regularjson.py

   1 """
   2 by @res
   3
   4 1) Read -R json_GT* and recup "Feature Refs" & labels (0: Infarctus, 1: No
   5 2) store "Feature Refs" & labels
   6     Format:
   7         {
   8             nb_infarct: 2,
   9             infarcts: [],
  10             no_infarcts: [],
  11         }
  12 """
  13 from os import listdir as ls
  14 from os.path import getsize as size, join
  15 from pprint import pprint
  16
  17
  18 # constants
  19 # json OLD may be it was just a separation for the copy, new -> no more that, stay in one directory
  20 #   |--> json_GT
  21 #   |--> json_GT_part2
  22 RT_PATH = '../../Data/Contours_updated/'
  23 JSON_GTS = ['json_GT']
  24 INFA_STR = 'Infarction'
  25 EPI_STR = 'Epicardic'
  26 ENDO_STR = 'Endocardic'
  27
  28 # Globals
  29 featurerefs = []
  30 labellist = []
  31 details = []
  32
  33 from os.path import isfile, join
  34
  35 def search(path, name, recursive=True, fsize=True):
  36     """
  37     :param path:
  38     :param name:
  39     :param recursive: Recursive or not
  40     :param fsize: show the size of not
  41     :return: {path: p, size: None}
  42     """
  43     for d in ls(path):
  44         p = join(path, d)
  45         if name in d:
  46             return {'path': p, 'size': size(p) if fsize else None}
  47         elif recursive and not isfile(p):# only enter if it's a directory
  48             res = search(p, name)# stop if found
  49             if res:
  50                 return res
  51
  52 def merge(dirlist, root='', indice='Case'):
  53     l = []
  54     for d in dirlist:
  55         l += [e for e in ls(join(root, d)) if indice in e]
  56
  57     return sorted(l)
  58
  59 def mergejsons():
  60     return merge(JSON_GTS, RT_PATH)
  61
  62 def featurerefs():
  63     """
  64         fill l with features references
  65         use JSON_GTS, a little bit static in this sens
  66     :return:
  67     """
  68     global featurerefs
  69     # for d in JSON_GTS:
  70     #     #frefs += ls(RT_PATH + d)
  71     #     featurerefs += [e for e in ls(join(RT_PATH, d)) if "Case" in e]
  72
  73     featurerefs = sorted(mergejsons())
  74
  75 def label(fref):
  76     res = search(RT_PATH, fref)
  77     b = search(res['path'], INFA_STR)
  78     return (0, b['size']) if b else (1, None)
  79
  80 def labels():
  81     global labellist, details
  82     for name in featurerefs:
  83         lab, detail = label(name)
  84         labellist.append(lab)
  85         details.append(detail)
  86
  87
  88
  89 if __name__ == '__main__':
  90     featurerefs()
  91     labels()
  92
  93     print('featurerefs:', len(featurerefs), featurerefs)
  94     print('labels:', len(labellist), labellist)
  95     print('details:', len(details), details)
  96
  97     # print( label('Case_02') )
  98     # print( search(RT_PATH, INFA_STR) )
  99
 100
 101