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81
82 \begin{document}
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84
85 \title{Mémoire de synthèse des activités de recherche et d'encadrement.}
86 \author{Jean-Fran\c{c}ois {\sc Couchot}}
87
88
89 %\lstset{language=C}
90 \maketitle
91
92 \section{Curriculum vit{\ae}}
93
94
95 \subsection{Contacts}
96 \begin{itemize}
97 \item \textbf{web~:} \url{http://members.femto-st.fr/jf-couchot/}
98 \item \textbf{courrier~:} 
99 %\begin{minipage}[t]{10cm} 
100 FEMTO-ST, dpt DISC, IUT BM, 19 rue du maréchal Juin, 90000 Belfort
101 %\end{minipage}
102 \item \textbf{mail~:} \url{couchot@femto-st.fr}
103 \item\textbf {tel~:}       (+33) (0)3 84 58 77 38
104 \item\textbf {gsm~:} (+33) (0)6 76 06 68 94 
105 \end{itemize}
106
107 \subsection{Diplômes universitaires}
108 \begin{itemize}
109 \item{\bf{91~:}} Baccalauréat série C mention AB, Besançon.
110 \item{\bf{95~:}} Maîtrise de mathématiques pures, Université de
111   Franche-Comté (UFC).
112 \item{\bf{96~:}} 
113 CAPES de mathématiques, IUFM d'Auvergne.
114 \item{\bf{02~:}} 
115 Maîtrise d'informatique, mention B (UFC). 
116 \item{\bf{02~:}}
117  DEA Informatique, option {\em Génie Logiciel} (UFC). Stage intitulé {\em Atteignabilité d'états et spécifications
118 logico-ensemblistes}. Major de Promotion, mention TB. 
119 \item{\bf{avril 06~:}}
120  Doctorat en  informatique au Laboratoire d'Informatique 
121 de l'Université de Franche Comté (devenu département DISC de FEMTO-ST), 
122 sur la {\em vérification d'invariants par superposition}, 
123 mention très honorable.
124 \end{itemize}
125
126
127 \subsection{Fonctions et expériences professionnelles}
128 \begin{itemize}
129 \item{\bf{95-00~:}} Enseignant en mathématiques dans le secondaire,
130   successivement à Aurillac(15), Beaune(21), Belfort(90) et 
131   Montbéliard(25).  
132 \item{\bf{sept. 00-06~:}} PrCe $71^{ème}$ section, Unité de Formation
133   et de Recherche (UFR) Sciences du 
134   Langage de l'Homme et de la Société (SLHS) à l'UFC. 
135 \item{\bf{sept. 06-07~:}} Post-doctorant INRIA (projet ProVal) sur le
136   thème de l'intégration de preuves interactives dans des preuves
137   automatiques (et vice-versa). %pour la vérification de programmes C embarqués.
138 \item{\bf{sept. 07-08~:}} PrCe $71^{ème}$ section, UFR SLHS à l'UFC. 
139 \item{\bf{sept. 08-\ldots~:}} Maître de Conférences $27^{ème}$ section, IUT de Belfort-Montbéliard (IUT BM), au département d'informatique (UFC). 
140 \item{\bf{sept. 11-14\ldots~:}} \'Elu au Conseil d'Institut de l'IUT BM. 
141  \end{itemize}
142
143
144 \newpage
145 \section{Nom et type de l'équipe de recherche.}
146
147 Je suis membre de l'équipe Algorithmique Numérique Distribuée (AND) du 
148 Département d'Informatique des Systèmes Complexes (DISC)
149 du laboratoire FEMTO-ST. 
150 Je relève de l'école doctorale 37 Sciences Pour l'Ingénieur et Microtechniques (SPIM) de l'UFC.
151
152
153
154 \subsection{Avis du directeur de l'équipe}\label{sec:avis:directeur:equipe}
155
156 \subsection{Avis du directeur de recherche}\label{sec:avis:directeur:recherhce}
157
158 \subsection{Avis du directeur de l'école doctorale}\label{sec:avis:directeur:spim}
159
160
161 \newpage
162 \section{Résumé de la thématique de la thèse d'université}
163 On considère en entrée de la démarche une description
164 mathématique d'un programme: par exemple une fonction enrichie avec  
165 une  spécification du contexte dans lequel elle est invoquée (la pré-condition) et 
166 une spécification exprimant quelles  propriétés sont garanties en retour (la
167 post-condition). Lorsque pré-condition et post-condition sont équivalentes,
168 on parle d'invariant.
169 La thématique de \emph{vérification de programmes par preuve automatique} 
170 consiste à tout d'abord construire des formules mathématiques 
171 qui doivent être vraies si et seulement si 
172 la post-condition est établie par le programme sous hypothèse de pré-condition,
173 puis ensuite à 
174 décharger ces formules dans des prouveurs de théorèmes. 
175 Cette thématique est au c{\oe}ur des travaux de recherche effectués
176 pendant mon doctorat et le post-doctorat qui a suivi à l'INRIA.
177
178
179
180 Durant mon travail de thèse intitulée 
181 {\em vérification d'invariants par superposition}, 
182 j'ai proposé différentes traductions en logique équationnelle\cite{cdgr03:ij,cddg+04:ip,cg04:np} 
183 des obligations de preuve,  
184 dans l'objectif de faire converger
185 le plus rapidement possible un prouveur par superposition qui les décharge.
186 J'ai démontré la correction et la complétude partielle de la démarche et 
187 ai montré que la démarche supplante celles basées sur la  
188 logique WS1S et l'outil MONA. 
189 J'ai appliqué ceci à la  vérification de protocoles notamment d'exclusion
190 mutuelle~\cite{CGK05} définis à l'aide de spécifications ensemblistes B~\cite{cdgr04:onp}.
191
192
193
194
195
196 \subsection*{Publications issues de ces recherches}
197  
198
199 \begin{thebibliography}{9}
200 \bibitem[CGK05]{CGK05}
201 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Alain Giorgetti, and Nikolai Kosmatov.
202 \newblock A uniform deductive approach for parameterized protocol safety.
203 \newblock In David~F. Redmiles, Thomas Ellman, and Andrea Zisman, editors, {\em
204   ASE}, pages 364--367. ACM, 2005.
205
206
207 \bibitem[CDD{\etalchar{+}}04]{cddg+04:ip}
208 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Fr\'ed\'eric Dadeau, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti,
209   and S.~Ranise.
210 \newblock Proving and debugging set-based specifications.
211 \newblock In A.~Cavalcanti and P.~Machado, editors, {\em WMF'03 proceedings},
212   volume~95 of {\em ENTCS, Electronic Notes in Theoretical Computer Science},
213   pages 189--208, Campina Grande, Brazil, May 2004.
214
215 \bibitem[CDGR03]{cdgr03:ij}
216 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
217 \newblock Scalable automated proving and debugging of set-based specifications.
218 \newblock {\em Journal of the Brazilian Computer Society (JBCS)}, 9(2):17--36,
219   November 2003.
220 \newblock ISSN 0104-6500.
221
222 \bibitem[CG04]{cg04:np}
223 Jean-Fran\c{c}ois Couchot and Alain Giorgetti.
224 \newblock Analyse d'atteignabilit\'e d\'eductive.
225 \newblock In Jacques Julliand, editor, {\em Congr\`es Approches Formelles dans
226   l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels, AFADL'04}, pages 269--283,
227   Besan\c{c}on, France, June 2004.
228
229 \bibitem[CDGR04]{cdgr04:onp}
230 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
231 \newblock {B}arvey~: {V}\'erification automatique de consistance de machines
232   abstraites {B}.
233 \newblock In Jacques Julliand, editor, {\em AFADL'04, Approches Formelles dans
234   l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels,}, pages 369--372, Besan\c{c}on,
235   France, June 2004.
236 \newblock Session outils.
237
238 \end{thebibliography}
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254 \newpage
255 \section{Exposé des recherches réalisées au cours de la période postdoctorale}
256
257 Entre avril 2006 et aujourd'hui, les recherches réalisées ont concerné plusieurs domaines synthétisés ci-après. Le premier travail (Sec.~\ref{sub:verif}) 
258 est une suite directe des travaux de thèse. Suivent six sections
259 (de la Sec.~\ref{sub:sdd} à la Sec.~\ref{sub:hash}) sur les systèmes 
260 dynamiques discrets et leurs applications, thématique 
261 pour laquelle j'ai été recruté dans l'équipe AND du département
262 DISC. Enfin la section~\ref{sub:gen} présente comment j'ai réinvesti le 
263 domaine de la bio-informatique à l'aide de compétences connexes.
264 Ces travaux ont été valorisés par des publications dont les références sont données.
265
266 \subsection{Vérification de programmes par 
267   preuve automatique}\label{sub:verif}
268
269 Lors de mon post-doctorat à l'INRIA, j'ai d'abord montré qu'il était possible
270 d'instancier des contre-exemples~\cite{BCDG07} et de voir 
271 si ceux-ci sont atteignables~\cite{CouchotD07IFM} lorsque 
272 l'obligation de preuve à vérifier n'est pas établie.
273 Ceci peut aider l'ingénieur à corriger ses modèles.
274 Je  me suis ensuite intéressé  à la
275 logique du premier ordre polymorphe. 
276 Dans ce but, j'ai présenté un réducteur de logique
277 polymorphe vers de la logique sans sorte et de la logique multi-sortes
278 du premier ordre, préservant la correction et la
279 complétude~\cite{couchot07cade}. 
280 Toujours pendant mon post-doctorat, face au problème d'explosion
281 combinatoire rencontré  
282 lors de déduction automatique, j'ai présenté une approche
283 de réduction de
284 formules~\cite{couchot07FTP, cgs09:ip} de type SMT-LIB
285 basée sur la sélection des hypothèses les plus  
286 pertinentes.   
287 L'approche a été implantée et validée sur un exemple industriel réel
288 de 5000 lignes de Code C annoté fourni par Dassault aviation.
289
290
291
292
293
294
295
296 \subsection{Convergence de systèmes  dynamiques discrets}\label{sub:sdd}
297
298 Un système dynamique discret (SDD) est une fonction $f$ 
299 du $n$-cube ($\{0,1\}^n$) dans lui même et un mode opératoire
300 (parallèle, unaire, généralisé) qui peut être itéré 
301 en synchrone ou en asynchrone.
302 %Ils ont été étudiés à de maintes reprises ~\cite{Rob95,Bah00,bcv02}.
303 Pour chacun de ces modes, il existe des critères  (suffisants) de convergence
304 globale ou locale, souvent basés sur le fait que  $f$ 
305 est un opérateur contractant dans un espace.
306
307 Les modes  asynchrones ont une dynamique avec plus de liberté 
308 puisqu'ils autorisent chaque élément à modifier sa valeur avant 
309 de connaître les valeurs des autres éléments dont il dépend. 
310 Cependant, lorsque les calculs à effectuer sur certains n{\oe}uds
311 sont coûteux en temps et/ou que les temps de communication sont élevés,   
312 ces modes peuvent présenter une convergence plus rapide que le cas synchrone.  
313
314 J'ai formalisé le mode des 
315 \emph{itérations mixes} (introduit par Pr. J. M.  Bahi en 2005 notamment)
316 qui combine synchronisme et asynchronisme.
317 Intuitivement, les n{\oe}uds qui pourraient engendrer des cycles dans 
318 les itérations asynchrones sont regroupés dans une même classe. 
319 Les noeuds à l'intérieur de celle-ci seront itérés de manière 
320 synchrone et les itérations asynchrones sont conservées entre les groupes. 
321 Pour gommer les  différences entre les n{\oe}uds d'une même classe
322 lorsqu'ils  sont vus depuis des n{\oe}uds extérieurs, j'ai défini le 
323 mode des \emph{itérations mixes avec délais uniformes}.
324 J'ai pu ainsi énoncer puis démontrer un théorème 
325 établissant que pour des conditions classiques de convergence des itérations
326 synchrones d'une fonction $f$, les itérations mixes à délai uniforme
327 convergent aussi vers le même point fixe.
328 Ceci a été synthétisé dans~\cite{BCVC10:ir}. 
329
330
331 L'étude de convergence de SDDs est simple à vérifier 
332 pratiquement pour le mode synchrone. 
333 C'est beaucoup plus complexe lorsqu'on traite des itérations asynchrones 
334 et mixes prenant de plus en compte les délais. 
335 Des méthodes de simulation basées sur des stratégies et des délais générés aléatoirement avaient déjà été présentées.
336 Cependant, comme ces implantations ne sont pas exhaustives, elles ne sont intéressantes que lorsqu'elles fournissent un contre-exemple. 
337 Lorsqu'elles exhibent une convergence,  
338 cela ne permet que de donner une intuition de convergence, pas  une preuve.
339 Autant que je sache, aucune démarche de preuve formelle automatique 
340 de convergence n'avait jamais été établie. 
341
342
343 J'ai démontré qu'on peut simuler 
344 des SDDs selon tous les modes pour établir 
345 formellement leur convergence (ou pas).
346 Cette simulation est basée sur l'outil SPIN de \emph{Model-Checking}.
347 Pour traiter le problème d'explosion 
348 combinatoire, les outils de cette classe 
349 appliquent des méthodes d'ordre partiel, d'abstraction,
350 de quotientage selon une relation d'équivalence.
351 J'ai présenté pour cela une démarche de traduction d'un SDD  
352 dans SPIN.
353 J'ai énoncé puis prouvé ensuite la  correction et la complétude de la démarche.
354 Des données pratiques comme la complexité et des synthèses d'expérimentation
355 ont aussi été fournies.
356 Ceci a été synthétisé dans~\cite{Cou10:ir}
357
358
359 \subsection{Construction de fonctions chaotiques}
360 Je me suis intéressé ensuite à l'étude du problème dual 
361 de l'étude de divergence d'un SDD.
362 Le Pr. C. Guyeux de l'équipe AND a proposé dans sa thèse en 2010
363 une caractérisation des fonctions $f$ de $\{0,1\}^n$ dans lui-même 
364 dont les itérations sont chaotiques selon Devanney pour un  mode donné: 
365 il est nécessaire et suffisant que son graphe des itérations soit
366 fortement connexe.  
367 J'ai proposé plusieurs méthodes de construction de 
368 fonctions ayant de tels graphes d'itérations~\cite{bcgr11:ip,chgw+14:onp}.
369
370 Dans la première~\cite{bcgr11:ip},
371 l'algorithme enlève des arcs et vérifie ensuite que  
372 la forte connexité est maintenue.
373 Même si cet algorithme retourne toujours des fonctions dont le graphe 
374 des itérations est fortement connexe, il n'en est pas pour autant efficace 
375 car il  nécessite une vérification à posteriori de la 
376 forte connexité sur le graphe entier composé de  $2^n$ sommets.
377 La seconde méthode propose une solution à ce problème en présentant
378 des conditions suffisantes sur un graphe à $n$ sommets
379 qui permettent d'obtenir des graphes d'itérations fortement connexes.
380 Ce théorème a aussi été prouvé dans~\cite{bcgr11:ip}
381 et des instanciations effectives 
382 ont été produites. 
383 Une troisième méthode~\cite{chgw+14:onp} s'appuie sur les codes 
384 de Gray, ou de manière équivalente sur les cycles hamiltoniens du graphe des
385 itérations.
386 % : un cycle qui visite chaque n{\oe}ud exactement une fois est un  
387 % \emph{cycle hamiltonien}.
388 %La démarche consiste à enlever du graphe un de ses cycles hamiltoniens dont 
389 %la démarche de génération est un problème connu. 
390
391 Ces méthodes ont permis d'étendre à l'infini la classe des fonctions 
392 dont les itérations sont chaotiques.
393
394
395 \subsection{Apprentissage par réseaux neuronaux}
396 Nous disposons grâce aux travaux présentés à la section précédente d'un grand
397 nombre de fonctions dont les itérations sont chaotiques.
398 Nous avons entrepris d'étudier ces itérations et plus particulièrement leur 
399 apprentissage par un réseau de neurones. 
400 J'ai notamment pu contribuer à montrer pratiquement qu'il
401 est très difficile (voir impossible) de les prédire 
402 à l'aide d'outils d'intelligence artificielle~\cite{bcgs12:ij}.
403
404
405 Nous nous sommes attaqués parallèlement 
406 à un problème physique d'optimisation de  
407 l'écoulement d'un flux d'air le long d'un véhicule. 
408 Ce flux peut être modifié si l'on active des injecteurs d'air placés 
409 par exemple sur le becquet du véhicule. 
410 Le flux d'air peut être modélisé à l'aide d'équations de Navier-Stokes
411 dont on ne connaît pas de méthode analytique de résolution. 
412 De plus, le nombre de Reynolds calculé dans cette situation fait apparaître 
413 que le régime est extrêmement turbulent, donc difficile à prévoir.
414 Nous avons souhaité 
415 continuer nos expériences d'apprentissage à l'aide 
416 de réseau de neurones dans ce contexte.
417  Il est apparu comme judicieux de mémoriser les configurations
418 représentant l'état des actionneurs à l'aide de nombres binaires.
419 De plus les codes de Gray (dont deux mots adjacents ne diffèrent que d'un 
420 bit) se sont présentés comme une des manières de mémoriser les sorties du 
421 réseau de neurones comme un seul nombre binaire.
422 Quand on sait que trouver un chemin hamiltonien (comme étudié dans la partie précédente) dans un
423 $n$-cube revient à trouver un code 
424 de Gray dans un mot de $n$-bits. Les compétences acquises lors du travail 
425 sur les chemins hamiltoniens ont ainsi pu être réutilisées et approfondies.
426 Les résultats pratiques quant à l'utilisation de ces codes se sont cependant 
427 révélés comme moins pertinents que l'utilisation de $n$ sorties.
428 Ceci a été valorisé dans les publications~\cite{cds12:ip,cds13:ij}.
429
430 \subsection{Génération de nombres pseudo-aléatoires}
431 Au commencement de ce travail, notre équipe disposait d'un générateur de nombres 
432 pseudo-aléatoires (PRNG) 
433 basé sur une seule fonction dont nous avions prouvé la chaoticité 
434 des itérations, à savoir la négation booléenne vectorielle. Cependant pour 
435 réussir les tests statistiques dédiés aux PRNGs, il était nécessaire d'itérer 
436 un grand nombre (arbitraire) de fois cette fonction entre deux 
437 sorties. 
438
439 Avec la production d'une grande collection de fonctions à itérations chaotiques, 
440 j'ai proposé de répondre à la question suivante: comment engendrer des fonctions 
441 dont les itérations vont produire des nombres simulant correctement l'aléa.
442 J'ai d'abord caractérisé les fonctions dont les itérations produisent des nombres 
443 selon une distribution uniforme~\cite{bcgr11:ip}. Pour cela il a fallu réécrire
444 l'algorithme de génération comme une marche aléatoire dans une partie du $n$-cube,
445 de se ramener à une chaîne de Markov puis d'utiliser la théorie élaborée sur ce sujet 
446 pour conclure. Par la même occasion, nous avons démontré que certaines fonctions 
447 chaotiques ne peuvent pas produire un aléa suivant une distribution uniforme.
448 La sortie est biaisée.
449
450 J'ai proposé ensuite des méthodes permettant de trouver de telles 
451 fonctions en commençant par filtrer celles qui ne disposent pas 
452 de cette caractéristique parmi toutes les fonctions chaotiques qui peuvent 
453 être engendrées~\cite{bcgr11:ip}. J'ai démontré ensuite que supprimer 
454 un cycle hamiltonien dans un $n$-cube permettait d'engendrer directement 
455 des fonctions avec une telle caractéristique~\cite{chgw+14:oip}.
456 De plus, je me suis attaché à montrer l'importance 
457 de l'équilibrage du chemin hamiltonien à enlever. 
458
459  
460 Les qualités statistiques des générateurs produits  
461 ont été évalués avec succès
462 ~\cite{bcgw11:ip,chgw+14:onp,chgw+14:oip} en se confrontant à 
463 des batteries de tests telles que Die-Hard, NIST, TestU01.
464
465 Plus récemment, nous avons entrepris de trouver des bornes du temps d'arrêt
466 d'obtention d'une distribution uniforme d'un générateur 
467 construit en enlevant un chemin hamiltonien équilibré dans un $n$-cube. Le travail 
468 en collaboration avec Pr. P.-C. Heam du DISC
469 est en cours de soumission
470 dans un  journal international.
471
472 Enfin j'ai été sollicité pour encadrer une thèse sur l'implantation 
473 de générateurs de nombre pseudo-aléatoires à bases d'itérations 
474 chaotiques sur des circuits logiques 
475 programmables. J'ai commencé ce travail en encadrant une étude exhaustive 
476 de toutes les instances d'implantations de cette classe.
477 Ce travail complet théorique et pratique est terminé aujourd'hui et 
478 est en cours de soumission dans un journal international.
479
480
481
482
483
484
485 \subsection{Masquage d'information}\label{sub:ih}
486
487 La propriété de transitivité des fonctions chaotiques implique que l'on peut 
488 atteindre tout point depuis le voisinage de n'importe quel point.
489 Lorsqu'on cherche à embarquer une marque dans un média, 
490 si l'on souhaite de plus que celle-ci soit robuste, \textit{i.e.},
491 ne puisse pas être enlevée facilement, il paraît naturel d'embarquer 
492 cette marque sur une grande partie du média. 
493 L'utilisation de fonctions chaotiques
494 paraît alors judicieuse.
495
496 J'ai participé à la formalisation de la méthode de
497 marquage de médias~\cite{bcg11b:ip,bcg11:ij} et particularisé
498 ceci à des images numériques fournissant un 
499 nouveau contexte pour l'étude théorique et mathématique d'algorithmes de marquage.
500 La chaos-sécurité a été introduite comme une nouvelle propriété 
501 de tels algorithmes de marquage.
502 Nous avons de plus montré la robustesse d'un tel marquage dans les 
503 domaines fréquentiels usuels (DWT ou DCT).
504
505 Des instances de ces algorithmes ont été présentées en sélectionnant de manière 
506 pertinente les fonctions à itérer soit pour garantir une robustesse 
507 élevée~\cite{bcfg12b:ip,bcfg+13:ip} soit pour masquer l'information dans le média 
508 et être le moins détectable possible~\cite{bcfg12a:ip}. 
509
510 D'autre méthodes de watermarking ont été investies, 
511 particulièrement celles basées sur la Quantization Index Modulation (QIM), méthodes 
512 étant supposées comme les plus robustes. Mes principales contributions 
513 sur ce travail --en collaboration avec Dr R. Darazy de l'Université Antonine au Liban
514 et en co-encadrant le stage de M2 de Ahmad Bittar--,
515 ont été 
516 d'intégrer ceci à du marquage de document PDF puis de 
517 présenter ce problème comme un problème d'optimisation. 
518 Grâce à une telle présentation nous avons pu trouver les paramètre optimaux
519 des méthodes QIM assurant à la fois robustesse et indétectabilité.
520 Le travail est en cours de soumission dans un  journal international.
521
522 Lorsque l'objectif visé est l'indétectabilité, on parle de \emph{stéganographie}.
523 Ce domaine a été adressé en critiquant notamment les scénarios usuels d'évaluation
524 des algorithmes de stéganographie. J'ai proposé un cadre complémentaire permettant 
525 d'évaluer ces schémas de masquage~\cite{fccg15:ip}.
526 Ceci se réalise en co-encadrant le doctorat de Y. Fadil.
527
528 J'ai de plus participé à l'élaboration de l'algorithme STABYLO~\cite{ccg15:ij}
529 qui est un schéma de
530 stéganographie basé sur l'enfouissement de l'information dans les contours 
531 présents dans une image. 
532 Ce travail est en collaboration avec Pr. R. Couturier.
533 Mes contributions ont principalement été la formalisation de l'algorithme et 
534 son étude de complexité. Grâce a l'optimisation de cette dernière,
535 nous avons  pu montrer 
536 que cet algorithme présente un excellent compromis entre sécurité
537 fournie et complexité.  
538
539 \subsection{Les fonctions de hachage}\label{sub:hash}
540 Une fonction qui calcule une empreinte servant à identifier rapidement toute 
541 donnée fournie en entrée est une fonction de hachage. On utilise ce genre
542 de fonctions dès qu'on veut comparer des éléments de grande taille car il 
543 suffit de comparer leurs empreintes (généralement de taille plus réduite).  
544 Une telle fonction doit induire de grandes variations dans l'empreinte 
545 lorsque l'entrée varie même très peu. C'est l'effet avalanche. Cette 
546 condition fait penser à la forte sensibilité aux conditions initiales
547 d'une fonction chaotique.
548
549 Forts de nos compétences sur les fonctions dont les itérations sont 
550 chaotiques, nous avons proposé de nouvelles fonctions de hachage.
551 Celles-ci combinent des outils classiques utilisés dans les
552 fonctions de hachage 
553 usuelles et des itérations de systèmes dynamiques discrets étudiés 
554 au préalable.
555 Nous avons prouvé que ces fonctions sont résistantes à la 
556 seconde pré-image. Leur complexité, polynomiale en la taille 
557 du message et la taille de l'empreinte, a été évaluée et correspond
558 à ce que l'on attend d'une telle fonction.
559 Nous avons de plus vérifié statistiquement le critère d'avalanche.
560 Ces résultats ont été valorisés dans les publications~\cite{bcg11:ip,bcg12:ij}.
561
562
563
564
565 \subsection{Application à la génomique}\label{sub:gen}
566
567 Ayant acquis des compétences sur certaines structures de mathématiques 
568 discrètes (particulièrement théorie des graphes, 
569 relations d'équivalence,\ldots), j'ai pu contribuer en bio-informatique
570 en les réappliquant notamment.
571
572 Une de mes premières pistes de travail a été de proposer une méthode automatique 
573 de construction d'un ensemble de gènes communs (nommés core-génome) 
574 à une famille de génomes.
575 La méthode s'appuie sur la construction du graphe de  similarité
576 entre les gènes quotienté selon une relation d'équivalence pour en
577 réduire sa taille. Chaque gène est assimilé à son représentant de
578 classe dans chaque génome. Le core-génome se déduit comme  l'intersection 
579 de tous les génomes. Ceci a donné lieu aux 
580 publications~\cite{acgs13:onp,akgcs+14:oip,acgm+14:ij}.
581
582 L'approche précédente souffrait de n'engendrer que des core-génomes de (trop)
583 petits cardinaux. J'ai contribué notamment 
584 à l'amélioration de la méthode en proposant une étape d'optimisation issue 
585 d'une adaptation discrète la méthode d'essaims particulaires~\cite{aagp+15:ip}.
586
587 Tous ces travaux ont été réalisés en collaboration avec M. Salomon et en co-encadrant 
588 le doctorat de B. Alkindy.
589
590
591
592 \newpage
593 \section{Perspectives de recherche}
594
595
596
597
598 \subsection{Les codes de Gray}
599 L'utilisation des codes de Gray dans une démarche d'apprentissage 
600 (d'écoulement d'air ou  de fonctions chaotiques) ne s'est pas révélée comme 
601 concluante. Dans chacun des cas, la distance de Hamming entre deux 
602 configurations voisines peut être très petite tandis que le chemin (dans le 
603 cycle  hamitlonien) qui les relie peut être long et ce même 
604 pour des codes équilibrés.
605 Je propose de travailler sur ce problème discret en mesurant la qualité 
606 du code de Gray à l'aide d'une fonction basée sur la longueur des chemins
607 (du cycle hamiltonien) entre les configurations voisines.
608 Je pense ainsi réduire ce problème à un problème d'optimisation et dégager 
609 une démarche de génération, comme je l'ai fait en bio-informatique.
610  
611 Jusqu'à présent, la production de codes de Gray équilibrés pour la génération 
612 de nombres pseudo-aléatoires bute sur des problèmes d'explosion combinatoire:
613 les seuls algorithmes connus répondant à ce problème nécessitent a priori
614 plus de $10^{36}$ évaluations pour $n=8$. 
615 Il n'est ainsi pas raisonnable de mettre en  
616 pratique ce genre d'approche lorsque chacune de ces évaluations prend 1s.
617 On peut peut-être
618 se contenter de codes ``presque'' équilibrés , à défaut de pouvoir 
619 trouver ceux qui seront équilibrés.
620 Je propose d'investiguer  
621 dans cette thématique en exploitant des approches itératives permettant 
622 d'obtenir des optimums locaux et trouver ainsi des codes presque équilibrés.
623
624
625  
626 \subsection{Génération de nombres pseudo-aléatoires}
627
628 La démarche actuelle de génération de nombres pseudo-aléatoires
629 consiste à marcher dans une partie d'un $n$-cube en choisissant son chemin
630 à l'aide d'un générateur fourni en entrée. Or ces générateurs sont tous des 
631 fonctions de $\{0,1\}^n$ dans lui-même. Cette approche
632 semble pouvoir se réécrire
633 comme un produit synchrone de deux automates.
634 L'intérêt d'une telle réécriture est qu'on pourrait exploiter 
635 tous les résultats théoriques et pratiques déjà connus dans la communauté
636 des automates. 
637 Je pense investiguer cette voie pour améliorer notre approche, 
638 s'affranchir, à terme, de tout autre générateur, améliorer la
639 connaissance à ce sujet.
640 Les propriété établies notamment sur les temps d'arrêt devraient être conservées.
641 Il restera à le prouver.
642
643
644 Jusqu'à présent, une seule expérimentation d'implantation de nos générateurs 
645 sur des dispositifs physiques comme les FPGAs a été réalisée. Celle-ci 
646 s'est faite automatiquement à l'aide de l'outil Matlab. Si le code engendré
647 sur le circuit est bien une implantation fidèle à la spécification,
648 il n'en est pas pour autant efficace: le nombre de bits générés par surface
649 est plutôt faible. Nous allons exploiter les meilleures démarches mises en 
650 exergue lors de la rédaction d'un état de l'art exhaustif sur les PRNGs 
651 implantés sur FPGA pour produire du code optimisé. 
652 Je prévois de réaliser ceci dans la thèse de M. Bakiri, en cours.
653
654 Pour générer une fonction dont la matrice de Markov est doublement
655 stochastique, nous avons proposé principalement deux méthodes 
656 (génération puis test, suppression de chemin hamiltonien dans un $n$-cube).  
657 Ces deux méthodes ne passent pas à l'échelle, même pour des $n$ de petite taille.
658 Je pense attaquer ce problème algébriquement et en programmation logique avec 
659 contraintes. Dans le premier cas, on peut remarquer qu'un matrice
660 composée de $1$ uniquement 
661 en $(i,i+1)$ est une réponse triviale au problème. Je pense continuer l'étude 
662 de ce genre de matrices et proposer une méthode plus générale de génération.
663 Je prévois de réaliser ce travail avec M. S. Contassot, Pr. à l'Université de Lorraine.
664 Le département DISC et l'équipe VESONTIO 
665 a de fortes compétences en programmation logique avec 
666 contraintes. J'ai déjà démontré que ce problème peut être soluble par cette
667 approche, sans avoir pour autant réussi à le faire.
668 Je prévois des collaborations avec l'équipe VESONTIO du DISC sur ce sujet.
669
670
671 Enfin, marcher dans une partie d'un $n$-cube est le modèle théorique que 
672 nous avons établi pour notre classe de générateurs. On pourrait cependant 
673 penser à ``sauter'' dans ce $n$-cube, c'est à dire modifier plusieurs bits 
674 en une seule itération. J'ai commencé à étudier ce modèle avec les résultats
675 pratiques suivants: le nombre d'itérations suffisant pour un mélange 
676 correct est plus petit que celui obtenu en marchant. De plus,  
677 il diminue à mesure que $n$ augmente ce qui n'est pas le cas en marchant.
678 Pour l'instant, nous n'avons pas réussi à obtenir des bornes
679 du temps d'arrêt. Je propose d'investiguer aussi dans cette direction.
680
681
682
683 \subsection{Masquage d'information}
684
685 Concernant le marquage de données, plusieurs approches duales cohabitent pour 
686 établir ou non la sécurité d'un algorithme 
687 de cette classe: les probabilistes (stego-securité par ex.), 
688 les métriques (chaos-securité par ex.),
689 les cryptographiques (mesure de fuite d'information).
690 Notre approche n'a pas encore été évaluée selon cette dernière métrique, ce 
691 que je propose de faire. 
692
693 Concernant l'indétectabilité, je propose de travailler à la fois sur 
694 la stéganographie et sur la stéganalyse.
695 Nos expériences sur les schémas les plus efficaces de stéganographie 
696 nous font penser qu'embarquer un message dans les contours comme cela l'a été fait pour 
697 STABYLO est perfectible: on sait depuis qu'il existe des fonctions mathématiques 
698 qui modélisent ces contours. Lorsqu'on modifie sans garde la valeur des bits de ces 
699 contours,  la ``continuité'' des fonctions qui les modélisent peut être perdue et 
700 le message peut s'en trouver détectable. Que je sache, aucune approche de stéganographie 
701 basée sur la continuité des fonctions de contours n'a jamais été proposée. 
702 Je propose donc d'investiguer dans cette voie.
703
704 Les démarches de stéganalyse sont souvent composées de 2 étapes: 
705 caractérisation puis classification. 
706 On extrait au préalable une grande quantité des caractéristiques du média 
707 puis on utilise une méthode de 
708 classification basée sur celles-ci. La communauté voit souvent cette 
709 seconde étape comme une boite noire et se concentre 
710 sur la construction de l'ensemble des caractéristiques les plus discriminantes.
711 Autant que je sache, les méthodes algébriques 
712 de réduction de domaine (analyse par composant principaux, SVD) 
713 ont rarement été utilisées comme une étape intermédiaire entre la caractérisation et 
714 la classification. Ces méthodes ont déjà été 
715 appliquées avec succès lorsqu'elles sont combinées avec des méthodes 
716 d'apprentissage, par exemple dans de la reconnaissance faciale.
717 Je propose d'étudier cette piste dans ce domaine. 
718 Ceci se réalisera notamment au travers du doctorat de Y. Fadil.
719
720
721
722
723
724
725 \newpage
726 \section{Insertion dans l'équipe de recherche} 
727
728 La thématique principale de ma thèse et du post-doctorat qui a suivi 
729 était la vérification de programmes par preuve automatique, soit de 
730 la logique informatique.
731 Suite à mon recrutement dans l'équipe AND, mes recherches se sont réorientées
732 autour des SDDs et donc de l'analyse numérique plus généralement.
733 En plus des publications obtenues avec les membres de l'équipe AND, 
734 ce qui suit récapitule quelques éléments permettant 
735 d'apprécier mon insertion dans l'équipe AND
736
737
738
739
740 J'ai monté une collaboration active avec l'Université Antonine au Liban. 
741 J'y ai été invité en mai 2013. J'ai par la suite co-encadré trois stages de 
742 Master 2 recherche avec des membres de cette université.
743 J'ai un article en cours de soumission résumant un travail en collaboration 
744 avec un ancien étudiant et un enseignant chercheur de cette université.
745
746 Je suis membre du GDR codes et cryptographie. J'ai à ce titre 
747 participé aux Journées Codes et Stéganographie en 2012 (Rennes) 
748 où j'ai présenté le travail 
749 de \og Steganography: secure and robust algorithms \fg{} et en 2013 (Paris).
750
751
752 J'ai co-organisé avec J. Bahi et C. Guyeux 
753 \og The First Workshop on Information Hiding Techniques 
754 for Internet Anonymity and Privacy (IHTIAP) \fg{} à Venise en juin 2012.
755 Le comité de programme était composé
756 de 18 chercheurs internationaux (dont je faisais aussi partie). 
757 Il s'est  déroulé sur 1 journée.
758
759
760 J'ai fait partie des comités de programme de conférences 
761 comme \og international conference on evolving internet \fg{} 
762 (2012, 2013,2014 )\ldots 
763 J'ai été session chair de \og international conference on evolving internet\fg{}
764 en 2011 et  IHTIAP en 2012
765
766 J'ai reviewé des articles pour les journaux internationaux 
767 suivants: The computer Journal, Springer Multimedia Tool and application, 
768 Springer Annals in Telecommunication\ldots
769
770
771 Je suis régulièrement membre de jury des épreuves TIPE, épreuves communes
772 à 90 concours d'ingénieurs (sessions 2012 et  2015) et fournis  
773 à chaque session des sujets scientifiques pour l'épreuve.
774
775
776
777 \newpage
778 \section{Encadrement et co-encadrement d'étudiants} 
779
780 \subsection{Thèse d'université}
781
782 Je co-encadre (à hauteur de 40\%) avec Michel Salomon (40\%) et  
783 Jacques M. Bahi  (20\%) le doctorat de Bassam Alkindy
784 sur les combinaisons d'approches pour la prédiction de l'évolution génomique.        
785 Le doctorat a commencé en septembre 2012 et devrait être soutenu en 
786 novembre 2015.  
787 Ce travail de thèse a donné lieu à 6 publications dans des conférences 
788 internationales.
789
790
791 Je co-encadre (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
792 le doctorat de  Youssra Fadil
793 sur
794 l'étude du comportement des outils d'intelligence artificielle
795 face à des dynamiques complexes.       
796 Le doctorat a commencé en décembre 2013 et devrait être soutenu en 
797 décembre 2016. 
798 Ce travail de thèse a donné lieu à 1 publication dans une conférence
799 internationale.
800                 
801
802 Je co-encadre (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
803 le doctorat de  Mohamed Bakiri
804 sur
805 l'implémentation matérielle de générateurs de nombres pseudo-aléatoires basés sur les itérations chaotiques.
806 Le doctorat a commencé en septembre 2014 et devrait être soutenu en 
807 aout 2017.      
808 Ce travail de thèse a donné lieu à 1 publication dans un journal international 
809 en cours de soumission.
810
811 \subsection{Master 2 recherche}
812
813
814 J'ai co-encadré (à hauteur de 34\%) avec Raphael Couturier (33\%) et 
815 Rony Darazi -- Université Antonine au Liban--(33\%)
816 le stage de recherche de Master 2 de  Ahmad Bittar
817 sur
818 la 
819 Steganography in PDF documents based on Unprintable Control ASCII Codes.
820 Le stage a commencé le 01 mai 2013 et a été soutenu le 30 septembre 2013. 
821 Ce travail de Master a donné lieu à 1 publication dans un journal international 
822 en cours de soumission (en révision mineure).
823
824
825
826
827 J'ai co-encadré (à hauteur de 80\%) avec   
828 Talar Atechian -- Université Antonine au Liban--(20\%)
829 le stage de recherche de Master 2 de Hussein Nasser
830 sur
831 une  
832 Critical Analysis of Distributed Algorithm for Sensor
833 Network Lifetime Maximization.
834 Le stage a commencé le 01 avril 2014 et a été soutenu le 31 août 2014. 
835
836
837 Je co-encadre (à hauteur de 80\%) avec   
838 Talar Atechian -- Université Antonine au Liban--(20\%)
839 le stage de recherche de Master 2 de Khaled Daher 
840 sur la désynchronisation du calcul d'optimisation de la durée de vie 
841 d'un réseau de capteurs.
842 Le stage a commencé le 01 avril 2015 et sera soutenu le 31 août 2015. 
843
844
845
846 \newpage
847 \section{Participation à des tâches d'intérêt collectif}
848
849 Depuis septembre 2000, je suis titulaire à l'Université de Franche-Comté,
850 soit sur un poste de PrCe (de 2000 à 2008, sauf l'année 2006-2007) soit sur
851 un poste de MdC. J'ai assuré un grand nombre d'enseignements de la première
852 année de licence ou de DUT jusqu'en seconde année de Master. Depuis mon
853 recrutement comme MdC, j'ai recentré mes enseignements autour 
854 de mes thématiques de recherche, à savoir essentiellement les 
855 mathématiques discrètes.
856 Je suis de plus le coordinateur des enseignements de mathématiques 
857 au département d'informatique de l'IUT BM. 
858
859 J'ai été membre élu du conseil d'institut de l'IUT BM 
860 de 2011 à 2014. A ce titre j'ai participé à la vie administrative de l'IUT, 
861 aux commissions de recrutement d'enseignants et  d'enseignants-chercheurs\ldots
862 Depuis septembre 2014,  je suis élu au conseil du département d'informatique 
863 de l'IUT BM. 
864
865 Depuis septembre 2014, je suis le responsable du parcours TeProw
866 de la Licence Pro Conception des Application Multi-tiers localisée 
867 à l'IUT BM. Cette licence 
868 a aussi un parcours à l'UFR ST. Je coordonne toute l'organisation 
869 de cette licence avec mon collègue de Besançon. 
870
871
872
873
874 \newpage
875 \section{Publications après la thèse}
876
877 \subsection{Journaux internationaux avec comité de sélection}
878
879 \begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
880
881 \bibitem[CCG15]{ccg15:ij}
882 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Rapha\"el Couturier, and Christophe Guyeux.
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884   LOw cost}.
885 \newblock {\em Annals of Telecommunications}, 2015.
886 \newblock Available online. Paper version to appear.
887
888
889 \bibitem[CDS13]{cds13:ij}
890 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Karine Deschinkel, and Michel Salomon.
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892 \newblock {\em Mechatronics}, 23(7):898--905, October 2013.
893 \newblock Available online. Paper version to appear.
894
895 \bibitem[BCG12a]{bcg12:ij}
896 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
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898 \newblock {\em International Journal On Advances in Internet Technology},
899   5(1):26--33, 2012.
900
901 \bibitem[BCG12b]{bcg11:ij}
902 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
903 \newblock Steganography: a class of secure and robust algorithms.
904 \newblock {\em The Computer Journal}, 55(6):653--666, 2012.
905
906 \bibitem[BCGS12]{bcgs12:ij}
907 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel Salomon.
908 \newblock Neural networks and chaos: Construction, evaluation of chaotic
909   networks, and prediction of chaos with multilayer feedforward network.
910 \newblock {\em Chaos, An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science},
911   22(1):013122--1 -- 013122--9, March 2012.
912 \newblock 9 pages.
913
914 \end{thebibliography}
915
916 \subsection{Conférences internationales avec comité de sélection}
917
918 \begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
919
920 \bibitem[AAG{\etalchar{+}}15]{aagp+15:ip}
921 Reem Alsrraj, Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Laurent Philippe, and
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924   discrete particle swarm optimization.
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927   September 2015.
928 \newblock To appear.
929
930 \bibitem[ACG{\etalchar{+}}14]{acgm+14:ij}
931 Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, Arnaud Mouly,
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937
938 \bibitem[ACGS13]{acgs13:onp}
939 Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel
940   Salomon.
941 \newblock Finding the core-genes of chloroplast species.
942 \newblock Journ\'ees SeqBio 2013, Montpellier, November 2013.
943
944 \bibitem[AGC{\etalchar{+}}14]{akgcs+14:oip}
945 Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Michel Salomon,
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947 \newblock Gene similarity-based approaches for determining core-genes of
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961
962
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971
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1007
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1051 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Pierre-Cyrille H\'eam, Christophe Guyeux, Qianxue
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1076 \newblock To appear.
1077
1078 \end{thebibliography}
1079
1080 \subsection{Communications orales invitées}
1081
1082 J'ai été invité:
1083 \begin{itemize}
1084
1085 \item au Workshop \og Théorie des réseaux booléens et ses applications en biologie\fg{}  
1086 à Nice en novembre 2014;
1087
1088 \item à la journée \og Advances in Mobile Technologies Day\fg{}  par l'Université Antonine  (Liban) en mai 2013;
1089
1090 \item au Séminaire MDSC (Modèles Discrets pour les Systèmes Complexes)
1091   du laboratoire I3S sur le sujet \og Efficiently dealing with SMT-LIB provers in software verification\fg{} en décembre 2007.
1092 \end{itemize}
1093
1094 \subsection{Communications diverses}
1095 \begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
1096
1097 \bibitem[CHG{\etalchar{+}}14b]{chgw+14:onp}
1098 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Pierre-Cyrille H\'eam, Christophe Guyeux, Qianxue
1099   Wang, and Jacques Bahi.
1100 \newblock Traversing a n-cube without balanced hamiltonian cycle to generate
1101   pseudorandom numbers.
1102 \newblock 15-th Mons Theoretical Computer Science Days (15e Journ\'ees
1103   Montoises d'Informatique Th\'eorique), Nancy, France, September 2014.
1104 \end{thebibliography}
1105
1106
1107
1108 % \newpage
1109 % \section{Avis du directeur de l'Equipe}\label{sec:avis:directeur}
1110
1111 %\bibliographystyle{alpha}
1112 %\bibliography{abbrev,biblioand}
1113
1114
1115
1116 \end{document}