mabase.bib

   1 % This file was created with JabRef 2.7.
   2 % Encoding: UTF8
   3
   4 @INPROCEEDINGS{AdelsbachKS06,
   5   author = {Andr{\'e} Adelsbach and Stefan Katzenbeisser and Ahmad-Reza Sadeghi},
   6   title = {A Computational Model for Watermark Robustness},
   7   booktitle = {Information Hiding},
   8   year = {2006},
   9   pages = {145-160},
  10   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  11   crossref = {DBLP:conf/ih/2006},
  12   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-74124-4_10},
  13   owner = {guyeux},
  14   timestamp = {2009.06.29}
  15 }
  16
  17 @inproceedings{bfg12a:ip,
  18 inhal = {no},
  19 domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
  20 equipe = {and},
  21 classement = {ACTI},
  22 author = {Bahi, Jacques and Fang, Xiaole and Guyeux, Christophe},
  23 title = {An optimization technique on pseudorandom generators based on chaotic iterations},
  24 booktitle = {INTERNET'2012, 4-th Int. Conf. on Evolving Internet},
  25 pages = {***--***},
  26 address = {Venice, Italy},
  27 month = jun,
  28 year = 2012,
  29 note = {To appear},
  30
  31 }
  32
  33 @Article{combined_lcg,
  34         title = "Efficient and portable combined random number generators",
  35         journal = "Communications of the ACM",
  36         volume = "31",
  37         number = "6",
  38         pages = "742--749",
  39         year = "1988",
  40 }
  41
  42
  43 @INPROCEEDINGS{Fischlin,
  44   author = {Fischlin, R. and Schnorr, C. P.},
  45   title = {Stronger security proofs for RSA and rabin bits},
  46   booktitle = {Proceedings of the 16th annual international conference on Theory
  47         and application of cryptographic techniques},
  48   year = {1997},
  49   series = {EUROCRYPT'97},
  50   pages = {267--279},
  51   address = {Berlin, Heidelberg},
  52   publisher = {Springer-Verlag},
  53   acmid = {1754569},
  54   isbn = {3-540-62975-0},
  55   location = {Konstanz, Germany},
  56   numpages = {13},
  57   url = {http://dl.acm.org/citation.cfm?id=1754542.1754569}
  58 }
  59
  60 @INPROCEEDINGS{BattiatoCGG99,
  61   author = {Sebastiano Battiato and Dario Catalano and Giovanni Gallo and Rosario
  62         Gennaro},
  63   title = {Robust Watermarking for Images Based on Color Manipulation},
  64   booktitle = {Information Hiding},
  65   year = {1999},
  66   pages = {302-317},
  67   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  68   crossref = {DBLP:conf/ih/1999},
  69   owner = {guyeux},
  70   timestamp = {2009.06.29}
  71 }
  72
  73 @INPROCEEDINGS{ComesanaPP05,
  74   author = {Pedro Comesa{\~n}a and Luis P{\'e}rez-Freire and Fernando P{\'e}rez-Gonz{\'a}lez},
  75   title = {The Return of the Sensitivity Attack},
  76   booktitle = {IWDW},
  77   year = {2005},
  78   pages = {260-274},
  79   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  80   crossref = {DBLP:conf/iwdw/2005},
  81   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/11551492_20},
  82   owner = {guyeux},
  83   timestamp = {2009.06.29}
  84 }
  85
  86 @INPROCEEDINGS{ComesanaPP05bis,
  87   author = {Pedro Comesa{\~n}a and Luis P{\'e}rez-Freire and Fernando P{\'e}rez-Gonz{\'a}lez},
  88   title = {Fundamentals of Data Hiding Security and Their Application to Spread-Spectrum
  89         Analysis},
  90   booktitle = {IH'05: Information Hiding Workshop},
  91   year = {2005},
  92   pages = {146-160},
  93   publisher = {Lectures Notes in Computer Science, Springer-Verlag},
  94   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  95   crossref = {DBLP:conf/ih/2005},
  96   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/11558859_12},
  97   owner = {guyeux},
  98   timestamp = {2009.06.30}
  99 }
 100
 101 @INPROCEEDINGS{CongJQZ06,
 102   author = {Jin Cong and Yan Jiang and Zhiguo Qu and Zhongmei Zhang},
 103   title = {A Wavelet Packets Watermarking Algorithm Based on Chaos Encryption},
 104   booktitle = {ICCSA (1)},
 105   year = {2006},
 106   pages = {921-928},
 107   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 108   crossref = {DBLP:conf/iccsa/2006-1},
 109   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/11751540_100}
 110 }
 111
 112 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/focs/DziembowskiP08,
 113   author = {Stefan Dziembowski and Krzysztof Pietrzak},
 114   title = {Leakage-Resilient Cryptography},
 115   booktitle = {FOCS},
 116   year = {2008},
 117   pages = {293-302},
 118   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 119   crossref = {DBLP:conf/focs/2008},
 120   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/FOCS.2008.56}
 121 }
 122
 123 @INCOLLECTION{Filiol10,
 124   author = {Eric Filiol},
 125   title = {Viruses and Malware},
 126   booktitle = {Handbook of Information and Communication Security},
 127   year = {2010},
 128   pages = {747-769},
 129   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 130   crossref = {DBLP:reference/icsec/2010},
 131   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04117-4_34}
 132 }
 133
 134 @INPROCEEDINGS{Filiol00,
 135   author = {Eric Filiol},
 136   title = {Decimation Attack of Stream Ciphers},
 137   booktitle = {INDOCRYPT},
 138   year = {2000},
 139   pages = {31-42},
 140   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 141   crossref = {DBLP:conf/indocrypt/2000},
 142   ee = {http://link.springer.de/link/service/series/0558/bibs/1977/19770031.htm}
 143 }
 144
 145 @INPROCEEDINGS{Furon05,
 146   author = {Teddy Furon},
 147   title = {A Survey of Watermarking Security},
 148   booktitle = {IWDW},
 149   year = {2005},
 150   pages = {201-215},
 151   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 152   crossref = {DBLP:conf/iwdw/2005},
 153   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/11551492_16},
 154   owner = {guyeux},
 155   timestamp = {2009.06.29}
 156 }
 157
 158 @Book{Goldreich,
 159   author =      {Oded Goldreich},
 160   ALTeditor =      {},
 161   title =      {Foundations of Cryptography: Basic Tools},
 162   publisher =      {Cambridge University Press},
 163   year =      {2007},
 164 }
 165
 166 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/cec/HiggsSHS10,
 167   author = {Trent Higgs and Bela Stantic and Tamjidul Hoque and Abdul Sattar},
 168   title = {Genetic algorithm feature-based resampling for protein structure
 169         prediction},
 170   booktitle = {IEEE Congress on Evolutionary Computation},
 171   year = {2010},
 172   pages = {1-8},
 173   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 174   crossref = {DBLP:conf/cec/2010},
 175   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/CEC.2010.5586149}
 176 }
 177
 178 @INPROCEEDINGS{Higgs2010,
 179   author = {Trent Higgs and Bela Stantic and Tamjidul Hoque and Abdul Sattar},
 180   title = {Genetic algorithm feature-based resampling for protein structure
 181         prediction},
 182   booktitle = {IEEE Congress on Evolutionary Computation},
 183   year = {2010},
 184   pages = {1-8},
 185   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 186   crossref = {DBLP:conf/cec/2010},
 187   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/CEC.2010.5586149}
 188 }
 189
 190 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/cec/HorvathC10,
 191   author = {Dragos Horvath and Camelia Chira},
 192   title = {Simplified chain folding models as metaheuristic benchmark for tuning
 193         real protein folding algorithms?},
 194   booktitle = {IEEE Congress on Evolutionary Computation},
 195   year = {2010},
 196   pages = {1-8},
 197   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 198   crossref = {DBLP:conf/cec/2010},
 199   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/CEC.2010.5585932}
 200 }
 201
 202 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/cec/IslamC10,
 203   author = {Md. Kamrul Islam and Madhu Chetty},
 204   title = {Clustered memetic algorithm for protein structure prediction},
 205   booktitle = {IEEE Congress on Evolutionary Computation},
 206   year = {2010},
 207   pages = {1-8},
 208   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 209   crossref = {DBLP:conf/cec/2010},
 210   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/CEC.2010.5586187}
 211 }
 212
 213 @INPROCEEDINGS{Ker06,
 214   author = {Andrew D. Ker},
 215   title = {Batch Steganography and Pooled Steganalysis},
 216   booktitle = {Information Hiding},
 217   year = {2006},
 218   pages = {265-281},
 219   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 220   crossref = {DBLP:conf/ih/2006},
 221   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-74124-4_18},
 222   owner = {guyeux},
 223   timestamp = {2009.06.29}
 224 }
 225
 226 @INPROCEEDINGS{Lin2009,
 227   author = {H.-Y. Lin and T.-C. Chiang},
 228   title = {Cooperative Secure Data Aggregation in Sensor Networks Using Elliptic
 229         Curve Based Cryptosystems},
 230   booktitle = {CDVE},
 231   year = {2009},
 232   pages = {384-387},
 233   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 234   crossref = {DBLP:conf/cdve/2009},
 235   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04265-2_58}
 236 }
 237
 238 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/cse/MaimourPH09,
 239   author = {Moufida Maimour and CongDuc Pham and Doan B. Hoang},
 240   title = {A Congestion Control Framework for Handling Video Surveillance Traffics
 241         on WSN},
 242   booktitle = {CSE (2)},
 243   year = {2009},
 244   pages = {943-948},
 245   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 246   crossref = {DBLP:conf/cse/2009},
 247   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/CSE.2009.200}
 248 }
 249
 250 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/icumt/MakhoulSP09,
 251   author = {Abdallah Makhoul and Rachid Saadi and CongDuc Pham},
 252   title = {Coverage and adaptive scheduling algorithms for criticality management
 253         on video wireless sensor networks},
 254   booktitle = {ICUMT},
 255   year = {2009},
 256   pages = {1-8},
 257   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 258   crossref = {DBLP:conf/icumt/2009},
 259   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/ICUMT.2009.5345630}
 260 }
 261
 262 @INPROCEEDINGS{Mittelholzer99,
 263   author = {Thomas Mittelholzer},
 264   title = {An Information-Theoretic Approach to Steganography and Watermarking},
 265   booktitle = {Information Hiding},
 266   year = {1999},
 267   pages = {1-16},
 268   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 269   crossref = {DBLP:conf/ih/1999},
 270   owner = {guyeux},
 271   timestamp = {2009.06.29}
 272 }
 273
 274 @INPROCEEDINGS{PellegriniBA10,
 275   author = {Andrea Pellegrini and Valeria Bertacco and Todd M. Austin},
 276   title = {Fault-based attack of RSA authentication},
 277   booktitle = {DATE},
 278   year = {2010},
 279   pages = {855-860},
 280   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 281   crossref = {DBLP:conf/date/2010},
 282   ee = {http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs_all.jsp?arnumber=5456933}
 283 }
 284
 285 @INPROCEEDINGS{DBLP:conf/cec/Perez-HernandezRG10,
 286   author = {Luis Germ{\'a}n P{\'e}rez-Hern{\'a}ndez and Katya Rodr\'{\i}guez-V{\'a}zquez
 287         and Ram{\'o}n Gardu{\~n}o-Ju{\'a}rez},
 288   title = {Estimation of 3D Protein Structure by means of parallel Particle
 289         Swarm Optimization},
 290   booktitle = {IEEE Congress on Evolutionary Computation},
 291   year = {2010},
 292   pages = {1-8},
 293   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 294   crossref = {DBLP:conf/cec/2010},
 295   ee = {http://dx.doi.org/10.1109/CEC.2010.5586549}
 296 }
 297
 298 @INPROCEEDINGS{WangNHZH07,
 299   author = {Chuntao Wang and Jiangqun Ni and Jiwu Huang and Rongyue Zhang and
 300         Meiying Huang},
 301   title = {Robust and High Capacity Image Watermarking Based on Jointly Coding
 302         and Embedding Optimization},
 303   booktitle = {Information Hiding},
 304   year = {2007},
 305   pages = {65-79},
 306   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 307   crossref = {DBLP:conf/ih/2007},
 308   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-77370-2_5},
 309   owner = {guyeux},
 310   timestamp = {2009.06.29}
 311 }
 312
 313 @INPROCEEDINGS{Zhao04,
 314   author = {Jian Zhao and Mingquan Zhou and Hongmei Xie and Jinye Peng and Xin
 315         Zhou},
 316   title = {A Novel Wavelet Image Watermarking Scheme Combined with Chaos Sequence
 317         and Neural Network},
 318   booktitle = {ISNN (2)},
 319   year = {2004},
 320   pages = {663-668},
 321   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 322   crossref = {DBLP:conf/isnn/2004-2},
 323   ee = {http://springerlink.metapress.com/openurl.asp?genre=article{\&}issn=0302-9743{\&}volume=3174{\&}spage=663}
 324 }
 325
 326 @INPROCEEDINGS{Acharya05securecomparison,
 327   author = {Acharya, Mithun and Girao, Joao and Westhoff, Dirk},
 328   title = {Secure Comparison of Encrypted Data in Wireless Sensor Networks},
 329   booktitle = {WIOPT '05: Proceedings of the Third International Symposium on Modeling
 330         and Optimization in Mobile, Ad Hoc, and Wireless Networks},
 331   year = {2005},
 332   pages = {47--53},
 333   address = {Washington, DC, USA},
 334   publisher = {IEEE Computer Society},
 335   doi = {http://dx.doi.org/10.1109/WIOPT.2005.44},
 336   isbn = {0-7695-2267-X}
 337 }
 338
 339 @INPROCEEDINGS{Acimez07onthe,
 340   author = {Onur Acıi\c{c}mez and \c{C}etin Kaya Ko\c{c} and Jean-Pierre Seifert},
 341   title = {On the power of simple branch prediction analysis },
 342   booktitle = {2007 ACM Symposium on Information, Computer and Communications Security
 343         (ASIACCS'07)},
 344   year = {2007},
 345   pages = {312--320},
 346   publisher = {ACM Press}
 347 }
 348
 349 @ARTICLE{Adler65,
 350   author = {R. L. Adler and A. G. Konheim and M. H. McAndrew},
 351   title = {Topological entropy},
 352   journal = {Trans. Amer. Math. Soc.},
 353   year = {1965},
 354   volume = {114},
 355   pages = {309-319},
 356   owner = {guyeux},
 357   timestamp = {2008.05.29}
 358 }
 359
 360 @INPROCEEDINGS{Agrawal04,
 361   author = {Agrawal, Rakesh and Kiernan, Jerry and Srikant, Ramakrishnan and
 362         Xu, Yirong},
 363   title = {Order preserving encryption for numeric data},
 364   booktitle = {SIGMOD '04: Proceedings of the 2004 ACM SIGMOD international conference
 365         on Management of data},
 366   year = {2004},
 367   pages = {563--574},
 368   address = {New York, NY, USA},
 369   publisher = {ACM},
 370   doi = {http://doi.acm.org/10.1145/1007568.1007632},
 371   isbn = {1-58113-859-8},
 372   location = {Paris, France}
 373 }
 374
 375 @ARTICLE{Anfinsen20071973,
 376   author = {Anfinsen, Christian B.},
 377   title = {Principles that Govern the Folding of Protein Chains},
 378   journal = {Science},
 379   year = {1973},
 380   volume = {181},
 381   pages = {223-230},
 382   number = {4096},
 383   doi = {10.1126/science.181.4096.223},
 384   eprint = {http://www.sciencemag.org/content/181/4096/223.full.pdf},
 385   url = {http://www.sciencemag.org/content/181/4096/223.short}
 386 }
 387
 388 @ARTICLE{Arques1994,
 389   author = {D. G. Arques and C. J. Michel},
 390   title = {Analytical expression of the purine/pyrimidine autocorrelation function
 391         after and before random mutations.},
 392   journal = {Math Biosci},
 393   year = {1994},
 394   volume = {123},
 395   pages = {103--125},
 396   number = {1},
 397   month = {Sep},
 398   abstract = {The mutation process is a classical evolutionary genetic process.
 399         The type of mutations studied here is the random substitutions of
 400         a purine base R (adenine or guanine) by a pyrimidine base Y (cytosine
 401         or thymine) and reciprocally (transversions). The analytical expressions
 402         derived allow us to analyze in genes the occurrence probabilities
 403         of motifs and d-motifs (two motifs separated by any d bases) on the
 404         R/Y alphabet under transversions. These motif probabilities can be
 405         obtained after transversions (in the evolutionary sense; from the
 406         past to the present) and, unexpectedly, also before transversions
 407         (after back transversions, in the inverse evolutionary sense, from
 408         the present to the past). This theoretical part in Section 2 is a
 409         first generalization of a particular formula recently derived. The
 410         application in Section 3 is based on the analytical expression giving
 411         the autocorrelation function (the d-motif probabilities) before transversions.
 412         It allows us to study primitive genes from actual genes. This approach
 413         solves a biological problem. The protein coding genes of chloroplasts
 414         and mitochondria have a preferential occurrence of the 6-motif YRY(N)6YRY
 415         (maximum of the autocorrelation function for d = 6, N = R or Y) with
 416         a periodicity modulo 3. The YRY(N)6YRY preferential occurrence without
 417         the periodicity modulo 3 is also observed in the RNA coding genes
 418         (ribosomal, transfer, and small nuclear RNA genes) and in the noncoding
 419         genes (introns and 5' regions of eukaryotic nuclei). However, there
 420         are two exceptions to this YRY(N)6YRY rule: the protein coding genes
 421         of eukaryotic nuclei, and prokaryotes, where YRY(N)6YRY has the second
 422         highest value after YRY(N)0YRY (YRYYRY) with a periodicity modulo
 423         3. When we go backward in time with the analytical expression, the
 424         protein coding genes of both eukaryotic nuclei and prokaryotes retrieve
 425         the YRY(N)6YRY preferential occurrence with a periodicity modulo
 426         3 after 0.2 back transversions per base. In other words, the actual
 427         protein coding genes of chloroplasts and mitochondria are similar
 428         to the primitive protein coding genes of eukaryotic nuclei and prokaryotes.
 429         On the other hand, this application represents the first result concerning
 430         the mutation process in the model of DNA sequence evolution we recently
 431         proposed. According to this model, the actual genes on the R/Y alphabet
 432         derive from two successive evolutionary genetic processes: an independent
 433         mixing of a few nonrandom types of oligonucleotides leading to genes
 434         called primitive followed by a mutation process in these primitive
 435         genes.(ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)},
 436   institution = {Université de Franche-Comté, Laboratoire d'Informatique de Besançon,
 437         France.},
 438   keywords = {Base Sequence; Biological Evolution; DNA, genetics; Mathematics; Models,
 439         Genetic; Mutation; Probability; Proteins, genetics; Purines; Pyrimidines},
 440   language = {eng},
 441   medline-pst = {ppublish},
 442   owner = {guyeux},
 443   pii = {0025-5564(94)90020-5},
 444   pmid = {7949744},
 445   timestamp = {2011.05.05}
 446 }
 447
 448 @ARTICLE{Arques1998,
 449   author = {D. G. Arquès and J. P. Fallot and C. J. Michel},
 450   title = {An evolutionary analytical model of a complementary circular code
 451         simulating the protein coding genes, the 5' and 3' regions.},
 452   journal = {Bull Math Biol},
 453   year = {1998},
 454   volume = {60},
 455   pages = {163--194},
 456   number = {1},
 457   month = {Jan},
 458   abstract = {The self-complementary subset T0 = X0 [symbol: see text] ¿AAA, TTT¿
 459         with X0 = ¿AAC, AAT, ACC, ATC, ATT, CAG, CTC, CTG, GAA, GAC, GAG,
 460         GAT, GCC, GGC, GGT, GTA, GTC, GTT, TAC, TTC¿ of 22 trinucleotides
 461         has a preferential occurrence in the frame 0 (reading frame established
 462         by the ATG start trinucleotide) of protein (coding) genes of both
 463         prokaryotes and eukaryotes. The subsets T1 = X1 [symbol: see text]
 464         ¿CCC¿ and T2 = X2 [symbol: see text] ¿GGG¿ of 21 trinucleotides have
 465         a preferential occurrence in the shifted frames 1 and 2 respectively
 466         (frame 0 shifted by one and two nucleotides respectively in the 5'-3'
 467         direction). T1 and T2 are complementary to each other. The subset
 468         T0 contains the subset X0 which has the rarity property (6 x 10(-8)
 469         to be a complementary maximal circular code with two permutated maximal
 470         circular codes X1 and X2 in the frames 1 and 2 respectively. X0 is
 471         called a C3 code. A quantitative study of these three subsets T0,
 472         T1, T2 in the three frames 0, 1, 2 of protein genes, and the 5' and
 473         3' regions of eukaryotes, shows that their occurrence frequencies
 474         are constant functions of the trinucleotide positions in the sequences.
 475         The frequencies of T0, T1, T2 in the frame 0 of protein genes are
 476         49, 28.5 and 22.5\% respectively. In contrast, the frequencies of
 477         T0, T1, T2 in the 5' and 3' regions of eukaryotes, are independent
 478         of the frame. Indeed, the frequency of T0 in the three frames of
 479         5' (respectively 3') regions is equal to 35.5\% (respectively 38\%)
 480         and is greater than the frequencies T1 and T2, both equal to 32.25\%
 481         (respectively 31\%) in the three frames. Several frequency asymmetries
 482         unexpectedly observed (e.g. the frequency difference between T1 and
 483         T2 in the frame 0), are related to a new property of the subset T0
 484         involving substitutions. An evolutionary analytical model at three
 485         parameters (p, q, t) based on an independent mixing of the 22 codons
 486         (trinucleotides in frame 0) of T0 with equiprobability (1/22) followed
 487         by t approximately 4 substitutions per codon according to the proportions
 488         p approximately 0.1, q approximately 0.1 and r = 1 - p - q approximately
 489         0.8 in the three codon sites respectively, retrieves the frequencies
 490         of T0, T1, T2 observed in the three frames of protein genes and explains
 491         these asymmetries. Furthermore, the same model (0.1, 0.1, t) after
 492         t approximately 22 substitutions per codon, retrieves the statistical
 493         properties observed in the three frames of the 5' and 3' regions.
 494         The complex behaviour of these analytical curves is totally unexpected
 495         and a priori difficult to imagine.},
 496   doi = {10.1006/bulm.1997.0033},
 497   institution = {Equipe de Biologie Théorique, Université de Marne la Vallée, Institut
 498         Gaspard Monge, Noisy Le Grand, France. arques@univ-mlv.fr},
 499   keywords = {Animals; Biological Evolution; Codon, genetics; Genetic Code; Humans;
 500         Mammals; Models, Genetic; Probability; Proteins, genetics; Rodentia;
 501         Vertebrates},
 502   language = {eng},
 503   medline-pst = {ppublish},
 504   owner = {guyeux},
 505   pii = {S0092-8240(97)90033-1},
 506   pmid = {9530018},
 507   timestamp = {2011.05.05},
 508   url = {http://dx.doi.org/10.1006/bulm.1997.0033}
 509 }
 510
 511 @ARTICLE{Arques1993,
 512   author = {D. G. Arquès and C. J. Michel},
 513   title = {Analytical expression of the purine/pyrimidine codon probability
 514         after and before random mutations.},
 515   journal = {Bull Math Biol},
 516   year = {1993},
 517   volume = {55},
 518   pages = {1025--1038},
 519   number = {6},
 520   month = {Nov},
 521   abstract = {Recently, we proposed a new model of DNA sequence evolution (Arquès
 522         and Michel. 1990b. Bull. math. Biol. 52, 741-772) according to which
 523         actual genes on the purine/pyrimidine (R/Y) alphabet (R = purine
 524         = adenine or guanine, Y = pyrimidine = cytosine or thymine) are the
 525         result of two successive evolutionary genetic processes: (i) a mixing
 526         (independent) process of non-random oligonucleotides (words of base
 527         length less than 10: YRY(N)6, YRYRYR and YRYYRY are so far identified;
 528         N = R or Y) leading to primitive genes (words of several hundreds
 529         of base length) and followed by (ii) a random mutation process, i.e.,
 530         transformations of a base R (respectively Y) into the base Y (respectively
 531         R) at random sites in these primitive genes. Following this model
 532         the problem investigated here is the study of the variation of the
 533         8 R/Y codon probabilities RRR, ..., YYY under random mutations. Two
 534         analytical expressions solved here allow analysis of this variation
 535         in the classical evolutionary sense (from the past to the present,
 536         i.e., after random mutations), but also in the inverted evolutionary
 537         sense (from the present to the past, i.e., before random mutations).
 538         Different properties are also derived from these formulae. Finally,
 539         a few applications of these formulae are presented. They prove the
 540         proposition in Arquès and Michel (1990b. Bull. math. Biol. 52, 741-772),
 541         Section 3.3.2, with the existence of a maximal mean number of random
 542         mutations per base of the order 0.3 in the protein coding genes.
 543         They also confirm the mixing process of oligonucleotides by excluding
 544         the purine/pyrimidine contiguous and alternating tracts from the
 545         formation process of primitive genes.},
 546   institution = {Université de Franche-Comté, Besançon, France.},
 547   keywords = {Base Sequence; Codon; DNA, chemistry/genetics; Mathematics; Models,
 548         Genetic; Mutation; Probability; Purines; Pyrimidines},
 549   language = {eng},
 550   medline-pst = {ppublish},
 551   owner = {guyeux},
 552   pmid = {8281128},
 553   timestamp = {2011.05.05}
 554 }
 555
 556 @ARTICLE{Arques1993b,
 557   author = {D. G. Arquès and C. J. Michel},
 558   title = {Identification and simulation of new non-random statistical properties
 559         common to different eukaryotic gene subpopulations.},
 560   journal = {Biochimie},
 561   year = {1993},
 562   volume = {75},
 563   pages = {399--407},
 564   number = {5},
 565   abstract = {The nucleotide distribution in protein coding genes, introns and transfer
 566         RNA genes of eukaryotic subpopulations (primates, rodent and mammals)
 567         is studied by autocorrelation functions. The autocorrelation function
 568         analysing the occurrence probability of the i-motif YRY(N)iYRY (YRY-function)
 569         in protein coding genes and transfer RNA genes of these three eukaryotic
 570         subpopulations retrieves the preferential occurrence of YRY(N)6YRY
 571         (R = purine = adenine or guanine, Y = pyrimidine = cytosine or thymine,
 572         N = R or Y). The autocorrelation functions analysing the occurrence
 573         probability of the i-motifs RRR(N)iRRR (RRR-function) and YYY(N)iYYY
 574         (YYY-function) identify new non-random genetic statistical properties
 575         in these three eukaryotic subpopulations, mainly: i) in their protein
 576         coding genes: local maxima for i identical to 6 [12] (peaks for i
 577         = 6, 18, 30, 42) with the RRR-function and local maxima for i identical
 578         to 8 [10] (peaks for i = 8, 18, 28) with the YYY-function; and ii)
 579         in their introns: local maxima for i identical to 3 [6] (peaks for
 580         i = 3, 9, 15) and a short linear decrease followed by a large exponential
 581         decrease both with the RRR- and YYY-functions. The non-random properties
 582         identified in eukaryotic intron subpopulations are modelised with
 583         a process of random insertions and deletions of nucleotides simulating
 584         the RNA editing.},
 585   institution = {Equipe de Biologie Théorique, Université de Franche-Comté, Laboratoire
 586         d'Informatique de Besançon, France.},
 587   keywords = {Animals; Base Sequence; Data Interpretation, Statistical; Genes; Introns;
 588         Mammals; Models, Genetic; Primates; Probability; Proteins, genetics;
 589         RNA Editing; RNA, Transfer, genetics; Rodentia; Sequence Analysis,
 590         DNA},
 591   language = {eng},
 592   medline-pst = {ppublish},
 593   owner = {guyeux},
 594   pii = {0300-9084(93)90173-P},
 595   pmid = {8347726},
 596   timestamp = {2011.05.05}
 597 }
 598
 599 @ARTICLE{Arques1992,
 600   author = {D. G. Arquès and C. J. Michel},
 601   title = {A simulation of the genetic periodicities modulo 2 and 3 with processes
 602         of nucleotide insertions and deletions.},
 603   journal = {J Theor Biol},
 604   year = {1992},
 605   volume = {156},
 606   pages = {113--127},
 607   number = {1},
 608   month = {May},
 609   abstract = {Recently, a new genetic process termed RNA editing has been identified
 610         showing insertions and deletions of nucleotides in particular RNA
 611         molecules. On the other hand, there are a few non-random statistical
 612         properties in genes: in particular, the periodicity modulo 3 (P3)
 613         associated with an open reading frame, the periodicity modulo 2 (P2)
 614         associated with alternating purine/pyrimidine stretches, the YRY(N)6YRY
 615         preferential occurrence (R = purine = adenine or guanine, Y = pyrimidine
 616         = cytosine or thymine, N = R or Y) representing a "code" of the DNA
 617         helix pitch, etc. The problem investigated here is whether a process
 618         of the type RNA editing can lead to the non-random statistical properties
 619         commonly observed in genes. This paper will show in particular that:
 620         The process of insertions and deletions of mononucleotides in the
 621         initial sequence [YRY(N)3]* [series of YRY(N)3] can lead to the periodicity
 622         modulo 2 (P2). The process of insertions and deletions of trinucleotides
 623         in the initial sequence [YRY(N)6]* [series of YRY(N)6] can lead to
 624         the periodicity modulo 3 (P3) and the YRY(N)6YRY preferential occurrence.
 625         Furthermore, these two processes lead to a strong correlation with
 626         the reality, namely the mononucleotide insertion/deletion process,
 627         with the 5' eukaryotic regions and the trinucleotide insertion/deletion
 628         process, with the eukaryotic protein coding genes.},
 629   institution = {Université de Franche-Comté, Laboratoire d'Informatique de Besançon,
 630         Unité Associée CNRS No 822, France.},
 631   keywords = {Chromosome Deletion; Computer Simulation; Humans; Models, Genetic;
 632         Mutagenesis, genetics; RNA, genetics},
 633   language = {eng},
 634   medline-pst = {ppublish},
 635   owner = {guyeux},
 636   pmid = {1379311},
 637   timestamp = {2011.05.05}
 638 }
 639
 640 @ARTICLE{Arques1990,
 641   author = {D. G. Arquès and C. J. Michel},
 642   title = {Periodicities in coding and noncoding regions of the genes.},
 643   journal = {J Theor Biol},
 644   year = {1990},
 645   volume = {143},
 646   pages = {307--318},
 647   number = {3},
 648   month = {Apr},
 649   abstract = {Gene population statistical studies of protein coding genes and introns
 650         have identified two types of periodicities on the purine/pyrimidine
 651         alphabet: (i) the modulo 3 periodicity or coding periodicity (periodicity
 652         P3) in protein coding genes of eukaryotes, prokaryotes, viruses,
 653         chloroplasts, mitochondria, plasmids and in introns of viruses and
 654         mitochondria, and (ii) the modulo 2 periodicity (periodicity P2)
 655         in the eukaryotic introns. The periodicity study is herein extended
 656         to the 5' and 3' regions of eukaryotes, prokaryotes and viruses and
 657         shows: (i) the periodicity P3 in the 5' and 3' regions of eukaryotes.
 658         Therefore, these observations suggest a unitary and dynamic concept
 659         for the genes as for a given genome, the 5' and 3' regions have the
 660         genetic information for protein coding genes and for introns: (1)
 661         In the eukaryotic genome, the 5' (P2 and P3) and 3' (P2 and P3) regions
 662         have the information for protein coding genes (P3) and for introns
 663         (P2). The intensity of P3 is high in 5' regions and weak in 3' regions,
 664         while the intensity of P2 is weak in 5' regions and high in 3' regions.
 665         (2) In the prokaryotic genome, the 5' (P3) and 3' (P3) regions have
 666         the information for protein coding genes (P3). (3) In the viral genome,
 667         the 5' (P3) and 3' (P3) regions have the information for protein
 668         coding genes (P3) and for introns (P3). The absence of P2 in viral
 669         introns (in opposition to eukaryotic introns) may be related to the
 670         absence of P2 in 5' and 3' regions of viruses.},
 671   institution = {Université de Franche-Comté, Unité Associée CNRS No. 822, Besançon,
 672         France.},
 673   keywords = {Animals; Base Sequence; Eukaryotic Cells; Genes; Introns; Prokaryotic
 674         Cells; Purine Nucleotides; Pyrimidine Nucleotides; Repetitive Sequences,
 675         Nucleic Acid; Viruses, genetics},
 676   language = {eng},
 677   medline-pst = {ppublish},
 678   owner = {guyeux},
 679   pmid = {2385108},
 680   timestamp = {2011.05.05}
 681 }
 682
 683 @ARTICLE{Arques1990a,
 684   author = {D. G. Arquès and C. J. Michel},
 685   title = {A model of DNA sequence evolution.},
 686   journal = {Bull Math Biol},
 687   year = {1990},
 688   volume = {52},
 689   pages = {741--772},
 690   number = {6},
 691   abstract = {Statistical studies of gene populations on the purine/pyrimidine alphabet
 692         have shown that the mean occurrence probability of the i-motif YRY(N)iYRY
 693         (R = purine, Y = pyrimidine, N = R or Y) is not uniform by varying
 694         i in the range, but presents a maximum at i = 6 in the following
 695         populations: protein coding genes of eukaryotes, prokaryotes, chloroplasts
 696         and mitochondria, and also viral introns, ribosomal RNA genes and
 697         transfer RNA genes (Arquès and Michel, 1987b, J. theor. Biol. 128,
 698         457-461). From the "universality" of this observation, we suggested
 699         that the oligonucleotide YRY(N)6 is a primitive one and that it has
 700         a central function in DNA sequence evolution (Arquès and Michel,
 701         1987b, J. theor. Biol. 128, 457-461). Following this idea, we introduce
 702         a concept of a model of DNA sequence evolution which will be validated
 703         according to a schema presented in three parts. In the first part,
 704         using the last version of the gene database, the YRY(N)6YRY preferential
 705         occurrence (maximum at i = 6) is confirmed for the populations mentioned
 706         above and is extended to some newly analysed populations: chloroplast
 707         introns, chloroplast 5' regions, mitochondrial 5' regions and small
 708         nuclear RNA genes. On the other hand, the YRY(N)6YRY preferential
 709         occurrence and periodicities are used in order to classify 18 gene
 710         populations. In the second part, we will demonstrate that several
 711         statistical features characterizing different gene populations (in
 712         particular the YRY(N)6YRY preferential occurrence and the periodicities)
 713         can be retrieved from a simple Markov model based on the mixing of
 714         the two oligonucleotides YRY(N)6 and YRY(N)3 and based on the percentages
 715         of RYR and YRY in the unspecified trinucleotides (N)3 of YRY(N)6
 716         and YRY(N)3. Several properties are identified and prove in particular
 717         that the oligonucleotide mixing is an independent process and that
 718         several different features are functions of a unique parameter. In
 719         the third part, the return of the model to the reality shows a strong
 720         correlation between reality and simulation concerning the presence
 721         of a large alternating purine/pyrimidine stretches and of periodicities.
 722         It also contributes to a greater understanding of biological reality,
 723         e.g. the presence or the absence of large alternating purine/pyrimidine
 724         stretches can be explained as being a simple consequence of the mixing
 725         of two particular oligonucleotides. Finally, we believe that such
 726         an approach is the first step toward a unified model of DNA sequence
 727         evolution allowing the molecular understanding of both the origin
 728         of life and the actual biological reality.},
 729   institution = {Université de Franche-Comté, Laboratoire d'Informatique de Besançon,
 730         Unité Associée CNRS No 822, France.},
 731   keywords = {Base Sequence; Biological Evolution; DNA, genetics; Genetics, Population;
 732         Models, Genetic},
 733   language = {eng},
 734   medline-pst = {ppublish},
 735   owner = {guyeux},
 736   pmid = {2279193},
 737   timestamp = {2011.05.05}
 738 }
 739
 740 @ARTICLE{Arques1993a,
 741   author = {D. G. Arquès and C. J. Michel and K. Orieux},
 742   title = {Identification and simulation of new non-random statistical properties
 743         common to different populations of eukaryotic non-coding genes.},
 744   journal = {J Theor Biol},
 745   year = {1993},
 746   volume = {161},
 747   pages = {329--342},
 748   number = {3},
 749   month = {Apr},
 750   abstract = {The autocorrelation function analysing the occurrence probability
 751         of the i-motif YRY(N)iYRY in genes allows the identification of mainly
 752         two periodicities modulo 2, 3 and the preferential occurrence of
 753         the motif YRY(N)6YRY (R = purine = adenine or guanine, Y = pyrimidine
 754         = cytosine or thymine, N = R or Y). These non-random genetic statistical
 755         properties can be simulated by an independent mixing of the three
 756         oligonucleotides YRYRYR, YRYYRY and YRY(N)6 (Arquès & Michel, 1990b).
 757         The problem investigated in this study is whether new properties
 758         can be identified in genes with other autocorrelation functions and
 759         also simulated with an oligonucleotide mixing model. The two autocorrelation
 760         functions analysing the occurrence probability of the i-motifs RRR(N)iRRR
 761         and YYY(N)iYYY simultaneously identify three new non-random genetic
 762         statistical properties: a short linear decrease, local maxima for
 763         i identical to 3[6] (i = 3, 9, etc) and a large exponential decrease.
 764         Furthermore, these properties are common to three different populations
 765         of eukaryotic non-coding genes: 5' regions, introns and 3' regions
 766         (see section 2). These three non-random properties can also be simulated
 767         by an independent mixing of the four oligonucleotides R8, Y8, RRRYRYRRR,
 768         YYYRYRYYY and large alternating R/Y series. The short linear decrease
 769         is a result of R8 and Y8, the local maxima for i identical to 3[6],
 770         of RRRYRYRRR and YYYRYRYYY, and the large exponential decrease, of
 771         large alternating R/Y series (section 3). The biological meaning
 772         of these results and their relation to the previous oligonucleotide
 773         mixing model are presented in the Discussion.},
 774   doi = {10.1006/jtbi.1993.1059},
 775   institution = {Equipe de Biologie Théorique, Université de Franche-Comté, Laboratoire
 776         d'Informatique de Besançon, France.},
 777   keywords = {Animals; Biological Evolution; Genes, genetics; Models, Genetic; Models,
 778         Statistical; Mutation, genetics; Oligonucleotides, genetics; Probability},
 779   language = {eng},
 780   medline-pst = {ppublish},
 781   owner = {guyeux},
 782   pii = {S0022-5193(83)71059-3},
 783   pmid = {8331957},
 784   timestamp = {2011.05.05},
 785   url = {http://dx.doi.org/10.1006/jtbi.1993.1059}
 786 }
 787
 788 @ARTICLE{Arroyo08,
 789   author = {David Arroyo and Gonzalo Alvarez and Veronica Fernandez},
 790   title = {On the inadequacy of the logistic map for cryptographic applications},
 791   journal = {X Reunión Española sobre Criptología y Seguridad de la Información
 792         (X RECSI)},
 793   year = {2008},
 794   volume = {1},
 795   pages = {77-82},
 796   owner = {christophe},
 797   timestamp = {2010.03.01}
 798 }
 799
 800 @MISC{Backofen99algorithmicapproach,
 801   author = {R. Backofen and S. Will and P. Clote},
 802   title = {Algorithmic Approach To Quantifying The Hydrophobic Force Contribution
 803         In Protein Folding},
 804   year = {1999}
 805 }
 806
 807
 808 @inproceedings{Blum:1985:EPP:19478.19501,
 809  author = {Blum, Manuel and Goldwasser, Shafi},
 810  title = {An efficient probabilistic public key encryption scheme which hides all partial information},
 811  booktitle = {Proceedings of CRYPTO 84 on Advances in cryptology},
 812  year = {1985},
 813  isbn = {0-387-15658-5},
 814  location = {Santa Barbara, California, United States},
 815  pages = {289--302},
 816  numpages = {14},
 817  url = {http://dl.acm.org/citation.cfm?id=19478.19501},
 818  acmid = {19501},
 819  publisher = {Springer-Verlag New York, Inc.},
 820  address = {New York, NY, USA},
 821  keywords = {chosen cyphertext attack, integer factorization, partial information, passive adversaries, probabilistic encryption},
 822 }
 823
 824
 825 @INPROCEEDINGS{bcgr11:ip,
 826   author = {Bahi, Jacques M. and Couchot, Jean-fran\c{c}ois and Guyeux, Christophe
 827         and Richard, Adrien},
 828   title = {On the Link Between Strongly Connected Iteration Graphs and Chaotic
 829         Boolean Discrete-Time Dynamical Systems},
 830   booktitle = {FCT'11, 18th Int. Symp. on Fundamentals of Computation Theory},
 831   year = {2011},
 832   volume = {*},
 833   series = {LNCS},
 834   pages = {***--***},
 835   address = {Oslo, Norway},
 836   month = aug,
 837   note = {To appear},
 838   classement = {ACTI},
 839   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
 840   equipe = {and},
 841   inhal = {no}
 842 }
 843
 844 @ARTICLE{bg10:ij,
 845   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe},
 846   title = {Hash Functions Using Chaotic Iterations},
 847   journal = {Journal of Algorithms \& Computational Technology},
 848   year = {2010},
 849   volume = {4},
 850   pages = {167--181},
 851   number = {2},
 852   classement = {ACLI},
 853   doi = {10.1260/1748-3018.4.2.167},
 854   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
 855   equipe = {and},
 856   impact-factor = {#},
 857   inhal = {no},
 858   isi-acro = {#},
 859   url = {http://dx.doi.org/10.1260/1748-3018.4.2.167}
 860 }
 861
 862 @INPROCEEDINGS{guyeux10ter,
 863   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe},
 864   title = {A new chaos-based watermarking algorithm},
 865   booktitle = {SECRYPT'10, Int. conf. on security and cryptography},
 866   year = {2010},
 867   pages = {455--458},
 868   address = {Athens, Greece},
 869   month = jul,
 870   publisher = {SciTePress},
 871   classement = {ACTI},
 872   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
 873   equipe = {and},
 874   inhal = {no}
 875 }
 876
 877 @INPROCEEDINGS{bgc11:ip,
 878   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe and Cote, Nathalie},
 879   title = {Chaos of Protein Folding},
 880   booktitle = {IJCNN 2011, Int. Joint Conf. on Neural Networks},
 881   year = {2011},
 882   pages = {***--***},
 883   address = {San Jose, California, United States},
 884   month = jul,
 885   note = {To appear},
 886   classement = {ACTI},
 887   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
 888   equipe = {and},
 889   inhal = {no}
 890 }
 891
 892 @INPROCEEDINGS{guyeux10bis,
 893   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe and Makhoul, Abdallah},
 894   title = {Efficient and Robust Secure Aggregation of Encrypted Data in Sensor
 895         Networks},
 896   booktitle = {SENSORCOMM'10, 4-th Int. Conf. on Sensor Technologies and Applications},
 897   year = {2010},
 898   pages = {472--477},
 899   address = {Venice-Mestre, Italy},
 900   month = jul,
 901   classement = {ACTI},
 902   doi = {10.1109/SENSORCOMM.2010.76},
 903   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
 904   equipe = {and},
 905   inhal = {no},
 906   url = {http://dx.doi.org/10.1109/SENSORCOMM.2010.76}
 907 }
 908
 909 @INPROCEEDINGS{guyeuxVictoria,
 910   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe and Makhoul, Abdallah},
 911   title = {Secure Data Aggregation in Wireless Sensor Networks. Homomorphism
 912         versus Watermarking Approach},
 913   booktitle = {ADHOCNETS 2010, 2nd Int. Conf. on Ad Hoc Networks},
 914   year = {2010},
 915   volume = {49},
 916   series = {Lecture Notes in ICST},
 917   pages = {344--358},
 918   address = {Victoria, Canada},
 919   month = aug,
 920   classement = {ACTI},
 921   doi = {10.1007/978-3-642-17994-5_23},
 922   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
 923   equipe = {and},
 924   inhal = {no},
 925   url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-17994-5_23}
 926 }
 927
 928 @INPROCEEDINGS{bgs11:ip,
 929   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe and Salomon, Michel},
 930   title = {Building a Chaotic Proven Neural Network},
 931   booktitle = {ICCANS 2011, IEEE Int. Conf. on Computer Applications and Network
 932         Security},
 933   year = {2011},
 934   pages = {***--***},
 935   address = {Maldives, Maldives},
 936   month = may,
 937   classement = {ACTI},
 938   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
 939   equipe = {and},
 940   inhal = {no}
 941 }
 942
 943 @INPROCEEDINGS{bgw10:ip,
 944   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe and Wang, Qianxue},
 945   title = {A Pseudo Random Numbers Generator Based on Chaotic Iterations. Application
 946         to Watermarking},
 947   booktitle = {WISM 2010, Int. Conf. on Web Information Systems and Mining},
 948   year = {2010},
 949   volume = {6318},
 950   series = {LNCS},
 951   pages = {202--211},
 952   address = {Sanya, China},
 953   month = oct,
 954   classement = {ACTI},
 955   doi = {10.1007/978-3-642-16515-3_26},
 956   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
 957   equipe = {and},
 958   inhal = {no},
 959   url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-16515-3_26}
 960 }
 961
 962 @INPROCEEDINGS{bgw09:ip,
 963   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe and Wang, Qianxue},
 964   title = {A novel pseudo-random generator based on discrete chaotic iterations},
 965   booktitle = {INTERNET'09, 1-st Int. Conf. on Evolving Internet},
 966   year = {2009},
 967   pages = {71--76},
 968   address = {Cannes, France},
 969   month = aug,
 970   classement = {ACTI},
 971   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
 972   equipe = {and},
 973   inhal = {no}
 974 }
 975
 976 @INPROCEEDINGS{bmg10:onp,
 977   author = {Bahi, Jacques M. and Makhoul, Abdallah and Guyeux, Christophe},
 978   title = {Efficient and Robust Secure Aggregation of Encrypted Data in Sensor
 979         Networks for critical applications},
 980   booktitle = {RESSACS, Journ\'ee th\'ematique PHC/ResCom sur RESeaux de capteurS
 981         et Applications Critiques de Surveillance},
 982   year = {2010},
 983   address = {Bayonne, France},
 984   month = jun,
 985   note = {Communication orale},
 986   classement = {COM},
 987   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
 988   equipe = {and},
 989   inhal = {no}
 990 }
 991
 992 @INPROCEEDINGS{guyeuxBayonne,
 993   author = {Bahi, Jacques M. and Makhoul, Abdallah and Guyeux, Christophe},
 994   title = {Efficient and Robust Secure Aggregation of Encrypted Data in Sensor
 995         Networks for critical applications},
 996   booktitle = {RESSACS, Journ\'ee th\'ematique PHC/ResCom sur RESeaux de capteurS
 997         et Applications Critiques de Surveillance},
 998   year = {2010},
 999   address = {Bayonne, France},
1000   month = jun,
1001   note = {Communication orale},
1002   classement = {COM},
1003   equipe = {and},
1004   inhal = {no}
1005 }
1006
1007 @ARTICLE{bs10:ij,
1008   author = {Bahi, Jacques M. and Salomon, Michel},
1009   title = {A Decentralized Energy-based Diffusion Algorithm to Increase the
1010         Lifetime of {MANETs}},
1011   journal = {Computer Networks Journal},
1012   year = {2010},
1013   pages = {***--***},
1014   note = {Accepted manuscript. To appear},
1015   classement = {ACLI},
1016   equipe = {and},
1017   impact-factor = {1.201},
1018   inhal = {no},
1019   isi-acro = {#},
1020   publisher = {Elsevier}
1021 }
1022
1023 @ARTICLE{Bahi2000,
1024   author = {J. M. Bahi},
1025   title = {Boolean totally asynchronous iterations},
1026   journal = {Int. Journal of Mathematical Algorithms},
1027   year = {2000},
1028   volume = {1},
1029   pages = {331--346},
1030   owner = {guyeux},
1031   timestamp = {17/02/2008}
1032 }
1033
1034 @ARTICLE{Bahi2000bis,
1035   author = {Jacques M. Bahi},
1036   title = {Asynchronous iterative algorithms for nonexpansive linear systems},
1037   journal = {Journal of Parallel and Distributed Computing},
1038   year = {2000},
1039   volume = {60},
1040   pages = {92--112},
1041   owner = {guyeux},
1042   timestamp = {2009.01.10}
1043 }
1044
1045 @ARTICLE{Bahi1999,
1046   author = {J. M. Bahi},
1047   title = {Parallel synchronous chaotic iterations for singular linear systems},
1048   journal = {Parallel Algorithms and Applications},
1049   year = {1999},
1050   volume = {14},
1051   pages = {19--35},
1052   owner = {guyeux},
1053   timestamp = {17/02/2008}
1054 }
1055
1056 @ARTICLE{Bahi1998,
1057   author = {Jacques M. Bahi},
1058   title = {Algorithmes paralleles asynchrones pour les systemes singuliers},
1059   journal = {Comptes Rendus de l'Academie des Sciences},
1060   year = {1998},
1061   volume = {t. 326, serie 1},
1062   pages = {1421--1425},
1063   owner = {guyeux},
1064   timestamp = {2009.01.18}
1065 }
1066
1067 @PHDTHESIS{bahi98,
1068   author = {Jacques M. Bahi},
1069   title = {Méthodes itératives dans des espaces produits. Application au calcul
1070         parallèle},
1071   school = {Université de Franche-Comté},
1072   year = {1998},
1073   type = {Habilitation à diriger des recherches},
1074   owner = {christophe},
1075   timestamp = {2010.08.24}
1076 }
1077
1078 @PHDTHESIS{bahi91,
1079   author = {Jacques M. Bahi},
1080   title = {Algorithmes asynchrones pour des systèmes différentiels-algébriques.
1081         Simulation numérique sur des exemples de circuits électriques},
1082   school = {Université de Franche-Comté},
1083   year = {1991},
1084   owner = {christophe},
1085   timestamp = {2010.08.24}
1086 }
1087
1088 @ARTICLE{bcv06:ij,
1089   author = {Jacques M. Bahi and Sylvain Contassot-Vivier},
1090   title = {Basins of attraction in fully asynchronous discrete-time discrete-state
1091         dynamic networks},
1092   journal = {IEEE Transactions on Neural Networks},
1093   year = {2006},
1094   volume = {17},
1095   pages = {397--408},
1096   number = {2},
1097   inhal = {no},
1098   owner = {guyeux},
1099   timestamp = {2009.12.04}
1100 }
1101
1102 @ARTICLE{Bahi2002,
1103   author = {J.~M. Bahi and S. Contassot-Vivier},
1104   title = {Stability of fully asynchronous discrete-time discrete state dynamic
1105         networks},
1106   journal = {IEEE Transactions on Neural Networks},
1107   year = {2002},
1108   volume = {13(6)},
1109   pages = {1353-1363},
1110   owner = {guyeux},
1111   timestamp = {2009.02.14}
1112 }
1113
1114 @TECHREPORT{bcgg10:ir,
1115   author = {Bahi, J. M. and Couchot, J.-F. and Grasset, O. and Guyeux, C.},
1116   title = {{D}iscrete {D}ynamical {S}ystems: {N}ecessary {D}ivergence {C}onditions
1117         for {S}ynchronous {I}terations},
1118   institution = {LIFC - Laboratoire d'{I}nformatique de l'{U}niversit\'{e} de {F}ranche
1119         {C}omt\'{e}},
1120   year = {2010},
1121   type = {Research Report},
1122   number = {RR2010-04},
1123   month = sep,
1124   pdf = {/~publis/papers/pub/2010/RR2010-04.pdf}
1125 }
1126
1127 @ARTICLE{guyeux09,
1128   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe},
1129   title = {Hash Functions Using Chaotic Iterations},
1130   journal = {Journal of Algorithms \& Computational Technology},
1131   year = {2010},
1132   volume = {4},
1133   pages = {167--181},
1134   number = {2},
1135   classement = {ACLNI},
1136   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1137   equipe = {and},
1138   impact-factor = {#},
1139   inhal = {no},
1140   isi-acro = {#}
1141 }
1142
1143 @INPROCEEDINGS{guyeux10,
1144   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe},
1145   title = {Topological chaos and chaotic iterations, application to Hash functions},
1146   booktitle = {WCCI'10, IEEE World Congress on Computational Intelligence},
1147   year = {2010},
1148   pages = {1--7},
1149   address = {Barcelona, Spain},
1150   month = jul,
1151   note = {Best paper award},
1152   classement = {ACTI},
1153   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1154   equipe = {and},
1155   inhal = {no}
1156 }
1157
1158 @MISC{ih10,
1159   author = {Jacques M. Bahi and Christophe Guyeux},
1160   title = {A chaos-based approach for information hiding security.},
1161   howpublished = {arXiv},
1162   month = {April},
1163   year = {2010},
1164   institution = {Computer Science Laboratory LIFC, University of Franche-Comte, France}
1165 }
1166
1167 @ARTICLE{arxiv,
1168   author = {Jacques M. Bahi and Christophe Guyeux},
1169   title = {A watermarking algorithm satisfying topological chaos properties},
1170   journal = {CoRR},
1171   year = {2008},
1172   volume = {abs/0810.4713},
1173   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
1174   ee = {http://arxiv.org/abs/0810.4713}
1175 }
1176
1177 @ARTICLE{Bahi2008,
1178   author = {Jacques M. Bahi and Christophe Guyeux},
1179   title = {Chaotic iterations and topological chaos},
1180   year = {2008},
1181   abstract = {Chaotic iterations have been introduced on the one hand by Chazan,
1182         Miranker [5] and Miellou [9] in a numerical analysis context, and
1183         on the other hand by Robert [11] and Pellegrin [10] in the discrete
1184         dynamical systems framework. In both cases, the objective was to
1185         derive conditions of convergence of such iterations to a fixed state.
1186         In this paper, a new point of view is presented, the goal here is
1187         to derive conditions under which chaotic iterations admit a chaotic
1188         behaviour in a rigorous mathematical sense. Contrary to what has
1189         been studied in the literature, convergence is not desired. More
1190         precisely, we establish in this paper a link between the concept
1191         of chaotic iterations on a finite set and the notion of topological
1192         chaos [8], [6], [7]. We are motivated by concrete applications of
1193         our approach, such as the use of chaotic boolean iterations in the
1194         computer security field. Indeed, the concept of chaos is used in
1195         many areas of data security without real rigorous theoretical foundations,
1196         and without using the fundamental properties that allow chaos. The
1197         wish of this paper is to bring a bit more mathematical rigour in
1198         this field.},
1199   citeseerurl = {\href{http://arxiv.org/abs/0810.3154v1}{arXiv:0810.3154}},
1200   comment = {arXiv},
1201   comments = {6 pages},
1202   eprint = {\href{http://arxiv.org/abs/0810.3154v1}{arXiv:0810.3154}},
1203   oai2identifier = {0810.3154},
1204   owner = {guyeux},
1205   timestamp = {2008.10.23},
1206   url = {\href{http://arxiv.org/abs/0810.3154v1}{arXiv:0810.3154}}
1207 }
1208
1209 @ARTICLE{arxivRNNchaos,
1210   author = {Jacques M. Bahi and Christophe Guyeux and Michel Salomon},
1211   title = {Building a Chaotic Proved Neural Network},
1212   journal = {CoRR},
1213   year = {2011},
1214   volume = {abs/1101.4351},
1215   ee = {http://arxiv.org/abs/1101.4351}
1216 }
1217
1218 @INPROCEEDINGS{guyeuxTaiwan10,
1219   author = {Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe and Wang, Qianxue},
1220   title = {Improving random number generators by chaotic iterations. Application
1221         in data hiding},
1222   booktitle = {ICCASM 2010, Int. Conf. on Computer Application and System Modeling},
1223   year = {2010},
1224   pages = {V13-643--V13-647},
1225   address = {Taiyuan, China},
1226   month = oct,
1227   classement = {ACTI},
1228   doi = {10.1109/ICCASM.2010.5622199},
1229   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
1230   equipe = {and},
1231   inhal = {no},
1232   url = {http://dx.doi.org/10.1109/ICCASM.2010.5622199}
1233 }
1234
1235 @ARTICLE{Bahi2009,
1236   author = {Jacques M Bahi and Christian J Michel},
1237   title = {A stochastic model of gene evolution with time dependent pseudochaotic
1238         mutations.},
1239   journal = {Bull Math Biol},
1240   year = {2009},
1241   volume = {71},
1242   pages = {681--700},
1243   number = {3},
1244   month = {Apr},
1245   abstract = {We develop here a new class of stochastic models of gene evolution
1246         in which a random subset of the 64 possible trinucleotides mutates
1247         at each evolutionary time t according to some time dependent substitution
1248         probabilities. Therefore, at each time t, the numbers and the types
1249         of mutable trinucleotides are unknown. Thus, the mutation matrix
1250         changes at each time t. This pseudochaotic model developed generalizes
1251         the standard model in which all the trinucleotides mutate at each
1252         time t. It determines the occurrence probabilities at time t of trinucleotides
1253         which pseudochaotically mutate according to 3 time dependent substitution
1254         parameters associated with the 3 trinucleotide sites. The main result
1255         proves that under suitable assumptions, this pseudochaotic model
1256         converges to a uniform probability vector identical to that of the
1257         standard model. Furthermore, an application of this pseudochaotic
1258         model allows an evolutionary study of the 3 circular codes identified
1259         in both eukaryotic and prokaryotic genes. A circular code is a particular
1260         set of trinucleotides whose main property is the retrieval of the
1261         frames in genes locally, i.e., anywhere in genes and particularly
1262         without start codons, and automatically with a window of a few nucleotides.
1263         After a certain evolutionary time and with particular time dependent
1264         functions for the 3 substitution parameters, precisely an exponential
1265         decrease in the 1st and 2nd trinucleotide sites and an exponential
1266         increase in the 3rd one, this pseudochaotic model retrieves the main
1267         statistical properties of the 3 circular codes observed in genes.
1268         Furthermore, it leads to a circular code asymmetry stronger than
1269         the standard model (nonpseudochaotic) and, therefore, to a better
1270         correlation with the genes.},
1271   doi = {10.1007/s11538-008-9376-4},
1272   institution = {LIFC-EA 4157, Université de Franche-Comté, IUT de Belfort, BP 527,
1273         90016, Belfort Cedex, France. jacques.bahi@univ-fcomte.fr},
1274   keywords = {Evolution, Molecular; Genes; Models, Genetic; Mutation; Stochastic
1275         Processes},
1276   language = {eng},
1277   medline-pst = {ppublish},
1278   owner = {guyeux},
1279   pmid = {19198957},
1280   timestamp = {2011.05.05},
1281   url = {http://dx.doi.org/10.1007/s11538-008-9376-4}
1282 }
1283
1284 @ARTICLE{Bahi2008a,
1285   author = {Jacques M Bahi and Christian J Michel},
1286   title = {A stochastic model of gene evolution with chaotic mutations.},
1287   journal = {J Theor Biol},
1288   year = {2008},
1289   volume = {255},
1290   pages = {53--63},
1291   number = {1},
1292   month = {Nov},
1293   abstract = {We develop here a new class of stochastic models of gene evolution
1294         in which the mutations are chaotic, i.e. a random subset of the 64
1295         possible trinucleotides mutates at each evolutionary time t according
1296         to some substitution probabilities. Therefore, at each time t, the
1297         numbers and the types of mutable trinucleotides are unknown. Thus,
1298         the mutation matrix changes at each time t. The chaotic model developed
1299         generalizes the standard model in which all the trinucleotides mutate
1300         at each time t. It determines the occurrence probabilities at time
1301         t of trinucleotides which chaotically mutate according to three substitution
1302         parameters associated with the three trinucleotide sites. Two theorems
1303         prove that this chaotic model has a probability vector at each time
1304         t and that it converges to a uniform probability vector identical
1305         to that of the standard model. Furthermore, four applications of
1306         this chaotic model (with a uniform random strategy for the 64 trinucleotides
1307         and with a particular strategy for the three stop codons) allow an
1308         evolutionary study of the three circular codes identified in both
1309         eukaryotic and prokaryotic genes. A circular code is a particular
1310         set of trinucleotides whose main property is the retrieval of the
1311         frames in genes locally, i.e. anywhere in genes and particularly
1312         without start codons, and automatically with a window of a few nucleotides.
1313         After a certain evolutionary time and with particular values for
1314         the three substitution parameters, the chaotic models retrieve the
1315         main statistical properties of the three circular codes observed
1316         in genes. These applications also allow an evolutionary comparison
1317         between the standard and chaotic models.},
1318   doi = {10.1016/j.jtbi.2008.07.028},
1319   institution = {LIFC-EA 4157, Université de Franche-Comté, IUT de Belfort, BP 527,
1320         90016 Belfort Cedex, France. jacques.bahi@univ-fcomte.fr},
1321   keywords = {Animals; Computer Simulation; DNA, Circular, genetics; Evolution,
1322         Molecular; Genetic Code; Models, Genetic; Mutation; Nonlinear Dynamics;
1323         Stochastic Processes; Time},
1324   language = {eng},
1325   medline-pst = {ppublish},
1326   owner = {guyeux},
1327   pii = {S0022-5193(08)00395-0},
1328   pmid = {18706428},
1329   timestamp = {2011.05.05},
1330   url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.jtbi.2008.07.028}
1331 }
1332
1333 @ARTICLE{Bahi2008bis,
1334   author = {Bahi, J. M. and Michel, C. J.},
1335   title = {A stochastic model of gene evolution with chaotic mutations},
1336   journal = {Journal of Theoretical Biology},
1337   year = {2008},
1338   volume = {255},
1339   pages = {53-63},
1340   owner = {guyeux},
1341   timestamp = {2009.01.10}
1342 }
1343
1344 @ARTICLE{Bahi2004,
1345   author = {Jacques M Bahi and Christian J Michel},
1346   title = {A stochastic gene evolution model with time dependent mutations.},
1347   journal = {Bull Math Biol},
1348   year = {2004},
1349   volume = {66},
1350   pages = {763--778},
1351   number = {4},
1352   month = {Jul},
1353   abstract = {We develop here a new class of gene evolution models in which the
1354         nucleotide mutations are time dependent. These models allow to study
1355         nonlinear gene evolution by accelerating or decelerating the mutation
1356         rates at different evolutionary times. They generalize the previous
1357         ones which are based on constant mutation rates. The stochastic model
1358         developed in this class determines at some time t the occurrence
1359         probabilities of trinucleotides mutating according to 3 time dependent
1360         substitution parameters associated with the 3 trinucleotide sites.
1361         Therefore, it allows to simulate the evolution of the circular code
1362         recently observed in genes. By varying the class of function for
1363         the substitution parameters, 1 among 12 models retrieves after mutation
1364         the statistical properties of the observed circular code in the 3
1365         frames of actual genes. In this model, the mutation rate in the 3rd
1366         trinucleotide site increases during gene evolution while the mutation
1367         rates in the 1st and 2nd sites decrease. This property agrees with
1368         the actual degeneracy of the genetic code. This approach can easily
1369         be generalized to study evolution of motifs of various lengths, e.g.,
1370         dicodons, etc., with time dependent mutations.},
1371   doi = {10.1016/j.bulm.2003.10.004},
1372   institution = {LIFC - FRE CNRS 2661, IUT de Belfort, Université de Franche-Comté,
1373         BP 527, 90016 Belfort Cédex, France. bahi@iut-bm.univ-fcomte.fr},
1374   keywords = {Codon, genetics; Evolution, Molecular; Genes, genetics; Genetic Code,
1375         genetics; Models, Genetic; Mutation; Stochastic Processes},
1376   language = {eng},
1377   medline-pst = {ppublish},
1378   owner = {guyeux},
1379   pii = {S0092824003001174},
1380   pmid = {15210317},
1381   timestamp = {2011.05.05},
1382   url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.bulm.2003.10.004}
1383 }
1384
1385 @ARTICLE{Banks92,
1386   author = {J. Banks and J. Brooks and G. Cairns and P. Stacey},
1387   title = {On Devaney's Definition of Chaos},
1388   journal = {Amer. Math. Monthly},
1389   year = {1992},
1390   volume = {99},
1391   pages = {332--334},
1392   keywords = {(c+),},
1393   owner = {guyeux},
1394   timestamp = {27/01/2008}
1395 }
1396
1397 @MISC{Nist10,
1398   author = {E. Barker and A. Roginsky},
1399   title = {DRAFT NIST Special Publication 800-131 Recommendation for the Transitioning
1400         of Cryptographic Algorithms and Key Sizes},
1401   year = {2010},
1402   owner = {christophe},
1403   timestamp = {2010.08.18}
1404 }
1405
1406 @ARTICLE{BarniBF03,
1407   author = {Mauro Barni and Franco Bartolini and Teddy Furon},
1408   title = {A general framework for robust watermarking security},
1409   journal = {Signal Processing},
1410   year = {2003},
1411   volume = {83},
1412   pages = {2069-2084},
1413   number = {10},
1414   note = {Special issue on Security of Data Hiding Technologies, invited paper},
1415   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
1416   ee = {http://dx.doi.org/10.1016/S0165-1684(03)00168-3},
1417   owner = {guyeux},
1418   timestamp = {2009.06.30}
1419 }
1420
1421 @ARTICLE{Baudet78,
1422   author = {Baudet, G\'{e}rard M.},
1423   title = {Asynchronous Iterative Methods for Multiprocessors},
1424   journal = {J. ACM},
1425   year = {1978},
1426   volume = {25},
1427   pages = {226--244},
1428   number = {2},
1429   address = {New York, NY, USA},
1430   doi = {http://doi.acm.org/10.1145/322063.322067},
1431   issn = {0004-5411},
1432   publisher = {ACM}
1433 }
1434
1435 @PHDTHESIS{Baz98,
1436   author = {Didier El Baz},
1437   title = {Contribution à l'algorithmique parallèle. Le concept d'asynchronisme
1438         : étude théorique, mise en œuvre, et application},
1439   school = {Institut national polytechnique de Toulouse},
1440   year = {1998},
1441   type = {Habilitation à diriger des recherches},
1442   owner = {christophe},
1443   timestamp = {2010.08.24}
1444 }
1445
1446 @ARTICLE{bhr09c:bl,
1447   author = {Benoit, Anne and Hakem, Mourad and Robert, Yves},
1448   title = {Contention awareness and fault-tolerant scheduling for precedence
1449         constrained tasks in heterogeneous systems},
1450   journal = {Parallel Computing},
1451   year = {2009},
1452   volume = {35},
1453   pages = {83--108},
1454   number = {2},
1455   classement = {*},
1456   doi = {10.1016/j.parco.2008.11.001},
1457   equipe = {and},
1458   inhal = {no},
1459   url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.parco.2008.11.001}
1460 }
1461
1462 @INPROCEEDINGS{bhr08b:bl,
1463   author = {Benoit, Anne and Hakem, Mourad and Robert, Yves},
1464   title = {Fault tolerant scheduling of precedence task graphs on heterogeneous
1465         platforms},
1466   booktitle = {IPDPS'08},
1467   year = {2008},
1468   pages = {1--8},
1469   publisher = {IEEE Computer Society Press},
1470   classement = {*},
1471   equipe = {and},
1472   inhal = {no}
1473 }
1474
1475 @INPROCEEDINGS{Berger98,
1476   author = {Berger, Bonnie and Leighton, Tom},
1477   title = {Protein folding in the hydrophobic-hydrophilic (HP) is NP-complete},
1478   booktitle = {Proceedings of the second annual international conference on Computational
1479         molecular biology},
1480   year = {1998},
1481   series = {RECOMB '98},
1482   pages = {30--39},
1483   address = {New York, NY, USA},
1484   publisher = {ACM},
1485   acmid = {279080},
1486   isbn = {0-89791-976-9},
1487   location = {New York, New York, United States},
1488   numpages = {10}
1489 }
1490
1491 @BOOK{Bertsekas89,
1492   title = {Parallel and distributed computation: numerical methods},
1493   publisher = {Prentice-Hall, Inc.},
1494   year = {1989},
1495   author = {Bertsekas, Dimitri P. and Tsitsiklis, John N.},
1496   address = {Upper Saddle River, NJ, USA},
1497   isbn = {0-13-648700-9}
1498 }
1499
1500 @MISC{Bertsekas88paralleland,
1501   author = {Dimitri P. Bertsekas and John N. Tsitsiklis},
1502   title = {Parallel and distributed iterative algorithms: a selective survey},
1503   year = {1988}
1504 }
1505
1506 @UNPUBLISHED{F.a,
1507   author = {F. Blanchard and E. Glasner and S. Kolyada and A.Maass},
1508   title = {On Li-Yorke pairs},
1509   note = {Preprint},
1510   optkey = {2000},
1511   owner = {guyeux},
1512   timestamp = {2008.01.02}
1513 }
1514
1515 @UNPUBLISHED{F.,
1516   author = {F. Blanchard and B. Host and S. Ruette},
1517   title = {Asymptotic pairs in positive-entropy systems},
1518   note = {Preprint},
1519   optannote = {to appear in Ergod. Th. Dynam. Sys.},
1520   optkey = {2000},
1521   owner = {guyeux},
1522   timestamp = {2008.01.02}
1523 }
1524
1525 @ARTICLE{BFibe,
1526   author = {Dan Boneh and Matt Franklin},
1527   title = {Identity-Based Encryption from the {Weil} Pairing},
1528   journal = {SIAM J. of Computing},
1529   year = {2003},
1530   volume = {32},
1531   pages = {586-615},
1532   number = {3},
1533   note = {Extended abstract in Crypto'01}
1534 }
1535
1536 @INCOLLECTION{boneh,
1537   author = {Boneh, Dan and Goh, Eu-Jin and Nissim, Kobbi},
1538   title = {Evaluating 2-DNF Formulas on Ciphertexts},
1539   year = {2005},
1540   pages = {325--341},
1541   abstract = {Let ψ be a 2-DNF formula on boolean variables x 1,..., x n ∈ {0,1}.
1542         We present a homomorphic public key encryption scheme that allows
1543         the public evaluation of ψ given an encryption of the variables x
1544         1,..., x n. In other words, given the encryption of the bits x 1,...,
1545         x n, anyone can create the encryption of ψ( x 1,..., x n). More generally,
1546         we can evaluate quadratic multi-variate polynomials on ciphertexts
1547         provided the resulting value falls within a small set. We present
1548         a number of applications of the system: 1 In a database of size n,
1549         the total communication in the basic step of the Kushilevitz-Ostrovsky
1550         PIR protocol is reduced from to . 2 An efficient election system
1551         based on homomorphic encryption where voters do not need to include
1552         non-interactive zero knowledge proofs that their ballots are valid.
1553         The election system is proved secure without random oracles but still
1554         efficient. 3 A protocol for universally verifiable computation.},
1555   citeulike-article-id = {2719460},
1556   citeulike-linkout-0 = {http://www.springerlink.com/content/wtt5caxkr94laxkg},
1557   journal = {Theory of Cryptography},
1558   keywords = {homomorphic, pairings},
1559   posted-at = {2008-04-25 21:53:15},
1560   priority = {2},
1561   url = {http://www.springerlink.com/content/wtt5caxkr94laxkg}
1562 }
1563
1564 @ARTICLE{Bonneau01,
1565   author = {Bonneau, Richard and Baker, David},
1566   title = {AB INITIO PROTEIN STRUCTURE PREDICTION: Progress and Prospects},
1567   journal = {Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure},
1568   year = {2001},
1569   volume = {30},
1570   pages = {173-189},
1571   number = {1},
1572   doi = {10.1146/annurev.biophys.30.1.173}
1573 }
1574
1575 @ARTICLE{Bowen,
1576   author = {R. Bowen},
1577   title = {Entropy for group endomorphisms and homogeneous spaces},
1578   journal = {Trans. Amer. Math. Soc.},
1579   year = {1971},
1580   volume = {153},
1581   pages = {401-414},
1582   owner = {guyeux},
1583   timestamp = {15/02/2008}
1584 }
1585
1586 @ARTICLE{Bowen1971,
1587   author = {R. Bowen},
1588   title = {Periodic points and measures for Axiom A diffeomorphisms},
1589   journal = {Trans. Amer. Math. Soc.},
1590   year = {1971},
1591   volume = {154},
1592   pages = {377-397},
1593   owner = {guyeux},
1594   timestamp = {15/02/2008}
1595 }
1596
1597 @ARTICLE{Braxenthaler97,
1598   author = {Michael Braxenthaler and R. Ron Unger and Ditza Auerbach and John
1599         Moult},
1600   title = {Chaos in protein dynamics},
1601   journal = {Proteins-structure Function and Bioinformatics},
1602   year = {1997},
1603   volume = {29},
1604   pages = {417--425},
1605   doi = {10.1002/(SICI)1097-0134(199712)29:4<417::AID-PROT2>3.3.CO;2-O},
1606   masid = {2824140}
1607 }
1608
1609 @INPROCEEDINGS{Brumley03remotetiming,
1610   author = {David Brumley and Dan Boneh},
1611   title = {Remote Timing Attacks are Practical},
1612   booktitle = {Proceedings of the 12th USENIX Security Symposium},
1613   year = {2003},
1614   pages = {1--14}
1615 }
1616
1617 @ARTICLE{Bohm1991375,
1618   author = {Gerald Böhm},
1619   title = {Protein folding and deterministic chaos: Limits of protein folding
1620         simulations and calculations},
1621   journal = {Chaos, Solitons \& Fractals},
1622   year = {1991},
1623   volume = {1},
1624   pages = {375 - 382},
1625   number = {4},
1626   doi = {DOI: 10.1016/0960-0779(91)90028-8},
1627   issn = {0960-0779},
1628   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/B6TJ4-46CBXVT-1X/2/370489c218e4c2732cd9b620ef50c696}
1629 }
1630
1631 @INCOLLECTION{Cachin2004,
1632   author = {Cachin, Christian},
1633   title = {An Information-Theoretic Model for Steganography},
1634   booktitle = {Information Hiding},
1635   publisher = {Springer Berlin / Heidelberg},
1636   year = {1998},
1637   volume = {1525},
1638   series = {Lecture Notes in Computer Science},
1639   pages = {306-318},
1640   affiliation = {MIT Laboratory for Computer Science 545 Technology Square Cambridge
1641         MA 02139 USA}
1642 }
1643
1644 @ARTICLE{Cam2006,
1645   author = {H. Cam and S. Ozdemir and P. Nair and D. Muthuavinashinappan and
1646         H. O. Sanli},
1647   title = {ESPDA: Energy-efficient secure pattern based data aggregation for
1648         wireless sensor networks.},
1649   journal = {Computer Communication journal (29)},
1650   year = {2006},
1651   pages = {446-455}
1652 }
1653
1654 @ARTICLE{CarletCZ98,
1655   author = {Claude Carlet and Pascale Charpin and Victor Zinoviev},
1656   title = {Codes, Bent Functions and Permutations Suitable For DES-like Cryptosystems},
1657   journal = {Des. Codes Cryptography},
1658   year = {1998},
1659   volume = {15},
1660   pages = {125-156},
1661   number = {2},
1662   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de}
1663 }
1664
1665 @INPROCEEDINGS{Castelluccia05efficientaggregation,
1666   author = {Claude Castelluccia},
1667   title = {Efficient aggregation of encrypted data in wireless sensor networks},
1668   booktitle = {MobiQuitous},
1669   year = {2005},
1670   pages = {109--117},
1671   publisher = {IEEE Computer Society}
1672 }
1673
1674 @ARTICLE{Cayre2008,
1675   author = {Cayre, F. and Bas, P.},
1676   title = {Kerckhoffs-Based Embedding Security Classes for WOA Data Hiding},
1677   journal = {IEEE Transactions on Information Forensics and Security},
1678   year = {2008},
1679   volume = {3},
1680   pages = {1--15},
1681   number = {1},
1682   doi = {10.1109/TIFS.2007.916006},
1683   issn = {1556-6013},
1684   keywords = {cryptography, random sequences, spread spectrum communication, telecommunication
1685         security, watermarking, Kerckhoffs-based embedding security classes,
1686         WOA Data Hiding, pseudorandom sequences, spread-spectrum techniques,
1687         steganography security, watermark-only-attack, watermarking, Security,
1688         spread-spectrum (SS) watermarking},
1689   owner = {guyeux},
1690   timestamp = {2009.06.29}
1691 }
1692
1693 @ARTICLE{Cayre2005,
1694   author = {Cayre, F. and Fontaine, C. and Furon, T.},
1695   title = {Watermarking security: theory and practice},
1696   journal = {IEEE Transactions on Signal Processing},
1697   year = {2005},
1698   volume = {53},
1699   pages = {3976--3987},
1700   number = {10},
1701   doi = {10.1109/TSP.2005.855418},
1702   issn = {1053-587X},
1703   keywords = {blind source separation, cryptography, watermarking, Fisher information
1704         matrix, blind source separation, cryptanalysis, information theory,
1705         spread spectrum techniques, substitutive scheme, watermarking security,
1706         Blind source separation, Fisher information matrix, equivocation,
1707         security, watermarking},
1708   owner = {guyeux},
1709   timestamp = {2009.06.29}
1710 }
1711
1712 @ARTICLE{Chajakis91,
1713   author = {Chajakis, Emmanuel D. and Zenios, Stavros A.},
1714   title = {Synchronous and asynchronous implementations of relaxation algorithms
1715         for nonlinear network optimization},
1716   journal = {Parallel Comput.},
1717   year = {1991},
1718   volume = {17},
1719   pages = {873--894},
1720   number = {8},
1721   address = {Amsterdam, The Netherlands, The Netherlands},
1722   doi = {http://dx.doi.org/10.1016/S0167-8191(05)80072-9},
1723   issn = {0167-8191},
1724   publisher = {Elsevier Science Publishers B. V.}
1725 }
1726
1727 @ARTICLE{Chan2007,
1728   author = {Chan, Haowen and Perrig, Adrian and Przydatek, Bartosz and Song,
1729         Dawn},
1730   title = {SIA: Secure information aggregation in sensor networks},
1731   journal = {J. Comput. Secur.},
1732   year = {2007},
1733   volume = {15},
1734   pages = {69--102},
1735   number = {1},
1736   address = {Amsterdam, The Netherlands, The Netherlands},
1737   issn = {0926-227X},
1738   publisher = {IOS Press}
1739 }
1740
1741 @ARTICLE{Chandramouli06,
1742   author = {R. Chandramouli and S. Bapatla and K.P. Subbalakshmi},
1743   title = {Battery power-aware encryption},
1744   journal = {ACM transactions on information and system security},
1745   year = {2006},
1746   pages = {162--180},
1747   owner = {christophe},
1748   timestamp = {2010.07.31}
1749 }
1750
1751 @ARTICLE{Charpin85,
1752   author = {Pascale Charpin},
1753   title = {A description of some extended cyclic codes with application to Reed-Solomon
1754         codes},
1755   journal = {Discrete Mathematics},
1756   year = {1985},
1757   volume = {56},
1758   pages = {117-124},
1759   number = {2-3},
1760   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
1761   ee = {http://dx.doi.org/10.1016/0012-365X(85)90019-6}
1762 }
1763
1764 @ARTICLE{Chazan69,
1765   author = {D. Chazan and W. Miranker},
1766   title = {Chaotic relaxation},
1767   journal = {Linear algebra and its applications},
1768   year = {1969},
1769   pages = {199-222},
1770   owner = {guyeux},
1771   timestamp = {2008.05.22}
1772 }
1773
1774 @ARTICLE{Cheon2006,
1775   author = {Cheon, Jung Hee and Kim, Woo-Hwan and Nam, Hyun Soo},
1776   title = {Known-plaintext cryptanalysis of the Domingo-Ferrer algebraic privacy
1777         homomorphism scheme},
1778   journal = {Inf. Process. Lett.},
1779   year = {2006},
1780   volume = {97},
1781   pages = {118--123},
1782   number = {3},
1783   address = {Amsterdam, The Netherlands, The Netherlands},
1784   doi = {http://dx.doi.org/10.1016/j.ipl.2005.09.016},
1785   issn = {0020-0190},
1786   publisher = {Elsevier North-Holland, Inc.}
1787 }
1788
1789 @MISC{Cheon03acryptanalysis,
1790   author = {Jung Hee Cheon and Hyun Soo Nam},
1791   title = {A Cryptanalysis of the Original Domingo-Ferrer's Algebraic Privacy
1792         Homomorphism},
1793   year = {2003}
1794 }
1795
1796 @ARTICLE{Cheung05,
1797   author = {R.C.C. Cheung and N.J. Telle and W. Luk and P.Y.K. Cheung},
1798   title = {Secure encrypted-data aggregation for wireless sensor networks},
1799   journal = {IEEE Trans. on Very Large Scale Integration Systems},
1800   year = {2005},
1801   volume = {13},
1802   pages = {1048-1059},
1803   number = {9}
1804 }
1805
1806 @ARTICLE{Chivian2005,
1807   author = {Chivian, Dylan and Kim, David E. and Malmström, Lars and Schonbrun,
1808         Jack and Rohl, Carol A. and Baker, David},
1809   title = {Prediction of CASP6 structures using automated robetta protocols},
1810   journal = {Proteins},
1811   year = {2005},
1812   volume = {61},
1813   pages = {157--166},
1814   number = {S7},
1815   issn = {1097-0134},
1816   keywords = {Rosetta, fragment assembly, de novo modeling, homology modeling, parametric
1817         alignment ensemble},
1818   owner = {christophe},
1819   publisher = {Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company},
1820   timestamp = {2011.01.22},
1821   url = {http://dx.doi.org/10.1002/prot.20733}
1822 }
1823
1824 @ARTICLE{Zhu06,
1825   author = {Congxu, Zhu and Xuefeng, Liao and Zhihua, Li},
1826   title = {Chaos-based multipurpose image watermarking algorithm},
1827   journal = {Wuhan University Journal of Natural Sciences},
1828   year = {2006},
1829   volume = {11},
1830   pages = {1675-1678},
1831   note = {10.1007/BF02831848},
1832   abstract = {To achieve the goal of image content authentication and copyright
1833         protection simultaneously, this paper presents a novel image dual
1834         watermarking method based on chaotic map. Firstly, the host image
1835         was split into many nonoverlapping small blocks, and the block-wise
1836         discrete cosine transform (DCT) is computed. Secondly, the robust
1837         watermarks, shuffled by the chaotic sequences, are embedded in the
1838         DC coefficients of blocks to achieve the goal of copyright protection.
1839         The semi-fragile watermarks, generated by chaotic map, are embedded
1840         in the AC coefficients of blocks to obtain the aim of image authentication.
1841         Both of them can be extracted without the original image. Simulation
1842         results demonstrate the effectiveness of our algorithm in terms of
1843         robustness and fragility.},
1844   affiliation = {Central South University School of Information Science and Engineering
1845         410083 Changsha, Hunan China},
1846   issn = {1007-1202},
1847   issue = {6},
1848   keyword = {Mathematics, general},
1849   publisher = {Wuhan University, co-published with Springer},
1850   url = {http://dx.doi.org/10.1007/BF02831848}
1851 }
1852
1853 @ARTICLE{Conley1978,
1854   author = {C. Conley},
1855   title = {Isolated invariant sets and the Morse index},
1856   journal = {CBMS Regional Conference. AMS.},
1857   year = {1978},
1858   optvolume = {38},
1859   owner = {guyeux},
1860   timestamp = {2008.01.02}
1861 }
1862
1863 @ARTICLE{Cornu2002,
1864   author = {Philippe Cornu and André Smolarz},
1865   title = {Image characterization by texture},
1866   journal = {Traitement du signal},
1867   year = {2002},
1868   volume = {19},
1869   pages = {29-35},
1870   file = {:/home/guyeux/Documents/Bibliotheque/These/Watermarking/Caractérisation d'images par textures associées.pdf:PDF},
1871   owner = {guyeux},
1872   timestamp = {2008.05.12}
1873 }
1874
1875 @INPROCEEDINGS{Cox99,
1876   author = {Ingemar Cox and Matt L. Miller and Andrew L. Mckellips},
1877   title = {Watermarking as Communications With Side Information},
1878   booktitle = {Proceedings of the IEEE},
1879   year = {1999},
1880   pages = {1127--1141},
1881   owner = {christophe},
1882   timestamp = {2010.03.06}
1883 }
1884
1885 @ARTICLE{Cox97securespread,
1886   author = {Ingemar J. Cox and Senior Member and Joe Kilian and F. Thomson Leighton
1887         and Talal Shamoon},
1888   title = {Secure spread spectrum watermarking for multimedia},
1889   journal = {IEEE Transactions on Image Processing},
1890   year = {1997},
1891   volume = {6},
1892   pages = {1673--1687}
1893 }
1894
1895 @ARTICLE{Cramer96,
1896   author = {Christopher Cramer and Erol Gelenbe and Hakan Bakircioglu},
1897   title = {Video Compression with Random Neural Networks},
1898   journal = {Neural Networks for Identification, Control, and Robotics, International
1899         Workshop},
1900   year = {1996},
1901   volume = {0},
1902   pages = {0476},
1903   address = {Los Alamitos, CA, USA},
1904   isbn = {0-8186-7456-3},
1905   publisher = {IEEE Computer Society}
1906 }
1907
1908 @INPROCEEDINGS{Crescenzi98,
1909   author = {Crescenzi, Pierluigi and Goldman, Deborah and Papadimitriou, Christos
1910         and Piccolboni, Antonio and Yannakakis, Mihalis},
1911   title = {On the complexity of protein folding (extended abstract)},
1912   booktitle = {Proceedings of the thirtieth annual ACM symposium on Theory of computing},
1913   year = {1998},
1914   series = {STOC '98},
1915   pages = {597--603},
1916   address = {New York, NY, USA},
1917   publisher = {ACM},
1918   acmid = {276875},
1919   isbn = {0-89791-962-9},
1920   location = {Dallas, Texas, United States},
1921   numpages = {7}
1922 }
1923
1924 @ARTICLE{Dawei2004,
1925   author = {Zhao Dawei and Chen Guanrong and Liu Wenbo},
1926   title = {A chaos-based robust wavelet-domain watermarking algorithm},
1927   journal = {Chaos, Solitons and Fractals},
1928   year = {2004},
1929   volume = {22},
1930   pages = {47-54},
1931   owner = {guyeux},
1932   timestamp = {2008.10.07}
1933 }
1934
1935 @MISC{1011.1638,
1936   author = {Anthony Desnos and Robert Erra and Eric Filiol},
1937   title = {Processor-Dependent Malware... and codes},
1938   year = {2010},
1939   comment = {arXiv:1011.1638},
1940   eprint = {arXiv:1011.1638}
1941 }
1942
1943 @BOOK{devaney,
1944   title = {An Introduction to Chaotic Dynamical Systems},
1945   publisher = {Addison-Wesley},
1946   year = {1989},
1947   author = {Devaney, Robert L.},
1948   address = {Redwood City, CA},
1949   edition = {2nd}
1950 }
1951
1952 @ARTICLE{diffie76,
1953   author = {Whitfield Diffie and Martin E. Hellman},
1954   title = {New Directions in Cryptography},
1955   journal = {IEEE Transactions on Information Theory},
1956   year = {1976},
1957   volume = {IT-22},
1958   pages = {644--654},
1959   number = {6},
1960   date = {November 1976},
1961   owner = {guyeux},
1962   timestamp = {2009.06.30},
1963   url = {citeseer.ist.psu.edu/diffie76new.html}
1964 }
1965
1966 @INCOLLECTION{Dijk10,
1967   author = {van Dijk, Marten and Gentry, Craig and Halevi, Shai and Vaikuntanathan,
1968         Vinod},
1969   title = {Fully Homomorphic Encryption over the Integers},
1970   booktitle = {Advances in Cryptology – EUROCRYPT 2010},
1971   publisher = {Springer Berlin / Heidelberg},
1972   year = {2010},
1973   editor = {Gilbert, Henri},
1974   volume = {6110},
1975   series = {Lecture Notes in Computer Science},
1976   pages = {24-43},
1977   abstract = {We construct a simple fully homomorphic encryption scheme, using only
1978         elementary modular arithmetic. We use Gentry’s technique to construct
1979         a fully homomorphic scheme from a bootstrappable somewhat homomorphic
1980         scheme. However, instead of using ideal lattices over a polynomial
1981         ring, our bootstrappable encryption scheme merely uses addition and
1982         multiplication over the integers. The main appeal of our scheme is
1983         the conceptual simplicity. We reduce the security of our scheme to
1984         finding an approximate integer gcd – i.e., given a list of integers
1985         that are near-multiples of a hidden integer, output that hidden integer.
1986         We investigate the hardness of this task, building on earlier work
1987         of Howgrave-Graham.},
1988   affiliation = {MIT CSAIL}
1989 }
1990
1991 @ARTICLE{Dill1985,
1992   author = {Dill, KA},
1993   title = {Theory for the folding and stability of globular proteins.},
1994   journal = {Biochemistry},
1995   year = {1985},
1996   volume = {24},
1997   pages = {1501-9--},
1998   number = {6},
1999   month = mar,
2000   abstract = {Using lattice statistical mechanics, we develop theory to account
2001         for the folding of a heteropolymer molecule such as a protein to
2002         the globular and soluble state. Folding is assumed to be driven by
2003         the association of solvophobic monomers to avoid solvent and opposed
2004         by the chain configurational entropy. Theory predicts a phase transition
2005         as a function of temperature or solvent character. Molecules that
2006         are too short or too long or that have too few solvophobic residues
2007         are predicted not to fold. Globular molecules should have a largely
2008         solvophobic core, but there is an entropic tendency for some residues
2009         to be "out of place", particularly in small molecules. For long chains,
2010         molecules comprised of globular domains are predicted to be thermodynamically
2011         more stable than spherical molecules. The number of accessible conformations
2012         in the globular state is calculated to be an exceedingly small fraction
2013         of the number available to the random coil. Previous estimates of
2014         this number, which have motivated kinetic theories of folding, err
2015         by many tens of orders of magnitude.},
2016   comment = {Research Support, Non-U.S. Gov't,Research Support, U.S. Gov't, P.H.S.,},
2017   keywords = {Mathematics, Models, Chemical, Polymers, Protein Conformation},
2018   owner = {christophe},
2019   timestamp = {2011.01.22},
2020   url = {http://ukpmc.ac.uk/abstract/MED/3986190}
2021 }
2022
2023 @ARTICLE{Dill1995,
2024   author = {Dill, KA and Bromberg, S and Yue, K and Fiebig, KM and Yee, DP and
2025         Thomas, PD and Chan, HS},
2026   title = {Principles of protein folding--a perspective from simple exact models.},
2027   journal = {Protein Sci},
2028   year = {1995},
2029   volume = {4},
2030   pages = {561-602--},
2031   number = {4},
2032   month = apr,
2033   abstract = {General principles of protein structure, stability, and folding kinetics
2034         have recently been explored in computer simulations of simple exact
2035         lattice models. These models represent protein chains at a rudimentary
2036         level, but they involve few parameters, approximations, or implicit
2037         biases, and they allow complete explorations of conformational and
2038         sequence spaces. Such simulations have resulted in testable predictions
2039         that are sometimes unanticipated: The folding code is mainly binary
2040         and delocalized throughout the amino acid sequence. The secondary
2041         and tertiary structures of a protein are specified mainly by the
2042         sequence of polar and nonpolar monomers. More specific interactions
2043         may refine the structure, rather than dominate the folding code.
2044         Simple exact models can account for the properties that characterize
2045         protein folding: two-state cooperativity, secondary and tertiary
2046         structures, and multistage folding kinetics--fast hydrophobic collapse
2047         followed by slower annealing. These studies suggest the possibility
2048         of creating "foldable" chain molecules other than proteins. The encoding
2049         of a unique compact chain conformation may not require amino acids;
2050         it may require only the ability to synthesize specific monomer sequences
2051         in which at least one monomer type is solvent-averse.},
2052   address = {Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California,
2053         San Francisco 94143-1204, USA.},
2054   comment = {Review,Research Support, Non-U.S. Gov't,Research Support, U.S. Gov't,
2055         Non-P.H.S.,Research Support, U.S. Gov't, P.H.S.,},
2056   keywords = {Amino Acid Sequence, Biological Evolution, Hydrogen Bonding, Models,
2057         Molecular, Molecular Sequence Data, Mutation, Protein Conformation,
2058         Protein Denaturation, Protein Folding, Temperature, Thermodynamics},
2059   owner = {christophe},
2060   timestamp = {2011.01.22},
2061   url = {http://ukpmc.ac.uk/abstract/MED/7613459}
2062 }
2063
2064 @INPROCEEDINGS{Dobbertin96,
2065   author = {Dobbertin, Hans},
2066   title = {Cryptanalysis of MD4},
2067   booktitle = {Proceedings of the Third International Workshop on Fast Software
2068         Encryption},
2069   year = {1996},
2070   pages = {53--69},
2071   address = {London, UK},
2072   publisher = {Springer-Verlag},
2073   isbn = {3-540-60865-6}
2074 }
2075
2076 @INPROCEEDINGS{DomingoFerrer2002,
2077   author = {Domingo-Ferrer, Josep},
2078   title = {A Provably Secure Additive and Multiplicative Privacy Homomorphism},
2079   booktitle = {ISC '02: Proceedings of the 5th International Conference on Information
2080         Security},
2081   year = {2002},
2082   pages = {471--483},
2083   address = {London, UK},
2084   publisher = {Springer-Verlag},
2085   isbn = {3-540-44270-7}
2086 }
2087
2088 @ARTICLE{Dubchak1995,
2089   author = {I. Dubchak and I. Muchnik and S. R. Holbrook and S. H. Kim},
2090   title = {Prediction of protein folding class using global description of amino
2091         acid sequence.},
2092   journal = {Proc Natl Acad Sci U S A},
2093   year = {1995},
2094   volume = {92},
2095   pages = {8700--8704},
2096   number = {19},
2097   month = {Sep},
2098   __markedentry = {[guyeux]},
2099   abstract = {We present a method for predicting protein folding class based on
2100         global protein chain description and a voting process. Selection
2101         of the best descriptors was achieved by a computer-simulated neural
2102         network trained on a data base consisting of 83 folding classes.
2103         Protein-chain descriptors include overall composition, transition,
2104         and distribution of amino acid attributes, such as relative hydrophobicity,
2105         predicted secondary structure, and predicted solvent exposure. Cross-validation
2106         testing was performed on 15 of the largest classes. The test shows
2107         that proteins were assigned to the correct class (correct positive
2108         prediction) with an average accuracy of 71.7\%, whereas the inverse
2109         prediction of proteins as not belonging to a particular class (correct
2110         negative prediction) was 90-95\% accurate. When tested on 254 structures
2111         used in this study, the top two predictions contained the correct
2112         class in 91\% of the cases.},
2113   institution = {Department of Chemistry, University of California, Berkeley 94720,
2114         USA.},
2115   keywords = {Amino Acid Sequence; Amino Acids, chemistry; Computer Simulation;
2116         Databases, Factual; Models, Chemical; Neural Networks (Computer);
2117         Protein Folding; Protein Structure, Secondary; Proteins, chemistry/classification;
2118         Reproducibility of Results; Solvents},
2119   language = {eng},
2120   medline-pst = {ppublish},
2121   owner = {guyeux},
2122   pmid = {7568000},
2123   timestamp = {2011.07.18}
2124 }
2125
2126 @BOOK{Dudley,
2127   title = {Real analysis and probability},
2128   publisher = {Cambridge University Press},
2129   author = {Richard M. Dudley},
2130   optpages = {209},
2131   owner = {guyeux},
2132   timestamp = {2008.01.02}
2133 }
2134
2135 @ARTICLE{Tarazi84,
2136   author = {El Tarazi, Mouhamed Nabih},
2137   title = {Algorithmes mixtes asynchrones. Etude de convergence monotone},
2138   journal = {Numerische Mathematik},
2139   year = {1984},
2140   volume = {44},
2141   pages = {363-369},
2142   note = {10.1007/BF01405568},
2143   affiliation = {Department of Mathematics, Faculty of Science Kuwait University P.O.
2144         Box 5969 Kuwait},
2145   issn = {0029-599X},
2146   issue = {3},
2147   keyword = {Mathematics and Statistics},
2148   publisher = {Springer Berlin / Heidelberg},
2149   url = {http://dx.doi.org/10.1007/BF01405568}
2150 }
2151
2152 @ARTICLE{Tarazi82,
2153   author = {El Tarazi, Mouhamed Nabih},
2154   title = {Some convergence results for asynchronous algorithms},
2155   journal = {Numerische Mathematik},
2156   year = {1982},
2157   volume = {39},
2158   pages = {325-340},
2159   note = {10.1007/BF01407866},
2160   affiliation = {Department of Mathematics, Faculty of Science Kuwait University P.O.
2161         Box 5969 Kuwait Kuwait},
2162   issn = {0029-599X},
2163   issue = {3},
2164   keyword = {Mathematics and Statistics},
2165   publisher = {Springer Berlin / Heidelberg},
2166   url = {http://dx.doi.org/10.1007/BF01407866}
2167 }
2168
2169 @ARTICLE{Fei2005,
2170   author = {Peng Fei and Qiu Shui-Sheng and Long Min},
2171   title = {A secure digital signature algorithm based on elliptic curve and
2172         chaotic mappings},
2173   journal = {Circuits Systems Signal Processing},
2174   year = {2005},
2175   volume = {24, No. 5},
2176   pages = {585--597},
2177   owner = {guyeux},
2178   timestamp = {2009.01.16}
2179 }
2180
2181 @BOOK{Feigenbaum1908,
2182   title = {Universal behavior in nonlinear systems},
2183   publisher = {Los Alamos Science},
2184   year = {1908},
2185   author = {Feigenbaum},
2186   owner = {guyeux},
2187   timestamp = {2008.01.02}
2188 }
2189
2190 @ARTICLE{Felsenstein1980,
2191   author = {J. Felsenstein},
2192   title = {A view of population genetics.},
2193   journal = {Science},
2194   year = {1980},
2195   volume = {208},
2196   pages = {1253},
2197   number = {4449},
2198   month = {Jun},
2199   doi = {10.1126/science.208.4449.1253},
2200   language = {eng},
2201   medline-pst = {ppublish},
2202   owner = {guyeux},
2203   pii = {208/4449/1253},
2204   pmid = {17830806},
2205   timestamp = {2011.05.05},
2206   url = {http://dx.doi.org/10.1126/science.208.4449.1253}
2207 }
2208
2209 @BOOK{Filiol09,
2210   title = {Les virus informatiques : techniques virales et antivirales avancées},
2211   year = {2009},
2212   editor = {Springer},
2213   author = {Eric Filiol},
2214   owner = {christophe},
2215   timestamp = {2010.10.13}
2216 }
2217
2218 @INPROCEEDINGS{FiliolBlackHat,
2219   author = {Eric Filiol},
2220   title = {Passive and Active Leakage of Secret Data from Non Networked Computer},
2221   booktitle = {Black Hat},
2222   year = {2008},
2223   owner = {christophe},
2224   timestamp = {2010.11.28}
2225 }
2226
2227 @PHDTHESIS{Formenti2003,
2228   author = {Enrico Formenti},
2229   title = {De l'algorithmique du chaos dans les systèmes dynamiques discrets},
2230   school = {Université de Provence},
2231   year = {2003},
2232   owner = {guyeux},
2233   timestamp = {2008.01.02}
2234 }
2235
2236 @PHDTHESIS{Formenti1998,
2237   author = {Enrico Formenti},
2238   title = {Automates cellulaires et chaos : de la vision topologique à la vision
2239         algorithmique},
2240   school = {\'Ecole Normale Supérieure de Lyon},
2241   year = {1998},
2242   optmonth = {Octobre},
2243   owner = {guyeux},
2244   timestamp = {2008.01.02}
2245 }
2246
2247 @ARTICLE{Frey2006,
2248   author = {Gabriel Frey and Christian J Michel},
2249   title = {Identification of circular codes in bacterial genomes and their use
2250         in a factorization method for retrieving the reading frames of genes.},
2251   journal = {Comput Biol Chem},
2252   year = {2006},
2253   volume = {30},
2254   pages = {87--101},
2255   number = {2},
2256   month = {Apr},
2257   abstract = {We developed a statistical method that allows each trinucleotide to
2258         be associated with a unique frame among the three possible ones in
2259         a (protein coding) gene. An extensive gene study in 175 complete
2260         bacterial genomes based on this statistical approach resulted in
2261         identification of 72 new circular codes. Finding a circular code
2262         enables an immediate retrieval of the reading frame locally anywhere
2263         in a gene. No knowledge of location of the start codon is required
2264         and a short window of only a few nucleotides is sufficient for automatic
2265         retrieval. We have therefore developed a factorization method (that
2266         explores previously found circular codes) for retrieving the reading
2267         frames of bacterial genes. Its principle is new and easy to understand.
2268         Neither complex treatment nor specific information on the nucleotide
2269         sequences is necessary. Moreover, the method can be used for short
2270         regions in nucleotide sequences (less than 25 nucleotides in protein
2271         coding genes). Selected additional properties of circular codes and
2272         their possible biological consequences are also discussed.},
2273   doi = {10.1016/j.compbiolchem.2005.11.001},
2274   institution = {Equipe de Bioinformatique Théorique, LSIIT (UMR CNRS-ULP 7005), Université
2275         Louis Pasteur de Strasbourg, Pôle API, Boulevard Sébastien Brant,
2276         67400 Illkirch, France. frey@dpt-info.u-strasbg.fr},
2277   keywords = {Base Sequence; Computational Biology; Genes, Bacterial; Genome, Bacterial;
2278         Genomics, statistics /&/ numerical data; Models, Genetic; Models,
2279         Statistical; Reading Frames},
2280   language = {eng},
2281   medline-pst = {ppublish},
2282   owner = {guyeux},
2283   pii = {S1476-9271(05)00111-8},
2284   pmid = {16439185},
2285   timestamp = {2011.05.05},
2286   url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2005.11.001}
2287 }
2288
2289 @ARTICLE{Frey2006a,
2290   author = {Gabriel Frey and Christian J Michel},
2291   title = {An analytical model of gene evolution with six mutation parameters:
2292         an application to archaeal circular codes.},
2293   journal = {Comput Biol Chem},
2294   year = {2006},
2295   volume = {30},
2296   pages = {1--11},
2297   number = {1},
2298   month = {Feb},
2299   abstract = {We develop here an analytical evolutionary model based on a trinucleotide
2300         mutation matrix 64 x 64 with six substitution parameters associated
2301         with the transitions and transversions in the three trinucleotide
2302         sites. It generalizes the previous models based on the nucleotide
2303         mutation matrices 4 x 4 and the trinucleotide mutation matrix 64
2304         x 64 with three parameters. It determines at some time t the exact
2305         occurrence probabilities of trinucleotides mutating randomly according
2306         to six substitution parameters. An application of this model allows
2307         an evolutionary study of the common circular code COM and the 15
2308         archaeal circular codes X which have been recently identified in
2309         several archaeal genomes. The main property of a circular code is
2310         the retrieval of the reading frames in genes, both locally, i.e.
2311         anywhere in genes and in particular without a start codon, and automatically
2312         with a window of a few nucleotides. In genes, the circular code is
2313         superimposed on the traditional genetic one. Very unexpectedly, the
2314         evolutionary model demonstrates that the archaeal circular codes
2315         can derive from the common circular code subjected to random substitutions
2316         with particular values for six substitutions parameters. It has a
2317         strong correlation with the statistical observations of three archaeal
2318         codes in actual genes. Furthermore, the properties of these substitution
2319         rates allow proposal of an evolutionary classification of the 15
2320         archaeal codes into three main classes according to this model. In
2321         almost all the cases, they agree with the actual degeneracy of the
2322         genetic code with substitutions more frequent in the third trinucleotide
2323         site and with transitions more frequent that transversions in any
2324         trinucleotide site.},
2325   doi = {10.1016/j.compbiolchem.2005.09.001},
2326   institution = {Equipe de Bioinformatique Théorique, LSIIT (UMR CNRS-ULP 7005), Université
2327         Louis Pasteur de Strasbourg, Pôle API, Boulevard Sébastien Brant,
2328         67400 Illkirch, France. frey@dpt-info.u-strasbg.fr},
2329   keywords = {Archaea, genetics; DNA, Circular; Evolution, Molecular; Genetic Code;
2330         Genome, Archaeal; Models, Genetic; Mutation; Trinucleotide Repeats},
2331   language = {eng},
2332   medline-pst = {ppublish},
2333   owner = {guyeux},
2334   pii = {S1476-9271(05)00083-6},
2335   pmid = {16324886},
2336   timestamp = {2011.05.05},
2337   url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2005.09.001}
2338 }
2339
2340 @INPROCEEDINGS{fgb11:ip,
2341   author = {Friot, Nicolas and Guyeux, Christophe and Bahi, Jacques},
2342   title = {Chaotic Iterations for Steganography - Stego-security and chaos-security},
2343   booktitle = {SECRYPT'2011, Int. Conf. on Security and Cryptography},
2344   year = {2011},
2345   pages = {***--***},
2346   address = {Sevilla, Spain},
2347   month = jul,
2348   note = {To appear},
2349   classement = {ACTI},
2350   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
2351   equipe = {and},
2352   inhal = {no}
2353 }
2354
2355 @MISC{Frisch,
2356   author = {Alain Frisch},
2357   title = {Entropie topologique et définition du chaos},
2358   year = {1998},
2359   note = {Rapport de tipe},
2360   file = {Tipe_Entropie Topologique et Definition du Chaos (Alain Frisch).ps:Chaos/Tipe_Entropie Topologique et Definition du Chaos (Alain Frisch).ps:PDF},
2361   keywords = {Chaos, Entropie Topologique, Tipe},
2362   owner = {guyeux},
2363   timestamp = {2008.01.02},
2364   url = {http://alain.frisch.fr/math.html}
2365 }
2366
2367 @MISC{Frisch98,
2368   author = {Alain Frisch},
2369   title = {Entropie topologique et définition du chaos},
2370   year = {1998},
2371   note = {[En ligne; Page disponible le 12-août-2010]},
2372   url = {\url{http://alain.frisch.fr/math.html}}
2373 }
2374
2375 @ARTICLE{Frommer97asynchronousweighted,
2376   author = {Andreas Frommer and Hartmut Schwandt and Daniel and Daniel B. Szyld},
2377   title = {Asynchronous Weighted Additive Schwarz Methods},
2378   journal = {Electronic Transactions on Numerical Analysis},
2379   year = {1997},
2380   volume = {5},
2381   pages = {48--61}
2382 }
2383
2384 @MISC{Frommer94asynchronoustwo-stage,
2385   author = {Andreas Frommer and Daniel B. Szyld},
2386   title = {Asynchronous Two-Stage Iterative Methods},
2387   year = {1994}
2388 }
2389
2390 @BOOK{J1992,
2391   title = {Introduction to Chaos and Coherence},
2392   publisher = {IOP Publishing},
2393   year = {1992},
2394   author = {J. Frøyland},
2395   owner = {guyeux},
2396   timestamp = {2008.01.02}
2397 }
2398
2399 @MISC{Furon2002,
2400   author = {T. Furon},
2401   title = {Security analysis},
2402   year = {2002},
2403   note = {European Project IST-1999-10987 CERTIMARK, Deliverable D.5.5},
2404   owner = {guyeux},
2405   timestamp = {2009.06.30}
2406 }
2407
2408 @ARTICLE{Furon08,
2409   author = {Furon, Teddy and Bas, Patrick},
2410   title = {Broken arrows},
2411   journal = {EURASIP J. Inf. Secur.},
2412   year = {2008},
2413   volume = {2008},
2414   pages = {1--13},
2415   address = {New York, NY, United States},
2416   doi = {http://dx.doi.org/10.1155/2008/597040},
2417   issn = {1687-4161},
2418   owner = {christophe},
2419   publisher = {Hindawi Publishing Corp.},
2420   timestamp = {2010.03.06}
2421 }
2422
2423 @ARTICLE{P1150442004,
2424   author = {G.S.El-Taweel and H.M. Onsi and M.Samy and M.G. Darwish},
2425   title = {Secure and Non-Blind Watermarking Scheme for Color Images Based on
2426         DWT},
2427   journal = {ICGST International Journal on Graphics, Vision and Image Processing},
2428   year = {2005},
2429   volume = {05},
2430   pages = {1--5},
2431   month = {April},
2432   issue = {4},
2433   owner = {christophe},
2434   timestamp = {2010.03.07}
2435 }
2436
2437 @INPROCEEDINGS{Gentry09,
2438   author = {Gentry, Craig},
2439   title = {Fully homomorphic encryption using ideal lattices},
2440   booktitle = {STOC '09: Proceedings of the 41st annual ACM symposium on Theory
2441         of computing},
2442   year = {2009},
2443   pages = {169--178},
2444   address = {New York, NY, USA},
2445   publisher = {ACM},
2446   doi = {http://doi.acm.org/10.1145/1536414.1536440},
2447   isbn = {978-1-60558-506-2},
2448   location = {Bethesda, MD, USA}
2449 }
2450
2451 @INPROCEEDINGS{Girao04,
2452   author = {J. Girao and M. Schneider and D. Westhoff},
2453   title = {CDA: Concealed data aggregation in wireless sensor networks},
2454   booktitle = {Proceedings of the ACM Workshop on Wireless Security},
2455   year = {2004},
2456   owner = {christophe},
2457   timestamp = {2010.07.31}
2458 }
2459
2460 @CONFERENCE{Gotsman88,
2461   author = {C. Gotsman and D. Lehmann and E. Shamir},
2462   title = {Asynchronous Dynamics of Random Boolean Networks},
2463   booktitle = {San Diego '88 Neural Networks Conference},
2464   year = {1988},
2465   owner = {guyeux},
2466   timestamp = {30/03/2008}
2467 }
2468
2469 @ARTICLE{Guckenheimer1979,
2470   author = {J. Guckenheimer},
2471   title = {Sensitive dependence to initial conditions for one-dimensional maps},
2472   journal = {Comm. Math. Phys.},
2473   year = {1979},
2474   optpages = {133-160},
2475   owner = {guyeux},
2476   timestamp = {2008.01.02}
2477 }
2478
2479 @BOOK{J.1983,
2480   title = {Nonlinear oscillations, dynamical systems, and bifurcations of vector
2481         fields},
2482   publisher = {Springer Verlag},
2483   year = {1983},
2484   author = {J. Guckenheimer and P. Holmes},
2485   owner = {guyeux},
2486   timestamp = {2008.01.02}
2487 }
2488
2489 @ARTICLE{Guo20093201,
2490   author = {Wei Guo and Xiaoming Wang and Dake He and Yang Cao},
2491   title = {Cryptanalysis on a parallel keyed hash function based on chaotic
2492         maps},
2493   journal = {Physics Letters A},
2494   year = {2009},
2495   volume = {373},
2496   pages = {3201 - 3206},
2497   number = {36},
2498   abstract = {This Letter analyzes the security of a novel parallel keyed hash function
2499         based on chaotic maps, proposed by Xiao et al. to improve the efficiency
2500         in parallel computing environment. We show how to devise forgery
2501         attacks on Xiao's scheme with differential cryptanalysis and give
2502         the experiment results of two kinds of forgery attacks firstly. Furthermore,
2503         we discuss the problem of weak keys in the scheme and demonstrate
2504         how to utilize weak keys to construct collision.},
2505   issn = {0375-9601},
2506   keywords = {Cryptanalysis}
2507 }
2508
2509 @PHDTHESIS{GuyeuxThese10,
2510   author = {Christophe Guyeux},
2511   title = {Le d\'{e}sordre des it\'{e}rations chaotiques et leur utilit\'{e}
2512         en s\'{e}curit\'{e} informatique},
2513   school = {Universit\'{e} de Franche-Comt\'{e}},
2514   year = {2010},
2515   owner = {christophe},
2516   timestamp = {2010.12.21}
2517 }
2518
2519 @MISC{gb11:onp,
2520   author = {Guyeux, Christophe and Bahi, Jacques},
2521   title = {\'Etude topologique de l'\'etalement de spectre},
2522   howpublished = {Journ\'ees Codes et St\'eganographie, \'Ecoles Militaires de Saint-Cyr,
2523         Co\"etquidan},
2524   month = jan,
2525   year = {2011},
2526   classement = {COM},
2527   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
2528   equipe = {and},
2529   inhal = {no}
2530 }
2531
2532 @INPROCEEDINGS{bg10:ip,
2533   author = {Guyeux, Christophe and Bahi, Jacques},
2534   title = {An improved watermarking algorithm for Internet applications},
2535   booktitle = {INTERNET'2010. The 2nd Int. Conf. on Evolving Internet},
2536   year = {2010},
2537   pages = {119--124},
2538   address = {Valencia, Spain},
2539   month = sep,
2540   classement = {ACTI},
2541   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
2542   equipe = {and},
2543   inhal = {no}
2544 }
2545
2546 @INPROCEEDINGS{gfb10:ip,
2547   author = {Guyeux, Christophe and Friot, Nicolas and Bahi, Jacques},
2548   title = {Chaotic iterations versus Spread-spectrum: chaos and stego security},
2549   booktitle = {IIH-MSP'10, 6-th Int. Conf. on Intelligent Information Hiding and
2550         Multimedia Signal Processing},
2551   year = {2010},
2552   pages = {208--211},
2553   address = {Darmstadt, Germany},
2554   month = oct,
2555   classement = {ACTI},
2556   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
2557   equipe = {and},
2558   inhal = {no}
2559 }
2560
2561 @ARTICLE{friot10,
2562   author = {Christophe Guyeux and Nicolas Friot and Jacques M. Bahi},
2563   title = {A more secure information hiding scheme than spread-spectrum obtained
2564         by chaos-security},
2565   journal = {arXiv 0032565},
2566   year = {2010},
2567   owner = {guyeux},
2568   timestamp = {2010.04.30}
2569 }
2570
2571 @BOOK{ECC,
2572   title = {Guide to Elliptic Curve Cryptography},
2573   publisher = {Springer Professional Computing},
2574   year = {2004},
2575   editor = {Springer},
2576   author = {D. Hankerson and A. Menezes and S. Vanstone},
2577   owner = {christophe},
2578   timestamp = {2010.07.31}
2579 }
2580
2581 @ARTICLE{Hasegawa1985,
2582   author = {M. Hasegawa and H. Kishino and T. Yano},
2583   title = {Dating of the human-ape splitting by a molecular clock of mitochondrial
2584         DNA.},
2585   journal = {J Mol Evol},
2586   year = {1985},
2587   volume = {22},
2588   pages = {160--174},
2589   number = {2},
2590   abstract = {A new statistical method for estimating divergence dates of species
2591         from DNA sequence data by a molecular clock approach is developed.
2592         This method takes into account effectively the information contained
2593         in a set of DNA sequence data. The molecular clock of mitochondrial
2594         DNA (mtDNA) was calibrated by setting the date of divergence between
2595         primates and ungulates at the Cretaceous-Tertiary boundary (65 million
2596         years ago), when the extinction of dinosaurs occurred. A generalized
2597         least-squares method was applied in fitting a model to mtDNA sequence
2598         data, and the clock gave dates of 92.3 +/- 11.7, 13.3 +/- 1.5, 10.9
2599         +/- 1.2, 3.7 +/- 0.6, and 2.7 +/- 0.6 million years ago (where the
2600         second of each pair of numbers is the standard deviation) for the
2601         separation of mouse, gibbon, orangutan, gorilla, and chimpanzee,
2602         respectively, from the line leading to humans. Although there is
2603         some uncertainty in the clock, this dating may pose a problem for
2604         the widely believed hypothesis that the pipedal creature Australopithecus
2605         afarensis, which lived some 3.7 million years ago at Laetoli in Tanzania
2606         and at Hadar in Ethiopia, was ancestral to man and evolved after
2607         the human-ape splitting. Another likelier possibility is that mtDNA
2608         was transferred through hybridization between a proto-human and a
2609         proto-chimpanzee after the former had developed bipedalism.},
2610   keywords = {Animals; Biological Evolution; DNA, Mitochondrial, genetics; Genes;
2611         Haplorhini, genetics; Humans; Mathematics; Models, Genetic; Nucleic
2612         Acid Hybridization; Primates, genetics; Proteins, genetics; Species
2613         Specificity},
2614   language = {eng},
2615   medline-pst = {ppublish},
2616   owner = {guyeux},
2617   pmid = {3934395},
2618   timestamp = {2011.05.05}
2619 }
2620
2621 @BOOK{R1994,
2622   title = {A First Course in Discrete Dynamical Systems},
2623   publisher = {Springer-Verlag},
2624   year = {1994},
2625   author = {R. Homlgren},
2626   optpages = {106},
2627   owner = {guyeux},
2628   timestamp = {2008.01.02}
2629 }
2630
2631 @INCOLLECTION{Hoque09,
2632   author = {Hoque, Md. and Chetty, Madhu and Sattar, Abdul},
2633   title = {Genetic Algorithm in Ab Initio Protein Structure Prediction Using
2634         Low Resolution Model: A Review},
2635   booktitle = {Biomedical Data and Applications},
2636   publisher = {Springer Berlin Heidelberg},
2637   year = {2009},
2638   editor = {Sidhu, Amandeep and Dillon, Tharam},
2639   volume = {224},
2640   series = {Studies in Computational Intelligence},
2641   pages = {317-342},
2642   affiliation = {IIIS, Griffith University, Nathan, QLD-4111 Australia}
2643 }
2644
2645 @CONFERENCE{Houmansadr09,
2646   author = {A. Houmansadr and N. Kiyavash and N. Borisov},
2647   title = {Rainbow: A robust and invisible non-blind watermark for network flows},
2648   booktitle = {NDSS’09: 16th Annual Network and Distributed System Security Symposium},
2649   year = {2009},
2650   owner = {christophe},
2651   timestamp = {2010.03.07}
2652 }
2653
2654 @ARTICLE{Huang,
2655   author = {Huang, Shih-I and Shieh, Shiuhpyng and Tygar, J.},
2656   title = {Secure encrypted-data aggregation for wireless sensor networks},
2657   journal = {Wireless Networks},
2658   abstract = {Abstract\&nbsp;\&nbsp;This paper proposes a secure encrypted-data
2659         aggregation scheme for wireless sensor networks. Our design for data
2660         aggregation eliminates redundant sensor readings without using encryption
2661         and maintains data secrecy and privacy during transmission. Conventional
2662         aggregation functions operate when readings are received in plaintext.
2663         If readings are encrypted, aggregation requires decryption creating
2664         extra overhead and key management issues. In contrast to conventional
2665         schemes, our proposed scheme provides security and privacy, and duplicate
2666         instances of original readings will be aggregated into a single packet.
2667         Our scheme is resilient to known-plaintext attacks, chosen-plaintext
2668         attacks, ciphertext-only attacks and man-in-the-middle attacks. Our
2669         experiments show that our proposed aggregation method significantly
2670         reduces communication overhead and can be practically implemented
2671         in on-the-shelf sensor platforms.},
2672   citeulike-article-id = {4499496},
2673   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1007/s11276-009-0177-y},
2674   citeulike-linkout-1 = {http://www.springerlink.com/content/g573138072642u63},
2675   doi = {10.1007/s11276-009-0177-y},
2676   posted-at = {2009-05-10 09:55:44},
2677   url = {http://dx.doi.org/10.1007/s11276-009-0177-y}
2678 }
2679
2680 @ARTICLE{Huang10,
2681   author = {Huang, Shih-I and Shieh, Shiuhpyng and Tygar, J. D.},
2682   title = {Secure encrypted-data aggregation for wireless sensor networks},
2683   journal = {Wirel. Netw.},
2684   year = {2010},
2685   volume = {16},
2686   pages = {915--927},
2687   number = {4},
2688   address = {Hingham, MA, USA},
2689   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/s11276-009-0177-y},
2690   issn = {1022-0038},
2691   publisher = {Kluwer Academic Publishers}
2692 }
2693
2694 @ARTICLE{W.2001,
2695   author = {W. Huang and X. Ye},
2696   title = {Homeomorphisms with the whole compacta being scrambled sets},
2697   journal = {Ergod. Th. Dynam. Systems},
2698   year = {2001},
2699   optnumber = {1},
2700   optpages = {77-91},
2701   optvolume = {21},
2702   owner = {guyeux},
2703   timestamp = {2008.01.02}
2704 }
2705
2706 @ARTICLE{Hurley1982,
2707   author = {M. Hurley},
2708   title = {Attractors, persistence and density of their bassin},
2709   journal = {Transactions of AMS},
2710   year = {1982},
2711   optpages = {247-271},
2712   optvolume = {269},
2713   owner = {guyeux},
2714   timestamp = {2008.01.02}
2715 }
2716
2717 @INPROCEEDINGS{Islam:2009:NMA:1695134.1695181,
2718   author = {Islam, Md. Kamrul and Chetty, Madhu},
2719   title = {Novel Memetic Algorithm for Protein Structure Prediction},
2720   booktitle = {Proceedings of the 22nd Australasian Joint Conference on Advances
2721         in Artificial Intelligence},
2722   year = {2009},
2723   series = {AI '09},
2724   pages = {412--421},
2725   address = {Berlin, Heidelberg},
2726   publisher = {Springer-Verlag},
2727   acmid = {1695181},
2728   isbn = {978-3-642-10438-1},
2729   keywords = {Guided search space, Memetic Algorithm, Modified fitness function,
2730         Pair-wise-interchange, Schema preservation, Tabu Search},
2731   location = {Melbourne, Australia},
2732   numpages = {10}
2733 }
2734
2735 @PHDTHESIS{Jacquemard77,
2736   author = {C. Jacquemard},
2737   title = {Contribution à l'étude d'algorithmes à convergence monotone},
2738   school = {Université de Franche-Comté},
2739   year = {1977},
2740   owner = {christophe},
2741   timestamp = {2010.08.25}
2742 }
2743
2744 @BOOK{Jukes69,
2745   title = {{Evolution of Protein Molecules}},
2746   publisher = {Academy Press},
2747   year = {1969},
2748   editor = {Munro, H. N.},
2749   author = {Jukes, T. H. and Cantor, C. R.},
2750   booktitle = {Evolution of Protein Molecules},
2751   citeulike-article-id = {1673661},
2752   keywords = {compbio, fresco},
2753   posted-at = {2007-09-19 06:23:18},
2754   priority = {2}
2755 }
2756
2757 @INPROCEEDINGS{Kalker2001,
2758   author = {Kalker, T.},
2759   title = {Considerations on watermarking security},
2760   year = {2001},
2761   pages = {201--206},
2762   abstract = {In this paper we address the usually implicit assumption that digital
2763         watermarking has as its main target copyright and copy protection
2764         applications. From these target applications a great many conclusions
2765         are drawn about the required security of a watermarking system, and
2766         in fact, a considerably percentage of the watermarking literature
2767         has this very topic as its main focus of attention. In this paper
2768         we take a step back, and try to do a more careful analysis of the
2769         'watermarking-is-for-security-applications' paradigm. The intention
2770         of this paper is to discuss the meaning of the concept security in
2771         the context of watermarking, and try to show that one has to be careful
2772         in using analogies from the related field of cryptography},
2773   citeulike-article-id = {1226513},
2774   journal = {2001 IEEE Fourth Workshop on Multimedia Signal Processing},
2775   keywords = {security, wateramarking},
2776   owner = {guyeux},
2777   posted-at = {2007-04-14 14:30:06},
2778   priority = {2},
2779   timestamp = {2009.06.30}
2780 }
2781
2782 @ARTICLE{Kerckhoffs83,
2783   author = {Kerckhoffs, Auguste},
2784   title = {La cryptographie militaire},
2785   journal = {Journal des sciences militaires},
2786   year = {1883},
2787   volume = {IX},
2788   pages = {5--83},
2789   month = {January},
2790   abstract = {pp. 161–191, Feb. 1883.},
2791   citeulike-article-id = {505508},
2792   keywords = {cryptography, master},
2793   owner = {guyeux},
2794   posted-at = {2006-02-15 04:49:15},
2795   priority = {2},
2796   timestamp = {2009.06.30}
2797 }
2798
2799 @ARTICLE{Kimura80,
2800   author = {Kimura, Motoo},
2801   title = {A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions
2802         through comparative studies of nucleotide sequences},
2803   journal = {Journal of Molecular Evolution},
2804   year = {1980},
2805   volume = {16},
2806   pages = {111-120},
2807   note = {10.1007/BF01731581},
2808   affiliation = {National Institute of Genetics 411 Mishima Japan},
2809   issn = {0022-2844},
2810   issue = {2},
2811   keyword = {Biomedical and Life Sciences},
2812   publisher = {Springer New York},
2813   url = {http://dx.doi.org/10.1007/BF01731581}
2814 }
2815
2816 @ARTICLE{Knudsen94,
2817   author = {Knudsen},
2818   title = {Chaos Without Nonperiodicity},
2819   journal = {Amer. Math. Monthly},
2820   year = {1994},
2821   volume = {101},
2822   owner = {guyeux},
2823   timestamp = {27/01/2008}
2824 }
2825
2826 @PHDTHESIS{Knudsen1994a,
2827   author = {C. Knudsen},
2828   title = {Aspects of noninvertible dynamics and chaos},
2829   school = {Technical University of Denmark},
2830   year = {1994},
2831   owner = {guyeux},
2832   timestamp = {2008.01.02}
2833 }
2834
2835 @ARTICLE{Kocarev06,
2836   author = {L. Kocarev and J. Szczepanski and J.M. Amigo and I. Tomovski},
2837   title = {Discrete Chaos - I: Theory},
2838   journal = {IEEE Trans. on Circuits Systems},
2839   year = {2006},
2840   volume = {53},
2841   pages = {1300-1309},
2842   owner = {christophe},
2843   timestamp = {2010.10.10}
2844 }
2845
2846 @INPROCEEDINGS{Kocher95cryptanalysisof,
2847   author = {Paul C. Kocher},
2848   title = {Cryptanalysis of Diffie-Hellman, RSA, DSS, and Other Systems Using
2849         Timing Attacks (Extended Abstract)},
2850   booktitle = {Advances in Cryptology, CRYPTO '95: 15th Annual International Cryptology
2851         Conference},
2852   year = {1995},
2853   pages = {27--31},
2854   publisher = {Springer-Verlag}
2855 }
2856
2857 @ARTICLE{Kullback1951,
2858   author = {Kullback, Solomon and Leibler, Richard A.},
2859   title = {On Information and Sufficiency},
2860   journal = {The Annals of Mathematical Statistics},
2861   year = {1951},
2862   volume = {22},
2863   pages = {79--86},
2864   number = {1},
2865   citeulike-article-id = {3245942},
2866   keywords = {file-import-08-09-12},
2867   owner = {guyeux},
2868   posted-at = {2008-09-12 14:30:37},
2869   priority = {2},
2870   timestamp = {2009.06.29}
2871 }
2872
2873 @MISC{ledoux,
2874   author = {Eshter Ledoux},
2875   title = {Introduction à la théorie du chaos},
2876   year = {2002},
2877   note = {[En ligne; Page disponible le 12-août-2010]},
2878   url = {\url{http://www.nux.be/eledoux/mem/node1.html}}
2879 }
2880
2881 @BOOK{Lehning1997,
2882   title = {Analyse en dimension finie},
2883   publisher = {Masson},
2884   year = {1997},
2885   author = {Lehning},
2886   optpages = {28},
2887   optvolume = {4},
2888   owner = {guyeux},
2889   timestamp = {2008.01.02}
2890 }
2891
2892 @ARTICLE{Lenstra01,
2893   author = {A.K. Lenstra and E.R. Verheul},
2894   title = {Selecting Cryptographic Key Sizes},
2895   journal = {Jour. of the International Association for Cryptologic Research},
2896   year = {2001},
2897   volume = {14},
2898   pages = {255-293},
2899   number = {4}
2900 }
2901
2902 @ARTICLE{Pitts59,
2903   author = {Lettvin, J.Y. and Maturana, H.R. and McCulloch, W.S. and Pitts, W.H.},
2904   title = {What the Frog's Eye Tells the Frog's Brain},
2905   journal = {Proceedings of the IRE},
2906   year = {1959},
2907   volume = {47},
2908   pages = {1940--51},
2909   number = {11},
2910   owner = {christophe},
2911   timestamp = {2010.12.21}
2912 }
2913
2914 @ARTICLE{Li75,
2915   author = {T. Y. Li and J. A. Yorke},
2916   title = {Period three implies chaos},
2917   journal = {Amer. Math. Monthly},
2918   year = {1975},
2919   volume = {82},
2920   pages = {985--992},
2921   number = {10},
2922   owner = {guyeux},
2923   timestamp = {27/01/2008}
2924 }
2925
2926 @ARTICLE{Xiao10,
2927   author = {Li, Yantao and Deng, Shaojiang and Xiao, Di},
2928   title = {A novel Hash algorithm construction based on chaotic neural network},
2929   journal = {Neural Computing and Applications},
2930   year = {2010},
2931   pages = {1-9},
2932   affiliation = {Chongqing University College of Computer Science 400044 Chongqing
2933         China},
2934   issn = {0941-0643},
2935   keyword = {Computer Science},
2936   publisher = {Springer London}
2937 }
2938
2939 @INPROCEEDINGS{Lin09,
2940   author = {Lin, Hua-Yi and Chiang, Tzu-Chiang},
2941   title = {Cooperative secure data aggregation in sensor networks using elliptic
2942         curve based cryptosystems},
2943   booktitle = {CDVE'09: Proceedings of the 6th international conference on Cooperative
2944         design, visualization, and engineering},
2945   year = {2009},
2946   pages = {384--387},
2947   address = {Berlin, Heidelberg},
2948   publisher = {Springer-Verlag},
2949   isbn = {3-642-04264-3, 978-3-642-04264-5},
2950   location = {Luxembourg, Luxembourg}
2951 }
2952
2953 @INPROCEEDINGS{Liu2008,
2954   author = {Liu, An and Ning, Peng},
2955   title = {TinyECC: A Configurable Library for Elliptic Curve Cryptography in
2956         Wireless Sensor Networks},
2957   booktitle = {7th International Conference on Information Processing in Sensor
2958         Networks (IPSN 2008)},
2959   year = {2008},
2960   pages = {245--256},
2961   month = {April},
2962   citeulike-article-id = {3041699},
2963   howpublished = {SPOTS Track},
2964   keywords = {hagg},
2965   posted-at = {2008-07-25 05:25:05},
2966   priority = {2}
2967 }
2968
2969 @ARTICLE{Liu2007bis,
2970   author = {Shao-Hui Liu and Hong-Xun Yao and Wen Gao and Yong-Liang Liu},
2971   title = {An image fragile watermark scheme based on chaotic image pattern
2972         and pixel-pairs},
2973   journal = {Applied Mathematics and Computation},
2974   year = {2007},
2975   volume = {185},
2976   pages = {869-882},
2977   owner = {guyeux},
2978   timestamp = {2008.10.07}
2979 }
2980
2981 @INPROCEEDINGS{Liu07,
2982   author = {Liu, Zhen and Xi, Lifeng},
2983   title = {Image Information Hiding Encryption Using Chaotic Sequence},
2984   booktitle = {KES '07: Knowledge-Based Intelligent Information and Engineering
2985         Systems and the XVII Italian Workshop on Neural Networks on Proceedings
2986         of the 11th International Conference},
2987   year = {2007},
2988   pages = {202--208},
2989   address = {Berlin, Heidelberg},
2990   publisher = {Springer-Verlag},
2991   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-74827-4_26},
2992   isbn = {978-3-540-74826-7},
2993   location = {Vietri sul Mare, Italy}
2994 }
2995
2996 @ARTICLE{Liu2007,
2997   author = {Zhen Liu and Lifeng Xi},
2998   title = {Image Information Hiding Encryption Using Chaotic Sequence},
2999   journal = {LNAI},
3000   year = {2007},
3001   volume = {4693},
3002   pages = {202-208},
3003   owner = {guyeux},
3004   timestamp = {11/04/2008}
3005 }
3006
3007 @ARTICLE{Lubachevsky86,
3008   author = {Lubachevsky, Boris and Mitra, Debasis},
3009   title = {A chaotic asynchronous algorithm for computing the fixed point of
3010         a nonnegative matrix of unit spectral radius},
3011   journal = {J. ACM},
3012   year = {1986},
3013   volume = {33},
3014   pages = {130--150},
3015   number = {1},
3016   address = {New York, NY, USA},
3017   doi = {http://doi.acm.org/10.1145/4904.4801},
3018   issn = {0004-5411},
3019   publisher = {ACM}
3020 }
3021
3022 @ARTICLE{Larger10,
3023   author = {{L}arger, {L}. and {D}udley, {J}.{M}.},
3024   title = { {N}onlinear dynamics {O}ptoelectronic chaos},
3025   journal = {{N}ature },
3026   year = {2010},
3027   volume = {465 },
3028   pages = {41-42 },
3029   number = {7294 },
3030   month = {05},
3031   abstract = {{O}ptoelectronic circuits with delayed feedback provide a convenient
3032         bench-top platform to study a wide range of nonlinear dynamic systems,
3033         from ultrastable clocks to complex chaotic devices.},
3034   affiliation = {{F}ranche-{C}omt{\'e} {\'E}lectronique {M}{\'e}canique, {T}hermique
3035         et {O}ptique - {S}ciences et {T}echnologies - {FEMTO}-{ST} - {CNRS}
3036         : {UMR}6174 - {U}niversit{\'e} de {F}ranche-{C}omt{\'e} - {U}niversit{\'e}
3037         de {T}echnologie de {B}elfort-{M}ontbeliard - {E}cole {N}ationale
3038         {S}up{\'e}rieure de {M}{\'e}canique et des {M}icrotechniques },
3039   audience = {internationale },
3040   day = {05},
3041   doi = {10.1038/465041a },
3042   hal_id = {hal-00517696},
3043   language = {{A}nglais},
3044   url = {http://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00517696/en/}
3045 }
3046
3047 @INPROCEEDINGS{Mahoney00,
3048   author = {Mahoney, Matthew V.},
3049   title = {Fast Text Compression with Neural Networks},
3050   booktitle = {Proceedings of the Thirteenth International Florida Artificial Intelligence
3051         Research Society Conference},
3052   year = {2000},
3053   pages = {230--234},
3054   publisher = {AAAI Press},
3055   acmid = {707654},
3056   isbn = {1-57735-113-4},
3057   numpages = {5}
3058 }
3059
3060 @INPROCEEDINGS{msp10:bl,
3061   author = {Makhoul, Abdallah and Saadi, Rachid and Pham, Congduc},
3062   title = {Risk Management in Intrusion Detection Applications with Wireless
3063         Video Sensor Networks},
3064   booktitle = {WCNC'10 IEEE Int. Conf.},
3065   year = {2010},
3066   pages = {***--***},
3067   address = {Sydney, Australia},
3068   month = apr,
3069   note = {To appear},
3070   classement = {*},
3071   equipe = {and},
3072   inhal = {no}
3073 }
3074
3075 @ARTICLE{Malvar03,
3076   author = {H.S. Malvar and D. Florêncio},
3077   title = {Improved Spread Spectrum: A New Modulation Technique for Robust Watermarking},
3078   journal = {IEEE Trans. Signal Proceeding},
3079   year = {2003},
3080   volume = {53},
3081   pages = {898--905},
3082   owner = {christophe},
3083   timestamp = {2010.03.07}
3084 }
3085
3086 @ARTICLE{Marsaglia2003,
3087   author = {G. Marsaglia},
3088   title = {Xorshift RNGs},
3089   journal = {Journal of Statistical Software},
3090   year = {2003},
3091   volume = {8(14)},
3092   pages = {1--6},
3093   owner = {qianxue},
3094   timestamp = {2009.10.28}
3095 }
3096
3097 @ARTICLE{Marsaglia1996,
3098   author = {G. Marsaglia},
3099   title = {DIEHARD: a battery of tests of randomness.},
3100   journal = {http://stat.fsu.edu/~geo/diehard.html},
3101   year = {1996},
3102   owner = {qianxue},
3103   timestamp = {2009.11.09}
3104 }
3105
3106 @ARTICLE{Simard07testu01:a,
3107     author = {Richard Simard and Université De Montréal},
3108     title = {TestU01: A C library for empirical testing of random number generators},
3109     journal = {ACM Transactions on Mathematical Software},
3110     year = {2007},
3111     pages = {2007}
3112 }
3113
3114 @ARTICLE{DefiningChaos,
3115   author = {M. Martelli and M. Dang and T. Seph},
3116   title = {Defining chaos},
3117   journal = {Mathematics Magazine},
3118   year = {1998},
3119   volume = {71},
3120   pages = {112--122},
3121   owner = {christophe},
3122   timestamp = {2010.08.11}
3123 }
3124
3125 @ARTICLE{Michel2007c,
3126   author = {Christian J Michel},
3127   title = {An analytical model of gene evolution with 9 mutation parameters:
3128         an application to the amino acids coded by the common circular code.},
3129   journal = {Bull Math Biol},
3130   year = {2007},
3131   volume = {69},
3132   pages = {677--698},
3133   number = {2},
3134   month = {Feb},
3135   abstract = {We develop here an analytical evolutionary model based on a trinucleotide
3136         mutation matrix 64 x 64 with nine substitution parameters associated
3137         with the three types of substitutions in the three trinucleotide
3138         sites. It generalizes the previous models based on the nucleotide
3139         mutation matrices 4 x 4 and the trinucleotide mutation matrix 64
3140         x 64 with three and six parameters. It determines at some time t
3141         the exact occurrence probabilities of trinucleotides mutating randomly
3142         according to these nine substitution parameters. An application of
3143         this model allows an evolutionary study of the common circular code
3144         [Formula: see text] of eukaryotes and prokaryotes and its 12 coded
3145         amino acids. The main property of this code [Formula: see text] is
3146         the retrieval of the reading frames in genes, both locally, i.e.
3147         anywhere in genes and in particular without a start codon, and automatically
3148         with a window of a few nucleotides. However, since its identification
3149         in 1996, amino acid information coded by [Formula: see text] has
3150         never been studied. Very unexpectedly, this evolutionary model demonstrates
3151         that random substitutions in this code [Formula: see text] and with
3152         particular values for the nine substitutions parameters retrieve
3153         after a certain time of evolution a frequency distribution of these
3154         12 amino acids very close to the one coded by the actual genes.},
3155   doi = {10.1007/s11538-006-9147-z},
3156   institution = {Equipe de Bioinformatique Théorique, LSIIT (UMR CNRS-ULP 7005), Université
3157         Louis Pasteur de Strasbourg, Pôle API, Boulevard Sébastien Brant,
3158         67400 Illkirch, France. michel@dpt-info.u-strasbg.fr},
3159   keywords = {Amino Acids, genetics; Codon, genetics; Eukaryotic Cells; Evolution,
3160         Molecular; Models, Genetic; Prokaryotic Cells},
3161   language = {eng},
3162   medline-pst = {ppublish},
3163   owner = {guyeux},
3164   pmid = {16952018},
3165   timestamp = {2011.05.05},
3166   url = {http://dx.doi.org/10.1007/s11538-006-9147-z}
3167 }
3168
3169 @ARTICLE{Miellou75,
3170   author = {J.-C. Miellou},
3171   title = {Algorithmes de relaxation chaotique \`{a} retards},
3172   journal = {Rairo},
3173   year = {1975},
3174   volume = {R1},
3175   pages = {148-162},
3176   owner = {guyeux},
3177   timestamp = {2008.05.22}
3178 }
3179
3180 @ARTICLE{Miellou75b,
3181   author = {Miellou, J.-C.},
3182   title = {Itérations chaotiques à retards, étude de la convergence dans le
3183         cas d'espaces partiellement ordonnés},
3184   journal = {C.R.A.S. Paris},
3185   year = {1975},
3186   volume = {280},
3187   pages = {233--236},
3188   owner = {christophe},
3189   timestamp = {2010.08.17}
3190 }
3191
3192 @ARTICLE{Spiteri85,
3193   author = {Jean-Claude Miellou and Pierre Spitéri},
3194   title = {Un critère de convergence pour des méthodes générales de point fixe},
3195   journal = {Rairo -- Modélisation mathématique et analyse numérique},
3196   year = {1985},
3197   volume = {19},
3198   pages = {645--669},
3199   number = {4},
3200   owner = {christophe},
3201   timestamp = {2010.10.13}
3202 }
3203
3204 @ARTICLE{Mooney08,
3205   author = {Aidan Mooney and John G. Keating and Ioannis Pitas},
3206   title = {A comparative study of chaotic and white noise signals in digital
3207         watermarking},
3208   journal = {Chaos, Solitons and Fractals},
3209   year = {2008},
3210   volume = {35},
3211   pages = {913-921},
3212   owner = {christophe},
3213   timestamp = {2010.03.01}
3214 }
3215
3216 @ARTICLE{Nakashima2003,
3217   author = {Nakashima, Y. and Tachibana, R. and Babaguchi, N.},
3218   title = {Watermarked Movie Soundtrack Finds the Position of the Camcorder
3219         in a Theater},
3220   journal = {IEEE Transactions on Multimedia},
3221   year = {2009},
3222   note = {Accepted for future publication Multimedia}
3223 }
3224
3225 @INCOLLECTION{springerlink:10.1007/978-3-642-04431-1_16,
3226   author = {Nelson, Michael and Nahapetian, Ani and Koushanfar, Farinaz and Potkonjak,
3227         Miodrag},
3228   title = {SVD-Based Ghost Circuitry Detection},
3229   booktitle = {Information Hiding},
3230   publisher = {Springer Berlin / Heidelberg},
3231   year = {2009},
3232   editor = {Katzenbeisser, Stefan and Sadeghi, Ahmad-Reza},
3233   volume = {5806},
3234   series = {Lecture Notes in Computer Science},
3235   pages = {221-234},
3236   note = {10.1007/978-3-642-04431-1_16},
3237   affiliation = {Computer Science Department, UCLA, Los Angeles, CA 90095, USA},
3238   url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04431-1_16}
3239 }
3240
3241 @INPROCEEDINGS{Perez-Hernandez09,
3242   author = {P\'{e}rez-Hern\'{a}ndez, Luis Germ\'{a}n and Rodr\'{\i}guez-V\'{a}zquez,
3243         Katya and Gardu\~{n}o-Ju\'{a}rez, Ram\'{o}n},
3244   title = {Parallel particle swarm optimization applied to the protein folding
3245         problem},
3246   booktitle = {Proceedings of the 11th Annual conference on Genetic and evolutionary
3247         computation},
3248   year = {2009},
3249   series = {GECCO '09},
3250   pages = {1791--1792},
3251   address = {New York, NY, USA},
3252   publisher = {ACM},
3253   acmid = {1570163},
3254   isbn = {978-1-60558-325-9},
3255   keywords = {bioinformatics, biology and chemistry, combinatorial optimization,
3256         parallelization, swarm intelligence},
3257   location = {Montreal, Qu\&\#233;bec, Canada},
3258   numpages = {2}
3259 }
3260
3261 @PHDTHESIS{Pellegrin1986,
3262   author = {D. Pellegrin},
3263   title = {Algorithmique discr\`{e}te et r\'{e}seaux d'automates},
3264   school = {Grenoble},
3265   year = {1986},
3266   owner = {guyeux},
3267   timestamp = {2008.05.22}
3268 }
3269
3270 @ARTICLE{Peng2005,
3271   author = {F. Peng and S.-S. Qiu and M. Long},
3272   title = {One way Hash function construction based on two-dimensional hyperchaotic
3273         mappings},
3274   journal = {Acta Phys. Sinici.},
3275   year = {2005},
3276   volume = {54},
3277   pages = {98--104},
3278   owner = {guyeux},
3279   timestamp = {2009.01.16}
3280 }
3281
3282 @INPROCEEDINGS{Perez06,
3283   author = {Luis Perez-Freire and F. Pérez-gonzalez and Pedro Comesaña},
3284   title = {Secret Dither Estimation in Lattice-Quantization Data Hiding: A Set-Membership
3285         Approach},
3286   booktitle = {Security, Steganography, and Watermarking of Multimedia Contents},
3287   year = {2006},
3288   editor = {Edward J. Delp and Ping W. Wong},
3289   address = {San Jose, California, USA},
3290   month = {January},
3291   organization = {SPIE},
3292   owner = {guyeux},
3293   timestamp = {2009.06.30}
3294 }
3295
3296 @INPROCEEDINGS{Perez-Freire06,
3297   author = {Luis Perez-Freire and Pedro Comesana and Juan Ramon Troncoso-Pastoriza
3298         and Fernando Perez-Gonzalez},
3299   title = {Watermarking Security: a Survey},
3300   booktitle = {LNCS Transactions on Data Hiding and Multimedia Security},
3301   year = {2006},
3302   owner = {guyeux},
3303   timestamp = {2009.06.29}
3304 }
3305
3306 @PROCEEDINGS{Peter07,
3307   title = {On Concealed Data Aggregation for WSNs},
3308   year = {2007},
3309   author = {Peter, Steffen and Piotrowski, Krzysztof and Langendoerfer, Peter},
3310   booktitle = {Consumer Communications and Networking Conference, 2007. CCNC 2007.
3311         4th IEEE},
3312   citeulike-article-id = {2281643},
3313   citeulike-linkout-0 = {http://dx.doi.org/10.1109/CCNC.2007.45},
3314   citeulike-linkout-1 = {http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs\_all.jsp?arnumber=4199133},
3315   doi = {10.1109/CCNC.2007.45},
3316   journal = {Consumer Communications and Networking Conference, 2007. CCNC 2007.
3317         4th IEEE},
3318   keywords = {hagg},
3319   pages = {192--196},
3320   posted-at = {2008-01-23 19:36:19},
3321   priority = {3},
3322   url = {http://dx.doi.org/10.1109/CCNC.2007.45}
3323 }
3324
3325 @ARTICLE{pms11:ij,
3326   author = {Pham, Congduc and Makhoul, Abdallah and Saadi, Rachid},
3327   title = {Risk-based Adaptive Scheduling in Randomly Deployed Video Sensor
3328         Networks for Critical Surveillance Applications},
3329   journal = {Journal of Network and Computer Applications},
3330   year = {2011},
3331   volume = {*},
3332   pages = {***--***},
3333   number = {*},
3334   note = {Accepted manuscript. To appear},
3335   classement = {ACLI},
3336   equipe = {and},
3337   impact-factor = {1.111},
3338   inhal = {no},
3339   isi-acro = {J NETW COMPU APPL},
3340   publisher = {Springer}
3341 }
3342
3343 @MISC{Poe,
3344   author = {Edgar Alan Poe},
3345   title = {The Raven},
3346   month = {April},
3347   year = {1839},
3348   note = {American Museum (Baltimore)},
3349   owner = {christophe},
3350   timestamp = {2010.11.23}
3351 }
3352
3353 @ARTICLE{Perez-Freire2006:Security,
3354   author = {L. P{\'e}rez-Freire and F. P{\'e}rez-González and T. Furon and P.
3355         Comesaña},
3356   title = {Security of lattice-based data hiding against the known message attack},
3357   journal = {IEEE Trans. on Information Forensics and Security},
3358   year = {2006},
3359   volume = {1},
3360   pages = {421-439},
3361   number = {4},
3362   month = {dec},
3363   owner = {guyeux},
3364   timestamp = {2009.12.06}
3365 }
3366
3367 @MISC{Quisquater02sidechannel,
3368   author = {J-J. Quisquater and D. Samyde and Université Catholique De Louvain
3369         and Groupe Crypto},
3370   title = {Side Channel Cryptanalysis},
3371   year = {2002}
3372 }
3373
3374 @ARTICLE{Raynal2001,
3375   author = {Frédéric Raynal and Fabien A. P. Petitcolas and Caroline Fontaine},
3376   title = {Evaluation automatique des méthodes de tatouage},
3377   journal = {Traitement du signal},
3378   year = {2001},
3379   volume = {18},
3380   pages = {271-282},
3381   owner = {guyeux},
3382   timestamp = {2008.05.21}
3383 }
3384
3385 @MISC{rijmen05,
3386   author = {Vincent Rijmen and Elisabeth Oswald},
3387   title = {Update on SHA-1},
3388   howpublished = {Cryptology ePrint Archive, Report 2005/010},
3389   year = {2005},
3390   note = {\url{http://eprint.iacr.org/}}
3391 }
3392
3393 @BOOK{Robert,
3394   title = {Discrete Iterations, a Metric Study},
3395   publisher = {Springer-Verlag},
3396   year = {1986},
3397   editor = {Berlin Heidelberg New-York},
3398   author = {François Robert},
3399   volume = {6},
3400   series = {Series in Computational Mathematics}
3401 }
3402
3403 @BOOK{Robert1986,
3404   title = {Discrete Iterations: A Metric Study},
3405   year = {1986},
3406   editor = {Springer-Verlag},
3407   author = {F. Robert},
3408   volume = {6},
3409   series = {Springer Series in Computational Mathematics},
3410   owner = {guyeux},
3411   timestamp = {17/02/2008}
3412 }
3413
3414 @ARTICLE{Rudenko08,
3415   author = {Rudenko, O. and Snytkin, M.},
3416   title = {Image compression based on the neural network art},
3417   journal = {Cybernetics and Systems Analysis},
3418   year = {2008},
3419   volume = {44},
3420   pages = {797-802},
3421   affiliation = {Kharkov National University of Radio Electronics Kharkov Ukraine},
3422   issn = {1060-0396},
3423   issue = {6},
3424   keyword = {Computer Science},
3425   publisher = {Springer New York}
3426 }
3427
3428 @PHDTHESIS{Ruette2001,
3429   author = {Sylvie Ruette},
3430   title = {Chaos en dynamique topologique, en particulier sur l'intervalle,
3431         mesures d'entropie maximale},
3432   school = {Université d'Aix-Marseille II},
3433   year = {2001},
3434   optmonth = {Novembre},
3435   owner = {guyeux},
3436   timestamp = {2008.01.02}
3437 }
3438
3439 @MASTERSTHESIS{Saulnier02,
3440   author = {Boris Saulnier},
3441   title = {Entropie topologique},
3442   school = {DEA Sémantique, Preuves et Langages, Paris 7},
3443   year = {2002},
3444   owner = {christophe},
3445   timestamp = {2010.08.12}
3446 }
3447
3448 @ARTICLE{Schmitz2001,
3449   author = {Roland Schmitz},
3450   title = {Use of chaotic dynamical systems in cryptography},
3451   journal = {Journal of Franklin Institute},
3452   year = {2001},
3453   volume = {338},
3454   pages = {429-441},
3455   owner = {guyeux},
3456   timestamp = {17/02/2008}
3457 }
3458
3459 @BOOK{Schwartz80,
3460   title = {Analyse: topologie g\'{e}n\'{e}rale et analyse fonctionnelle},
3461   publisher = {Hermann},
3462   year = {1980},
3463   editor = {Hermann},
3464   author = {Laurent Schwartz},
3465   owner = {christophe},
3466   timestamp = {2010.09.15}
3467 }
3468
3469 @ARTICLE{Shannon49,
3470   author = {Shannon, Claude E.},
3471   title = {Communication Theory of Secrecy Systems},
3472   journal = {Bell Systems Technical Journal},
3473   year = {1949},
3474   volume = {28},
3475   pages = {656--715},
3476   citeulike-article-id = {507362},
3477   keywords = {master, secrecy\_systems, teoria-informacao, theory\_communication,
3478         theory\_cryptography},
3479   owner = {guyeux},
3480   posted-at = {2006-02-16 23:24:09},
3481   priority = {2},
3482   timestamp = {2009.06.29}
3483 }
3484
3485 @ARTICLE{Shmygelska05,
3486   author = {Shmygelska, Alena and Hoos, Holger},
3487   title = {An ant colony optimisation algorithm for the 2D and 3D hydrophobic
3488         polar protein folding problem},
3489   journal = {BMC Bioinformatics},
3490   year = {2005},
3491   volume = {6},
3492   pages = {30},
3493   number = {1},
3494   abstract = {BACKGROUND:The protein folding problem is a fundamental problems in
3495         computational molecular biology and biochemical physics. Various
3496         optimisation methods have been applied to formulations of the ab-initio
3497         folding problem that are based on reduced models of protein structure,
3498         including Monte Carlo methods, Evolutionary Algorithms, Tabu Search
3499         and hybrid approaches. In our work, we have introduced an ant colony
3500         optimisation (ACO) algorithm to address the non-deterministic polynomial-time
3501         hard (NP-hard) combinatorial problem of predicting a protein's conformation
3502         from its amino acid sequence under a widely studied, conceptually
3503         simple model - the 2-dimensional (2D) and 3-dimensional (3D) hydrophobic-polar
3504         (HP) model.RESULTS:We present an improvement of our previous ACO
3505         algorithm for the 2D HP model and its extension to the 3D HP model.
3506         We show that this new algorithm, dubbed ACO-HPPFP-3, performs better
3507         than previous state-of-the-art algorithms on sequences whose native
3508         conformations do not contain structural nuclei (parts of the native
3509         fold that predominantly consist of local interactions) at the ends,
3510         but rather in the middle of the sequence, and that it generally finds
3511         a more diverse set of native conformations.CONCLUSIONS:The application
3512         of ACO to this bioinformatics problem compares favourably with specialised,
3513         state-of-the-art methods for the 2D and 3D HP protein folding problem;
3514         our empirical results indicate that our rather simple ACO algorithm
3515         scales worse with sequence length but usually finds a more diverse
3516         ensemble of native states. Therefore the development of ACO algorithms
3517         for more complex and realistic models of protein structure holds
3518         significant promise.},
3519   doi = {10.1186/1471-2105-6-30},
3520   issn = {1471-2105},
3521   pubmedid = {15710037}
3522 }
3523
3524 @OTHER{Shmygelska2005Feb,
3525   __markedentry = {[christophe]},
3526   abstract = {Abstract Background The protein folding problem is a fundamental problems
3527         in computational molecular biology and biochemical physics. Various
3528         optimisation methods have been applied to formulations of the ab-initio
3529         folding problem that are based on reduced models of protein structure,
3530         including Monte Carlo methods, Evolutionary Algorithms, Tabu Search
3531         and hybrid approaches. In our work, we have introduced an ant colony
3532         optimisation (ACO) algorithm to address the non-deterministic polynomial-time
3533         hard (NP-hard) combinatorial problem of predicting a protein's conformation
3534         from its amino acid sequence under a widely studied, conceptually
3535         simple model – the 2-dimensional (2D) and 3-dimensional (3D) hydrophobic-polar
3536         (HP) model. Results We present an improvement of our previous ACO
3537         algorithm for the 2D HP model and its extension to the 3D HP model.
3538         We show that this new algorithm, dubbed ACO-HPPFP-3, performs better
3539         than previous state-of-the-art algorithms on sequences whose native
3540         conformations do not contain structural nuclei (parts of the native
3541         fold that predominantly consist of local interactions) at the ends,
3542         but rather in the middle of the sequence, and that it generally finds
3543         a more diverse set of native conformations. Conclusions The application
3544         of ACO to this bioinformatics problem compares favourably with specialised,
3545         state-of-the-art methods for the 2D and 3D HP protein folding problem;
3546         our empirical results indicate that our rather simple ACO algorithm
3547         scales worse with sequence length but usually finds a more diverse
3548         ensemble of native states. Therefore the development of ACO algorithms
3549         for more complex and realistic models of protein structure holds
3550         significant promise.},
3551   author = {Shmygelska, Alena and Hoos, Holger H},
3552   journal = {BMC Bioinformatics. 2005 Feb 14},
3553   number = {1},
3554   owner = {christophe},
3555   pages = {30},
3556   timestamp = {2011.01.24},
3557   title = {An ant colony optimisation algorithm for the 2D and 3D hydrophobic
3558         polar protein folding problem},
3559   volume = {6},
3560   year = {2005 Feb}
3561 }
3562
3563 @ARTICLE{Shujun1,
3564   author = {Li Shujun and Li Qi and Li Wenmin and Mou Xuanqin and Cai Yuanlong},
3565   title = {Statistical Properties of Digital Piecewise Linear Chaotic Maps and
3566         Their Roles in Cryptography and Pseudo-Random Coding},
3567   journal = {Proceedings of the 8th IMA International Conference on Cryptography
3568         and Coding},
3569   year = {2001},
3570   volume = {1},
3571   pages = {205--221},
3572   owner = {christophe},
3573   timestamp = {2010.03.06}
3574 }
3575
3576 @INPROCEEDINGS{Simmons83,
3577   author = {Gustavus J. Simmons},
3578   title = {The Prisoners' Problem and the Subliminal Channel},
3579   booktitle = {Advances in Cryptology, Proc. CRYPTO'83},
3580   year = {1984},
3581   pages = {51--67},
3582   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
3583   owner = {guyeux},
3584   timestamp = {2009.06.29}
3585 }
3586
3587 @ARTICLE{Solak2004389,
3588   author = {Ercan Solak},
3589   title = {On the security of a class of discrete-time chaotic cryptosystems},
3590   journal = {Physics Letters A},
3591   year = {2004},
3592   volume = {320},
3593   pages = {389 - 395},
3594   number = {5-6},
3595   doi = {DOI: 10.1016/j.physleta.2003.11.008},
3596   issn = {0375-9601},
3597   keywords = {Communication using chaos},
3598   owner = {guyeux},
3599   timestamp = {2009.12.12},
3600   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/B6TVM-4B22RC9-2/2/99a0af737c9b6ba8af47ae4d3c7a326d}
3601 }
3602
3603 @PHDTHESIS{Spiteri74,
3604   author = {Pierre Spitéri},
3605   title = {Contribution à l'étude de la stabilite au sens de liapounov de certains
3606         systemes differentiels non lineaires},
3607   school = {Université de Franche-Comté},
3608   year = {1974},
3609   owner = {christophe},
3610   timestamp = {2010.10.13}
3611 }
3612
3613 @BOOK{Stewart1989,
3614   title = {Does God Play Dices ?: the mathematics of chaos},
3615   publisher = {Penguin},
3616   year = {1989},
3617   author = {Ian Stewart},
3618   owner = {guyeux},
3619   timestamp = {2008.01.02}
3620 }
3621
3622 @BOOK{Stinson02,
3623   title = {Cryptography: Theory and Practice, Second Edition},
3624   publisher = {{Chapman \& Hall/CRC}},
3625   year = {2002},
3626   author = {Stinson, Douglas R.},
3627   month = {February},
3628   abstract = {{Douglas R. Stinson's <I>Cryptography: Theory and Practice</I> is
3629         a mathematically intensive examination of cryptography, including
3630         ciphers, the Data Encryption Standard (DES), public key cryptography,
3631         one-way hash functions, and digital signatures. Stinson's explication
3632         of "zero-sum proofs"--a process by which one person lets another
3633         person know that he or she has a password without actually revealing
3634         any information--is especially good.<P> If you are new to the math
3635         behind cryptography but want to tackle it, the author covers all
3636         of the required background to understand the real mathematics here.
3637         <I>Cryptography</I> includes extensive exercises with each chapter
3638         and makes an ideal introduction for any math-literate person willing
3639         to get acquainted with this material.} {<P>Major advances over the
3640         last five years precipitated this major revision of the bestselling
3641         Cryptography: Theory and Practice. With more than 40 percent new
3642         or updated material, the second edition now provides an even more
3643         comprehensive treatment of modern cryptography. It focuses on the
3644         new Advanced Encryption Standards and features an entirely new chapter
3645         on that subject. Another new chapter explores the applications of
3646         secret sharing schemes, including ramp schemes, visual cryptography,
3647         threshold cryptography, and broadcast encryption. This is an ideal
3648         introductory text for both computer science and mathematics students
3649         and a valuable reference for professionals.</P>}},
3650   citeulike-article-id = {2401855},
3651   day = {27},
3652   howpublished = {Hardcover},
3653   isbn = {1584882069},
3654   keywords = {security},
3655   posted-at = {2008-02-20 08:28:49},
3656   priority = {0},
3657   url = {http://www.amazon.com/exec/obidos/redirect?tag=citeulike07-20\&path=ASIN/1584882069}
3658 }
3659
3660 @INPROCEEDINGS{Takana90,
3661   author = {K. Tanaka and Y. Nakamura and K. Matsui},
3662   title = {Embedding Secret Information into a Dithered Multi-level Image},
3663   booktitle = {IEEE Military Communications Conference},
3664   year = {1990},
3665   owner = {christophe},
3666   timestamp = {2010.08.05}
3667 }
3668
3669 @PHDTHESIS{ElTarazi81,
3670   author = {M. N. El Tarazi},
3671   title = {Contraction et ordre partiel pour l'étude d'algorithmes synchrones
3672         et asynchrones en analyse numérique},
3673   school = {Faculté des Sciences et Techniques de l'Université de Franche-Comté,
3674         Besançon},
3675   year = {1981},
3676   owner = {christophe},
3677   timestamp = {2010.08.17}
3678 }
3679
3680 @INPROCEEDINGS{Unger93,
3681   author = {Unger, Ron and Moult, John},
3682   title = {Genetic Algorithm for 3D Protein Folding Simulations},
3683   booktitle = {Proceedings of the 5th International Conference on Genetic Algorithms},
3684   year = {1993},
3685   pages = {581--588},
3686   address = {San Francisco, CA, USA},
3687   publisher = {Morgan Kaufmann Publishers Inc.},
3688   acmid = {657747},
3689   isbn = {1-55860-299-2},
3690   numpages = {8}
3691 }
3692
3693 @MISC{Van93electronicwater,
3694   author = {Tirkel Rankin Van},
3695   title = {Electronic Water Mark},
3696   year = {1993}
3697 }
3698
3699 @ARTICLE{Venkatesan2007397,
3700   author = {R.C. Venkatesan},
3701   title = {Encryption of covert information into multiple statistical distributions},
3702   journal = {Physics Letters A},
3703   year = {2007},
3704   volume = {370},
3705   pages = {397 - 404},
3706   number = {5-6},
3707   doi = {DOI: 10.1016/j.physleta.2007.05.117},
3708   issn = {0375-9601},
3709   keywords = {Statistical encryption/decryption},
3710   owner = {guyeux},
3711   timestamp = {2009.12.12},
3712   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/B6TVM-4P4FV2M-1/2/cd11a2ec144526e3c4552d2a7e7906cc}
3713 }
3714
3715 @ARTICLE{pitas,
3716   author = {G. Voyatzis and I. Pitas},
3717   title = {Chaotic watermarks for embedding in the spatial digital image domain},
3718   journal = {Proceedings of IEEE ICIP},
3719   year = {1998},
3720   volume = {2},
3721   pages = {432-436},
3722   owner = {christophe},
3723   timestamp = {2010.03.06}
3724 }
3725
3726 @INCOLLECTION{Wagner03,
3727   author = {Wagner, David},
3728   title = {Cryptanalysis of an Algebraic Privacy Homomorphism},
3729   booktitle = {Information Security},
3730   publisher = {Springer Berlin, Heidelberg},
3731   year = {2003},
3732   volume = {2851},
3733   series = {Lecture Notes in Computer Science},
3734   pages = {234-239},
3735   abstract = {We use linear algebra to show that an algebraic privacy homomorphism
3736         proposed by Domingo-Ferrer is insecure for some parameter settings.},
3737   affiliation = {University of California, Berkeley USA}
3738 }
3739
3740 @INPROCEEDINGS{Wagner03cryptanalysisof,
3741   author = {David Wagner},
3742   title = {Cryptanalysis of an Algebraic Privacy Homomorphism},
3743   booktitle = {Proc. Sixth Information Security Conf. (ISC03},
3744   year = {2003},
3745   pages = {234--239}
3746 }
3747
3748 @ARTICLE{Wang_ellipticcurve,
3749   author = {Haodong Wang and Bo Sheng and Qun Li},
3750   title = {Elliptic curve cryptography-based access control in sensor networks},
3751   journal = {Int. J. Security and Networks}
3752 }
3753
3754 @INPROCEEDINGS{wbg10:ip,
3755   author = {Wang, Qianxue and Bahi, Jacques M. and Guyeux, Christophe and Fang,
3756         Xiaole},
3757   title = {Randomness quality of {CI} chaotic generators. Application to Internet
3758         security},
3759   booktitle = {INTERNET'2010. The 2nd Int. Conf. on Evolving Internet},
3760   year = {2010},
3761   pages = {125--130},
3762   address = {Valencia, Spain},
3763   month = sep,
3764   publisher = {IEEE Computer Society Press},
3765   note = {Best Paper award},
3766   classement = {ACTI},
3767   domainehal = {INFO:INFO_DC, INFO:INFO_CR, INFO:INFO_MO},
3768   equipe = {and},
3769   inhal = {no}
3770 }
3771
3772 @ARTICLE{Wang2003,
3773   author = {X. M. Wang and J. S. Zhang and W. F. Zhang},
3774   title = {One-way hash function construction based on the extended chaotic
3775         maps switch},
3776   journal = {Acta Phys. Sinici.},
3777   year = {2003},
3778   volume = {52, No. 11},
3779   pages = {2737--2742},
3780   owner = {guyeux},
3781   timestamp = {2009.01.16}
3782 }
3783
3784 @ARTICLE{Girao06,
3785   author = {Westhoff, Dirk and Girao, Joao and Acharya, Mithun},
3786   title = {Concealed Data Aggregation for Reverse Multicast Traffic in Sensor
3787         Networks: Encryption, Key Distribution, and Routing Adaptation},
3788   journal = {IEEE Transactions on Mobile Computing},
3789   year = {2006},
3790   volume = {5},
3791   pages = {1417--1431},
3792   number = {10},
3793   address = {Piscataway, NJ, USA},
3794   doi = {http://dx.doi.org/10.1109/TMC.2006.144},
3795   issn = {1536-1233},
3796   publisher = {IEEE Educational Activities Department}
3797 }
3798
3799 @MISC{web:lyapunov,
3800   author = {Wikipédia},
3801   title = {Exposant de Lyapunov -- Site web d'André Lévesque},
3802   year = {2010},
3803   note = {[En ligne; Page disponible le 9-septembre-2010]},
3804   url = {\url{http://math.cmaisonneuve.qc.ca/alevesque/chaos_fract/Lyapunov/Exposant.html}}
3805 }
3806
3807 @MISC{wiki:complet,
3808   author = {Wikipédia},
3809   title = {Espace complet --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
3810   year = {2010},
3811   note = {[En ligne; Page disponible le 9-août-2010]},
3812   url = {\url{https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=Espace_complet&oldid=52734266}}
3813 }
3814
3815 @MISC{wiki:densite,
3816   author = {Wikipédia},
3817   title = {Densité (mathématiques) --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
3818   year = {2010},
3819   note = {[En ligne; Page disponible le 8-août-2010]},
3820   url = {\url{https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=Densit%C3%A9_(math%C3%A9matiques)&oldid=53938121}}
3821 }
3822
3823 @MISC{wiki:fisher,
3824   author = {Wikipédia},
3825   title = {Information de Fisher --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
3826   year = {2010},
3827   note = {[En ligne; Page disponible le 5-août-2010]},
3828   url = {\url{https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=Information_de_Fisher&oldid=52877871}}
3829 }
3830
3831 @MISC{wiki:Kerkhoffs,
3832   author = {Wikipédia},
3833   title = {Principe de Kerckhoffs --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
3834   year = {2010},
3835   note = {[En ligne; Page disponible le 20-août-2010]},
3836   url = {\url{https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=Principe_de_Kerckhoffs&oldid=52133114}}
3837 }
3838
3839 @MISC{wiki:sarkovskii,
3840   author = {Wikipédia},
3841   title = {Théorème de Sarkovskii --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
3842   year = {2010},
3843   note = {[En ligne; Page disponible le 8-août-2010]},
3844   url = {\url{https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=Th%C3%A9or%C3%A8me_de_Sarkovskii&oldid=54196167}}
3845 }
3846
3847 @MISC{wiki:steganographie,
3848   author = {Wikipédia},
3849   title = {Stéganographie --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
3850   year = {2010},
3851   note = {[En ligne; Page disponible le 5-août-2010]},
3852   url = {\url{https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=St%C3%A9ganographie&oldid=54724435}}
3853 }
3854
3855 @MISC{wiki:tatouage,
3856   author = {Wikipédia},
3857   title = {Tatouage numérique --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
3858   year = {2010},
3859   note = {[En ligne; Page disponible le 5-août-2010]},
3860   url = {https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=Tatouage_num%C3%A9rique&oldid=55484940}
3861 }
3862
3863 @MISC{wiki:testsHypothese,
3864   author = {Wikipédia},
3865   title = {Test d'hypothèse --- Wikipédia{,} l'encyclopédie libre},
3866   year = {2010},
3867   note = {[En ligne; Page disponible le 5-août-2010]},
3868   url = {\url{https://secure.wikimedia.org/wikipedia/fr/w/index.php?title=Test_d%27hypoth%C3%A8se&oldid=55344108}}
3869 }
3870
3871 @ARTICLE{Wu2007bis,
3872   author = {Xianyong Wu and Zhi-Hong Guan},
3873   title = {A novel digital watermark algorithm based on chaotic maps},
3874   journal = {Physics Letters A},
3875   year = {2007},
3876   volume = {365},
3877   pages = {403 - 406},
3878   number = {5-6},
3879   doi = {DOI: 10.1016/j.physleta.2007.01.034},
3880   issn = {0375-9601},
3881   keywords = {Watermarking},
3882   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/B6TVM-4MY0MF3-8/2/0b4d1298fa84337d2e59b3fefe26f583}
3883 }
3884
3885 @INPROCEEDINGS{Wu2007,
3886   author = {Wu, Xianyong and Guan, Zhi-Hong and Wu, Zhengping},
3887   title = {A Chaos Based Robust Spatial Domain Watermarking Algorithm},
3888   booktitle = {ISNN '07: Proceedings of the 4th international symposium on Neural
3889         Networks},
3890   year = {2007},
3891   pages = {113--119},
3892   address = {Berlin, Heidelberg},
3893   publisher = {Springer-Verlag},
3894   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-72393-6_15},
3895   isbn = {978-3-540-72392-9},
3896   location = {Nanjing, China}
3897 }
3898
3899 @ARTICLE{Xiao20092288,
3900   author = {Di Xiao and Xiaofeng Liao and Yong Wang},
3901   title = {Parallel keyed hash function construction based on chaotic neural
3902         network},
3903   journal = {Neurocomputing},
3904   year = {2009},
3905   volume = {72},
3906   pages = {2288 - 2296},
3907   number = {10-12},
3908   note = {Lattice Computing and Natural Computing (JCIS 2007) / Neural Networks
3909         in Intelligent Systems Designn (ISDA 2007)},
3910   abstract = {Recently, various hash functions based on chaos or neural networks
3911         were proposed. Nevertheless, none of them works efficiently in parallel
3912         computing environment. In this paper, an algorithm for parallel keyed
3913         hash function construction based on chaotic neural network is proposed.
3914         The mechanism of changeable-parameter and self-synchronization establishes
3915         a close relation between the hash value bit and message, and the
3916         algorithm structure ensures the uniform sensitivity of the hash value
3917         to the message blocks at different positions. The proposed algorithm
3918         can satisfy the performance requirements of hash function. These
3919         properties make it a promising choice for hashing on parallel computing
3920         platform.},
3921   issn = {0925-2312},
3922   keywords = {Chaotic neural network}
3923 }
3924
3925 @ARTICLE{Xiao20094346,
3926   author = {Di Xiao and Xiaofeng Liao and Yong Wang},
3927   title = {Improving the security of a parallel keyed hash function based on
3928         chaotic maps},
3929   journal = {Physics Letters A},
3930   year = {2009},
3931   volume = {373},
3932   pages = {4346 - 4353},
3933   number = {47},
3934   issn = {0375-9601},
3935   keywords = {Hash function},
3936   owner = {guyeux},
3937   timestamp = {2009.12.12}
3938 }
3939
3940 @ARTICLE{Xiao20102254,
3941   author = {Di Xiao and Frank Y. Shih and Xiaofeng Liao},
3942   title = {A chaos-based hash function with both modification detection and
3943         localization capabilities},
3944   journal = {Communications in Nonlinear Science and Numerical Simulation},
3945   year = {2010},
3946   volume = {15},
3947   pages = {2254 - 2261},
3948   number = {9},
3949   abstract = {Recently, a variety of chaos-based hash functions have been proposed.
3950         Nevertheless, none of them can realize modification localization.
3951         In this paper, a hash function with both modification detection and
3952         localization capabilities is proposed, which can also support the
3953         parallel processing mode. By using the mechanism of changeable-parameter
3954         and self-synchronization, the keystream can establish a close relation
3955         with the algorithm key, the content, and the order of each message
3956         unit. Theoretical analysis and computer simulation indicate that
3957         the proposed algorithm can satisfy the performance requirements of
3958         hash functions.},
3959   issn = {1007-5704},
3960   keywords = {Hash function}
3961 }
3962
3963 @INPROCEEDINGS{Yu06,
3964   author = {Yu, Yu and Leiwo, Jussipekka and Premkumar, Benjamin},
3965   title = {A Study on the Security of Privacy Homomorphism},
3966   booktitle = {ITNG '06: Proceedings of the Third International Conference on Information
3967         Technology: New Generations},
3968   year = {2006},
3969   pages = {470--475},
3970   address = {Washington, DC, USA},
3971   publisher = {IEEE Computer Society},
3972   doi = {http://dx.doi.org/10.1109/ITNG.2006.19},
3973   isbn = {0-7695-2497-4}
3974 }
3975
3976 @ARTICLE{Zhang2008658,
3977   author = {Wei Zhang and Yonghe Liu and Sajal K. Das and Pradip De},
3978   title = {Secure data aggregation in wireless sensor networks: A watermark
3979         based authentication supportive approach},
3980   journal = {Pervasive and Mobile Computing},
3981   year = {2008},
3982   volume = {4},
3983   pages = {658 - 680},
3984   number = {5},
3985   doi = {DOI: 10.1016/j.pmcj.2008.05.005},
3986   issn = {1574-1192},
3987   keywords = {Wireless sensor networks},
3988   url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/B7MF1-4SKB3MD-1/2/b73948dcaa3eb63a2c21d09041882625}
3989 }
3990
3991 @ARTICLE{Zhang2005,
3992   author = {Zhang, Yang and Arakaki, Adrian K. and Skolnick, Jeffrey},
3993   title = {TASSER: An automated method for the prediction of protein tertiary
3994         structures in CASP6},
3995   journal = {Proteins},
3996   year = {2005},
3997   volume = {61},
3998   pages = {91--98},
3999   number = {S7},
4000   issn = {1097-0134},
4001   keywords = {comparative modeling, threading, ab initio prediction, TASSER, PROSPECTOR_3},
4002   owner = {christophe},
4003   publisher = {Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company},
4004   timestamp = {2011.01.22},
4005   url = {http://dx.doi.org/10.1002/prot.20724}
4006 }
4007
4008 @ARTICLE{Zhou1997429,
4009   author = {Chang-song Zhou and Tian-lun Chen},
4010   title = {Extracting information masked by chaos and contaminated with noise:
4011         Some considerations on the security of communication approaches using
4012         chaos},
4013   journal = {Physics Letters A},
4014   year = {1997},
4015   volume = {234},
4016   pages = {429 - 435},
4017   number = {6},
4018   issn = {0375-9601},
4019   keywords = {Communication},
4020   owner = {guyeux},
4021   timestamp = {2009.12.12}
4022 }
4023
4024 @ARTICLE{Zhou96,
4025   author = {Zhou, Huai-bei and Wang, Lu},
4026   title = {Chaos in Biomolecular Dynamics},
4027   journal = {The Journal of Physical Chemistry},
4028   year = {1996},
4029   volume = {100},
4030   pages = {8101-8105},
4031   number = {20},
4032   doi = {10.1021/jp953409x}
4033 }
4034
4035 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/iwdw/2005,
4036   title = {IWDW'05: 4th International Workshop on Digital Watermarking},
4037   year = {2005},
4038   editor = {Mauro Barni and Ingemar J. Cox and Ton Kalker and Hyoung Joong Kim},
4039   volume = {3710},
4040   series = {Lecture Notes in Computer Science},
4041   address = {Siena, Italy},
4042   publisher = {Springer},
4043   month = {September 15-17},
4044   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4045   booktitle = {IWDW},
4046   isbn = {3-540-28768-X},
4047   owner = {guyeux},
4048   timestamp = {2009.06.29}
4049 }
4050
4051 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/ih/2006,
4052   title = {IH 2006: Information Hiding, 8th International Workshop},
4053   year = {2007},
4054   editor = {Jan Camenisch and Christian S. Collberg and Neil F. Johnson and Phil
4055         Sallee},
4056   volume = {4437},
4057   series = {Lecture Notes in Computer Science},
4058   address = {Alexandria, VA, USA},
4059   publisher = {Springer},
4060   month = {July},
4061   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4062   booktitle = {Information Hiding},
4063   isbn = {978-3-540-74123-7},
4064   owner = {guyeux},
4065   timestamp = {2009.06.29}
4066 }
4067
4068 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/ih/2007,
4069   title = {Information Hiding, 9th International Workshop, IH 2007, Saint Malo,
4070         France, June 11-13, 2007, Revised Selected Papers},
4071   year = {2008},
4072   editor = {Teddy Furon and Fran\c{c}ois Cayre and Gwena{\"e}l J. Do{\"e}rr and
4073         Patrick Bas},
4074   volume = {4567},
4075   series = {Lecture Notes in Computer Science},
4076   publisher = {Springer},
4077   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4078   booktitle = {Information Hiding},
4079   isbn = {978-3-540-77369-6},
4080   owner = {guyeux},
4081   timestamp = {2009.06.29}
4082 }
4083
4084 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/iccsa/2006-1,
4085   title = {Computational Science and Its Applications - ICCSA 2006, International
4086         Conference, Glasgow, UK, May 8-11, 2006, Proceedings, Part I},
4087   year = {2006},
4088   editor = {Marina L. Gavrilova and Osvaldo Gervasi and Vipin Kumar and Chih
4089         Jeng Kenneth Tan and David Taniar and Antonio Lagan{\`a} and Youngsong
4090         Mun and Hyunseung Choo},
4091   volume = {3980},
4092   series = {Lecture Notes in Computer Science},
4093   publisher = {Springer},
4094   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4095   booktitle = {ICCSA (1)},
4096   isbn = {3-540-34070-X}
4097 }
4098
4099 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/secrypt/2010,
4100   title = {SECRYPT 2010 - Proceedings of the International Conference on Security
4101         and Cryptography, Athens, Greece, July 26-28, 2010, SECRYPT is part
4102         of ICETE - The International Joint Conference on e-Business and Telecommunications},
4103   year = {2010},
4104   editor = {Sokratis K. Katsikas and Pierangela Samarati},
4105   publisher = {SciTePress},
4106   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4107   booktitle = {SECRYPT},
4108   isbn = {978-989-8425-18-8}
4109 }
4110
4111 @BOOK{Katzenbeisser00,
4112   title = {Information Hiding Techniques for Steganography and Digital Watermarking},
4113   publisher = {Artech House, Inc.},
4114   year = {2000},
4115   editor = {Katzenbeisser, Stefan and Petitcolas, Fabien A.},
4116   address = {Norwood, MA, USA},
4117   isbn = {1580530354}
4118 }
4119
4120 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/ih/1999,
4121   title = {IH'99: 3rd International Workshop on Information Hiding},
4122   year = {2000},
4123   editor = {Andreas Pfitzmann},
4124   volume = {1768},
4125   series = {Lecture Notes in Computer Science},
4126   address = {Dresden, Germany},
4127   publisher = {Springer},
4128   month = {September 29 - October 1.},
4129   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4130   booktitle = {Information Hiding},
4131   isbn = {3-540-67182-X},
4132   owner = {guyeux},
4133   timestamp = {2009.06.29}
4134 }
4135
4136 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/indocrypt/2000,
4137   title = {Progress in Cryptology - INDOCRYPT 2000, First International Conference
4138         in Cryptology in India, Calcutta, India, December 10-13, 2000, Proceedings},
4139   year = {2000},
4140   editor = {Bimal K. Roy and Eiji Okamoto},
4141   volume = {1977},
4142   series = {Lecture Notes in Computer Science},
4143   publisher = {Springer},
4144   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4145   booktitle = {INDOCRYPT},
4146   isbn = {3-540-41452-5}
4147 }
4148
4149 @BOOK{DBLP:reference/icsec/2010,
4150   title = {Handbook of Information and Communication Security},
4151   publisher = {Springer},
4152   year = {2010},
4153   editor = {Peter P. Stavroulakis and Mark Stamp},
4154   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4155   booktitle = {Handbook of Information and Communication Security},
4156   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04117-4},
4157   isbn = {978-3-642-04116-7}
4158 }
4159
4160 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/isnn/2004-2,
4161   title = {Advances in Neural Networks - ISNN 2004, International Symposium
4162         on Neural Networks, Dalian, China, August 19-21, 2004, Proceedings,
4163         Part II},
4164   year = {2004},
4165   editor = {Fuliang Yin and Jun Wang and Chengan Guo},
4166   volume = {3174},
4167   series = {Lecture Notes in Computer Science},
4168   publisher = {Springer},
4169   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4170   booktitle = {ISNN (2)},
4171   isbn = {3-540-22843-8}
4172 }
4173
4174 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/adhocnets/2010,
4175   title = {Ad Hoc Networks - Second International Conference, ADHOCNETS 2010,
4176         Victoria, BC, Canada, August 18-20, 2010, Revised Selected Papers},
4177   year = {2010},
4178   editor = {Jun Zheng and David Simplot-Ryl and Victor C. M. Leung},
4179   volume = {49},
4180   series = {Lecture Notes of the Institute for Computer Sciences, Social Informatics
4181         and Telecommunications Engineering},
4182   publisher = {Springer},
4183   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4184   booktitle = {ADHOCNETS},
4185   ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-17994-5},
4186   isbn = {978-3-642-17993-8}
4187 }
4188
4189 @INPROCEEDINGS{,
4190   owner = {guyeux},
4191   timestamp = {2011.03.29}
4192 }
4193
4194 @MISC{Delicious,
4195   title = {Delicious social bookmarking, http://delicious.com/},
4196   comment = {http://delicious.com/},
4197   type = {web page},
4198   url = {http://delicious.com/}
4199 }
4200
4201 @MISC{Frick,
4202   title = {The Frick Collection, http://www.frick.org/},
4203   comment = {http://www.frick.org/},
4204   type = {web page},
4205   url = {http://www.frick.org/}
4206 }
4207
4208 @PROCEEDINGS{2010,
4209   title = {Proceedings of the IEEE Congress on Evolutionary Computation, CEC
4210         2010, Barcelona, Spain, 18-23 July 2010},
4211   year = {2010},
4212   publisher = {IEEE},
4213   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4214   booktitle = {IEEE Congress on Evolutionary Computation}
4215 }
4216
4217 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/cec/2010,
4218   title = {Proceedings of the IEEE Congress on Evolutionary Computation, CEC
4219         2010, Barcelona, Spain, 18-23 July 2010},
4220   year = {2010},
4221   publisher = {IEEE},
4222   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4223   booktitle = {IEEE Congress on Evolutionary Computation}
4224 }
4225
4226 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/date/2010,
4227   title = {Design, Automation and Test in Europe, DATE 2010, Dresden, Germany,
4228         March 8-12, 2010},
4229   year = {2010},
4230   publisher = {IEEE},
4231   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4232   booktitle = {DATE}
4233 }
4234
4235 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/cse/2009,
4236   title = {Proceedings IEEE CSE'09, 12th IEEE International Conference on Computational
4237         Science and Engineering, August 29-31, 2009, Vancouver, BC, Canada},
4238   year = {2009},
4239   publisher = {IEEE Computer Society},
4240   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4241   booktitle = {CSE}
4242 }
4243
4244 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/icumt/2009,
4245   title = {Proceedings of the International Conference on Ultra Modern Telecommunications,
4246         ICUMT 2009, 12-14 October 2009, St. Petersburg, Russia},
4247   year = {2009},
4248   publisher = {IEEE},
4249   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4250   booktitle = {ICUMT}
4251 }
4252
4253 @PROCEEDINGS{DBLP:conf/focs/2008,
4254   title = {49th Annual IEEE Symposium on Foundations of Computer Science, FOCS
4255         2008, October 25-28, 2008, Philadelphia, PA, USA},
4256   year = {2008},
4257   publisher = {IEEE Computer Society},
4258   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
4259   booktitle = {FOCS}
4260 }
4261
4262 @comment{jabref-meta: selector_publisher:}
4263
4264 @comment{jabref-meta: selector_author:}
4265
4266 @comment{jabref-meta: selector_journal:}
4267
4268 @comment{jabref-meta: selector_keywords:Chaos;Entropie Topologique;Tip
4269
4270
4271
4272
4273 @InProceedings{Pang:2008:cec,
4274   author =      "Wai-Man Pang and Tien-Tsin Wong and Pheng-Ann Heng",
4275   title =       "Generating Massive High-Quality Random Numbers using
4276                  {GPU}",
4277   booktitle =   "2008 IEEE World Congress on Computational
4278                  Intelligence",
4279   year =        "2008",
4280   editor =      "Jun Wang",
4281   address =     "Hong Kong",
4282   organization = "IEEE Computational Intelligence Society",
4283   publisher =   "IEEE Press",
4284
4285 }
4286
4287 @Article{LEcuyerS07,
4288   title =       "Test{U01}: {A} {C} library for empirical testing of
4289                  random number generators",
4290   author =      "Pierre L'Ecuyer and Richard J. Simard",
4291   journal =     "ACM Trans. Math. Softw",
4292   year =        "2007",
4293   number =      "4",
4294   volume =      "33",
4295   bibdate =     "2007-11-06",
4296   bibsource =   "DBLP,
4297                  http://dblp.uni-trier.de/db/journals/toms/toms33.html#LEcuyerS07",
4298   URL =         "http://doi.acm.org/10.1145/1268776.1268777",
4299 }
4300
4301 @Article{ZRKB10,
4302         author =                         {A. Zhmurov, K. Rybnikov, Y. Kholodov, and V. Barsegov},
4303         title =                          {Generation of Random Numbers on Graphics Processors: Forced Indentation In Silico of the Bacteriophage HK97},
4304         journal =                {J. Phys. Chem. B},
4305         year =                           {2011},
4306         volume =         {115},
4307         number =         {18},
4308         pages =                  {5278--5288},
4309 }
4310
4311
4312
4313 @comment {regarder : Pseudo-Random Number Generation for Brownian Dynamics and Dissipative Particle Dynamics Simulations on GPU Devices}
4314 @comment {CL Phillips, JA Anderson… - Journal of Computational Physics, 2011 - Elsevier}
4315
4316 @InProceedings{conf/fpga/ThomasHL09,
4317   title =       "A comparison of {CPU}s, {GPU}s, {FPGA}s, and massively
4318                  parallel processor arrays for random number
4319                  generation",
4320   author =      "David B. Thomas and Lee W. Howes and Wayne Luk",
4321 booktitle =     "Proceedings of the {ACM}/{SIGDA} 17th International
4322                  Symposium on Field Programmable Gate Arrays, {FPGA}
4323                  2009, Monterey, California, {USA}, February 22-24,
4324                  2009",
4325   bibdate =     "2010-06-29",
4326   publisher =   "ACM",
4327   year =        "2009",
4328   editor =      "Paul Chow and Peter Y. K. Cheung",
4329   ISBN =        "978-1-60558-410-2",
4330   pages =       "63--72",
4331   URL =         "http://doi.acm.org/10.1145/1508128.1508139",
4332 }
4333
4334
4335
4336 @InProceedings{Jenkins96,
4337   author =      "Jenkins",
4338   title =       "{ISAAC}",
4339   booktitle =   "IWFSE: International Workshop on Fast Software
4340                  Encryption, LNCS",
4341   year =        "1996",
4342 }
4343
4344 @manual{Nvid10,
4345  author = {Nvidia},
4346  title = {Cuda cublas library},
4347  year = {2011},
4348  Note = {Version 4.0},
4349  }
4350
4351 @manual{curand11,
4352  author = {Nvidia},
4353  title = {Curand library},
4354  year = {2011},
4355  Note = {Version 4.0},
4356  }
4357
4358
4359
4360 @Article{BBS,
4361         author =                         {Lenore Blum and Manuel Blum and Michael Shub},
4362         title =                          {A Simple Unpredictable Pseudo-Random Number Generator},
4363         journal =                {SIAM Journal on Computing},
4364         year =                           {1986},
4365         volume =         {15},
4366         pages =                  {364--383},
4367 }
4368
4369 @Book{Goldreich,
4370   author =       {Oded Goldreich},
4371   ALTeditor =    {},
4372   title =        {Foundations of Cryptography: Basic Tools},
4373   publisher =    {Cambridge University Press},
4374   year =         {2007},
4375 }
4376
4377