yann AND Hauck, Yolande AND Soler, Charles AND Fabre, Michel AND Vong, Rithy AND Dehan, Céline AND Cazajous, Géraldine AND Massoure, Pierre-Laurent AND Kraemer, Philippe AND Jenkins, Akinbowale AND Garnotel, Eric AND Pourcel, Christine AND Vergnaud, Gilles},
 179     journal = {PLoS ONE},
 180     publisher = {Public Library of Science},
 181     title = {Significance of the Identification in the Horn of Africa of an Exceptionally Deep Branching <italic>Mycobacterium tuberculosis</italic> Clade},
 182     year = {2012},
 183     month = {12},
 184     volume = {7},
 185     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0052841},
 186     pages = {e52841},
 187     number = {12},
 188     doi = {10.1371/journal.pone.0052841}
 189 }
 190
 191
 192
 193 @article{zafar2002coregenes,
 194   title={CoreGenes: A computational tool for identifying and cataloging},
 195   author={Zafar, Nikhat and Mazumder, Raja and Seto, Donald},
 196   journal={BMC bioinformatics},
 197   volume={3},
 198   number={1},
 199   pages={12},
 200   year={2002},
 201   publisher={BioMed Central Ltd}
 202 }
 203
 204 @Article{17623808,
 205 AUTHOR = {Gomez-Valero, Laura and Rocha, Eduardo P C and Latorre, Amparo and Silva, Francisco J},
 206 TITLE = {Reconstructing the ancestor of Mycobacterium leprae: the dynamics of gene loss and genome reduction.},
 207 JOURNAL = {Genome Res},
 208 VOLUME = {17},
 209 YEAR = {2007},
 210 NUMBER = {8},
 211 PAGES = {1178-85},
 212 URL = {http://www.biomedsearch.com/nih/Reconstructing-ancestor-Mycobacterium-leprae-dynamics/17623808.html},
 213 PubMedID = {17623808},
 214 ISSN = {1088-9051}
 215 }
 216
 217 @article{guindon2005phyml,
 218   title={PHYML Online—a web server for fast maximum likelihood-based phylogenetic inference},
 219   author={Guindon, Stephane and Lethiec, Franck and Duroux, Patrice and Gascuel, Olivier},
 220   journal={Nucleic acids research},
 221   volume={33},
 222   number={suppl 2},
 223   pages={W557--W559},
 224   year={2005},
 225   publisher={Oxford Univ Press}
 226 }
 227
 228 @article{goloboff2008tnt,
 229   title={TNT, a free program for phylogenetic analysis},
 230   author={Goloboff, Pablo A and Farris, James S and Nixon, Kevin C},
 231   journal={Cladistics},
 232   volume={24},
 233   number={5},
 234   pages={774--786},
 235   year={2008},
 236   publisher={Wiley Online Library}
 237 }
 238
 239 @article{stamatakis2008raxml,
 240   title={The RAxML 7.0. 4 Manual},
 241   author={Stamatakis, Alexandros},
 242   journal={Department of Computer Science. Ludwig-Maximilians-Universit{\"a}t M{\"u}nchen},
 243   year={2008}
 244 }
 245 @article{stamatakis2005raxml,
 246   title={RAxML-III: a fast program for maximum likelihood-based inference of large phylogenetic trees},
 247   author={Stamatakis, Alexandros and Ludwig, Thomas and Meier, Harald},
 248   journal={Bioinformatics},
 249   volume={21},
 250   number={4},
 251   pages={456--463},
 252   year={2005},
 253   publisher={Oxford Univ Press}
 254 }
 255
 256
 257 @article{Bakke2009,
 258     author = {Bakke, Peter AND Carney, Nick AND DeLoache, Will AND Gearing, Mary AND Ingvorsen, Kjeld AND Lotz, Matt AND McNair, Jay AND Penumetcha, Pallavi AND Simpson, Samantha AND Voss, Laura AND Win, Max AND Heyer, Laurie J. AND Campbell, A. Malcolm},
 259     journal = {PLoS ONE},
 260     publisher = {Public Library of Science},
 261     title = {Evaluation of Three Automated Genome Annotations for <italic>Halorhabdus utahensis</italic>},
 262     year = {2009},
 263     month = {07},
 264     volume = {4},
 265     url = {http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0006291},
 266     pages = {e6291},
 267     number = {7},
 268     doi = {10.1371/journal.pone.0006291}
 269 }
 270
 271 @article{altschul1990basic,
 272   title={Basic local alignment search tool},
 273   author={Altschul, Stephen F and Gish, Warren and Miller, Webb and Myers, Eugene W and Lipman, David J},
 274   journal={Journal of molecular biology},
 275   volume={215},
 276   number={3},
 277   pages={403--410},
 278   year={1990},
 279   publisher={Elsevier}
 280 }
 281
 282 @article{geneVision,
 283   title={DNASTAR- GenVision Software for Genomic Visualizations},
 284   author={DNASTAR},
 285   url = {http://www.dnastar.com/products/genvision.php}
 286 }
 287
 288 @article{mcfadden2001primary,
 289   title={Primary and secondary endosymbiosis and the origin of plastids},
 290   author={McFadden, Geoffrey Ian},
 291   journal={Journal of Phycology},
 292   volume={37},
 293   number={6},
 294   pages={951--959},
 295   year={2001},
 296   publisher={Wiley Online Library}
 297 }
 298
 299 @article{li2013complete,
 300   title={Complete Chloroplast Genome Sequence of Holoparasite Cistanche deserticola (Orobanchaceae) Reveals Gene Loss and Horizontal Gene Transfer from Its Host Haloxylon ammodendron (Chenopodiaceae)},
 301   author={Li, Xi and Zhang, Ti-Cao and Qiao, Qin and Ren, Zhumei and Zhao, Jiayuan and Yonezawa, Takahiro and Hasegawa, Masami and Crabbe, M James C and Li, Jianqiang and Zhong, Yang},
 302   journal={PloS one},
 303   volume={8},
 304   number={3},
 305   pages={e58747},
 306   year={2013},
 307   publisher={Public Library of Science}
 308 }