helpers.py

   1 from timeit import timeit
   2 import numpy as np
   3
   4
   5 INPUT_DIR = '../../Data/Images_anonymous/Case_0002/'
   6 OUT_DIR = './generated/'
   7
   8
   9 np.set_printoptions(edgeitems=272, linewidth=500)# hey numpy, take advantage of my large screen
  10
  11 def check(p1, p2, Mat):
  12     """
  13     Not by @res
  14     Uses the line defined by p1 and p2 to check array of
  15     input indices against interpolated value
  16
  17     Returns boolean array, with True inside and False outside of shape
  18     """
  19     idxs = np.indices(Mat.shape) # Create 3D array of indices
  20
  21     try:
  22         p1 = p1.astype(float)
  23         p2 = p2.astype(float)
  24
  25         # Calculate max column idx for each row idx based on interpolated line between two points
  26         max_col_idx = (idxs[0] - p1[0]) / (p2[0] - p1[0]) * (p2[1] - p1[1]) +  p1[1]
  27         sign = np.sign(p2[0] - p1[0])
  28         return idxs[1] * sign <= max_col_idx * sign
  29     except RuntimeWarning as e:
  30         print("p1, p2")
  31         print(p1, p2)
  32         return True
  33
  34 def drawcontours(Mat, vertices):
  35     """
  36     Not by @res
  37
  38     Mat.shape : (20,20) or something like..
  39     vertices : np.array([
  40         [5,12],
  41         [8,18],
  42         [13,14],
  43         [11,6],
  44         [4,6],
  45     ])
  46
  47     return Mat : the resulting matrix
  48
  49     Creates np.array with dimensions defined by shape
  50     Fills polygon defined by vertices with ones, all other values zero"""
  51
  52     fill = np.ones(Mat.shape) # Initialize boolean array defining shape fill
  53
  54     # Create check array for each edge segment, combine into fill array
  55     for k in range(vertices.shape[0]): # .shape[0] is the number of vertices, like len(vertices)
  56         fill = np.all([fill, check(vertices[k-1], vertices[k], Mat)], axis=0)
  57
  58     # Set all values outside polygon to zero
  59     # print("fill")
  60     # print(fill)
  61     Mat[np.invert(fill)] = 0
  62
  63     return Mat
  64
  65 def getdir(filepath):
  66     return '/'.join(filepath.split('/')[:-1]) + '/'
  67
  68
  69 if __name__ == '__main__':
  70     # vertices = np.array(list(reversed([
  71     #     (5,12),
  72     #     (8,18),
  73     #     (13,14),
  74     #     (11,6),
  75     # ]) ))
  76
  77     vertices = np.array([
  78         [ 97, 129],
  79         [103, 134],
  80         [108, 139],
  81         [109, 146],
  82         [109, 155],
  83         [105, 161],
  84         [ 99, 165],
  85         [ 93, 166],
  86         [ 83, 164],
  87         [ 78, 161],
  88         [ 73, 153],
  89         [ 72, 147],
  90         [ 72, 140],
  91         [ 75, 133],
  92         [ 79, 129],
  93         [ 85, 127],
  94         [ 93, 127],
  95     ])
  96
  97     from topng import topng
  98     Mat = topng(INPUT_DIR+'Image00003', OUT_DIR + INPUT_DIR.split('/')[-2] +'-Image00003', epimask="/Users/user/Desktop/Master/Stage/Data/json/json_GT/0_Case_0002/contours/1.2.3.4.5.6/31/-85.9968/Epicardic.json")
  99     # print(Mat)
 100     # Mat = np.ones((20, 25)).astype(np.int32)
 101     # Mat[:,:] = 14
 102
 103     # print( timeit(lambda:create_polygon([20,20], vertices), number=100000) )
 104     polygon_array = drawcontours(Mat, vertices)
 105     print(polygon_array.shape)
 106     # print(polygon_array.astype(np.int32))