THESE/codes/meanshift/Ms_segmenter/Segment_demo.m

   1 function Segment_demo (Action, Arguments, varargin)\r
   2 \r
   3 global All_vars Biomed_on;\r
   4 if size(All_vars, 2) > 0\r
   5    eval (['global ', All_vars]);\r
   6 end\r
   7 % regions are represented as structures of:\r
   8 % private chars:\r
   9         % Number - region number\r
  10         % Color - the original color to draw the region\r
  11         % Line - the actual points as a line object\r
  12         % Active - whether it was merged into another region\r
  13         % From - which regions it was obtained from (by merging or cutting)\r
  14 % public chars:\r
  15         % Boundary (Boundary) given as set of points\r
  16         % Area - total area of the regions, since computed anyway\r
  17         % Inner point - telling where the interior of region is (Inner_pts)\r
  18         % Shifts - a matrix of size 2 by 2 giving min, max x and y vals for boundary\r
  19         % Region_matr - the filled with pixels boundary for various operations\r
  20 % user defined chars:\r
  21 \r
  22 if nargin < 1\r
  23         warning off;\r
  24         Common_vars =[' Gray_image Image Luv_image Image_is_gray ', ...\r
  25       ' Region_colors Bndred_regions Curr_pt Curr_pt_line ',...\r
  26       ' Slices Centers Store_mouse_pts ', ...\r
  27       ' Regions Region_menu_added Min_region_size ', ...\r
  28       ' Region_menu Main_figure Main_axis Marker_size ', ...\r
  29                 ' Region_left Region_right Show_all_regions ', ...\r
  30                 ' Instance Active_instances Biomed_on '];\r
  31 \r
  32         Biomed_vars = [' Amnt_rot Window_regs_chosen Window1 Window2 '];\r
  33 \r
  34         All_vars = [Common_vars, Biomed_vars];\r
  35         eval (['global ', All_vars]);\r
  36         Action = 'Initialize';\r
  37 end\r
  38 \r
  39 if strcmp(Action, 'Initialize')\r
  40    if nargin < 2                                                        % the very first call to it\r
  41       Msg_box_hndl = msgbox('Welcome to the system ...', 'Welcome');\r
  42       Child = get(Msg_box_hndl, 'Children');                    % the OK button\r
  43       set(Child(length(Child)), 'Style', 'Text',    'String', '');\r
  44       Image_menu = uimenu(Msg_box_hndl, 'Label','&Image');\r
  45       uimenu(Image_menu, 'Label', '&Open...', ...\r
  46          'Callback', 'close; Segment_demo(''Read image'')', 'Accelerator', 'O');\r
  47       uimenu(Image_menu, 'Label', '&Quit', ...\r
  48          'Callback', 'close', 'Separator','on', 'Accelerator', 'Q');\r
  49                 Screen_size = get(0, 'ScreenSize');\r
  50                 Marker_size = round(max(Screen_size)/200);\r
  51    else\r
  52                 I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
  53       if length(size(Arguments)) == 3           % color image\r
  54          Image_is_gray{I} = 0;\r
  55          Image{I} = Arguments;\r
  56       else\r
  57          Image_is_gray{I} = 1;\r
  58          Image{I} = Arguments;\r
  59          Gray_image{I} = double(Arguments);\r
  60       end\r
  61 \r
  62                 if not(varargin{1})             % does not need new window\r
  63                         Kids = get(Main_axis{I}, 'Children');\r
  64                         for i=1:length(Kids)\r
  65                                 if strcmp(get(Kids(i), 'Type'), 'line')\r
  66                                         set(Kids(i), 'XData', 0, 'YData', 0, 'Visible', 'off');\r
  67                                 end\r
  68                         end\r
  69                         Segment_demo('Refresh image', 0, I);\r
  70                 end\r
  71 \r
  72       Regions{I} = {};\r
  73                 Bndred_regions{I} = 0;\r
  74       Region_left{I} = 0;  Region_right{I} = 0;\r
  75       Store_mouse_pts{I} = 0; Curr_pt_line{I} = 0;\r
  76                 Show_all_regions{I} = 0;        % will show only active regions by default\r
  77 \r
  78                 % Biomed vars go here\r
  79                 if Instance == 1\r
  80                         Window_regs_chosen = 0;\r
  81                 end\r
  82         Amnt_rot{I} = 8;\r
  83 \r
  84       % the list of colors\r
  85       Region_colors{1, 1} = 'magenta';\r
  86       Region_colors{1, 2} = 'yellow';\r
  87       Region_colors{1, 3} = 'green';\r
  88       Region_colors{1, 4} = 'red';\r
  89       Region_colors{1, 5} = 'cyan';\r
  90       Region_colors{1, 6} = 'blue';\r
  91       Region_colors{1, 7} = 'black';\r
  92 \r
  93                 if varargin{1}          % needs new window\r
  94         Region_menu_added{I} = 0;\r
  95                         ButtonDown = sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Down', 0, I);\r
  96                         CloseReq = sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Exit', 0, I);\r
  97               set(gcf, 'WindowButtonDownFcn', ButtonDown, 'MenuBar', 'none', ...\r
  98                                 'CloseRequestFcn', CloseReq);\r
  99               Main_figure{I} = gcf;\r
 100                         Main_axis{I} = gca;\r
 101               Image_menu = uimenu('Label','&Image');\r
 102                         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Read image', 0, I);\r
 103               uimenu(Image_menu, 'Label', '&Open...', ...\r
 104                  'Callback', Callback, 'Accelerator', 'O');\r
 105                         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Smooth prompt', 0, I);\r
 106               uimenu(Image_menu, 'Label', 's&Mooth...', ...\r
 107                  'Callback', Callback, 'Accelerator', 'M');\r
 108                         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Segment prompt', 0, I);\r
 109               uimenu(Image_menu, 'Label', 'se&Gment...', ...\r
 110                  'Callback', Callback, 'Accelerator', 'G');\r
 111                         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Crop', 0, I);\r
 112               uimenu(Image_menu, 'Label', '&Crop...', ...\r
 113                  'Callback', Callback, 'Accelerator', 'C');\r
 114                         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Refresh image', 0, I);\r
 115               uimenu(Image_menu, 'Label', 'r&Efresh!', ...\r
 116                  'Callback', Callback, 'Accelerator', 'E');\r
 117                         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Label prompt', 0, I);\r
 118               uimenu(Image_menu, 'Label', 'l&abel', ...\r
 119                  'Callback', Callback, 'Accelerator', 'A');\r
 120                         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Save image', 0, I);\r
 121               uimenu(Image_menu, 'Label', '&Save as...', ...\r
 122                  'Callback', Callback, 'Accelerator', 'S');\r
 123                         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Exit', 0, I);\r
 124               uimenu(Image_menu, 'Label', '&Quit', ...\r
 125                  'Callback', Callback, 'Separator','on', 'Accelerator', 'Q');\r
 126                         Segment_demo('Show image', 1, I);               % needs window size setting\r
 127                 else\r
 128                         Segment_demo('Show image', 0, I);               % no window size setting\r
 129                 end\r
 130    end\r
 131 end\r
 132 \r
 133 \r
 134 %-----------------------------------------\r
 135 % exiting if desired, after warning\r
 136 if strcmp(Action, 'Exit')\r
 137         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 138    set(Main_figure{I}, 'CloseRequestFcn', 'closereq');\r
 139    close;\r
 140         Active_instances = Active_instances-1;\r
 141         if Active_instances == 0\r
 142                 eval (['clear global ', All_vars]);\r
 143         end\r
 144 \r
 145 %-----------------------------------------\r
 146 % keeping track of the pixel clicked onto by mouse\r
 147 elseif strcmp(Action, 'Down')   % request to pick region follows\r
 148         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 149         Curr_pt_get{I} = get(gca, 'CurrentPoint');\r
 150    Curr_pt_get{I} = round(Curr_pt_get{I}(1, 1:2));\r
 151    Curr_pt_get{I} = [Curr_pt_get{I}(2); Curr_pt_get{I}(1)]; % switching x and y\r
 152    if Store_mouse_pts{I}\r
 153       Curr_pt{I} = [Curr_pt{I}, Curr_pt_get{I}];\r
 154    else\r
 155       Curr_pt{I} = Curr_pt_get{I};\r
 156    end\r
 157    if Curr_pt_line{I}\r
 158       set(Curr_pt_line{I}, 'XData',Curr_pt{I}(2, :), 'YData',Curr_pt{I}(1, :));\r
 159    else\r
 160       Curr_pt_line{I} = ...\r
 161                         line('XData', Curr_pt{I}(2, :), 'YData', Curr_pt{I}(1, :), ...\r
 162          'Marker', '.', 'Color', 'yellow', 'EraseMode', 'none');\r
 163    end\r
 164  \r
 165  \r
 166 %-----------------------------------------\r
 167 % segmenting the image into a number of subregions by the subroutine\r
 168 elseif strcmp(Action, 'Segment prompt')\r
 169         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 170    Prompt  = {...\r
 171                 'Window size (small window => small variation)', ...\r
 172                 'Color components to use (fewer => quicker)', ...\r
 173       'Color group size (small size => fewer colors left)', ...\r
 174       'Min region size (small size => more small regions)', ...\r
 175       'Would you like to see separate layers?'};\r
 176         if Image_is_gray{I}\r
 177                 Default = {20, 1, 200, 20, 'No'};\r
 178          else\r
 179         Default = {30, 2, 200, 20, 'No'};\r
 180         end\r
 181    Title = 'Segmentation parameters';\r
 182    Line_number  = 1;\r
 183    Segment_input  = My_inputdlg(Prompt, Title, Line_number, Default);\r
 184    if size(Segment_input, 2) > 0\r
 185       Segment_demo ('Initialize', Image{I}, 0, I);      % does not need new wind\r
 186       Segment_demo ('Segment', Segment_input, I);\r
 187    end\r
 188 \r
 189 \r
 190 %-----------------------------------------\r
 191 % segmenting the image into a number of subregions by the subroutine\r
 192 elseif strcmp(Action, 'Segment')\r
 193         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 194    Segment_input = Arguments;\r
 195    Window_radius = base2dec(Segment_input{1}, 10);\r
 196         Components = base2dec(Segment_input{2}, 10);\r
 197         % Components = round(max(Components, 2));               % for a while\r
 198    Color_group = base2dec(Segment_input{3}, 10);\r
 199    Min_region_size{I} = base2dec(Segment_input{4}, 10);\r
 200         Plot_slices = length(findstr(lower(Segment_input{5}), 'y'));\r
 201    if Image_is_gray{I}\r
 202       [Segmented, Centers] = ...\r
 203          Gray_segment (Gray_image{I}, Window_radius, Color_group);\r
 204    else\r
 205       Luv_image{I} = Rgb_to_luv(Image{I}, 'Image');\r
 206       Gray_image{I} = squeeze(Luv_image{I}(:, :, 1));\r
 207                 Lhs = '[Segmented, Centers] = ';\r
 208                 Rhs = [sprintf('Color_segment_svd%d', Components), ...\r
 209                         '(Luv_image{I}, Window_radius, Color_group);'];\r
 210                 eval([Lhs, Rhs]);\r
 211    end\r
 212 \r
 213    Segments = size(Centers, 2);\r
 214    Slices{I} = zeros(size(Gray_image{I}));\r
 215 \r
 216    if Plot_slices\r
 217       figure;   % plotting the resulting regions\r
 218       Square_side = ceil(sqrt(Segments));\r
 219    end\r
 220 \r
 221    for i=1:Segments\r
 222       Slice = (Segmented == i);\r
 223       % some image processing - taken from morphology file\r
 224       Slice = bwmorph(Slice, 'majority');\r
 225       Slice = (Slice == 0);     % negation\r
 226       Slice = bwmorph(Slice, 'majority');\r
 227       Slice = (Slice == 0);     % negation\r
 228       % Slice = bwmorph(Slice, 'thicken', 2);    % no thickening for a while\r
 229       Slices{I}(:, :, i) = bwlabel(Slice);\r
 230       if Plot_slices\r
 231          subplot(Square_side, Square_side, i);\r
 232          image((Slices{I}(:, :, i)>0)*255); axis off;\r
 233          colormap(gray(255));\r
 234       end\r
 235    end\r
 236         if Plot_slices\r
 237         figure(Main_figure{I});\r
 238         end\r
 239 \r
 240         % appending the new submenu\r
 241         if not(Region_menu_added{I})\r
 242                 Region_menu{I} = uimenu('Label', '&Region');\r
 243                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Find boundary', 0, I);\r
 244                 uimenu(Region_menu{I}, 'Label', '&Find boundary', ...\r
 245                         'Callback', Callback, 'Accelerator', 'F');\r
 246                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Select left region', 0, I);\r
 247                 uimenu(Region_menu{I}, 'Label', '(un)select &1-st region', 'Enable', 'off', ...\r
 248             'Callback', Callback, 'Accelerator', '1');\r
 249                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Select right region', 0, I);\r
 250                 uimenu(Region_menu{I}, 'Label', '(un)select &2-nd region', 'Enable', 'off', ...\r
 251             'Callback', Callback, 'Accelerator', '2');\r
 252                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)','Save boundary prompt',0,I);\r
 253                 uimenu(Region_menu{I}, 'Label', 'sa&Ve as...', 'Enable', 'off', ...\r
 254                         'Callback', Callback, 'Accelerator', 'V');\r
 255                 Compare_menu = uimenu(Region_menu{I}, 'Label', '&Compare to...', ...\r
 256                         'Enable', 'off');\r
 257                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', ...\r
 258                         'Compare disk regions prompt', 0, I);\r
 259                 uimenu(Compare_menu, 'Label', '&Disk region...', ...\r
 260                         'Callback', Callback, 'Accelerator', 'D');\r
 261                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', ...\r
 262                         'Compare image regions prompt', 0, I);\r
 263                 uimenu(Compare_menu, 'Label', '&Image region...', ...\r
 264                         'Callback', Callback, 'Accelerator', 'I');\r
 265                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', ...\r
 266                         'Compare window regions prompt', 0, I);\r
 267                 uimenu(Compare_menu, 'Label', '&Window region...', ...\r
 268                         'Callback', Callback, 'Accelerator', 'W');\r
 269                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Merge prompt', 0, I);\r
 270                 uimenu(Region_menu{I}, 'Label', 'me&Rge...', 'Enable', 'off', ...\r
 271                         'Callback', Callback, 'Accelerator', 'R');\r
 272                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Cut prompt', 0, I);\r
 273                 uimenu(Region_menu{I}, 'Label', 'c&Ut...', 'Enable', 'off', ...\r
 274                         'Callback', Callback, 'Accelerator', 'U');\r
 275                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', ...\r
 276                         'Intensity 3-d prompt', 0, I);\r
 277                 uimenu(Region_menu{I},'Label', 'intensity &3-d...', 'Enable','off', ...\r
 278                         'Callback', Callback, 'Accelerator', '3');\r
 279                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', ...\r
 280                         'Background region prompt',0, I);\r
 281                 uimenu(Region_menu{I}, 'Label', 'bac&Kground...', 'Enable', 'off', ...\r
 282             'Callback', Callback, 'Accelerator', 'K');\r
 283                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Color prompt', 0, I);\r
 284                 uimenu(Region_menu{I}, 'Label', 'co&Lor...', 'Enable', 'off', ...\r
 285             'Callback', Callback, 'Accelerator', 'L');\r
 286                 Callback=sprintf('global Marker_size; Marker_size = Marker_size + 2;');\r
 287                 uimenu(Region_menu{I}, 'Label', 'Thicken next line', 'Enable', 'off', ...\r
 288                         'Callback', Callback);\r
 289                 Callback=sprintf('global Marker_size; Marker_size = Marker_size - 2;');\r
 290                 uimenu(Region_menu{I}, 'Label', 'Thin next line', 'Enable', 'off', ...\r
 291                         'Callback', Callback);\r
 292                 Region_menu_added{I} = 1;\r
 293         end\r
 294 \r
 295 \r
 296 %-----------------------------------------\r
 297 elseif strcmp(Action, 'Crop')\r
 298         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 299         msgbox('Please crop a subregion', 'Cropping');\r
 300    waitforbuttonpress;\r
 301    Point1 = get(gca,'CurrentPoint');    % button down detected\r
 302    Final_rect = rbbox;                  % return Figure units\r
 303    Point2 = get(gca,'CurrentPoint');    % button up detected\r
 304    Point1 = round(Point1(1,1:2));       % extract x and y\r
 305    Point2 = round(Point2(1,1:2));\r
 306    P1 = min(Point1,Point2);             % calculate locations\r
 307    Offset = abs(Point1-Point2);         % and dimensions\r
 308    Rect_x = [P1(1) P1(1)+Offset(1) P1(1)+Offset(1) P1(1) P1(1)];\r
 309    Rect_y = [P1(2) P1(2) P1(2)+Offset(2) P1(2)+Offset(2) P1(2)];\r
 310    hold on;\r
 311    axis manual;\r
 312    plot(Rect_x, Rect_y);\r
 313 \r
 314    Button = questdlg('Is it suitable?', 'Crop/Undo cropping','Yes','No','Yes');\r
 315    if strcmp(Button,'Yes')\r
 316       Left_x = min(Rect_y);  Right_x = max(Rect_y);     % again shift\r
 317       Low_y = min(Rect_x);  High_y = max(Rect_x);               % again shift\r
 318       if Image_is_gray{I}\r
 319          Image_cropped = Gray_image{I}(Left_x:Right_x, Low_y:High_y);\r
 320       else\r
 321          Image_cropped = Image{I}(Left_x:Right_x, Low_y:High_y, :);\r
 322       end\r
 323 \r
 324                 % creating a window for the newly cropped image\r
 325                 figure;                                                 % creating one more window\r
 326                 set (gcf, 'Name', [get(Main_figure{I}, 'Name'), ' cropped']);\r
 327                 if length(Instance) > 0 % was defined\r
 328                         Instance = Instance+1;\r
 329                         Active_instances = Active_instances+1;\r
 330                  else\r
 331                         Instance = 1;\r
 332                         Active_instances = 1;\r
 333                 end\r
 334         Segment_demo ('Initialize', Image_cropped, 1, Instance);        %needs new window\r
 335         else\r
 336                 Segment_demo('Refresh image', 0, I);\r
 337    end   \r
 338 \r
 339 \r
 340 %-----------------------------------------\r
 341 elseif strcmp(Action, 'Smooth prompt')\r
 342         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 343    Scr_sz = get(0, 'ScreenSize');\r
 344    New_wind = dialog('Name', 'Which filter to use?', 'Position', ...\r
 345       [Scr_sz(3)*0.3 Scr_sz(4)*0.4 Scr_sz(3)*0.3 Scr_sz(4)*0.1]);\r
 346    Choice = uicontrol('Parent', New_wind);\r
 347    Callback = sprintf('Segment_demo(''Smooth'', %18.16f, %d)', Choice, I);\r
 348    set(Choice, 'Style', 'Popup', ...\r
 349       'String', {'Circle-5', 'Symlet', 'Avg-3'}, ...\r
 350       'Units', 'Normalized', 'Position', [0 0.5 1 0.5]);\r
 351    Cancel_button = uicontrol('Parent', New_wind, ...\r
 352       'String', 'Cancel', 'Style', 'Pushbutton', 'Callback', 'close', ...\r
 353       'Units', 'Normalized', 'Position', [0.6 0.3 0.3 0.4]);\r
 354    Ok_button = uicontrol('Parent', New_wind, ...\r
 355       'String', 'OK', 'Style', 'Pushbutton', 'Callback', Callback, ...\r
 356       'Units', 'Normalized', 'Position', [0.1 0.3 0.3 0.4]);\r
 357 \r
 358 \r
 359 %----------------------------------------\r
 360 elseif strcmp(Action, 'Smooth')\r
 361         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 362         Choice = get(Arguments, 'Value');\r
 363         close;                  % closing the prompt window\r
 364         switch Choice\r
 365         case 2\r
 366                 Filter = 'Symlets';\r
 367         case 3\r
 368                 Filter = ones(3);\r
 369                 Filter = Filter/sum(sum(Filter));\r
 370         case 1\r
 371                 Filter = ones(5);\r
 372                 Filter(1:2, 1) = zeros(2, 1); Filter(4:5, 1) = zeros(2, 1);\r
 373                 Filter(1:2, 5) = zeros(2, 1); Filter(4:5, 5) = zeros(2, 1);\r
 374                 Filter(1, 2) = 0; Filter(5, 2) = 0;\r
 375                 Filter(2, 5) = 0; Filter(5, 4) = 0;\r
 376                 Filter = Filter/sum(sum(Filter));\r
 377         otherwise\r
 378                 Filter = 1;\r
 379         end\r
 380         if size(Filter, 2) > 1\r
 381                 if strcmp(Filter, 'Symlets')\r
 382                         if Image_is_gray{I}\r
 383                                 Image_filtered = Smooth_wv(Gray_image{I});\r
 384                         else\r
 385                                 for i=1:3\r
 386                                         Image_filtered(:, :, i) = Smooth_wv(Image{I}(:, :, i));\r
 387                                 end\r
 388                         end\r
 389                 else\r
 390                         if Image_is_gray{I}\r
 391                                 Image_filtered = filter2(Filter, Gray_image{I});\r
 392                         else\r
 393                                 for i=1:3\r
 394                                         Image_filtered(:, :, i) = filter2(Filter, Image{I}(:, :, i));\r
 395                                 end\r
 396                         end\r
 397                 end\r
 398                 Segment_demo ('Initialize', Image_filtered, 0, I);      % no new window\r
 399         end\r
 400 \r
 401 \r
 402 %-----------------------------------------\r
 403 % now saves both in low-quality and high quality formats in jpeg/tif/bmp and\r
 404 % in eps format with a standard size\r
 405 elseif strcmp(Action, 'Save image')\r
 406         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 407    % Filter = '*.jpeg; *.jpg; *.tif; *.tiff; *.bmp; *.eps; *.ps';\r
 408    Filter = '*.jpeg; *.jpg; *.tif; *.bmp; *.eps';\r
 409    [File_name, Path_name] = uiputfile(Filter, 'Save to file ...');\r
 410    [Screen, Screen_map] = capture(Main_figure{I});\r
 411    % splitting file name into extension and file itself\r
 412    for i=length(File_name):-1:1\r
 413       if File_name(i) == '.'\r
 414          File_type = File_name(i+1:length(File_name));\r
 415                         File_name = File_name(1:i-1);\r
 416          break;\r
 417       end\r
 418    end\r
 419    \r
 420    if File_name(1) > 0\r
 421                 if (strcmp(File_type, 'jpeg') | strcmp(File_type, 'jpg'))\r
 422                         % low-level file first\r
 423         imwrite(Screen, Screen_map, [Path_name, File_name, '_low.', File_type], ...\r
 424                                 File_type, 'Quality', 80);\r
 425                         print_string = sprintf('%s %s', 'print -djpeg ', ...\r
 426                                 [Path_name, File_name, '_high.', File_type]);\r
 427                         eval(print_string);\r
 428                         msgbox(['Image was saved in ',  File_name, '_low.', File_type, ...\r
 429                                 '  and  ',  File_name, '_high.', File_type], 'Files saved');\r
 430                 end\r
 431                 if (strcmp(File_type, 'tiff') | strcmp(File_type, 'tif'))\r
 432                         % low-level file first\r
 433         imwrite(Screen, Screen_map, [Path_name, File_name, '_low.', File_type], ...\r
 434                                 File_type);\r
 435                         print_string = sprintf('%s %s', 'print -dtiff ', ...\r
 436                                 [Path_name, File_name, '_high.', File_type]);\r
 437                         eval(print_string);\r
 438                         msgbox(['Image was saved in ',  File_name, '_low.', File_type, ...\r
 439                                 '  and  ',  File_name, '_high.', File_type], 'Files saved');\r
 440                 end\r
 441                 if strcmp(File_type, 'bmp')\r
 442                         % low-level file first\r
 443         imwrite(Screen, Screen_map, [Path_name, File_name, '.', File_type], ...\r
 444                                 File_type);\r
 445                         print_string = sprintf('%s %s', 'print -djpeg ', ...\r
 446                                 [Path_name, File_name, '.jpg']);\r
 447                         eval(print_string);\r
 448                         msgbox(['Image was saved in ',  File_name, '.', File_type, ...\r
 449                                 '  and  ',  File_name, '.jpg'], 'Files saved');\r
 450                 end\r
 451                 if (strcmp(File_type, 'eps') | strcmp(File_type, 'ps'))\r
 452                         print_string = sprintf('%s %s', 'print -depsc -loose ', ...\r
 453                                 [Path_name, File_name, '.', File_type]);\r
 454                         eval(print_string);\r
 455                         msgbox(['Image was saved in ',  File_name, '.', File_type], ...\r
 456                                 'Files saved');\r
 457                 end\r
 458    end\r
 459 \r
 460  \r
 461 %-----------------------------------------   \r
 462 elseif strcmp(Action, 'Read image')\r
 463    Filter = '*.jpeg; *.jpg; *.tif; *.tiff; *.bmp';\r
 464    [File_name, Path_name] = uigetfile(Filter, 'Open file');\r
 465         Image_name = File_name;\r
 466    File_name = [Path_name, File_name];\r
 467    if File_name(1) > 0                                          % not zeros there\r
 468       [Im_read, Map] = imread(File_name);\r
 469                 if length(Map) > 0              % not gray or RGB, but could be made such\r
 470                         Im_read = ind2rgb(Im_read, Map);\r
 471                         Im_read = 256*Im_read;\r
 472                 end\r
 473                 Im_read = double(Im_read);\r
 474       if length(size(Im_read)) == 3             % color image\r
 475                         for i=1:3\r
 476                           Img(:,:,i) = min(Im_read(:,:,i)+ones(size(Im_read(:,:,i))), ...\r
 477                                         255*ones(size(Im_read(:,:,i))));\r
 478                         end\r
 479                 else\r
 480          Img = min(Im_read+ones(size(Im_read)),255*ones(size(Im_read)));\r
 481                 end\r
 482                 figure;                                                 % creating one more window\r
 483                 set (gcf, 'Name', Image_name);\r
 484                 if length(Instance) > 0 % was defined\r
 485                         Instance = Instance+1;\r
 486                         Active_instances = Active_instances+1;\r
 487                  else\r
 488                         Instance = 1;\r
 489                         Active_instances = 1;\r
 490                 end\r
 491       Segment_demo('Initialize', Img, 1, Instance);             % needs new window\r
 492    end\r
 493  \r
 494  \r
 495 %-----------------------------------------\r
 496 elseif strcmp(Action, 'Refresh image')\r
 497         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 498         if length(Curr_pt_line) >= I\r
 499                 if Curr_pt_line{I} > 0\r
 500                         set(Curr_pt_line{I}, 'EraseMode', 'normal');\r
 501                         set(Curr_pt_line{I}, 'Visible', 'off');\r
 502                         set(Curr_pt_line{I}, 'Visible', 'on');\r
 503                         set(Curr_pt_line{I}, 'EraseMode', 'none');\r
 504                 end\r
 505         end\r
 506 \r
 507         % deleting rectangles if present - they have few points\r
 508         Kids = get(Main_axis{I}, 'Children');\r
 509         for i=1:length(Kids)\r
 510                 if strcmp(get(Kids(i), 'type'), 'line') & ...\r
 511                                 length(get(Kids(i), 'XData')) == 5      % rectangle\r
 512                         set(Kids(i), 'XData', 0, 'YData', 0, 'Visible', 'off');\r
 513                 end\r
 514         end\r
 515 \r
 516 \r
 517 %-----------------------------------------\r
 518 % labeling the image at a chosen place\r
 519 elseif strcmp(Action, 'Label prompt')\r
 520         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 521         % determining whether near an existing label\r
 522         Curr_pt_local = get(gca, 'CurrentPoint');\r
 523         Curr_pt_local = round(Curr_pt_local(1, 1:2));\r
 524         kids = get(gca, 'children');\r
 525         for i=1:length(kids)\r
 526                 if strcmp(get(kids(i), 'type'), 'text') & ...\r
 527                                 strcmp(get(kids(i), 'visible'), 'on') & ...\r
 528                                 length(get(kids(i), 'string')) > 0\r
 529                         text_pos = get(kids(i), 'position');\r
 530                         text_pos = text_pos(1:2);\r
 531                         if norm(Curr_pt_local-text_pos)<8\r
 532                                 set(kids(i), 'editing', 'on');\r
 533                                 return;\r
 534                         end\r
 535                 end\r
 536         end\r
 537 \r
 538    Prompt  = {'Label', 'Font size', 'Font type', 'Font color', 'Rotated'};\r
 539         Default = {'Region ', 10, 'Courier', 'black', 0};\r
 540    Title = 'Labeling image';\r
 541    Line_number  = 1;\r
 542    Label_input  = My_inputdlg(Prompt, Title, Line_number, Default);\r
 543    if size(Label_input, 2) > 0\r
 544                 new_text = text(Curr_pt_local(1), Curr_pt_local(2), Label_input{1});\r
 545                 set(new_text, 'fontsize', base2dec(Label_input{2}, 10), ...\r
 546                         'fontname', Label_input{3}, 'color', Label_input{4}, ...\r
 547                         'rotation',  base2dec(Label_input{5}, 10));\r
 548         Button = questdlg('Is it suitable?', 'Labeling', 'Yes', 'No', 'Yes');\r
 549         if strcmp(Button, 'No')\r
 550                         set(new_text, 'visible', 'off');\r
 551                 end\r
 552    end\r
 553 \r
 554 %-----------------------------------------\r
 555 elseif strcmp(Action, 'Show image')                     % for internal purposes only\r
 556         I = varargin{length(varargin)};                 % last argument always\r
 557         Rows = size(Image{I}, 1);\r
 558         Cols = size(Image{I}, 2);\r
 559         if Arguments                                                                    % needs size setting\r
 560            Max_rc = max(Rows, Cols);\r
 561            Scr_sz = get(0, 'ScreenSize');\r
 562                 % "tiling" the images on the screen into 3 by 4 grid\r
 563                 Grid_v = mod(floor((I-1)/4), 3);                % finding row\r
 564                 Grid_h = mod(I+3, 4);                                   % finding column\r
 565            New_position(1:2) = [Scr_sz(3)*(0.04+0.24*Grid_h) ...\r
 566                                                                         Scr_sz(4)*(0.08+0.31*Grid_v)];\r
 567            New_position(3) = Scr_sz(3)*0.22*Cols/Max_rc;\r
 568            New_position(4) = Scr_sz(4)*0.22*Rows/Max_rc;\r
 569            set(Main_figure{I}, 'Position', New_position);\r
 570         end\r
 571         Axis_children = get(Main_axis{I}, 'Children');\r
 572         Image_handle = 0;\r
 573         for i=length(Axis_children):-1:1\r
 574                 if strcmp(get(Axis_children(i), 'Type'), 'image')\r
 575                         Image_handle = Axis_children(i);\r
 576                         break;\r
 577                 end\r
 578         end\r
 579    if Image_is_gray{I}\r
 580                 if not(Image_handle)\r
 581                         Image_handle = image(Gray_image{I});\r
 582                         set(Image_handle, 'Parent', Main_axis{I});\r
 583                         axis([1, Cols, 1, Rows]);\r
 584                 else\r
 585                         set(Image_handle, 'CData', Gray_image{I});\r
 586                         axis([1, Cols, 1, Rows]);\r
 587                 end\r
 588                 colormap(gray(255));\r
 589    else\r
 590                 if not(Image_handle)\r
 591                         Image_handle = image(uint8(floor(double(Image{I}))));   % no maps\r
 592                         set(Image_handle, 'Parent', Main_axis{I});\r
 593                         axis([1, Cols, 1, Rows]);\r
 594                 else\r
 595                         set(Image_handle, 'CData', uint8(floor(double(Image{I}))));\r
 596                         axis([1, Cols, 1, Rows]);\r
 597                 end\r
 598    end\r
 599         set(Main_axis{I}, 'Position', [0 0 1 1], 'XTick', [], 'YTick', []);\r
 600 \r
 601  \r
 602 %----------------------------------------\r
 603 elseif strcmp(Action, 'Enable region')\r
 604         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 605         if Arguments == 0               % call from interactive input\r
 606                 close;                          % prompt\r
 607                 Arguments = Region_left{I};\r
 608                 Region_left{I} = 0;\r
 609         end\r
 610         Regions{I}{Arguments}.Private.Active = 1;\r
 611         Segment_demo('Draw boundary', Arguments, I);\r
 612 \r
 613 \r
 614 %-----------------------------------------\r
 615 elseif strcmp(Action, 'Background region prompt')\r
 616         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 617         Operation_prompt;               % the common piece\r
 618         if Interactive \r
 619                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Background region', 0, I);\r
 620                 if Ok_button\r
 621                         set(Ok_button, 'Callback', Callback);\r
 622                 end\r
 623         else\r
 624                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Background region', 1, I);\r
 625                 eval(Callback);\r
 626         end\r
 627 \r
 628 \r
 629 %----------------------------------------\r
 630 elseif strcmp(Action, 'Background region')\r
 631         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 632         if Arguments == 0               % from interactive\r
 633                 close;  % prompt\r
 634         end\r
 635         [Rows, Cols] = size(Regions{I}{Region_left{I}}.Public.Region_matr);\r
 636         Shift = Regions{I}{Region_left{I}}.Public.Shifts(1:2, 1);\r
 637         if Image_is_gray{I}\r
 638                 for i=1:Rows\r
 639               for j=1:Cols\r
 640                  if Regions{I}{Region_left{I}}.Public.Region_matr(i, j)\r
 641                                         Image{I}(i+Shift(1)-1, j+Shift(2)-1) = 0;\r
 642                     Gray_image{I}(i+Shift(1)-1, j+Shift(2)-1) = 0;\r
 643                                 end\r
 644                         end\r
 645                 end\r
 646         else\r
 647                 for i=1:Rows\r
 648               for j=1:Cols\r
 649                  if Regions{I}{Region_left{I}}.Public.Region_matr(i, j)\r
 650                                         Image{I}(i+Shift(1)-1, j+Shift(2)-1, :) = [0, 0, 0];\r
 651                                 end\r
 652                         end\r
 653                 end\r
 654         end\r
 655    Segment_demo('Draw boundary', Region_left{I},  'none', I);\r
 656    Region_left{I} = 0;\r
 657         Segment_demo('Show image', 0, I);\r
 658 \r
 659 \r
 660 %-----------------------------------------\r
 661 elseif strcmp(Action, 'Color prompt')\r
 662         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 663         Operation_prompt;               % the common piece\r
 664         if Interactive \r
 665                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Region color prompt', 0, I);\r
 666                 if Ok_button\r
 667                         set(Ok_button, 'Callback', Callback);\r
 668                 end\r
 669         else\r
 670                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Region color prompt', 1, I);\r
 671                 eval(Callback);\r
 672         end\r
 673 \r
 674 \r
 675 %-----------------------------------------\r
 676 elseif strcmp(Action, 'Region color prompt')\r
 677         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 678         if Arguments == 0               % from interactive\r
 679                 close;  % prompt\r
 680         end\r
 681    Scr_sz = get(0, 'ScreenSize');\r
 682    New_wind = dialog('Name', 'Choose region color', 'Position', ...\r
 683       [Scr_sz(3)*0.3 Scr_sz(4)*0.4 Scr_sz(3)*0.3 Scr_sz(4)*0.1]);\r
 684    set(New_wind, 'WindowStyle', 'normal');\r
 685         Choice_color = uicontrol('Parent', New_wind);\r
 686         set(Choice_color, 'Style', 'Popup', 'String', Region_colors, ...\r
 687                         'Units', 'Normalized', 'Position', [0 0.5 0.45 0.5]);\r
 688    Cancel_button = uicontrol('Parent', New_wind, ...\r
 689       'String', 'Cancel', 'Style', 'Pushbutton', 'Callback', 'close', ...\r
 690       'Units', 'Normalized', 'Position', [0.6 0.3 0.3 0.4]);\r
 691         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%18.16f,%d)', 'Region color', Choice_color, I);\r
 692    Ok_button = uicontrol('Parent', New_wind, ...\r
 693       'String', 'OK', 'Style', 'Pushbutton', 'Callback', Callback, ...\r
 694       'Units', 'Normalized', 'Position', [0.1 0.3 0.3 0.4]);\r
 695 \r
 696 \r
 697 %-----------------------------------------\r
 698 elseif strcmp(Action, 'Region color')\r
 699         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 700         Index_color = get(Arguments, 'Value');\r
 701         Index_string = get(Arguments, 'String');\r
 702         close;  % input window\r
 703         Regions{I}{Region_left{I}}.Private.Color = Index_string{Index_color};\r
 704         Segment_demo('Draw boundary', Region_left{I}, I);\r
 705         Region_left{I} = 0;\r
 706 \r
 707 \r
 708 %-----------------------------------------\r
 709 elseif strcmp(Action, 'Select left region')\r
 710         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 711         Curr_pt_local = get(gca, 'CurrentPoint');\r
 712         Curr_pt_local = round(Curr_pt_local(1, 1:2));\r
 713         Curr_pt_local = Curr_pt_local(2:-1:1);\r
 714         for i=Bndred_regions{I}:-1:1\r
 715                 Min_x = Regions{I}{i}.Public.Shifts(1, 1);\r
 716                 Min_y = Regions{I}{i}.Public.Shifts(2, 1);\r
 717                 Max_x = Regions{I}{i}.Public.Shifts(1, 2);\r
 718                 Max_y = Regions{I}{i}.Public.Shifts(2, 2);\r
 719                 if Curr_pt_local(1) >= Min_x & Curr_pt_local(1) <= Max_x\r
 720                 if Curr_pt_local(2) >= Min_y & Curr_pt_local(2) <= Max_y\r
 721                         if Regions{I}{i}.Public.Region_matr(...\r
 722                                 Curr_pt_local(1)-Min_x+1, Curr_pt_local(2)-Min_y+1) > 0\r
 723                                 % then the region has been found\r
 724                         if Region_left{I}                                                                       % was assigned some value\r
 725                         if not(Region_left{I} == Region_right{I})\r
 726                                 Segment_demo('Draw boundary', Region_left{I}, I);\r
 727                         end\r
 728                         end\r
 729                                 if Region_left{I} == i          % this was selected, now is deselected\r
 730                                         Region_left{I} = 0;\r
 731                                 else\r
 732                                 Region_left{I} = i;\r
 733                                 Segment_demo('Draw boundary', Region_left{I}, 'white', I);\r
 734                                 end\r
 735                                 break;\r
 736                         end\r
 737                 end\r
 738                 end\r
 739         end\r
 740 \r
 741 \r
 742 %-----------------------------------------\r
 743 elseif strcmp(Action, 'Select right region')\r
 744         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 745         Curr_pt_local = get(gca, 'CurrentPoint');\r
 746         Curr_pt_local = round(Curr_pt_local(1, 1:2));\r
 747         Curr_pt_local = Curr_pt_local(2:-1:1);\r
 748         for i=Bndred_regions{I}:-1:1\r
 749                 Min_x = Regions{I}{i}.Public.Shifts(1, 1);\r
 750                 Min_y = Regions{I}{i}.Public.Shifts(2, 1);\r
 751                 Max_x = Regions{I}{i}.Public.Shifts(1, 2);\r
 752                 Max_y = Regions{I}{i}.Public.Shifts(2, 2);\r
 753                 if Curr_pt_local(1) >= Min_x & Curr_pt_local(1) <= Max_x\r
 754                 if Curr_pt_local(2) >= Min_y & Curr_pt_local(2) <= Max_y\r
 755                         if Regions{I}{i}.Public.Region_matr(...\r
 756                                 Curr_pt_local(1)-Min_x+1, Curr_pt_local(2)-Min_y+1) > 0\r
 757                                 % then the region has been found\r
 758                         if Region_right{I}                                                                      % was assigned some value\r
 759                         if not(Region_left{I} == Region_right{I})\r
 760                                 Segment_demo('Draw boundary', Region_right{I}, I);\r
 761                         end\r
 762                         end\r
 763                                 if Region_right{I} == i         % this was selected, now is deselected\r
 764                                         Region_right{I} = 0;\r
 765                                 else\r
 766                                 Region_right{I} = i;\r
 767                                 Segment_demo('Draw boundary', Region_right{I}, 'white', I);\r
 768                                 end\r
 769                                 break;\r
 770                         end\r
 771                 end\r
 772                 end\r
 773         end\r
 774 \r
 775 %----------------------------------------\r
 776 elseif strcmp(Action, 'Disable region')\r
 777         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 778         if Arguments == 0               % call from interactive input\r
 779                 close;                  % prompt\r
 780                 Arguments = Region_left{I};\r
 781                 Region_left{I} = 0;\r
 782         end\r
 783         Regions{I}{Arguments}.Private.Active = 0;\r
 784         Segment_demo('Draw boundary', Arguments,  'none', I);\r
 785         Segment_demo('Refresh image', 0, I);\r
 786 \r
 787 \r
 788 %-----------------------------------------\r
 789 elseif strcmp(Action, 'Find boundary')\r
 790         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 791         Rows = size(Image{I}, 1);\r
 792         Cols = size(Image{I}, 2);\r
 793         if length(Curr_pt{I}) > 0       % was defined\r
 794      if ((Curr_pt{I}(1) > 0) & (Curr_pt{I}(2) > 0) & ...\r
 795            (Curr_pt{I}(1) < Rows) & (Curr_pt{I}(2) < Cols))\r
 796         for i=1:size(Slices{I}, 3)\r
 797            if Slices{I}(Curr_pt{I}(1), Curr_pt{I}(2), i) > 0    % in this slice\r
 798               [Boundary, Area] = Extract_region_reg(Slices{I}(:, :, i) == ...\r
 799                  Slices{I}(Curr_pt{I}(1),Curr_pt{I}(2), i), Min_region_size{I});\r
 800               break;\r
 801            end\r
 802         end\r
 803      end\r
 804      \r
 805      if exist('Boundary', 'var')\r
 806      if size(Boundary, 2) > 1\r
 807                 Bndred_regions{I} = Bndred_regions{I}+1;\r
 808                 Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Private.Number = Bndred_regions{I};\r
 809                 Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Boundary = Boundary;\r
 810                 Min_x = min(Boundary(1, :));  Max_x = max(Boundary(1, :));\r
 811                 Min_y = min(Boundary(2, :));  Max_y = max(Boundary(2, :));\r
 812                 Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Shifts = ...\r
 813                                 [Min_x, Max_x; Min_y, Max_y];\r
 814                 Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Inner_pts = ...\r
 815                                 [Curr_pt{I}(1); Curr_pt{I}(2)];\r
 816                    Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Region_matr = ...\r
 817                                 Region_matrix(Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public);\r
 818                 Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Private.Color = ...\r
 819                 Region_colors{1, 1+rem(Bndred_regions{I}-1, size(Region_colors, 2))};\r
 820         % Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Private.Color = ...\r
 821         %   global_color;\r
 822                 Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Private.Line = 0;\r
 823                         Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Private.From = [];\r
 824                   % setting up variables for region info values\r
 825                 Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Area = -99;\r
 826                 Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Volume= -99;\r
 827                 Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Avg_intensity = -99;\r
 828                 Menu_children = get(Region_menu{I}, 'Children');\r
 829                 for i=1:length(Menu_children)\r
 830                 set (Menu_children(i), 'Enable', 'on');\r
 831                 end\r
 832                 Segment_demo('Draw boundary first time', Bndred_regions{I}, I);\r
 833                 Segment_demo('Enable region', Bndred_regions{I}, I);\r
 834     end\r
 835     end\r
 836   end\r
 837   \r
 838   \r
 839 %-----------------------------------------\r
 840 elseif strcmp(Action, 'Save boundary prompt')\r
 841         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 842         Operation_prompt;               % the common piece\r
 843         if Interactive \r
 844                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Save boundary', 0, I);\r
 845                 if Ok_button\r
 846                         set(Ok_button, 'Callback', Callback);\r
 847                 end\r
 848         else\r
 849                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Save boundary', 1, I);\r
 850                 eval(Callback);\r
 851         end\r
 852 \r
 853 \r
 854 %----------------------------------------\r
 855 elseif strcmp(Action, 'Save boundary')\r
 856         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 857         if Arguments == 0               % from interactive\r
 858                 close;  % prompt\r
 859         end\r
 860    Filter = '*.rgn';\r
 861    [File_name, Path_name] = uiputfile(Filter, 'Save to ...');\r
 862    if File_name(1) > 0\r
 863       File_name = [Path_name, File_name];\r
 864       fid = fopen(File_name, 'w');\r
 865       fprintf(fid, '%d %d\n', Regions{I}{Region_left{I}}.Public.Inner_pts(1:2));\r
 866                 fprintf(fid, '%d %d\n', 0, 0);  % the separation for Inner pts\r
 867       fprintf (fid, '%d %d\n', Regions{I}{Region_left{I}}.Public.Boundary);\r
 868       fclose(fid);\r
 869    end\r
 870    Segment_demo('Draw boundary', Region_left{I}, I);\r
 871    Region_left{I} = 0;\r
 872    \r
 873    \r
 874 %-----------------------------------------\r
 875 elseif strcmp(Action, 'Compare window regions prompt')\r
 876         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 877         if not(Window_regs_chosen)                              % need to open one more window\r
 878         Operation_prompt;                                               % the common piece\r
 879                 if Interactive \r
 880                         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Compare window regions', 0, I);\r
 881                         if Ok_button\r
 882                                 set(Ok_button, 'Callback', Callback);\r
 883                         end\r
 884                 else\r
 885                         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Compare window regions', 1, I);\r
 886                         eval(Callback);\r
 887                 end\r
 888         else\r
 889                 Operation_prompt_right;\r
 890                 if Interactive \r
 891                         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Compare window regions', 0, I);\r
 892                         if Ok_button\r
 893                                 set(Ok_button, 'Callback', Callback);\r
 894                         end\r
 895                 else\r
 896                         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Compare window regions', 1, I);\r
 897                         eval(Callback);\r
 898                 end\r
 899         end\r
 900 \r
 901 %-----------------------------------------\r
 902 elseif strcmp(Action, 'Compare window regions')\r
 903         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 904         if Arguments == 0               % interactive input\r
 905         close;\r
 906         end\r
 907         if not(Window_regs_chosen)              % need to open one more window\r
 908         msgbox('Please choose another region', 'Another');\r
 909                 Window1 = I;\r
 910                 Window_regs_chosen = 1;\r
 911         else\r
 912                 Window2 = I;\r
 913                 % computing chars if needed\r
 914                 if Regions{Window1}{Region_left{Window1}}.Public.Area < 0\r
 915                         Segment_demo('Intensity 3-d', Region_left{Window1}, Window1);\r
 916                 end\r
 917                 if Regions{Window2}{Region_right{Window2}}.Public.Area < 0\r
 918                         Segment_demo('Intensity 3-d', Region_right{Window2}, Window2);\r
 919                 end\r
 920                 [Bdry_dist, Reg_dist] = ...\r
 921                         Svd_dist_reg(Regions{Window1}{Region_left{Window1}}.Public, ...\r
 922                                 Regions{Window2}{Region_right{Window2}}.Public);\r
 923         Msg = [sprintf('Boundary difference: %6.2f\n\n', Bdry_dist), ...\r
 924                 sprintf('Region  difference: %6.2f\n\n', Reg_dist), ...\r
 925                         sprintf('Areas ratio: %6.2f\n\n', ...\r
 926                                 Regions{Window1}{Region_left{Window1}}.Public.Area/...\r
 927                                 Regions{Window2}{Region_right{Window2}}.Public.Area), ...\r
 928                         sprintf('Volumes ratio: %6.2f\n\n', ...\r
 929                                 Regions{Window1}{Region_left{Window1}}.Public.Volume/...\r
 930                                 Regions{Window2}{Region_right{Window2}}.Public.Volume), ...\r
 931                         sprintf('Avg intensities ratio: %6.2f', ...\r
 932                                 Regions{Window1}{Region_left{Window1}}.Public.Avg_intensity/...\r
 933                                 Regions{Window2}{Region_right{Window2}}.Public.Avg_intensity)\r
 934                         ];\r
 935                 Wind_name = sprintf('%d and %d regions differences and ratios', ...\r
 936                         Region_left{Window1}, Region_right{Window2});\r
 937         msgbox(Msg, Wind_name);\r
 938 \r
 939         Segment_demo('Draw boundary', Region_left{Window1}, Window1);\r
 940         Segment_demo('Draw boundary', Region_right{Window2}, Window2);\r
 941         Region_left{Window1} = 0; Region_right{Window2} = 0;\r
 942                 Window_regs_chosen = 0;\r
 943         end\r
 944 \r
 945 \r
 946 %-----------------------------------------\r
 947 elseif strcmp(Action, 'Compare image regions prompt')\r
 948         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 949    Operation_prompt;                    % the common piece\r
 950    Right_button;                                % one more button here  if Interactive \r
 951         if Interactive\r
 952                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Compare image regions', 0, I);\r
 953                 if Ok_button\r
 954                         set(Ok_button, 'Callback', Callback);\r
 955                 end\r
 956         else\r
 957                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Compare image regions', 1, I);\r
 958                 eval(Callback);\r
 959         end\r
 960 \r
 961 %-----------------------------------------\r
 962 elseif strcmp(Action, 'Compare image regions')\r
 963         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
 964         if Arguments == 0                                                       % interactive call\r
 965         close;  % prompt\r
 966    end\r
 967         if Region_right{I} ==  0\r
 968                 return;\r
 969         end\r
 970         [Bdry_dist, Reg_dist] = ...\r
 971                 Svd_dist_reg(Regions{I}{Region_left{I}}.Public, ...\r
 972                         Regions{I}{Region_right{I}}.Public);\r
 973         % computing chars if needed\r
 974         if Regions{I}{Region_left{I}}.Public.Area < 0\r
 975                 Segment_demo('Intensity 3-d', Region_left{I}, I);\r
 976         end\r
 977         if Regions{I}{Region_right{I}}.Public.Area < 0\r
 978                 Segment_demo('Intensity 3-d', Region_right{I}, I);\r
 979         end\r
 980         [Bdry_dist, Reg_dist] = ...\r
 981                 Svd_dist_reg(Regions{I}{Region_left{I}}.Public, ...\r
 982                         Regions{I}{Region_right{I}}.Public);\r
 983         Msg = [sprintf('Boundary difference: %6.2f\n\n', Bdry_dist), ...\r
 984                 sprintf('Region  difference: %6.2f\n\n', Reg_dist), ...\r
 985                 sprintf('Areas ratio: %6.2f\n\n', ...\r
 986                         Regions{I}{Region_left{I}}.Public.Area/...\r
 987                         Regions{I}{Region_right{I}}.Public.Area), ...\r
 988                 sprintf('Volumes ratio: %6.2f\n\n', ...\r
 989                         Regions{I}{Region_left{I}}.Public.Volume/...\r
 990                         Regions{I}{Region_right{I}}.Public.Volume), ...\r
 991                 sprintf('Avg intensities ratio: %6.2f', ...\r
 992                         Regions{I}{Region_left{I}}.Public.Avg_intensity/...\r
 993                         Regions{I}{Region_right{I}}.Public.Avg_intensity)\r
 994                 ];\r
 995         Wind_name = sprintf('%d and %d regions differences and ratios', ...\r
 996                 Region_left{I}, Region_right{I});\r
 997         msgbox(Msg, Wind_name);\r
 998 \r
 999    Segment_demo('Draw boundary', Region_left{I}, I);\r
1000    Segment_demo('Draw boundary', Region_right{I}, I);\r
1001    Region_left{I} = 0; Region_right{I} = 0;\r
1002 \r
1003 \r
1004 %-----------------------------------------\r
1005 elseif strcmp(Action, 'Compare disk regions prompt')\r
1006         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1007    Operation_prompt;                    % the common piece\r
1008         if Interactive \r
1009                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Compare disk regions', 0, I);\r
1010                 if Ok_button\r
1011                         set(Ok_button, 'Callback', Callback);\r
1012                 end\r
1013         else\r
1014                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Compare disk regions', 1, I);\r
1015                 eval(Callback);\r
1016         end\r
1017 \r
1018 %-----------------------------------------\r
1019 elseif strcmp(Action, 'Compare disk regions')\r
1020         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1021         if Arguments == 0               % interactive input\r
1022         close;  % prompt\r
1023         end\r
1024    Filter = '*.rgn';\r
1025    [File_name, Path_name] = uigetfile(Filter, 'Compare to ...');\r
1026    if File_name(1) > 0\r
1027       File_name = [Path_name, File_name];\r
1028       fid = fopen(File_name, 'r');\r
1029                 k = 0;\r
1030                 Pt_scanned(1:2, 1) = fscanf(fid, '%d', [2, 1]);\r
1031                 while sum(Pt_scanned) > 0\r
1032                         k = k+1;\r
1033         Region2.Public.Inner_pts(:, k) = Pt_scanned;\r
1034                         Pt_scanned(1:2, 1) = fscanf(fid, '%d', [2, 1]);\r
1035                 end\r
1036       Region2.Public.Boundary = fscanf(fid, '%d', [2, inf]);\r
1037                 Min_x = min(Region2.Public.Boundary(1, :));  \r
1038                 Max_x = max(Region2.Public.Boundary(1, :));\r
1039       Min_y = min(Region2.Public.Boundary(2, :));\r
1040                 Max_y = max(Region2.Public.Boundary(2, :));\r
1041       Region2.Public.Shifts = [Min_x, Max_x; Min_y, Max_y];\r
1042       fclose(fid);\r
1043       [Bdry_dist, Reg_dist] = ...\r
1044                         Svd_dist_reg(Regions{I}{Region_left{I}}.Public, Region2.Public);\r
1045       Msg = [sprintf('Boundary difference is  %6.2f\n\n', Bdry_dist), ...\r
1046                  sprintf('Region  difference  is  %6.2f', Reg_dist)]; \r
1047       msgbox(Msg, 'Difference');\r
1048    end\r
1049    Segment_demo('Draw boundary', Region_left{I}, I);\r
1050    Region_left{I} = 0;\r
1051    \r
1052    \r
1053 %-----------------------------------------\r
1054 elseif strcmp(Action, 'Intensity 3-d prompt')\r
1055         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1056    Operation_prompt;                                                                    % the common piece\r
1057         if Interactive \r
1058                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Intensity 3-d', 0, I);\r
1059                 if Ok_button\r
1060                         set(Ok_button, 'Callback', Callback);\r
1061                 end\r
1062         else\r
1063                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Intensity 3-d', -1, I);\r
1064                 eval(Callback);\r
1065         end\r
1066 \r
1067 %-----------------------------------------\r
1068 elseif strcmp(Action, 'Intensity 3-d')\r
1069         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1070         if Arguments == 0                                                       % interactive call\r
1071                 Region_number = Region_left{I};\r
1072         close;                                                                  % prompt\r
1073         elseif Arguments == -1                                  % was selected not by menu\r
1074                 Region_number = Region_left{I};\r
1075         else\r
1076                 Region_number = Arguments;\r
1077         end\r
1078    Volume = 0;\r
1079         Area = 0;\r
1080    [Rows, Cols] = size(Regions{I}{Region_number}.Public.Region_matr);\r
1081    To_display = zeros(Cols, Rows);\r
1082    Shift = Regions{I}{Region_number}.Public.Shifts(1:2, 1);\r
1083    for i=1:Rows\r
1084       for j=1:Cols\r
1085          if Regions{I}{Region_number}.Public.Region_matr(i, j)\r
1086             To_display(j, i) = Gray_image{I}(i+Shift(1)-1, j+Shift(2)-1);\r
1087             Volume = Volume+To_display(j, i);\r
1088                                 Area = Area+1;\r
1089          end\r
1090       end\r
1091    end\r
1092    Min = min(To_display(find(To_display > 0)));\r
1093    To_display = max(To_display, ones(size(To_display))*Min);\r
1094         figure; % (2)\r
1095    mesh(To_display);\r
1096         set(gca, 'XTick', [], 'YTick', [], 'view', [77, 67]);   % a better viewpoint\r
1097         zlabel('Intensity');\r
1098         Wind_name = sprintf('Region %d Intensity 3-d', Region_number);\r
1099    set(gcf, 'MenuBar', 'none', 'Name', Wind_name);\r
1100    Rotate_menu = uimenu('Label','&Rotate');\r
1101         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Rotate left', 0, I);\r
1102    uimenu (Rotate_menu, 'Label', 'Left', ...\r
1103       'Callback', Callback, 'Accelerator', 'L');\r
1104         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Rotate right', 0, I);\r
1105    uimenu (Rotate_menu, 'Label', 'Right', ...\r
1106       'Callback', Callback, 'Accelerator', 'R');\r
1107         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Rotate up', 0, I);\r
1108    uimenu (Rotate_menu, 'Label', 'Up', ...\r
1109       'Callback', Callback, 'Accelerator', 'U');\r
1110         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Rotate down', 0, I);\r
1111    uimenu (Rotate_menu, 'Label', 'Down', ...\r
1112       'Callback', Callback, 'Accelerator', 'D');\r
1113         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Increase rotation', 0, I);\r
1114    uimenu (Rotate_menu, 'Label', 'Increase', ...\r
1115       'Callback', Callback, 'Accelerator', 'A');\r
1116         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Decrease rotation', 0, I);\r
1117    uimenu (Rotate_menu, 'Label', 'Decrease', ...\r
1118       'Callback', Callback, 'Accelerator', 'V');\r
1119    \r
1120    Max = max(max(To_display));\r
1121         \r
1122         Regions{I}{Region_number}.Public.Area = Area;           % storing area\r
1123    Area_string = sprintf('Region area\t%10.2f', Area);\r
1124         Regions{I}{Region_number}.Public.Volume = Volume;       % storing volume\r
1125    Volume_string = sprintf('Volume\t%10.2f', Volume); % compute avg intens\r
1126         Avg_intensity = Volume/Area;\r
1127    Regions{I}{Region_number}.Public.Avg_intensity = Avg_intensity;\r
1128    Avg_intensity_string = sprintf('Average intensity\t%10.2f', Avg_intensity);\r
1129    Intensity_normed_volume_string = ...\r
1130       sprintf('Intensity normalized volume\t%10.2f', Volume/Max);\r
1131         \r
1132    Values_menu = uimenu('Label', '&Values');\r
1133    uimenu (Values_menu, 'Label', Area_string);\r
1134    uimenu (Values_menu, 'Label', Volume_string);\r
1135    uimenu (Values_menu, 'Label', Avg_intensity_string);\r
1136    uimenu (Values_menu, 'Label', Intensity_normed_volume_string);\r
1137 \r
1138         if Arguments <= 0               % interactive\r
1139         Segment_demo('Draw boundary', Region_left{I}, I);\r
1140         Region_left{I} = 0;\r
1141         end\r
1142 \r
1143 %-----------------------------------------\r
1144 elseif strcmp(Action, 'Rotate right')\r
1145         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1146    Az_el = get(gca, 'View');\r
1147    set(gca, 'View', [Az_el(1)-Amnt_rot{I}, Az_el(2)]);\r
1148 \r
1149 %-----------------------------------------\r
1150 elseif strcmp(Action, 'Rotate left')\r
1151         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1152    Az_el = get(gca, 'View');\r
1153    set(gca, 'View', [Az_el(1)+Amnt_rot{I}, Az_el(2)]);\r
1154 \r
1155 %-----------------------------------------\r
1156 elseif strcmp(Action, 'Rotate up')\r
1157         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1158    Az_el = get(gca, 'View');\r
1159    set(gca, 'View', [Az_el(1), Az_el(2)-Amnt_rot{I}]);\r
1160 \r
1161 %-----------------------------------------   \r
1162 elseif strcmp(Action, 'Rotate down')\r
1163         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1164    Az_el = get(gca, 'View');\r
1165    set(gca, 'View', [Az_el(1), Az_el(2)+Amnt_rot{I}]);\r
1166  \r
1167 %-----------------------------------------   \r
1168 elseif strcmp(Action, 'Increase rotation')\r
1169         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1170    Amnt_rot{I} = Amnt_rot{I}*2;\r
1171 \r
1172 %-----------------------------------------   \r
1173 elseif strcmp(Action, 'Decrease rotation')\r
1174         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1175    Amnt_rot{I} = Amnt_rot{I}/2;\r
1176 \r
1177    \r
1178 %-----------------------------------------\r
1179 elseif strcmp(Action, 'Cut prompt')\r
1180         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1181    Operation_prompt;                                                                    % the common piece\r
1182         if Interactive \r
1183                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Region cut prompt', 0, I);\r
1184                 if Ok_button\r
1185                         set(Ok_button, 'Callback', Callback);\r
1186                 end\r
1187         else\r
1188                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Region cut prompt', 1, I);\r
1189                 eval(Callback);\r
1190         end\r
1191  \r
1192 %-----------------------------------------\r
1193 elseif strcmp(Action, 'Region cut prompt')\r
1194         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1195         if Arguments == 0               % interactive input\r
1196         close;\r
1197         end\r
1198    Scr_sz = get(0, 'ScreenSize');\r
1199    New_wind = dialog('Name', 'Draw cutting line', 'Position', ...\r
1200       [Scr_sz(3)*0.3 Scr_sz(4)*0.4 Scr_sz(3)*0.3 Scr_sz(4)*0.1]);\r
1201    set(New_wind, 'WindowStyle', 'normal');\r
1202    Cancel_button = uicontrol('Parent', New_wind, ...\r
1203       'String', 'Cancel', 'Style', 'Pushbutton', 'Callback', 'close', ...\r
1204       'Units', 'Normalized', 'Position', [0.6 0.3 0.3 0.4]);\r
1205         Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Cut', 0, I);\r
1206    Ok_button = uicontrol('Parent', New_wind, ...\r
1207       'String', 'OK', 'Style', 'Pushbutton', 'Callback', Callback, ...\r
1208       'Units', 'Normalized', 'Position', [0.1 0.3 0.3 0.4]);\r
1209    Store_mouse_pts{I} = 1;\r
1210    Curr_pt{I}= zeros(2, 0);\r
1211  \r
1212 %-----------------------------------------\r
1213 elseif strcmp(Action, 'Cut')\r
1214         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1215    close;                                                                                       % the dialogue window\r
1216    Dense_pts = Fit_spline(Curr_pt{I});\r
1217    \r
1218    [Bdry{1}, Inner{1}, Bdry{2}, Inner{2}] = ...\r
1219       Cut_boundary_reg(Regions{I}{Region_left{I}}.Public, Dense_pts);\r
1220    if (size(Bdry{1}, 2) > 1) & (size(Bdry{2}, 2) > 1)           % detected boundaries\r
1221       for i=1:2\r
1222          Bndred_regions{I} = Bndred_regions{I}+1;\r
1223          Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Boundary = Bdry{i};\r
1224          Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Inner_pts = Inner{i};\r
1225          Min_x = min(Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Boundary(1, :));  \r
1226          Max_x = max(Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Boundary(1, :));\r
1227          Min_y = min(Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Boundary(2, :));  \r
1228          Max_y = max(Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Boundary(2, :));\r
1229          Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Shifts = ...\r
1230                                 [Min_x, Max_x; Min_y, Max_y];\r
1231          Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Private.Number = Bndred_regions{I};\r
1232                    Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Region_matr = ...\r
1233                                 Region_matrix(Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public);\r
1234          Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Private.Color = ...\r
1235             Region_colors{1, 1+rem(Bndred_regions{I}-1,size(Region_colors, 2))};\r
1236                    Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Private.From = [Region_left{I}];\r
1237                 Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Area = -99;\r
1238                 Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Volume= -99;\r
1239                 Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Avg_intensity = -99;\r
1240          Segment_demo('Draw boundary first time', Bndred_regions{I}, I);% Line\r
1241                         Segment_demo('Enable region', Bndred_regions{I}, I);\r
1242       end\r
1243                 Segment_demo('Disable region', Region_left{I}, I);\r
1244    end\r
1245 \r
1246    Region_left{I} = 0;\r
1247    Store_mouse_pts{I} = 0;\r
1248         set(Curr_pt_line{I}, 'EraseMode', 'normal');\r
1249         set(Curr_pt_line{I}, 'Visible', 'off');\r
1250         Curr_pt_line{I} = 0;\r
1251    Segment_demo('Down', 0, I);\r
1252         Segment_demo('Refresh', 0, I);\r
1253  \r
1254 \r
1255 % ----------------------------------------- "left" region\r
1256 elseif strcmp(Action, 'Left')\r
1257         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1258    Index_left = get(Arguments, 'Value');\r
1259    Labels = get(Arguments, 'String');\r
1260    Temp_region_left = base2dec(Labels{Index_left}, 10);\r
1261    % restoring the old region first\r
1262    if Region_left{I}                                                                    % was assigned some value\r
1263       if not(Region_left{I} == Region_right{I})\r
1264          Segment_demo('Draw boundary', Region_left{I}, I);\r
1265       end\r
1266    end\r
1267    Region_left{I} = Temp_region_left;\r
1268    Segment_demo('Draw boundary', Region_left{I}, 'white', I);\r
1269    \r
1270  \r
1271 %-----------------------------------------   \r
1272 % "right" region\r
1273 elseif strcmp(Action, 'Right')\r
1274         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1275    Index_right = get(Arguments, 'Value');\r
1276    Labels = get(Arguments, 'String');\r
1277    Temp_region_right = base2dec(Labels{Index_right}, 10);\r
1278    % restoring the old region first\r
1279    if Region_right{I}                                                           % was defined\r
1280       if not(Region_left{I} == Region_right{I})\r
1281          Segment_demo('Draw boundary', Region_right{I}, I);\r
1282       end\r
1283    end\r
1284    Region_right{I} = Temp_region_right;\r
1285    Segment_demo('Draw boundary', Region_right{I}, 'white', I);\r
1286  \r
1287 \r
1288 %-----------------------------------------   \r
1289 elseif strcmp(Action, 'Cancel operation')               % don't perform operation\r
1290         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1291    close;\r
1292    if Region_left{I}\r
1293       Segment_demo('Draw boundary', Region_left{I}, I);\r
1294       Region_left{I} = 0;\r
1295    end\r
1296    if Region_right{I}\r
1297       Segment_demo('Draw boundary', Region_right{I}, I);\r
1298       Region_right{I} = 0;   \r
1299    end\r
1300    Store_mouse_pts{I} = 0;\r
1301  \r
1302 \r
1303 %-----------------------------------------\r
1304 elseif strcmp(Action, 'Merge prompt')\r
1305         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1306    Operation_prompt;                                                            % the common piece\r
1307    Right_button;                                                                        % one more button here\r
1308         if Interactive\r
1309                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Merge', 0, I);\r
1310                 if Ok_button\r
1311                         set(Ok_button, 'Callback', Callback);\r
1312                 end\r
1313         else\r
1314                 Callback=sprintf('Segment_demo(''%s'',%d,%d)', 'Merge', 1, I);\r
1315                 eval(Callback);\r
1316         end\r
1317  \r
1318 %-----------------------------------------   \r
1319 elseif strcmp(Action, 'Merge')          % the two regions have been defined\r
1320         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1321         if Arguments == 0                                                       % interactive call\r
1322         close;  % prompt\r
1323    end\r
1324    Bndred_regions{I} = Bndred_regions{I}+1;\r
1325    [Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Inner_pts, ...\r
1326         Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Boundary, ...\r
1327                 Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Shifts] = Merge_regions(...\r
1328                         Regions{I}{Region_left{I}}.Public, Regions{I}{Region_right{I}}.Public);\r
1329    Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Region_matr = ...\r
1330                 Region_matrix(Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public);\r
1331    Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Private.Color = ...\r
1332       Region_colors{1, 1+rem(Bndred_regions{I}-1, size(Region_colors, 2))};\r
1333    Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Private.Number = Bndred_regions{I};\r
1334         Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Private.From=[Region_left{I}, Region_right{I}];\r
1335    Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Area = -99;\r
1336    Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Volume = -99;\r
1337    Regions{I}{Bndred_regions{I}}.Public.Avg_intensity = -99;\r
1338         Segment_demo('Draw boundary first time', Bndred_regions{I}, I);\r
1339 \r
1340         Segment_demo('Enable region', Bndred_regions{I}, I);\r
1341    \r
1342         Segment_demo('Disable region', Region_left{I}, I);\r
1343         Segment_demo('Disable region', Region_right{I}, I);\r
1344    Region_left{I} = 0;  Region_right{I} = 0;\r
1345 \r
1346 \r
1347 % --------------------\r
1348 elseif strcmp(Action, 'Draw boundary first time')\r
1349         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1350    Regions{I}{Arguments}.Private.Line = ...\r
1351       line('XData', Regions{I}{Arguments}.Public.Boundary(2, :), ...\r
1352       'YData', Regions{I}{Arguments}.Public.Boundary(1, :), ...\r
1353       'Parent', Main_axis{I}, 'Color', Regions{I}{Arguments}.Private.Color, ...\r
1354                 'Marker', '.', 'LineStyle', '.', 'EraseMode', 'none', ...\r
1355                 'Visible', 'off', 'LineWidth', Marker_size, 'MarkerSize', Marker_size);\r
1356 \r
1357 % -------------------- since repeates so often\r
1358 elseif strcmp(Action, 'Draw boundary')   \r
1359         I = varargin{length(varargin)};         % last argument always\r
1360    if length(varargin) == 1                                     % draw the region in the usual color\r
1361                 if Regions{I}{Arguments}.Private.Active\r
1362         set(Regions{I}{Arguments}.Private.Line, 'Visible', 'off');\r
1363         set(Regions{I}{Arguments}.Private.Line, ...\r
1364                 'Color', Regions{I}{Arguments}.Private.Color, 'Visible', 'on');\r
1365                 else\r
1366         set(Regions{I}{Arguments}.Private.Line, 'Visible', 'off');\r
1367                 end\r
1368    else\r
1369       if strcmp(varargin{1}, 'white')           % draw in white\r
1370          set(Regions{I}{Arguments}.Private.Line, ...\r
1371             'Color', 'white', 'Visible', 'on');\r
1372       elseif strcmp(varargin{1}, 'none')        % don't draw\r
1373          set(Regions{I}{Arguments}.Private.Line, 'Visible', 'off');\r
1374       end\r
1375    end\r
1376 end\r
1377 \r
1378 % let's represent regions (whose boundaries we were asked to find) by\r
1379 % those boundaries and make the merging part as filling those\r
1380 % boundaries and taking union as it was done before.  In this fashion\r
1381 % we can handle new regions, not to abuse the original image.  Merging\r
1382 % will be done on pairs of regions resulting in a new region\r