formatdicom.py

   1 import os
   2 import png
   3 import dicom
   4 import argparse
   5
   6
   7 def mri_to_png(mri_file, png_file):
   8     """ Function to convert from a DICOM image to png
   9
  10         @param mri_file: An opened file like object to read te dicom data
  11         @param png_file: An opened file like object to write the png data
  12     """
  13
  14     # Extracting data from the mri file
  15     plan = dicom.read_file(mri_file)
  16     shape = plan.pixel_array.shape
  17
  18     image_2d = []
  19     max_val = 0
  20     for row in plan.pixel_array:
  21         pixels = []
  22         for col in row:
  23             pixels.append(col)
  24             if col > max_val: max_val = col
  25         image_2d.append(pixels)
  26
  27     # Rescaling grey scale between 0-255
  28     image_2d_scaled = []
  29     for row in image_2d:
  30         row_scaled = []
  31         for col in row:
  32             col_scaled = int((float(col) / float(max_val)) * 255.0)
  33             row_scaled.append(col_scaled)
  34         image_2d_scaled.append(row_scaled)
  35
  36     # Writing the PNG file
  37     w = png.Writer(shape[0], shape[1], greyscale=True)
  38     w.write(png_file, image_2d_scaled)
  39
  40
  41 def convert_file(mri_file_path, png_file_path):
  42     """ Function to convert an MRI binary file to a
  43         PNG image file.
  44
  45         @param mri_file_path: Full path to the mri file
  46         @param png_file_path: Fill path to the png file
  47     """
  48
  49     # Making sure that the mri file exists
  50     if not os.path.exists(mri_file_path):
  51         raise Exception('File "%s" does not exists' % mri_file_path)
  52
  53     # Making sure the png file does not exist
  54     if os.path.exists(png_file_path):
  55         raise Exception('File "%s" already exists' % png_file_path)
  56
  57     mri_file = open(mri_file_path, 'rb')
  58     png_file = open(png_file_path, 'wb')
  59
  60     mri_to_png(mri_file, png_file)
  61
  62     png_file.close()
  63
  64
  65 def convert_folder(mri_folder, png_folder):
  66     """ Convert all MRI files in a folder to png files
  67         in a destination folder
  68     """
  69
  70     # Create the folder for the pnd directory structure
  71     os.makedirs(png_folder)
  72
  73     # Recursively traverse all sub-folders in the path
  74     for mri_sub_folder, subdirs, files in os.walk(mri_folder):
  75         for mri_file in os.listdir(mri_sub_folder):
  76             mri_file_path = os.path.join(mri_sub_folder, mri_file)
  77
  78             # Make sure path is an actual file
  79             if os.path.isfile(mri_file_path):
  80
  81                 # Replicate the original file structure
  82                 rel_path = os.path.relpath(mri_sub_folder, mri_folder)
  83                 png_folder_path = os.path.join(png_folder, rel_path)
  84                 if not os.path.exists(png_folder_path):
  85                     os.makedirs(png_folder_path)
  86                 png_file_path = os.path.join(png_folder_path, '%s.png' % mri_file)
  87
  88                 try:
  89                     # Convert the actual file
  90                     convert_file(mri_file_path, png_file_path)
  91                     print('SUCCESS>', mri_file_path, '-->', png_file_path)
  92                 except Exception as e:
  93                     print('FAIL>', mri_file_path, '-->', png_file_path, ':', e)
  94
  95
  96 if __name__ == '__main__':
  97     parser = argparse.ArgumentParser(description="Convert a dicom MRI file to png")
  98     parser.add_argument('-f', action='store_true')
  99     parser.add_argument('dicom_path', help='Full path to the mri file')
 100     parser.add_argument('png_path', help='Full path to the generated png file')
 101
 102     args = parser.parse_args()
 103     print(args)
 104     if args.f:
 105         convert_folder(args.dicom_path, args.png_path)
 106     else:
 107         convert_file(args.dicom_path, args.png_path)