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33 \newcommand{\JFC}[1]{\begin{color}{green}\textit{#1}\end{color}}
34 \newcommand{\etalchar}[1]{$^{#1}$}
37 %\lstset{% general command to set parameter(s)
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59 bookmarksopen=true, %si les signets Acrobat sont créés,
60 %les afficher complÚtement.
61 pdftitle={Demande d'inscription à l'HDR de JF COUCHOT}, %informations apparaissant dans
62 pdfauthor={Jean-Fran\c{c}ois Couchot}, %dans les informations du document
63 pdfsubject={Demande d'inscription à l'HDR de JF COUCHOT} %sous Acrobat.
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83 \renewcommand{\refname}{ }
85 \title{Mémoire de synthèse des activités de recherche et d'encadrement.}
86 \author{Jean-Fran\c{c}ois {\sc Couchot}}
92 \section{Curriculum vit{\ae}}
97 \item \textbf{web~:} \url{http://members.femto-st.fr/jf-couchot/}
98 \item \textbf{courrier~:}
99 %\begin{minipage}[t]{10cm}
100 FEMTO-ST, dpt DISC, IUT BM, 19 rue du maréchal Juin, 90000 Belfort
102 \item \textbf{mail~:} \url{couchot@femto-st.fr}
103 \item\textbf {tel~:} (+33) (0)3 84 58 77 38
104 \item\textbf {gsm~:} (+33) (0)6 76 06 68 94
107 \subsection{Diplômes universitaires}
109 \item{\bf{91~:}} Baccalauréat série C mention AB, Besançon.
110 \item{\bf{95~:}} Maîtrise de mathématiques pures, Université de
113 CAPES de mathématiques, IUFM d'Auvergne.
115 Maîtrise d'informatique, mention B (UFC).
117 DEA Informatique, option {\em Génie Logiciel} (UFC). Stage intitulé {\em Atteignabilité d'états et spécifications
118 logico-ensemblistes}. Major de Promotion, mention TB.
119 \item{\bf{avril 06~:}}
120 Doctorat en informatique au Laboratoire d'Informatique
121 de l'Université de Franche Comté (devenu département DISC de FEMTO-ST),
122 sur la {\em vérification d'invariants par superposition},
123 mention très honorable.
127 \subsection{Fonctions et expériences professionnelles}
129 \item{\bf{95-00~:}} Enseignant en mathématiques dans le secondaire,
130 successivement à Aurillac(15), Beaune(21), Belfort(90) et
132 \item{\bf{sept. 00-06~:}} PrCe $71^{ème}$ section, Unité de Formation
133 et de Recherche (UFR) Sciences du
134 Langage de l'Homme et de la Société (SLHS) à l'UFC.
135 \item{\bf{sept. 06-07~:}} Post-doctorant INRIA (projet ProVal) sur le
136 thème de l'intégration de preuves interactives dans des preuves
137 automatiques (et vice-versa). %pour la vérification de programmes C embarqués.
138 \item{\bf{sept. 07-08~:}} PrCe $71^{ème}$ section, UFR SLHS à l'UFC.
139 \item{\bf{sept. 08-\ldots~:}} Maître de Conférences $27^{ème}$ section, IUT de Belfort-Montbéliard (IUT BM), au département d'informatique (UFC).
140 \item{\bf{sept. 11-14\ldots~:}} \'Elu au Conseil d'Institut de l'IUT BM.
145 \section{Nom et type de l'équipe de recherche.}
147 Je suis membre de l'équipe Algorithmique Numérique Distribuée (AND) du
148 Département d'Informatique des Systèmes Complexes (DISC)
149 du laboratoire FEMTO-ST.
150 Je relève de l'école doctorale 37 Sciences Pour l'Ingénieur et Microtechniques (SPIM) de l'UFC.
154 \subsection{Avis du directeur de l'équipe}\label{sec:avis:directeur:equipe}
156 \subsection{Avis du directeur de recherche}\label{sec:avis:directeur:recherhce}
158 \subsection{Avis du directeur de l'école doctorale}\label{sec:avis:directeur:spim}
162 \section{Résumé de la thématique de la thèse d'université}
163 On considère en entrée de la démarche une description
164 mathématique d'un programme: par exemple une fonction enrichie avec
165 une spécification du contexte dans lequel elle est invoquée (la pré-condition) et
166 une spécification exprimant quelles propriétés sont garanties en retour (la
167 post-condition). Lorsque pré-condition et post-condition sont équivalentes,
168 on parle d'invariant.
169 La thématique de \emph{vérification de programmes par preuve automatique}
170 consiste à tout d'abord construire des formules mathématiques
171 qui doivent être vraies si et seulement si
172 la post-condition est établie par le programme sous hypothèse de pré-condition,
174 décharger ces formules dans des prouveurs de théorèmes.
175 Cette thématique est au c{\oe}ur des travaux de recherche effectués
176 pendant mon doctorat et le post-doctorat qui a suivi à l'INRIA.
180 Durant mon travail de thèse intitulée
181 {\em vérification d'invariants par superposition},
182 j'ai proposé différentes traductions en logique équationnelle\cite{cdgr03:ij,cddg+04:ip,cg04:np}
183 des obligations de preuve,
184 dans l'objectif de faire converger
185 le plus rapidement possible un prouveur par superposition qui les décharge.
186 J'ai démontré la correction et la complétude partielle de la démarche et
187 ai montré que la démarche supplante celles basées sur la
188 logique WS1S et l'outil MONA.
189 J'ai appliqué ceci à la vérification de protocoles notamment d'exclusion
190 mutuelle~\cite{CGK05} définis à l'aide de spécifications ensemblistes B~\cite{cdgr04:onp}.
196 \subsection*{Publications issues de ces recherches}
199 \begin{thebibliography}{9}
200 \bibitem[CGK05]{CGK05}
201 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Alain Giorgetti, and Nikolai Kosmatov.
202 \newblock A uniform deductive approach for parameterized protocol safety.
203 \newblock In David~F. Redmiles, Thomas Ellman, and Andrea Zisman, editors, {\em
204 ASE}, pages 364--367. ACM, 2005.
207 \bibitem[CDD{\etalchar{+}}04]{cddg+04:ip}
208 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Fr\'ed\'eric Dadeau, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti,
210 \newblock Proving and debugging set-based specifications.
211 \newblock In A.~Cavalcanti and P.~Machado, editors, {\em WMF'03 proceedings},
212 volume~95 of {\em ENTCS, Electronic Notes in Theoretical Computer Science},
213 pages 189--208, Campina Grande, Brazil, May 2004.
215 \bibitem[CDGR03]{cdgr03:ij}
216 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
217 \newblock Scalable automated proving and debugging of set-based specifications.
218 \newblock {\em Journal of the Brazilian Computer Society (JBCS)}, 9(2):17--36,
220 \newblock ISSN 0104-6500.
222 \bibitem[CG04]{cg04:np}
223 Jean-Fran\c{c}ois Couchot and Alain Giorgetti.
224 \newblock Analyse d'atteignabilit\'e d\'eductive.
225 \newblock In Jacques Julliand, editor, {\em Congr\`es Approches Formelles dans
226 l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels, AFADL'04}, pages 269--283,
227 Besan\c{c}on, France, June 2004.
229 \bibitem[CDGR04]{cdgr04:onp}
230 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, D.~D\'eharbe, Alain Giorgetti, and S.~Ranise.
231 \newblock {B}arvey~: {V}\'erification automatique de consistance de machines
233 \newblock In Jacques Julliand, editor, {\em AFADL'04, Approches Formelles dans
234 l'Assistance au D\'eveloppement de Logiciels,}, pages 369--372, Besan\c{c}on,
236 \newblock Session outils.
238 \end{thebibliography}
255 \section{Exposé des recherches réalisées au cours de la période postdoctorale}
257 Entre avril 2006 et aujourd'hui, les recherches réalisées ont concerné plusieurs domaines synthétisés ci-après. Le premier travail (Sec.~\ref{sub:verif})
258 est une suite directe des travaux de thèse. Suivent six sections
259 (de la Sec.~\ref{sub:sdd} à la Sec.~\ref{sub:hash}) sur les systèmes
260 dynamiques discrets et leurs applications, thématique
261 pour laquelle j'ai été recruté dans l'équipe AND du département
262 DISC. Enfin la section~\ref{sub:gen} présente comment j'ai réinvesti le
263 domaine de la bio-informatique à l'aide de compétences connexes.
264 Ces travaux ont été valorisées par des publications dont les références sont données.
266 \subsection{Vérification de programmes par
267 preuve automatique}\label{sub:verif}
269 Lors de mon post-doctorat à l'INRIA, j'ai d'abord montré qu'il était possible
270 d'instancier des contre-exemples~\cite{BCDG07} et de voir
271 si ceux-ci sont atteignables~\cite{CouchotD07IFM} lorsque
272 l'obligation de preuve à vérifier n'est pas établie.
273 Ceci peut aider l'ingénieur à corriger ses modèles.
274 Je me suis ensuite intéressé à la
275 logique du premier ordre polymorphe.
276 Dans ce but, j'ai présenté un réducteur de logique
277 polymorphe vers de la logique sans sorte et de la logique multi-sortes
278 du premier ordre, préservant la correction et la
279 complétude~\cite{couchot07cade}.
280 Toujours pendant mon post-doctorat, face au problème d'explosion
281 combinatoire rencontré
282 lors de déduction automatique, j'ai présenté une approche
284 formules~\cite{couchot07FTP, cgs09:ip} de type SMT-LIB
285 basée sur la sélection des hypothèses les plus
287 L'approche a été implantée et validée sur un exemple industriel réel
288 de 5000 lignes de Code C annoté fourni par Dassault aviation.
296 \subsection{Convergence de systèmes dynamiques discrets}\label{sub:sdd}
298 Un système dynamique discret (SDD) est une fonction $f$
299 du $n$-cube ($\{0,1\}^n$) dans lui même et un mode opératoire
300 (parallèle, unaire, généralisé) qui peut être itéré
301 en synchrone ou en asynchrone.
302 %Ils ont été étudiés à de maintes reprises ~\cite{Rob95,Bah00,bcv02}.
303 Pour chacun de ces modes, il existe des critères (suffisants) de convergence
304 globale ou locale, souvent basés sur le fait que $f$ est
305 est un opérateur contractant dans un espace.
307 Les modes asynchrones ont une dynamique avec plus de liberté
308 puisqu'ils autorisent chaque élément à modifier sa valeur avant
309 de connaître les valeurs des autres éléments dont il dépend.
310 Cependant, lorsque les calculs à effectuer sur certains n{\oe}uds
311 sont coûteux en temps et/ou que les temps de communication sont élevés,
312 ces modes peuvent présenter une convergence plus rapide que le cas synchrone.
314 J'ai formalisé le mode des
315 \emph{itérations mixes} (introduit par Pr. J. M. Bahi en 2005 notamment)
316 qui combine synchronisme et asynchronisme.
317 Intuitivement, les n{\oe}uds qui pourraient engendrer des cycles dans
318 les itérations asynchrones sont regroupés dans une même classe.
319 Les noeuds à l'intérieur celle-ci seront itérés de manière
320 synchrone et les itérations asynchrones sont conservées entre les groupes.
321 Pour gommer les différences entre les n{\oe}uds d'une même classe
322 lorsqu'ils sont vus depuis des n{\oe}uds extérieurs, j'ai défini le
323 mode des \emph{itérations mixes avec délais uniformes}.
324 J'ai pu ainsi énoncer puis démontrer un théorème
325 établissant que pour des conditions classiques de convergence des itérations
326 synchrones d'une fonction $f$, les itérations mixes à délai uniforme
327 convergent aussi vers le même point fixe.
328 Ceci a été synthétisé dans~\cite{BCVC10:ir}.
331 L'étude de convergence de SDDs est simple à vérifier
332 pratiquement pour le mode synchrone.
333 C'est beaucoup plus complexe lorsqu'on traite des itérations asynchrones
334 et mixes prenant de plus en compte les délais.
335 Des méthodes de simulation basées sur des stratégies et des délais générés aléatoirement avaient déjà été présentées.
336 Cependant, comme ces implantations ne sont pas exhaustives, elles ne sont intéressantes que lorsqu'elles fournissent un contre-exemple.
337 Lorsqu'elles exhibent une convergence,
338 cela ne permet que donner une intuition de convergence, pas une preuve.
339 Autant que je sache, aucune démarche de preuve formelle automatique
340 de convergence n'avait jamais été établie.
343 J'ai démontré qu'on peut simuler
344 des SDDs selon tous les modes pour établir
345 formellement leur convergence (ou pas).
346 Cette simulation est basée sur l'outil SPIN de \emph{Model-Checking}.
347 Pour traiter le problème d'explosion
348 combinatoire, les outils de cette classe
349 appliquent des méthodes d'ordre partiel, d'abstraction,
350 de quotientage selon une relation d'équivalence.
351 J'ai présenté pour cela une démarche de traduction d'un SDD
353 J'ai énoncé puis prouvé ensuite la correction et la complétude de la démarche.
354 Des données pratiques comme la complexité et des synthèses d'expérimentation
355 ont aussi été fournies.
356 Ceci a été synthétisé dans~\cite{Cou10:ir}
359 \subsection{Construction de fonctions chaotiques}
360 Je me suis intéressé ensuite à l'étude du problème dual
361 de l'étude de divergence d'un SDD.
362 Le Pr. C. Guyeux de l'équipe AND a proposé dans sa thèse en 2010
363 une caractérisation des fonctions $f$ de $\{0,1\}^n$ dans lui même
364 dont les itérations sont chaotiques selon Devanney pour un mode donné:
365 il est nécessaire et suffisant que son graphe des itérations soit
367 J'ai proposé plusieurs méthodes de construction de
368 fonctions ayant de tels graphes d'itérations~\cite{bcgr11:ip,chgw+14:onp}.
370 Dans la première~\cite{bcgr11:ip},
371 l'algorithme enlève des arcs et vérifie ensuite que
372 la forte connexité est maintenue.
373 Même si cet algorithme retourne toujours des fonctions dont le graphe
374 des itérations est fortement connexe, il n'en est pas pour autant efficace
375 car il nécessite une vérification à posteriori de la
376 forte connexité sur le graphe entier composé de $2^n$ sommets.
377 La seconde méthode propose une solution à ce problème en présentant
378 des conditions suffisantes sur un graphe à $n$ sommets
379 qui permettent d'obtenir des graphes d'itérations fortement connexes.
380 Ce théorème a aussi été prouvé dans~\cite{bcgr11:ip}
381 et des instanciations effectives
383 Une troisième méthode~\cite{chgw+14:onp} s'appuie sur les codes
384 de Gray, ou de manière équivalente sur les cycles hamiltoniens du graphe des
386 % : un cycle qui visite chaque n{\oe}ud exactement une fois est un
387 % \emph{cycle hamiltonien}.
388 %La démarche consiste à enlever du graphe un de ses cycles hamiltoniens dont
389 %la démarche de génération est un problème connu.
391 Ces méthodes ont permis d'étendre à l'infini la classe des fonctions
392 dont les itérations sont chaotiques.
395 \subsection{Apprentissage par réseaux neuronaux}
396 Nous disposons grâce aux travaux présentés à la section précédente d'un grand
397 nombre de fonctions dont les itérations sont chaotiques.
398 Nous avons entrepris d'étudier ces itérations et plus particulièrement leur
399 apprentissage par un réseau de neurones.
400 J'ai notamment pu contribuer à montrer pratiquement qu'il
401 est très difficile (voir impossible) de les prédire
402 à l'aide de tels outils d'intelligence artificielle~\cite{bcgs12:ij}.
405 Nous nous sommes attaqués parallèlement
406 à un problème physique d'optimisation de
407 l'écoulement d'un flux d'air le long d'un véhicule.
408 Ce flux peut être modifié si l'on active des injecteurs d'air placés
409 par exemple sur le becquet du véhicule.
410 Le flux d'air peut être modélisé à l'aide d'équations de Navier-Stokes
411 dont on ne connaît pas de méthode analytique de résolution.
412 De plus, le nombre de Reynolds calculé dans cette situation fait apparaître
413 que le régime est extrêmement turbulent, donc difficile à prévoir.
415 continuer nos expériences d'apprentissage à l'aide
416 de réseau de neurones dans ce contexte.
417 Il est apparu comme judicieux de mémoriser les configurations
418 représentant l'état des actionneurs à l'aide de nombres binaires.
419 De plus les codes de Gray (dont deux mots adjacents ne diffèrent que d'un
420 bit) se sont présentés comme une des manières de mémoriser les sorties du
421 réseau de neurones comme un seul nombre binaire.
422 Quand on sait que trouver un chemin hamiltonien (comme étudié dans la partie précédente) dans un
423 $n$-cube revient à trouver un code
424 de Gray dans un mot de $n$-bits. Les compétences acquises lors du travail
425 sur les chemins hamiltoniens ont ainsi pu être réutilisées et approfondies.
426 Les résultats pratiques quant à l'utilisation de ces codes ce sont cependant
427 révélés comme moins pertinents que l'utilisation de $n$ sorties.
428 Ceci a été valorisé dans les publications~\cite{cds12:ip,cds13:ij}.
430 \subsection{Génération de nombres pseudo-aléatoires}
431 Au commencement de ce travail, notre équipe disposait d'un générateur de nombres
432 pseudo-aléatoires (PRNG)
433 basé sur une seule fonction dont nous avions prouvé la chaoticité
434 des itérations, à savoir la négation booléenne vectorielle. Cependant pour
435 réussir les tests statistiques dédiées aux PRNGs, il était nécessaire d'itérer
436 un grand nombre (arbitraire) de fois cette fonction entre deux
439 Avec la production d'une grande collection de fonctions à itérations chaotiques,
440 j'ai proposé de répondre à la question suivante: comment engendrer des fonctions
441 dont les itérations vont produire des nombres simulant correctement l'aléa.
442 J'ai d'abord caractérisé les fonctions dont les itérations produisent des nombres
443 selon une distribution uniforme~\cite{bcgr11:ip}. Pour cela il a fallu réécrire
444 l'algorithme de génération comme une marche aléatoire dans une partie du $n$-cube,
445 de se ramener à une chaîne de Markov puis d'utiliser la théorie élaborée sur ce sujet
446 pour conclure. Par la même occasion, nous avons démontré que certaines fonctions
447 chaotiques ne peuvent pas produire un aléa suivant une distribution uniforme.
448 La sortie est biaisée.
450 J'ai proposé ensuite des méthodes permettant de trouver de telles
451 fonctions en commençant par filtrer celles qui ne disposent pas
452 de cette caractéristique parmi toutes les fonctions chaotiques qui peuvent
453 être engendrées~\cite{bcgr11:ip}. J'ai démontré ensuite que supprimer
454 un cycle hamiltonien dans un $n$-cube permettait d'engendrer directement
455 des fonctions avec une telle caractéristique~\cite{chgw+14:oip}.
456 De plus, je me suis attaché à montrer l'importance
457 de l'équilibrage du chemin hamiltonien à enlever.
459 Les générateurs produits ont d'abord été évalués avec succès
460 ont confirmé la qualité de
461 ceux-ci~\cite{bcgw11:ip,chgw+14:onp,chgw+14:oip} en se confrontant à
462 des batteries de tests telles que Die-Hard, NIST, TestU01.
464 Plus récemment, nous avons entrepris de trouver des bornes du temps d'arrêt
465 d'obtention d'une distribution uniforme d'un générateur
466 construit en enlevant un chemin hamiltonien équilibré dans un $n$-cube. Le travail
467 en collaboration avec Pr. P.-C. Heam du DISC
468 est en cours de soumission
469 dans un international.
471 Enfin j'ai été sollicité pour encadrer une thèse sur l'implantation
472 de générateurs de nombre pseudo-aléatoires à bases d'itérations
473 chaotiques sur des circuits logiques
474 programmables. J'ai commencé ce travail en encadrant une étude exhaustive
475 de toutes les instances d'implantations de cette classe.
476 Ce travail complet théorique et pratique est terminé aujourd'hui et
477 est en cours de soumission dans un journal international.
484 \subsection{Masquage d'information}\label{sub:ih}
486 La propriété de transitivité des fonctions chaotiques implique que l'on peut
487 atteindre tout point depuis le voisinage de n'importe quel point.
488 Lorsqu'on cherche à embarquer une marque dans un média,
489 si l'on souhaite de plus que celle-ci soit robuste, \textit{i.e.},
490 ne puisse pas être enlevée facilement, il paraît naturel d'embarquer
491 cette marque sur une grande partie du média.
492 L'utilisation de fonctions chaotiques
493 paraît alors judicieuse.
495 J'ai participé à la formalisation de la méthode de
496 marquage de médias~\cite{bcg11b:ip,bcg11:ij} et particularisé
497 ceci à des images numériques fournissant un
498 nouveau contexte pour l'étude théorique et mathématique d'algorithmes de marquage.
499 La chaos-sécurité a été introduite comme une nouvelle propriété
500 de tels algorithmes de marquage.
501 Nous avons de plus montré la robustesse d'un tel marquage dans les
502 domaines fréquentiels usuels (DWT ou DCT).
504 Des instances de ces algorithmes ont été présentées en sélectionnant de manière
505 pertinente les fonctions à itérer soit pour garantir une robustesse
506 élevée~\cite{bcfg12b:ip,bcfg+13:ip} soit pour masquer l'information dans le média
507 et être le moins détectable possible~\cite{bcfg12a:ip}.
509 D'autre méthodes de watermarking ont été investies
510 particulièrement celles basées sur la Quantization Index Modulation (QIM), méthodes
511 étant supposées comme les plus robustes. Mes principales contributions
512 sur ce travail --en collaboration avec Dr R. Darzy de l'Université Antonine au Liban
513 et en co-encadrant le stage de M2 de Ahmad Bittar--,
515 d'intégrer ceci à du marquage de document PDF puis de
516 présenter ce problème comme un problème d'optimisation.
517 Grâce à une telle présentation nous avons pu trouver les paramètre optimaux
518 des méthodes QIM assurant à la fois robustesse et indétectabilité.
519 Le travail est en cours de soumission dans un international.
521 Lorsque l'objectif visé est l'indétectabilité, on parle de \emph{stéganographie}.
522 Ce domaine a été adressé en critiquant notamment les scénarios usuels d'évaluation
523 des algorithmes de stéganographie. J'ai proposé un cadre complémentaire permettant
524 d'évaluer ces schémas de masquage~\cite{fccg15:ip}.
525 Ceci se réalise en co-encadrant le doctorat de Y. Fadil.
527 J'ai de plus participé à l'élaboration de l'algorithme STABYLO~\cite{ccg15:ij}
529 stéganographie basé sur l'enfouissement de l'information dans les contours
530 présents dans une image.
531 Ce travail est en collaboration avec Pr. R. Couturier.
532 Mes contributions ont principalement été la formalisation de l'algorithme et
533 son étude de complexité. Grâce a l'optimisation de cette dernière,
534 nous avons pu montrer
535 que cet algorithme présente un excellent compromis entre sécurité
536 fournie et complexité.
538 \subsection{Les fonctions de hachage}\label{sub:hash}
539 Une fonction qui calcule une empreinte servant à identifier rapidement toute
540 donnée fournie en entrée est une fonction de hachage. On utilse ce genre
541 de fonctions dès qu'on veut comparer des éléments de grande taille car il
542 suffit de comparer leurs empreintes (généralement de taille plus réduite).
543 Une telle fonction doit induire de grandes variations dans l'empreinte
544 lorsque l'entrée varie même très peu. C'est l'effet avalanche. Cet
545 condition fait penser à la forte sensibilité aux conditions initiales
546 d'une fonction chaotique.
548 Fort de nos compétences sur les fonctions dont les itérations sont
549 chaotiques, nous avons proposé de nouvelles fonctions de hachage.
550 Celles-ci combinent des outils classiques utilisés dans les
552 usuelles et des itérations de systèmes dynamiques discrets étudiés
554 Nous avons prouvé que ces fonctions sont résistantes à la
555 seconde préimage. Leur complexité, polynomiale en la taille
556 du message et la taille de l'empreinte, a été évaluée et correspond
557 à ce qu'on attend d'une telle fonction.
558 Nous avons de plus vérifié statistiquement le critère d'avalanche.
559 Ces résultats ont été valorisés dans les publications~\cite{bcg11:ip,bcg12:ij}.
564 \subsection{Application à la génomique}\label{sub:gen}
566 Ayant acquis des compétences sur certaines structures de mathématiques
567 discrètes (particulièrement théorie des graphe,
568 relation d'équivalence,\ldots), j'ai pu contribuer en bio-informatique
569 en les réappliquant notamment.
571 Une de mes première piste de travail a été de proposer une méthode automatique
572 de construction d'un ensemble de gènes communs (nommés core-génome)
573 à une famille de génomes.
574 La méthode s'appuie sur la construction du graphe de similarité
575 entre les gènes quotienté selon une relation d'équivalence pour en
576 réduire sa taille. Chaque gènes est assimilé à son représentant de
577 classe dans chaque génome. Le core-génome se déduit comme l'intersection
578 de tous les génome. Ceci a donné lieu aux
579 publications~\cite{acgs13:onp,akgcs+14:oip,acgm+14:ij}.
581 L'approche précédente souffrait de n'engendrer que des core-génomes de (trop)
582 petits cardinaux. J'ai contribué notamment
583 à l'amélioration de la méthode en proposant une étape d'optimisation issue
584 d'une adaptation discrète la méthode d'essaims particulaires~\cite{aagp+15:ip}.
586 Tout ces travaux ont été réalisés en collaboration avec M. Salomon et en co-encadrant
587 le doctorat de B. Alkindy.
592 \section{Perspectives de recherche}
597 \subsection{Les codes de Gray}
598 L'utilisation des codes de Gray dans une démarche d'apprentissage
599 (d'écoulement d'air ou de fonctions chaotiques) ne s'est pas révélée comme
600 concluante. Dans chacun des cas, la distance de Hamming entre deux
601 configurations voisines peut être très petite tandis que le chemin (dans le
602 cycle hamitlonien) qui les relie peut être long et ce même
603 pour des codes équilibrés.
604 Je propose de travailler sur ce problème discret en mesurant la qualité
605 du code de Gray à l'aide d'une fonction basée sur la longueur des chemins
606 (du cycle hamiltonien) entre les configurations voisines.
607 Je pense ainsi réduire ce problème à un problème d'optimisation et dégager
608 une démarche de génération, comme je l'ai fait en bio-informatique.
610 Jusqu'à présent, la production de codes de Gray équilibrés adaptés à ces
611 contextes d'utilisation
612 dans l'étape de construction de fonctions chaotiques pour la génération
613 de nombres pseudo aléatoire bute sur des problèmes d'explosion combinatoire:
614 les seuls algorithmes connus répondant à ce problème nécessitent a priori
615 plus de $10^{36}$ évaluations pour $n=8$.
616 Il n'est ainsi pas raisonnable de mettre en
617 pratique ce genre d'approche lorsque chacune de ces évaluations prend 1s.
619 se contenter de code ``presque'' équilibrés , à défaut de pouvoir
620 trouver ceux qui seront équilibrés.
621 Je propose d'investiguer
622 dans cette thématique en exploitant des approches itératives permettant
623 d'obtenir des optimums locaux et trouver ainsi des codes presque équilibrés.x
627 \subsection{Génération de nombres pseudo-aléatoires}
629 La démarche actuelle de génération de nombres pseudo-aléatoires
630 consiste à marcher dans une partie d'un $n$-cube en choisissant son chemin
631 à l'aide d'un générateur fourni en entrée. Or ces générateurs sont tous des
632 fonctions de $\{0,1\}^n$ dans lui même. Cette approche
633 semble pouvoir se réécrire
634 comme un produit synchrone de deux automates.
635 L'intérêt d'une telle réécriture est qu'on pourrait exploiter
636 tous les résultats théoriques et pratiques déjà connus dans la communauté
638 Je pense investiguer cette voie pour améliorer notre approche,
639 s'affranchir, à terme, de tout autre générateur, améliorer la
640 connaissance à ce sujet.
641 Les propriété établies notamment sur les temps d'arrêt devraient être conservées.
642 Il restera à le prouver.
645 Jusqu'à présent, une seule expérimentation d'implantation de nos générateurs
646 sur des dispositifs physiques comme les FPGAs a été réalisée. Celle-ci
647 s'est faite automatiquement à l'aide de l'outil Matlab. Si le code engendré
648 sur le circuit est bien une implantation fidèle à la spécification,
649 il n'en est pas pour autant efficace: le nombre de bits généré par surface
650 est plutôt faible. Nous allons exploiter les meilleurs démarches mises en
651 exergue lors de la rédaction d'un état de l'art exhaustif sur les PRNG
652 implantés sur FPGA pour produire du code optimisé.
653 Je prévois de réaliser ceci dans la thèse de M. Bakiri, en cours.
655 Pour générer une fonction dont la matrice de Markov est doublement
656 stochastique, nous avons proposé principalement deux méthodes
657 (génération puis test, suppression de chemin hamiltonien dans un $n$-cube).
658 Ces deux méthodes ne passent pas à l'échelle, même pour des $n$ de petite taille.
659 Je pense attaquer ce problème algébriquement et en programmation logique avec
660 contraintes. Dans le premier cas, on peut remarquer qu'un matrice
661 composée de $1$ uniquement
662 en $(i,i+1)$ est une réponse triviale au problème. Je pense continuer l'étude
663 de ce genre de matrices et proposer une méthode plus générale de génération.
664 Je prévois de réaliser ce travail avec M. S. Contassot, Pr. à l'Université de Lorraine.
665 Le département DISC et l'équipe VESONTIO
666 a de fortes compétences en programmation logique avec
667 contraintes. J'ai déjà démontré que ce problème peut être soluble par cette
668 approche, sans avoir pour autant réussi à le faire.
669 Je prévois des collaborations avec l'équipe VESONTIO du DISC sur ce sujet.
672 Enfin, marcher dans une partie d'un $n$-cube est le modèle théorique que
673 nous avons établi pour notre classe de générateurs. On pourrait cependant
674 penser à ``sauter'' dans ce $n$-cube, c'est à dire modifier plusieurs bits
675 en une seule itération. J'ai commencé à étudier ce modèle avec les résultats
676 pratiques suivants: le nombre d'itérations suffisant pour un mélange
677 correct est plus petit que celui obtenu en marchant. De plus,
678 il diminue à mesure que $n$ augmente ce qui n'est pas le cas en marchant.
679 Pour l'instant, nous n'avons pas réussi à obtenir des bornes
680 du temps d'arrêt. Je propose d'investiguer aussi dans cette direction.
684 \subsection{Masquage d'information}
686 Concernant le marquage de données, plusieurs approches duales cohabitent pour
687 établir ou non la sécurité d'un algorithme
688 de cette classe: les probabilistes (stego-securité par ex.),
689 les métriques (chaos-securité par ex.),
690 les cryptographiques (mesure de fuite d'information).
691 Notre approche n'a pas encore été évaluée selon cette dernière métrique, ce
692 que je propose de faire.
694 Concernant l'indétectabilité, je propose de travailler à la fois sur
695 la stéganographie et sur la stéganalyse.
696 Nos expériences sur les schémas les plus efficaces de stéganographie
697 nous font penser qu'embarquer un message dans les contours comme cela l'a été fait pour
698 STABYLO est perfectible: on sait depuis qu'il existe des fonctions mathématiques
699 qui modélisent ces contours. Lorsqu'on modifie sans garde la valeur des bits de ces
700 contours, la ``continuité'' des fonctions qui les modélisent peut être perdue et
701 le message peut s'en trouver détectable. Que je sache, aucune approche de stéganographie
702 basée sur la continuité des fonctions de contours n'a jamais été proposée.
703 Je propose donc d'investiguer dans cette voie.
705 Les démarches de stéganalyse sont souvent composées de 2 étapes:
706 caractérisation puis classification.
707 On extrait au préalable une grande quantité des caractéristiques du média
708 puis on utilise une méthode de
709 classification basée sur celles-ci. La communauté voit souvent cette
710 seconde étape comme une boite noire et se concentre
711 sur la construction de l'ensemble des caractéristiques les plus discriminantes.
712 Autant que je sache, les méthodes algébriques
713 de réduction de domaine (analyse par composant principaux, SVD)
714 ont rarement été utilisées comme une étape intermédiaire entre la caractérisation et
715 la classification. Ces méthodes ont déjà été
716 appliquées avec succès lorsqu'elles sont combinées avec des méthodes
717 d'apprentissage, par exemple dans de la reconnaissance faciale.
718 Je propose d'étudier cette piste dans ce domaine.
719 Ceci se réalisera notamment au travers du doctorat de Y. Fadil.
727 \section{Insertion dans l'équipe de recherche}
729 La thématique prinsipale de ma thèse et du post doctorat qui a suivi
730 était la vérification de programmes par preuve automatique, soit de
731 la logique informatique.
732 Suite à mon recrutement dans l'équipe AND, mes recherches se sont réorientées
733 autours des SDDs et donc de l'analyse numérique plus généralement.
734 En plus des publications obtenues avec les membres de l'équipe AND,
735 ce qui suit récapitules quelques éléments permettant
736 d'apprécier mon insertion dans l'équipe AND
741 J'ai monté une collaboration active avec l'Université Antonine au Liban.
742 J'y ai été invité en mai 2013. J'ai par la suite co-encadré trois stages de
743 master 2 recherche avec des membres de cette université.
744 J'ai un article en cours de soummission résumant un travail en collaboration
745 avec un ancien étudiant et un enseignant chercheur de cette université.
747 Je suis membre du GDR codes et cryptographie. J'ai à ce titre
748 participé aux Journées Codes et Stéganographie en 2012 (Rennes)
749 où j'ai présenté le travail
750 de \og Steganography: secure and robust algorithms \fg{} et en 2013 (Paris).
753 J'ai co-organisé avec J. Bahi et C. Guyeux
754 \og The First Workshop on Information Hiding Techniques
755 for Internet Anonymity and Privacy (IHTIAP) \fg{} à Venise en juin 2012.
756 Le comité de programme était composé
757 de 18 chercheurs internationaux (dont je faisais aussi partie).
758 Il s'est déroulé sur 1 journée.
761 J'ai fait partie des comités de programme de conférences
762 comme \og international conference on evolving internet \fg{}
763 (2012, 2013,2014 )\ldots
764 J'ai été session chair de \og international conference on evolving internet\fg{}
765 en 2011 et IHTIAP en 2012
767 J'ai reviewé des articles pour les journaux internationnaux
768 suivants: The computer Journal, Springer Multimedia Tool and application,
769 Springer Annals in Telecommunication\ldots
772 Je suis régulièrement membre de jury des épreuves TIPE, épreuves communes
773 à 90 concours d'ingénieurs (sessions 2012 et 2015) et fournit
774 à chaque session des sujets scientifiques pour l'épreuve.
779 \section{Encadrement et co-encadrement d'étudiants}
781 \subsection{Thèse d'université}
783 Je co-encadre (à hauteur de 40\%) avec Michel Salomon (40\%) et
784 Jacques M. Bahi (20\%) le doctorat de Bassam Al Kindy
785 sur les combinaisons d'approches pour la prédiction de l'évolution génomique.
786 Le doctorat a commencé en septembre 2012 et devrait être soutenu en
788 Ce travail de thèse a donné lieu à 6 publications dans des conférences
792 Je co-encadre (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
793 le doctorat de Youssra Fadili
795 l'étude du comportement des outils d'intelligence artificielle
796 face à des dynamiques complexes.
797 Le doctorat a commencé en décembre 2013 et devrait être soutenu en
799 Ce travail de thèse a donné lieu à 1 publication dans une conférence
803 Je co-encadre (à hauteur de 50\%) avec Christophe Guyeux (50\%)
804 le doctorat de Mohamed Bakiri
806 l'implémentation matérielle de générateurs de nombres pseudo-aléatoires basés sur les itérations chaotiques.
807 Le doctorat a commencé en septembre 2014 et devrait être soutenu en
809 Ce travail de thèse a donné lieu à 1 publication dans un journal international
810 en cours de soummission.
812 \subsection{Master 2 recherche}
815 J'ai co-encadré (à hauteur de 34\%) avec Raphael Couturier (33\%) et
816 Rony Darazi -- Université Antonine au Liban--(33\%)
817 le stage de recherche de Master 2 de Ahmad Bittar
820 Steganography in PDF documents based on Unprintable Control ASCII Codes.
821 Le stage a commencé le 01 mai 2013 et a été soutenu le 30 septembre 2013.
822 Ce travail de master a donné lieu à 1 publication dans un journal international
823 en cours de soummission (en révision mineure).
828 J'ai co-encadré (à hauteur de 80\%) avec
829 Talar Atechian -- Université Antonine au Liban--(20\%)
830 le stage de recherche de Master 2 de Hussein Nasser
833 Critical Analysis of Distributed Algorithm for Sensor
834 Network Lifetime Maximization.
835 Le stage a commencé le 01 avril 2014 et a été soutenu le 31 août 2014.
838 Je co-encadre (à hauteur de 80\%) avec
839 Talar Atechian -- Université Antonine au Liban--(20\%)
840 le stage de recherche de Master 2 de Khaled Daher
841 sur la désynchronisation du calcul d'optimisatin de la durée de vie
842 d'un réseau de capteurs.
843 Le stage a commencé le 01 avril 2015 et sera soutenu le 31 août 2015.
848 \section{Participation à des tâches d'intérêt collectif}
850 Depuis septembre 2000, je suis titulaire à l'Université de Franche-Comté,
851 soit sur un poste de PrCe (de 2000 à 2008, sauf l'année 2006-2007) soit sur
852 un poste de MdC. J'ai assuré un grand nombre d'enseignements de la première
853 année de licence ou de DUT jusqu'en senconde année de Master. Depuis mon
854 recrutement comme MdC, j'ai recentré mes enseignements autours
855 de mes thématiques de recherche, à savoir essentiellement les
856 mathématiques discrètes.
857 Je suis de plus le coordinateur des enseignements de mathématiques
858 au département d'informatique de l'IUT BM.
860 J'ai été membre élu du conseil d'institut de l'IUT BM
861 de 2011 à 2014. A ce titre j'ai participé à la vie administrative de l'IUT,
862 aux commissions de recrutement d'enseignants et d'enseignant-chercheurs\ldots
863 Depuis septembre 2014, je suis élu au conseil du département d'informatique
866 Depuis spetembre 2014, je suis le responsable du parcours TeProw
867 de la Licence Pro Conception des Application Multi-tiers localisé
868 à l'IUT BM. Cette licence
869 a aussi un parcours à l'UFR ST. Je coordonne toute l'organisation
870 de cette licence avec mon collègue de Besançon.
876 \section{Publications après la thèse}
878 \subsection{Journaux internationaux avec comité de sélection}
880 \begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
882 \bibitem[CCG15]{ccg15:ij}
883 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Rapha\"el Couturier, and Christophe Guyeux.
884 \newblock {STABYLO}: {STeganography with Adaptive, Bbs, and binarY embedding at
886 \newblock {\em Annals of Telecommunications}, 2015.
887 \newblock Available online. Paper version to appear.
890 \bibitem[CDS13]{cds13:ij}
891 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Karine Deschinkel, and Michel Salomon.
892 \newblock Active {MEMS}-based flow control using artificial neural network.
893 \newblock {\em Mechatronics}, 23(7):898--905, October 2013.
894 \newblock Available online. Paper version to appear.
896 \bibitem[BCG12a]{bcg12:ij}
897 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
898 \newblock Quality analysis of a chaotic proven keyed hash function.
899 \newblock {\em International Journal On Advances in Internet Technology},
902 \bibitem[BCG12b]{bcg11:ij}
903 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, and Christophe Guyeux.
904 \newblock Steganography: a class of secure and robust algorithms.
905 \newblock {\em The Computer Journal}, 55(6):653--666, 2012.
907 \bibitem[BCGS12]{bcgs12:ij}
908 Jacques Bahi, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel Salomon.
909 \newblock Neural networks and chaos: Construction, evaluation of chaotic
910 networks, and prediction of chaos with multilayer feedforward network.
911 \newblock {\em Chaos, An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science},
912 22(1):013122--1 -- 013122--9, March 2012.
915 \end{thebibliography}
917 \subsection{Conférences internationales avec comité de sélection}
919 \begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
921 \bibitem[AAG{\etalchar{+}}15]{aagp+15:ip}
922 Reem Alsrraj, Bassam Alkindy, Christophe Guyeux, Laurent Philippe, and
923 Jean-Fran\c{c}ois Couchot.
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925 discrete particle swarm optimization.
926 \newblock In {\em CIBB 2015, 12th Int. Meeting on Computational Intelligence
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931 \bibitem[ACG{\etalchar{+}}14]{acgm+14:ij}
932 Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, Arnaud Mouly,
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939 \bibitem[ACGS13]{acgs13:onp}
940 Bassam Alkindy, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Christophe Guyeux, and Michel
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943 \newblock Journ\'ees SeqBio 2013, Montpellier, November 2013.
945 \bibitem[AGC{\etalchar{+}}14]{akgcs+14:oip}
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1071 Yousra~Ahmed Fadil, Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Rapha\"el Couturier, and
1073 \newblock Steganalyzer performances in operational contexts.
1074 \newblock In {\em IIH-MSP 2015, 11th Int. Conf. on Intelligent Information
1075 Hiding and Multimedia Signal Processing}, pages ***--***, Adelaide,
1076 Australia, September 2015.
1077 \newblock To appear.
1079 \end{thebibliography}
1081 \subsection{Communications orales invitées}
1086 \item au Workshop \og Théorie des réseaux booléens et ses applications en biologie\fg{}
1087 à Nice en novembre 2014.
1089 \item à la journée \og Advances in Mobile Technologies Day\fg{} par l'Université Antonine (Liban) en mai 2013;
1091 \item au Séminaire MDSC (Modèles Discrets pour les Systèmes Complexes)
1092 du laboratoire I3S sur le sujet \og Efficiently dealing with SMT-LIB provers in software verification\fg{} en décembre 2007.
1095 \subsection{Communications diverses}
1096 \begin{thebibliography}{CHG{\etalchar{+}}14b}
1098 \bibitem[CHG{\etalchar{+}}14b]{chgw+14:onp}
1099 Jean-Fran\c{c}ois Couchot, Pierre-Cyrille H\'eam, Christophe Guyeux, Qianxue
1100 Wang, and Jacques Bahi.
1101 \newblock Traversing a n-cube without balanced hamiltonian cycle to generate
1102 pseudorandom numbers.
1103 \newblock 15-th Mons Theoretical Computer Science Days (15e Journ\'ees
1104 Montoises d'Informatique Th\'eorique), Nancy, France, September 2014.
1105 \end{thebibliography}
1110 % \section{Avis du directeur de l'Equipe}\label{sec:avis:directeur}
1112 %\bibliographystyle{alpha}
1113 %\bibliography{abbrev,biblioand}