regularjson.py

   1 """
   2 by @res
   3
   4 1) Read -R json_GT* and recup "Feature Refs" & labels (0: Infarctus, 1: No
   5 2) store "Feature Refs" & labels
   6     Format:
   7         {
   8             nb_infarct: 2,
   9             infarcts: [],
  10             no_infarcts: [],
  11         }
  12 """
  13 from os import listdir as ls
  14 from os.path import getsize as size, join
  15 from pprint import pprint
  16
  17
  18 # constants
  19 # json
  20 #   |--> json_GT
  21 #   |--> json_GT_part2
  22 RT_PATH = '../../Data/json/'
  23 JSON_GTS = ['json_GT', 'json_GT_part2']
  24 INFA_STR = 'Infa'
  25
  26 # Globals
  27 featurerefs = []
  28 labellist = []
  29 details = []
  30
  31 from os.path import isfile, join
  32
  33 def search(path, name, recursive=True, fsize=True):
  34     """
  35     :param path:
  36     :param name:
  37     :param recursive: Recursive or not
  38     :param fsize: show the size of not
  39     :return: {path: p, size: None}
  40     """
  41     for d in ls(path):
  42         p = join(path, d)
  43         if name in d:
  44             return {'path': p, 'size': size(p) if fsize else None}
  45         elif recursive and not isfile(p):# only enter if it's a directory
  46             res = search(p, name)# stop if found
  47             if res:
  48                 return res
  49
  50 def merge(dirlist, root='', indice='Case'):
  51     l = []
  52     for d in dirlist:
  53         l += [e for e in ls(join(root, d)) if indice in e]
  54
  55     return sorted(l)
  56
  57 def mergejsons():
  58     return merge(JSON_GTS, RT_PATH)
  59
  60 def featurerefs():
  61     """
  62         fill l with features references
  63         use JSON_GTS, a little bit static in this sens
  64     :return:
  65     """
  66     global featurerefs
  67     # for d in JSON_GTS:
  68     #     #frefs += ls(RT_PATH + d)
  69     #     featurerefs += [e for e in ls(join(RT_PATH, d)) if "Case" in e]
  70
  71     featurerefs = sorted(mergejsons())
  72
  73 def label(fref):
  74     res = search(RT_PATH, fref)
  75     b = search(res['path'], INFA_STR)
  76     return (0, b['size']) if b else (1, None)
  77
  78 def labels():
  79     global labellist, details
  80     for name in featurerefs:
  81         lab, detail = label(name)
  82         labellist.append(lab)
  83         details.append(detail)
  84
  85
  86
  87 if __name__ == '__main__':
  88     featurerefs()
  89     labels()
  90
  91     print('featurerefs:', len(featurerefs), featurerefs)
  92     print('labels:', len(labellist), labellist)
  93     print('details:', len(details), details)
  94
  95     # print( label('Case_02') )
  96     # print( search(RT_PATH, INFA_STR) )
  97
  98
  99