topng.py

   1 import cv2
   2 import os
   3 from os.path import isdir, join
   4 from os import mkdir
   5 import pydicom
   6 from pprint import pprint
   7 import numpy as np
   8 import pathlib
   9
  10 from decimal import Decimal as d, ROUND_HALF_UP as rhu
  11
  12 PNG16_MAX = pow(2, 16) - 1 # here if thinks the heaviest weight bit is for transparency or something not in use with dicom imgs
  13 PNG8_MAX = pow(2, 8+1) - 1 # heaviest weight bit is 8 => 2**8, but dont forget the others: the reason of +1
  14
  15 INPUT_DIR = '../../Data/Images_anonymous/Case_0449/'
  16 OUT_DIR = './generated/'
  17 #os.mkdir(outdir)
  18
  19 def map16(array):# can be useful in future
  20         return array * 16
  21
  22 # def dround(n):
  23 #       return d(str(n)).quantize(d('1'), rounding=rhu)# safe round without
  24
  25 def affine(Mat, ab, cd):
  26         """
  27                 Affine transformation
  28                 ab: the 'from' interval (2, 384) or {begin:2, end:384} begin is 0, and end is 1
  29                 cd: the 'to' interval (0, 1024) {begin:0, end:1024}
  30         """
  31         a, b = ab[0], ab[1]
  32         c, d = cd[0], cd[1]
  33
  34         with np.nditer(Mat, op_flags=['readwrite']) as M:
  35                 for x in M:
  36                         x[...] = max( 0, round( (x-a) * (d-c) / (b-a) + c ) ) # could not be negative
  37
  38
  39 def getdir(filepath):
  40         return '/'.join(filepath.split('/')[:-1]) + '/'
  41
  42 def topng(inputfile, outfile=None, overwrite=True):
  43         try:
  44                 dicimg = pydicom.read_file(inputfile) # read dicom image
  45         except pydicom.errors.InvalidDicomError as e:
  46                 # @TODO: log, i can't read this file
  47                 return
  48         img = dicimg.pixel_array# get image array (12bits)
  49
  50         # test <<
  51         print('img', img)
  52         # print('img', type(img))
  53         # print('min', img.min(), 'max', img.max())
  54         # dicimg.convert_pixel_data() # same as using dicimg.pixel_array
  55         # pixa = dicimg._pixel_array
  56         # print('dicimg._pixel_array', pixa)
  57         # print('dicimg.pixel_array==pixa', dicimg.pixel_array==pixa)
  58         # test >>
  59
  60         # affine transfo to png 16 bits, func affects img variable
  61         maxdepth = img.max()
  62         # print('maxdepth, PNG8_MAX', maxdepth, PNG8_MAX) # testing..
  63         affine(img,
  64                 (img.min(), maxdepth),
  65                 (0, PNG16_MAX if maxdepth > PNG8_MAX else PNG8_MAX)
  66         )
  67
  68         savepath = (outfile or inputfile) + '.png'
  69         savedir = getdir(savepath)
  70         if overwrite and not isdir( savedir ):
  71                 pathlib.Path(savedir).mkdir(parents=True, exist_ok=True)
  72
  73
  74         # test <<
  75         # tmp = np.array(img) # to get eye on the numpy format of img
  76         # tmp = np.array(img) # to get eye on the numpy format of img
  77         # print("img[0,0]", img[0,0])
  78         # img[0,0] = 0
  79         # tmp.dtype = 'uint32'
  80         # np.savetxt(savepath + '.npy', img)
  81         # test >>
  82
  83         cv2.imwrite(savepath, img, [cv2.IMWRITE_PNG_COMPRESSION, 0]) # write png image
  84
  85
  86 def topngs(inputdir, outdir):
  87         """
  88                 inputdir : directory which contains directly dicom files
  89         """
  90         files = [f for f in os.listdir(inputdir)]
  91
  92         for f in files:
  93                 topng( inputdir + f, join(outdir, f) )
  94
  95 if __name__ == '__main__':
  96         # topngs( INPUT_DIR, join(OUT_DIR, INPUT_DIR.split('/')[-2]) )
  97         topng(INPUT_DIR+'Image00001', OUT_DIR + INPUT_DIR.split('/')[-2] +'-Image00001')