THESE/biblio.bib

   1 @inproceedings{AllainBG08,
   2         author = {Marc Allain and Nicolas Bertaux and Fr{\'e}d{\'e}ric Galland},
   3         bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
   4         booktitle = {ACIVS},
   5         crossref = {DBLP:conf/acivs/2008},
   6         ee = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-88458-3_46},
   7         pages = {506--517},
   8         title = {Nonparametric Level-Set Segmentation Based on the Minimization of the Stochastic Complexity},
   9         year = {2008}
  10 }
  11
  12 @inproceedings{KauffmannP08,
  13         author = {Claude Kauffmann and Nicolas Piche},
  14         bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  15         booktitle = {ICPR},
  16         crossref = {DBLP:conf/icpr/2008},
  17         ee = {http://dx.doi.org/10.1109/ICPR.2008.4761628},
  18         pages = {1--4},
  19         title = {Cellular automaton for ultra-fast watershed transform on GPU},
  20         year = {2008}
  21 }
  22
  23 @article{cremD09,
  24         address = {Los Alamitos, CA, USA},
  25         author = {Thomas Schoenemann and Daniel Cremers},
  26         doi = {10.1109/TPAMI.2009.79},
  27         issn = {0162-8828},
  28         journal = {IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence},
  29         pages = {1153--1164},
  30         publisher = {IEEE Computer Society},
  31         title = {A Combinatorial Solution for Model-Based Image Segmentation and Real-Time Tracking},
  32         volume = {32},
  33         year = {2010}
  34 }
  35
  36 @article{KassWT88,
  37         author = {Michael Kass and Andrew P. Witkin and Demetri Terzopoulos},
  38         bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  39         ee = {http://dx.doi.org/10.1007/BF00133570},
  40         journal = {International Journal of Computer Vision},
  41         number = {4},
  42         pages = {321--331},
  43         title = {Snakes: Active contour models},
  44         volume = {1},
  45         year = {1988}
  46 }
  47
  48 @article{XuP98,
  49         author = {Chenyang Xu and Jerry L. Prince},
  50         bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  51         ee = {http://dx.doi.org/10.1109/83.661186},
  52         journal = {IEEE Transactions on Image Processing},
  53         number = {3},
  54         pages = {359--369},
  55         title = {Snakes, shapes, and gradient vector flow},
  56         volume = {7},
  57         year = {1998}
  58 }
  59
  60 @article{GallandBR03,
  61         author = {Fr{\'e}d{\'e}ric Galland and Nicolas Bertaux and Philippe R{\'e}fr{\'e}gier},
  62         bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  63         ee = {http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2003.816005},
  64         journal = {IEEE Transactions on Image Processing},
  65         number = {9},
  66         pages = {995--1006},
  67         title = {Minimum description length synthetic aperture radar image segmentation},
  68         volume = {12},
  69         year = {2003}
  70 }
  71
  72 @article{Brunett,
  73         abstract = {Abstract. Active contours have been proven to be a powerful semiautomatic image segmentation approach, that seems to cope with many applications and different image modalities. However, they exhibit inherent drawbacks, including the sensibility to contour initialization due to the limited capture range of image edges and problems with concave boundary regions. The Gradient Vector Flow replaces the traditional image force and provides an enlarged capture range as well as enhanced concavity extraction capabilities, but it involves an expensive computational effort and considerably increased memory requirements at the time of computation. In this paper, we present an enhancement of the active contour model to facilitate semiautomatic contour detection in huge images. We propose a tile-based image decomposition accompanying an image force computation scheme on demand in order to minimize both computational and memory requirements. We show an efficient implementation of this approach on the basis of general purpose GPU processing providing for continuous active contour deformation without a considerable delay.},
  74         author = {Enrico {Dipl.-Inf. Kienel} and Guido {Prof. Dr. Brunnett}},
  75         institution = {MONARCH - Dokumenten- und Publikationsservice [http://archiv.tu-chemnitz.de/cgi-bin/interfaces/oai/oai2.pl] (Germany)},
  76         keywords = {Active Contours; GPGPU; Gradient Vector Flow; Image Segmentation; Snakes; Tiling; 004},
  77         location = {http://www.scientificcommons.org/41680702},
  78         publisher = {TU Chemnitz, Fakult{\"a}t f{\"u}r Informatik},
  79         title = {GPU-Accelerated Contour Extraction on Large Images Using Snakes},
  80         url = {http://archiv.tu-chemnitz.de/pub/2009/0035},
  81         year = {2009}
  82 }
  83
  84 @article{ChesnaudRB99,
  85         author = {Christophe Chesnaud and Philippe R{\'e}fr{\'e}gier and Vlady Boulet},
  86         bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  87         ee = {http://www.computer.org/tpami/tp1999/i1145abs.htm},
  88         journal = {IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell.},
  89         number = {11},
  90         pages = {1145--1157},
  91         title = {Statistical Region Snake-Based Segmentation Adapted to Different Physical Noise Models},
  92         volume = {21},
  93         year = {1999}
  94 }
  95
  96 @article{GermainR01,
  97         author = {Olivier Germain and Philippe R{\'e}fr{\'e}gier},
  98         bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
  99         journal = {Pattern Recognition Letters},
 100         number = {10},
 101         pages = {1125--1132},
 102         title = {Statistical active grid for segmentation refinement},
 103         volume = {22},
 104         year = {2001}
 105 }
 106
 107 @article{Ruch01,
 108         author = {Olivier Ruch and Philippe R{\'e}fr{\'e}gier},
 109         bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 110         ee = {http://www.computer.org/tpami/tp1999/i1145abs.htm},
 111         journal = {Optics Letters},
 112         month = {july},
 113         number = {13},
 114         title = {Minimal-complexity segmentation with a polygonal snake adapted to different optical noise models},
 115         volume = {26},
 116         year = {2001}
 117 }
 118
 119 @techreport{BlellochTR90,
 120         author = {Guy~E. Blelloch},
 121         institution = {School of Computer Science, Carnegie Mellon University},
 122         month = nov,
 123         number = {CMU-CS-90-190},
 124         title = {Prefix Sums and Their Applications},
 125         year = 1990
 126 }
 127
 128 @inbook{Harris07,
 129         author = {Mark Harris and Shubhabrata Sengupta and John D. Owens},
 130         chapter = {39 - Parallel Prefix Sum with CUDA},
 131         edition = {first},
 132         isbn = {9780321545428},
 133         publisher = {Addison-Wesley Professional},
 134         title = {Gpu gems 3},
 135         year = {2007}
 136 }
 137
 138 @manual{CUDAPG,
 139         month = {7},
 140         organization = {NVIDIA Corporation},
 141         title = {NVIDIA CUDA C Programming Guide v3.1.1},
 142         year = {2010}
 143 }
 144
 145 @manual{CUDAFC,
 146         month = {7},
 147         organization = {NVIDIA Corporation},
 148         title = {NVIDIA Fermi Compatibility Guide},
 149         year = {2010}
 150 }
 151
 152 @manual{CUDAFT,
 153         month = {7},
 154         organization = {NVIDIA Corporation},
 155         title = {NVIDIA Fermi Tuning Guide},
 156         year = {2010}
 157 }
 158
 159 @inproceedings{Dabov09bm3dimage,
 160         author = {Kostadin Dabov and Ro Foi and Vladimir Katkovnik and Karen Egiazarian},
 161         booktitle = {Proc. Workshop on Signal Processing with Adaptive Sparse Structured Representations (SPARS{\rq}09},
 162         title = {BM3D Image Denoising with Shape-Adaptive Principal Component Analysis},
 163         year = {2009}
 164 }
 165 @INPROCEEDINGS{Dabov06imagedenoising,
 166     author = {Kostadin Dabov and Alessandro Foi and Vladimir Katkovnik and Karen Egiazarian},
 167     title = { Image denoising with block-matching and 3D filtering},
 168     booktitle = {IN ELECTRONIC IMAGING’06, PROC. SPIE 6064, NO. 6064A-30},
 169     year = {2006},
 170     publisher = {}
 171 }
 172
 173 @article{Bertaux:04,
 174         abstract = {We propose a method based on the maximum-likelihood technique for removing speckle patterns that plague coherent images. The proposed method is designed for images whose gray levels vary continuously in space. The image model is based on a lattice of nodes corresponding to vertices of triangles in which the gray level of each pixel is produced by linear interpolation. A constraint on isoline gray levels is introduced to regularize the solution.},
 175         author = {Nicolas Bertaux and Yann Frauel and Philippe R{\'e}fr{\'e}gier and Bahram Javidi},
 176         doi = {10.1364/JOSAA.21.002283},
 177         journal = {J. Opt. Soc. Am. A},
 178         keywords = {Coherence and statistical optics; Noise in imaging systems; Image processing; Image reconstruction techniques},
 179         month = {Dec},
 180         number = {12},
 181         pages = {2283--2291},
 182         publisher = {OSA},
 183         title = {Speckle removal using a maximum-likelihood technique with isoline gray-level regularization},
 184         url = {http://josaa.osa.org/abstract.cfm?URI=josaa-21-12-2283},
 185         volume = {21},
 186         year = {2004}
 187 }
 188
 189 @article{Wang04imagequality,
 190         author = {Zhou Wang and Alan Conrad Bovik and Hamid Rahim Sheikh and Student Member and Eero P. Simoncelli and Senior Member},
 191         journal = {IEEE Transactions on Image Processing},
 192         pages = {600--612},
 193         title = {Image Quality Assessment: From Error Visibility to Structural Similarity},
 194         volume = {13},
 195         year = {2004}
 196 }
 197
 198 @proceedings{denoiselab,
 199         author = {Steven Lansel},
 200         journal = {Scholl of electrical Engineering},
 201         month = oct,
 202         school = {Stanford University},
 203         title = {DenoiseLab Philosophy: A Standard Test Set and Evaluation Method to Compare Denoising Algorithms},
 204         year = {2007}
 205 }
 206
 207 @article{denoisereview,
 208         author = {A. Buades and B. Coll and J.M. Morel},
 209         issn = {1540-3459},
 210         journal = {Multiscale Modeling and Simulation},
 211         number = {2},
 212         pages = {490--530},
 213         publisher = {Society for Industrial and Applied Mathematics},
 214         title = {A Review of Image Denoising Algorithms, with a New One},
 215         volume = {4},
 216         year = {2005}
 217 }
 218
 219 @incollection{springerlink:10.1007/3-540-48236-9_16,
 220         affiliation = {CMLA, ENS Cachan 61, av du Pr{\'e}sident Wilson 94235 Cachan Cedex France},
 221         author = {Pascal Monasse and Fr{\'e}d{\'e}ric Guichard},
 222         booktitle = {Scale-Space Theories in Computer Vision},
 223         editor = {Mads Nielsen and Peter Johansen and Ole Olsen and Joachim Weickert},
 224         isbn = {978-3-540-66498-7},
 225         keyword = {Computer Science},
 226         note = {10.1007/3-540-48236-9\_16},
 227         pages = {175--186},
 228         publisher = {Springer Berlin / Heidelberg},
 229         series = {Lecture Notes in Computer Science},
 230         title = {Scale-Space from a Level Lines Tree},
 231         url = {http://dx.doi.org/10.1007/3-540-48236-9\_16},
 232         volume = {1682},
 233         year = {1999}
 234 }
 235
 236 @inproceedings{caselles97,
 237         author = {Vincent Caselles and Bartomeu Coll and Jean-Michel Morel},
 238         isbn = {978-3-540-63167-5},
 239         journal = {First International Conference on Scale-Space Theory in Computer Vision (Scale-Space'97)},
 240         month = {07},
 241         pages = {29--49},
 242         publisher = {Springer},
 243         title = {Scale space versus topographic map for natural images},
 244         year = {1997}
 245 }
 246
 247 @ARTICLE{Caselles99topographicmaps,
 248     author = {Vicent Caselles and Jean-michel Morel},
 249     title = {Topographic Maps and Local Contrast Changes in Natural Images},
 250     journal = {Int. J. Comp. Vision},
 251     year = {1999},
 252     volume = {33},
 253     pages = {5--27}
 254 }
 255
 256 @book{matheron75,
 257         author = {Georges Matheron},
 258         isbn = {0-471-57621-2},
 259         publisher = {Wiley},
 260         title = {Random sets and integral geometry},
 261         year = {1975}
 262 }
 263
 264 @article{BuadesCM06,
 265         author = {Antoni Buades and Bartomeu Coll and Jean-Michel Morel},
 266         bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 267         ee = {http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/TIP.2006.871137},
 268         journal = {IEEE Transactions on Image Processing},
 269         number = {6},
 270         pages = {1499--1505},
 271         title = {The staircasing effect in neighborhood filters and its solution},
 272         volume = {15},
 273         year = {2006}
 274 }
 275
 276 @inproceedings{mcguire2008median,
 277         author = {Morgan Mc{G}uire},
 278         booktitle = {ShaderX6},
 279         month = {February},
 280         title = {A fast, small-radius GPU median filter},
 281         url = {http://graphics.cs.williams.edu/papers/MedianShaderX6},
 282         year = {2008}
 283 }
 284
 285 @article{ipol.2011.bcm_nlm,
 286         author = {Bartomeu Coll and Jean-Michel Morel and Antoni Buades},
 287         journal = {Image Processing On Line},
 288         title = {Non-local Means Denoising},
 289         doi = {10.5201/ipol.2011.bcm_nlm},
 290         year = 2011
 291 }
 292
 293 @INPROCEEDINGS{1467423,
 294 author={Buades, A. and Coll, B. and Morel, J. -M},
 295 booktitle={Computer Vision and Pattern Recognition, 2005. CVPR 2005. IEEE Computer Society Conference on},
 296 title={A non-local algorithm for image denoising},
 297 year={2005},
 298 volume={2},
 299 pages={60-65 vol. 2},
 300 keywords={image denoising;image resolution;smoothing methods;NL-means algorithm;digital image denoising method;local smoothing filters;nonlocal algorithm;Algorithm design and analysis;Digital images;Filtering;Image denoising;Noise measurement;Noise reduction;Pixel;Smoothing methods;White noise;Wiener filter},
 301 doi={10.1109/CVPR.2005.38},
 302 ISSN={1063-6919},}
 303
 304 @article{PALHANOXAVIERDEFONTES,
 305     hal_id = {inria-00476122},
 306     url = {http://hal.inria.fr/inria-00476122},
 307     title = {{Real time ultrasound image denoising}},
 308     author = {Palhano Xavier De Fontes, Fernanda and Andrade Barroso, Guillermo and Coup{\'e}, Pierrick and Hellier, Pierre},
 309     abstract = {{Image denoising is the process of removing the noise that perturbs image analysis methods. In some applications like segmentation or registration, denoising is intended to smooth homogeneous areas while preserving the contours. In many applications like video analysis, visual servoing or image-guided surgical interventions, real-time denoising is required. This paper presents a method for real-time denoising of ultrasound images: a modified version of the NL-means method is presented that incorporates an ultrasound dedicated noise model, as well as a GPU implementation of the algorithm. Results demonstrate that the proposed method is very efficient in terms of denoising quality and is real-time.}},
 310     language = {Anglais},
 311     affiliation = {VISAGES : Vision Action et Gestion d'Informations en Sant{\'e} - VISAGES , Service Exp{\'e}rimentation et D{\'e}veloppement - SED , Montreal Neurological Institute , SERPICO - INRIA},
 312     publisher = {Springer},
 313     journal = {Journal of Real-Time Image Processing},
 314     audience = {internationale },
 315     doi = {10.1007/s11554-010-0158-5 },
 316     year = {2010},
 317     month = May,
 318     pdf = {http://hal.inria.fr/inria-00476122/PDF/JRTIP.pdf},
 319 }
 320
 321
 322 @inproceedings{YangTA09,
 323         author = {Qingxiong Yang and Kar-Han Tan and Narendra Ahuja},
 324         bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 325         booktitle = {CVPR},
 326         crossref = {DBLP:conf/cvpr/2009},
 327         pages = {557--564},
 328         title = {Real-time O(1) bilateral filtering},
 329         url = {http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/CVPRW.2009.5206542},
 330         year = {2009}
 331 }
 332
 333 @proceedings{DBLP:conf/cvpr/2009,
 334   title     = {2009 IEEE Computer Society Conference on Computer Vision
 335                and Pattern Recognition (CVPR 2009), 20-25 June 2009, Miami,
 336                Florida, USA},
 337   booktitle = {CVPR},
 338   publisher = {IEEE},
 339   year      = {2009},
 340   isbn      = {978-1-4244-3992-8},
 341   bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de}
 342 }
 343
 344
 345
 346 @article{abs-1104,
 347         author = {Gleb Beliakov},
 348         bibsource = {DBLP, http://dblp.uni-trier.de},
 349         journal = {CoRR},
 350         title = {Parallel calculation of the median and order statistics on GPUs with application to robust regression},
 351         url = {http://arxiv.org/abs/1104.2732},
 352         volume = {abs/1104.2732},
 353         year = {2011}
 354 }
 355
 356 @inproceedings{chen09,
 357         author = {Wei Chen and M. Beister and Y. Kyriakou and M. Kachelries},
 358         booktitle = {Nuclear Science Symposium Conference Record (NSS/MIC), 2009 IEEE},
 359         doi = {10.1109/NSSMIC.2009.5402323},
 360         issn = {1095-7863},
 361         keywords = {CUDA-based BVM filter; NVIDIA compute unified device architecture; O(M In M) computational complexity; O(M2) computational complexity; branchless vectorized median filter; computerised tomography; data-level parallelism; fast accessing scheme; high performance median filtering; memory layout; modern commodity graphics processing units; pivot median filter; vectorized median computation; biology computing; computerised tomography; medical image processing},
 362         month = {24 2009-nov. 1},
 363         pages = {4142--4147},
 364         title = {High performance median filtering using commodity graphics hardware},
 365         year = {2009}
 366 }
 367 @article{aldinucci2012parallel,
 368    title={A Parallel Edge Preserving Algorithm for Salt and Pepper Image Denoising},
 369    author={Aldinucci, M. and Drocco, C.S.M. and Torquati, M. and Palazzo, S.},
 370    year={2012}
 371 }
 372 @inproceedings{sanchezICASSP12,
 373         author = {Ricardo M. Sanchez and Paul A. Rodriguez},
 374         booktitle = {Acoustics, Speech and Signal Processing (ICASSP), 2012 IEEE International Conference on},
 375         doi = {10.1109/ICASSP.2012.6288187},
 376         issn = {1520-6149},
 377         month = {march},
 378         pages = {1549--1552},
 379         title = {Bidimensional median filter for parallel computing architectures},
 380         year = {2012}
 381 }
 382
 383 @INPROCEEDINGS{6036776,
 384 author={Perrot, G. and Domas, S. and Couturier, R. and Bertaux, N.},
 385 booktitle={Computer and Information Technology (CIT), 2011 IEEE 11th International Conference on}, title={GPU Implementation of a Region Based Algorithm for Large Images Segmentation},
 386 year={2011},
 387 month={31 2011-sept. 2},
 388 volume={},
 389 number={},
 390 pages={291 -298},
 391 keywords={GPU implementation;Nvidia GPU architecture;algorithmic optimization;graphical processing units;image computing;image segmentation;image size;multicore CPU;multithreaded execution capability;region based algorithm;region-based active contour technique;snake algorithm;computer graphic equipment;coprocessors;image enhancement;image segmentation;multi-threading;multiprocessing systems;optimisation;},
 392 doi={10.1109/CIT.2011.60},
 393 ISSN={},}
 394
 395 @book{tukey77,
 396 author = {Tukey, John Wilder},
 397 isbn = {0-201-07616-0},
 398 publisher = {Addison-Wesley},
 399 title = {Exploratory Data Analysis},
 400 year = 1977
 401 }
 402
 403 @INPROCEEDINGS{5402362,
 404 author={Kachelriess, M.},
 405 booktitle={Nuclear Science Symposium Conference Record (NSS/MIC), 2009 IEEE}, title={Branchless vectorized median filtering},
 406 year={2009},
 407 month={24 2009-nov. 1},
 408 volume={},
 409 number={},
 410 pages={4099 -4105},
 411 keywords={CPU-based implementations;Intel performance primitives library;branchless vectorized median filtering;computational complexity;conventional fast median filters;data sorting algorithm;data-level parallelism;doubly linked lists;image processing;instruction pipeline;median algorithm;median filtering noisy data;modern hardware;one-dimensional signals;random data;scalar data;signal processing;sorted array;spin-off effect;vector capabilities;vectorized mask operation;vectorized max operation;vectorized min operation;computational complexity;high energy physics instrumentation computing;median filters;sorting;},
 412 doi={10.1109/NSSMIC.2009.5402362},
 413 ISSN={1095-7863},}
 414
 415
 416 @article{Weiss:2006:FMB:1141911.1141918,
 417  author = {Weiss, Ben},
 418  title = {Fast median and bilateral filtering},
 419  journal = {ACM Trans. Graph.},
 420  issue_date = {July 2006},
 421  volume = {25},
 422  number = {3},
 423  month = jul,
 424  year = {2006},
 425  issn = {0730-0301},
 426  pages = {519--526},
 427  numpages = {8},
 428  url = {http://doi.acm.org/10.1145/1141911.1141918},
 429  doi = {10.1145/1141911.1141918},
 430  acmid = {1141918},
 431  publisher = {ACM},
 432  address = {New York, NY, USA},
 433  keywords = {SIMD, algorithms, bilateral filtering, complexity, data structures, histograms, image processing, median filtering, rank-order filtering, sorting, vector processing},
 434 }
 435
 436 @inproceedings{Weiss:2006:FMB:1179352.1141918,
 437  author = {Weiss, Ben},
 438  title = {Fast median and bilateral filtering},
 439  booktitle = {ACM SIGGRAPH 2006 Papers},
 440  series = {SIGGRAPH '06},
 441  year = {2006},
 442  isbn = {1-59593-364-6},
 443  location = {Boston, Massachusetts},
 444  pages = {519--526},
 445  numpages = {8},
 446  url = {http://doi.acm.org/10.1145/1179352.1141918},
 447  doi = {10.1145/1179352.1141918},
 448  acmid = {1141918},
 449  publisher = {ACM},
 450  address = {New York, NY, USA},
 451  keywords = {SIMD, algorithms, bilateral filtering, complexity, data structures, histograms, image processing, median filtering, rank-order filtering, sorting, vector processing},
 452 }
 453
 454 @book{Huang:1981:TDS:539567,
 455  author = {Huang, Thomas S.},
 456  title = {Two-Dimensional Digital Signal Processing II: Transforms and Median Filters},
 457  year = {1981},
 458  isbn = {0387103597},
 459  publisher = {Springer-Verlag New York, Inc.},
 460  address = {Secaucus, NJ, USA},
 461 }
 462
 463 @article{zheng2011performance,
 464   title={Performance Tuning for CUDA-Accelerated Neighborhood Denoising Filters},
 465   author={Zheng, Z. and Xu, W. and Mueller, K.},
 466   journal={Workshop on High Performance Image Reconstruction (HPIR)},
 467   pages={52--55},
 468   year={2011}
 469 }
 470
 471 @INPROCEEDINGS{6288187,
 472 author={Sanchez, R.M. and Rodriguez, P.A.},
 473 booktitle={Acoustics, Speech and Signal Processing (ICASSP), 2012 IEEE International Conference on}, title={Bidimensional median filter for parallel computing architectures},
 474 year={2012},
 475 month={march},
 476 volume={},
 477 number={},
 478 pages={1549 -1552},
 479 keywords={adaptive rate compressive sensing;background subtraction;classical CS theory;cross validation;current measurement rate;sensor measurements;signal reconstruction;signal sparsity;time-varying signal;visual surveillance applications;compressed sensing;image reconstruction;video surveillance;},
 480 doi={10.1109/ICASSP.2012.6288187},
 481 ISSN={1520-6149},}
 482
 483 @ARTICLE{4287006,
 484 author={Perreault, S. and Hebert, P.},
 485 journal={Image Processing, IEEE Transactions on}, title={Median Filtering in Constant Time},
 486 year={2007},
 487 month={sept. },
 488 volume={16},
 489 number={9},
 490 pages={2389 -2394},
 491 keywords={algorithmic runtime complexity;filter kernel radius;image processing;median filtering algorithm;computational complexity;filtering theory;image processing;median filters;Algorithms;Computer Graphics;Image Enhancement;Image Interpretation, Computer-Assisted;Numerical Analysis, Computer-Assisted;Reproducibility of Results;Sensitivity and Specificity;Time Factors;User-Computer Interface;},
 492 doi={10.1109/TIP.2007.902329},
 493 ISSN={1057-7149},}
 494
 495 @ARTICLE{Wu2010,
 496 author={Yong Wu and Mansoureh Eghbali and Jimmy Ou and Rong Lu and Ligia Toro and Enrico Stefani},
 497 journal={Biophysical Journal},
 498 title={Quantitative determination of spatial protein-protein correlations in fluorescence confocal microscopy.},
 499 year={2010},
 500 month={feb. },
 501 volume={98},
 502 number={3},
 503 pages={493-504},
 504 doi={10.1016/j.bpj.2009.10.037},
 505 }
 506 @article{Sanchez-2-2012,
 507 year={2012},
 508 issn={1939-8018},
 509 journal={Journal of Signal Processing Systems},
 510 doi={10.1007/s11265-012-0715-1},
 511 title={Highly Parallelable Bidimensional Median Filter for Modern Parallel Programming Models},
 512 url={http://dx.doi.org/10.1007/s11265-012-0715-1},
 513 publisher={Springer US},
 514 keywords={Nonlinear filters; Parallel algorithms; Image processing},
 515 author={Sánchez, RicardoM. and Rodríguez, PaulA.},
 516 pages={1-15},
 517 language={English}
 518 }
 519 @article{cutrona1990synthetic,
 520   title={Synthetic aperture radar},
 521   author={Cutrona, LJ},
 522   journal={Radar Handbook, second edition, ed. M. Skolnik, McGraw-Hill, New York},
 523   year={1990}
 524 }
 525 @INPROCEEDINGS{934511,
 526 author={Theuwissen, A.J.P.},
 527 booktitle={VLSI Technology, Systems, and Applications, 2001. Proceedings of Technical Papers. 2001 International Symposium on},
 528 title={CCD or CMOS image sensors for consumer digital still photography?},
 529 year={2001},
 530 pages={168-171},
 531 keywords={CCD image sensors;CMOS image sensors;colour photography;consumer electronics;CCD imagers;CMOS image sensors;consumer digital still photography;driving voltages;image quality;on-chip functionality;selective read-out;still applications;CMOS image sensors;Capacitors;Charge coupled devices;Charge-coupled image sensors;Digital cameras;Electrons;Photography;Potential well;Silicon;Voltage},
 532 doi={10.1109/VTSA.2001.934511},
 533 ISSN={1524-766X},}
 534 @inproceedings{theuwissen2001ccd,
 535   title={CCD or CMOS image sensors for consumer digital still photography?},
 536   author={Theuwissen, Albert JP},
 537   booktitle={VLSI Technology, Systems, and Applications, 2001. Proceedings of Technical Papers. 2001 International Symposium on},
 538   pages={168--171},
 539   year={2001},
 540   organization={IEEE}
 541 }
 542 @article{mancuso2001introduction,
 543   title={An introduction to the digital still camera technology},
 544   author={Mancuso, Massimo and Battiato, Sebastiano},
 545   journal={ST Journal of System Research},
 546   volume={2},
 547   number={2},
 548   year={2001}
 549 }
 550 @article{healey1994radiometric,
 551   title={Radiometric CCD camera calibration and noise estimation},
 552   author={Healey, Glenn E and Kondepudy, Raghava},
 553   journal={Pattern Analysis and Machine Intelligence, IEEE Transactions on},
 554   volume={16},
 555   number={3},
 556   pages={267--276},
 557   year={1994},
 558   publisher={IEEE}
 559 }
 560 @techreport{kodakccd,
 561   title={CCD Image sensor noise sources},
 562   institution={Eastman Kodak company, Rochester},
 563   month={August},
 564   year={2001}
 565 }
 566 @techreport{coil,
 567   title={Columbia Object Image Library (COIL-100)},
 568   author={Nene, S.A. and Nayar, S.K. and Murase H.},
 569   institution={Computer Vision Laboratory, Columbia University},
 570   year={1996},
 571   month={February},
 572   number={CUCS-006-96}
 573 }
 574 @INPROCEEDINGS{710815,
 575 author={Tomasi, C. and Manduchi, R.},
 576 booktitle={Computer Vision, 1998. Sixth International Conference on},
 577 title={Bilateral filtering for gray and color images},
 578 year={1998},
 579 pages={839-846},
 580 keywords={colour vision;computer vision;image processing;bilateral filtering;color images;edges preservation;geometric closeness;gray images;perceptual metric;phantom colors;photometric similarity;Color;Computer science;Filtering;Humans;Imaging phantoms;Low pass filters;Photometry;Pixel;Shape measurement;Smoothing methods},
 581 doi={10.1109/ICCV.1998.710815},}
 582 @INPROCEEDINGS{1521458,
 583 author={Pham, T.Q. and van Vliet, L.J.},
 584 booktitle={Multimedia and Expo, 2005. ICME 2005. IEEE International Conference on},
 585 title={Separable bilateral filtering for fast video preprocessing},
 586 year={2005},
 587 pages={4 pp.-},
 588 keywords={adaptive codes;adaptive filters;data compression;edge detection;video coding;adaptive filter kernel;compression efficiency;edge-preserving filtering technique;fast video preprocessing;geometric closeness;image quality;photometric similarity;separable bilateral filter;Anisotropic magnetoresistance;Filtering;Image coding;Image quality;Kernel;Noise robustness;Photometry;Piecewise linear approximation;Pixel;Video compression},
 589 doi={10.1109/ICME.2005.1521458},}
 590 @INPROCEEDINGS{4587843,
 591 author={Porikli, F.},
 592 booktitle={Computer Vision and Pattern Recognition, 2008. CVPR 2008. IEEE Conference on},
 593 title={Constant time O(1) bilateral filtering},
 594 year={2008},
 595 pages={1-8},
 596 keywords={Gaussian processes;computational complexity;filtering theory;image sampling;series (mathematics);Gaussian range;O(1) bilateral filtering;Taylor series;arbitrary spatial filters;filter response degradation;integral histograms;linear filter decompositions;linear filters;polynomial range;spatial bilateral filters;Convolution;Filtering algorithms;Histograms;Kernel;Nonlinear filters;Polynomials;Runtime;Smoothing methods;Surface treatment;Taylor series},
 597 doi={10.1109/CVPR.2008.4587843},
 598 ISSN={1063-6919},}
 599 @book{Mallat:2008:WTS:1525499,
 600  author = {Mallat, Stphane},
 601  title = {A Wavelet Tour of Signal Processing, Third Edition: The Sparse Way},
 602  year = {2008},
 603  isbn = {0123743702, 9780123743701},
 604  edition = {3rd},
 605  publisher = {Academic Press},
 606 }
 607 @book{Daubechies:1992:TLW:130655,
 608  author = {Daubechies, Ingrid},
 609  title = {Ten lectures on wavelets},
 610  year = {1992},
 611  isbn = {0-89871-274-2},
 612  publisher = {Society for Industrial and Applied Mathematics},
 613  address = {Philadelphia, PA, USA},
 614 }
 615 @ARTICLE{1093941,
 616 author={Wen-Hsiung Chen and Smith, C. and Fralick, S.},
 617 journal={Communications, IEEE Transactions on},
 618 title={A Fast Computational Algorithm for the Discrete Cosine Transform},
 619 year={1977},
 620 volume={25},
 621 number={9},
 622 pages={1004-1009},
 623 keywords={Transforms;Computational complexity;Discrete Fourier transforms;Discrete cosine transforms;Discrete transforms;Equations;Fast Fourier transforms;Hardware;Laboratories;Matrix decomposition;Software algorithms},
 624 doi={10.1109/TCOM.1977.1093941},
 625 ISSN={0090-6778},}
 626 @article{strang1999discrete,
 627   title={The discrete cosine transform},
 628   author={Strang, Gilbert},
 629   journal={SIAM review},
 630   volume={41},
 631   number={1},
 632   pages={135--147},
 633   year={1999},
 634   publisher={SIAM}
 635 }
 636 @article{elad2006image,
 637   title={Image denoising via sparse and redundant representations over learned dictionaries},
 638   author={Elad, Michael and Aharon, Michal},
 639   journal={Image Processing, IEEE Transactions on},
 640   volume={15},
 641   number={12},
 642   pages={3736--3745},
 643   year={2006},
 644   publisher={IEEE}
 645 }
 646 @Misc{cmla2009Kes,
 647    Author = {Kestener, P. and Moudden, Y. and Pedron, A.},
 648    Title = {Calcul Scientifique sur GPU et application en traitement d'images},
 649    Howpublished = {Seminaire HPC-GPU, CMLA, ENS Cachan},
 650    Month = {March},
 651    Year = {2009}
 652 }
 653 @inproceedings{convolutionsoup,
 654     title = {Convolution Soup},
 655     booktitle = {GPU Technology Conference},
 656     author = {Stam, J.},
 657     abstract = {Graphics processors can be easily programmed to provide significant acceleration in many common parallel tasks.  However, with additional architecture knowledge and understanding of optimization strategies, a savvy programmer can unleash the full potential of the GPU's massive memory bandwidth and ensure the processing resources are utilized to their fullest extent.  In this talk, we'll explore several different approaches to a very simple but ubiquitous image processing algorithm, the convolution.  A naive approach shows the detrimental impact of poorly written code, a simple approach achieves decent results with little effort or code complexity, and a few highly optimized techniques realize the GPUs full power for the most demanding tasks.  The techniques explored in this simple but illustrative example will serve as a base for understanding the optimization strategies to apply towards more complex algorithms.},
 658     year = {2010},
 659     month ={Aug.},
 660     pdf = {http://fr.slideshare.net/NVIDIA/1412-gtc09},
 661     url = {http://fr.slideshare.net/NVIDIA/1412-gtc09},
 662 }
 663
 664 @INPROCEEDINGS{5206542,
 665 author={Qingxiong Yang and Kar-Han Tan and Ahuja, N.},
 666 booktitle={Computer Vision and Pattern Recognition, 2009. CVPR 2009. IEEE Conference on},
 667 title={Real-time O(1) bilateral filtering},
 668 year={2009},
 669 pages={557-564},
 670 keywords={computational complexity;filtering theory;image processing;median filters;spatial filters;HD video conferencing;PSNR;computational complexity;constant time bilateral filter;constant time spatial filter;filter kernel size;highlight removal;median filtering;memory footprint;multifocus imaging;range function;real-time bilateral filtering;video abstraction;Computational complexity;Filtering algorithms;Histograms;Kernel;Nonlinear filters;Optical filters;PSNR;Spatial filters;Testing;Videoconference},
 671 doi={10.1109/CVPR.2009.5206542},
 672 ISSN={1063-6919},}
 673 @inproceedings{xu2009accelerating,
 674   title={Accelerating regularized iterative CT reconstruction on commodity graphics hardware (GPU)},
 675   author={Xu, Wei and Mueller, Klaus},
 676   booktitle={Biomedical Imaging: From Nano to Macro, 2009. ISBI'09. IEEE International Symposium on},
 677   pages={1287--1290},
 678   year={2009},
 679   organization={IEEE}
 680 }
 681 @incollection{nlmeansgpubelge,
 682 year={2010},
 683 isbn={978-3-642-17690-6},
 684 booktitle={Advanced Concepts for Intelligent Vision Systems},
 685 volume={6475},
 686 series={Lecture Notes in Computer Science},
 687 editor={Blanc-Talon, Jacques and Bone, Don and Philips, Wilfried and Popescu, Dan and Scheunders, Paul},
 688 doi={10.1007/978-3-642-17691-3_5},
 689 title={A GPU-Accelerated Real-Time NLMeans Algorithm for Denoising Color Video Sequences},
 690 url={http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-17691-3_5},
 691 publisher={Springer Berlin Heidelberg},
 692 author={Goossens, Bart and Luong, Hiêp and Aelterman, Jan and Pižurica, Aleksandra and Philips, Wilfried},
 693 pages={46-57}
 694 }
 695 @INPROCEEDINGS{6337569,
 696 author={Agarwal, D. and Wilf, S. and Dhungel, A. and Prasad, S.K.},
 697 booktitle={Parallel Processing (ICPP), 2012 41st International Conference on},
 698 title={Acceleration of Bilateral Filtering Algorithm for Manycore and Multicore Architectures},
 699 year={2012},
 700 pages={78-87},
 701 keywords={filtering theory;image processing;multi-threading;multiprocessing systems;parallel architectures;pipeline processing;program compilers;synchronisation;ubiquitous computing;AMD Barcelona;AMD Phenom;AMD Shanghai;Intel Core i7 quad core;Intel Harper town;Nvidia GTX 280;SIMD parallelism;architecture specific optimizations;bilateral filtering algorithm acceleration;compute unified device architecture;compute-intensive bilateral filtering kernel;data access patterns;hardware architectures;image processing applications;low-level single instruction multiple data parallelism;many core accelerations;many core architectures;manycore architecture;multicore accelerations;multicore architectures;multiple threads;pair-symmetric algorithm;performance gains;redundant calculations;single-instruction-multiple-thread efficiency;special purpose instructions;special registers;synchronization capability;ubiquitous tool;Filtering algorithms;Graphics processing unit;Instruction sets;Kernel;Multicore processing;Synchronization;Bilateral filtering;Image processing on GPUs;Image processing on multicores;Stencil codes using CUDA;Streaming SIMD Extensions},
 702 doi={10.1109/ICPP.2012.13},
 703 ISSN={0190-3918},}
 704 @article{humphrey1924psychology,
 705   title={The Psychology of the Gestalt.},
 706   author={Humphrey, GEORGE},
 707   journal={Journal of Educational Psychology},
 708   volume={15},
 709   number={7},
 710   pages={401},
 711   year={1924},
 712   publisher={Warwick \& York}
 713 }
 714 @ARTICLE{4310076,
 715 journal={Systems, Man and Cybernetics, IEEE Transactions on},
 716 title={A Threshold Selection Method from Gray-Level Histograms},
 717 author={Otsu, N.},
 718 year={1979},
 719 volume={9},
 720 number={1},
 721 pages={62-66},
 722 keywords={Displays;Gaussian distribution;Histograms;Least squares approximation;Marine vehicles;Q measurement;Radar tracking;Sea measurements;Surveillance;Target tracking},
 723 doi={10.1109/TSMC.1979.4310076},
 724 ISSN={0018-9472},}
 725 @article{Zahn:1971:GMD:1309266.1309359,
 726  author = {Zahn, C. T.},
 727  title = {Graph-Theoretical Methods for Detecting and Describing Gestalt Clusters},
 728  journal = {IEEE Trans. Comput.},
 729  issue_date = {January 1971},
 730  volume = {20},
 731  number = {1},
 732  month = jan,
 733  year = {1971},
 734  issn = {0018-9340},
 735  pages = {68--86},
 736  numpages = {19},
 737  url = {http://dx.doi.org/10.1109/T-C.1971.223083},
 738  doi = {10.1109/T-C.1971.223083},
 739  acmid = {1309359},
 740  publisher = {IEEE Computer Society},
 741  address = {Washington, DC, USA},
 742  keywords = {Clustering, data structure analysis, feature space evaluation, gestalt psychology, graph theory, minimal spanning trees, nearest neighbor methods, numerical taxonomy, pattern recognition.},
 743 }
 744 @article{wu1993optimal,
 745   title={An optimal graph theoretic approach to data clustering: Theory and its application to image segmentation},
 746   author={Wu, Zhenyu and Leahy, Richard},
 747   journal={Pattern Analysis and Machine Intelligence, IEEE Transactions on},
 748   volume={15},
 749   number={11},
 750   pages={1101--1113},
 751   year={1993},
 752   publisher={IEEE}
 753 }
 754 @article{felzenszwalb2004efficient,
 755   title={Efficient graph-based image segmentation},
 756   author={Felzenszwalb, Pedro F and Huttenlocher, Daniel P},
 757   journal={International Journal of Computer Vision},
 758   volume={59},
 759   number={2},
 760   pages={167--181},
 761   year={2004},
 762   publisher={Springer}
 763 }
 764 @inproceedings{wang2001image,
 765   title={Image segmentation with minimum mean cut},
 766   author={Wang, Song and Siskind, Jeffrey Mark},
 767   booktitle={Computer Vision, 2001. ICCV 2001. Proceedings. Eighth IEEE International Conference on},
 768   volume={1},
 769   pages={517--524},
 770   year={2001},
 771   organization={IEEE}
 772 }
 773 @article{wang2003image,
 774   title={Image segmentation with ratio cut},
 775   author={Wang, Song and Siskind, Jeffrey Mark},
 776   journal={Pattern Analysis and Machine Intelligence, IEEE Transactions on},
 777   volume={25},
 778   number={6},
 779   pages={675--690},
 780   year={2003},
 781   publisher={IEEE}
 782 }
 783 @article{shi2000normalized,
 784   title={Normalized cuts and image segmentation},
 785   author={Shi, Jianbo and Malik, Jitendra},
 786   journal={Pattern Analysis and Machine Intelligence, IEEE Transactions on},
 787   volume={22},
 788   number={8},
 789   pages={888--905},
 790   year={2000},
 791   publisher={IEEE}
 792 }
 793 @inproceedings{macqueen1967some,
 794   title={Some methods for classification and analysis of multivariate observations},
 795   author={MacQueen, James and others},
 796   booktitle={Proceedings of the fifth Berkeley symposium on mathematical statistics and probability},
 797   volume={1},
 798   number={281-297},
 799   pages={14},
 800   year={1967},
 801   organization={California, USA}
 802 }
 803 @article{agarwal2002exact,
 804   title={Exact and approximation algorithms for clustering},
 805   author={Agarwal, Pankaj K and Procopiuc, Cecilia Magdalena},
 806   journal={Algorithmica},
 807   volume={33},
 808   number={2},
 809   pages={201--226},
 810   year={2002},
 811   publisher={Springer}
 812 }
 813 @inproceedings{arora1998approximation,
 814   title={Approximation schemes for Euclidean k-medians and related problems},
 815   author={Arora, Sanjeev and Raghavan, Prabhakar and Rao, Satish},
 816   booktitle={Proceedings of the thirtieth annual ACM symposium on Theory of computing},
 817   pages={106--113},
 818   year={1998},
 819   organization={ACM}
 820 }
 821 @inproceedings{pelleg2000x,
 822   title={X-means: Extending K-means with Efficient Estimation of the Number of Clusters.},
 823   author={Pelleg, Dan and Moore, Andrew W and others},
 824   booktitle={ICML},
 825   pages={727--734},
 826   year={2000}
 827 }
 828 @article{fukunaga1975estimation,
 829   title={The estimation of the gradient of a density function, with applications in pattern recognition},
 830   author={Fukunaga, Keinosuke and Hostetler, Larry},
 831   journal={Information Theory, IEEE Transactions on},
 832   volume={21},
 833   number={1},
 834   pages={32--40},
 835   year={1975},
 836   publisher={IEEE}
 837 }
 838 @article{cheng1995mean,
 839   title={Mean shift, mode seeking, and clustering},
 840   author={Cheng, Yizong},
 841   journal={Pattern Analysis and Machine Intelligence, IEEE Transactions on},
 842   volume={17},
 843   number={8},
 844   pages={790--799},
 845   year={1995},
 846   publisher={IEEE}
 847 }
 848 @book{foley1994introduction,
 849   title={Introduction to computer graphics},
 850   author={Foley, James D and Van Dam, Andries and Feiner, Steven K and Hughes, John F and Phillips, Richard L},
 851   volume={55},
 852   year={1994},
 853   publisher={Addison-Wesley Reading}
 854 }
 855 @inproceedings{comaniciu1999mean,
 856   title={Mean shift analysis and applications},
 857   author={Comaniciu, Dorin and Meer, Peter},
 858   booktitle={Computer Vision, 1999. The Proceedings of the Seventh IEEE International Conference on},
 859   volume={2},
 860   pages={1197--1203},
 861   year={1999},
 862   organization={IEEE}
 863 }
 864 @article{comaniciu2002mean,
 865   title={Mean shift: A robust approach toward feature space analysis},
 866   author={Comaniciu, Dorin and Meer, Peter},
 867   journal={Pattern Analysis and Machine Intelligence, IEEE Transactions on},
 868   volume={24},
 869   number={5},
 870   pages={603--619},
 871   year={2002},
 872   publisher={IEEE}
 873 }
 874 @inproceedings{keselman1998extraction,
 875   title={Extraction and characterization of regions of interest in biomedical images},
 876   author={Keselman, Yakov and Micheli-Tzanakou, EVANGELIA},
 877   booktitle={Information Technology Applications in Biomedicine, 1998. ITAB 98. Proceedings. 1998 IEEE International Conference on},
 878   pages={87--90},
 879   year={1998},
 880   organization={IEEE}
 881 }
 882 @article{osher1988fronts,
 883   title={Fronts propagating with curvature-dependent speed: algorithms based on Hamilton-Jacobi formulations},
 884   author={Osher, Stanley and Sethian, James A},
 885   journal={Journal of computational physics},
 886   volume={79},
 887   number={1},
 888   pages={12--49},
 889   year={1988},
 890   publisher={Elsevier}
 891 }
 892 @phdthesis{adalsteinsson1994fast,
 893   title={A fast level set method for propagating interfaces},
 894   author={Adalsteinsson, David and Sethian, James},
 895   year={1994},
 896   school={University of California}
 897 }
 898 @article{sethian1996fast,
 899   title={A fast marching level set method for monotonically advancing fronts},
 900   author={Sethian, James A},
 901   journal={Proceedings of the National Academy of Sciences},
 902   volume={93},
 903   number={4},
 904   pages={1591--1595},
 905   year={1996},
 906   publisher={National Acad Sciences}
 907 }
 908 @article{cohen1993surface,
 909   title={Surface reconstruction using active contour models},
 910   author={Cohen, Laurent D and Bardinet, Eric and Ayache, Nicholas and others},
 911   year={1993}
 912 }
 913 @article{ronfard1994region,
 914   title={Region-based strategies for active contour models},
 915   author={Ronfard, R{\'e}mi},
 916   journal={International Journal of Computer Vision},
 917   volume={13},
 918   number={2},
 919   pages={229--251},
 920   year={1994},
 921   publisher={Springer}
 922 }
 923 @article{arbelaez2011contour,
 924   title={Contour detection and hierarchical image segmentation},
 925   author={Arbelaez, Pablo and Maire, Michael and Fowlkes, Charless and Malik, Jitendra},
 926   journal={Pattern Analysis and Machine Intelligence, IEEE Transactions on},
 927   volume={33},
 928   number={5},
 929   pages={898--916},
 930   year={2011},
 931   publisher={IEEE}
 932 }
 933 @INPROCEEDINGS{6005963,
 934 author={Lanfang Dong and Jiahui Chen and Jin Wang},
 935 booktitle={Image and Graphics (ICIG), 2011 Sixth International Conference on},
 936 title={A Real-Time Isoline Tracing Algorithm Based on CUDA},
 937 year={2011},
 938 pages={864-867},
 939 keywords={data visualisation;multi-threading;GPU multithread;compute unified device architecture;graphics processing unit;isoline tracing algorithm;reservoir simulation visualization;texture memory;Algorithm design and analysis;Arrays;Data visualization;Graphics processing unit;Indexes;Instruction sets;Real time systems;CUDA;Isoline Tracing;Real-time},
 940 doi={10.1109/ICIG.2011.117},}
 941 @article{bertaux2004speckle,
 942   title={Speckle removal using a maximum-likelihood technique with isoline gray-level regularization},
 943   author={Bertaux, Nicolas and Frauel, Yann and R{\'e}fr{\'e}gier, Philippe and Javidi, Bahram},
 944   journal={JOSA A},
 945   volume={21},
 946   number={12},
 947   pages={2283--2291},
 948   year={2004},
 949   publisher={Optical Society of America}
 950 }